PGS. TS. Đoàn Mai Phương

Khoa Vi sinh – Bệnh viện Bạch Mai

Thảo luận chuyên đề

VI SINH LÂM SÀNG

Nội dung

1. Một số khái niệm

2. Giới thiệu một số thành tựu nổi bật hiện nay của VSYH

3. Vai trò của phòng xét nghiệm Vi sinh lâm sàng

4. Đảm bảo chất lượng xét nghiệm Vi sinh

5. Danh mục xét nghiệm Vi sinh - Bộ y tế

6. Các kỹ thuật đang thực hiện tại khoa Vi sinh - BV BM

7. Diễn giải các kết quả xét nghiệm Vi sinh

8. Xu hướng đề kháng kháng sinh của các vi khuẩn gây bệnh thường gặp

1. Một số khái niệm

Vi sinh vật là những sinh vật sống có kích thước nhỏ bé mà mắt thường không nhìn thấy được.

Vi sinh vật bao gồm: vi khuẩn, virus, vi nấm, đơn bào

Vi sinh vật học là khoa học nghiên cứu về các vi sinh vật.

Vi sinh vật y học là khoa học nghiên cứu về các vi sinh vật có lợi và có hại cho con người.

Vi sinh lâm sàng là phòng xét nghiệm vi sinh của các bệnh viện, chủ yếu phát hiện các vi sinh vật gây bệnh từ các bệnh phẩm lâm sàng.

2. Một số thành tựu nổi bật của vi sinh y học

1. Lĩnh vực chẩn đoán bệnh

a. Chẩn đoán được tất cả các bệnh nhiễm trùng

b. Rút ngắn thời gian chẩn đoán và tăng độ chính xác: HIV ở trẻ sơ sinh, chẩn đoán lao và lao kháng thuốc

c. Khắc phục những hạn chế của phương pháp chẩn đoán kinh điển: Phát hiện sớm nhiều bệnh nhiễm trùng giai đoạn “cửa sổ”

d. Phát hiện kháng thuốc ở mức độ phân tử: Vi khuẩn lao, MRSA…Virus HIV, HBV, HCV…

e. Phát hiện những mầm bệnh mới lạ, đột biến, mầm bệnh dùng vào chiến tranh sinh học: E. coli đột biến gây bệnh ở châu Âu, năm 2011

2. Một số thành tựu nổi bật của vi sinh y học

2. Lĩnh vực điều trị bệnh

Góp phần điều trị một số bệnh hiểm nghèo:

a. Phát hiện vi khuẩn, vi nấm, virus kháng thuốc:• Kiểu hình: Định tính, Định lượng• Kiểu gen: Phát hiện gen đề kháng

b. Theo dõi hiệu quả điều trị ở mức độ phân tử: Viral load…

c. Dùng virus không gây bệnh đưa thuốc vào tế bào để điều trị ung thư

d. Đưa gen lành vào gen tế bào để thay thế gen bệnh: Parkinson, Alzheimer, tiểu đường

2. Một số thành tựu nổi bật của vi sinh y học

3. Lĩnh vực phòng bệnh

a. Phát triển nhiều loại vắc xin: Vắc xin tái tổ hợp AND, vắc xin AND trần, vắc xin thực vật chuyển gen, vắc xin lai ghép.

b. Loại trừ được bệnh đậu mùa và đẩy lùi được nhiều bệnh dịch: Bại liệt, sởi, tả, ho gà…

