Revue systématique des systèmes de surveillance des ... · RÉSUMÉ Selon une revue systématique des articles revus par des pairs où l’on décrivait ou évaluait des systèmes

2009

LINDA VRBOVA, CRAIG STEPHEN, NAOMI

KASMAN, RICHARD BOEHNKE, MIMI DOYLE‐

WATERS, ANDENYE CHABLITT‐CLARK, BRIAN

GIBSON, MICHAEL BRAUER, DAVID PATRICK

5/11/2009

Revue systématique des systèmes de surveillance des zoonoses émergentes

ii

RÉSUMÉ

Selon une revue systématique des articles revus par des pairs où l’on décrivait ou évaluait des systèmes de

surveillance des zoonoses émergentes de 1992 à 2006, on n’avait évalué que 17 des 221 systèmes relevés et les

responsables de seulement 4 de ceux‐ci avaient utilisé les résultats des évaluations afin de déterminer l’utilité

de leur système pour déceler les épidémies ou les cas de maladie. Cette insuffisance des données probantes

empêche les décideurs de choisir des initiatives de surveillance dont on a prouvé l’efficacité. Parmi les systèmes

faisant l’objet de notre revue, plusieurs étaient considérés comme des systèmes de surveillance, mais on ignore

combien étaient en réalité des systèmes de suivi, ce qui souligne la confusion entourant le terme

« surveillance ».

LES AUTEURS ET LEURS RÔLES

Auteurs

Linda Vrbova (LV) : School of Population and Public Health, Université de Colombie‐Britannique.

Craig Stephen (CS) : Faculty of Veterinary Medicine, Université de Calgary; Centre for Coastal Health; School of Population and Public Health, Université de Colombie‐Britannique.

Naomi Kasman (NK) : Health Protection Division, York Region Health Services Department.

Richard Boehnke (RB) : Direction de la lutte contre les maladies infectieuses, ministère de la Santé et des Soins de longue durée de l’Ontario.

Mimi Doyle‐Waters (MD‐W) : Centre for Clinical Epidemiology and Evaluation, Vancouver Coastal Health Research Institute.

Andenye Chablitt‐Clark (AC‐C) : Direction de l'hygiène du milieu, ministère de la Santé et des Soins de longue durée de l’Ontario.

Brian Gibson (BG) : Direction de l'hygiène du milieu, Division de la santé publique, ministère de la Santé et des Soins de longue durée de l’Ontario; Dalla Lana School of Public Health, Université de Toronto.

Michael Brauer (MB) : School of Environmental Health, Université de Colombie‐Britannique.

iii

David Patrick (DP) : Epidemiology Services, Centre de contrôle des maladies de la Colombie‐Britannique; School of Population and Public Health, Université de Colombie‐Britannique.

Rôles

LV et CS ont conçu l’étude et déterminé les questions à poser. LV et MD‐W ont élaboré et mis en œuvre la

stratégie de recherche, avec l’aide de CS, de RB, de NK, d’AC‐C, de DP, de BG et de MB, lors d’une réunion

d’étape. LV et NK ont choisi parmi les titres des articles (série 1) et les résumés ceux qui seraient inclus. LV a

obtenu les articles. LV et NK ont effectué la seconde série d’inclusion et d’exclusion et extrait les données des

articles. LV a nettoyé et analysé la base de données et a rédigé la première ébauche du rapport. Tous les auteurs

(LV, CS, RB, NK, MD‐W, AC‐C, DP, BG et MB) ont participé à la révision et à la préparation du document final.

REMERCIEMENTS

Les auteurs remercient : Mark Fitzgerald pour ses commentaires sur la validité des définitions générales aux fins

de la recherche et les pièges de la recherche de termes mal appliqués dans la documentation; le Programme

canadien d'épidémiologie de terrain et ses épidémiologistes stagiaires œuvrant dans toutes les régions du

Canada pour leurs rapports d’évaluation sur les événements sanitaires surveillés; Mark Pahulje pour sa

participation à la révision des tableaux finaux de références et de données; Eleni Galanis et André Ravel pour

leur aide dans la révision de la section du présent rapport portant sur les résultats liés à la documentation non

revue par des pairs; et les pairs réviseurs du Centre de collaboration nationale en santé environnementale, dont

les suggestions et les commentaires judicieux ont considérablement amélioré le présent rapport.

NOTE SUR LE FINANCEMENT ET DÉNI DE RESPONSABILITÉ

La production du présent rapport a été possible grâce à une contribution financière de l’Agence de la santé

publique du Canada, par l’entremise du Centre de collaboration nationale en santé environnementale. Les

opinions qui y sont exprimées ne représentent pas nécessairement celles de l’Agence ou du Centre de

collaboration nationale en santé environnementale.

TABLE DES MATIÈRES

RÉSUMÉ ..................................................................................................................................................ii

LES AUTEURS ET LEURS RÔLES ...............................................................................................................ii

Auteurs ............................................................................................................................................................. ii

Rôles ................................................................................................................................................................ iii

REMERCIEMENTS .................................................................................................................................. iii

NOTE SUR LE FINANCEMENT ET DÉNI DE RESPONSABILITÉ ................................................................. iii

TABLE DES MATIÈRES ............................................................................................................................ iv

CHAPITRE 1. RENSEIGNEMENTS GÉNÉRAUX ET INTRODUCTION ......................................................... 1

Maladies infectieuses et zoonoses émergentes ............................................................................................. 1

Facteurs de l’émergence des maladies infectieuses ....................................................................................... 1

Surveillance des maladies infectieuses émergentes ....................................................................................... 2

Surveillance humaine et animale dans le secteur de la santé publique et surveillance intégrée .................. 3

Objectifs de l’examen ..................................................................................................................................... 4

CHAPITRE 2. MÉTHODES ....................................................................................................................... 6

Stratégie de recherche .................................................................................................................................... 6

Sélection des études ....................................................................................................................................... 8

Extraction et évaluation de la qualité des données ........................................................................................ 9

Analyse descriptive ....................................................................................................................................... 10

CHAPITRE 3. RÉSULTATS ..................................................................................................................... 11

Résultats concernant l’ensemble des systèmes de surveillance .................................................................. 13

Résultats concernant les systèmes de surveillance évalués ......................................................................... 14

Résultats concernant certains documents non revus par des pairs ............................................................. 15

CHAPITRE 4. ANALYSE ......................................................................................................................... 17

Évaluation des systèmes de surveillance ...................................................................................................... 17

Définition de « surveillance » ....................................................................................................................... 18

Définition de « zoonose émergente » .......................................................................................................... 18

Définition de « maladie ou syndrome surveillé » ......................................................................................... 19

Intégration des données humaines et animales ........................................................................................... 19

Rôle des inspecteurs en santé publique ....................................................................................................... 20

v

Comparaison : documentation revue par des pairs et documentation non revue par des pairs ................. 20

Limitations..................................................................................................................................................... 21

CHAPITRE 5. CONCLUSIONS ET RECOMMANDATIONS ....................................................................... 23

Conclusions ................................................................................................................................................... 23

Recommandations ........................................................................................................................................ 23

TABLE DES FIGURES ............................................................................................................................ 24

TABLE DES TABLEAUX ......................................................................................................................... 24

TABLE DES ANNEXES ........................................................................................................................... 24

RÉFÉRENCES ........................................................................................................................................ 25

ANNEXES ............................................................................................................................................. 27

Annexe 1. Zoonoses émergentes et zoonoses qui réapparaissent, selon leurs agents ................................ 27

Annexe 2. Zoonoses émergentes et zoonoses qui réapparaissent, par voie de transmission et maladie ... 28

Annexe 3. Termes cherchés dans MEDLINE aux fins de l’examen ................................................................ 30

Annexe 4. Liste des 221 systèmes inclus dans l’examen .............................................................................. 36

Annexe 5. Liste des 17 systèmes évalués inclus dans l’examen ................................................................... 46

Annexe 6. Liste des 214 articles inclus dans l’examen ................................................................................. 47

1

CHAPITRE 1. RENSEIGNEMENTS GÉNÉRAUX ET INTRODUCTION

Maladies infectieuses et zoonoses émergentes

Globalement, on peut dire qu’une maladie infectieuse émergente (MIE) est une maladie qui apparaît dans une

population ou une maladie dont l’incidence ou la répartition géographique augmente rapidement [1]. Il peut

s’agir : 1) d’un agent connu qui apparaît dans une nouvelle région; 2) d’un agent connu ou d’un agent très

semblable qui se manifeste chez une espèce antérieurement non infectée; 3) d’un agent précédemment

inconnu détecté pour la première fois [2]. À l’échelle mondiale, le nombre de MIE a augmenté au cours des 50

dernières années [3].

Selon les estimations, la proportion de MIE où un pathogène est transmis d’un animal à l’humain (« zoonose »)

varie de 60 à 75 p. 100 [3‐5]. Bien que le nombre de zoonoses émergentes dans le monde varie beaucoup selon

la définition utilisée, une étude récente énumère 177 espèces de pathogènes émergentes, dont 130 (73 p. 100)

causent des zoonoses connues [4]. Les exemples de zoonoses émergentes au Canada comprennent de nouveaux

agents comme la maladie de la vache folle (encéphalopathie spongiforme bovine ou ESB), des agents évolutifs

comme le virus de la grippe aviaire ou les bactéries Salmonella et Escherichia coli résistantes aux antimicrobiens,

ainsi que des agents qui élargissent leur gamme d’hôtes, comme les hantavirus, la maladie de Lyme et le virus

du Nil occidental (VNO) [1, 2, 6]. Une zoonose émergente peut être dévastatrice si elle devient transmissible de

personne à personne. Par exemple, la caractérisation génétique complète du virus pandémique de la grippe

espagnole de 1918 suggère qu’il provenait d’un virus de grippe aviaire qui s’était adapté. Ces conclusions

montrent que les agents zoonotiques peuvent causer des effets importants à la suite de changements

génétiques mineurs, notamment une gravité accrue et une transmissibilité facilitée entre les humains,

caractéristiques déjà présentes, dans une certaine mesure, chez les virus aviaires qui circulent actuellement [7].

Facteurs d’émergence des maladies infectieuses

Nombreuses sont les raisons de l’émergence des maladies infectieuses : 1) la biologie des pathogènes, y compris

l’adaptation et la transformation des microbes; 2) les changements démographiques et les comportements

humains; 3) la biologie humaine, y compris l’état immunitaire; 4) les changements écologiques, comme ceux

causés par le développement agricole ou économique, notamment l’aménagement du territoire, ou les

anomalies climatiques; 5) la technologie et l’industrie, y compris la production alimentaire et les soins de santé;

6) l’augmentation des déplacements et des échanges commerciaux; 7) la détérioration des services de santé

Chapitre 1

2

publique [1‐5]. D’après la documentation, on s’entend de plus en plus pour dire que la société serait mieux

préparée pour détecter et prévenir les MIE si l’on pouvait être plus prévoyant, c’est‐à‐dire si l’on pouvait déceler

les situations à risque avant l’apparition des premiers groupes de cas dans les hôpitaux [8]. Plus précisément, en

ce qui concerne les zoonoses émergentes, on a suggéré d’intégrer aux systèmes de surveillance des

renseignements concernant la santé des animaux pour assurer la précocité des alertes [9].

Surveillance des maladies infectieuses émergentes

Une bonne surveillance constitue le premier but important de la prévention des MIE qui apparaissent

naturellement ou par suite d’activités terroristes [10‐12]. La prévention ou l’atténuation des effets d’une MIE

dépend de la capacité de détecter rapidement les premiers cas [13]. Plus tôt on décèle ces cas, plus il est

probable qu’une intervention empêche l’apparition d’autres cas, surtout si elle a lieu avant la phase de

croissance logarithmique de l’épidémie.

Selon la définition des Centres de contrôle et de prévention des maladies (CDC) des États‐Unis, un système de

surveillance recueille et analyse les données pertinentes, notamment sur la morbidité et la mortalité, et facilite

la diffusion en temps opportun des résultats aux décideurs appropriés [14]. Par conséquent, un tel système

comprend une collecte et une analyse régulière des données, suivies d’une intervention au besoin. C’est cet

élément de décision et d’intervention en temps opportun fondées sur l’interprétation des données qui distingue

la surveillance du suivi : la surveillance est plus qu’un simple système de détection d’incidents. Elle est axée sur

l’action : les décisions rapides sont liées aux conclusions actuelles. Elle comprend donc une intervention en

temps opportun fondée sur les données. Par contre, le suivi ne comprend pas nécessairement d’intervention en

temps opportun. Il sacrifie la rapidité pour la précision et permet de produire des rapports sommaires sur ce qui

s’est passé plutôt que sur ce qui se passe (voir la figure 1). On assimile parfois les systèmes de surveillance des

maladies conçus spécifiquement pour les MIE à des systèmes d’alerte précoce. Nous utilisons donc ces deux

termes de façon interchangeable dans le présent rapport.

Chapitre 1

3

Figure 1. Structure d’un système de surveillance – Les étapes allant de la collecte des données à la détection de l’épidémie ou du cas constituent le suivi. L’ajout de décisions et d’interventions en temps opportun fait du système un système de surveillance. Figure adaptée de Wagner et al., 2006 [15].

Les systèmes de surveillance de maladies diverses ont proliféré au cours des 50 dernières années, et un nombre

croissant ont visé les MIE au cours de la dernière décennie [16]. En Amérique du Nord, les systèmes liés aux MIE,

dont une bonne partie sont des systèmes de « surveillance syndromique », se sont multipliés depuis la première

apparition du VNO sur le continent en 1999 et l’augmentation des craintes concernant le bioterrorisme, après

les attaques terroristes du 11 septembre 2001 [16]. La surveillance syndromique consiste globalement à

recueillir de « nouveaux » types de données qui ne permettent pas de diagnostiquer une maladie, mais qui

peuvent indiquer la première phase d’une épidémie, comme les ordonnances pharmaceutiques exécutées et

l’absentéisme à l’école ou au travail [17]. On a publié des recommandations pour l’évaluation des divers types

de systèmes de surveillance disponibles (y compris les systèmes de surveillance syndromique) [14, 15, 17], mais

on a accordé peu d’attention à la question de savoir si la surveillance des MIE nécessite un ensemble différent

de critères de conception et d’évaluation par comparaison aux systèmes servant à surveiller les maladies

endémiques et non infectieuses.

Surveillance humaine et animale dans le secteur de la santé publique et surveillance intégrée

Le sens de « surveillance » diffère dans la documentation en santé publique selon qu’il s’agit d’animaux ou

d’humains. La différence découle des mandats relatifs à la collecte de données animales et humaines. La

surveillance de la santé animale est souvent beaucoup plus passive que celle de la santé publique humaine, car

la collecte des données et la déclaration des maladies animales et des zoonoses ne sont pas aussi légalement

obligatoires que pour l’humain, surtout en ce qui concerne la faune et la flore sauvages. Cette insuffisance des

obligations légales et des mécanismes de déclaration structurés fait aussi en sorte que la surveillance animale ne

se fonde pas sur la population dans la même mesure que la surveillance de la santé publique humaine. Ni les

instances responsables de la santé humaine, ni celles chargées de la santé animale n’ont présentement le

mandat clair de comparer les données relatives aux maladies animales et humaines de façon intégrée [18].

Pourtant, un tel mandat serait déterminant dans le développement et le maintien de leurs initiatives.

Collecte de données additionnelles

Groupe de données à analyser

Analyse Épidémie ou cas soupçonné ou confirmé

Décisions Interven-tions

Collecte permanente de données

Suivi

Chapitre 1

4

Malgré ces problèmes, certaines initiatives de surveillance visent actuellement à intégrer les données humaines

et animales [18‐20], souvent sous la bannière « One Health »1. Il existe des initiatives de surveillance des MIE

zoonotiques à l’échelle internationale, comme le Global Avian Influenza Network for Surveillance2; à l’échelle

nationale, notamment au Canada, le Réseau canadien de surveillance zoosanitaire3 et le Centre canadien

coopératif de la santé de la faune4, qui reçoit de 0,75 à 1,5 M$ CAN par année aux fins de surveillance de la

grippe aviaire; et à l’échelle provinciale, tel le programme de la Colombie‐Britannique consacré au VNO, qui

coûte environ 1 M$ CAN par année5. Les ressources considérables investies dans ce domaine rendent prioritaire

notre déficit de connaissances de base sur la conception et l’évaluation des systèmes de surveillance des MIE.

