Microdeleciones-Microduplicaciones –SMD- · síndrome de Cri du Chat. Se sabe que existe una severidad progresiva de manifestaciones clínicas y retardo físico-motor relacionada

1p36 (1p36 microdeletion syndrome)

22q11.2 (Velocardiofacial / DiGeorge syndrome)

4p16 (Wolff-Hirschorn syndrome)

5p15.2 (Cri du Chat syndrome)

7q11.23 (Williams-Beuren syndrome) Diseño 1

15q11 (Prader Willi / Angelman syndrome [UBE3A])

15q11-q13 (Prader Willi / Angelman syndrome [SNRPN])

16p13.3 (ATR syndrome)

17p11.2-p12 (Charcot Marie Tooth / HNPP syndrome)

17p11.2 (Smith Magenis syndrome)

17p13.3 (Miller Dieker syndrome)

21q21.3 (APP locus duplication [Alzheimer])

Xp22.3 (X-linked ichthyosis syndrome)

17q11.2 (Neurofibromatosis Type1)

Xp22.31 (Kallman)Yp11.31 (SRY Microdeletion)

12p (Pallister Killian)

Microdeleciones-Microduplicaciones –SMD-

7q11.23 (Williams-Beuren syndrome) Diseño 2

21q22 (Down Syndrome Critical Region])

El Síndrome de Microdeleción 1p36 es el más común de los Síndromes de Deleción Terminal, afectando 1/5000 nacimientos. La región distal de 1p es muy rica en genes por lo que hay gran cantidad de posibles candidatos que podrían estar involucrados en esta anomalía. LIVe ofrece un kit

que abarca dos regiones críticas cuya deleción parece ser clave en la ocurrencia de este síndrome (Heilstedt

et al. 2003). El control positivo de reacción es 1qter.

Citas (References): Population data suggest that deletions of 1p36 are a relatively common chromosome abnormality. Heilstedt HA, Ballif BC, Howard LA, Kashork CD, Shaffer LG. Clin

Genet. 2003 Oct;64(4):310-6.

Physical map of 1p36, placement of breakpoints in monosomy

1p36, and clinical characterization of the síndrome. Heilstedt HA, Ballif BC, Howard LA, Lewis RA, Stal S, Kashork CD, Bacino CA, Shapira SK, Shaffer LG. Am J Hum Genet. 2003 May;72(5):1200-12. Epub

2003 Apr 8.

CDC2L2

1p 36

FLJ13052

CDC2L1

GNB1

SLC35E2

110K

B11

9KB

SHGC-79970

D1S1372

AL033717

1q44

Sonda Microdeleción 1p36

Lexel in Vitrowww.lexelmedical.com

Inicio Microdeleciones

4p 16.3 CTBP1

SPON2

MGC21675

LOC285498

FLJ35816

LETM1

WHSC1

W-H

regi

onII

La región crítica del Síndrome de microdeleción Wolf-Hirschhorn

se encuentra en 4p16. El genotipo-fenotipo de este síndrome se

correlaciona con el tamaño de la región delecionada (deleciones menores a 3.5Mb resultan en fenotipos sin malformaciones físicas (Zollino

et al.). En el 95% de los casos estas microdeleciones pueden ser detectadas por FISH con sondas específicas. LIVe ofrece en su kit

dos sondas que hibridan sobre regiones críticas de esta anomalía

, aumentando notablemente la definición del análisis. Además, un control positivo hibrida sobre 4q12.

