Upload
others
View
1
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
®
Neinvazivni prenatalni test
1866
1947
1977
1959
1879
2008
2005
19971986
1928
1953
®
2010
Odkritje DNA v krvnem obtoku.
Določitev strukture dvojne vijačnice DNA
Trisomija kromosoma 21 povzroča Downov
sindrom
Razvita tehnologija klasičnega sekvenci-
ranja
Prvi avtomatiziran sekvenatorOdkritje proste plodove
DNA v krvnem obtoku matere
Razvita tehnologija sekveniranja nove
generacije
Odkritje kromosomovPrvič opisan Downov sindrom Odkritje, da se na
kromosomih nahajo geni
Začetek prvega NIPT kliničnega
testiranja
Preizkus in potrditev metodologije testa
NIFTY®
Test NIFTY® je bil validiran v največji do sedaj objavljeni študiji v katero je
bilo vključenih 147.314 nosečnic
NIFTY®
Dodano testiranje za prve mikrodelecije
V zadnjem desetletju sta razvoj v znanosti genetike in ogromen napredek na področju genetske tehnologije spremenila naše razumevanje bolezni, postavljanje diagnoz in zagotavljanje učinkovitega zdravljenja.
Prav tako so področje predrojstvenega testiranja zaznamovali novi neinvazivni predrojstveni testi na podlagi DNK (NIPT), ki prinašajo zelo natančno presejalno metodo za odkrivanje anevploidij ploda. NIFTY® test (Non-Invasive Fetal TrisomY test) je bil prvi NIPT uporabljen v klinični praksi, in sicer leta 2010, v Evropi pa v prvem četrtletju leta 2013. S testom odkrivamo najpogostejše trisomije, anevploidije spolnih kromosomov, možna je detekcija spola in najpogostejših mikrodelecij. NIFTY® je veliko bolj zanesljiv kot tradicionalni presejalni testi. Do sedaj je bilo po svetu narejenih že več kot 2.000.000 NIFTY® testov.
Predstavitev testa NIFTY®
RAZVOJ ODKRITIJ, TEHNOLOGIJE IN TESTA NIFTY®
2013 2015 2017
NIFTY® novice
Genetska odkritja
Razvoj genskega inženiringa
2012
Opravljenih prvih 10.000 testov NIFTY®
Opravljenih 2.000.000 testov
NIFTY®
Incidenca na 100.000 rojstev
Prevalenca ni znana
Klinefelte
rjev s
indro
m (XXY)
Downov s
indro
m (triso
mija 2
1)XYY
XXX
Turn
erjev s
indro
m (X)
1p36
Edwardso
v sind
rom (tr
isomija
18)
Patau
jev sind
rom (tr
isomija
13)
Cri-du-
Chat (5
p)
2q33.1
200
150
100
50
0
TRISOMIJE
Trisomija je izraz, ki označuje genetsko nepravilnost pri kateri gre za tri kromosome namesto običajnega para. Trisomija 21 (Downov sindrom), trisomija 18 (Edwardsov sindrom) in trisomija 13 (Patauov sindrom) so tri najbolj pogoste avtosomalne kromosomske anevploidije pri živo rojenih. Nastanejo zaradi dodatne kopije ali delne kopije kromosoma 21, 18 ali 13. Dodatni genetski material lahko povzroči značilne obrazne poteze, prirojene deformacije in različne stopnje motenj v duševnem razvoju.
ANEVPLOIDIJE SPOLNIH KROMOSOMOV
Anevploidije spolnih kromosomov so definirane kot številčne nepravilnosti kromosomov X ali Y, z možnostjo dodatnega oziroma pomanjkanjem celotnega kromosoma X ali Y. Kljub temu, da se anevploidije spolnih kromosomov v večini primerov kažejo v blagi obliki brez motenj v duševnem razvoju, je v nekaterih primerih možen določen fenotip, ki lahko vključuje fizične nepravilnosti, težave pri učenju in neplodnost.
SINDROMI DELECIJ
Sindromi delecij so definirani kot skupina klinično prepoznavnih nepravilnosti, ki nastanejo zaradi delecije dela kromosoma. Velikost in položaj delecije določata katere klinične lastnosti so izražene in kako resne so. Klinične značilnosti delecij lahko vključujejo zaostanek v razvoju in motnje v duševnem razvoju, počasno rast, vedenjske motnje, težave pri hranjenju, nizek mišični tonus, epileptične napade, značilne obrazne poteze in druge malformacije.