Ces systèmes et d’autres, comme l’initiative de surveillance intégrée From Farm to Fork de la Colombie‐

Britannique [21], illustrent la tendance des systèmes de surveillance vers l’intégration des données humaines et

animales en matière de surveillance, une priorité à l’échelle mondiale [13].

Les liens entre les rôles joués par les animaux d’élevage, les animaux domestiques, la faune et la flore sauvages,

l’environnement et les populations humaines dans la transmission et la pathogénèse des zoonoses posent

plusieurs défis distincts pour la surveillance [19]. La surveillance des zoonoses est nécessairement une activité

multidisciplinaire qui touche à la fois les pratiques et les politiques en matière de santé humaine, de santé

animale, de santé environnementale et de santé publique. La collaboration entre ces domaines est encore plus

importante pour la surveillance des zoonoses émergentes, car la détection des nouvelles maladies se base sur

les rapports de divers types de praticiens de première ligne, de professionnels de la santé publique et de

chercheurs, notamment des médecins, des vétérinaires, des biologistes, des inspecteurs en santé publique6 et

des épidémiologistes. Il faut obtenir de l’information sur la meilleure façon de structurer ces initiatives de

surveillance interdisciplinaires, y compris des renseignements concernant les rôles nécessaires.

Objectifs de la revue systématique de la documentation

Les architectes des systèmes de surveillance des MIE sont désavantagés par l’absence d’inventaire systématique

des éléments nécessaires à la surveillance intégrée des MIE. Ils doivent donc utiliser des renseignements

anecdotiques ou fonctionner par tâtonnements lorsqu’ils élaborent et évaluent leurs programmes. Il faut

absolument déterminer les systèmes dont l’efficacité a été prouvée, peu importe leur pays d’origine. Notre

revue de la documentation vise à aider les praticiens de la santé publique qui prennent des décisions en cas de

1 www.onehealthinitiative.com. 2 www.gains.org. 3 www.inspection.gc.ca/francais/anima/surv/cahsnrcszf.shtml. 4 wildlife1.usask.ca/en/aiv/index.php.

5 www.bccdc.org/content.php?item=183. 6 Dans d’autres territoires, ces professionnels de la santé sont parfois appelés agents d'hygiène du milieu ou hygiénistes. Aux fins d’uniformité, nous n’utilisons que le terme « inspecteur en santé publique » dans le présent rapport.

Chapitre 1

5

zoonose émergente en synthétisant les données probantes disponibles concernant les initiatives de surveillance

en santé publique et les critères utilisés pour les évaluer.

6

CHAPITRE 2. MÉTHODES

Trois questions ont guidé notre revue systématique :

1. Quelles sont les initiatives existantes de surveillance de la santé publique qui visent les zoonoses

émergentes dans le monde?

2. A‐t‐on évalué ces initiatives de surveillance?

3. Quels critères ont servi à évaluer les initiatives de surveillance?

Nous avons répondu à ces questions en : 1) trouvant les rapports sur les systèmes qui correspondaient à nos

définitions de la surveillance et des maladies émergentes; 2) examinant les rapports retenus pour déterminer si

on les avait évalués; 3) évaluant les critères utilisés pour les évaluations. Les articles ont été tirés de la

documentation de langue anglaise publiée et revue par des pairs et d’une source non revue par des pairs choisie

en raison de la haute qualité prévue de ses évaluations d’initiatives de surveillance.

Stratégie de recherche

La stratégie de recherche a été élaborée en deux étapes : 1) détermination des concepts clés caractérisant les

questions de l’étude; 2) établissement d’une liste de termes à chercher reflétant ces concepts clés. Les deux

principaux concepts déterminés étaient les systèmes de surveillance et les zoonoses. Pour chacun, nous avons

choisi plusieurs termes et mots clés qui ont ensuite été combinés en vue de la recherche (voir l’annexe 3). Les

définitions adoptées aux fins de la recherche étaient les suivantes :

1. Surveillance

La collecte, le rassemblement et l'analyse systématiques et continus de données et la diffusion, en temps

opportun, de l'information à ceux et celles qui doivent être tenus au courant afin que des mesures soient

mises en oeuvre. La surveillance diffère du suivi par sa continuité, tandis que ce dernier est intermittent ou

épisodique [22] et ne comprend pas une intervention rapide.

Les catégories de termes considérées comme définissant « surveillance » aux fins de la recherche étaient :

1) technologie de l’information; 2) santé publique; 3) structure organisationnelle. Nous avons cherché

manuellement dans MEDLINE les termes à chercher pour déterminer leur pertinence dans chaque catégorie.

Par exemple, les termes à chercher dans la catégorie « technologie de l’information » comprenaient

« decision making », « computer‐assisted », « decision techniques », « clinical laboratory informatics

Chapitre 2

7

systems » OR « decision support systems, clinical », « hospital information systems », « integrated advanced

information management systems »; les termes à chercher dans la catégorie « santé publique »

comprenaient « diagnosis, computer‐assisted », « epidemiologic methods », « disease outbreaks », « disease

reservoirs », « disease transmission », « environmental medicine », « environmental microbiology »,

« environmental monitoring », « food contamination », « communicable disease control », « mandatory

reporting », « disease management »; les termes de la catégorie « structure organisationnelle »

comprenaient « communication », « decision making », « information dissemination », « interprofessional

relations », « public health administration », « organization and administration » et « health care

organization » (la liste de tous les termes cherchés dans MEDLINE figure à l’annexe 3).

2. Zoonose émergente

Zoonose qui a été reconnue ou est survenue récemment ou qui est survenue antérieurement mais dont

l’incidence, la répartition géographique ou la gamme d’hôtes ou de vecteurs s’accroît [13]. Les listes de

zoonoses émergentes utilisées aux fins de la recherche documentaire figurent en annexe (voir l’annexe 1 et

l’annexe 2). Nous avons cherché les maladies en utilisant leur nom courant et les noms des agents causals.

Nous avons constaté que la documentation publiée sur ce sujet ne se limitait pas à quelques revues. Les

recherches élargies ont relevé de nombreux rapports jugés non pertinents par la suite, mais elles ont favorisé

l’extraction d’études pertinentes et réduit les biais que des recherches de termes plus étroites auraient pu

produire. Pour assurer un très haut degré de sensibilité, nous avons cherché à la fois des sujets et des mots clés.

Par exemple, « population surveillance », « communicable diseases », « emerging zoonoses » et « disease

outbreaks » sont tous des sujets médicaux, tandis que « disease$ adj5 outbreak$ » est une série de mots clés qui

a permis de trouver des variations de ces termes, comme « outbreaks of lethal disease » « disease causing

destructive outbreaks » et « disease associated with recent WNV outbreaks ». Parce que les questions de la

recherche touchaient des domaines de la médecine, de la médecine vétérinaire, de la santé publique, de la

zoologie, de la biologie, des études environnementales et de l’agriculture, la recherche dans la documentation

publiée s’est limitée aux outils suivants : MEDLINE, EMBASE, AGRICOLA, plusieurs sous‐ensembles de bases de

données en sciences de l’environnement et en gestion de la pollution, et Zoological Record. La stratégie de

recherche exacte variait d’une base de données à l’autre en raison des différences dans les listes de sujets et la

terminologie des sujets (voir l’annexe 3).

Outre la recherche effectuée dans la documentation publiée, des membres de l’équipe du Programme canadien

d'épidémiologie de terrain (PCET) de l’Agence de la santé publique du Canada ont fourni des évaluations de

systèmes de surveillance effectuées par leurs stagiaires de 1999 à 2007. Nous avons choisi ces rapports du PCET

Chapitre 2

8

parce qu’ils représentaient la meilleure documentation non revue par des pairs qui soit disponible au Canada en

ce qui concerne l’évaluation de la surveillance de la santé publique en matière de maladies infectieuses. Afin

d’obtenir l’autorisation d’utiliser ces rapports, nous avons communiqué avec les instances locales, provinciales,

territoriales et fédérales qui ont encadré les épidémiologistes stagiaires du PCET et commandé ces rapports.

Une condition de l’accord de divulgation de données conclu avec ces instances interdit l’identification des

systèmes évalués dans notre rapport. Tous les résultats sont groupés de façon à préserver cet anonymat.

Chaque étape des stratégies de recherche a été consignée par écrit. Nous avons téléchargé ou versé

manuellement dans RefWorks (RefWorks, LLC) les documents relevés par les recherches dans les bases de

données, puis nous avons éliminé les doubles. Le nombre de documents trouvés a été consigné et daté

initialement et pendant la collecte des rapports de recherche. L’étude se limitait aux rapports publiés en anglais

de 1992 à 2006; c’est pourquoi la grande majorité des rapports trouvés décrivaient des initiatives de surveillance

mises en oeuvre dans des pays anglophones (Australie, Canada, Nouvelle‐Zélande, Royaume‐Uni et États‐Unis).

Sélection des études

Nous avons réalisé la première phase d’inclusion et d’exclusion en utilisant uniquement les titres, les sujets et

les résumés (le cas échéant) des articles. Les critères appliqués à cette étape étaient généraux (tableau 1).

Deux chercheurs ont évalué la fiabilité du processus décisionnel d’inclusion et d’exclusion à l’aide d’un sous‐

ensemble des résultats de la recherche effectuée dans MEDLINE. Pendant cette phase pilote, ils ont appliqué les

critères d’inclusion et d’exclusion séparément, puis comparé leurs sélections. En cas de désaccord concernant

un rapport particulier, ils se rencontraient pour discuter de leur décision initiale et convenaient du choix final. Le

degré d’accord a été évalué au moyen de l’analyse statistique Kappa. Après la phase pilote, les deux chercheurs

ont inclus ou exclu les articles de façon indépendante.

Pour la seconde phase d’inclusion et d’exclusion, les critères modifiés en fonction des résultats de la phase

pilote des chercheurs ont été appliqués au texte intégral des articles (tableau 1). Nous avons consigné le nombre

d’articles inclus et exclus à chaque étape afin de créer des diagrammes illustrant le processus. Un article était

inclus s’il décrivait ou évaluait un système de surveillance des zoonoses émergentes. Nous avons inclus des

systèmes de diagnostic, de gestion, de déclaration ou de communication si on pouvait les classer ou les utiliser

comme des systèmes de surveillance. Parce que notre analyse portait principalement sur les systèmes conçus

pour les responsables de la santé publique, les cliniciens et les praticiens en santé environnementale, nous

avons exclu les systèmes conçus à l’intention d’autres décideurs, sauf si des cliniciens ou des responsables de la

santé publique pouvaient aussi les utiliser. Les mêmes critères d’inclusion et d’exclusion ont été appliqués à la

sélection des articles revus par des pairs et des rapports d’épidémiologie de terrain du PCET.

Chapitre 2

9

Tableau 1. Critères d’inclusion et d’exclusion. Les critères d’exclusion initiaux (*) ont été appliqués uniquement aux titres, aux sujets et aux résumés (le cas échéant) des articles et les critères d’exclusion secondaires (**), à leur texte intégral.

Critères d’exclusion initiaux* Critères d’exclusion secondaires**

Langue Non anglais Non anglais

Période Avant 1987 Avant 1992

Type d’étude Articles de recherche fondamentale

Articles sur la greffe d’organes Articles de recherche fondamentale

Articles sur la greffe d’organes et la transfusion sanguine

Maladies Ne concerne pas une zoonose émergente ou qui réapparaît (ne figure pas dans les tableaux A1 et A2 en annexe).

Ne concerne pas une zoonose émergente ou qui réapparaît (ne figure pas dans les tableaux A1 et A2 en annexe).

Description ou type du système

Ne mentionne que les résultats d’un système de surveillance; ne décrit pas le système.

Aucune mention du but ou aucune description du système.

Ne mentionne que les résultats d’un système de surveillance; ne décrit pas le système.

Listes générales d’envoi par courriel, sites de dialogue en ligne, versions électroniques de manuels et sites Web offrant de l’information sur les zoonoses émergentes sans modérateur ou processus d’évaluation par des pairs

Extraction et évaluation de la qualité des données

Pendant la phase pilote, deux chercheurs (LV et NK) ont extrait les données et appliqué les critères d’inclusion et

d’exclusion. Des discussions détaillées ont permis de préciser les données à extraire, puis les deux chercheurs

ont extrait les données de façon indépendante. Les données tirées des articles sont décrites au tableau 2.

Les chercheurs considéraient qu’une évaluation avait été effectuée (Évalué : oui, non) si le rapport l’indiquait ou

s’il mentionnait au moins deux des trois critères suivants : sensibilité, valeur prédictive positive (spécificité) ou

rapidité. Les auteurs ont choisi ces critères parmi les neuf critères d’évaluation décrits dans le document des

CDC intitulé Guidelines for Evaluating Public Health Surveillance Systems (simplicité, flexibilité, qualité des

données, acceptabilité, sensibilité, valeur prédictive positive, représentativité, rapidité et stabilité) [14] parce

qu’ils les considéraient comme les plus pertinents pour un système de surveillance des MIE. Toutefois, si

certains des six autres critères d’évaluation mentionnés par les CDC étaient évalués, les renseignements étaient

notés dans la base de données (Évalué : autre). Un critère d’évaluation était considéré comme « évalué » si

l’article mentionnait ses éléments nécessaires; il n’était pas nécessaire que les auteurs précisent qu’ils traitaient

le critère. Par exemple, si les auteurs indiquaient le temps écoulé entre la collecte des données et l’analyse, nous

considérions que le critère « rapidité » était « évalué ».

L’évaluation de la qualité des études est une partie importante des revues systématiques. On applique

habituellement aux études d’observation des critères servant à évaluer leurs biais et leur qualité [23]. Ces

critères comprennent le type d’étude utilisé (les études de cohorte sont préférables aux études cas‐témoin) et le

traitement des biais (sélection, rendement, mesure et modification de la distribution). Toutefois, notre revue

porte sur les systèmes de surveillance et non sur des études. Par conséquent, la qualité des systèmes de

Chapitre 2

10

surveillance a été évaluée selon les critères des CDC énoncés ci‐dessus. Les mêmes données ont été extraites

des articles revus par des pairs et des rapports du PCET.

Tableau 2. Données extraites des articles

No Données Description 1 Nom du système Le nom du système.

2 But Le but du système.

3 Emplacement L’emplacement du système au plus haut niveau d’intégration – p. ex., un système à la fois local et national était considéré comme national dans la base de données (continent, international pour les systèmes couvrant plus d’un pays, et pays).

4 Population Une description de la population visée par le système.

5 Première année L’année où le système a commencé à fonctionner.

6 Organismes participants Les organismes participant à la gestion du système.

7 Agent : connu et/ou inconnu

La nature de l’agent de maladie infectieuse que le système peut détecter et s’il est connu et défini ou inconnu et indéfini.

8 Type de système Le type de système – p. ex., véritable système de surveillance, système de suivi ou projet de recherche.

9 Maladies ou syndromes surveillés

Les types de maladies ou de syndromes que le système détecte.

10 Type de données recueillies

Le type de données que le système recueille, p. ex. diagnostics de laboratoire ou dossiers de santé administratifs.

11 Catégorie de données : humaines, animales, autre

La catégorie de données recueillies : humaines, animales ou autre.

12 Méthode de collecte et d’analyse des données

Une description des méthodes utilisées par le système pour recueillir et analyser les données.

13 Évaluation : rapidité La rapidité du système a‐t‐elle été évaluée?

14 Évaluation : sensibilité, spécificité

La sensibilité ou la spécificité du système a‐t‐elle été déterminée?

15 Évaluation : autre Le système a‐t‐il explicitement fait l’objet d’un autre type d’évaluation? Voir « Méthodes » pour en savoir plus.

16 Évalué : oui, non Une indication du fait qu’une évaluation a été effectuée ou non. Voir « Méthodes » pour en savoir plus.

17 Rôle des inspecteurs en santé publique

Une description détaillée du rôle des inspecteurs en santé publique ou du personnel équivalent au sein du système.

18 Références Une liste des références associées au système – souvent, un système était assorti de plusieurs références.

Analyse descriptive

À l’étape de la synthèse des données, nous avons compilé et résumé les résultats sous forme de tableau

indiquant les caractéristiques des systèmes de surveillance : le caractère connu ou inconnu de l’agent surveillé,

le nombre de maladies surveillées, le fait que les données concernaient des humains, des animaux ou une autre

catégorie et le fait qu’on avait ou non évalué le système. Les mêmes analyses ont été effectuées à l’égard de la

documentation revue par des pairs et des rapports du PCET, mais ces derniers sont regroupés pour préserver

l’anonymat.