-Am J Med Genet. 2000;94;254-61

W-H

regi

onI

600Kb


Sonda Microdeleción Wolff-Hirschhorn

4q 12


http://www.ncbi.nlm.nih.gov/LocusLink/LocRpt.cgi?l=1487





http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=gene&Cmd=ShowDetailView&TermToSearch=3954&ordinalpos=2&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Gene.Gene_ResultsPanel.Gene_RVDocSum

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=gene&Cmd=ShowDetailView&TermToSearch=7468&ordinalpos=3&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Gene.Gene_ResultsPanel.Gene_RVDocSum

5p15.2

600K

B

SEMA5A

AF009306BC047112

TAS2R1

SNORD123

D5S721

D5S23

La mayoría de las deleciones del brazo corto del cromosoma 5 son asociadas con el síndrome de Cri

du

Chat. Se sabe que existe una severidad progresiva de manifestaciones clínicas y retardo físico-motor relacionada directamente con el incremento del tamaño de la deleción (Mainardi

et al. 2001). La sonda LIVe 5p15.2 hibrida sobre marcadores claves en esta microdeleción. Esta sonda está

acompañada por la sonda EN 5 (5 q11.2)

Citas

(Referentes):Clinical and molecular characterisation

of 80 patients with 5p deletion: genotype-phenotype correlationP Cerruti Mainardi, C Perfumo, A Calì, G Coucourde, G Pastore, S Cavani, F Zara, J Overhauser,M Pierluigi, F Dagna BricarelliJ Med Genet 2001;38:151–158


Sonda Microdeleción Cri-Du-Chat

5q11.2


http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/dispomim.cgi?id=123450


Sonda Microdeleción Williams-Beuren (Diseño 1)

Control 7 Cent.

200

Kb

ELN

El síndrome de Williams-Beuren

generalmente es causado por una deleción hemicigota

de entre 1.5 a 1.8Mb que involucra por lo menos 25 genes en 7q11.23. La sonda MD7q11.23 detecta cualquiera de estas variantes de la deleción abarcando genes críticos como Elastina, LIMK1 y WBSCR1 entre otros. Cuenta con un control

en centrómero de cromosoma 7.

7q11.23



Sonda Microdeleción Williams-Beuren (Diseño 2)

El síndrome de Williams-Beuren generalmente es causado por una deleción hemicigota de entre 1.5 a 1.8 Mb que involucra por lo menos 25 genes en 7q 11.23. LIVe ofrece un kit con dos sondas para secuencias críticas de esta región, abarcando, tanto el gen de la elastina (ELN) como otros genes involucrados en esta anomalía. Un control sobre 7p22.3 completa el kit.

Citas (References):Osborne LR, Li M, Pober B, Chitayat D, Bodurtha J, Mandel A, Costa T, Grebe T, Cox S, Tsui LC, Scherer SW . A 1.5 million-base pair inversion polymorphism in families with Williams-Beuren syndrome. Nat Genet. 2001;29;321-5.

Schubert C, Laccone F. Williams-Beuren syndrome: determination of deletion size using quantitative real-time PCR. Int J Mol Med. 2006 Nov;18(5):799-806.

Gilbert-Dussardier B. Williams-Beuren syndrome. Rev Prat. 2006 Dec 15;56(19):2102-6.

El síndrome de Williams-Beuren generalmente es causado por una deleción hemicigota de entre 1.5 a 1.8 Mb que involucra por lo menos 25 genes en 7q 11.23. LIVe ofrece un kit con dos sondas para secuencias críticas de esta región, abarcando, tanto el gen de la elastina (ELN) como otros genes involucrados en esta anomalía. Un control sobre 7p22.3 completa el kit.

Citas (References):Osborne LR, Li M, Pober B, Chitayat D, Bodurtha J, Mandel A, Costa T, Grebe T, Cox S, Tsui LC, Scherer SW . A 1.5 million-base pair inversion polymorphism in families with Williams-Beuren syndrome. Nat Genet. 2001;29;321-5.

Schubert C, Laccone F. Williams-Beuren syndrome: determination of deletion size using quantitative real-time PCR. Int J Mol Med. 2006 Nov;18(5):799-806.

Gilbert-Dussardier B. Williams-Beuren syndrome. Rev Prat. 2006 Dec 15;56(19):2102-6.