2. Một số thành tựu nổi bật của vi sinh y học

4. Lĩnh vực khác

a. Lĩnh vực chế tạo thuốc: Tổng hợp ra nhiều loại thuốc chữa bệnh với khối lượng lớn và thuần khiết: Kháng sinh, interferon…

b. Góp phần xây dựng ngân hàng gen quốc tế (World Gen Bank)

c. Giải mã bộ gen người mô phỏng từ giải mã gen do các tác nhân vi sinh

3. Vai trò của Vi sinh lâm sàng

3. Vai trò của PXN vi sinh lâm sàng

1. Chẩn đoán bệnh do vi khuẩn, virus, vi nấm, KST:• Kỹ thuật chẩn đoán trực tiếp: Nuôi cấy, PCR

• Kỹ thuật chẩn đoán gián tiếp: Miễn dịch học

2. Điều trị bệnh:• Phát hiện vi khuẩn, vi nấm, virus kháng thuốc

• Theo dõi hiệu quả điều trị: Viral load…

3. Phòng bệnh:

• Phát hiện tác nhân và nguồn nhiễm trùng bệnh viện

• Phát hiện tác nhân gây dịch: tả, dengue, cúm…

4. Giám sát nhiễm trùng và kháng thuốc• Cung cấp số liệu dịch tễ học về VSV gây bệnh

• Cung cấp số liệu về VSV kháng thuốc

5. Cơ hội nghiên cứu:

Thiết lập ngân hàng gen VSV gây bệnh

4. Đảm bảo chất lượng XN vi sinh

4. Đảm bảo chất lượng XN vi sinh

Vai trò của các nhà lâm sàng và xét nghiệm

1. Trước xét nghiệm: Các nhà lâm sàng lấy BP2. Trong xét nghiệm: Cán bộ xét nghiệm tiến hành XN3. Sau xét nghiệm: Cán bộ xét nghiệm và các nhà lâm

sàng nhận định kết quả

Qui định người thực hiện XN Vi sinh: • Cán bộ thực hiện XN: Đã được đào tạo và có chứng

chỉ về chuyên ngành Vi sinh.• Cán bộ nhận định và phê duyệt kết quả: Bác sỹ

hoặc cán bộ có trình độ đại học, sau đại học về chuyên ngành Vi sinh.

4. Đảm bảo chất lượng XN vi sinh

• Tỷ lệ sai sót trong tiến trình xét nghiệm: – Trước xét nghiệm 46 - 68%– Trong xét nghiệm 7 - 13%– Sau xét nghiệm 19 - 47%

• Hậu quả:– Ảnh hưởng tính mạng người bệnh– Tốn kém về kinh tế– Mất uy tín

5. Danh mục kỹ thuật và phân tuyến KT chuyên ngành Vi sinh y học

Thống nhất Danh mục xét nghiệm theo đúng chuyên ngành Hóa sinh, Huyết học, Vi sinh - Ký sinh trùng:

Ngày 12/07/2012, Bộ Y tế triệu tập cuộc họp giữa các chuyên ngành Hóa sinh, Huyết học, Vi sinh - KST: • Rà sóat lại danh mục kỹ thuật hiện có đang không

đúng chuyên ngành.• Trao đổi, thống nhất danh mục xét nghiệm theo

đúng chuyên ngành Hóa sinh, Huyết học, Vi sinh - Ký sinh trùng.

5. Danh mục kỹ thuật và phân tuyến KT chuyên ngành Vi sinh y học

Danh mục xét nghiệm Vi sinh:

1.Đổi tên Danh mục kỹ thuật thành Danh mục xét nghiệm

2.Thống nhất Danh mục XN Vi sinh trên toàn quốc gồm 306 xét nghiệm về vi khuẩn, virus, vi nấm, ký sinh trùng.

3.Để đảm bảo chất lượng, cán bộ thực hiện xét nghiệm Vi sinh phải được đào tạo và có chứng chỉ chuyên ngành Vi sinh, không làm ở các chuyên ngành khác.

4.Danh mục xét nghiệm Vi sinh được Bộ Y tế phê duyệt, ban hành và sẽ được sửa đổi, bổ sung, cập nhập định kỳ theo sự phát triển của khoa học kỹ thuật.