11

CHAPITRE 3. RÉSULTATS

La recherche documentaire a relevé 2 263 articles dans les diverses bases de données (voir la figure 2). Au

début, il a été difficile de s’entendre sur l’application des critères d’inclusion et d’exclusion, surtout en raison de

différences dans les façons dont les auteurs définissaient les systèmes de surveillance et à cause du problème de

la distinction à faire entre les rapports qui décrivaient un système et ceux qui ne présentaient que ses résultats.

Total des documents en anglais inclus : 2 263

Anglais

282 (286)

Autreslangues68 (69)

MEDLINERecherche initiale

1985-2007355 (384)

Zoological Record

1987-200740 (58)

MEDLINE1987-2007958 (994)

EMBASE

1987-20071196 (1209)

Agricola1991-2006

43 (65)

EnvironmentalSciences &

PollutionManagement

1987-200730 (65)

Anglais

857 (861)


Anglais

1011 (1090)


Figure 2. Documents trouvés dans les bases de données bibliographiques. Les chiffres entre parenthèses représentent les totaux incluant les doubles. Les autres chiffres représentent les totaux sans les doubles.

Après la première application des critères d’inclusion et d’exclusion, nous avons retenu 603 articles : 370 de

MEDLINE, 187 d’EMBASE, 16 d’AGRICOLA, 16 d’Environmental Sciences and Pollution Management et 14 de

Zoological Record. Tous les articles sauf 20 ont été obtenus dans leur intégralité (96,7 p. 100). Selon l’analyse

Kappa, la concordance inter‐évaluateurs de la recherche pilote dans MEDLINE était de 0,47, soit modérée (voir la

figure 3). Puisque cette phase pilote a servi à favoriser la discussion des deux chercheurs sur les critères de

sélection de l’étude et qu’ils ont convenu des articles retenus au cours de cette phase, l’analyse Kappa de cette

phase n’a pas fourni une estimation de la concordance qui pouvait s’appliquer au reste de l’étude. Parmi les

583 articles intégraux initiaux, 214 portaient sur des systèmes répondant aux critères d’inclusion de l’étude (voir

l’annexe 6). Plus de la moitié (55 p. 100) des articles ont été publiés dans la période de quatre ans allant de 2003

à 2006 (voir la figure 4).

Chapitre 3

12

Figure 3. Résultats de la recherche initiale (pilote) dans MEDLINE (1985‐2007) : concordance inter‐évaluateurs de 0,47 selon l’analyse Kappa.

Figure 4. Articles concernant des systèmes de surveillance des zoonoses émergentes, par année de publication : 1992‐2006 (N=212).

Chapitre 3

13

Résultats concernant l’ensemble des systèmes de surveillance

Les problèmes qui ont nui à la sélection des articles ont aussi entravé l’extraction des données en raison du

caractère flou de la terminologie. Par exemple, nous ne pouvions pas utiliser le champ de données « type de

système » à cause de la difficulté de déterminer ce qui constituait un système de suivi et un système de

surveillance, les articles considérant souvent les deux comme des « systèmes de surveillance ». L’extraction des

données des 214 articles a révélé 221 systèmes distincts, car certains articles décrivaient plus d’un système (voir

l’annexe 4).

Le tableau 3 montre les résultats relatifs aux systèmes inclus selon le continent. La plupart des systèmes se

trouvaient en Amérique du Nord (39,8 p. 100), suivie de l’Europe (28,5 p. 100), et un petit nombre étaient en

Afrique (5,0 p. 100) et en Amérique centrale ou du Sud (1,4 p. 100). La majorité des systèmes (61,5 p. 100)

étaient conçus pour ne détecter que les pathogènes connus; 19,9 p. 100 étaient conçus pour détecter les

pathogènes connus et inconnus et seulement 6,8 p. 100 étaient conçus pour ne détecter que les pathogènes

inconnus. L’Amérique du Nord comptait le plus grand nombre de systèmes servant à détecter les pathogènes

inconnus, tandis que l’Europe se concentrait presque exclusivement sur la détection des zoonoses connues. Les

systèmes examinaient principalement les données humaines uniquement (49,3 p. 100), suivies des données

animales uniquement (22,2 p. 100); quelques‐uns (16,3 p. 100) traitaient les deux types. Enfin, la plupart des

systèmes ciblaient plusieurs maladies (63,8 p. 100) plutôt qu’une seule (33,9 p. 100) (voir le tableau 3). Dans

l’ensemble, la documentation publiée sur les systèmes de surveillance des zoonoses émergentes ne mentionnait

pas les rôles particuliers joués par les praticiens de la santé environnementale.

Il y avait peu d’information sur la structure et les éléments des systèmes de surveillance. Le champ de données

le plus complet était celui qui précisait si le système recueillait des données sur plusieurs maladies ou une seule

(100 p. 100). Venaient ensuite : le pays et le continent du système (99,5 p. 100 dans les deux cas), le fait que le

système était évalué ou non (93,2 p. 100), le fait que le système recueillait des données sur les pathogènes

connus ou inconnus (88,2 p. 100), le type de données recueillies (humaines ou animales) (87,8 p. 100), les

maladies ou les syndromes particuliers surveillés (80,5 p. 100), les organisations participantes (78,7 p. 100), le

but du système (78,7 p. 100), les renseignements sur la population visée par le système (72,4 p. 100), le type de

données recueillies (66,5 p. 100), les méthodes de collecte et d’analyse des données (66,5 p. 100) et, enfin, la

première année (60,2 p. 100). Les champs les plus incomplets étaient ceux indiquant : le type de système

(27,6 p. 100), le fait que la rapidité était évaluée ou non (26,2 p. 100), le fait que la sensibilité ou la spécificité

était évaluée ou non (14,5 p. 100) et les autres renseignements concernant les évaluations (10,5 p. 100).

Chapitre 3

14

Tableau 3. Systèmes par continent (N=221) selon les pathogènes surveillés, le type de données recueillies et le nombre de maladies surveillées. Les totaux ne correspondent pas toujours à 221 en raison des données manquantes.

Continent

Nombre de systèmes pour les pathogènes connus et inconnus (N=190)

Nombre de systèmes recueillant des données humaines et animales

(N=194)

Nombre de systèmes recueillant des

données sur une ou sur plusieurs maladies

(N=216)

Nombre total de systèmes inclus (N=220)

Pathogènes connus

uniquement

Pathogènes inconnus

uniquement

Pathogènes connus et inconnus

Données humaines

Données animales

Données humaines

et animales

Une maladie

Plusieurs maladies

Total

Afrique 8 0 0 4 3 4 7 4 11

Asie 11 1 3 11 0 1 8 8 16

Australie et Océanie

13 0 2 9 4 4 6 12 18

Amérique centrale et du Sud

3 0 0 2 0 1 1 2 3

Europe 48 1 11 30 24 7 26 35 63

Amérique du Nord 41 11 23 46 16 15 21 65 88

International 12 2 4 7 2 4 6 14 21

Inconnu 0 0 1 0 0 0 0 1 1

Total 136 15 44 109 49 36 75 141 221

Résultats concernant les systèmes de surveillance évalués

Seulement 17 (7,7 p. 100) des 221 systèmes ont été considérés comme évalués selon la définition de notre

revue (voir « Méthodes »), la plupart (64,7 p. 100) étant nord‐américains (tableau 3). L’annexe 5 énumère ces 17

systèmes. Parmi les rapports, 11 mentionnaient la rapidité et un seul, la sensibilité, la spécificité ou la valeur

prédictive positive. Trois rapports indiquaient qu’une évaluation était effectuée, mais on n’y présentait aucun

résultat. Bien que ces rapports mentionnaient les autres critères d’évaluation décrits dans le cadre d’évaluation

des CDC [14], on ne les utilisait pas uniformément. Les rapports ne renfermaient pas assez d’information pour

nous permettre de déterminer si les évaluations étaient ponctuelles ou effectuées régulièrement dans le cadre

des systèmes.

Seuls quatre des rapports où l’on évaluait un système traitaient de son utilité générale pour détecter les

maladies : il s’agit des Boston Bioterrorism Surveillance Systems [24]; de NHS Direct [25]; du Health Partners

Medical Group Surveillance System [26] et de Sentinelles [27‐33]. Ils n’examinaient que des données concernant

des maladies humaines. Trois d’entre eux ciblaient les pathogènes connus et inconnus; l’autre ne traitait que les

pathogènes connus. Puisque aucun des quatre systèmes n’avait détecté de maladie émergente, on utilisait des

données rétrospectives ou modélisées pour évaluer leur capacité de détection. Selon trois des quatre

évaluations, le système visé était utile parce qu’il détectait l’épidémie sélectionnée [24, 26‐33]; l’autre concluait

que le système n’était pas utile parce qu’il ne détectait pas l’épidémie sélectionnée [25].

Chapitre 3

15

Résultats concernant certains documents non revus par des pairs

Nous avons trouvé 45 évaluations effectuées de 1999 à 2007 par des épidémiologistes du PCET au sujet de la

surveillance d’événements liés à la santé. Bien que 11 rapports correspondaient aux critères d’inclusion initiaux,

nous n’en avons inclus que sept dans la revue, car deux étaient incomplets, un n’était pas disponible et le

dernier ne correspondait pas aux critères d’inclusion.

Deux des rapports portaient sur le même système de surveillance; par conséquent, toutes les statistiques

descriptives sont calculées en fonction de six des sept rapports. Toutefois, nous avons utilisé les sept rapports

pour décrire les évaluations effectuées (voir le tableau 4). Trois des six rapports concernaient de véritables

systèmes de surveillance, un portait sur un système pilote correspondant davantage à un système de suivi et les

deux derniers décrivaient des systèmes d’alerte. Trois des systèmes étaient provinciaux, deux étaient nationaux

et un était local. Contrairement à beaucoup d’articles revus par des pairs, tous les rapports du PCET décrivaient

les systèmes de façon suffisamment détaillée pour que nous en obtenions toutes les données descriptives

nécessaires. Trois des systèmes ont été lancés en 2001 et les trois autres, en 1997, en 1998 et en 2005. La

plupart (quatre sur six) des systèmes ciblaient les agents connus uniquement; les deux autres traitaient les

agents connus et inconnus. La majorité (quatre sur six) des systèmes recueillaient aussi de l’information sur

plusieurs maladies, tandis que deux se limitaient à une maladie. La moitié (trois sur six) des systèmes ne

traitaient que des données humaines, un examinait des données humaines et animales et le dernier, des

données humaines, animales et autres.

Chaque rapport du PCET renfermait une évaluation du système visé selon la définition de « évaluation » utilisée

aux fins de notre revue (voir « Méthodes »). On y appliquait souvent plusieurs critères d’évaluation qui variaient

selon les attributs du système, la disponibilité des données et les objectifs particuliers de l’évaluation (tableau

4). Le tableau 4 indique aussi le nombre de fois que chaque critère a été appliqué dans les rapports : le critère

d’évaluation le plus fréquent était la rapidité, suivie par l’acceptabilité, l’utilité et la pertinence.

Tableau 4. Critères d’évaluation appliqués dans les rapports d’évaluation du PCET concernant les systèmes de surveillance (N=7)

Critère d’évaluation Nombre de rapports appliquant le critère Rapidité 5

Acceptabilité 4

Utilité / pertinence 4

Flexibilité 3

Sensibilité / spécificité / valeur prédictive positive 3

Qualité des données 2

Représentativité 2

Simplicité 2

Durabilité 1

Chapitre 3

16

Deux des sept rapports mentionnaient le rôle des inspecteurs en santé publique. Les deux rapports indiquaient

que ces inspecteurs étaient essentiels au système, car soit ils étaient les intervenants de première ligne qui

avisaient les médecins conseils en santé publique des éventuelles épidémies, soit ils assuraient le suivi des cas.

17

CHAPITRE 4. ANALYSE

Dans le cadre de notre revue systématique, la documentation revue par des pairs a révélé qu’il existait

221 systèmes de surveillance et de suivi des zoonoses émergentes dans le monde, tandis que les documents non

revus par des pairs en énuméraient six. Un rapport de revue systématique comparable des systèmes de

surveillance conçus pour la détection précoce des maladies liées au bioterrorisme a relevé 115 systèmes, dont

seulement 29 ciblaient les maladies ou les syndromes associés à des pathogènes se rapportant au bioterrorisme

[16]. Cela suggère une augmentation marquée du nombre de systèmes de surveillance des maladies émergentes

dans l’intervalle, comme en témoigne la proportion élevée d’articles publiés par la suite que nous avons trouvés

au cours de notre revue (voir la figure 3).

Évaluation des systèmes de surveillance

Parmi les 221 systèmes de surveillance et de suivi des zoonoses émergentes qui existaient dans le monde selon

la documentation revue par des pairs, seulement 17 étaient évalués. Malheureusement, la majorité des rapports

présentaient des évaluations très limitées. Seuls quelques‐uns appliquaient un ou plusieurs des critères

d’évaluation des systèmes de surveillance (simplicité, flexibilité, qualité des données, acceptabilité, sensibilité,

valeur prédictive positive, représentativité, rapidité et stabilité) [14] et aucun ne les utilisait tous. Seulement

quatre articles consacraient explicitement leur évaluation à l’utilité du système visé, et ces évaluations n’étaient

pas exhaustives [24‐33]. Il serait très troublant de constater que la rareté des évaluations dans la documentation

revue par des pairs révèle en fin de compte que les organisations concernées n’effectuent pas d’évaluation, car

l’évaluation devrait être un élément permanent de tout système de surveillance. Cependant, il pourrait exister

d’autres explications. Le manque général de données d’évaluation constaté dans la documentation revue par

des pairs sur les systèmes de surveillance des MIE pourrait découler de la réticence à dévoiler publiquement des

résultats d’évaluation négatifs pouvant mener à des mesures redoutées, comme l’élimination de subventions,

ou de la préférence des organismes gouvernementaux, qui gèrent souvent les systèmes de surveillance, pour la

publication de rapports internes par opposition à des articles scientifiques. Ce manque pourrait aussi s’expliquer

par la nouveauté relative de plusieurs des systèmes concernés, nouveauté démontrée par le fait que plus de la

moitié des articles inclus dans notre revue ont été publiés dans les quatre dernières années de la période de

l’étude (2003‐2006) (voir la figure 4).

Facteur étroitement lié à la nouveauté des systèmes concernés : l’insuffisance de la collecte de données

indépendantes qui permettraient les comparaisons et l’établissement de normes d’excellence par la profession.

Cette absence de norme d’excellence applicable complique à tout le moins les calculs relatifs à des critères

Chapitre 4

18

d’évaluation comme la sensibilité et la spécificité des systèmes de surveillance et, dans le pire des cas, elle rend

les comparaisons très difficiles. Néanmoins, des chercheurs ont pu mesurer l’imprécision de leurs initiatives de

surveillance (sans mécanisme de collecte indépendant pour obtenir une norme d’excellence) à l’égard de la

fièvre pourprée des montagnes Rocheuses en comparant des données hospitalières sur les décès à causes

multiples et des données de surveillance recueillies à l’échelle nationale [34].

Malgré l’existence d’explications valables pour le manque d’évaluations relatives aux systèmes de surveillance

dans la documentation, cette pénurie d’information fait ressortir que les systèmes actuels pourraient ne pas

être bâtis selon des méthodes fondées sur des données probantes. Si la documentation n’offre aucune preuve

concernant les types de systèmes qui fonctionnent bien et les raisons de leur succès, alors il y a peu de

références pour ceux qui élaborent de nouveaux systèmes ou qui perfectionnent des systèmes existants.

