Microbiologie

Formation correspondants 2010

Dr C. Simac

Écologie

répartition des micro-organismes responsables d'IAS (ENP 2006)

bactéries

virus

parasit/myco

Cellule animale

bactérie myces virus

noyau eucaryote procaryote eucaryote

Acides nucléiques

ADN

ARN

ADN

ARN

ADN

ARN

ADN OU ARN

reproduction

mitose mitose Bourgeonnement -

sexuée

Cellule hôte

Origine des microorganismes

Flore endogène : flore propre à l’individu (flore cutanée, muqueuse, digestive…)

Flore exogène :Autre individu : soignant, patientEnvironnement : eau, air, surfaces…

Classification « fonctionnelle » des µ-org

Pathogène stricte

commensales saprophytes

réservoir Homme malade Homme sain (flore)

environnement

pathogénicité +++

intrinsèque

- à +

potentielle

- à +

limitée

Type d’infection :

Communautaire ++ +++ +

Nosocomiale + +++ ++

Professionnelle +++ + +

exemples M tuberculosis

virus

E coli, SA

Candida

Paeruginosa, Legionelles

Aspergillus

Réservoir :Patient

Personnelenvironnement

µ-org :Bactérie, virus, champignons..

Receveur :patient

transmission

Classification des virus

Acide nucléique : ADN – ARN Enveloppe ou non : virus nus beaucoup

plus résistants Forme : cylindrique, cubique, hélicoïdale

Diagnostic : culture difficile (cellules), PCR, sérologie

VIRUS Transmission par le sang et liq biologique :

Hépatites B et C, HIV, CMV……

Transmission respiratoire :

VRS, RhinoV, VZV, grippe…

Transmission par contact cutanéo-muqueux

Herpesv, VZV, AdénoV (kératoconjonctivite)….

transmission par voie digestive :

RotaV….

Transmission interhumaine

TTT lourds (anti-viraux), vaccins

Parasites et champignons

Parasites : Ectoparasites : poux, gale, puces…Transmission inter-humaine (poux – gale…)Environnement : poux de poules….Transmission – épidémie – traitement

contraignant en cas d’épidémie

Champignons :Levures : Candida albicans….Ch. filamenteux : Aspergillus

Champignons Environnement : Aspergillus,

Pneumopathies Infections systémiques graves ISO

Flore endogène : Candida Infections localisées Infections généralisés

BACTERIES

répartition des bactéries les plus isolées d'IAS (ENP 2006)

Ecoli

autre Enterobacterie

Enterobacter

Enterocoque

Staph blancs

Staph aureus

Proteus mirabilis

Klebsiella

pyoAcineto

baumannii Clostridium difficile

Staph aureus : 19 %Ecoli : 25 %Pyo = P aeruginosa : 11 %

Classification des bactéries

Forme : Cocci Bacilles

Propriétés tinctoriales : GRAM Gram + Gram –

Pouvoir respiratoire : Aérobie Anaérobie Aéro-anaérobies

Cocci à Gram +

Staphylocoques Aureus Epidermidis Autre Staph blanc

Streptocoques Strepto A Strepto B Pneumocoque Autre Strepto

Enterocoque

Bacilles à Gram +

Corynébactéries Anaérobie : Clostridium difficile

Bacilles gram -

Enterobactéries : Ecoli Klebsiella Enterobacter Proteus Salmonelles, ….

Autres BGN : P aeruginosa A baumannii Haemophilus… Legionella

Gram + Gram -

cocci Staph

Strepto

Neisseria

bacilles Listeria

Clostridium

Pseudomonas

Entérobactéries

Acinetobacter

Légionelles

Autres bactéries :

Peu concernés par les IAS Mycobactéries Chlamydiae Mycoplasmes

BACTERIES

répartition des bactéries les plus isolées d'IAS

Ecoli

autre EB

Enterobacter

Enterocoque

Staph blancs

Staph aureus

Proteus mirabilis

Klebsiella

pyoAbau CD

CG+

BG-

BG+

Corps humain : 1013 cellules – 1014 bactéries

Peau : StaphylocoquesCoryne…

Flore digestive :Enterobactéries,Ana (CD)Enterocoque…

VAS : Strepto, Neisseria, ana…

Flore génitale :Lactob, strepto,enteroB…

Flore endogène

Principales espèces

S aureus : Habitat : flore cutanée (nez) Infections sur matériel (KT, SU, prothèse…) ISO, pneumopathies, infect° cutanée….

S epidermidis Habitat : Flore cutanée ILK, ISO (os)….

Clostridium difficile : Habitat : Flore digestive colite

enterocoque Habitat : Flore digestive IU, septicémie, inf abdominales, (ISO…)

E coli :Habitat : Flore digestive, génitale IU, septicémie (ISO, inf° cut-muq…)

Autres entérobactéries : Kpne, E aerogenes, E cloacae, Proteus mirabilis…)

Habitat : Flore digestive IU, septicémie, pneumoP (ISO, inf° cut-

muq…)

Pseudomonas aeruginosaHabitat : EnvironnementPeu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau…

Acinetobacter baumannii :Habitat : Environnement / peauPeu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau…

Les bactéries multirésistantes (BMR)

définition

Les bactéries sont dites multirésistantes aux antibiotiques (BMR) lorsque, du fait de l'accumulation des résistances naturelles et acquises, elles ne sont plus sensibles qu'à un petit nombre d'antibiotiques habituellement actifs en thérapeutique.

