mgr Monika Rak pokj C122 (2.0.27)tel. 12 664 6183monika.rak@uj.edu.plAsystenci grup:

dr hab. Jolanta Sroka pokj C121 (2.0.26)tel. 12 664 6143 jolanta.sroka@uj.edu.plBIOLOGIA KOMRKIhttp://biotka.mol.uj.edu.pl/zbkKoordynator wicze:

dr Marta Michalik pokj C118 (2.0.23)tel. 12 664 6144marta.michalik@uj.edu.pl

BIOLOGIA KOMRKIwiczenia - zasady zaliczenia: uczestniczenie w zajciach (dopuszczana 1 nieobecno usprawiedliwiona) przygotowywanie si na wiczenia (sprawdzanie wiadomoci - oceny czstkowe) kolokwium zaliczeniowe (test)Charakterystyka kursu: 30 godzin wykadw 60 godzin wiczeProwadzcy: wykady: prof. dr hab. Zbigniew Madeja dr Marta Michalik wiczenia: nauczyciele akademiccy ZBK doktoranci ZBKPodstawowe zasady BHP:- Zasady pracy w laboratorium o poziomie zagroenia biologicznego BL- 1- Zasady BHP w pracowni chemicznejOcena kocowa z kursu bdzie liczona jako:20% oceny z wicze80% oceny z egzaminu

Ocen z wicze wystawiamy na podstawie: redniej ocen czstkowych otrzymanych przez studenta w trakcie wicze (50%) oceny z kolokwium zaliczeniowego (50%)

http://biotka.mol.uj.edu.pl/zbk

Zalecana literatura: M. Pluta Mikroskopia optyczna rozdz. 8. Mikroskopia fazowo-kontrastowa. L. Appel, R. Kowalczyk - Mikroskop. Budowa i uytkowanie. B. Alberts i in.: Podstawy biologii komrki, PWN 2005; cz I, panel 1.1 dostpny podrcznik fizyki dowiadczalnej (dzia optyka- mikroskopy) instrukcje doczone do wiczeniaZakres materiau obowizujcy do wicze:-podstawowe pojcia optyki, charakterystyka fali wietlnej; -budowa mikroskopu wietlnego jasnego pola-powikszenie, zdolno rozdzielcza mikroskopu, apertura numeryczna,-rodzaje mikroskopw wietlnych- budowa i zasada dziaania mikroskopu kontrastowo-fazowego wiczenie ma na celu zapoznanie si z budow, zasad dziaania i prawidowym przygotowaniem mikroskopu wietlnego do pracy w trybie jasnego pola i kontrastu-fazowegoPODSTAWY MIKROSKOPII WIETLNEJ Budowa i dziaanie mikroskopu jasnego pola i kontrastowo-fazowego

KOMRKI EUKARIOTYCZNE W MIKROSKOPIE JASNEGO POLA I KONTRASTOWO-FAZOWYM; Barwienie cytochemiczne komrek wiczenie ma na celu zapoznanie si: - z zastosowaniem mikroskopu wietlnego z optyk do jasnego-pola oraz do kontrastu- fazowego- z metodami utrwalania i barwienia komrek zwierzcychZakres materiau, jaki naley przygotowa do wicze: Zastosowania mikroskopu wietlnego jasnego pola oraz kontrastowo-fazowego w badaniach biologii komrki Moliwoci wizualizacji struktury wewntrzkomrkowej komrek eukariotycznych w mikroskopie jasnego-pola i kontrastowo-fazowym- Utrwalanie i barwienie komrek zwierzcych: rne metody, ich zalety i ograniczenia- Okrelanie rzeczywistych wymiarw obiektw biologicznych

Zalecana literatura:B. Alberts i in.: Podstawy biologii komrki, PWN 2005, cz pierwsza, panel 1-1M. Pluta: Mikroskopia optyczna. Mikroskopia fazowo-kontrastowa.E. Kurczyska i D. Borowska-Wykrt: Mikroskopia wietlna w badaniach komrki rolinnej; rozdziay 2 i 3.

