Mitochondrie - Univerzita Karlovakfrserver.natur.cuni.cz/lide/schwarze/cytologie/mitochondrie 19.pdf · Mitochondrie nevznikají de novo, ale pouze dělením. FtsZ (Filamentous temperature-sensitive

Mitochondrie

Peroxisómy

Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK

Mitochondrie

(chondriom: soubor mitochondrií v buňce)



Krátká historie objevu mitochondrií

Jako granulární struktury pozorovány v buňkách od poloviny 19. století

1886, Richard Altmann: popsal pozorování bioblastů a navrhl hypotézu, že se jedná

o místo buněčné oxidace

1888, Albert von Kölliker: první jasná izolace a popis mitochondrií z hmyzího

létacího svalu, popis membránového obalu

1898, Carl Benda: jméno mitochondrion – mitochondrie (do posud mitochondrie

pojmenovávaly různě: sarcosomes, bioblasts, chondrioconts.)

1898, Michaelis: oxidoredukční změny v mitochondriích

1949, Eugene Kennedy a Albert Lehninger: důkaz že mitochondrie jsou místem

oxidačního energetického metabolismu

Rozvoj fluorescenční mikroskopie: pozorování dynamiky mitochondrií v buňkách

Sekundární ztráty mitochondrií u eukaryot:https://vesmir.cz/cz/casopis/archiv-casopisu/2016/cislo-6/dejiny-bunecnych-elektraren.html


Ultrastruktura mitochondrií

Endosymbióza (před cca 1,5 miliardou let)

Předchůdce dnešních alfaproteobakterií, snad Rickettsií





Seminars in Cell & Developmental Biology 21 (2010) 550–557

Mezofyl Arabidopsis tthaliana: mitochondrie,

plastidy.

Kultivované buňky tabáku: ER, mitochondrie.

Epidermis Arabidopsis


Živočišná buňka

Buňka kvasinky

EMBO reports 2002 3(6):527-531

Tvar mitochondrií


Pohyb mitochondrií v rostlinné buňce


Dynamika mitochondrií

Plastické organely

Dochází k neustálému dělení, fúzím a větvení mitochondrií:

Hypotéza nespojitého celku (Logan 2006)

PNAS 2004 101(20):7805–7808

Mitochondrial fusion in onion bulb epidermal cells.

Arimura S et al. PNAS 2004;101:7805-7808

©2004 by National Academy of Sciences


Plant Physiology, 2008 148: 1380–1393,

Chondriom fúzuje v celek během dělení buněk meristému

Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UKPlant Physiology, 2008 148: 1380–1393,

Fúze chondriomu rostlinné buňky:

- Před dělením meristematických buněk

- Před prvním dělením během dediferenciace

Role:

Vytvoření fúzního kompartmentu umožňuje:

- Volnou rekombinaci mitochondriální DNA (udržení

stability genomu, zabránění hromadění mutací

- Homogenní distribuci molekul DNA do všech

mitochondrií


Funkce mitochondrií

Hlavní funkce mitochondrií:

Aerobní respirace

Podílí se na fotorespiraci

Produkce sacharidových stavebních kamenů pro další biosyntézy

Mitochondriální kompartmenty:

Vnější membrána

Vnitřní membrána

(Membrána krist)

Mezimembránový prostor

(Vnitřní prostor krist)

Matrix


Journal of Experimental Botany, Vol. 57, No. 6, pp. 1225–1243, 2006

Biochimica et Biophysica Acta 1864 (2017) 737–746

Cristae junctions jsou organizovány

proteinovým komplexem MICOS

MICOS (mitochondrial contact site

and cristae organizing system)

zajišťují tvorbu cristae junctions.

Jedná se o proteinový komplex

sestávající z velké části z

membránových proteinů. MICOS se

nachází v membráně cristae

junctions.

