laporan-2b-rekgen

5/11/2018 laporan-2b-rekgen - slidepdf.com

http://slidepdf.com/reader/full/laporan-2b-rekgen-55a230e7c8a49 1/6

LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA

LAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM)

KHAIRUL ANAM

P051090031/BTK

BIOTEKNOLOGI

SEKOLAH PASCASARJANA

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

2010

0



ISOLASI DAN IDENTIFIKASI DNA SEL MUKOSA

TUJUAN Praktikum

ini

bertujuan

untuk

mengetahui

dan

memahami

prinsip

dari

sidik

jari

DNA.

TINJAUAN PUSTAKA Sidik jari genetik merupakan salah satu contoh aplikasi untuk mengidentifikasi secara pasti

terdakwa kasus kriminal atau uji paternitas. Hanya untuk kembar identik, teknik ini tidak dapat

digunakan karena kembar identik memiliki gen yang identik. Dalam suatu kasus kriminal, sidik jari

genetik menyediakan bukti tentang identitas tersangka yang diduga sebagai pelaku kejahatan. Informasi

yang

lebih

tepat

mengenai

fitur

orang‐

orang

tersebut

(misalnya

warna

rambut

atau

bola

mata,

karakter,

dll) tidak dapat diperoleh menggunakan teknik ini. Sejumlah kecil sampel DNA, misalnya noda darah

pada gelas yang pecah, akar rambut atau air ludah dan sel‐sel yang terdapat pada sebatang rokok

misalnya, sudah cukup untuk digunakan dalam pemeriksaan sidik jari genetik. Bagaimanakah sebetulnya

sidikjari DNA ini dapat digunakan? Setiap manusia memiliki 46 kromosom, 23 dari ayahnya dan 23 dari

ibunya. DNA kita yang utuh mengandung kira‐kira 3 milyar pasang basa, tetapi hanya sejumlah kecil

yang dimanifestasikan atau sebagai cetak biru tubuh kita. Sisanya sebetulnya disebut sebagai DNA

“pengisi” yang belum diketahui fungsinya. Di tempat inilah ada beberapa situs yang memberikan

karakteristik bagi

masing

‐masing

invidu

karena

masing

‐masing

memiliki

panjang

yang

berbeda

‐beda.

Apabila kita mencermati situs ini, akan tampak suatu sidik jari genetik yang sangat akurat yang dapat

dibuat karena adanya perbedaan‐perbedaan dalam panjang situs‐situs tersebut (Anonim, 2009).

Pada praktikum kali ini kita hanya akan melihat satu situs dan panjangnya pada DNA kita. Situs

ini disebut lokus D1S80. Lokus D1S80 ini terletak pada kromosom 1 dan terdiri atas urutan‐urutan DNA

dengan ulangan (repeat) dan panjang yang sangat bervariasi untuk setiap orang. Contohnya :

AGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTC (10x) atau

AGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTC (6x)

Ulangan yang bervariasi ini menyebabkan perbedaan dalam panjang situs pada masing‐masing

orang. Ulangan‐ulangan dalam situs ini disebut lokus mikrosatelit. Urutan DNA disekitar lokus D1S80 ini

telah diketahui dan identik pada semua orang, bersifat universal (Sambrook 1989).

1



BAHAN DAN METODE KERJA Bahan

Bahan untuk isolasi DNA genom adalah sel mukosa, buffer lisis (SDS 2%, EDTA 10 mM), buffer

presipitasi (kalium asetat 8 M), larutan isopropanol dan etanol 70%.

Metode Isolasi DNA dari Sel Mukosa

Sel mukosa diperoleh dengan cara masing‐masing praktikan diminta untuk berkumur‐kumur

agak kuat agar sel mukosa pada langit‐langit mulut sedikit terlepas. Kemudian ambil 1,5 ml air kumur

lalu disentrifugasi pada kecepatan 3200 rpm selam 2 menit. Setelah disentrifugasi, buang supernatan

lalu ambil 1,5 ml air kumur dan disentrifugasi kembali dan buang supernatant. Pada pelet, ditambahkan

500 ul

buffer

lisis

yang

mengandung

SDS

2%,

EDTA

10

mM,

kemudian

dilakukan

resuspensi.

Pada

tahap

ini, diharapkan membran sel dapat lisis. Setelah diresuspensi, pada larutan ditambahkan 100 ul buffer

presipitasi yang mengandung kalium asetat 8 M di dalam es. Larutan disentrifugasi pada kecepatan

10.000 rpm selama 20 menit. Larutan supernatant diambil semaksimal mungkin (400 ul) lalu

ditambahkan larutan isopropanol 1x (360 ul) lalu diinkubasi di dalam es selama 5‐10 menit. Kemudian

larutan disentrifugasi pada kecepatan 10.000 rpm selama 20 menit. Supernatan dibuang lalu pelet

dibilas dengan menggunakan etanol 70% sebanyak 500 ul. Larutan disentrifugasi pada kecepatan 10.000

rpm selama 5 menit. Supernatan dibuang kemudian pelet dikeringkan dengan vakum. Pelet adalah DNA

mukosa.

