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Predicción de la estructura secundaria de ARNmFold
IntegrantesJimena CollantesLisette Delgado
Nelly MostajoCarla Ramirez
Brian Lucero
Estructura secundaria• plegamiento
• Interacciones débiles=enlaces de hidrógeno, van de waals, interacciones iónicas
• Tipos de estructuras secundariasloopsHélice alfa Hoja betaGiros betaHélice de colágenobeta plegadas
Cambios que no afectan la estructura
Introducción
•mFold (multiple-fold)algoritmo: mínima energía de GibbsPredice: plegamiento, hibridación y temperatura melting
Segmentos complementariosSegmentos repetidosTransposicionesSegmentos palindrómicos
Eventos evolutivos
Introducción
•Energía libre de Gibbs
• Potencial dinámico= función de estado extensiva con unidades de energía, da la condición de equilibrio y de espontaneidad para una reacción química.
• para calcular si una reacción ocurre de forma espontánea tomando en cuenta solo las variables del sistema.
•Ley de la mínima energía potencial•2da ley termodinámica
rRNAT. thermophilus
•Subunidad 5S – 120bp
>embl|V01415|V01415 Thermus thermophilus 5S ribosomal RNA, complete sequence
aatcccccgtgcccatagcggcgtggaaccacccgttcccattccgaacacggaagtgaa
acgcgccagcgccgatggtactggcggacgaccgctgggagagtaggtcggtgcggggga
rRNA
•Plasmodium falciparum •Subunidad 5S – 349bp
>embl|M19135|M19135 P.falciparum 5S rRNA gene, clone S8. aaaatgtatatgtattaagaatacaaaataattatgctaatataaaagaagaaaactcattaaatattttaatatagaatgttttatatatgattattcttaaataaatatgaatattaaattttagtgaagtaaatcttttgactcgttcatactacagtggccacaccagatcccatcagaactctgaagttaagcactgtaaggcttggctagtactgaggtgggagaccgctcg
ggaacaccaggtgatgagtcattttttttatataaaaaaaaatttttattattttatataataaaaaaaataatatatgttattatagataattagtattttcattaattt