MICOS mají i další důležité funkce

(zřejmě jde o centrální strukturu

regulující funkce membrán

mitochondrie):

- Import proteinů do

mitochondrie

- Kontrola transportu lipidů do

mitochondriální membrány

- Fúze mitochondrií

- Organizace genomu mitochondrie

- Organizace respiračního řetězce


Vnější membrána mitochondrií:

-Propustná pro roztoky a molekuly menší než 10 kDa

-Poriny (propustnost pro metabolity, ne však pro proteiny)

-Translokázy (transport proteinů)


Mezimembránový prostor:

-Není v kontaktu s matrix

-Propojen s vnitřním prostorem krist úzkými kanály


Vnitřní membrána mitochondrií:

-Nepropustná

-Četné přenašeče

-Kardiolipin

-Velmi zvrásněná – tvorba krist

-Molekuly elektrontransportního řetězce (oxidativní fosforylace)

http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/c/cb/Diphosphatidyl-Glycerol.png


Matrix:

-DNA a ribozómy

-Enzymy citrátového cyklu

-Glycin dekarboxyláza


Aerobní respirace: hlavní funkce mitochondrií

Aerobní respirace: sled metabolických reakcí, ve kterém jsou

oxidovány organické látky na CO2 a H2O, a uvolněná energie

je uskladněna jako ATP. Hlavní produkty respirace jsou tedy:

CO2, H20 a ATP.

3 fáze aerobní respirace:

1. Glykolýza

2. Citrátový (Krebsův) cyklus

3. Oxidativní fosforylace


1. Glykolýza

- Probíhá v cytosolu

- Zahrnuje enzymy, oxidující cukry na organické kyseliny,

především pyruvát

- Organické kyseliny jsou transportovány do matrix mitochondrií

(škrob a sacharóza jsou

primárním zdrojem u

rostlin)


2. Citrátový cyklus (CC)/cyklus kyseliny citrónové/Krebsův cyklus

- Probíhá v matrix mitochondrie

- Do CC vstupuje pyruvát, metabolizovány mohou být ale také

aminokyseliny či mastné kyseliny

- Cílem CC je kompletně oxidovat pyruvát na CO2 za redukce NAD+

a FAD (tedy vzniku NADH a FADH2) a vzniku ATP


3. Oxidativní fosforylace (elektrontransportní řetězec)

- Probíhá na vnitřní membráně mitochondrií

- Redukované NADH a FADH2 jsou oxidovány složkami řetězce

- Konečným akceptorem elektronů je molekula kyslíku za vzniku

vody

- Volná energie, uvolněná při oxidaci, je využívána na tvorbu

elektrochemického gradientu na vnitřní membráně (H+ ionty

se hromadí v mezimembránovém prostoru).

- Gradient využívá ATP syntáza na tvorbu ATP (translokace

protonů po koncentračním spádu)


3. Oxidativní fosforylace (elektrontransportní řetězec)- Hlavním cílem je vznik elektrochemického gradientu….

… který využívá ATP syntáza pro syntézu ATP



- Rostlinné alternativní NAD(P)H dehydrogenázy



- Alternativní oxidáza


Membrána krist je místem oxidativní fosforylace, zatímco vnitřní

membrána, jež je v kontaktu s vnější membránou, obsahuje

četné přenašeče.

FEBS Letters 546 (2003) 355-358


Vliv metabolické aktivity na morfologii mitochondrií

Ortodoxní stav

(zvětšený prostor matrix a málo krist;

mitochondrie respiračně málo aktivní)

Kondenzovaný stav

(zvětšený prostor krist; mitochondrie

respiračně aktivní)Journal of Experimental Botany, Vol. 57, No. 6, pp. 1225–1243, 2006


Transport proteinů do mitochondrií

DNA rostlinných mitochondrií kóduje 3-67 proteinů

Odhadem 1000 proteinů musí být transportováno z cytoplazmy.

Transportované proteiny obsahují signální presekvenci. (Transport do

matrix – nutné dvě presekvence).

Transport v nesbaleném nebo velmi volně sbaleném stavu.

