Prinsip Dasar PCR (Polymerase Chain Reaction)

PCR merupakan salah satu cara memperbanyak suatu segmen DNA target secara selektif. Jadi dengan demikian, segmen DNA yang dinginkan bisa menggandakan diri sebanyak yang kita ingikan tergantung dari berapa banyak siklusnya. Proses menggandakan DNA terjadi dalam suatu siklus yang terdiri dari tiga tahapan, meliputi Denaturasi, Annealing, dan Ekstensi.

-DenaturasiDenaturasi bertujuan untuk memisahkan DNA doble strand menjadi single strand. Proses ini dialkukan dalam kisaran suhu 94-96 °C.

-AnnealingBertujuan untuk menempelkan primer pada komplemennya, suhu yang dibutuhkan untuk menempelkan primer dan komplemennya 50-60 °C.

-EkstensiBertujuan untuk menempelkan Taq Polimerase pada DNA dan memperbanyak (memperpanjang) segmen yang diinginkan. tahap ini dilakuan dalam suhu tetap, yaitu 72 °C.

Nah, lalu apakah Primer, dan Taq Polymerase itu?

Primer merupakan urutan basa yang berkomplemen dengan DNA target yang bertujuan untuk menentukan batas amplifikasinya. Jadi Primer ini harus cocok dengan segmen DNA target sehingga batasan DNA yang akan digandakan jelas.

Sedangkan Taq Polimerase merupakan DNA polymerase yang fungsinya untuk memperbanyak atau menambah, sedikit berbeda dengan RNA Polymarese yang berperan dalam memulai replikasi. Taq Polymerase berasal dari bakteri thermofilik Thermus aquaticusyang hidup pada suhu 72 °C.

Sikluspada umumnya diulang sebanyak 30 kali dan dapat menghasilkan segmen DNA baru hingga mencapai 1 Milyar. Siklus tersebut juga baru dapat menghasilkan segmen utuh setelah 3 kali siklus.

Beberapa hal yang perlu diperhatikan, saat annealing waktu yang digunakan adalah sekitar 30 detik dengan suhu yang disesuaikan tergantung dari jenis primernya. Kenapa? Karena masing masing primer memiliki kemapuan penempelan pada komplemen pada suhu yang berbeda-beda. Sebaliknya, ekstensi dilakukan dalam suhu yang tetap dengan waktu yang disesuaikan dengan panjang segmen. Untuk DNA dengan panjang 1000 bp (base pair) membutuhkan waktu 1 menit, sehingga semaikn panjang DNA akan semakin lama proses ekstensinya.

Demikianlah prinsip dasar metode PCR, memberikan kemudahan dalam teknik menggandakan segmen DNA.