Définition de « surveillance »

Notre revue montre qu’il est difficile de déterminer ce qu’est un système de surveillance, comme en témoigne

l’application incohérente du terme « surveillance » aux systèmes décrits dans les rapports inclus. Certains

articles précisaient qu’ils décrivaient un système de surveillance, mais l’information fournie suggérait qu’il

s’agissait d’un système de suivi sans analyse rapide ni diffusion régulière des données. Malheureusement, parce

que la plupart des articles n’offraient pas assez d’information pour déterminer clairement s’ils traitaient un

système de surveillance ou de suivi, nous avons inclus à tort dans notre revue un nombre indéterminé de

systèmes de suivi à titre de systèmes de surveillance. L’imprécision du mot « surveillance » tient

vraisemblablement au fait que, jusqu’à présent, il y a eu très peu de théorie de la surveillance en santé publique,

ce qui explique l’incohérence de la définition et de l’application du terme. En général, les universitaires n’ont pas

examiné attentivement le secteur de la surveillance, que beaucoup considèrent comme philosophiquement

distincte de la recherche proprement dite. Elle est vue comme un compromis, car on ne recueille que des

données limitées pour avoir un aperçu de la situation. Même si les données de surveillance ne sont pas toujours

propices à l’étude de questions étiologiques complexes comme la dynamique et la biologie de la transmission

des maladies, il faut déterminer de façon scientifique les types de données de surveillance les plus utiles, le

moyen le plus efficace et efficient de les recueillir et le moyen le plus fiable de les interpréter à des fins

particulières.

Définition de « zoonose émergente »

La définition générale de « zoonose émergente » utilisée dans notre étude a pu entraîner l’inclusion de certains

systèmes de surveillance des zoonoses endémiques parce qu’elle excluait la région. La raison de cette exclusion

est qu’une zoonose émergente dans une région ne l’est pas nécessairement ailleurs et peut, en fait, être une

Chapitre 4

19

zoonose endémique bien établie qui ne change aucunement. Par exemple, le VNO représente une maladie

émergente en Amérique du Nord, mais ce n’est pas le cas au Moyen‐Orient ni en Afrique du Nord. Néanmoins,

nous aurions inclus dans notre revue un article sur le VNO au Moyen‐Orient ou en Afrique du Nord, puisque

nous choisissions les articles en fonction de l’agent causal (le VNO) et non du lieu.

Définition de « maladie ou syndrome surveillé »

Les systèmes de surveillance diffèrent nettement, selon qu’ils ciblent une maladie ou un agent particulier

(pathogène connu) ou un syndrome plus général (moins spécifique) pouvant englober de nombreux troubles, y

compris des pathogènes inconnus. Ces derniers systèmes, parfois qualifiés de « syndromiques », sont de plus en

plus courants. Bien que la majorité (61,5 p. 100) des systèmes visés par notre revue devaient détecter

uniquement les pathogènes connus, nous avons inclus les systèmes de surveillance syndromique, comme ceux

qui détectent les pathogènes connus et inconnus (19,9 p. 100) ou uniquement les pathogènes inconnus (6,8 p.

100). L’importance de ces systèmes, qui utilisent une définition plus large de la surveillance, réside dans le fait

qu’ils peuvent détecter des maladies complètement imprévues. Un exemple de détection pertinente faite par un

tel système : un système de surveillance de la santé publique conçu pour déceler les cas de maladie du charbon

à New York a permis de détecter une autre zoonose, la rickettsiose vésiculaire [35, 36].

Intégration des données humaines et animales

La surveillance des zoonoses émergentes est un travail multidisciplinaire qui se complexifie s’il ne se limite pas à

la détection des cas humains, mais inclut les données animales et autres dans les signaux à surveiller. La

collaboration entre divers domaines est plus importante pour la surveillance des zoonoses émergentes que pour

celle des zoonoses établies ou endémiques, parce que la détection des maladies émergentes se fonde sur des

rapports variés de praticiens et de chercheurs et ne suit pas nécessairement un modèle connu.

Notre revue révèle une tendance réelle vers l’intégration des données humaines et animales par les initiatives

de surveillance. Même si près de la moitié (49 p. 100) des 221 systèmes examinés traitait uniquement des

données humaines et qu’environ un quart (22 p. 100) ne traitait que des données animales, une proportion

moindre mais significative (16 p. 100) surveillait les deux types. Cela suggère qu’on progresse dans l’intégration

des données humaines et animales à l’égard de certaines maladies, en particulier le VNO en Amérique du Nord,

où on a trouvé des données diagnostiques humaines et des données sur les oiseaux ou les moustiques dans un

même système. Malheureusement, puisque aucun des systèmes évalués inclus dans notre revue ne traitait les

deux types de données, il est difficile de déterminer le rendement de tels systèmes intégrés.

Chapitre 4

20

Comme l’indique notre introduction, un des obstacles que rencontrent ceux qui tentent de combiner des

données de surveillance humaines et animales est que le mandat de leur organisation respective peut entraver

leurs efforts. Idéalement, une des instances (celle qui est chargée de la santé animale ou celle qui est

responsable de la santé humaine) doit briser l’impasse d’une manière ou d’une autre. Présentement, ni les

instances de santé humaine, ni celles chargées de la santé animale n’ont le mandat explicite de comparer les

données sur les maladies animales et humaines selon le principe de l’initiative One Health [18]. Si une des

instances (ou préférablement les deux) adopte un tel mandat, un système de surveillance commun peut être

créé, financé et administré en permanence par des membres du personnel des deux instances. Ainsi, les deux

ont la responsabilité d’alimenter le système en données, ce qui permet aux deux de réagir à toute alerte

découlant de la surveillance. En l’absence de mesures législatives, de tels systèmes de surveillance « intégrés »

resteront entre les mains de personnes clés motivées et seront susceptibles de tomber en désuétude ou de

s’effondrer complètement si ces personnes s’épuisent ou quittent leur poste.

Rôle des inspecteurs en santé publique

La documentation publiée concernant les systèmes de surveillance des zoonoses émergentes ne mentionnait

pas le rôle exact joué par les inspecteurs en santé publique. En général, ce rôle ne figurait pas non plus dans les

rapports appartenant à la littérature « grise ». Toutefois, dans les deux rapports qui précisaient ce rôle, il était

considéré comme essentiel au fonctionnement du système. Par exemple, dans un des systèmes, ces inspecteurs

examinaient les cas présentant des symptômes d’une maladie gastro‐intestinale non précisée (c.‐à‐d. dont

l’étiologie était inconnue). Le manque d’information sur le rôle des inspecteurs en santé publique dans les

articles s’expliquait probablement en grande partie par le fait que ceux‐ci ne décrivaient pas de façon régulière

les rôles des participants au système. Plusieurs articles précisaient certains rôles, mais il s’agissait souvent de

ceux des personnes qui identifiaient initialement la maladie émergente. Étant donné l’absence de plus amples

renseignements dans la documentation, nous ne pouvons pas actuellement traiter du rôle des inspecteurs en

santé publique dans la surveillance des zoonoses émergentes.

Comparaison : documentation revue par des pairs et documentation non revue par des pairs

La définition de ce qui constitue un système de surveillance était aussi imprécise dans l’échantillon de

documents non revus par des pairs inclus dans notre revue que dans la documentation revue par des pairs.

Cependant, la qualité de leurs évaluations était bien meilleure que celle des évaluations mentionnées dans la

plupart des articles revus par des pairs : ils décrivaient un nombre beaucoup plus élevé des éléments d’une

évaluation selon les CDC des É.‐U. : simplicité, flexibilité, qualité des données, acceptabilité, sensibilité, valeur

prédictive positive, représentativité, rapidité et stabilité [14]. Les organismes gouvernementaux et les

Chapitre 4

21

programmes de formation en épidémiologie devraient donc favoriser la révision par des pairs et la publication

de leurs rapports d’évaluation relatifs à la surveillance, même si leur mandat actuel ne prévoit pas cette activité.

Limitations

Notre revue systématique comporte trois principales limites : 1) la portée de la stratégie de recherche, y compris

les termes cherchés et les bases de données interrogées; 2) le fait que les articles inclus ne renfermaient pas

toutes les données nécessaires; 3) l’accent mis sur la documentation revue par des pairs.

Premièrement, puisque le but du projet était de synthétiser les données probantes disponibles concernant la

surveillance actuelle à l’intention des praticiens de la santé publique qui prendraient des décisions en cas de

zoonose émergente, nous avons pu négliger des systèmes de surveillance pertinents décrits dans des revues qui

n’étaient pas indexées dans les bases de données interrogées. Par exemple, notre revue n’incluait pas les

documents traitant d’un nouveau domaine de recherche prometteur, soit l’utilisation de données spatiales pour

déterminer les risques de zoonoses, particulièrement celles qui sont associées à la faune et à la flore sauvages :

on a utilisé des données captées à distance pour prévoir le risque lié au syndrome pulmonaire à hantavirus [37]

et au virus Sin Nombre [38]. Ces méthodes ne sont pas prometteuses que sur le plan de la recherche, car on

pourrait aussi les utiliser avec d’autres données de surveillance dans un système de surveillance ou aux fins de

l’évaluation de tels systèmes. En outre, puisque notre revue se limitait aux articles rédigés en anglais, nous

avons nécessairement créé un biais en faveur des systèmes de l’Amérique du Nord et de l’Europe, au détriment

des groupes de pays où une autre langue domine, comme l’Amérique du Sud.

Deuxièmement, beaucoup d’articles ne renfermaient pas de renseignements descriptifs de base sur les systèmes

de surveillance, ce qui a créé le problème des données manquantes et a même rendu difficile l’identification de

certains systèmes. Il y avait chevauchement de systèmes si 1) le nom ou la portée d’un système changeait au

cours de l’étude ou si 2) un rapport décrivait un système au niveau local et un autre le traitait au niveau régional

ou national. L’information fournie dans les articles n’était souvent pas suffisante pour déterminer de façon

concluante s’ils décrivaient le même système. Nous aurions peut‐être pu obtenir des réponses auprès des

chercheurs ou des instances chargées des systèmes, mais cela dépassait la portée du projet.

La troisième limitation n’est sans doute pas la moindre : la revue portait principalement sur la documentation

publiée et revue par des pairs, mais beaucoup d’éléments probants indiquent que les rapports d’évaluation de

systèmes de surveillance appartiennent à la catégorie de la littérature « grise » ou non publiée. Notre examen

limité de la littérature grise appuie cette opinion, car ces rapports renfermaient des évaluations de meilleure

qualité et de l’information plus complète sur tous les aspects du programme. Idéalement, on devrait s’efforcer

d’inclure dans les futures revues systématiques des recherches de rapports sur Internet, comme ceux de divers

Chapitre 4

22

organismes gouvernementaux. Toutefois, ces organismes affichent rarement leurs rapports et peuvent même

vouloir éviter de les rendre publics.

23

CHAPITRE 5. CONCLUSIONS ET RECOMMANDATIONS

Conclusions

Les descriptions et les évaluations détaillées de systèmes de surveillance sont rares dans la documentation

revue par des pairs et la définition de « surveillance » est imprécise à la fois dans cette documentation et celle

non revue par des pairs. Il faut faire d’autres recherches sur la science de la surveillance : elle doit être étudiée,

définie et normalisée.

Par conséquent, les décideurs n’ont pas de données probantes sur lesquelles s’appuyer pour choisir des

systèmes efficaces. En raison de ce manque d’information, il se peut qu’on ait élaboré des systèmes sans utiliser

de méthodes fondées sur des données probantes. Cependant, puisque ces systèmes n’en sont qu’à leurs débuts,

nous nous attendons à des évaluations adéquates à l’avenir, lorsque les données nécessaires seront recueillies. Il

est difficile de savoir si ces évaluations seront décrites dans la documentation revue par des pairs ou si elles

resteront dans la documentation non revue par des pairs.

Recommandations

1. Les organismes gouvernementaux et les programmes de formation en épidémiologie devraient favoriser la

publication de leurs rapports d’évaluation de la surveillance, y compris des descriptions détaillées de leurs

programmes de surveillance, dans la documentation revue par des pairs.

2. Il faut faire d’autres recherches sur la science de la surveillance : elle doit être étudiée, définie et normalisée.

Les praticiens de la santé publique devraient accepter que la surveillance est une discipline scientifique valide.

3. Il faut inclure l’évaluation dans les systèmes de surveillance en tant qu’élément permanent. Les décideurs

doivent faire preuve de prudence lorsqu’ils prennent des décisions fondées sur des systèmes qui n’ont pas été

évalués adéquatement.

4. Le rôle de l’inspecteur en santé publique dans la surveillance des zoonoses émergentes est imprécis selon les

données recueillies pour notre revue, mais les personnes qui établissent de tels systèmes devraient envisager

son inclusion.

24

TABLE DES FIGURES Figure 1. Structure d’un système de surveillance – Les étapes allant de la collecte des données à la détection de l’épidémie ou du cas constituent le suivi. L’ajout de décisions et d’interventions en temps opportun fait du système un système de surveillance. Figure adaptée de Wagner et al., 2006 [15]. ................................................. 3

Figure 2. Documents trouvés dans les bases de données bibliographiques. Les chiffres entre parenthèses représentent les totaux incluant les doubles. Les autres chiffres représentent les totaux sans les doubles. ........ 11

Figure 3. Résultats de la recherche initiale (pilote) dans MEDLINE (1985‐2007) : concordance inter‐évaluateurs de 0,47 selon l’analyse Kappa. ................................................................................................................................ 12

Figure 4. Articles concernant des systèmes de surveillance des zoonoses émergentes, par année de publication : 1992‐2006 (N=212). ................................................................................................................................................. 12

TABLE DES TABLEAUX

Tableau 1. Critères d’inclusion et d’exclusion. Les critères d’exclusion initiaux (*) ont été appliqués uniquement aux titres, aux sujets et aux résumés (le cas échéant) des articles et les critères d’exclusion secondaires (**), à leur texte intégral. ..................................................................................................................................................... 9

Tableau 2. Données extraites des articles ............................................................................................................... 10

Tableau 3. Systèmes par continent (N=221) selon les pathogènes surveillés, le type de données recueillies et le nombre de maladies surveillées. Les totaux ne correspondent pas toujours à 221 en raison des données manquantes. ............................................................................................................................................................ 14

Tableau 4. Critères d’évaluation appliqués dans les rapports d’évaluation du PCET concernant les systèmes de surveillance (N=7) .................................................................................................................................................... 15

TABLE DES ANNEXES

Annexe 1. Zoonoses émergentes et zoonoses qui réapparaissent, selon leurs agents .......................................... 27

Annexe 2. Zoonoses émergentes et zoonoses qui réapparaissent, par voie de transmission et maladie .............. 28

Annexe 3. Termes cherchés dans MEDLINE aux fins de l’examen .......................................................................... 30

Annexe 4. Liste des 221 systèmes inclus dans l’examen ......................................................................................... 36

Annexe 5. Liste des 17 systèmes évalués inclus dans l’examen .............................................................................. 46

Annexe 6. Liste des 214 articles inclus dans l’examen ............................................................................................ 47

25

RÉFÉRENCES

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Chapter 5

26

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ANNEXES

Annexe 1. Zoonoses émergentes et zoonoses qui réapparaissent, selon leurs agents Annexe 1. Zoonoses émergentes et zoonoses qui réapparaissent, selon leurs agents

Virus et prions Virus et prions (N=51) Bactéries et rickettsies (N=29)

Helminthes (N=9)

Andes Lyssavirus – chauve‐souris

australienne Bagaza Banna Forêt de Barmah Encéphalite de Californie Herpèsvirus cercopithecine Chikungunya Fièvre hémorragique de

Crimée‐Congo Dengue Encéphalite équine de l'Est Encéphalite à tiques Guama Guanarito Hantaan Hendra Grippe A* Encéphalite japonaise Junin Laguna Negra Lassa Machupo Marburg Mayaro Menangle Orthopoxvirose simienne

Encéphalite de Murray Valley Nipah O'nyong‐nyong Oropouche Picobirnavirus Puumala Rage Ebola‐Reston Fièvre de la vallée du Rift Rivière Ross Sabia Salehabad Fièvre à phlébotome Syndrome respiratoire aigu

sévère – coronavirus Séoul Sin Nombre Sindbis Encéphalite de Saint‐Louis Encéphalomyélite équine du

Venezuela Wesselsbron Nil occidental Encéphalite équine de l'Ouest Fière jaune Ebola‐Zaïre Zika Encéphalopathie spongiforme

bovine – agent

Aeromonas caviae A. hydrophila A. veronii (var. sobria) Anaplasma phagocytophila Bacillus anthracis Borrelia burgdorferi Brucella melitensis Campylobacter fetus C. jejuni Clostridium botulinum Ehrlichia chaffeensis E. ewingii Escherichia coli Francisella tularensis Leptospira interrogans Listeria monocytogenes Mycobacterium avium M. bovis M. marinum Rickettsia prowazekii Salmonella enteritidis S. typhi S. typhimurium Shigella dysenteriae Vibrio cholerae V. parahaemolyticus V. vulnificus Yersinia enterocolitica Y. pestis

Anisakis simplex Echinococcus granulosus Loa loa Metorchis conjunctus Onchocerca volvulus Strongyloides stercoralis Taenia solium Trichinella spiralis Wuchereria bancrofti

Protozoaires (N=11)

Babesia microti Cryptosporidium hominis C. parvum Giardia duodenalis Leishmania donovani L. infantum Plasmodium falciparum P. vivax Toxoplasma gondii Trypanosoma brucei T. cruzi

Champignons (N=9)

Histoplasma capsulatum Malassezia pachydermatis Penicillium marneffei Encephalitozoon cuniculi E. hellem E. intestinalis Enterocytozoon bieneusi Nosema connori Trachipleistophora hominis

* Seule la grippe aviaire ou les autres grippes « animales » ont été incluses; les systèmes surveillant uniquement les grippes « d’humain à humain » (c.‐à‐d. incluant les grippes A et B) et non conçus pour détecter les grippes « animales » (y compris la grippe aviaire) sont exclus.

