Linux: ¿Por qué y para qué?

José Ernesto Moro Rodríguez

Universidad Rey Juan Carlos

Curso de Microscopía Virtual,

Telepatología, e Informática Médica

Linus Benedict Torvalds 28/12/1962 Desarrolla el primer núcleo 5/10/1991 bajo licencia GPL GNU/Linux v. 0.0.1 Kernel actual 3.0.4 17/08/2011

Richard Matthew Stallman, Fundador del Movimiento del software libre, de la FSF y del Proyecto GNU

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¿Qué es GNU/Linux?

• Sistema operativo Unix-like que utiliza como base las herramientas de sistema de GNU y el núcleo Linux (v1.0 1994 a diciembre 2003 v2.6).

• Licencia Pública General

• Existe un gran número de Distribuciones de Linux.

• Una alternativa a los S.O comerciales.

• IBM, Hewlett-Packard y otros gigantes del mundo de la informática han adoptado Linux y apoyar su desarrollo en la actualidad.

• KDE y GNOME, OpenOffice.org (suite de ofimática) y el navegador web del proyecto Mozilla han contribuido a aumentar el número de aplicaciones para Linux.

• Adoptado en todo el mundo principalmente como una plataforma de servidor. http://www.linux.org/info/

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¿Qué es GNU/Linux?

• Existe un amplio Grupo de Usuarios de Linux en todo el mundo dispuestos a ayudarle a conocer este S.O.

• Cada día, el uso de Linux es cada vez mayor en todos los sectores de nuestra sociedad. En los siguientes enlaces encontrará información acerca de uso de Linux en el gobierno, la industria y las artes.

http://www.linux.org/info/

http://www.whylinuxisbetter.net/

(Portada de Business Week, Marzo 2003)

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¿Cuántos usuarios de Linux hay?

http://counter.li.org/

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¿Dónde usa la gente Linux?

http://counter.li.org/

http://futurist.se/gldt/

BUZZ Versión 1.1 ( 17 de junio de 1996 ) HAMM Versión 2.0 ( 24 de Julio de 1998 )‏

REX Versión 1.2 ( 12 de diciembre de 1996 ) SLINK Versión 2.1 ( 9 de Marzo de 1999)

BO Versión 1.3 ( 2 de Junio de 1997 ) POTATO Versión 2.2 ( 15 de Agosto de 2000)‏

WODDY Versión 3.0 ( 19 de Julio de 2002) ETCH Versión 4.0 ( 8 de Abril de 2007)‏

SARGE Versión 3.1 ( 6 de Junio de 2005) LENNY Versión 5.0 ( 15 de Febrero de 2009 )‏

SQUEEZE Versión 6.0 ( 6 de Febrero de 2011 )‏

SID (Nunca se publicara)‏

http://raphaelhertzog.com/2011/11/22/people-behind-debian-stefano-zacchiroli-debian-project-leader/

Stefano Zacchiroli – ZACK

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DebianMed

• Biología - Debian Med paquetes de microbiología

• Biología del desarrollo

• Gestión de contenidos

• Información médica

• Epidemiología

• Sistemas de información hospitalarios

• Imágenes - paquetes de imágenes de Debian Med

• Debian Med para desarrolladores de aplicaciones de imágenes médicas

• Laboratorio

• Farmacia

• Física médica

• Gestión de la práctica médica

• Estadística

• Herramientas

• Tipográfica - edición y composición tipográfica http://wiki.debian.org/DebianMed http://www.debian.org/devel/debian-med/ http://debian-med.alioth.debian.org/tasks/index

ImageJ

http://rsb.info.nih.gov/ij/

Aeskulap

http://aeskulap.nongnu.org

R Project

http://www.r-project.org/

GNUMed

http://gnumed.org/

WEKA

http://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka/

Zotero

http://www.zotero.org/

Project - Pier

http://www.projectpier.org/

Aeskulap

http://aeskulap.nongnu.org

R Project

http://www.r-project.org/

Zotero

http://www.zotero.org/

Project - Pier

http://www.projectpier.org/

Project - Pier

http://www.projectpier.org/

El terminal sigue vivo: Lista de comandos de GNU/Linux

http://eusalud.uninet.edu/?q=node/29

Linux en la Práctica de la Patología

http://eusalud.uninet.edu/?q=forum/1

Foros de Patología de la URJC

http://biopat.cs.urjc.es/conganat

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PATHO-L‏“Anybody having experience with Linux?”‏

Sachin Kale, MD. Aurangabad, Maharashtra, India Wed Nov 17 07:13:54 MST 2004

http://www.mailman.srv.ualberta.ca/pipermail/patho-l/2004-November/022449.html

• “ Impresionado porque una distribución de Linux detectó todos mi hardware incluida una cámara USB Coolpix y que con el programa Xine podía ver vídeos en una gran variedad de formatos ”. • “ Lo he tenido, pero me causa miedo utilizarlo ”. • “ Yo uso Linux (Mandrake) en un PC de antiguo. Estoy muy impresionado, utilizaba antes el mismo PC con Windows ME y fallaba cada 10 minutos. En cambio con Linux es muy estable ”. • “ La mayoría de las versiones del sistema operativo Linux son gratuitos y son menos vulnerables a virus y spyware “. • “ La cantidad de programas para linux que son muy buenos y “libres” es sorprendente. “

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PATHO-L‏“Anybody having experience with Linux?”

