n MM06 n MM92 MM93 MM35

MM21 MM23

MM37 n MM72

MM32 MM65

MM18 MM30 MM20 MM25 MM41

MM82

n MM61 MM68

n MM78 n MM79 n MM81

MM22

MM28 MM29 MM33 MM45 n MM85

MM62 n MM89 MM91 MM80 MM64 MM70

MM26 MM44 MM90 MM87

n MM100 MM36

MM39 MM63

MM99 n MM05 MM31

MM34 MM40 MM84 MM98 n MM74

MM19 MM27 MM38 n MM42

MM46 n MM76 MM66

n MM43 n MM71 MM73 MM67 n MM88 MM69

100

100 72

100

100

100

100

99

100 0.1

Central Myanmar (  ) 

Upper Myanmar (   ) 

Lower Myanmar (  ) 

Shan state (   ) 

N

Unknown origin ( n ) 

Landraces from different geographic origin are grouped together 

Fig. NJ tree of Myanmar accessions 

Intensive exchange within country by human?

Conclusions

•  High gene2c heterozygosity •  Distribu2on on PCoA plot is as broad as Florida varie2es 

•  Broad gene2c background 

•  No clear correla2on between geographical origin and gene2c background 

17

Gene&c Integrity of Germplasm 

Photos: Courtesy of Dr. Kawase / NIAS Genebank

Specific ques2on:  What is the consequences of gene2c Integrity of germplasm conserved in different genebanks ?

Gene2c integrity of germplasm conserved in different genebanks 

Collec2on 

Farmer’s field (in situ) 

Genebank A (ex situ) 

Collec2on 

Genebank B (ex situ) 

Hypothesis:  

Gene2c Diversity of the Germplasm Should be Gene2cally Equivalent 

Differences in management are assumed 

19 

Regenera&on process in genebank management

Ideal: Use as many individual as possible    Cost for regenera2on is the biggest constrain 

(Horna, 2008)

46.15% of total capital cost

US$ 34.36 per acc.

BUT

Table Total and average cost of genebank (Horna, 2008)

20 

Materials and Methods Hirano et al. 2009. Crop Sci. In press. 

•  Gene bank accessions  –  Na2onal Ins2tute of 

Agrobiological Sciences, Japan (NIAS) 

–  Plant Gene2c Resources Program, Pakistan (PGRP)  

•  Original collec2ons •  17 accessions •  AFLP (Vos et al. 1995) 

Na2onal Ins2tute of Agricultural Sciences (NIAS) 

Plant Gene2c Resources Program (PGRP) 

Original collec2on 

21 

Table Basic informa2on of NIAS and PGRP 

Loca&on Regenera&

on Frequency

Field loca&on

Geographic posi&on of field

Growing 

season Min. / max 

(°C) No. of indiv. used for 

regenera&on (lat /long) NIAS Tsukuba, 

Japan  0 to 1&me. Sapporo  43.00 N /141.40 E Sep.‐ 

Jun. －6.7 / 22.3 About 15

Iwate  39.73 N / 141.13 E Sep.‐ Jun.

－5.3 / 23.8

Ibaraki  36.02 N / 140.10 E Oct.‐ Jun.

－2.7 / 24.9

Fukuyama  34.50 N / 133.38 E Oct.‐ Jun.

0.5 / 26.9

PGRP Islamabad, Pakistan 

Once in 1998.

Islamabad  33.70 N / 73.13 E Nov.‐ Jun.

2.9 / 29.7 Few

Results and Discussion

22 

Numbers of individuals for regenera2on are different 

Environmental condi2on of regenera2on field are different

23

Varia&on source df SS Variance component

% of varia&on

Among popl. 2 27.59 0.36 6 Within popl. 48 251.88 5.25 94

Total 50 274.47 5.61 100

Table Result of AMOVA  

# of Loci  P Chi‐sq.  value P

O vs P 2.40 0.12 (ns)

O vs N 2.02 0.16 (ns) 

Table Result of Chi square test 

Varia&on within a genebank was greater than between different genebanks 

Exp.: expected number of bands in the accession, that is equivalent to number of bands observed in Original. Obs.: observed number of bands in NIAS accessions, Chi square tests were carried out with df=1. *: Significant with 5% of confident interval  

24

Table Comparison of unchanged AFLP Loci between Original vs NIAS and Original vs PGRP 

No significant differences of AFLP loci between different genebanks 

Fig.  Disappearance of bands in wheat landraces at different loci 

Disappearance of bands observed in  12 accessions of PGRP 

Unintended selec&on might have occurred at PGRP 

25

NIAS

PGRP