29
ESTRUCTURA DE UNA BASE DE ESTRUCTURA DE UNA BASE DE DATOS UTILIZADA PARA ESTIMAR DATOS UTILIZADA PARA ESTIMAR PARÁMETROS GENÉTICOS DE PARÁMETROS GENÉTICOS DE CARACTERES DE CRECIMIENTO EN CARACTERES DE CRECIMIENTO EN GANADO BRAHMAN GANADO BRAHMAN Raciel J. Estrada León Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Juan G. Magaña Monforte Monforte José C. Segura Correa José C. Segura Correa

Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Embed Size (px)

DESCRIPTION

ESTRUCTURA DE UNA BASE DE DATOS UTILIZADA PARA ESTIMAR PARÁMETROS GENÉTICOS DE CARACTERES DE CRECIMIENTO EN GANADO BRAHMAN. Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa. Introducción. - PowerPoint PPT Presentation

Citation preview

Page 1: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

ESTRUCTURA DE UNA BASE ESTRUCTURA DE UNA BASE DE DATOS UTILIZADA PARA DE DATOS UTILIZADA PARA

ESTIMARESTIMAR PARÁMETROS GENÉTICOS PARÁMETROS GENÉTICOS

DE CARACTERES DE DE CARACTERES DE CRECIMIENTO EN GANADO CRECIMIENTO EN GANADO

BRAHMANBRAHMAN

Raciel J. Estrada LeónRaciel J. Estrada LeónJuan G. Magaña Juan G. Magaña MonforteMonforteJosé C. Segura CorreaJosé C. Segura Correa

Page 2: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

IntroducciónIntroducción

Page 3: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Los trópicos, han sido considerados Los trópicos, han sido considerados un lugar de retos para el un lugar de retos para el mejoramiento genético animal.mejoramiento genético animal.

Los sistemas de producción de Los sistemas de producción de carne son importantes.carne son importantes.

Ganado Ganado Bos indicus, Bos indicus, tolerancia a tolerancia a condiciones extremas, rusticidad, condiciones extremas, rusticidad, capacidad de aprovechar forrajes capacidad de aprovechar forrajes tropicales, resistencia a endo y ecto tropicales, resistencia a endo y ecto parásitosparásitos

Page 4: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

En Yucatán, el mejoramiento En Yucatán, el mejoramiento genético se ha limitado a la genético se ha limitado a la importación de germoplasma.importación de germoplasma.

BrahmanBrahman importante evaluar, identificar importante evaluar, identificar

mejores individuos a seleccionar.mejores individuos a seleccionar. Objetivo del sistema de Objetivo del sistema de

producción carne, mejorar los producción carne, mejorar los caracteres de crecimiento. caracteres de crecimiento.

Page 5: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Selección

Page 6: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Efectos MaternosEfectos Maternos Efectos Aditivos Directos

Efectos ambientales

Medio Ambiente

ram

A AAM

Sexo

Época de Nacimiento

Año de Nacimiento

Fuentes de VariaciónFuentes de Variación

Efectos Fijos

Page 7: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

ObjetivosObjetivos Describir la estructura de los datos Describir la estructura de los datos

utilizados.utilizados. Estimar componentes de (co)varianzaEstimar componentes de (co)varianza Parámetros genéticosParámetros genéticos

Heredabilidad directa (hHeredabilidad directa (h22d d ))

Heredabilidad Materna (hHeredabilidad Materna (h22m m ))

Correlación entre ambas (rCorrelación entre ambas (rdmdm))

Para Características de crecimiento Para Características de crecimiento predestetepredestete Peso al nacimineto (PN)Peso al nacimineto (PN) Peso ajustado a 205 días (PA205).Peso ajustado a 205 días (PA205). Ganancias de peso predestete (GDP).Ganancias de peso predestete (GDP).

Page 8: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

La meta de todo programa de La meta de todo programa de mejoramiento genético es mejoramiento genético es generar una evaluación precisa y generar una evaluación precisa y confiable.confiable.

Page 9: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Materiales y MétodosMateriales y Métodos

Page 10: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Descripción de la UnidadDescripción de la Unidad

Rancho ubicado en la zona oriente del Rancho ubicado en la zona oriente del Estado.Estado.

Cría de ganado Brahman de registro.Cría de ganado Brahman de registro. Destete 8 meses.Destete 8 meses. Suplementación en secas.Suplementación en secas. Reproducción por IA y monta Reproducción por IA y monta

controladacontrolada Semen y toros importados de TEXAS Semen y toros importados de TEXAS

(EUA) o descendientes de los mismos.(EUA) o descendientes de los mismos.

