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Microbiologie
Formation correspondants 2010
Dr C. Simac
Écologie
répartition des micro-organismes responsables d'IAS (ENP 2006)
bactéries
virus
parasit/myco
Cellule animale
bactérie myces virus
noyau eucaryote procaryote eucaryote
Acides nucléiques
ADN
ARN
ADN
ARN
ADN
ARN
ADN OU ARN
reproduction
mitose mitose Bourgeonnement -
sexuée
Cellule hôte
Origine des microorganismes
Flore endogène : flore propre à l’individu (flore cutanée, muqueuse, digestive…)
Flore exogène :Autre individu : soignant, patientEnvironnement : eau, air, surfaces…
Classification « fonctionnelle » des µ-org
Pathogène stricte
commensales saprophytes
réservoir Homme malade Homme sain (flore)
environnement
pathogénicité +++
intrinsèque
- à +
potentielle
- à +
limitée
Type d’infection :
Communautaire ++ +++ +
Nosocomiale + +++ ++
Professionnelle +++ + +
exemples M tuberculosis
virus
E coli, SA
Candida
Paeruginosa, Legionelles
Aspergillus
Réservoir :Patient
Personnelenvironnement
µ-org :Bactérie, virus, champignons..
Receveur :patient
transmission
Classification des virus
Acide nucléique : ADN – ARN Enveloppe ou non : virus nus beaucoup
plus résistants Forme : cylindrique, cubique, hélicoïdale
Diagnostic : culture difficile (cellules), PCR, sérologie
VIRUS Transmission par le sang et liq biologique :
Hépatites B et C, HIV, CMV……
Transmission respiratoire :
VRS, RhinoV, VZV, grippe…
Transmission par contact cutanéo-muqueux
Herpesv, VZV, AdénoV (kératoconjonctivite)….
transmission par voie digestive :
RotaV….
Transmission interhumaine
TTT lourds (anti-viraux), vaccins
Parasites et champignons
Parasites : Ectoparasites : poux, gale, puces…Transmission inter-humaine (poux – gale…)Environnement : poux de poules….Transmission – épidémie – traitement
contraignant en cas d’épidémie
Champignons :Levures : Candida albicans….Ch. filamenteux : Aspergillus
Champignons Environnement : Aspergillus,
Pneumopathies Infections systémiques graves ISO
Flore endogène : Candida Infections localisées Infections généralisés
BACTERIES
répartition des bactéries les plus isolées d'IAS (ENP 2006)
Ecoli
autre Enterobacterie
Enterobacter
Enterocoque
Staph blancs
Staph aureus
Proteus mirabilis
Klebsiella
pyoAcineto
baumannii Clostridium difficile
Staph aureus : 19 %Ecoli : 25 %Pyo = P aeruginosa : 11 %
Classification des bactéries
Forme : Cocci Bacilles
Propriétés tinctoriales : GRAM Gram + Gram –
Pouvoir respiratoire : Aérobie Anaérobie Aéro-anaérobies
Cocci à Gram +
Staphylocoques Aureus Epidermidis Autre Staph blanc
Streptocoques Strepto A Strepto B Pneumocoque Autre Strepto
Enterocoque
Bacilles à Gram +
Corynébactéries Anaérobie : Clostridium difficile
Bacilles gram -
Enterobactéries : Ecoli Klebsiella Enterobacter Proteus Salmonelles, ….
Autres BGN : P aeruginosa A baumannii Haemophilus… Legionella
Gram + Gram -
cocci Staph
Strepto
Neisseria
bacilles Listeria
Clostridium
Pseudomonas
Entérobactéries
Acinetobacter
Légionelles
Autres bactéries :
Peu concernés par les IAS Mycobactéries Chlamydiae Mycoplasmes
BACTERIES
répartition des bactéries les plus isolées d'IAS
Ecoli
autre EB
Enterobacter
Enterocoque
Staph blancs
Staph aureus
Proteus mirabilis
Klebsiella
pyoAbau CD
CG+
BG-
BG+
Corps humain : 1013 cellules – 1014 bactéries
Peau : StaphylocoquesCoryne…
Flore digestive :Enterobactéries,Ana (CD)Enterocoque…
VAS : Strepto, Neisseria, ana…
Flore génitale :Lactob, strepto,enteroB…
Flore endogène
Principales espèces
S aureus : Habitat : flore cutanée (nez) Infections sur matériel (KT, SU, prothèse…) ISO, pneumopathies, infect° cutanée….
S epidermidis Habitat : Flore cutanée ILK, ISO (os)….
Clostridium difficile : Habitat : Flore digestive colite
enterocoque Habitat : Flore digestive IU, septicémie, inf abdominales, (ISO…)
E coli :Habitat : Flore digestive, génitale IU, septicémie (ISO, inf° cut-muq…)
Autres entérobactéries : Kpne, E aerogenes, E cloacae, Proteus mirabilis…)
Habitat : Flore digestive IU, septicémie, pneumoP (ISO, inf° cut-
muq…)
Pseudomonas aeruginosaHabitat : EnvironnementPeu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau…
Acinetobacter baumannii :Habitat : Environnement / peauPeu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau…
Les bactéries multirésistantes (BMR)
définition
Les bactéries sont dites multirésistantes aux antibiotiques (BMR) lorsque, du fait de l'accumulation des résistances naturelles et acquises, elles ne sont plus sensibles qu'à un petit nombre d'antibiotiques habituellement actifs en thérapeutique.
