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8/18/2019 Microbiologia en IAAS
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Lectura 5: Microbiología en Prevención y Control de las IAAS / Profesora: Dra. Patricia García Cañete 1
Lectura 5: Microbiología en Prevención y Control de las IAASProfesora: Dra. Patricia García Cañete
Introducción
El laboratorio de microbiología tiene como rol fundamental contribuir en el diagnósticode las enfermedades infecciosas (ser capaz de identificar microorganismos a partir demuestras clínicas). También tiene un rol crucial en la prevención y control de las IAAS.
Rol de Laboratorio de Microbiología
Sus principales funciones son:
Aviso frente a Microorganismo (MO) Aviso frente a perfil de resistencia inusual Reporte selectivo de Agentes Antimicrobianos (AAM) Vigilancia de la resistencia Participar en el estudio de brotes Realizar la tipificación de cepas Participar en estudios de colonización: VRE-MRSA Participar en controles ambientales: agua-aire-superficies
Contenidos
IntroducciónMicroorganismos importantes en IAAS
Tinción de Gram
Microbiología y control de enfermedadesBacterias resistentes y relevancia epidemiológica
Funciones del laboratorio de microbiología en el control de las infecciones
Controles Ambientales
Referencias Bibliográficas
Laboratorio deMicrobiología
Identificación deMicroorganismo
Control deInfecciones
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Para esto es necesario:
Conocer los microorganismos importantes en IAAS y sus perfiles de resistencia.
Disponer de una buena muestra.
Dar aviso al Comité de Infecciones frente a perfiles de resistencia inusual.
Realizar el reporte selectivo de antimicrobianos.
Realizar la vigilancia de resistencia de microorganismos de importanciaepidemiológica.
Participar en el estudio de brotes.
Ser capaz de realizar la tipificación bacteriana.
Participar en los estudios de colonización y cultivos de vigilancia.
Participar en los controles ambientales.
Laboratorio de Microbiología
Identificación de microorganismos
Control de infecciones
Rol del laboratorio de microbiología: contribuir en el diagnóstico de lasenfermedades infecciosas (ser capaz de identificar microorganismos a partir demuestras clínicas).
Rol crucial en la prevención y control de las IAAS
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Microorganismos importantes en IAAS
Bacterias Virus Hongos Parásitos
Staphylococcusaureus
Rotavirus Candida albicans Giardia lamblia
Staphylococcuscoagulasa negativo
Virus Respiratoriosincicial
Candida spp Toxoplasma
Enterococcus spp VIH- Hepatitis B y C Cryptococcus Trypanosoma cruzi
Pseudomonasaeruginosa
Adenovirus Aspergillus
Acinetobacter
baunannii Virus Infuenza A y B Mucor
Klebsiella -Escherichia coliSerratia-Enterobacter-Citrobacter
Virus Varicela
La importancia de los microorganismos en IAAS radica en:
Capacidad de sobrevivir en el ambiente
Capacidad de colonizar al personal de salud
Capacidad de transmitirse por el aire
Capacidad de ser resistente a antisépticos y antimicrobianos
Capacidad de transmitirse por sangre o fluidos corporales
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Tinción de Gram
Tinción permite clasificar a las bacterias en Gram (+) y Gram (-)
Según su: Afinidad tintorial: Gram positivo (azul) o negativo (rojo).
Forma bacteriana: coco-bacilo-cocobacilo-curvo-espirilo. Disposición bacteriana: racimo-cadena-diplo.
Diplococo Gram (-):Neisseria
Cocáceas Gram (+) en racimo:Staphy lococcus
Cocáceas Gram (+) en cadena:Streptococcus Bacilos Gram (-)
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Microbiología y control de enfermedades
Para identificar microorganismos a partir de muestras clínicas
Es clave disponer de una buena muestra
Requisitos Indicación de la toma de la muestra (responsabilidad médica). Identificación correcta del paciente y del médico. Precisar del sitio de obtención de la muestra. Que provenga del sitio de infección.
Estos requisitos de la toma de la muestra deben especificarseen un Manual de Toma de Muestras, escrito en conjunto con
enfermería
La identificación de microorganismos por parte del laboratorio de Microbiologíacontribuye también en la calidad de la vigilancia epidemiológica.