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Annexe 2. Zoonoses émergentes et zoonoses qui réapparaissent, par voie de transmission et maladie Annexe 2. Zoonoses émergentes et zoonoses qui réapparaissent, par voie de transmission et maladie Zoonoses transmises par le contact direct, l’alimentation (aliments et eau) ou l’airInfection à l’Aeromonas : Aeromonas hydrophila Anisakiase : Anisakis simplex Maladie du charbon : Bacillus anthracis Fièvre hémorragique argentine : Junin virus (arénavirus) Tuberculose aviaire : Mycobacterium avium Lyssavirus : chauve‐souris australienne Tuberculose bovine : Mycobacterium bovis Fièvre hémorragique bolivienne (appelée aussi typhus noir ou virus Machupo) : virus Machupo (arénavirus) Botulisme : Clostridium botulinum Encéphalopathie spongiforme bovine (ESB) : prion de l’ESB Fièvre hémorragique du Brésil : virus Sabia (arénavirus) Brucellose (appelée aussi fièvre ondulante, fièvre de Malte) : Brucella melitensis Peste bubonique (appelée aussi peste noire, grande peste) : Yersinia pestis Campylobactériose : Campylobacter coli, Campylobacter jejuni, Campylobacter spp Infection à herpèsvirus du cercopithèque 1 (ou virus B) : herpèsvirus du cercopithèque 1 Choléra : Vibrio cholerae Cryptosporidiose : Cryptosporidium hominis, C. Parvum Fièvre hémorragique d'Ebola : virus Ébola‐Reston, virus Ébola‐Zaïre Échinococcose (appelée aussi hydatidose, kyste hydatique) : Echinococcus granulosus Giardiase : Giardia duodenalis (appelé auparavant Lamblia intestinalis et appelé aussi Giardia duodenalis et Giardia intestinalis) Syndrome pulmonaire à hantavirus (SPH) : virus Sin Nombre, virus Andes, virus Laguna Negra (hantavirus) Bronchopneumonie hémorragique à Hendra : virus Hendra (henipavirus) Colite hémorragique : Escherichia coli (E. coli) Fièvre hémorragique avec syndrome rénal : virus Hantaan, virus Séoul, virus Puumala (hantavirus) Syndrome hémolytique et urémique (SHU) : Escherichia coli (E. coli) Histoplasmose : Histoplasma capsulate, Ajellomyces capsulatus (téléomorphe) Orthopoxvirose simienne : orthopoxvirus simien (orthopoxvirus) Grippe : virus de la grippe A* Fièvre de Lassa : virus Lassa (arénavirus) Listériose : Listeria monocytogenes Infection à Malassezia pachydermatis (dermatite séborrhéique et otite externe du chien) : Malassezia pachydermatis Fièvre hémorragique à virus de Marburg : virus de Marburg Menangle : virus Menangle (famille Paramyxoviridae, genre non assigné) Metorchiasis : Metorchis conjunctus Microsporidiose (peut aussi se présenter comme l’encéphalitozoonose ou la microsporidiose cérébrale) : Encephalitozoon cuniculi,

Encephalitozoon hellem, Encephalitozoon intestinalis, Enterocytozoon bieneusi, Nosema connori, Trachipleistophora hominis Bronchopneumonie hémorragique à virus Nipah : virus Nipah (henipavirus) Penicilliose : Penicillium marneffei Picobirnavirus : picobirnavirus Ténia du porc : Taenia solium Rage : virus rabique (lyssavirus) Salmonellose : Salmonella, S. enterica, S. enteritidis, S. typhi, S. typhimurium Syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) : virus du SRAS (coronavirus) Strongyloïdose : Strongyloides stercoralis Granulome des piscines : Mycobacterium marinum Toxoplasmose : Toxoplasma gondii Trichinose : Trichinella spiralis Tularémie : Francisella tularensis Fièvre hémorragique du Venezuela : virus Guanarito (arénavirus) Infection à Vibrio : Vibrio parahaemolyticus, Vibrio vulnificus Yersiniose : Yersinia enterocolitica

Zoonoses transmises par des arthropodes hématophages

Tiques dures : Typhus à tiques africain (aussi appelé fièvre à tiques africaines) : Rickettsia africae Babésiose : Babesia microti Fièvre hémorragique de Congo‐Crimée : virus de la fièvre hémorragique de Congo‐Crimée (nairovirus) Ehrlichiose granulocytaire humaine (EGH) (appelée aussi fièvre de Sennetsu) : Anaplasma phagocytophilia Ehrlichiose humaine : Ehrlichia ewingii Ehrlichiose monocytaire humaine (EMH) : Ehrlichia chaffeensis Maladie de Lyme (version européenne appelée encéphalite à tiques) : Borrelia burdorferi Tiques molles : Maladie de la forêt de Kyasanur (appelée aussi maladie simienne) : virus de la maladie de la forêt de Kyasanur (flavivirus)

Annexes

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Pou : Fièvre des tranchées (appelée aussi fièvre de Volhnie, fièvre aiguë tibialgique, fièvre quintane, fièvre des cinq jours, fièvre de la Meuse) :

Bartonella quintana Moustiques : Virus Bagaza : virus Bagaza (flavivirus) Virus Banna : virus Banna (seadomavirus) Forêt de Barmah : virus de la forêt de Barmah (alphavirus) Encéphalite de Californie (encéphalite virale) : virus de l'encéphalite de Californie (orthobunyavirus) Fièvre Chikungunya : virus Chikungunya (alphavirus) Dengue (appelée aussi dengue hémorragique, fièvre dengue avec syndrome de choc) : virus Dengue (flavivirus) Encéphalite équine de l'Est (EEE) : virus de l’encéphalite équine de l'Est (alphavirus) Filariose (appelée aussi filariose lymphatique, éléphantiasis) : Wuchereria bancrofti Virus Guama : virus Guama (orthobunyavirus) Encéphalite japonaise (appelée aussi encéphalite japonaise B) : virus de l'encéphalite japonaise (flavivirus) Leptospirose : Leptospira interrogans Malaria : Plasmodium sp. – Plasmodium falciparum et Plasmodium vivax Fièvre Mayaro : virus Mayaro (alphavirus) Encéphalite de Murray Valley (appelée auparavant encéphalite australienne) : virus de l'encéphalite de Murray Valley (flavivirus) Fièvre O’nyong nyong : virus O'nyong‐nyong (alphavirus) Fièvre Oropouche : virus Oropouche (orthobunyavirus) Fièvre de la vallée du Rift : virus de la fièvre de la vallée du Rift (phlebovirus) Polyarthrite épidémique (appelée aussi fièvre de la Ross River) : virus de la rivière Ross (alphavirus) Shigellose : Shigella dysenteriae Fièvre à virus Sindbis : virus Sindbis (alphavirus) Encéphalite de Saint‐Louis (ESL) : virus de l’encéphalite de Saint‐Louis (flavivirus) Encéphalomyélite équine du Venezuela : virus de l’encéphalomyélite équine du Venezuela (alphavirus) Encéphalite équine de l'Ouest (EEO) : virus de l’encéphalite équine de l'Ouest (alphavirus) Maladie de Wesselsbron : virus Wesselsbron (flavivirus) Maladie du Nil occidental, fièvre du Nil occidental : virus du Nil occidental (VNO) (flavivirus) Fièvre jaune (appelée aussi vomito negro, parfois peste américaine) : virus de la fièvre jaune (flavivirus) Fièvre Zika : virus Zika (flavivirus) Phlébotomes : Fièvre à phlébotome : virus Salehabad; virus de la fièvre à phlébotome Naples (phlebovirus) Leishmaniose (leishmaniose viscérale, cutanée ou cutanéomuqueuse, kala‐azar, fièvre dum‐dum) : Leishmania donovani, Leishmania

donovani infantum, Leishmania donovani chagasi Mouche tsé‐tsé / réduvidés : Maladie du sommeil (appelée aussi trypanosomiase africaine, nagana) : Trypanosoma brucei Maladie de Carlos Chagas (appelée aussi trypanosomiase américaine) : Trypanosoma cruzi Mouche à chevreuil / mouche noire : Filariose à loa‐loa (appelée aussi loase) : loa‐loa Cécité des rivières (appelée aussi onchocercose) : Onchocerca volvulus Puces : Maladie des griffes du chat (appelée aussi maladie des griffures de chat, adénite, syndrome oculoglandulaire, syndrome de Debré,

lymphadénite régionale, lymphoréticulose bénigne d'inoculation) : Bartonella henselae, Bartonella clarridgeiae Typhus murin : Rickettsia typhi, Rickettsia felis, Rickettsia prowazekii

* Seule la grippe aviaire ou les autres grippes « animales » ont été incluses; les systèmes surveillant uniquement les grippes « d’humain à humain » (c.‐à‐d. incluant les grippes A et B) et non conçus pour détecter les grippes « animales » (y compris la grippe aviaire) sont exclus.

30

Annexe 3. Termes cherchés dans MEDLINE aux fins de l’étude

Annexe 3. Termes cherchés dans MEDLINE aux fins de l’étude Recherche pilote Base de données : Ovid MEDLINE(R) 1950 à ce jour avec stratégie de recherche à mise à jour quotidienne : ------------------------------------------------------ 1 population surveillance/ (27146) 2 surveillance.mp. (72696) 3 or/1-2 (72696) 4 zoonoses/ (7640) 5 3 and 4 (384) 6 limit 5 to yr="1985 - 2007" (355) 7 limit 6 to english language (286) 8 6 not 7 (69) Recherche finale Base de données : Ovid MEDLINE(R) 1950 à ce jour avec stratégie de recherche à mise à jour quotidienne : ----------------------------------------------------- 1 artificial intelligence/ or expert systems/ or fuzzy logic/ or knowledge bases/ or natural language processing/ or "neural networks (computer)"/ (18972) 2 medical informatics/ or medical informatics applications/ (5026) 3 Public Health Informatics/ (571) 4 decision making, computer-assisted/ or diagnosis, computer-assisted/ (14602) 5 information systems/ or clinical laboratory information systems/ (16796) 6 decision support systems, clinical/ or geographic information systems/ or hospital information systems/ or integrated advanced information management systems/ or knowledge bases/ or management information systems/ or ambulatory care information systems/ or clinical pharmacy information systems/ or database management systems/ or decision support systems, management/ or medical records systems, computerized/ or reminder systems/ (29392) 7 databases/ or databases, factual/ (25911) 8 computer simulation/ or computer systems/ or computer communication networks/ (73001) 9 decision support techniques/ or data interpretation, statistical/ or decision trees/ (35950) 10 systems analysis/ or operations research/ or systems integration/ (9622) 11 data collection/ or death certificates/ or hospital records/ or medical records/ or medical records systems, computerized/

(93920) 12 vital statistics/ (3604) 13 morbidity/ or incidence/ or prevalence/ or mortality/ or "cause of death"/ or child mortality/ or fatal outcome/ or hospital mortality/ or infant mortality/ or maternal mortality/ or survival rate/ (369637) 14 decision$.mp. (142670) 15 expert$.mp. (52741) 16 computer$.mp. (334061) 17 informatic$.mp. (8533) 18 information system$.mp. (37270) 19 or/1-18 (990362) 20 Disease Outbreaks/ (42573) 21 Disease Reservoirs/ (9659) 22 Disease Transmission/ (1165) 23 Environmental Medicine/ (265) 24 Environmental Microbiology/ (2738) 25 Environmental Monitoring/ (29649) 26 Inhalation Exposure/ (2600) 27 Food Contamination/ (18165) 28 Communicable Disease Control/ (12815) 29 Mandatory Reporting/ (1190) 30 disease management/ (4987) 31 disease notification/ (2052) 32 population surveillance/ or sentinel surveillance/ (28870) 33 epidemiologic methods/ (20117) 34 health care surveys/ or interviews/ or questionnaires/ or incidence/ or prevalence/ (353762) 35 community health planning/ (3176) 36 disaster planning/ (6213) 37 Health Plan Implementation/ (1599) 38 public health practice/ or communicable disease control/ (14760) 39 disease notification/ (2052) 40 sanitation/ or food inspection/ (6229) 41 universal precautions/ or environmental monitoring/ (30852) 42 primary prevention/ (8896) 43 veterinary medicine/ (15450) 44 control$.mp. (1835160) 45 response.mp. (1118156) 46 prevent$.mp. (566536) 47 early warning.mp. (1143) 48 threat$.mp. (59068) 49 agrobioterrorism.mp. (1) 50 (bio-surveillance or biosurveillance).mp. (29) 51 outbreak$.mp. (55709) 52 monitor$.mp. (350590) 53 detect$.mp. (971613) 54 surveillance$.mp. (72819)

55 alert$.mp. (15727) 56 contaminat$.mp. (94199) 57 exposure$.mp. (381229) 58 emergenc$.mp. (158314) 59 diagnos$.mp. (1252022) 60 notification.mp. (5509) 61 or/20-60 (5438486) 62 Communication/ (42166) 63 dialogue.mp. (4248) 64 Communication Barriers/ (2659) 65 Cooperative Behavior/ (10892) 66 (data adj3 shar$).mp. (1050)67 (ownership adj3 data).mp. (65) 68 Program Development/ (11917) 69 consensus/ (1704) 70 Decision Making/ (41957) 71 dynamic environment$.mp. (291) 72 Information Dissemination/ (3665) 73 "diffusion of innovation"/ or technology transfer/ (7708) 74 interdisciplinary communication/ (2484) 75 Interprofessional Relations/ (32153) 76 International Cooperation/ (27287) 77 Internationality/ (6771) 78 cross-disciplinary.mp. (220) 79 (interstate or inter-state).mp. (528) 80 Public Health Administration/ (11818) 81 systems integration/ (4513) 82 multi-institutional systems/ or hospital shared services/ (7981) 83 "Decision Support Systems, Management"/ (763) 84 Management Information Systems/ (3318) 85 infrastructure.mp. (4971) 86 ((corporate or organization$ or health unit$) adj10 plan$).mp. (10476) 87 "Organization and Administration"/ (13938) 88 ((polic$ or decision) adj5 maker$).mp. (6565) 89 network$.mp. (106344) 90 hierarchy.mp. (6907) 91 authority.mp. (8296) 92 formali?ation.mp. (356) 93 codification.mp. (325) 94 jurisdiction.mp. (958) 95 (coordination adj5 activit$).mp. (868) 96 (coordination adj10 system$).mp. (1124) 97 (coordination or co-ordination).mp. (25076) 98 government/ or federal government/ or "united states department of agriculture"/ or "united states dept. of health and human services"/ or "united states centers for medicare and medicaid services"/ or united states public health service/ or