70 K

b

WB

SC

R23

GTF

2IR

D1

ELN

LIM

K1

NTA

L

200

Kb

7q11.23

7p22.3


12p13.33

156

Kb

Control12qter

Sonda Duplicación Pallister-Killan


El síndrome Pallister-Killan

es causado por un desorden cromosómico caracterizado por tetrasomía

12p como consecuencia de un isocromosoma. Este material extra es generalmente encontrado en mosaico y su presencia está

casi exclusivamente restringida a fibroblastos, lo cual permite detectar tempranamente esta anomalía en muestras de líquido amniótico.LIVe

diseñó

el kit

MD12p

compuesto por una sonda específica para 12p33 y un control sobre 12qter. Este kit

está

especialmente optimizado para lograr resultados óptimos en muestras de isopado

bucal o cualquier tipo de muestra celular sin procesar (células con citoplasma).


15q11-q13

2.4Mb

200K

b20

0Kb

UBE3A

D15S839

D15S164E

CYFIP1

D15S1035

D15S18

BP1

BP2

BP3

Los desórdenes genómicos de imprinting

conocidos como Prader-Willi

/ Angelman

están asociados a alteraciones genómicas de la región 15q11-q13. Aproximadamente el 70% de los pacientes presentan una microdeleción intersticial de 5-7Mb en esta región. LIVe ofrece dos kits con sondas para la región 15q11-q13 que hibridan sobre genes claves cercanos a los 3 puntos de rupturas (BP1, 2, y 3) eventualmente involucrados en los síndromes de Prader

Willi

/ Angelman. Estas sondas están diseñadas para examinar más de una región por vez, maximizando la definición del análisis. 15q26.3 se utiliza como control positivo en ambos kits.

Control15q26.3


Sonda Microdeleción Prader Willi / Angelman (UBE3A)


1Mb

130K

b18

0Kb

BP2

BP3

SNRPN

SNURF

MKRN3


Los desórdenes genómicos de imprinting

conocidos como Prader-Willi

/ Angelman

están asociados a alteraciones genómicas de la región 15q11-q13. Aproximadamente el 70% de los pacientes presentan una microdeleción intersticial de 5-7Mb en esta región. LIVe ofrece dos kits con sondas para la región 15q11-q13 que hibridan sobre genes claves cercanos a los 3 puntos de rupturas (BP1, 2, y 3) eventualmente involucrados en los síndromes de Prader

Willi

/ Angelman. Estas sondas están diseñadas para examinar más de una región por vez, maximizando la definición del análisis. 15q26.3 se utiliza como control positivo en ambos kits.

Sonda Microdeleción Prader Willi / Angelman (SNRPN)

15q11-q13

Control15q26.3


Alpha Thalasemia Retardation (ATR) ha sido definida como un síndrome de genes contiguos resultado de la haploinsuficiencia

del cluster del gen de la alfa globina y otros genes involucrados en retardo mental. Recientemente, la región que causa este síndrome ha sido localizada entre 0,9 y 1,7Mb del telómero. La sonda LIVe 16p13.3 hibrida sobre esta región abarcando el gen SOX8, presunto causante de esta anomalía. Como control positivo está

acompañada por EN16.Al igual que el resto de las sondas LIVe, el kit

incluye un Buffer de Hibridación modificado que permite obtener resultados con apenas 30 minutos de incubación a 45ºC

y los reactivos necesarios para preparar la solución de montaje (antifade + DAPI).Este kit

puede adquirirse en sus presentaciones de 5, 10 o 20 determinaciones.