Les principales BMR
SA résistant à la méticilline (SARM) S aureus résistant aux glycopeptides Entérobactéries résistant aux C3G (BLSE) P aeruginosa résistant à la ceftazidime Entérocoque résistant à la vancomycine A baumannii résistant aux βlactamines
Risques liés aux BMR
Virulence proche souches sauvages Mais erreur TTT +++ Impasses TTT Diffusion +++ Coût +++ Transfert de résistances
SARM en Europe 2002 (EARSS)
Pas de données
< 1 %
1 à 5 %
10 à 25 %
25 à 50 %
> 50 %
5 à 10 %
EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl
Pas de données
< 1 % 1 à 5 %
10 à 25 %
25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl
5 à 10 %
P aeruginosa CAZ R en Europe 2005 (EARSS)
Pas de données
< 1 %
1 à 5 %
10 à 25 %
25 à 50 %
> 50 %
5 à 10 %
EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl
E coli C3G R en Europe 2005 (EARSS)
Pas de données
< 1 %
1 à 5 %
10 à 25 %
25 à 50 %
> 50 %
5 à 10 %
EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl
E faecium VancoR en Europe 2005 (EARSS)
Pas de données
< 1 %
1 à 5 %
10 à 25 %
25 à 50 %
> 50 %
5 à 10 %
EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl
Maitrise des BMR
Limiter l’apparition des BMR :Bon usage des antibiotiques : le bon Atb à la
bonne dose, au bon momentLimiter l’utilisation des ATB, à l’hôpital et en
ville
Maitrise des BMR
Limiter la diffusion des BMRPrécautions standard+/- précautions complémentairesDépistageSignalementUtilisation des SHA
Exemple de BMR : E coli
sauvage BLSE :Diminution du Ø d’inhibition« bouchon de champagne »
Exemple de BMR :P aeruginosa
sauvage
Multi R
Surveillance des IAS
Coût des IAS
Coût humain : 5 à 10 % des patients hospitalisés ≈ 4000 DC par an en France
Coût économique Direct : 300 à 700 M € / an
75 % : ↑ hospitalisation 20 % : antibiotique 5 % : biologie
Indirect ?
Surveillance épidémiologique
Définition : Système d ’information consistant à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre de programmes de prévention.
BUTS : Il est utilisé comme outil d’évaluation et de réduction du risque infectieux. Il permet de définir des objectifs quantifiés de prévention
Programme de prévention
Étape diagnostic = identification du problème (surveillance)
Étape « Thérapeutique » : mise en place de mesures correctives, protocoles, formations…
Étape de suivi : Audit : évaluation des pratiquessurveillance des IN : évaluation des résultats
Pourquoi surveiller
détecter et quantifier un risque
Détecter les événements inhabituels = outil d’alerte
Détecter les dérives = outil de vigilance
Évaluer les mesures mises en place = outil d’évaluation
définir des priorités, des objectifs
améliorer la qualité des soins
Sensibiliser l’ensemble du personnel
Comment surveiller les IAS
Indicateurs simples et pertinents Méthode rigoureuse :
Définir la période : continue, discontinue Avoir un (des) référentiel(s) Définir :
les IN surveillées Les actes à risque Les patients La population de l’étude (numérateur)…
Les enquêtes
Prévalence :Photographie à un instant (réservoir)Enquête « un jour donné » = transversale
Incidence :Film (durée)Évolution = longitudinale
Les enquêtes
Patient 1
Patient 2
Patient 3
Patient 4
Patient 5
Patient 6
Patient 7
t0t1
PP = 2/4 I = 3/7
Taux de prévalence = nbre de cas / nbre patients présents X 100
Taux d’incidence = nbre de Nx cas / nbre JH X 1000 (ou
nbre de patients présents X 100)
prévalence
Enquête un jour donné, transversale Inclus tous les cas « actifs » Peu précise, estimat° des IN Ne permet pas de voir les bouffées
épidémiques Facile à mettre en œuvre sensibilise
incidence
Surveillance longitudinale : au moins 3 mois ou 100 patients inclus
Détermination plus précise des IN Bouffées épidémiques Identification des facteurs de risque Très lourde, temps +++
prévalence incidencedéfinition Enregistrement un jour
donné des IN actives chez
tous les patients présents
(ancien + nouveaux cas)
Enregistrement continue de tous
les nx cas d’IN survenant dans
une population donnée, pendant
une période donnée
Type d’étude
Évalue un réservoir Mesure la vitesse d’apparition de
l’infection
transversale Longitudinale et prospective
Période courte (1j) Période longue (3 mois ou 100
patients)
Non exhaustive (échantillon) exhaustive
réseaux
Surveillance globale Surveillance ciblée sur une population à risque ou un
facteur de risque : Ex : taux d’incidence des IU rapporté à 100 jours de sondage Ex : prévalence des ISO / 100 patients opérés
Participation à un réseau de surveillance (CCLIN SE) : BMR, réa, bactériémies, mater, dialyse, ISO, AES… Méthodologie Comparaison Transparence
BMR CCSE : évolution de l’incidence (‰JH)
des infections à BMR de 2000 à 2005
0
0,1
0,2
0,3
0,4
0,5
0,6
0,7
0,8
2000 2001 2002 2003 2004 2005
SARm
PARC
ERC