Bakteri memainkan banyak peran bermanfaat dalam lingkungan. Dalam industri makanan, bakteri yang digunakan untuk menyiapkan banyak produk. Sayangnya, banyak bakteri patogen, yaitu, mereka menyebabkan penyakit pada manusia. Penyakit seperti tuberkulosis, gonore, sifilis, demam berdarah, keracunan makanan, penyakit Lyme, wabah, tetanus, demam tipus, dan sebagian besar pneumonia disebabkan oleh bakteri. Dalam banyak kasus, bakteri menghasilkan racun kuat yang mengganggu fungsi tubuh normal dan membawa penyakit. Di botulisme (keracunan makanan) dan racun tetanus adalah contoh. Dalam kasus lain, bakteri tumbuh secara agresif dalam jaringan (misalnya, tuberkulosis dan tifus), menghancurkan mereka dan dengan demikian menyebabkan penyakit. (yanti, 2014).Untuk identifikasi beberapa jenis mikroorganisme digunakan pewarnaan spesifik; misalnya pewarnaan Ziehl Neelsen untuk mikrobakterium, Giemsa untuk parasit seperti malaria pada sediaan apus darah (Davey, 2006).

Beberapa bakteri tidak terwarnai dengan pewarnaan Gram, misalnya Mycobacterium spp., karena dinding selnya mengandung banyak lipid, sehingga digunakan pewarnaan tahan asam untuk mengidentifikasinya. pada pewarnaan ini sel bakteri akan berwarna merah muda tetapi sel jaringan akan berwarna hijau (James, 2008).

Mycobacterium tuberculosispadajaringanberbentuk basil tuberkel dimana berbentuk batang ramping dan lurus yang berukuran 0,4 x 3 m sedangkan pada media buatan bakteri ini berbentuk coccoid dan berfilamen.M. tuberculosistidak dapat diklasifikasikan sebagai bakteri gram positif atau bakteri gram negatif, karena apabila diwarnai sekali dengan zat warna basa, warna tersebut tidak dapat dihilangkan dengan alkohol, meskipun dibubuhi iodium. Oleh sebab itu, bakteri ini termasuk dalam bakteri tahan asam. (Pazra, 2014)

Dinding selnya mengandung lipid sampai hamper 60% dari berat seluruhnya, sehingga sangat sukar diwarnai dan perlu cara khusus agar terjadi penetrasi zat warna. ada beberapa teknik pewarnaan tahan asam untuk mewarnai bakteri ini. salah satu jenis pewarnaan yang lazim digunakan adalah pewarnaan Ziehl Neelsen. Cara lainnya adalah pewarnaan Kinyoun Gabett atau pewarnaan Than Thiam Hok. Pada pewarnaan tersebut bakteri tampak berwarna merah dengan latar belakang biru. pada pewarnaan fluorokrom bakteri berfluoresensi dengan warna kuning oranye (Muttaqin, 2006).

Kandungan lipid yang tinggi pada dinding sel menyebabkan bakteri ini sangat tahan terhadap asam, basa, dan kerja antibiotic bakterisidal. Selain itu, bahan bahan makanan juga sukar mengadakan penetrasi melalui dinding selnya sehingga untuk pertumbuhannya perlu waktu yang cukup lama (Muttaqin, 2006).