Translokázy: proteinové komplexy zajišťující transport skrze mitochondriální

membránu:

TOM komplex (Translocase of the Outer Membrane)

TIM komplex (Translocase of the Inner Membrane)



-TOM komplex

Živočichové

a houby

Rostliny

a řasy

Tom40:

transmembránový

kanál

Tom70 a Tom20

(mtOM64 a

Tom20 rostlin):

receptory pro

rozpoznání

presekvence


Cell. Mol. Life Sci. 66 (2009) 1903 – 1923


-SAM komplex (Sorting and Assembly Machinery) pro

membránové proteiny vnější membrány

TOM komplex

SAM komplex


Cell. Mol. Life Sci. 66 (2009) 1903 – 1923


-TIM komplexy:

TIM22: transport do vnitřní membrány; funkce závislá na

existenci transmembránového potenciálu.

TIM23: translokace proteinů do matrix a některých proteinů do

vnitřní membrány. TOM komplex

TOM komplex

TIM23 komplexTIM22 komplex

TOM: transport přes vnější membránu

Následné transporty:

SAM: transport membránových proteinů do vnější membrány

TIM22: transport membránových proteinů do vnitřní membrány

TIM23: transport proteinů do matrix

Více o transportu do mitochondrií a o dalším:

https://vesmir.cz/cz/casopis/archiv-casopisu/2010/cislo-10/mitochondrialni-evoluce.html


(přehled komplexů)

Biochimica et Biophysica Acta 1864 (2017) 737–746


Transportní komplexy (především TOM a SAM) interagují s

MICOS v místě kontaktu vnější a vnitřní membrány


Genom rostlinných mitochondrií

Mitochondriální genom: Velikost:

Buněk živočichů 14-42kb

Buněk hub 18-176kb

Buněk rostlin 200 (Brassica) -2400kb (meloun)

či 10000kb (silenka)

Plastidový genom 120-200kb


Genom rostlinných mitochondrií

Mitochondriální genom: Velikost:

Buněk živočichů 14-42kb

Buněk hub 18-176kb

Buněk rostlin 200 (Brassica) -2400kb (meloun)

Plastidový genom 120-200kb

Proteiny kódované mitochondriálním genomem:

Živočichové cca 13 proteinů + komponenty pro translaci

Rostliny 57 známých proteinů + další předpokládané

ORF

(geny pro: tRNA; rRNA pro malou a velkou ribozomání podjednotku; proteiny

energetického metabolismu; několik ribozomálních proteinů; proteiny

neznámé funkce)


Genom rostlinných mitochondrií – subgenomické útvary

Trends in Plant Science 1997 2(12):477


New Phytologist (2010) 186: 299–317

Množství repetitivních sekvencí: hnací motor diverzity mit. genomu


Invertované

repetitivní

sekvence:

Změna pořadí

genů na

chromozomu

během

homologní

rekombinace

Přímé repetitivní

Sekvence:

generování

subgenomických

útvarů během

homologní

rekombinace

http://6e.plantphys.net/topic12.06.html

Množství repetitivních sekvencí: hnací motor diverzity mit. genomu

Mitochondriální genom - nukleoid

Nukleoid – prokaryotický chromozom, též chromozom plastidů a

mitochondrií

Nukleoid obsahuje DNA a proteiny:

- Kvasinky a živočichové: většina proteinů nukleoidu váže

DNA za účelem zabalení DNA (mají též další funkce např. v

replikaci, rozpoznání promotorů atp.)

- Rostliny: rostlinně-specifické proteiny; proteiny nukleoidu

mají většinou funkci v homologní rekombinaci, udržování

genomu a transkripci


Dělení mitochondrií

Mitochondrie nevznikají de novo, ale pouze dělením.

FtsZ (Filamentous temperature-sensitive line Z) protein se podílí na

dělení téměř všech prokaryot

Dělení plastidů: pomocí PD prstence (obsahuje FtsZ protein)

Dělení mitochondrií: pomocí MD prstence – složení?







Dělení mitochondrií: pomocí MD prstence

Hlavní prokaryotní komponenty dělícího aparátu (FtsZ) se v

mitochondriích vyšších eukaryot nedochovaly

(geny nenalezeny v Saccharomyces cerevisiae, Caenorhabiditis elegans ani

Arabidopsis).