En Chile aproximadamente un 60% de las IAAS tiene respaldo microbiológico.
La recuperación de microorganismos permite también conocer la susceptibilidad alos antimicrobianos
Cada vez existe más resistencia bacteriana y bacterias multiresistentes
Bacterias resistentes y relevancia epidemiológica
Importancia Tratamiento
VISA - GISA + LinezolidSynercid
VRE Van BVRE Van A
+++ TeicoplaninaLinezolid Synercid
Enterobacterias productoras BLEE* ++++ Carbapenemicos
Enterobacterias Amp C ++++ Carbapenemicos
P. aeruginosa pan-resistente ++ Colistin
Acinetobacter baumanii pan-resistente ++ Colistin
*Beta lactamasa de espectro extendido.
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Fuente: Centres for Disease Control and Prevention. Laboratory capacity to detectantimicrobial resistence. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2000; 48: 1167-70
Participar en el estudio de brotes
El Laboratorio participa en el estudio de brotes:
- Los brotes aportan menos del 3% de las IAAS notificadas enel país.
- Los brotes son una situación de emergencia en el manejo delas IAAS porque en corto tiempo se produce un número decasos no esperados que requiere intervenciones especiales,investigación y reasignación de recursos humanos ymateriales.
Ver Grafico 1: Brotes epidémicos de IAAS notificados Chile1987-2004
Fuente: Informe de vigilancia epidemiológica de las infecciones intrahospitalarias2004, MINSAL
CTX
CTX/CLAV
CAZ
CAZ/CLAV
Un laboratorio que realizaadecuada vigilancia de
microorganismos,generalmente da la alerta de
un posible brote.
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Estudio de Brotes
Tabla1: Brotes notificados por agente etiológico 2004Fuente: Informe de vigilancia epidemiológica de las infecciones intrahospitalarias 2004,MINSAL
Note que si bien la frecuencia en todo el país es baja, la letalidad de los brotes es alta.Observe que la mayoría de los brotes pediátricos son por agentes virales versus losbrotes en adultos que son por bacterias.
Rol de Laboratorio de microbiología en las etapas de un brote
Etapa 1: Identificar elProblema
- Definición de caso- Buscar casos adicionales- Calcular tasas
Rol del Laboratorio - Vigilancia de laboratorio:- Comunicación al Comité de Infecciones- Confirmar identificación y susceptibilidad- Guardar datos- Guardar cepas
Etapa 2: Caracterizar elBrote
Quién- Cómo-Cuándo-Dónde
Rol del Laboratorio - Caracterizar cepas:- Métodos fenotípicos- Métodos genotípicos- N° y distribución de las cepas del brote
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Etapa 3: Considerarposibles causas
- Definir modo de transmisión- Identificar posibles reservorios- Identificar posibles vectores
Rol del Laboratorio - Conducir estudios complementarios: Obtenermuestras especiales: personal- pacientes-
ambientales- Seleccionar nuevas cepas por características
fenotípicas- Comparar cepas con cepa índice
Etapa 4: Control del Brote - Definir e implementar medidas de control- Evaluar eficacia de medidas de control
Rol del Laboratorio - Ajustar los procedimientos al Control deinfecciones
- Continuar vigilancia y el almacenaje de cepas- Mantener comunicación
La causa identificada por los hospitales en el 50% de los brotes notificados fue quiebrede técnicas de atención directa, en 25 % se identificó transmisión por las manos y en el
25% restante se atribuyeron los brotes a hacinamiento y falla de aislamiento depacientes.
Realizar la tipificación de cepas
El laboratorio debe ser capaz de realizar la tipificación bacteriana
Es clave saber si dos microorganismos corresponden o no a un clon.Esto tiene implicancias pues si son clonales, el principal mecanismos de transmisión es
por quiebre en las medidas de atención de salud.
Indicaciones de realizar tipificación bacteriana
SITUACION UTILIDAD
Clínica Infección vs contaminaciónRecaída-reinfección
Microbiológica Comparación de cepas
Epidemiológica Estudio de brotesMecanismos de transmisión
Fuente: Clinical Microbiology Reviews, Julio 2006, p. 512-530
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Técnicas fenotípicas de tipificación. Comparación de los sistemas
SistemaTipificación
% cepastipificables
Reproducibilidad Discriminación
Análisis plasmidial Mayoría Buena Alto
PCR-AP Todas Buena Alto
PFGE Todas Excelente Muy alto
Secuenciación Todas Excelente Muy alto
Fuente: Clinical Microbiology Reviews, Julio 2006, p.512-530.