5. Danh mục kỹ thuật và phân tuyến KT chuyên ngành Vi sinh y học

Tên xét nghiệm Vi sinh: Thống nhất cách đặt tên XN Vi sinh gồm 3 phần:

• Phần 1: Tên vi sinh vật• Phần 2: Tên kỹ thuật tiến hành• Phần 3: Tên loại sinh phẩm sử dụng (nếu có nhiều

loại sinh phẩm lưu hành). Ví dụ:

• HIV test nhanh; • HIV miễn dịch bán tự động; • HIV miễn dịch tự động; • HIV đo tải lượng Real-time PCR

Mục tiêu:• Các nhà quản lý dễ kiểm soát• Các bác sỹ lâm sàng dễ chỉ định• Cán bộ XN Vi sinh dễ thực hiện.

5. Danh mục kỹ thuật và phân tuyến KT chuyên ngành Vi sinh y học

“Quy trình kỹ thuật chuyên ngành Vi sinh y học”•Biên soạn theo Quyết định của Bộ Y tế số 1226/ QĐ - BYT, ngày 18 tháng 4 năm 2012.•Gồm 210 xét nghiệm Vi sinh thông thường, tiến hành bằng các kỹ thuật soi tươi, nhuộm soi, nuôi cấy, kháng sinh đồ, miễn dịch học, sinh học phân tử để chẩn đoán vi khuẩn, virus, KST, vi nấm gây bệnh thường gặp. •Giúp các nhà quản lý kiểm soát và xây dựng giá xét nghiệm; các bác sỹ điều trị dễ chỉ định xét nghiệm; các cán bộ xét nghiệm Vi sinh triển khai kỹ thuật. •Được Bộ Y tế ban hành và sẽ được sửa đổi, bổ sung, cập nhập định kỳ.

5. Danh mục kỹ thuật và phân tuyến KT chuyên ngành Vi sinh y học

Phân tuyến kỹ thuật Vi sinh - Ký sinh trùng:

•Phân tuyến tương đối để khuyến khích các cơ sở y tế triển khai kỹ thuật.

•Qui định về những xét nghiệm tối thiểu hoặc bắt buộc triển khai.

•Qui định về đảm bảo chất lượng nếu triển khai.

6. Các XN đang thực hiện tại khoa Vi sinh - BV Bạch Mai

Nhân lực hiện tại có 42 CBVC, 74% có trình độ Đại học:• 03 Phó Giáo sư và Tiến sỹ Y học; • 11 Thạc sỹ và BSCKI • 02 Bác sỹ • 15 CB Đại học• 07 Kỹ thuật viên • 04 y công

Cơ cấu tổ chức gồm 7 bộ phận chuyên môn: • Phòng Nhận và trả kết quả xét nghiệm• Phòng xét nghiệm Vi khuẩn - Kháng sinh đồ• Phòng xét nghiệm Vi rút - Miễn dịch• Phòng xét nghiệm Ký sinh trùng - Nấm• Phòng xét nghiệm Sinh học phân tử• Phòng sản xuất môi trường• Phòng khử trùng tiệt trùng

6. Các XN đang thực hiện tại khoa Vi sinh - BV Bạch Mai

• Vi khuẩn: Định danh vi khuẩn và kháng sinh đồ bằng máy tự động. Thường xuyên hội chẩn với các khoa lâm sàng các ca bệnh do vi khuẩn kháng thuốc.

• Virus: Phát hiện các virus HIV, viêm gan, EBV, CMV… bằng hệ thống tự động.

• Sinh học phân tử: HIV-RNA, HBV-DNA, HSV-DNA, HCV-RNA, Lao, Dengue, CMV, EBV…

• Ký sinh trùng: Xét nghiệm ELISA chẩn đoán amíp, sán lá gan lớn, giun lươn, giun đũa chó, mèo...

• Vi nấm: Phát hiện các loại vi nấm, đặc biệt là vi nấm gây nhiễm trùng cơ hội ở người nhiễm HIV/AIDS.