Kaj lahko testiramo s testom NIFTY®
Predstavitev testa NIFTY®
Test NIFTY® je najbolj celosten cfDNK test na tržišču, saj nudi testiranje širokega nabora nepravilnosti po dostopni ceni.
Test NIFTY® je validiran in preizkušen v največji do sedaj objavljeni klinični študiji do sedaj (147.000 nosečnic). Do sedaj je bilo opravljenih že več kot 2 milijona testov NIFTY.
Test NIFTY® ima najnižji delež ponovnih odvzemov in najnižji delež (0,098 %) primerov pri katerih ni mogoče pridobiti rezultatov testiranja.
Test je primeren tudi za:
PREDNOSTI
Nosečnost z donirano jajčno celico
Nosečnost po postopku oploditve z biomedicinsko pomočjo (IVF)
Dvoplodne nosečnosti (samo za trisomije 21, 18 in 13)
Rezultati testa so običajno znani v 6 do 10 dneh
NIFTY® test je možen že od 10. tedna dalje
Za NIFTY® test je potrebnih 10 ml materine krvi
Metodologija testa NIFTY®
PROSTO CELIČNA DNA IN PROSTO CELIČNA PLODOVA DNA
Prosto celični fragmenti DNK (cfDNA) so kratki deli DNK, ki krožijo v krvi. V nosečnosti se v materinem krvnem obtoku nahajajo prosto celični fragmenti DNK matere in ploda. Prosto celična plodova DNK (cffDNA) je prisotna le kot manjši delež celotne cfDNK v materini plazmi, kar za nekatere metode NIPT predstavlja precejšnji tehnični izziv.
KAKO DELUJE NIFTY®?
Za izvedbo NIFTY® testa je potreben le 10-ml vzorec materine krvi, ki jo analiziramo, da bi odkrili morebitne kromosomske nepravilnosti. Če je anevploidija prisotna, pri štetju določenega kromosoma zaznamo majhen višek ali pomanjkanje.
NIFTY® učinkovito premaguje težavno merjenje majhnih viškov določenega kromosoma v koncentraciji DNK z uporabo tehnologije masivnega paralelnega sekvenciranja. To pomeni, da z NIFTY™ testom v vsakem vzorcu sekvencira milijone fragmentov plodove in materine DNK. S tehnologijo vsegenomskega sekvenciranja in štirimi različnimi lastnimi bioinformatskimi logaritmi lahko analiziramo podatke celotnega genoma in primerjamo kromosome v testiranem vzorcu z optimalnimi referenčnimi kromosomi, ter tako natančno določimo prisotnost genetskih nepravilnosti.
V nasprotju z metodami ‘ciljnega sekvenciranja’, ki jih uporabljajo nekateri drugi NIPT testi, metodologija NIFTY® testa omogoča izjemno natančne rezultate ne glede na klinične simptome pacientke in širšo paleto možnosti testiranja, vključno s testiranjem za trisomije, anevploidije spolnih kromosomov in mikrodelecije.
Materina DNK
Prosto-celična plodova DNK
Preden se nosečnica odloči za NIFTY® test se mora posvetovati z usposobljenim zdravnikom, da dobi izčrpne informacije o neinvazivnem predrojstvenem testiranju in neusmerjeno svetovanje o človeški genetiki. NIFTY®
je na voljo od 10. tedna nosečnosti.
Podjetje BGI, ki je bilo ustanovljeno leta 1999 z vizijo uporabiti najnovejša spoznanja v genetiki v korist človeštvu, je trenutno največja organizacija na področju genomike svetu. BGI je v tem času zrasel v multinacionalno genomsko podjetje, ki ima svoje laboratorije za sekvenciranje v ZDA, Evropi, Hong Kongu in na Kitajskem.
BGI ponuja tudi širok spekter prilagojenih genetskih testov za hude bolezni, kar zdravstvenim ponudnikom in pacientom po vsem svetu omogoča vpogled v možnosti diagnostike in personalizirane zdravstvene oskrbe na osnovi genomike. Storitve in rešitve podjetja BGI so na voljo v več kot 50 državah po vsem svetu.