Page 11: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Recopilación de datos

1875 becerros nacidos entre 1981 y 2003.1875 becerros nacidos entre 1981 y 2003. Tarjetas individuales de 573 vacas.Tarjetas individuales de 573 vacas. 75 sementales. 75 sementales. Base de datos.Base de datos. Datos desbalanceadosDatos desbalanceados

Page 12: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Indicadores de crecimiento Indicadores de crecimiento evaluadosevaluados

Peso al NacimientoPeso al Nacimiento ( (PNPN)) 18751875

Peso Ajustado a 205 díasPeso Ajustado a 205 días ( (PA205PA205)) 11605605

Ganancias de peso predestete Ganancias de peso predestete ((GDPGDP)) 11606055

No. observaciones

Page 13: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Peso al NacimientoPeso al Nacimiento

0

50

100

150

200

250

300

Fre

cuen

cia

23 26 29 32 35 38 41 44Peso al Nacimiento en Kilogramos

Page 14: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Peso Ajustado a 205 díasPeso Ajustado a 205 días

0

20

40

60

80

100

120

140

160

Fre

cuen

cia

119 134 149 164 179 194 209 224 239 254

Peso Ajustado a 205 días en Kilogramos

Page 15: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Ganancias Diarias de Ganancias Diarias de PesoPeso

0

20

40

60

80

100

120

140

Fre

cuen

cia

390 470 550 630 710 790 870 950 1030

Ganancias Diarias de Peso en Gramos

Page 16: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Análisis estadísticoAnálisis estadístico

Grupo contemporáneo de nacimientoGrupo contemporáneo de nacimiento (año-época-sexo).(año-época-sexo).

Año de Nacimiento (AN):Año de Nacimiento (AN): De De 1981981 al 1 al 20020033..

Época de parto (EP) o nacimiento (EN): Época de parto (EP) o nacimiento (EN): Época 1: Secas (Febrero a Mayo).Época 1: Secas (Febrero a Mayo). Época 2: Lluvias (Junio a Septiembre).Época 2: Lluvias (Junio a Septiembre). Época 3: Nortes (Octubre a Enero).Época 3: Nortes (Octubre a Enero).

Sexo del becerro (Sexo del becerro (macho o hembramacho o hembra).). Número de Parto (NP):Número de Parto (NP): 1, 2, 3, 4, 5, 1, 2, 3, 4, 5, ≥6≥6

Efectos fijos:

Page 17: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Distribución de Sementales Distribución de Sementales por Añopor Año

0

5

10

15

20

25

No.

de

Sem

enta

les

2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15

Años de Nacimiento

Para Peso al Nacimiento

Page 18: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Distribución de Sementales Distribución de Sementales por Año por Año

0

2

4

6

8

10

12

14

16

18

20

No.

de

Sem

enta

les

2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15

Años de Nacimiento

Para Peso Ajustado a 205 días y Ganancias de Peso Predestete.

Page 19: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

ID Semental 1987 1988 1989 1990 1991 1992 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 No. Crias1 40 10 24 5 10 1 902 28 13 21 14 10 7 933 6 1 1 84 2 7 4 9 225 3 1 3 4 116 14 5 18 4 417 9 8 9 1 278 4 17 4 259 3 14 19 3610 1 7 11 1911 4 412 2 213 2 214 28 3 3 3415 8 816 6 617 5 518 2 219 3 35 17 5520 4 421 1 3 422 1 3 423 3 4 724 7 725 3 5 2 1026 1 1 2 427 7 1 828 2 229 1 1 230 2 231 4 432 3 333 4 2 634 1 11 3 1535 6 1 736 1 1 237 8 838 1 2 1 439 8 1 6 1 1640 1 3 12 31 44 20 34 14 5 16441 4 1 542 3 20 6 3 3243 2 5 15 3 1 2644 4 8 4 8 2445 4 7 1146 2 9 16 26 4 5747 3 2 548 10 24 3449 5 10 8 2350 5 27 22 33 17 10451 5 4 6 5 2052 9 5 22 41 12 8953 3 26 43 18 9054 10 29 17 5655 5 556 1 11 6 1857 3 1 458 1 10 1159 1 8 4 5 1860 4 5 2 1161 1 3 462 5 6 10 12 3363 2 5 12 26 22 6764 1 1 8 3 3 3 2 2165 3 1 466 30 7 25 6267 4 1 568 1 14 1 9 8 3 3669 1 1 3 2 17 24 4 5270 1 7 12 15 11 13 10 17 8671 13 9 2272 7 2 9

AÑOS DE NACIMIENTO

Page 20: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Distribución de Sementales Distribución de Sementales por GCpor GC

0

1

2

3

4

5

6

7

8

9

No

. d

e S

em

en

tale

s

1 5 9 13 17 21 25 29 33 37

No. de Grupos contemporáneos

Peso al Nacimiento

Page 21: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Análisis estadísticoAnálisis estadístico

Efectos aditivos directos (Efectos aditivos directos (aa)) Efectos aditivos maternos (Efectos aditivos maternos (mm)) Efectos ambientales permanentes (Efectos ambientales permanentes (pepe)) Error aleatorio (Error aleatorio (ee)) Modelo Animal Univariado.Modelo Animal Univariado. Máxima Verosimilitud Restringida Libre de Máxima Verosimilitud Restringida Libre de

Derivadas (Derivadas (DF-REMLDF-REML) () (Meyer, 1998Meyer, 1998). ).