PCR D1S80 PCR dilakukan menggunakan primer D1S80 mix spesifik dengan kondisi PCR sebagai berikut,

prePCR = 95°C, 5 menit; denaturasi = 95°C, 60 detik annealing = 63°C, 60 detik; extension = 72°C, 60

detik; post PCR = 68°C, 5 menit; penyimpanan = 15°C, 15 menit. Komposisi larutan PCR adalah DNA

dalam ddH2O = 5 ul, primer D1S80 2 ul, dNTP mix = 5 ul, buffer taq 50x = 1 ul dan air UV sampai dengan

50 ul. Produk PCR akan diidentifikasi menggunakan elektroforesis dengan gel agarose 2% dan buffer TBE

1x.

2



HASIL DAN PEMBAHASAN Hasil

Pada foto gel elektroforesis tidak terbentuk pita dari sumur produk PCR seperti yang terlihat

pada gambar 1.

Gambar 1. Foto gel agarose hasil elektroforesis isolasi DNA Genom sel mukosa

Pembahasan Sidik jari dna dimanfaatkan untuk mengidentifikasi personal, kasus paternitas, identifikasi pelaku

tindak kejahatan dan pelacakan sumber biologis dengan memanfaatkan material biologis yang tertinggal

baik banyak ataupun sedikit. Kelebihan dari sidik jari DNA ini adalah, sensitifitas dan spesifitasnya yang

tinggi karena

DNA

unik

dan

spesifik,

orang

yang

satu

dengan

orang

yang

lain

akan

berbeda

kecuali

bila

kembar identik. Pilihan sampel yang luas karena sampel bisa diambil dari material biologis apa saja, baik

itu sel mukosa, rambut, kulit, darah, air mani, meskipun hanya sedikit. Keuntungan lainnya adalah dapat

digandakan melalui proses amplifikasi dengan PCR. Selain itu, material biologis yang cenderung stabil

juga merupakan kelebihan tersendiri.

3



Pada praktikum kali ini, dicoba sel mukosa untuk mengidentifikasi personel dari tiap praktikan.

Sayangnya dari hasil elektroforesis tidak terbentuk pita dari smur manapun. Hal ini bisa dikarenakan

primer yang digunakan kurang baik dan berjumlah sangat sedikit sehingga tidak mampu mengamplifikasi

gen target.

Gambar 2.

(contoh)

Foto

hasil

elektroforesis

produk

PCR

DNA

disekitar

lokus

D1S80

(http://biology.clc.uc.edu/Fankhauser/Labs/Genetics/PCR/PCR_Protocol.htm)

Kemungkinan yang dapat terjadi apabila praktikum berjalan dengan baik adalah seperti yang

terlihat pada gambar 2. Pada gambar tersebut terlihat perbedaan jarak pita yang terbentuk dari masing‐

masing sampel. Perbedaan ini dapat menjadi ciri dari masing‐masing individu. Semakin banyak pita yang

4



5

terbentuk memiliki jarak yang sama, maka semakin dekat kekerabatan antara masing‐masing sampel

atau begitupun sebaliknya. Sehingga sidik jari DNA selain dapat dimanfaatkan untuk mengidentifikasi

individu juga dapat menentukan (perbedaan) spesies, penentuan sex dan pelacakan hubungan genetik.

SIMPULAN 1. Pemeriksaan sidik jari DNA memungkinkan kasus inkonklusif jadi konklusif.

2. Pemeriksaan sidik jari DNA memungkinkan dilakukannya pemeriksaan terhadap bahan yang

minim dan terdegradasi.

3. Pemeriksaan sidik jari DNA membuat beberapa pemeriksaan yang tidak dapat dilakukan menjadi

dapat dilakukan.

DAFTAR ACUAN Anonim. 2009. Laboratory Guide: Bridging University To High School: In Real Modern Biology.

Department of Biology, University of Kassel Germany. Bogor, 16‐20th November

Sambrook, J., Fritsch, E.F., and Maniatis, T. 1989. Molecular Cloning: A Laboratory manual (2nd edition).

Cold Spring Harbor Laboratory Press

http://biology.clc.uc.edu/Fankhauser/Labs/Genetics/PCR/PCR_Protocol.htm

Documents

laporan-2b-rekgen