Monica Zoppè Scientific Visualization Unit

IFC – CNR Pisa

Scienza, immagine e immaginazione

Istituto Veneto Venezia, 3 Dicembre 2013

Istituto Veneto, 3 dicembre 2013

Istituto Veneto, 3 dicembre 2013

PROTEINE

PROTEINE 30.000 specie diverse nel genoma umano Modificabili a 300.000 Varietà - forma dimensione luogo tempo Sequenze lineari di aa (che sono 20)

SEQRES 1 A 148 ALA ASP GLN LEU THR GLU GLU GLN ILE ALA GLU PHE LYS

SEQRES 2 A 148 GLU ALA PHE SER LEU PHE ASP LYS ASP GLY ASP GLY THR

SEQRES 3 A 148 ILE THR THR LYS GLU LEU GLY THR VAL MET ARG SER LEU

SEQRES 4 A 148 GLY GLN ASN PRO THR GLU ALA GLU LEU GLN ASP MET ILE

SEQRES 5 A 148 ASN GLU VAL ASP ALA ASP GLY ASN GLY THR ILE ASP PHE

SEQRES 6 A 148 PRO GLU PHE LEU THR MET MET ALA ARG LYS MET LYS ASP

SEQRES 7 A 148 THR ASP SER GLU GLU GLU ILE ARG GLU ALA PHE ARG VAL

SEQRES 8 A 148 PHE ASP LYS ASP GLY ASN GLY TYR ILE SER ALA ALA GLU

SEQRES 9 A 148 LEU ARG HIS VAL MET THR ASN LEU GLY GLU LYS LEU THR

SEQRES 10 A 148 ASP GLU GLU VAL ASP GLU MET ILE ARG GLU ALA ASP ILE

SEQRES 11 A 148 ASP GLY ASP GLY GLN VAL ASN TYR GLU GLU PHE VAL GLN

Istituto Veneto, 3 dicembre 2013

PROTEINE

Pianeta Galileo – Liceo Artistico

PROTEINE movimenti

Istituto Veneto, 3 dicembre 2013

PLAY

Istituto Veneto, 3 dicembre 2013

PROTEINE interazioni

Solvente Altre proteine Ioni Macromolecole Zuccheri

Lipidi Acidi Nucleici

Istituto Veneto, 3 dicembre 2013

PROTEINE interazioni

Forze Agitazione termica Potenziale lipofilico Potenziale elettrostatico

BioBlender

Istituto Veneto, 3 dicembre 2013

pyMLP Molecular Lipophilic Potential evaluator by Julien Lefeuvre

.dx file

.obj file

Atomic MLP library

.pdb frame by frame

PDB2PQR (assign charge value to each atom)

APBS (calculate potential in 3D space)

.pqr .in

EP.dx

.obj (V)

Render

SciVis (calculate field lines)

pyMOL

field_lines.txt

.wrl

OBJCreator

Curves for particles flowing from + to -

mesh

10.000.000 x

Istituto Veneto, 3 dicembre 2013

PROTEIN EXPRESSIONS Study N. 3

Istituto Veneto, 3 dicembre 2013

SOMMARIO

● Esigenza di visualizzazione

● Creazione strumenti

●Determinazione codice visivo

● Uso dei dati per sistemi 'semplici'

● Visualizzazioni complesse (video)

●Nuove domande

●Aspetti artistici / arbitrari

Istituto Veneto, 3 dicembre 2013

Pezzetto di video cardio con movimento actin myosin

Play

Istituto Veneto, 3 dicembre 2013

SciVis Group Tiziana Loni Stefano Cianchetta Ilaria Carlone Davide Cornolti

Collaborations CNR Marco Callieri – ISTI Massimo Magrini - ISTI

Former members Raluca Andrei Maria Francesca Zini Claudia Caudai Maria Antonietta Pascali Giuseppe Maraziti Yuri Prozov Mike C. Pan

Support IFC CNR SNS Regione Toscana

Istituto Veneto, 3 dicembre 2013

www.scivis.it

Istituto Veneto, 3 dicembre 2013

www.scivis.it

Areaperta, Pisa. 13 Novembre 2013

Video Protein Expressions 3D Nanoplanet HIV challenge Cardio-miopatia dilatativa Recettore TSH Glut 1 BPTI

.pdb

textures

Blender (frame by frame)

curves

movie

PyMOL

.wrl MLP.dx

.obj(V)

OBJCreator

pyMLP.py

PDB2PQR

.pqr .in

APBS

EP.dx

SciVis

field_lines.txt

Mesh (x y z, V)

MAKING MOVIES

● Show proteins

– in their environment

– focus on behavior

● From 3D to 2D

● 24-30 fps

● Arbitrary (artistic) elements

– Camera

– Lights

– Colors

– ...