Annexes

31

"centers for disease control and prevention (u.s.)"/ or "national institute for occupational safety and health"/ or national center for health care technology/ or "national center for health statistics (u.s.)"/ or "national institutes of health (u.s.)"/ or "united states agency for healthcare research and quality"/ or "united states food and drug administration"/ or exp "united states health resources and services administration"/ or united states indian health service/ or "united states office of research integrity"/ or united states environmental protection agency/ or united states government agencies/ or "united states occupational safety and health administration"/ or local government/ or state government/ or government programs/ (76066) 99 Confidentiality/ (15579) 100 (cross-disciplinar$ or crossdisciplinar$).mp. (228) 101 (interdisciplinar$ or inter-disciplinar$).mp. (12712) 102 ((law$ or regulation$ or rule$) adj20 (observance$ or adherence$ or enforce$)).mp. (4313) 103 or/62-102 (457139) 104 19 and 61 and 103 (52172) 105 aeromonas/ (2619) 106 caviae.mp. and aeromonas/ (382) 107 aeromonas caviae.mp. (206) 108 or/105-107 (2644) 109 Aeromonas hydrophila/ (622) 110 hydrophila.mp. and aeromonas/ (944) 111 or/109-110 (1506) 112 veronii.mp. and aeromonas/ (170) 113 sobria.mp. and aeromonas/ (426) 114 (aeromonas veronii or aeromonas sobria).mp. (288) 115 or/112-114 (512) 116 Anisakiasis/ (273) 117 Anisakis/ (298) 118 simplex.mp. and (Anisakis/ or Anisakiasis/) (228) 119 Anisakis simplex.mp. (297) 120 or/116-119 (473) 121 Anthrax/ (2592) 122 Bacillus anthracis/ (2215) 123 or/121-122 (3897) 124 Argentine hemorrhagic fever.mp. (148) 125 Hemorrhagic Fever, American/ (340) 126 Junin virus/ (69) 127 Arenaviruses, New World/ (415) 128 or/124-127 (597) 129 Tuberculosis, Avian/ (393) 130 Mycobacterium avium/ (1927) 131 or/129-130 (2240) 132 lyssavirus/ (161) 133 ((pteropid or bat$) adj5 (virus$ or lyssavirus$)).mp. (556) 134 Rhabdoviridae Infections/ (515) 135 or/132-134 (1019) 136 Tuberculosis, Bovine/ (1707) 137 Mycobacterium bovis/ (6465) 138 or/136-137 (7575)

139 Hemorrhagic Fever, American/ (340) 140 Hemorrhagic Fevers, Viral/ (1022) 141 Arenaviruses, New World/ (415) 142 Machupo virus$.mp. (50) 143 (bolivian adj5 fever).mp. (43) 144 or/139-143 (1506) 145 Botulism/ (2145) 146 Clostridium botulinum/ (1996) 147 or/145-146 (3602) 148 Encephalopathy, Bovine Spongiform/ (1876) 149 prions/ or prpc proteins/ or prpsc proteins/ or prp 27-30 protein/ (6537) 150 or/148-149 (7809) 151 arenavirus/ or lassa virus/ or lymphocytic choriomeningitis virus/ or arenaviruses, new world/ or junin virus/ or pichinde virus/ (2518) 152 (sabia adj5 virus$).mp. (14) 153 Arenaviridae Infections/ (197) 154 Hemorrhagic Fevers, Viral/ (1022) 155 or/151-154 (3527) 156 Brucellosis/ (7007) 157 Brucellosis, Bovine/ (1598) 158 or/156-157 (8199) 159 Brucella melitensis/ (616) 160 Malta fever.mp. (85) 161 Undulant fever.mp. (54) 162 or/159-161 (743) 163 or/158,162 (8353) 164 Plague/ (3176) 165 Yersinia pestis/ (2203) 166 Yersinia Infections/ (2647) 167 black death.mp. (107) 168 bubonic plague.mp. (240) 169 or/164-168 (7181) 170 campylobacter/ or campylobacter coli/ or campylobacter fetus/ or campylobacter hyointestinalis/ or campylobacter jejuni/ or campylobacter lari/ or campylobacter rectus/ or campylobacter sputorum/ or campylobacter upsaliensis/ (7058) 171 Campylobacterosis.mp. (6) 172 Campylobacter Infections/ (4585) 173 or/170-172 (8184) 174 Herpesvirus 1, Cercopithecine/ (211) 175 exp Herpesviridae Infections/ (78911) 176 174 and 175 (145) 177 or/174,176 (211) 178 Cholera/ (5706) 179 vibrio cholerae/ or vibrio cholerae non-o1/ or vibrio cholerae o1/ or vibrio cholerae o139/ (5464) 180 or/178-179 (9410) 181 Cryptosporidiosis/ (3130) 182 Cryptosporidium hominis.mp. (56) 183 cryptosporidium/ or cryptosporidium parvum/ (3144) 184 or/181-183 (4315)

185 Hemorrhagic Fever, Ebola/ (464) 186 Ebolavirus/ (616) 187 or/185-186 (826) 188 echinococcosis/ or echinococcosis, hepatic/ or echinococcosis, pulmonary/ (12900) 189 echinococcus/ or echinococcus granulosus/ or echinococcus multilocularis/ (2459) 190 or/188-189 (13480) 191 Giardiasis/ (3659) 192 giardia/ or giardia lamblia/ (2668) 193 Giardiavirus/ (15) 194 Lamblia intestinalis.mp. (54) 195 (Giardia adj3 (duodenalis or intestinalis)).mp. (692) 196 or/191-195 (5258) 197 Hantavirus Pulmonary Syndrome/ (317) 198 Sin Nombre virus/ (43) 199 ((andes or sin nuombre or laguna negra) adj5 (virus or hantavirus)).mp. (69) 200 Hantavirus/ (1473) 201 197 and 200 (163) 202 or/197-199,201 (362) 203 Hendra Virus/ (30) 204 Henipavirus Infections/ (60) 205 Paramyxoviridae Infections/ (1831) 206 or/203-205 (1907) 207 206 and (hendra or hemorrhagic or bronchopneumonia).mp. (104) 208 or/203-204,207 (146) 209 escherichia coli/ or escherichia coli o157/ (183629) 210 Hemorrhagic colitis.mp. (478) 211 209 and 210 (287) 212 Escherichia coli Infections/ (18672) 213 210 and 212 (203) 214 or/211,213 (318) 215 Hemorrhagic Fever with Renal Syndrome/ (1753) 216 Hantaan virus/ (227) 217 Seoul virus/ (25) 218 Puumala virus/ (86) 219 or/215-218 (1857) 220 Hemolytic-Uremic Syndrome/ (3412) 221 Escherichia coli/ (180844) 222 220 and 221 (378) 223 or/220,222 (3412) 224 Histoplasmosis/ (4264) 225 Histoplasma/ (1667) 226 Histoplasma capsulatum.mp. (1711) 227 Ajellomyces capsulatus.mp. (9) 228 or/225-227 (2355) 229 224 and 228 (1386) 230 or/224,229 (4264) 231 Monkeypox/ (68) 232 Monkeypox virus/ (215) 233 or/231-232 (248)

Annexes

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234 Influenza, Human/ (17375) 235 influenza a virus/ or influenza a virus, h1n1 subtype/ or influenza a virus, h2n2 subtype/ or influenza a virus, h3n2 subtype/ or influenza a virus, h3n8 subtype/ or influenza a virus, h5n1 subtype/ or influenza a virus, h5n2 subtype/ or influenza a virus, h7n7 subtype/ or influenza a virus, h9n2 subtype/ (13120) 236 or/234-235 (26099) 237 Lassa Fever/ (352) 238 Lassa virus/ (340) 239 or/237-238 (551) 240 Listeria monocytogenes/ (6853) 241 listeria infections/ or meningitis, listeria/ (5296) 242 Listeriosis.mp. (2027) 243 240 and 242 (946) 244 241 and 242 (1763) 245 or/243-244 (1915) 246 Otitis Externa/ (1721) 247 Dogs/ (248573) 248 246 and 247 (200) 249 pachydermatis.mp. (187) 250 Dermatitis, Seborrheic/ (1905) 251 or/248-250 (2257) 252 Malassezia/ (1045) 253 251 and 252 (337) 254 Marburg Virus Disease/ (234) 255 Marburgvirus/ (243) 256 or/254-255 (371) 257 Paramyxoviridae/ (874) 258 Paramyxoviridae Infections/ (1831) 259 measles/ or subacute sclerosing panencephalitis/ or mumps/ (13395) 260 258 not 259 (1773) 261 menangle.mp. (17) 262 or/260-261 (1786) 263 or/257,262 (2621) 264 Trematode Infections/ (2605) 265 Opisthorchidae/ (27) 266 Metorchis.mp. (39) 267 Metorchiasis.mp. (5) 268 or/264-267 (2640) 269 microsporidiosis/ or encephalitozoonosis/ (868) 270 Cerebral Microsporidiosis.mp. (2) 271 Encephalitozoon cuniculi/ (275) 272 Encephalitozoon hellem.mp. (112) 273 Encephalitozoon intestinalis.mp. (139) 274 Enterocytozoon bieneusi.mp. (296) 275 Nosema connori.mp. (5) 276 Trachipleistophora hominis.mp. (15) 277 Encephalitozoon/ (238) 278 or/270-277 (775) 279 or/269,278 (1181) 280 Nipah Virus/ (84) 281 Henipavirus Infections/ (60)

282 or/280-281 (92) 283 Penicilliosis.mp. (148) 284 Penicillium marneffei.mp. (284) 285 Penicilliosis.mp. and Penicillium/ (113) 286 or/284-285 (326) 287 or/283,286 (356) 288 Picobirnavirus/ (23) 289 Picobirnavirus$.mp. (41) 290 or/288-289 (41) 291 RNA Virus Infections/ (211) 292 290 and 291 (10) 293 or/290,292 (41) 294 Taenia solium/ (259) 295 taeniasis/ or cysticercosis/ or neurocysticercosis/ (4931) 296 or/294-295 (4971) 297 Rabies/ (6533) 298 Rabies virus/ (2845) 299 or/297-298 (7743) 300 salmonella infections/ or paratyphoid fever/ or salmonella food poisoning/ or typhoid fever/ (18322) 301 salmonella enteritidis/ or salmonella typhi/ or salmonella typhimurium/ (27788) 302 or/300-301 (41155) 303 SARS Virus/ (1604) 304 Severe Acute Respiratory Syndrome/ (3056) 305 or/303-304 (3624) 306 Strongyloidiasis/ (2545) 307 Strongyloides stercoralis/ (519) 308 or/306-307 (2596) 309 Granuloma/ (15917) 310 swim$ pool$.mp. (1521) 311 Swimming Pools/ (1079) 312 or/310-311 (1521) 313 309 and 312 (35) 314 Mycobacterium marinum/ (211) 315 or/313-314 (244) 316 toxoplasmosis/ or toxoplasmosis, animal/ or toxoplasmosis, cerebral/ or toxoplasmosis, ocular/ (12109) 317 Toxoplasma/ (6978) 318 gondii.mp. (6814) 319 317 and 318 (4896) 320 or/316,319 (14138) 321 Trichinellosis.mp. (757) 322 Trichinosis/ (3755) 323 321 and 322 (706) 324 trichiniasis.mp. (29) 325 or/323-324 (735) 326 Trichinella spiralis/ (793) 327 or/325-326 (1395) 328 Tularemia/ (1907) 329 Francisella tularensis/ (1152) 330 or/328-329 (2462) 331 Hemorrhagic Fever, American/ (340)

332 Hemorrhagic Fevers, Viral/ (1022) 333 or/331-332 (1335) 334 Venezuela/ (2975) 335 venezuela$.mp. (5364) 336 or/334-335 (5364) 337 333 and 336 (17) 338 ((Venezuela$ adj3 hemorrhagic) and fever).mp. (16) 339 or/337-338 (22) 340 Arenaviruses, New World/ (415) 341 Guanarito$.mp. (23) 342 or/340-341 (425) 343 Vibrio parahaemolyticus/ (1103) 344 Vibrio Infections/ (1616) 345 parahaemolyticus.mp. (1728) 346 or/343,345 (1728) 347 344 and 346 (378) 348 or/343,347 (1183) 349 or/343,348 (1183) 350 Vibrio vulnificus/ (215) 351 Vibrio Infections/ (1616) 352 vulnificus.mp. (864) 353 or/350,352 (864) 354 351 and 353 (397) 355 or/350,354 (507) 356 Yersinia enterocolitica/ (2847) 357 Yersiniosis.mp. (428) 358 Yersinia Infections/ (2647) 359 356 and 357 (210) 360 357 and 358 (338) 361 or/359-360 (356) 362 or/108,111,115,120,122,128,131,135,138,144,147,150,155,163,169 (46590) 363 or/173,177,180,184,187,190,196,202,208,214,219,223 (46911) 364 or/230,233,236,239,245,253,256,263,268,279 (39759) 365 or/282,287,293,296,299,302,305,308,315,320 (74667) 366 or/325,327,330,333,337,339,342,349,355,361 (7323) 367 or/362-366 (208216) 368 Rickettsia/ (1733) 369 Ticks/ (9097) 370 or/368-369 (10530) 371 africae.mp. (74) 372 370 and 371 (60) 373 African tick typhus.mp. (4) 374 African tick-bite fever.mp. (63) 375 Rickettsia Infections/ (1970) 376 africae.mp. (74) 377 375 and 376 (45) 378 Tick-Borne Diseases/ (668) 379 Rickettsia/ (1733) 380 378 and 379 (78) 381 or/372-374,377,380 (154)

Annexes

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382 Babesiosis/ (2393) 383 Babesia microti/ (73) 384 Hemorrhagic Fever Virus, Crimean-Congo/ (244) 385 Crimean-Congo hemorrhagic fever.mp. (197) 386 or/384-385 (302) 387 Anaplasma phagocytophilum/ (271) 388 Ehrlichiosis/ (1221) 389 (phagocytophilum or phagocytophilia).mp. (353) 390 granulocytic.mp. (6195) 391 or/389-390 (6413) 392 388 and 391 (554) 393 (human adj5 anaplasmosis).mp. (76) 394 (granulocytic EHRLICHIOSIS and human).mp. (424) 395 Sennetsu Fever.mp. (2) 396 or/392-395 (667) 397 or/387,396 (728) 398 Ehrlichia/ (945) 399 ewingii.mp. (53) 400 398 and 399 (41) 401 Ehrlichia ewingii.mp. (34) 402 or/399-401 (53) 403 Ehrlichiosis/ (1221) 404 Humans/ (9619411) 405 human$.mp. (9824443) 406 404 or 405 (9824443) 407 403 and 406 (810) 408 Human ehrlichiosis.mp. (146) 409 or/407-408 (847) 410 or/402,409 (869) 411 Ehrlichia chaffeensis/ (274) 412 monocytic ehrlichiosis.mp. (184) 413 humans/ or human$.mp. (9824443) 414 412 and 413 (118) 415 monocytic.mp. (10533) 416 Ehrlichiosis/ (1221) 417 415 and 416 (176) 418 or/414,417 (195) 419 or/411,418 (383) 420 Lyme Disease/ (6297) 421 Encephalitis, Tick-Borne/ (1904) 422 Borrelia burgdorferi/ (1198) 423 421 and 422 (12) 424 Encephalitis Viruses, Tick-Borne/ (1887) 425 420 and 421 (106) 426 Tickborne encephalitis.mp. (67) 427 420 and 422 (818) 428 or/420-427 (9499) 429 Hemorrhagic Fevers, Viral/ (1022) 430 Tick-Borne Diseases/ (668) 431 Flavivirus Infections/ (173) 432 or/429-431 (1852) 433 Kyasanur.mp. (129) 434 432 and 433 (20)

435 Kyasanur Forest Disease/ (38) 436 Monkey disease.mp. (21) 437 Kyasanur Forest disease.mp. (126) 438 or/434-437 (149) 439 (Kyasanur adj10 virus$).mp. (78) 440 Flavivirus/ (790) 441 Kyasanur.mp. (129) 442 440 and 441 (27) 443 or/439,442 (87) 444 or/438,443 (149) 445 Bartonella quintana/ (166) 446 Trench Fever/ (135) 447 (Wolhynia adj5 fever$).mp. (1) 448 (quintan adj5 fever$).mp. (2) 449 (trench adj5 fever$).mp. (182) 450 or/446-449 (183) 451 or/445,450 (269) 452 or/381,386,397,410,419,428,438,444,451 (11368) 453 bagaza.mp. (4) 454 Flavivirus/ (790) 455 ntaya.mp. (16) 456 454 and 455 (2) 457 or/455-456 (16) 458 or/453,457 (20) 459 coltivirus/ or colorado tick fever virus/ (57) 460 Reoviridae Infections/ (1462) 461 banna.mp. (42) 462 460 and 461 (4) 463 or/461-462 (42) 464 459 and 461 (7) 465 or/463-464 (42) 466 or/459,465 (92) 467 Alphavirus Infections/ (455) 468 barmah.mp. (70) 469 467 and 468 (35) 470 (Barmah and virus$).mp. (66) 471 Alphavirus/ (550) 472 barmah.mp. (70) 473 471 and 472 (38) 474 or/470,472 (70) 475 or/469-470,472-473 (70) 476 Encephalitis, California/ (256) 477 encephalitis virus, california/ or la crosse virus/ (492) 478 or/476-477 (545) 479 Chikungunya virus/ (466) 480 Alphavirus Infections/ (455) 481 Chikungunya.mp. (561) 482 480 and 481 (88) 483 481 or 482 (561) 484 or/479,483 (561) 485 dengue/ or dengue hemorrhagic fever/ (3574) 486 Dengue Virus/ (2609) 487 or/485-486 (4657)