Criterios de interpretación patrones de PFGE
Categoría N° de diferenciasgenéticascomparadas con lacepa del brote
N° de diferenciasen los fragmentoscomparados con elpatrón del brote
Interpretaciónepidemiológica
Indistinguible 0 0 La cepa en estudioes parte del brote
Cercanamenterelacionado
1 2-3 La cepa en estudioes probablementeparte del brote
Posiblementerelacionado
2 4-6 La cepa en estudioes posiblementeparte del brote
Diferente 3 7 La cepa en estudiono es parte del brote
Fuente: Journal of Clinical Microbiology, Sept. 1995, p. 2233-2239
PFGE
- Fragmentos de macro-restricción- Evalúa > 90% DNA cromosomal- Lento (5-7 días)
- Laborioso- Caro- Equipamiento especial
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Detección de brote intrahospitalario
Brotes VRE-MRSA-Serratia marscescens Pseudobacteriemias por Ocrobactrum anthropi Bacteriemia post-transfusional por Pseudomonas fluoerescens Diseminación policlonal de Pseudomonas aeruginosa R a carbapenémicos
Participar en estudios de colonización: VRE-MRSA
El laboratorio debe participar en los estudios de colonización y cultivos devigilancia
Debe definir claramente en un protocolo la selección de:
Microorganismo Sitios a cultivar Población a vigilar
Se debe:
Establecer interpretación de los resultados Utilización de los datos Re-evaluación periódica para evaluar impacto epidemiológico
Análisis epidemiológicoEvaluación microbiológica
Tipificación bacteriana
CLONALIDAD MULTIPLES CLONES
Evaluación utilización AAM
Refuerzo de educación
Estudio de BroteIntervención
Refuerzo de educación
Epidemiólogo- Infectólogo
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Participar en controles ambientales: agua-aire-superficies
El laboratorio debe participar en los controles ambientales:
Indicaciones:
Cuando existe evidencia de asociación entre ambiente e infección.
Existe un plan diseñado por el Comité de Infecciones. Los resultados de los cultivos deben tener impacto directo en el plan. Basados en referencia de la literatura.
Consideraciones:
La decisión es tomada por el Comité de Infecciones. No existen estándares internacionales de cómo efectuarlos. Muestreos arbitrarios solo conducen a:
Subir costos Consumidor de tiempo Intervenciones innecesarias
Controles Ambientales
¿Qué se puede controlar?
Cultivos del ambiente Cultivos al personal de salud Cultivos a la probable fuente del brote
Procedimiento para los controles ambientales:
1. Disponer de información de la literatura.
2. Definir localización y accesibilidad de zona de muestreo.
3. Definir toma de la muestra, transporte y método microbiológico.
4. Definir muestras de control.
5. Resultados esperados según clasificación Spaulding.
6. Disponer un Plan preliminar de acciones correctivas.
Rol del Laboratorio de Microbiología
1. Aviso frente a MO Aviso frente a perfil de resistencia inusual2. Reporte selectivo de AAM
3. Vigilancia de la resistencia
4. Participar en el estudio de brotes
5. Realizar la tipificación de cepas
6. Participar en estudios de colonización: VRE-MRSA-BLEE-KPC
7. Participar en controles ambientales: agua-aire-superficies
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Referencias bibliográficas
Centres for Disease Control and Prevention. Laboratory capacity to detect
antimicrobial resistence. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2000; 48: 1167-70
Clinical Microbiology Reviews, Julio 2006, p.512-530
Epidemiologic and Infection Control Microbiology JM Miller In Clinical
Microbiology Procedures Handbook, 2nd Ed. HD Isenberg 2004
Hacek DM et al.Am J Clin Pathol 1999;111;647-654
Informe de vigilancia epidemiológica de las infecciones intrahospitalarias 2004,
MINSAL
Journal of Clinical Microbiology, Sept. 1995, p. 2233-2239