16p13.3

200K

b SOX8

Control16q11.2


Sonda Microdeleción ATR


http://www.uniprot.org/uniprot/P57073

LIS1

17p13.3

MET10

ControlCent

17

El Sindrome

Miller-Dieker

es una afección de malformaciones múltiples, caracterizado por licencefalia

y asociado con deleciones visibles o submicroscópicas en 17p13.3. Estas deleciones varían en tamaño entre 0,1 y 2,9Mb y siempre involucran al gen LIS1. La sonda LIVe 17p13.3 hibrida sobre el gen LIS1 y viene acompañada por la sonda de enumeración EN17 en 17p11.2 como control de reacción.Al igual que el resto de las sondas LIVe, el kit





200K

b

Sonda Microdeleción Miller-Dieker


http://www.uniprot.org/uniprot/P43034

http://www.uniprot.org/uniprot/Q86W50

17p11.2-12

Entre el 70-80% de todos los casos de CMT tipo 1 son de la variante A (CMT1A) e involucra anomalías en el gen PMP22. Los casos de CMT1A son causados por la

duplicación de una región de 1.5Mb en la región 17p12 que contiene al gen PMP22. El producto recíproco de esta duplicación es una deleción del mismo tamaño que causa una neuropatía hereditaria denominada HNPP. La sonda LIVe 17p12 hibrida sobre

el gen PMP22 y está

diseñada para analizar metafases e interfases permitiendo detectar tanto la duplicación como la deleción de este gen. Como control está

acompañada por una sonda ubicada a 2.3Mb (que incluye el locus RAI).

2.3M

b


Sonda Microduplicación 17p12 Charcot Marie Tooth (1A) / Microdeleción HNPP

PMP2

2R

AI1


17p11.2 95Kb

Todas las deleciones en 17p11.2 asociadas con el síndrome de Smith Magenis

(SMS) incluyen la deleción del gen RAI1. Por otro lado, estudios recientes detectaron que otros genes dentro de la misma región contribuyen a las características variables y la severidad general de este síndrome. La sonda LIVe

17p11.2 está

diseñada para detectar esta deleción con alta eficacia ya que no solamente abarca genes críticos de la región sino que incluye específicamente el gen RAI1. Como control de reacción se incluye la sonda Centromérica 17.

RA

I1


Sonda Microdeleción Smith Magenis

ControlCent 17


459

Kb

17q11.2

La Neurofibromatosis Tipo 1 (NF-1) es un desorden autosómico

dominante con una incidencia de 1 en 2500 nacidos vivos. Aproximadamente 5% de los

pacientes presentan deleciones del gen NF-1 y otros genes contiguos, encontrándose una relación directa entre el tamaño de la deleción y la severidad fenotípica. Se han caracterizado 2 tipos de eventos que resultan en deleción del gen NF1. La deleción tipo I ocurre por recombinación intercromosómica

durante la meiosis, la denominada tipo II está

mediada por recombinación intracromosómica

en la mitosis. Esta última puede generar mosaicos somáticos.Lexel In vitro

ofrece un kit

de sondas específicas apuntadas a detectar la pérdida del gen NF1 como consecuencia de deleción cromosómica. Esta sonda está

acompañada de un control en la región centromérica 17.


Sonda Microdeleción Neurofibromatosis Tipo 1

NF1



Sonda Microduplicación 21q21.3 Early Onset Alzheimer

21q21.3AP

P

170

Kb

Estudios recientes han detectado que la duplicación del gen APP (Amyloid Precursor Protein) en el cromosoma 21 está

relacionado con la aparición temprana de la enfermedad de Alzheimer. Una duplicación de entre 0.58 y 6.37Mb se encontró

en pacientes con abundantes depósitos de peptidos

β-amiloides. Se ha comprobado que sondas de FISH específicas para el locus APP detectan correctamente esta duplicación. LIVe

ofrece la sonda 21q21.3 que hibrida completamente sobre el locus APP. Como

control de reacción está

acompañada por 21q22.3. Al igual que el resto de las sondas LIVe, el kit




Control21q22.3



Duplicación 21q22 Región Crítica Sindrome Down

316

Kb

DS

CR

4D

SC

R8

ERG

21q22.2La sonda MD21q22

ha sido específicamente diseñada para la detección de dos regiones críticas del cromosoma 21 cuya ganancia está

directamente asociada con el Síndrome de Down. Esta sonda hibrida sobre 316kb abarcando completamente las regiones Down Syndrome Critical Region 2 y 4. Al igual que el resto de las sondas LIVe, el kit



puede adquirirse en sus presentaciones de 5, 10 o 20 determinaciones

Células de Material de Aborto hibridadas con MD21q22. Izq. Célula normal, Der. Célula con ganancia para la región 21q22