Efectos aleatorios:

Page 22: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

y = Xβ + Zy = Xβ + Z11a a + Z+ Z22mm + Z + Z33pepe + + eeDonde:Donde: yy = Vector que contiene las variables de respuesta. = Vector que contiene las variables de respuesta. XX = Matriz de incidencia relaciona las observaciones con los = Matriz de incidencia relaciona las observaciones con los

efectos fijos. efectos fijos. ββ = Vector que contiene los efectos fijos. = Vector que contiene los efectos fijos. ZZ11 = Matriz de incidencia relaciona observaciones con los efectos = Matriz de incidencia relaciona observaciones con los efectos

genéticos directos de cada animal. genéticos directos de cada animal. aa = Vector que contiene los efectos genéticos aditivos aleatorios.= Vector que contiene los efectos genéticos aditivos aleatorios. ZZ22 = Matriz de incidencia relaciona observaciones con los efectos = Matriz de incidencia relaciona observaciones con los efectos

genéticos aditivos maternos de cada animal.genéticos aditivos maternos de cada animal. mm = Vector que contiene efectos genéticos aditivos maternos . = Vector que contiene efectos genéticos aditivos maternos . ZZ33 = = Matriz de incidencia del efecto ambiental permanente de la Matriz de incidencia del efecto ambiental permanente de la

madre.madre. pe pe = Vector de efectos aleatorios efecto ambiental permanente = Vector de efectos aleatorios efecto ambiental permanente

de la madre.de la madre. ee = Vector de efectos residuales aleatorios. = Vector de efectos residuales aleatorios.

Modelo

Page 23: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

ResultadosResultados

Page 24: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Indicadores de Crecimiento Indicadores de Crecimiento

PN(Kg)

PA205(Kg)

GDP(Gr)

Media Media 32.7032.70 179.99179.99 717.56717.56

Desviación Desviación estándarestándar

3.77 25.76 121.85

PN = Peso al Nacimiento; PA205 = Peso Ajustado a 205 días; GDP = Ganancias de Peso Predestete.

Page 25: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Componentes de Componentes de (Co)Varianza(Co)Varianza

VariablVariablee

σσ22dd σσ22

mm σσdmdm σσ22cc σσ22

ee σσ22pp

PNPN 5.485.48 0.350.35 0.290.29 0.230.23 8.028.02 14.3714.37

PA205PA205 361.8361.866

100.0100.044

-36.94-36.94 0.000.00 239.0239.055

664.0664.011

GDPGDP 8377.8377.9696

1209.1209.6767

--128.4128.4

330.060.06 5389.5389.

92921489914899

.13.13

σ2d= Varianza aditiva directa,σ2

m= Varianza aditiva materna,σdm= Covarianza directa-materna,,σ2c= Varianza ambiental permanente,

σ2e= Varianza del error,σ2

p= Varianza fenotípica PN= Peso Nacimiento, PA205= Peso ajustado a 205 días de edad, GDP= Ganancias de

peso predestete

Page 26: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Parámetros genéticosParámetros genéticos

VariablVariablee

hh22dd hh22

mm hh22tt rrdmdm cc22 ee22

PNPN 0.380.38 0.020.02 0.420.42 0.210.21 0.020.02 0.560.56

PA205PA205 0.540.54 0.150.15 0.540.54 -0.19-0.19 0.000.00 0.360.36

GDPGDP 0.560.56 0.080.08 0.590.59 -0.04-0.04 0.000.00 0.360.36

h2d= Heredabilidad directa; h2

m= Heredabilidad materna; h2t = Heredabilidad

total = [σ2d + 0.5 σ2

m + 1.5 σdm / σ2p ]; c2 = Efecto ambiental permanente; e2 =

Error.

Page 27: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

ConclusionesConclusiones

La amplia variabilidad para efectos La amplia variabilidad para efectos aditivos directos en las tres aditivos directos en las tres características evaluadas y para efectos características evaluadas y para efectos maternos en PA205, sugiere una maternos en PA205, sugiere una probable mejora a través de selección probable mejora a través de selección en la población evaluada. Sin embargo, en la población evaluada. Sin embargo, se debe de considerar la importancia se debe de considerar la importancia que tienen los efectos maternos sobre que tienen los efectos maternos sobre la respuesta esperada de la progenie.la respuesta esperada de la progenie.

Page 28: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Aportación al TallerAportación al Taller

¿ Que estrategias se podrían realizar ¿ Que estrategias se podrían realizar en las bases de datos de campo para en las bases de datos de campo para mejorar la precisión de las mejorar la precisión de las evaluaciones genéticas en Yucatán y evaluaciones genéticas en Yucatán y en el Trópico ?en el Trópico ?

Page 29: Raciel J. Estrada León Juan G. Magaña Monforte José C. Segura Correa

Gracias por su Gracias por su atenciónatención