La segunda etapa se caracteriza por las extensas luchas en el Sur del país al mando de José María Morelos que antes había sido el Cura de Caracuaro y en este tiempo se ganaron muchas provincias del territorio nacional y la lucha cobró forma y Uno de los episodios más importantes durante la lucha de Morelos, lo fue el Sitio de Cuautla; el 23 de Enero de 1812 donde Morelos derrotó en Tenancingo al brigadier Rosendo Porlier y después se retiró a Cuautla de A milpas (en el estado de Morelos) para esperar a Callejas. Tenía cerca de 4000 soldados mandados por Matamoros, Galeana y los Bravos En este tiempo se ganaron muchas provincias del territorio nacional y la lucha cobró forma.

El 13 de septiembre de 1813, en Chilpancingo Morelos convocó e6l primer congreso independiente que sustituyó a la junta de Zitácuaro y por primera vez en un documentos escrito se habló de total independencia de España.

Morelos redactó la famosa Constitución de Apatzingán en 1814, y se eligieron para el puesto del poder en el congreso a Bustamante, Quintana Roo y otros. Rosains, Secretario de Morelos leyó después la manifestación que hacía al Congreso con el título de "Sentimientos de la Nación", en el que pedía se declarase que: América es libre e independiente de España y de cualquier otra nación, gobierno o monarquía, se reconoce a la religión católica como único culto.

Morelos fue derrotado en Valladolid y los realistas penetraron el Sur.

El Congreso tuvo que andar peregrinando por distintos lugares, y cuando llegó a Apatzingán, en octubre de 1814, dio a conocer la Constitución, inspirada en la francesa de 1793 y la española de 1812. La Constitución de Apatzingán jamás estuvo en vigor. Cuando se promulgó, los insurgentes habían sido desalojados de las provincias del Sur.

Morelos fue hecho prisionero y fusilado el 22 de diciembre de 1815 en San Cristóbal Ecatepec.