22q11.22

22q13.32

Los síndromes de DiGeorge

y Velo-cardio-facial (DGS/VCFS) son causados por una microdeleción hemicigota

de entre 1.5 y 3Mb en el cromosoma 22 (q11.2). Se presume que dos de los principales genes responsables de la mayoría de las malformaciones físicas serían el gen TBX1 y el HIRA (también llamado TUPLE1). LIVe

ofrece la sonda MD22q11.2 que hibrida sobre los loci

TBX1 y Tuple1 (o HIRa) y contiene además un

control de reacción

sobre

22qter. Al igual que el resto de las sondas LIVe, el kit




Sonda Microdeleción Velocardiofacial o DiGeorge 22q11.2


200

Kb

TBX

1H

IRA


170K

b

DXS6767

DXS7434E11

5Kb

DXS1354

DXS7956

La Ictiosis ligada al X (XLI), con una prevalencia estimada de 1/6000, es un desorden genético causado por un déficit en la enzima sulfatasa

esteroide (STS). Cerca del 90% de las pacientes con Ictiosis pierden el gen STS entero. La mayoría de estos pacientes con STS delecionada sólo tienen las características clínicas de XLI, pero hay casos con desórdenes mas complejos, incluyendo retardo mental, que son el resultado de deleciones intersticiales o terminales que también incluyen el gen VCX. La sonda LIVe Xp22.3 X-linked ichthyosis region probe hibrida no solo sobre el gen STS, sino también sobre VCX aumentando la definición del análisis. Como control de reacción está

acompañada por la sonda EN X (Xp11.2).

Xp22.3

Xp11.2


STS

VCX

Sonda Microdeleción X-linked ichthyosis


160K

b

Xp22.31

Xp11.2

El síndrome de genes contiguos (CGS) presenta una serie de características clínicas como resultado de deleciones intersticiales o terminales de varios genes adyacentes. Varios genes importantes han sido identificados en la región Xp22.3 como responsables de enfermedades genéticamente heterogéneas, uno de ellos es KAL1. Se ha demostrado que las mutaciones en este gen ubicado en Xp22.3 resulta en la forma del síndrome ligada al cromosoma X. Varios tipos de anomalías genéticas en KAL1 han sido reportados en pacientes con síndrome de Kallman, incluyendo mutaciones missense y nonsense, mutaciones del sitio de empalme, deleciones intragénicas

y deleciones cromosómicas submicroscópicas

involucrando todo el gen KAL1.

Lexel in vitro

ofrece un kit

específico cuya sonda principal hibrida sobre la región del gen Kal1 y una sonda control en Xp11.2 (ENX).


Sonda Microdeleción Kallman

Kal

1

DXS7470

DXS1090


Yp11.31

130K

bControlYq11.21

El gen SRY (Yp11.3) está

involucrado en diversos eventos relacionados al sexo. A escala cromosómica presenta principalmente dos anomalías, deleción y translocación. La deleción de la región cromosómica conteniendo este gen es un importante factor de riesgo en pacientes con Disgenecia

Gonadal completa ya que genera Carcinoma in situ y Gondadoblastoma

en el 10-15% de los casos. Por otro lado la translocación de este gen ya sea al cromosoma X o, menos frecuentemente a cualquier autosoma, provoca cariotipos masculinos 46,XX. Las consecuencias fenotípicas de estas anomalías pueden ser diversas pero frecuentemente conllevan infertilidad.Esta sonda está

acompañada por un control sobre Yq11.21

SRY


Sonda Microdeleción / Translocación Locus SRY


Documents

Microdeleciones-Microduplicaciones –SMD- · síndrome de Cri du Chat. Se sabe que existe una severidad progresiva de manifestaciones clínicas y retardo físico-motor relacionada