488 Encephalomyelitis, Eastern Equine/ (29) 489 Encephalitis Virus, Eastern Equine/ (306) 490 or/488-489 (316) 491 filariasis/ or elephantiasis, filarial/ (6003) 492 Wuchereria bancrofti/ (1609) 493 or/491-492 (6165) 494 Orthobunyavirus/ (70) 495 guama.mp. (29) 496 Bunyaviridae Infections/ (381) 497 495 and 496 (2) 498 or/494-495 (92) 499 Encephalitis, Japanese/ (1605) 500 Encephalitis Virus, Japanese/ (1177) 501 or/499-500 (2216) 502 leptospirosis/ or weil disease/ (5295) 503 Leptospira interrogans/ (1226) 504 or/502-503 (5778) 505 malaria/ (24885) 506 malaria, avian/ (356) 507 malaria, cerebral/ (947) 508 malaria, falciparum/ (7894) 509 blackwater fever/ (68) 510 malaria, vivax/ (1513) 511 or/505-510 (33962) 512 plasmodium/ (5070) 513 plasmodium falciparum/ (15320) 514 plasmodium malariae/ (676) 515 plasmodium ovale/ (37) 516 plasmodium vivax/ (2470) 517 or/512-516 (21420) 518 or/511,517 (42008) 519 Mayaro virus fever.mp. (1) 520 Alphavirus/ (550) 521 Monkey Diseases/ (3517) 522 mayaro.mp. (65) 523 520 and 522 (37) 524 521 and 522 (2) 525 or/519,522-524 (65) 526 Encephalitis Virus, Murray Valley/ (74) 527 Encephalitis, Arbovirus/ (1615) 528 (murray adj5 valley).mp. (275) 529 527 and 528 (104) 530 Australian encephalitis.mp. (11) 531 Murray Valley encephalitis.mp. (238) 532 or/529-531 (257) 533 or/526,532 (261) 534 Alphavirus/ (550) 535 Alphavirus Infections/ (455) 536 O'Nyong-nyong.mp. (53) 537 534 and 536 (21) 538 535 and 536 (14) 539 or/536-538 (53) 540 Oropouche.mp. (39)

Annexes

34

541 Bunyaviridae/ (781) 542 Bunyaviridae Infections/ (381) 543 540 and 541 (5) 544 540 and 542 (19) 545 or/540,543-544 (39) 546 Rift Valley Fever/ (454) 547 Rift Valley fever virus/ (350) 548 or/546-547 (586) 549 Ross River virus/ (263) 550 (ross river adj5 (virus$ or disease or fever or polyarthritis)).mp. (342) 551 ALPHAVIRUS INFECTIONS/ (455) 552 550 and 551 (113) 553 or/550,552 (342) 554 or/549,553 (342) 555 Dysentery, Bacillary/ (5986) 556 Shigella dysenteriae/ (1474) 557 or/555-556 (6883) 558 Sindbis Virus/ (1709) 559 Alphavirus Infections/ (455) 560 sindbis$.mp. (2226) 561 559 and 560 (119) 562 or/558,561 (1720) 563 "Encephalitis, St. Louis"/ (393) 564 "Encephalitis Virus, St. Louis"/ (280) 565 or/563-564 (543) 566 Encephalomyelitis, Venezuelan Equine/ (316) 567 Encephalitis Virus, Venezuelan Equine/ (787) 568 or/566-567 (893) 569 Encephalomyelitis, Western Equine/ (10) 570 Encephalitis Virus, Western Equine/ (391) 571 or/569-570 (395) 572 Flavivirus/ (790) 573 Flavivirus Infections/ (173) 574 Wesselsbron.mp. (71) 575 572 and 574 (19) 576 573 and 574 (6) 577 or/574-576 (71) 578 West Nile Fever/ (1605) 579 West Nile virus/ (1754) 580 or/578-579 (2232) 581 Yellow Fever/ (1852) 582 Yellow fever virus/ (763) 583 or/581-582 (2293) 584 Flavivirus/ (790) 585 Flavivirus Infections/ (173) 586 zika.mp. (53) 587 584 and 586 (15) 588 585 and 586 (1) 589 or/586-588 (53) 590 Phlebotomus Fever/ (156) 591 Phlebovirus/ (128) 592 (naples adj20 virus$).mp. (75)

593 (sandfly or sandflies).mp. (1387) 594 592 and 593 (47) 595 Sandfly fever Naples virus/ (22) 596 Salehabad.mp. (3) 597 or/594-596 (49) 598 591 and 597 (16) 599 or/590,597-598 (178) 600 leishmaniasis/ or leishmaniasis, cutaneous/ or leishmaniasis, diffuse cutaneous/ or leishmaniasis, mucocutaneous/ or leishmaniasis, visceral/ (11962) 601 leishmania/ or leishmania braziliensis/ or leishmania donovani/ or leishmania guyanensis/ or leishmania infantum/ or leishmania major/ or leishmania mexicana/ or leishmania tropica/ (10159) 602 (600 or 601) and aethiopica.mp. (123) 603 (600 or 601) and pifanoi.mp. (54) 604 or/600-603 (16606) 605 Trypanosomiasis, African/ (3629) 606 Trypanosoma brucei gambiense/ (703) 607 Trypanosoma brucei rhodesiense/ (301) 608 or/606-607 (935) 609 or/605,608 (3950) 610 chagas disease/ or chagas cardiomyopathy/ (7236) 611 Trypanosoma cruzi/ (6326) 612 or/610-611 (10615) 613 Loiasis/ (367) 614 Loa/ (311) 615 Filariasis/ (4853) 616 loiasis.mp. (421) 617 615 and 616 (196) 618 or/613,617 (395) 619 or/614,618 (534) 620 Onchocerca volvulus/ (618) 621 Onchocerciasis/ (2911) 622 Onchocerciasis, Ocular/ (273) 623 river blindness.mp. (154) 624 621 and 623 (72) 625 or/621-624 (3155) 626 or/620,625 (3294) 627 Cat-Scratch Disease/ (1425) 628 Bartonella henselae/ (696) 629 Bartonella/ (470) 630 clarridgeiae.mp. (73) 631 henselae.mp. (974) 632 629 and 630 (47) 633 629 and 631 (145) 634 Bartonella Infections/ (580) 635 630 and 634 (42) 636 631 and 634 (195) 637 or/627,635-636 (1576) 638 Cat-Scratch Adenitis.mp. (3) 639 maladie des griffes du chat.mp. (68) 640 or/637-639 (1586)

641 or/628,632-633 (798) 642 or/640-641 (1763) 643 Rickettsia typhi/ (277) 644 Rickettsia felis/ (44) 645 Rickettsia prowazekii/ (701) 646 or/643-645 (951) 647 Typhus, Endemic Flea-Borne/ (452) 648 Typhus, Epidemic Louse-Borne/ (1289) 649 Rickettsia Infections/ (1970) 650 felis.mp. (1987) 651 649 and 650 (43) 652 Murine typhus.mp. (340) 653 or/647-648,651-652 (1778) 654 or/646,653 (2357) 655 or/458,466,475,478,484,487,490,493,498 (12319) 656 or/501,504,518,525,533,539,545,548 (50875) 657 or/554,557,562,565,568,571,577,580,583,589 (14895) 658 or/599,604,609,612,619,626,642,646,654 (38399) 659 or/655-658 (113339) 660 or/367,452,659 (328232) 661 19 and 61 and 103 and 660 (683) 662 bioterrorism/ (3311) 663 Biological Warfare/ (1619) 664 bacterial infections/ (48487) 665 exp bacteremia/ (12826) 666 exp central nervous system bacterial infections/ (24473) 667 exp endocarditis, bacterial/ (15148) 668 exp eye infections, bacterial/ (10923) 669 fournier gangrene/ (287) 670 exp gram-negative bacterial infections/ (222063) 671 exp gram-positive bacterial infections/ (273167) 672 exp pneumonia, bacterial/ (11081) 673 exp sexually transmitted diseases, bacterial/ (31551) 674 exp skin diseases, bacterial/ (13482) 675 exp spirochaetales infections/ (32215) 676 vaginosis, bacterial/ (1427) 677 virus diseases/ (26615) 678 exp arbovirus infections/ (17363) 679 bronchiolitis, viral/ (1007) 680 exp central nervous system viral diseases/ (45425) 681 exp dna virus infections/ (142588) 682 exp encephalitis, viral/ (13651) 683 exp eye infections, viral/ (6415) 684 exp fatigue syndrome, chronic/ (2952) 685 exp hepatitis, viral, animal/ (1672) 686 exp hepatitis, viral, human/ (76549) 687 exp meningitis, viral/ (4466) 688 exp opportunistic infections/ (24363) 689 pneumonia, viral/ (3509) 690 exp rna virus infections/ (332372) 691 exp sexually transmitted diseases/ (196626) 692 exp skin diseases, viral/ (20329) 693 exp slow virus diseases/ (73893)

Annexes

35

694 exp tumor virus infections/ (32478) 695 viremia/ (4590) 696 parasitic diseases/ (5778) 697 exp central nervous system parasitic infections/ (4619) 698 exp eye infections, parasitic/ or exp helminthiasis/ (86617) 699 exp intestinal diseases, parasitic/ (16275) 700 exp liver diseases, parasitic/ (11438) 701 exp lung diseases, parasitic/ (3633) 702 exp mesomycetozoea infections/ (339) 703 exp opportunistic infections/ (24363) 704 parasitemia/ (2254) 705 exp parasitic diseases, animal/ (19438) 706 pregnancy complications, parasitic/ (1801) 707 exp protozoan infections/ (103999) 708 exp skin diseases, parasitic/ (23559) 709 coroner$.mp. (2142) 710 military$.mp. (45684) 711 bioterror$.mp. (3885) 712 biowar$.mp. (117) 713 bacter$.mp. (766473) 714 viral$.mp. (352932) 715 virus$.mp. (444871) 716 parasit$.mp. (106293) 717 infection$.mp. (889562) 718 communicable.mp. (25724) 719 Communicable Diseases/ (11734) 720 foodborne.mp. (2124) 721 waterborne.mp. (1549) 722 vectorborne.mp. (42) 723 disease vectors/ or arthropod vectors/ or arachnid vectors/ or insect vectors/ (20330) 724 drug resistance, microbial/ (51021) 725 exp drug resistance, bacterial/ (32364) 726 exp drug resistance, fungal/ (1279) 727 exp drug resistance, viral/ (3486) 728 antimicrobial resistance.mp. (3542) 729 Animals/ (4011447) 730 animal population groups/ or animals, domestic/ or exp animals, inbred strains/ or exp animals, laboratory/ or animals, newborn/ or animals, outbred strains/ or exp animals, poisonous/ or animals, suckling/ or animals, wild/ or animals, zoo/ (641222) 731 veterinar$.mp. (34778) 732 zoonoses/ (7650) 733 (zoonosis or zoonoses).mp. (8570) 734 zoonotic.mp. (2766) 735 enzootic.mp. (2501) 736 epizootic.mp. (2174) 737 or/662-736 (5691663) 738 Communicable Diseases, Emerging/ (1335) 739 ((emerg$ or re-emerg$ or reemerg$) adj10 (disease$ or outbreak$)).mp. (13546) 740 ((new or recent or incident$ or occur$ or re-occur$ or reoccur$) adj10 (disease$ or outbreak$)).mp. (94641)

741 recurrence/ and (disease$ or outbreak$).mp. (47650) 742 (emerg$ adj10 disease$).mp. (13088) 743 or/738-742 (151843) 744 737 and 743 (59095) 745 19 and 61 and 103 and 744 (416) 746 19 and 61 and 103 and 660 (683) 747 or/745-746 (1007) 748 population surveillance/ (27179) 749 surveillance.mp. (72805) 750 or/748-749 (72805) 751 zoonoses/ (7650) 752 750 and 751 (387) 753 747 not 752 (994) 754 limit 753 to yr="1987 - 2007" (958) 755 limit 754 to english language (861) 756 754 not 755 (97) non-english

36

Annexe 4. Liste des 221 systèmes inclus dans l’étude

Annexe 4. Liste des 221 systèmes inclus dans l’étude

Nom du système Continent Références (voir l’Annexe 6)

Agent connu/inconnu

Une ou plusieurs maladies

Catégorie de données humaines / animales / autre

Évalué oui/non

121 Cities Surveillance System (121 Cities)

Amérique du Nord

176 Connu Plusieurs Humaines Non

ABCs ‐ Active Bacterial Core Surveillance

Amérique du Nord


Surveillance active des maladies sporadiques (nom non officiel)

Amérique du Nord

199

Connu Plusieurs Humaines Oui

Ambulatory Sentinel Practice Network

Amérique du Nord

134 Indéterminé Indéterminé Humaines Non

Antibiotic Resistance Europe 56 Connu Plusieurs Animales Non

APEC Telecommunications Network for Emerging Infections (EINet)

Asie 105, 106 Les deux Plusieurs Non

Arbeitsgemeinschaft Influenza (ARI)

Europe 184 Les deux Plusieurs Humaines Non

ArboNET Amérique du Nord

102, 146 Les deux Une Animales, humaines

Non

Surveillance des arbovirus (nom non officiel)

Amérique du Nord

7, 12, 85 Connu Plusieurs Animales, humaines

Non

Asian Rotavirus Surveillance Network (ARSN)

Asie 16 Connu Plusieurs Humaines Non

Australian Sentinel Practice Research Network (ASPREN)

Océanie 10, 41, 202, 29 Connu Plusieurs Humaines Non

Automated Laboratory‐Based Reporting to California Department of Health Services

Amérique du Nord


Surveillance de la salmonella en Belgique (nom non officiel)

Europe 73 Connu Une Animales Non

BioSense Amérique du Nord

119, 167 Les deux Plusieurs Humaines, autre Non

Border Infectious Disease Surveillance Project (BIDS)

Amérique du Nord

167 Les deux Plusieurs Non

Boston Bioterrorism Surveillance System (nom non officiel)

Amérique du Nord

128 Les deux Plusieurs Humaines Oui

Bovine and Ovine Brucellosis Europe 56 Connu Une Animales Non

Encéphalopathie spongiforme bovine en France (nom non officiel)


Surveillance de la tuberculose bovine (nom non officiel)

Amérique du Nord

103 Connu Une Animales Non

Système de surveillance de la brucellose (nom non officiel)

Europe 84 Connu Une Humaines Non

BSE Surveillance in the EU Europe 90 Connu Une Animales Non

California Mosquito‐Borne Virus Surveillance and Response Plan

Amérique du Nord

23 Connu Une

Annexes

37


Agent connu/inconnu



Évalué oui/non

Canada Database of Animal Parasites (CDAP)

Amérique du Nord

156, 157 Connu Plusieurs Animales, humaines

Non

Centre canadien coopératif de la santé de la faune

Amérique du Nord

135 Indéterminé Plusieurs Animales Non

Programme de Surveillance canadienne intégrée de la santé publique (SCISP)

Amérique du Nord

123 Indéterminé Plusieurs Humaines? Non

Service de référence pour la listériose au Canada

Amérique du Nord

148 Connu Une Animales, humaines, autre

Non

Programme canadien de surveillance pédiatrique (PCSP)

Amérique du Nord


Care Telematics Network for the Surveillance of Influenza in Europe


Caribbean Public Health Laboratory Surveillance

Amérique du Sud centrale


Central animal health database of the Department of Agriculture and Rural Development (DARD)