→ Nahrazeny byly eukaryotními proteiny – dynaminy v MD prstenci







Dělení mitochondrií: pomocí MD prstence

Hlavní prokaryotní komponenty dělícího aparátu (FtsZ) se v

mitochondriích vyšších eukaryot nedochovaly

(geny nenalezeny v Saccharomyces cerevisiae, Caenorhabiditis elegans ani

Arabidopsis).

→ Nahrazeny byly eukaryotními proteiny – dynaminy v MD prstenci

WT mitochondrie

(Arabidopsis, pokožková

buňka)

Mitochondrie v buňkách

Arabidopsis nesoucích

mutaci dynaminu ADL2b,

který se podílí na dělení

mitochondrií.

Arimura and Tsutsumi 2002, PNAS 8:5729



- Evoluční spojky

a-proteobakteriální FtsZ byl však nalezen u některých nižších eukaryotů

jako je řasa Mallomonas splendens, primitivní červená řasa

Cyanidioschyzon merolae, nebo u Dictyostelium discoideum

Geny pro FtsZ přesídlily do eukaryotického jádra.

TRENDS in Plant Science Vol.8 No.9 September 2003

Dělící aparát mitochondrií řasy Cyanidioschyzon:


Peroxisómy


Peroxisómy

(též microbodies)

-Zpravidla sférické organely o průměru 0,2-1,7 mm

-Obalené jednou membránou

-Někdy tubulární propojení

-Nalezeny ve všech eukaryotických buňkách

-Rostlinné peroxisómy obsahují specifické složení enzymů:

-oxidoreduktázy

-katalázy

-enzymy b-oxidace mastných kyselin (u rostlin

výhradně v peroxisómech!)

-enzymy pro biosyntézu některých fytohormonů a

metabolismus dusíku

Peroxisómy

(též microbodies)

Vznik peroxizómů:

- de novo z ER

- replikací díky růstu a dělení

jednotlivých organel

Zánik peroxizómů:

autofágií (vakuola; též nazýváno

pexofágie)

Peroxisomální proteiny jsou

kódovány jádrem a do

peroxisómu jsou transportovány

specifickým transportním

systémem za využití signální

sekvence proteinu.


PeroxisómyMB: peroxisóm

(z názvu

microbody);

CY: kataláza;

C: chloroplast;

L: vakuola

Pohyb peroxizómů je

zajištěn pomocí

aktinového

cytoskeletu

(pokožkové buňky

Arabidopsis)


Typy rostlinných peroxisómů:

Peroxisómy listových buněk (role ve fotorespiraci)

Glyoxysómy (semena bohatá na MK jako zásobní

látky, mobilizovány b-oxidací MK v peroxisómech); typ

peroxisómů

Peroxisómy ve specializovaných buňkách kořenů

bobovitých rostlin (role ve fixaci N2).

Peroxisómy


Role peroxisómů ve fotorespiraci

Fotorespirace je výsledkem vlastností centrálního

fotosyntetického enzymu enzymu Rubisco v chloroplastech:

Karboxylázová x oxygenázová aktivita enzymu Rubisco


Glykolátový cyklus - fotorespirace

Fotorespirace:

Regenerace

cca 75%

uhlíku,

ztraceného

oxygenační

aktivitou

Rubisca.


MB: peroxisóm

CY: kataláza

M: mitochondrie

G: granum

CR: plastidové

ribozómy

F: stromatální

thylakoidy

I: vnitřní

membrána

plastidu

Glykolátový cyklus - fotorespirace

1 molekula 2-fosfoglykolátu → 1 molekula CO2 a 1 molekula 3-fosfoglycerátu

Documents

Mitochondrie - Univerzita Karlovakfrserver.natur.cuni.cz/lide/schwarze/cytologie/mitochondrie 19.pdf · Mitochondrie nevznikají de novo, ale pouze dělením. FtsZ (Filamentous temperature-sensitive