Les principales BMR

SA résistant à la méticilline (SARM) S aureus résistant aux glycopeptides Entérobactéries résistant aux C3G (BLSE) P aeruginosa résistant à la ceftazidime Entérocoque résistant à la vancomycine A baumannii résistant aux βlactamines

Risques liés aux BMR

Virulence proche souches sauvages Mais erreur TTT +++ Impasses TTT Diffusion +++ Coût +++ Transfert de résistances

SARM en Europe 2002 (EARSS)

Pas de données

< 1 %

1 à 5 %

10 à 25 %

25 à 50 %

> 50 %

5 à 10 %

EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl

Pas de données

< 1 % 1 à 5 %

10 à 25 %

25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl

5 à 10 %

P aeruginosa CAZ R en Europe 2005 (EARSS)

Pas de données

< 1 %

1 à 5 %

10 à 25 %

25 à 50 %

> 50 %

5 à 10 %

EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl

E coli C3G R en Europe 2005 (EARSS)

Pas de données

< 1 %

1 à 5 %

10 à 25 %

25 à 50 %

> 50 %

5 à 10 %

EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl

E faecium VancoR en Europe 2005 (EARSS)

Pas de données

< 1 %

1 à 5 %

10 à 25 %

25 à 50 %

> 50 %

5 à 10 %

EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl

Maitrise des BMR

Limiter l’apparition des BMR :Bon usage des antibiotiques : le bon Atb à la

bonne dose, au bon momentLimiter l’utilisation des ATB, à l’hôpital et en

ville

Maitrise des BMR

Limiter la diffusion des BMRPrécautions standard+/- précautions complémentairesDépistageSignalementUtilisation des SHA

Exemple de BMR : E coli

sauvage BLSE :Diminution du Ø d’inhibition« bouchon de champagne »

Exemple de BMR :P aeruginosa

sauvage

Multi R

Surveillance des IAS

Coût des IAS

Coût humain : 5 à 10 % des patients hospitalisés ≈ 4000 DC par an en France

Coût économique Direct : 300 à 700 M € / an

75 % : ↑ hospitalisation 20 % : antibiotique 5 % : biologie

Indirect ?

Surveillance épidémiologique

Définition : Système d ’information consistant à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre de programmes de prévention.

BUTS : Il est utilisé comme outil d’évaluation et de réduction du risque infectieux. Il permet de définir des objectifs quantifiés de prévention

Programme de prévention

Étape diagnostic = identification du problème (surveillance)

Étape « Thérapeutique » : mise en place de mesures correctives, protocoles, formations…

Étape de suivi : Audit : évaluation des pratiquessurveillance des IN : évaluation des résultats

Pourquoi surveiller

détecter et quantifier un risque

Détecter les événements inhabituels = outil d’alerte

Détecter les dérives = outil de vigilance

Évaluer les mesures mises en place = outil d’évaluation

définir des priorités, des objectifs

améliorer la qualité des soins

Sensibiliser l’ensemble du personnel

Comment surveiller les IAS

Indicateurs simples et pertinents Méthode rigoureuse :

Définir la période : continue, discontinue Avoir un (des) référentiel(s) Définir :

les IN surveillées Les actes à risque Les patients La population de l’étude (numérateur)…

Les enquêtes

Prévalence :Photographie à un instant (réservoir)Enquête « un jour donné » = transversale

Incidence :Film (durée)Évolution = longitudinale

Les enquêtes

Patient 1

Patient 2

Patient 3

Patient 4

Patient 5

Patient 6

Patient 7

t0t1

PP = 2/4 I = 3/7

Taux de prévalence = nbre de cas / nbre patients présents X 100

Taux d’incidence = nbre de Nx cas / nbre JH X 1000 (ou

nbre de patients présents X 100)

prévalence

Enquête un jour donné, transversale Inclus tous les cas « actifs » Peu précise, estimat° des IN Ne permet pas de voir les bouffées

épidémiques Facile à mettre en œuvre sensibilise

incidence

Surveillance longitudinale : au moins 3 mois ou 100 patients inclus

Détermination plus précise des IN Bouffées épidémiques Identification des facteurs de risque Très lourde, temps +++

prévalence incidencedéfinition Enregistrement un jour

donné des IN actives chez

tous les patients présents

(ancien + nouveaux cas)

Enregistrement continue de tous

les nx cas d’IN survenant dans

une population donnée, pendant

une période donnée

Type d’étude

Évalue un réservoir Mesure la vitesse d’apparition de

l’infection

transversale Longitudinale et prospective

Période courte (1j) Période longue (3 mois ou 100

patients)

Non exhaustive (échantillon) exhaustive

réseaux

Surveillance globale Surveillance ciblée sur une population à risque ou un

facteur de risque : Ex : taux d’incidence des IU rapporté à 100 jours de sondage Ex : prévalence des ISO / 100 patients opérés

Participation à un réseau de surveillance (CCLIN SE) : BMR, réa, bactériémies, mater, dialyse, ISO, AES… Méthodologie Comparaison Transparence

BMR CCSE : évolution de l’incidence (‰JH)

des infections à BMR de 2000 à 2005

0

0,1

0,2

0,3

0,4

0,5

0,6

0,7

0,8

2000 2001 2002 2003 2004 2005

SARm

PARC

ERC