PODSTAWY MIKROSKOPII FLUORESCENCYJNEJ 1Barwienia przyyciowe organelli wewntrzkomrkowych mitochondriaendosomyHoechstDiOC6wiczenie ma na celu zapoznanie si: - z budow i dziaaniem mikroskopu fluorescencyjnego - wykorzystaniem barwnikw fluorescencyjnych do wizualizacji organelli w ywych komrkachZakres materiau, jaki naley przygotowa do wicze:- Budowa i zasada dziaania mikroskopu fluorescencyjnego- Zastosowanie fluorescencji w biologii komrki i diagnostyce klinicznej- Budowa i funkcje podstawowych organelli wewntrzkomrkowych komrki ssaka- Metody wizualizacji w komrce poszczeglnych organelli

Zalecana literatura:B. Alberts i in.: Podstawy biologii komrki, PWN 2005, cz druga, rozdziay 14 i 15M. Pluta: Mikroskopia optyczna. Mikroskopia fluorescencyjna, rozdzia 9 str. 473-517E. Kurczyska i D. Borowska-Wykrt: Mikroskopia wietlna w badaniach komrki rolinnej, rozdzia 4W. Kilarski: Strukturalne podstawy biologii komrki; rozdzia 1 i 4

oit.cm-uj.krakow.pl Muchomor sromotnikowy (m. zielonawy , Amanita phalloides) pl.wikipedia.orgfalloidynafluorochrom - TRITC (izotiocyjanian rodaminy) +Jak wykorzysta niebezpieczn trucizn do celw naukowych? czyli wizualizacja cytoszkieletu aktynowego w komrkach prawidowych (mysie fibroblasty linii 3T3) z hodowli in vitro za pomoc znakowanej fluorescencyjnie falloidyny!ZAGADNIENIA DO PRZYGOTOWANIA1) Organizacja cytoszkieletu aktynowego w miniach i komrkach nieminiowych2) Funkcje cytoszkieletu aktynowego w komrkach nieminiowych3) Biaka motoryczne zwizane z filamentami aktynowymi4) Rola maych biaek G w regulacji cytoszkieletu aktynowego

ZALECANA LITERATURAB. Alberts i in.: Podstawy biologii komrki, PWN 2005; cz II, rozdzia 17 red. J. Kawiak, M. Zabel: Seminaria z cytofizjologii, Wrocaw 2002; rozdzia 7 red. R Makuch i M. Rdowicz: Cytoszkielet; Kosmos, 2001, t.50, nr 3, str. 283-295 red. H. Strzelecka-Goaszewska: Motory molekularne, Kosmos, 2001, t.50, nr 4, str. 349-358; 375-390PODSTAWY MIKROSKOPII FLUORESCENCYJNEJ 2Budowa i funkcje cytoszkieletu barwienie F-aktyny

HODOWLE KOMREK in vitro ZAKRES MATERIAU OBOWIZUJCY DO WICZE:1. Hodowla komrek i tkanek in vitro. CYTOFIZJOLOGIA pod redakcj K.Ostrowskiego i J.Kawiaka. 1990; rozdz II, str 49-63;2. Wzrost komrek. CYTOFIZJOLOGIA pod redakcj K.Ostrowskiego i J.Kawiaka. 1990; rozdz X, str 345-65; 3. Metody bada budowy i funkcji komrek. SEMINARIA Z CYTOFIZJOLOGII pod redakcj J.Kawiaka i M.Zabla. 2002; rozdz 14, str 364-9;4. Oddziaywanie komrek z podoem i ssiednimi komrkami. PODSTAWY CYTOFIZJOLOGII pod redakcja J Kawiaka i wsp.. 1998. str. 488-5045. OBSUGA KOMORY BUERKERA6. Mammalian Cell Culture. Methods. Dieter F. Huelser.7. Materiay zawarte w instrukcjach do wicze. wiczenie ma na celu zapoznanie si z podstawowymi procedurami zwizanymi z hodowlami prawidowych i nowotworowych komrek in vitro

info.wiadomosci.gazeta.plwww.dziennikpolski24.plWykonanie bankowania (1), rozbankowania komrek (2), weryfikacja prawidowoci przeprowadzenia procedur (test witalnoci komrek).BANKOWANIE KOMREKvitalmedica.pl ZALECANA LITERATURAMolecular biology of the cell Fifth edition , Alberts, Johnson, Lewis, Raff, Roberts, Walter, Garland Science Taylor & Francis Group, Part III Chapter 8 Manipulating proteins, DNA, and RNA - Isolating cells and growing them in culture str. 501-510Hodowla komrek i tkanek pod redakcj Stanisawy Stokosowej, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2006 - rozdz. 1 str. 2-6, rozdz. 5 str. 45-50, rozdz. 6 str. 51-60, rozdz. 11 str. 140-152www.alcor.orgdoz.pl ZAGADNIENIA DO PRZYGOTOWANIAHodowla tkanek, jej rozwj i znaczenie dla rozwoju nauki.In vitro versus in vivo, zalety, ograniczenia, klasyfikacja hodowli tkanek.rodowisko hodowlane. Linie komrkowe. Bankowanie komrek.Cel wiczenia: zapoznanie z podstawowymi technikami bankowania komrek

