Lin4NeuroへのFreeSurferのインストール

26/Dec/2017

根本清貴

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ライセンスの準備● https://surfer.nmr.mgh.

harvard.edu/registration.htmlからライセンスを申請してください

● 右のようなメールが届きます

● 添付されているlicense.txt を共有フォルダ “share” に保存してください

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ファイルのダウンロード

● ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/6.0.0/freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gzからファイルをダウンロードします（上記をクリックしてください）– 4.6GBあるのでしばらく時間がかかります

● ダウンロードした freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz を共有フォルダ “share” に保存してください

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Lin4Neuroの起動

パスワードはlin4neuro

です

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ホームディレクトリに移動

「ホーム」をダブルクリックしますこの中にFreeSurferの簡易インストーラーが

準備されています

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インストーラーの起動

「FreeSurferのインストール」をダブルクリックします

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インストールの開始

「FreeSurferのインストールをはじめていいですか？」

に対してyes

とタイプしてEnterキーを押してください

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ファイル・ライセンスの確認

インストーラーが自動で以下を行います

　1) ダウロードファイルが壊れていないか確認します　2) license.txtがあるかどうかを確認します

その後、パスワードを聞いてきますので、 lin4neuro とタイプしてください（パスワードは表示されません）

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/usr/local/freesurfer へのインストール

FreeSurferが/usr/local/freesurfer

にインストールされますインストールが終わったら自動で

ターミナルが閉じます

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インストールの確認

終わったらターミナルを起動してください左下のアイコンから起動できます

上記のように表示されればFreeSurferは正しくインストールされています

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FreeSurferの確認

さらに正しくインストールされている確認します。

fs_check_6.0.sh

とタイプしてEnterを押してくださいfs_check までタイプしてからTabキーを

押せば自動で補完されます

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FreeSurferのインストール

Freeviewが起動します。こんな画面になれば

バッチリです

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recon-all の修正（１）

● 現時点では、recon-allを使って共有フォルダで解析をするとエラーとなります– VirtualBoxではセキュリティの観点から、シンボリックリンクを作

成することを許可していないために起こるエラーです

● これを解決するために、 recon-all のプログラムの1行を少しだけ修正します

● 修正プログラムを準備してあるのでそれを実行します● 自動で recon-all に対して以下の変更がなされます

– 3620行の “ln -s” を “cp” に修正します● 修正前: set cmd2 = (ln -s $hemi.white.preaparc.$suffix $hemi.white.$suffix)

● 修正後: set cmd2 = (cp $hemi.white.preaparc.$suffix $hemi.white.$suffix)

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recon-all の修正（２）

ホームにある「recon-all修正」をダブルクリックします

ターミナルが起動して修正をはじめていいですか？と

聞かれるのでyes とタイプします

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recon-all の修正（３）

続いてパスワードを聞かれますので、lin4neuroとタイプします

その後、修正が行われ自動でターミナルが閉じます

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チュートリアルデータのダウンロード

チュートリアルで使うデータは、「ABiSデータのダウンロード」

から入手しますこれは別のドキュメントを

準備しますのでそちらをご覧ください

FreeSurferのセットアップ自体はこれでひとまず終了です