Protein Data Bank PDB）の活用法 - biosciencedbc.jp...2018/11/28 · [CASE #3] Sequence search using BLAST against PDB Result page of the entries containing “Maize Fd1” will

栗栖源嗣大阪大学蛋白質研究所

wwpdb.org

Protein Data Bank Japan（PDBj）の紹介とProtein Data Bank（PDB）の活用法

1Licensed under a Creative Commons表示4.0国際ライセンス(c)2018栗栖源嗣（大阪大学蛋白質研究所）

Protein Data Bank

• PDB: 1st Open Access digital resource in biology (est. in 1971 with 7 entries)

• Initially, managed jointly by data centers in US and UK

• Today, single global PDB macromolecular structure archive(>145,000 entries)

Nature New Biology 233, page 223 (1971)

2

https://pdb.org

http://pdb.org/

生体高分子の3次元構造（形）に関する情報を集めた国際的データベース

1971年からのデータが集積され，情報は無償で利用できる．運営は各国（米国，欧州，日本）の政府機関による研究費用でまかなわれている．2003年からは国際組織wwPDBとして活動している（PDBjは創立メンバー）．

https://wwpdb.org

After solving structure, what we should do?

PDBj is in charge of processing and annotating the data from Asian and Middle-east regions．

Americas, Oceania

Asia

Europe, Africa

deposit.wwpdb.org7

More than 1 billion atoms

# o

f D

ep

osit

ed

En

trie

s

Year

Accumulated Total number of Depositions

Total number of Annual Depositions

0

50000

100000

150000

200000

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23

estimated number

Growing Number of Depositions

6

https://pdbj.org

How to know the 3D structure?

8

• Experimental Data (X-ray, NMR, 3DEM=EMDB)

• Validation Report (PDF, XML, RDF)

PDBで提供するFile Format

座標データ

実験データ

検証レポート

PDBjのサービス（１）

9

Sequence Navigator

（類似配列検索）

Structure Navigator（類似立体構造検

索）

GIRAF（類似リガンド結合

部位検索）

EM Navigator（電子顕微鏡で解かれた構造の閲覧サイト）

https://pdbj.org

PDBjのサービス（２）

10

万見（PDB/EMDBエントリー閲覧サイト）

GASH/RASH（構造の重ね合わ

せ）

MAFFTash（配列と構造が似たPDBエントリー検

索）

Omokage検索（生体超分子の形状

類似性検索）

Molmil（分子構造ビュ

アー）

HOMCOS（複合体立体構造の

検索、作成）

PDBjのサービス（３）

11

Spanner/SFAS（ユーザデータ/PDBデータに基づく立体構造予

測）

eF-site（蛋白質の電子表面形状データベース）

eProtS（蛋白質構造百科事典）

Promode（蛋白質の基準振動解析データベース）

今月の分子（月替わりの分子構

造紹介記事）

SeSAW（機能予測）

5ZF0 ⏎

[CASE #1] Keyword search

using PDB ID

PDB IDs are written in the

structure paper or related review.

論文に載っている構造を見たい！


using PDB ID from the article

Summary page of the entry “5ZF0”

will be shown. You can go to the ①linked other databases, ②download the coordinates,and ③take a look at the structure of biological unit using

the standard web browser on you

PC.①

②

③

②

P0A3C9 ⏎


using SEQ ID

P0A3C9

興味のあるタンパク質の構造を調べたい！

1. Select molecule

List of the entries containing

“P0A3C9” will be shown. You can

select the entry with the highest

resolution.

1. PDB ID

2. Entry Name

3. Viewer

4. Reference

5. Link to other DB

6. Validation

Summary page of the entry “5AUI” includes

https://pdbj.org/mine_molmil?pdbid=5aui

[CASE #3] Sequence search

using BLAST against PDB

1. Select menu

2. Sequence

Navigator

相同なタンパク質の構造を調べたい！



1. Select menu

2. Sequence

Navigator

3. Paste your

target sequence

4. Push “Find”

button

Maize Ferredoxin 1



Result page of the entries

containing “Maize Fd1” will be

shown. ①1gaqB = chain B of 1GAQ②5h8yE = chain E of 3B2F,③5h92C = chain C of 5H92By clicking the links, we know that ① FNR+Fd1, ② SiR+Fd1, ③SiR+Fd1.

5. Click the link



Summary page of the entry “1GAQ”

will be shown.

This entry contains the electron

transfer complex between Fd1 and

Fd-NADP+ reductase (FNR).

Example1: Gleevec using PDBj-Mine

21

[CASE #4] Chemie search

against PDB

Gleevec ⏎

興味のある化合物に結合するタンパク質構造を見

たい！

22

Explore 1T46: Gleevec using PDBj-Mine (cont.)

23

Eelectron Density map (Molmil)

Explore 1T46: Gleevec using PDBj-Mine (cont.)

24

25

展示会場で，PDBjブースを出しています。お時間がありましたら，お立ち寄りください。

If you want to do complicated queries,

we may be able to help!（質問はお気軽にPDBjまで）Feel free to ask any questions at:

https://pdbj.org/contact?tab=PDBjmaster

終わりに・・

Acknowledgements

26

Documents

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