Indikacije
TEST NIFTY® JE MED DRUGIM PRIMEREN ZA NOSEČNICE Z NASLEDNJIMI INDIKACIJAMI:
TEST NIFTY® NI PRIMEREN ZA NOSEČNICE Z NASLEDNJIMI INDIKACIJAMI:
Starost matere 35 ali več ob rojstvu.
Kontraindikacija za invazivno prenatalno testiranje kot je placenta prevaria, povečano tvegaje za splav, HBV infekcija itd.
Predhodne nosečnosti z znanimi kromo-somskimi abnormalnostmi.
Ultrazvočni pregled nakazuje na povečano tveganje za T21, T18 ali T13.
Za nosečnice, ki želijo dodatno potrditev po predhodno opravljenih presejalnih testih.
Za nosečnice, ki so zanosile po IVF postopku ali so imele predhodne spontane splave.
Znana prisotnost mozaicizma matere, fetusa ali posteljice.
Znana prisotnost uravnoteženih in neuravnoteženih kromosomskih translokacij in inverzij pri materi ali fetusu.
Za pacientke, ki so prejele trasfuzijo krvi v času enega leta pred opravljanjem testa.
Za pacientke, ki so imele transplantacijo organov.
Za pacientke, ki so se zdravile z matičnimi celicami.
Testa ni priporočljivo opravljati v primeru nosečnosti pri kateri je prišlo do izginanja ploda (Vanishing Twin). V teh primerih je test mogoče opraviti v kolikor je od odmrtja ploda do odvzema krvi preteklo najmanj 8 tednov.
VALIDACIJA TESTA NIFTY®
Test NIFTY® je bil validiran v največji do sedaj objavljeni klinični študiji: Non-Invasive Prenatal Testing For Trisomy 21, 18 and 13 – Clinical Experience from 146,958 Pregnancies Wei Wang et al, Journal of Ultrasound in Obstetrics and Gynecology. Vzorci vključeni v raziskavo so bili odvzeti med januarjem 2011 and avgustom 2013. Raziskava je bila objavljena v reviji Journal of Ultrasound in Obstetrics and Gynecology.
Klinična validacija
Število vseh nosečnic vključenih v študijo
Število uspešno analiziranih vzorcev
Vzorci z znanim kliničnim izidom
Pozitivni NIPT: Negativni NIPT:
Neustrezni vzorci: 211Neuspešno testiranje: 145
Neznan klinični izid:34.289
(kariotip ali rojstvo)
147.314
99,17 % 98,24 % 100 %
POVZETEK RAZISKAVE SENZITIVNOST
T21Downov Sindrom
T18Edwardsov
Sindrom
T13Patau
Sindrom
Združena stopnja lažno
pozitivnih primerov
<0.05%146.958
112.669
1.066 111.603
*TP - Resnično Pozitivni Rezultati (angl. Number of True Positive), PPV - Pozitivna napovedna vrednost (angl. Positive Predictive Value), NPV - Negativ-na napovedna vrednost (angl. Negative Predictive Value)
Ostale publikacije o testu NIFTY® so dostopne na: ww.niftytest.si
Rezultati študije izračunani na vzrocu 112.669 nosečnic z znanim kliničnim izidom:
TRISOMIJA TP* SENZITIVNOST SPECIFIČNOST PPV* NPV*
T21 720 99,17 % 99,95 % 92,19 % 99,99 %
T18 167 98,24 % 99,95 % 76,61 % 100 %
T13 22 100 % 96,96 % 32,84 % 100 %
TOTAL 909 99,02 % 99,86 % 85,27 % 99,99 %
Publikacije
1. METODOLOGIJA
1. Chiu RW, et al. Non-invasive prenatal assessment of trisomy 21 by multiplexed mate rnal plasma DNA sequencing: large scale validity study. BMJ. 2011; 342:c7401, doi:10.1136/bmj.c7401.
2. Chen EZ, et al. Non-invasive prenatal diagnosis of fetal trisomy 18 and trisomy 13 by maternal plasma DNA sequencing. PLoS One. 2011;6(7):e21791. doi:10.1371/ journal.pone.0021791.
3. Dan S, et al. Prenatal detection of aneuploidy and imbalanced chromosomal arrangements by massively parallel sequencing. PLoS One. 2012;7(2):e27835.