TESTY WITALNOCI KOMREKwiczenie ma na celu praktyczne zapoznanie si z podstawowymi testami witalnoci wykorzystywanymi na co dzie w pracy laboratoryjnejZAGADNIENIA DO PRZYGOTOWANIA

1. Transport przez bon komrkow2. Testy witalnoci rodzaje, zastosowanie, ograniczenia3. Barwniki stosowane do wizualizacji struktur w komrkach ywych i utrwalonych

ZALECANA LITERATURA:

1. Instrukcja do wicze2. Seminaria z cytofizjologii Pod redakcj Jerzego Kawiaka i Macieja Zabla (rozdz.4 i 6).3. Podstawy cytofizjologii, Praca zbiorowa pod Redakcj J.Kawiaka, J.Mireckiej, M.Olszewskiej, J.Warchoa (rozdz.2 str 58-90 i rozdz.4 358-376)

WZROST KLONALNY KOMREK ZWIERZCYCH

ZAGADNIENIA DO PRZYGOTOWANIA:

Molekularne podstawy transformacji nowotworowej i tworzenia przerzutw.Hodowle komrek in vitro.Oddziaywanie komrek z podoem i ssiednimi komrkami, wzrost komrek napodoach staych i ppynnych.ZALECANA LITERATURA:B. Alberts. Podstawy biologii komrki. PWN 2005. rozdz. 21. J. Kawiak i in. Podstawy cytofizjologii. PWN 1995, rozdz. 29. B. Alberts. Molecular Biology of the cell. Garland Science 2002, rozdz. 23.

Wikszo komrek nowotworowych hodowanych in vitro, w przeciwiestwie do komrek prawidowych, nie wykazuje zalenoci wzrostu od przyczepienia do podoa.

Celem wiczenia jest zaoenie ppynnej hodowli komrek szczurzego misaka XC, anastpnie obserwacja powstaych kolonii.

PINOCYTOZAZAGADNIENIA DO PRZYGOTOWANIA:

1. Przebieg procesu endocytozy drogi transportu pcherzykowego w komrce (szlaki endocytarne; przedziay endosomalne)2. Rne mechanizmy endocytozy (fagocytoza, makropinocytoza, endocytoza przez pcherzyki otoczone klatryn, endocytoza przez kaweole)3. Znaczenie procesu endocytozy dla komrki zwierzcej i organizmuZALECANA LITERATURA:

B. Alberts i inni.- Podstawy Biologii Komrki, red. H. Kmity i P. Wojtaszka, PWN 2005; Rozdz.15. B. Alberts et al. Molecular Biology of the cell. 4th. Ed. Garland Science 2002, part IV/13. Strukturalne podstawy biologii komrki Transport pcherzykowy W. Kilarski, Warszawa 2003; rozdzia: 5.1.wiczenie ma na celu obserwacj (w mikroskopie kontrastowo-fazowym) zjawiska pinocytozy indukowanejzachodzcej w komrkach pierwotniakw (Amoeba proteus) oraz sprawdzenie czy aktywno pinocytozyzaley od czynnikw zewntrznych (skad jonowy poywki, pH).

