Name : Dr. Tjan Sian Hwa MSc, SpPKEmail : sianhwa_tjan@yahoo.comEducation : • Medical Doctor from Faculty of Medicine – University of Indonesia, Jakarta, Indonesia • Master of Science in Clinical Tropical Disease from Mahidol University –Bangkok, Thailand• Clinical Pathologist from Faculty of Medicine-University of Indonesia, Jakarta, Indonesia AFFILIATION  : Indonesian Association of Clinical Chemistry Perhimpunan Dokter Spesialis Patologi Klinik International Society of Laboratory Haematology

CURRENT POSITIONS AND ACTIVITIES :• Head of Clinical Laboratory Department Premier Jatinegara Hospital, Jakarta, Indonesia • Clinical Pathologist at Westerindo Private Medical Laboratory, Jakarta, Indonesia• Member of Indonesian Association of Clinical Pathologist External Quality Control Scheme Committee• Lead Asessor for ISO 15189 - Indonesian Accreditation Committee

PROUD TO BE ATLM

IACC PERSPECTIVE : Standardization and test variability related covid-19

31 Des 2019

Wuhan 

31 Jan 2019 COVID 19 

International  Emergency

Cases :2,846,576Deaths:197,859

Recovered:811,783

COVID 19 GLOBAL PANDEMIINDONESIA Cases :8607

Deaths:720

25/04/2020, 19.00

• PERAN LABORATORIUM• Stop transmission: SCREENING, SURVEILANCE, MONITORING• Correct management of patient: DIAGNOSIS, DISCHARGE

WHO GUIDANCE• Laboratory testing strategy recommendation for COVID -19• Laboratory testing for coronavirus disease ( COVID-!9) in suspected human cases• Laboratory biosafety guidance related to coronavirus disease 2019 (COVID-19)• Rational use of personal protective equipment for coronavirus disease 2019 ( COVID-19)• Laboratory Biosafety Manual. Third Edition ,WHO 2004• CLSI MM-19A. Establishing Molecular Testing in Clinical Laboratory Environment; Approved Guideline

COVID-19• Etiologi SAR-CoV-2

• 30kB enveloped ssRNA • Beta Coronavirus• SARS-CoV. MERS-CoV, HCoV-HKU1,-OC43, -NL63 , -229E) • mempunyai homologi ∞ 80% dengan SARS-CoV

• Transmisi melalui droplet, aerosol ? • Animal-Human, Human-Human• Masuk ke tubuh melalui interaksi Spike (S) Glycoprotein dengan ACE2 cell

receptor• Target of specific Neutralizing antibody

• Masa Inkubasi 2-14 hari ( 5 hari)• Klinis asimptomatik – ringan- berat

PERAN LABORATORIUM

Patient management

• RT-PCR• ANTIGEN• ANTIBODY• LAB MARKERS

Hasil laboratorium harus diinterpretasikan bersama riwayat penyakit, pemeriksaan fisik dan penunjang lainnya

SARS-CoV2

WHO : IN AREA WITH NO KNOWN COVID -19 VIRUS CIRCULATION• Hasil PCR positive untuk minimal 2 target gen yang berbeda , dimana salah satu spesifik untuk COVID 19 atau 

• Hasil PCR positive untuk adanya beta corona virus yang kemudian diidentifikasi dengan sequencing

IN AREA WITH ESTABLISHED COVID-19 VIRUS CIRCULATION • Screening of a single discriminatory target is considered sufficient

https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technical-guidance/laboratory-guidance

TEST CEPAT MOLEKULAR REAL TIME PCR

WAKTU < >

CAPACITY < >

SPESIMEN Terbatas Lebih bervariasi

SKILL + ++

FASILITAS 1 ruangan BSL2 dengan BSC2

2-4 ruangan BSL2 dengan BSC2

TEST VALIDATION Tidak Ya/tidak

PRICE ++ +

JENIS PEM PCR :• REALTIME RT-PCR• TEST CEPAT MOLEKULAR: Biofire Film Array, Abbott ID NOW, GeneExpert, Cobas Liat

SPECIMEN COLLECTIONPEMERIKSA

ANSPESIMEN ALAT STABILITAS

PCR/ NAAT Saluran Nafas Atas :• Usap Nasofaring  &      Oropharyng swab dan /atau

Dacron / Polyester flocked swab dalam Viral Transport Media*Sterile Saline, Liquid Amies

2-80C < 5 hari

Saluran Nafas Bawah: * Sputum, Aspirat, Lavage

Wadah Steril 2-80C < 2 hari

Faeses, Darah,

Wadah steril 2-80C < 5 hari

Antibodi ( IgG-IgM )

Paired whole blood/ plasma/ serum dengan jarak 2-4 minggu

Antigen Swab nasopharyng/ Oropharyng

WHO• Transported as UN3373, Biological Substance Category B

PENGAMBILAN SPESIMEN• Tempat pengambilan :

• WHO: nasopharyngeal, oropharygeal• CDC : oropharyng, mid turbinate , nasal• Endotracheal aspirate• Darah , Faeses, Urine• Early morning oropharyngeal saliva ( To etal)

• Flocked swab • Dacron

• hindari cotton, calcium algontae

• Aluminium atau plastic shaft• Hindari kayu

• APD : BSL3

• Collect more epithel • Cellular material elutes rapidly

into transport medium

KINETIKA VIRUS 

Wolfel etal :Viral load sputum > swab nasofaring

KINETIK DARI VIRAL LOAD

VIRAL LOAD  * Mulai H-5 menurun detection rate 40 % * Turun dengan timbulnya antibodi