4. Fuman Jiang, et al. Non-invasive Fetal Trisomy (NIFTY) test: an advanced non-invasive prenatal diagnosis methodology for fetal autosomal and sex chromosomal aneuploidies . BMC Med Genomics. 2012 Dec 1;5:57.
5. Yuan Y, et al. Feasibility study of semiconductor sequencing for noninvasive prenatal detection of fetal aneuploidy. Clin Chem. 2013 May; 59(5):846-9.
6. Chen S, et al. A method for noninvasive detection of fetal large deletions/duplications coverage massively parallel sequencing. Prenat. Diagn.
2013 Jun;33(6):58490.
2. KLINIČNA VALIDACIJA
7. Lau TK, et al. Non-invasive prenatal diagnosis of common fetal chromosomal aneuploidies by maternal plasma DNA sequencing. J Matern. Fetal Neonatal Med. 2012 Aug; 25(8):1370-4.
8. Dan S, et al. Clinical application of massively parallel sequencing-based prenatal noninvasive fetal trisomy test for trisomies 21 and 18 in 11,105 pregnancies with mixed risk factors. Prenat Diagn. 2012 Dec;32(13):1225-32.
9. Lau TK, et al. Clinical utility of non-invasive fetal trisomy (NIFTY) test--early experience. J Matern Fetal Neonatal Med. 2012 Oct;25(10):1856-9. 10. Lau TK, et al. Non-invasive prenatal screening of fetal sex chromosomal abnormalities: perspective of pregnant women. Maternal Fetal Neonatal
Med. 2012 Dec;25(12):2616-9. 11. Lau TK, Cheung SW, Lo PS, et al. Non-invasive prenatal testing for fetal chromsomal abnormalities by low-coverage whole-genome sequencing
of maternal plasma DNA: review of 1982 consecutive cases in a single center. Ultrasound Obstet Gynecol. 2014 Mar;43(3): 254-64. 12. Yao H, Jiang F, Hu H, et al., Detection of Fetal Sex Chromosome Aneuploidy by Massively Parallel Sequencing of Maternal Plasma DNA: Initial
Experience in a Chinese Hospital. Ultrasound Obstet Gynecol. 2014 Mar 10. doi: 10.1002/uog.13361. [Epub ahead of print]. 13. Zhou Q, Pan L, Chen S, et al. Clinical application of noninvasive prenatal testing for the detection of trisomies 21, 18, and 13: a hospital experience.
Prenat Diagn. 2014 Jun 4. doi: 10.1002/pd.4428. [Epub ahead of print].
3. ŠTUDIJE PRIMEROV
14. Yao H, et al. Non-invasive prenatal genetic testing for fetal aneuploidy dete cts maternal trisomy X . Prenat Diagn. 2012 Nov;32(11):111415. Choi H, et al. Fetal aneuploidy screening by maternal plasma DNA sequencing: ‘ false positive’ due to confined placental mosaicism. Prenat
Diagn. 2013 Feb;33(2):198-200. 16. Pan M, Li FT, Li Y, et al. Discordant results between fetal karyotyping and non-invasive parenatal testing by maternal plasma sequencing in a case
of uniparental disomy 21 due to trisomic rescue. Prenat Diagn. 2013 Jun; 33(6): 598-601. 17. Lau TK, Jiang FM, Stevenson RJ et al. Secondary findings from non-invasive prenatal testing for common fetal aneuploidies by whole genome
sequencing as a clini cal service. Prenat Diagn. 2013 Jun; 33(6): 602-8. 18. Gao Y, Stejskal D, Jiang F, Wang W. A T18 false negative result by NIPT in a XXX, T18 case due to placental mosaicism. Ultrasound Obstet
Gynecol. 2013 Nov 1.
4. RAZISKAVE NA DVOPLODNIH NOSEČNOSTIH
19. Huang X, et al. Non-invasive prenatal screening of fetal Down syndrome by maternal plasma DNA sequencing in twin pregnancies. J Matern Fetal Neonatal Med. 2013 Mar;26(4):434-7.
20. Jing Zheng. et al. Effective Non-invasive Zygosity Determination by Maternal Plasma Target Region equencing. PLOS ONE. 2013: 8 (6) :e65050
®
www.niftytest.si
+386 59 22 66 09
genEplanet d.o.o. | Cesta na Poljane 24 | 1000 Ljubljana | Slovenija