6. Các XN đang thực hiện tại khoa Vi sinh - BV Bạch Mai

1. Năm 2012, XN khoảng 1.000 bệnh phẩm/ 1 ngày

2. Thực hiện thường quy trên 90 loại xét nghiệm.

3. Quản lý hiệu quả số liệu chuyên môn và tài chính bằng hệ thống mạng LAN.

4. Khoa Vi sinh đã được cấp chứng chỉ công nhận đạt tiêu chuẩn ISO 15189 ngày 15 tháng 6 năm 2012.

6. Các XN đang thực hiện tại khoa Vi sinh - BV Bạch Mai

1. Bệnh phẩm: Đúng qui định

2. Quan sát đại thể: Cần thiết

3. Soi tươi: 30 phút

4. Nhuộm soi: 1-2 tiếng

5. Nuôi cấy, định danh: 48-72h

6. Kháng sinh đồ: 24h sau định danh

7. Huyết thanh học: 1 ngày

8. Sinh học phân tử: 2 ngày

6. Các kỹ thuật đang thực hiện tại khoa Vi sinh - BV Bạch Mai

Phân biệt 2 loại bệnh phẩm

1. Bệnh phẩm từ vị trí vô trùng: Máu và các cơ quan nội tạng như dịch não tủy,

các chất dịch…

2. Bệnh phẩm từ vị trí có vi sinh vật cư trú Bệnh phẩm từ da và niêm mạc• Nước tiểu giữa dòng• Phân• BP hô hấp trên • Mủ nông • Chất tiết sinh dục…

7. Diễn giải các kết quả XN Vi sinh

7. Diễn giải các kết quả XN Vi sinh

Xác định bệnh nhiễm trùng

Xét nghiệm Vi sinh:– Phát hiện được VSV trong BP lấy từ vị trí vô trùng.– Phát hiện được VSV trong BP lấy từ vị trí có vi hệ.

• Số lượng VSV phải nhiều, thường ≥ 105 VK/ ml

• Phát hiện cùng loại VSV từ các loại bệnh phẩm khác nhau.

• Có sự hiện diện của BCĐN. Lâm sàng:

– Có triệu chứng lâm sàng. – Phát hiện được nguồn nhiễm, đường vào.

8. Xu hướng đề kháng kháng sinh của một số vi khuẩn gây bệnh thường gặp

Vi khuẩn Gram (-)

Enterobacteriaceae (E. coli, K. pneumoniae, Enterobacter…)• Beta – lactam: Sinh ESBL (Beta-lactamase phổ mở

rộng) kháng toàn bộ cephalosporin thế hệ 3, 4.• Carbapenem (Imipenem, meropenem,

Ertapenem…): Sinh Carbapenemase NDM1… A. baumannii, P. aeruginosa:

Đa kháng Kháng mở rộng Toàn kháng

8. Xu hướng đề kháng kháng sinh của một số vi khuẩn gây bệnh thường gặp

Khái niệm MDR, XDR & PDR

MDR (Multidrug resistant) - Đa kháng

Không nhạy ≥ 1 KS trong 3 loại KS hoặc nhiều hơn

Vd: MRSA, vi khuẩn sinh ESBL XDR (Extensively drug resistant) - Kháng mở rộng

Chỉ nhạy ≤ 2 loại KS)

Vd: A. baumannii chỉ nhạy với colistin PDR (Pan-drug resistant) - Toàn kháng

Không nhạy với tất cả KS của tất cả các loại KS

VD: A. baumannii, P. aeruginosaClinical Microbiology and Infection, Volume 18 Number 3, March 2012

8. Xu hướng đề kháng kháng sinh của một số vi khuẩn gây bệnh thường gặp

Vi khuẩn Gram (+)Staphylococcus aureus

1. Penicillin: PRSA - S. aureus kháng Penicillin 2. Beta-lactam: MRSA - S. aureus kháng Methicillin3. Vancomycin:

• VISA: S. aureus trung gian với vancomycin • hVISA: S. aureus trung gian dị chủng với

vancomycin, mặc dù MIC dao động từ 1 - 4 mg/L

• VRSA: S. aureus kháng vancomycin Enterococci

VRE: Enterococci kháng vancomycinStreptococcus pneumoniae

PRSP: S. pneumoniae kháng penicillin

Trân trọng cám ơn