WPYW ANESTETYKW NA RUCHLIWO KOMREK ZWIERZCYCHZalecana literatura:Podstawy Biologii Komrki. Wprowadzenie do Biologii Molekularnej. Alberts i wsp. Zakres materiau, ktry naley przygotowa do wicze:1. Mechanizm dziaania anestetykw.2. Aktywno ruchowa komrek nieminiowych.3. Cytoszkielet aktynowy i mikrotubularny - rola w migracji komrek; rola maych biaek G w regulacji cytoszkieletu i migracji.4. Rola jonw wapnia w migracji komrek.wiczenie ma na celu zapoznanie si z mechanizmami ruchu komrek zwierzcych oraz obserwacj wpywu etanolu i jonw wapnia na ruchliwo ameb.Amoeba proteus, by Wim van Egmond

FUZJA KOMREKto proces czenia si dwch lub wicej komrek w jedn struktur, podczas ktrego dochodzi do zlewania si bon, w wyniku czego powstaj struktury o nowych cechach i funkcjach.wiczenie ma na celu obserwacj zjawiska fuzji, przyczepionych do podoa komrek szczurzego misaka XC, wywoanej dziaaniem glikolu polietylenowego (PEG) o masie czsteczkowej 6000.Zakres materiau obowizujcy do wicze:Budowa bony komrkowej. Fuzja bon a fuzja komrek.Zjawisko fuzji komrek w procesach fizjologicznych.Metody fuzji komrek in vitro, warunki niezbdne do fuzji.Teorie tumaczce proces fuzji bon komrkowych, biaka fuzyjne. Praktyczne wykorzystanie zjawiska fuzji komrki mieszacowych wbadaniach naukowych, zastosowanie przeciwcia monoklonalnych.Zalecana literatura:

B. Alberts i in.: Podstawy biologii komrki, PWN 2005; cz II, rozdz. 11(str. 365-388), rozdz. 15 (str. 512-516). J. Kawiak, M. Zabel: Seminaria z cytofizjologii, Wrocaw 2002; rozdz. 6 (str. 127-141). Praca zbiorowa po redakcj J. Kawiaka: Podstawy cytofizjologii Warszawa 1998; cz II (str. 58-78). Praca zbiorowa pod redakcj J. Kawiaka i K. Ostrowskiego: Cytofizjologia, 1990; rozdz.2 (str. 56-58), rozdz. 13 (str. 406-408).

KOMUNIKACJA MIDZYKOMRKOWA Zcza szczelinowe zbudowane s z kompleksw biakowych tworzcych midzykomrkowe kanay, ktre cz przedziay cytoplazmatyczne ssiednich komrek. Kanay zcz zbudowane s z dwch koneksonw, heksamerw biaek z rodziny koneksyn Cel wiczenia: Zapoznanie si z prosta technik wizualizacji komunikacji midzykomrkowej za porednictwem zcz szczelinowych Zakres materiau, ktry naley przygotowa do wicze:1. Zasada dziaania mikroskopu fluorescencyjnego2. Test ywotnoci komrek z wykorzystaniem dwuoctanu fluoresceiny

Zalecana literatura:1. Instrukcje do wicze2. Alberts, Biologia komrki

*

Funkcja zcz szczelinowych

NH3+

E1

E2

1

2

3

4

COO_

Konekson

Kanay czce przedziay cytoplazmatyczne ssiednich komrek

(Eckert &Huelser, zmienione)

tworzenie kanaw czcych przedziay cytoplazmatyczne ssiednich komrek midzykomrkowa bierna wymianadobnoczsteczkowych metabolitw o masie poniej 1.5 kDa

*

Zastosowanie metod wirowania do rozdziau komrek ssaczych - SEPARACJA KOMREK W GRADIENCIE GSTOCIwiczenie ma na celu: Zapoznanie si z podstawowymi technikami separacji komrek zwierzcych oraz prb rozdzielenia komrek rnicych si gstoci wypornociow przy zastosowaniu wirowania w niecigym gradiencie gstociZakres materiau, ktry naley przygotowa do wicze:Zasady separacji komrekPodstawowe techniki separacji komrekSposoby weryfikacji czystoci otrzymanych frakcji.Zalecana literatura: 1. P.C. Turner, A.G. Mc Leeman, A.D. Bates, M.R.H. White Krtkie wykady- Biologia Molekularna (Sekcja A2- izolacjia organelli)2. Alberts, Podstawy Biologii Komrki od str 17 (jedno i rnorodno komrek)/ str 32-33 (panel)/ 160-161- (panel- rozbicie komrek i frakcjonowanie)

KOLOKWIUM ZALICZENIOWEWsplne dla wszystkich studentw uczestniczcych w kursieTermin i miejsce kolokwium do uzgodnieniaTestZakres materiau: zagadnienia omawiane na wiczeniach i zalecane do przygotowania na poszczeglne wiczenia