Sachin Kale, MD. Aurangabad, Maharashtra, India Wed Nov 17 07:13:54 MST 2004

http://www.mailman.srv.ualberta.ca/pipermail/patho-l/1999-October/007571.html

• “ La instalación resulta ahora mucho más fácil que años atrás ”. • “ Tiene una curva de aprendizaje, y si no estamos dispuestos a dedicarle algún tiempo para comprender sus trucos, puede fácilmente frustrarle ”. • “ El mayor problema con Linux viene en el reconocimiento de hardware, especialmente cuando es muy nuevo ”. • “ Es mucho más fiable - no tienes que reiniciar el sistema cada vez que hacer algo, p.e. instalar un nuevo programa o los drivers para un nuevo hardware “. • “ Actualmente hay más de 11 millones de usuarios de Linux en todo el mundo, con un crecimiento cada vez más rápido. “ • Etc ..

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Referencias bibliográficas

• Podemos calificar de anecdóticas, el número de referencias que se pueden encontrar en la literatura en las que se aborde el tema del Linux en Patología o Software Libre en Patología.

• PubMed "pathology + software": 6818 referencias (3397 corresponden a los cinco últimos años)

• PubMed "pathology + windows": 694 referencias

• PubMed "pathology + linux": 16 referencias

• PubMed "pathology + open source": 38 referencias

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Referencias bibliográficas: Análisis imagen

• Hasson U, Skipper JI, Wilde MJ, Nusbaum HC, Small SL. Improving the analysis, storage and sharing of neuroimaging data using relational databases and distributed computing. Neuroimage. 2008 Ene 15;39(2):693-706.

• du Bois d'Aische A, Craene MD, Geets X, Gregoire V, Macq B, Warfield SK. Efficient multi-modal dense field non-rigid registration: alignment of histological and section images. Med Image Anal. 2005 Dic ;9(6):538-46.

• Papadopulos F, Spinelli M, Valente S, Foroni L, Orrico C, Alviano F, Pasquinelli G. Common tasks in microscopic and ultrastructural image analysis using ImageJ. Ultrastruct Pathol. 2002 31(6):401-7.

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Ref. : Informes, gestión datos, extracción información

• Coden A, Savova G, Sominsky I, Tanenblatt M, Masanz J, Schuler K, Cooper J, Guan W, de Groen PC. Automatically extracting cancer disease characteristics from pathology reports into a Disease Knowledge Representation Model [Internet]. J Biomed Inform. 2008 Dic 27;

• Rubin DL, Desser TS. A data warehouse for integrating radiologic and pathologic data. J Am Coll Radiol. 2008 Mar; 5(3):210-7.

• Beckwith BA, Mahaadevan R, Balis UJ, Kuo F. Development and evaluation of an open source software tool for deidentification of pathology reports. BMC Med Inform Decis Mak. 2006; 612.

• Rubin A. An open pathology computer system. J Clin Pathol. 2004 Dic; 57(12):1252-3.

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Ref.: Informes, gestión datos, extracción información

• Mitchell KJ, Becich MJ, Berman JJ, Chapman WW, Gilbertson J, Gupta D, Harrison J, Legowski E, Crowley RS. Implementation and evaluation of a negation tagger in a pipeline-based system for information extract from pathology reports. Stud Health Technol Inform. 2004; 107(Pt 1):663-7.

• Berman JJ. Concept-match medical data scrubbing. How pathology text can be used in research. Arch Pathol Lab Med. 2003 Jun; 127(6):680-6.

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Referencias Bibliográficas: Telepatología

• Alfaro L, Roca MJ. Portable telepathology: methods and tools. Diagn Pathol. 2008; 3 Suppl 1S19.

• Brauchli K, Oberholzer M. The iPath telemedicine platform. J Telemed Telecare. 2005; 11 Suppl 2S3-7.

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Referencias Bibliográficas: Matrices de tejidos

• Della Mea V, Bin I, Pandolfi M, Di Loreto C. A web-based system for tissue microarray data management. Diagn Pathol. 2006; 136.

• Nohle DG, Ayers LW. The tissue microarray data exchange specification: a document type definition to validate and enhance XML data. BMC Med Inform Decis Mak. 2005; 512.

• Berman JJ, Edgerton ME, Friedman BA. The tissue microarray data exchange specification: a community-based, open source tool for sharing tissue microarray data. BMC Med Inform Decis Mak. 2003 May 23; 35.

• Coombes KR, Zhang L, Bueso-Ramos C, Brisbay S, Logothetis C, Roth J, Keating MJ, McDonnell TJ. TAD: a web interface and database for tissue microarrays. Appl Bioinformatics. 2002; 1(3):155-8.

Gracias por su atención

Anatomía Patológica URJC