INTERPRETASI HASIL PCRNEGATIF:Hasil negatif tidak menyingkirkan kemungkinan infeksi virus COVID 19Hasil negatif pada individu yang terinfeksi dapat terjadi :• Pengambilan, Transportasi dan Penyimapan spesimen yang tidak adekuat• Waktu pengambilan : pada masa inkubasi atau terlalu lambat/ masa konvalesen• Jenis Spesimen yang diambil• Masalah tehnis pada pemeriksaan

• Pipetting, PMI, Mutant, limit deteksi pemeriksaan

POSITIF:• Pemeriksaan ulang• 2 X hasil negatif selang > 24 jam rawat jalan isolasi mandiri 14 hari • False positive kontaminasi

Rekomendasi WHO konfirmasi 5 sampel positif dan 10 sampel negatif ke lab rujukan

PCR VS CULTURE

• Masih dapat ditemukan sampai lebih dari minggu 3• Tidak mendapatkan kultur pos setelah hari ke 8• Pada penelitian lain masih didapatkan adanya penularan dari pasien pasca

infeksi dari Isolasi mandiri tetap harus dilakukan

PITFALLS DARI PCR

• Memerlukan fasilitas, alat dan ketrampilan• Hasil lebih lama • Mahal• Dapat positif walaupun virus sudah mati/viable• Tidak dapat mendeteksi riwayat infeksi • Hasil indeterminate/ inconclusive/presumptive• Target dan Sensitivitas alat Variabilitas hasil

ANTIBODI

• Mendeteksi antibodi ( Total, IgG, IgM ) terhadap Nucleocapsid protein(NP7) dan Spike protein (receptor binding domain, S1)

• Tidak spesifik untuk SARSCoV2 dapat positif pada virus corona lainnya• Umumnya serokonversi terjadi 7-14 hari setelah gejala timbul• Methode : Elisa, CLIA, Rapid lateral flow Immunoassay• Bahan : Darah , serum , plasma• Positif bila terjadi serokonversi atau peningkatan titer 4x• Tidak dapat memastikan apakah pasien masih infeksius atau tidak

1. Diagnosa pasien setelah hari 7, dimana PCR negative2. Contact tracing3. Memantau adanya imunitas

• Terapi ( Plasma Konvalesen)• Memantau imunitas populasi (Herd Immunity), • Strategi Population lockdown • Risk assessment petugas kesehatan

4. Epidemiologi penyebaran penyakit5. OTG

INDIKASI ANTIBODI

• POSITIF:  • Infeksi COVID 19• Riwayat Infeksi (lampau) COVID19 • Infeksi atau riwayat infeksi oleh virus corona lainnya

• NEGATIF :• Belum dapat memastikan apakah pasien tidak menderita COVID 19• Masa inkubasi atau masa awal ( < 7 hari)• Pasien COVID 19 dengan gangguan imunitas

INTERPRETASI ANTIBODI

ANTIBODI KINETIK

Li Guo dkk pada 208 sampel darah dari 146 kasus confirmed and probable COVID 19

ANTIBODY VS DISEASE SEVERITY

• Korelasi positif antara keparahan penyakit dengan titer antibody

• Hal ini juga dilaporkan oleh Tan etal

Clinical Infectious Diseases, ciaa344, https://doi.org/10.1093/cid/ciaa344

SENSITIVITAS DAN SPESIFISITAS

Crook D etal membandingkan 9 Rapid Test Antibodi IgM-IgG SARS-CoV2 pada kasus dengan RT PCR positif :

SENSITIVITAS 55-70  %SPESIFISITAS 95-100 %

SENSITIVITAS DAN SPESIFISITAS• Lassauniere etal pada 3 ELISA and 6 Lateral Flow test (30 serum pos , 82 control) • Sensitivitas 83-93% :

• H 7-13 : 40-86%• H 14-20 : 67-100%• H >21 : 78-89 %

• Specifisitas 80-100%• PPV 57-100%• Concordance of result bervariasi

• Target protein• Format detection• Prevalensi penyakit

http://doi.org/10.1101/2020.04.09.20056325

ANTIBODI SENSITIVITY

Zhao J etal : Total Ab mempunyai sensitivitas yang lebih tinggi daripada IgM atau IgG

Clinical Infectious Diseases, ciaa344, https://doi.org/10.1093/cid/ciaa344

ANTIGEN

• Deteksi protein Spike dan nukleokapsid• Menggunakan bahan swab nasofaring/

orofaring• Deteksi virus pada awal timbul gejala • Simple, mudah dikerjakan• Dikerjakan di BSC2

LABORATORY MARKERS

LAB MARKERS FOR MONITORING DISEASE PROGRESSION 

COVID 19 SCORE CHARTHS score  untuk Cytokine storm

TAKE HOME MESSAGE

* Pemilihan marker laboratorium yang tepat penting untuk memutuskan tranmisi dan penanganan pasien* Kombinasi dari berbagai pemeriksaanakan meningkatkan sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan * Hasil laboratorium harus diinterpretasi bersama dengan riwayat penyakit, klinis dan pemeriksaan penunjang lainnya

rtPCR Antibodi Antigen Lab marker

PROUD TO BE ATLM