CJD Surveillance Unit Europe 165 Connu Une

Clinical Management System (CMS)

Asie 16 Connu Une Humaines Oui

ComBase (base de données combinée)

International 129 Connu Plusieurs Animales Non

Daily emergency department surveillance system (DEDSS)

Amérique du Nord

149 Inconnu Plusieurs Humaines Non

Danish Integrated Antimicrobial Resistance Monitoring and Research Programme (DANMAP)

Europe 1, 22, 87, 203 Connu Plusieurs Animales, humaines, autre

Non

Danish Pig Health Scheme (DPHS) Europe 56 Indéterminé Indéterminé Animales Non

Danish Salmonella Surveillance and Control Programme


Data Mining Surveillance System (DMSS)

Amérique du Nord

32 Indéterminé Plusieurs Oui

Surveillance de la dengue (nom non officiel)

Océanie 159 Connu Une Animales, humaines

Non

Surveillance de la dengue (nom non officiel)

Asie 116 Connu Une Animales, humaines

Non

Diarrheal Disease Surveillance Amérique du Nord

89 Inconnu Plusieurs Humaines, autre Non

Drop‐In Surveillance Systems Amérique du Nord

194 Indéterminé Plusieurs Humaines Non

Dutch Sentinel Practice Network (DSN)


Early Warning Outbreak Recognition System

Asie 167 Les deux Plusieurs Non

Surveillance d’Ehrlichia chaffeensis chez le cerf de Virginie (nom non officiel)

Amérique du Nord


Annexes

38


Agent connu/inconnu



Évalué oui/non

Emerging Infections Program (EIP) Amérique du Nord

11 Les deux Plusieurs Humaines Non

Electronic Surveillance System for the Early Notification of Community‐Based Epidemic (ESSENCE)

Amérique du Nord

80, 128, 167, 194 Inconnu Plusieurs Humaines En cours

Visites aux services des urgences (nom non officiel)

Amérique du Nord


EMERGEncy ID NET Amérique du Nord

99, 186 Connu Plusieurs Humaines Non

Emergency Medical Services Ambulance Dispatch Calls

Amérique du Nord


Emergency Prevention System for Transboundary Animal and Plant Pests and Diseases (EMPRES)

Afrique 175, 204 Connu Plusieurs Animales, autre Non

Emerging Infectious Disease Network (EIDNET)

International 55 Connu Plusieurs Animales, humaines

Non

Enter‐net Europe 64, 65 Connu Plusieurs Humaines Non

EPI‐BAC Europe 78 Connu Plusieurs Humaines Oui

Epidemic Information Exchange Program (Epi‐X)

Amérique du Nord

108, 131 Les deux Plusieurs Humaines Non

Equinella Europe 56 Connu Plusieurs Animales Non

eSARS Asie 33, 115 Connu Une Humaines Non

European collaborative programme for influenza surveillance


Groupes régionaux d'observation de la grippe (EuroGROG, GROG)

Europe 4, 19, 161 Connu Une Humaines Non

European Influenza Surveillance Scheme (EISS)

Europe 4, 113, 130 Connu Une Humaines Non

European Network for Diagnostics of "Imported" Viral Diseases (ENIVD)


European Network on Imported Infectious Disease Surveillance (TropNetEurop)

Europe 100, 138 Connu Plusieurs Humaines Non

Eurosentinel Europe 134 Indéterminé Indéterminé Humaines Non

Foodborne Disease Active Surveillance Network (fait partie de FoodNet)

Amérique du Nord

11, 97 Connu Plusieurs Humaines Non

Foodborne Disease Outbreak Surveillance System

Amérique du Nord

50 Indéterminé Plusieurs Humaines Non

FoodNet Amérique du Nord

8, 11, 27, 88, 124 Connu Plusieurs Humaines Oui

Frontlines of Medicine Project Amérique du Nord


GeoSentinel International 70, 99 Les deux Plusieurs Humaines Non

Annexes

39


Agent connu/inconnu



Évalué oui/non

Surveillance de Giardia en Écosse (nom non officiel)


Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID)

International 13 Indéterminé Une Non

Réseau mondial d'alerte et d'action en cas d'épidémie

International 50, 92, 93, 94, 114, 129, 211

Les deux Plusieurs Non

Réseau mondial d'information en santé publique (RMISP)

International 50, 62, 93, 141 Inconnu Plusieurs Humaines Non

HEALTH Alert Network Amérique du Nord


Health Buddy and the Biothreat Active Surveillance Integrated Information and Communication System


Health Information Network Amérique du Nord

60, 150 Connu Plusieurs Animales, humaines

Oui

HealthMapper International 190 Connu Plusieurs Non

Système de surveillance du groupe médical PartenaireSanté (nom non officiel)

Amérique du Nord


IDSA EIN Amérique du Nord


Indianapolis Network for Patient Care in Indianapolis

Amérique du Nord

24, 50 Indéterminé Plusieurs Humaines Non

Infectious Disease Information System (IDIS)

Europe 172 Connu Plusieurs Humaines Non

Infectious disease Surveillance and Information System (ISIS)


Influenza Surveillance – Emerging Infections Program Network

Amérique du Nord

169 Connu Une Humaines Non

Integrated environmental health surveillance program


Inter‐agency Research Partnership for Infectious Diseases (IntRePID)

International 140 Connu Une Humaines, autre En cours

Japanese Veterinary Antimicrobial Resistance Monitoring (JVARM) Program

Asie 1 Connu Plusieurs Non

Système de gestion des données de laboratoire (SGDL)

Amérique du Nord

123 Connu Plusieurs Animales, humaines, autre

Non

Laboratory Response Network (LRN)

Amérique du Nord

74, 104, 155, 181 Les deux Plusieurs Animales, humaines, autre

Annexes

40


Agent connu/inconnu



Évalué oui/non

Laboratory‐based Global Influenza Surveillance System (Project Gargle)

Amérique du Nord


Laboratory‐based Surveillance System of Salmonellae (SALM‐NET)

Europe 171, 172 Connu Une Animales, humaines, autre

Non

LEADERS Amérique du Nord


Surveillance de la leptospirose en Australie (nom non officiel)

Océanie 177 Connu Une Animales, humaines

Non

Surveillance de la leptospirose en Thaïlande (nom non officiel)


Light‐weight Epidemiology Advanced Detection and Emergency Response System (LEADERS)

Amérique du Nord

80, 194 Les deux Plusieurs En cours

Surveillance de la maladie de Lyme (nom non officiel)

Amérique du Nord


Malaria Early Warning System (MEWS)

Afrique 49, 81 Connu Une Humaines, autre Non

Malaria Information System (MIS) Afrique 174 Connu Une Animales, humaines, autre

Non

Surveillance de la Malaria (nom non officiel)

Afrique 2 Connu Une Humaines Non

Surveillance de la Malaria à Trinidad (nom non officiel)



Manitoba Public Health Communicable Disease database (MPHCDD)

Amérique du Nord

79 Connu Plusieurs Humaines

MedDay Europe 62 Inconnu Plusieurs Humaines Non

MIIDSS Asie 33, 115 Inconnu Une Humaines Non

Surveillance de Mycobacterium bovis en Slovaquie (nom non officiel)

Europe 21 Connu Une Animales, humaines

Non

National Animal Health Monitoring System (NAHMS)

Amérique du Nord

56 Indéterminé Plusieurs Animales

National Antimicrobial Resistance Monitoring System (NARMS)

Amérique du Nord

1, 76, 192, 203 Connu Plusieurs Animales, humaines

Non

National Australian Health Information System (NAHIS)

Océanie 56 Connu Plusieurs Animales Non

National Bioterrorism Syndromic Surveillance Demonstration Program

Amérique du Nord


National Botulism Surveillance and Reference Laboratory

Amérique du Nord

50 Connu Une Non

National Brucellosis Eradication Program

Amérique du Nord

46 Connu Une Animales

National Companion Animal Surveillance Program

Amérique du Nord

75 Les deux Plusieurs Animales Non

Annexes

41


Agent connu/inconnu



Évalué oui/non

National Electronic Disease Surveillance System (NEDSS)

Amérique du Nord

24, 50, 108, 131, 168 Les deux Plusieurs Humaines Non

National Electronic Telecommunications System for Surveillance (NETSS)

Amérique du Nord

50, 140 Indéterminé Plusieurs Humaines Non

National Emergency Medicine Sentinel Surveillance Network

Amérique du Nord


National Enteric Pathogens Surveillance System (NEPSS)

Océanie 10, 29 Connu Plusieurs Humaines Non

National Epidemiological Surveillance of Infectious Diseases (NESID)


Surveillance nationale des hantavirus (nom non officiel)

Amérique du Nord

133 Connu Une Animales, autre Non

National Health Information System (NHIS)

Océanie 95 Connu Plusieurs Non

National Health Service Direct Europe 167 Les deux Plusieurs

National Infectious Diseases Reporting System (NIDRS)


National Laboratory Response Network

Amérique du Nord

108 Connu Plusieurs Humaines? Non

National Laboratory‐based Surveillance System (NLSS)


Non

National Mycobacterial Surveillance System

Océanie 43 Connu Une Humaines

National Notifiable Diseases Surveillance System (NNDSS)

Océanie 10, 29 Connu Plusieurs Animales, humaines

Non

Maladies à déclaration obligatoire aux É.‐U. (nom non officiel)

Amérique du Nord


National Retail Data Monitor (NRDM)

Amérique du Nord

194, 201 Inconnu Plusieurs Humaines Non

National Tsutsugamushi Disease Surveillance

Asie 127 Connu Une Humaines Non

Networks for Surveillance of Emerging Infectious Diseases

International 114 Inconnu Plusieurs Non

NH Pharmaceutical Sales Surveillance (NHPSS)

Amérique du Nord

214 Inconnu Plusieurs Autre Non

NHS Direct Europe 42 Les deux Plusieurs Humaines Oui

Northern Australia Quarantine Strategy (NAQS)

Océanie 189 Les deux Plusieurs Animales Non

Office international des épizooties (OIE) (nom non officiel)

International 56 Connu Plusieurs Animales

Oklahoma Physicians Resource/Research Network's OKAlert‐ILI System

Amérique du Nord


OzFoodNet Océanie 18, 47 Connu Plusieurs Animales, humaines

Non

Annexes

42


Agent connu/inconnu



Évalué oui/non

Pan African Programme for the Control of Epizootics (PACE)

Afrique 175 Indéterminé Plusieurs Animales, humaines

Non

Pediatric Research in Office Settings Network

Amérique du Nord

134 Indéterminé Indéterminé Humaines Non

PHLS Communicable Disease Surveillance Centre

Europe 152, 178 Connu Plusieurs Humaines Non

Réseau national de médecins pour la surveillance au Portugal (nom non officiel)


Program for Monitoring Emerging Diseases (ProMED et ProMED‐mail)

International 120, 121, 122, 129, 136, 141, 206, 207, 208

Les deux Plusieurs Animales, humaines, autre

Non

Public Health Early Warning System (PHEW)

Océanie 98 Indéterminé Plusieurs Humaines Non

Public Health Emergency Response Information System (PHERIS)

Asie 118 Indéterminé Plusieurs

Public Health Information Network (PHIN)

Amérique du Nord

69, 24 Indéterminé Plusieurs Non

Public Health Information System (PHIS)

Amérique du Nord


PulseNet Amérique du Nord

72, 97, 99, 129 Connu Plusieurs Humaines, autre Non

PulseNet International International 183 Connu Plusieurs Humaines, autre Non

QFLU Europe 96 Connu Une Humaines Non

RabID Amérique du Nord

28 Connu Une Animales

Surveillance de la rage (nom non officiel)





Amérique du Nord

30, 77, 109, 110, 111, 112

Connu Une Animales, humaines

Non

Rabnet International 31 Indéterminé Une

Rapid Epidemiological Mapping of Onchocerciasis (REMO)

Afrique 144 Connu Une Humaines, autre Non

Rapid Syndrome Validation Project (RSVP)

Amérique du Nord

80, 167, 194, 213 Les deux Plusieurs Humaines En cours

Rapid Syndrome Validation Project ‐ Animal (RSVP‐A)

Amérique du Nord

198 Les deux Plusieurs Animales Non

Real‐time Outbreak and Disease Surveillance System (RODS)

Amérique du Nord

24, 50, 61, 194, 200 Les deux Plusieurs Humaines Oui

Regional Animal Disease Surveillance and Control Network (RADISCON)

Afrique 175, 204 Indéterminé Plusieurs Animales Non

RENESA Europe 57 Connu Plusieurs Animales

RESABO Europe 125, 203 Connu Plusieurs Animales Non

Annexes

43


Agent connu/inconnu



Évalué oui/non

Réseau d'alerte et d'Intervention zoosanitaire (RAIZO)

Amérique du Nord

56 Connu Plusieurs Animales Non

Réseau d'épidémiosurveillance des suspicions cliniques de salmonelloses bovines (RESSAB)

Europe 56, 125 Connu Une Animales Non

Réseau national d'observations épidémiologiques en aviculture (RNOEA)

Europe 56 Les deux Plusieurs Animales Non

Retail pharmacy sales Amérique du Nord


Romania Brucellosis Surveillance Europe 53 Connu Une Animales

SAGIR Network (Réseau national de surveillance de l'état sanitaire de la faune sauvage)

Europe 56, 135 Les deux Plusieurs Animales Non

Salmonella data bank (SDB) Europe 187 Connu Une Humaines Non

Réseau de surveillance de la salmonelle (nom non officiel)

Europe 56, 125 Connu Une Animales, humaines

Non

Surveillance de la résistance de la salmonelle (nom non officiel)

Amérique du Nord

123 Connu Une Animales, humaines

Non

Salmonella Surveillance and Control Program


Non

Système de surveillance de la salmonelle (nom non officiel)

Amérique du Nord

185 Connu Une Humaines Oui

SARS‐CCIS Asie 33 Connu Une Humaines Non

Réseau de surveillance de la grippe (nom non officiel)

Océanie 25 Connu Une Humaines Non

Victorian Infectious Disease Reference Laboratory (VIDRL) – surveillance de la grippe (nom non officiel)

Océanie 195 Connu Une Humaines Non

Sentinelles – French Communicable Diseases Computer Network (FCDN)

Europe 4, 35, 117, 140, 150, 193, 196

Les deux Plusieurs Humaines Oui

Virology and Serology Laboratory Reporting Scheme (LabVISE)

Océanie 10 Indéterminé Plusieurs Humaines Non

Severe Malaria in African Children (SMAC) : A Clinical Network

Afrique 188 Connu Une Humaines Non

Sicilian Agrometeorology Information System

Europe 151 Connu Plusieurs Autre Non

SmiNet‐1 Europe 166 Connu Plusieurs Humaines Non

Programme de surveillance de la santé sur les navires de croisière – bureau de santé publique de South Eastern Sydney (nom non officiel)

Océanie 63 Connu Plusieurs Humaines Non

Southeastern Cooperative Wildlife Disease Study

Amérique du Nord


Annexes

44


Agent connu/inconnu



Évalué oui/non

Surveillance de l’encéphalite de Saint‐ Louis en Floride (nom non officiel)

Amérique du Nord

51 Connu Une Animales, humaines, autre

Non

Surveillance Importierter Infektionen in Deutschland (SIMPID)


Surveillance des infections respiratoires aiguës (nom non officiel)


Surveillance de l’eczéma facial bovin (nom non officiel)

Océanie 56 Indéterminé Plusieurs Animales Non

Surveillance de certaines maladies à déclaration obligatoire (nom non officiel)

Europe 56 Connu Plusieurs Animales Non

Surveillance of Rinderpest Afrique 56 Indéterminé Plusieurs Animales Non

Surveillance de la grippe A (H5N1) (nom non officiel)

Asie 38 Connu Une Humaines Non

Surveillance pendant la Coupe du monde de rugby (nom non officiel)

Océanie 139 Les deux Plusieurs Humaines Non

Swedish Veterinary Antimicrobial Resistance Monitoring


Syndromal Surveillance Tally Sheet Amérique du Nord

167 Les deux Plusieurs En cours

Syndromic Surveillance Using Automated Records

Amérique du Nord

167 Connu Plusieurs Non

Tickbuster – surveillance des tiques (nom non officiel)


Traveller's Diarrhoea Network Asie 147 Les deux Plusieurs Humaines Non

Surveillance de la trypanosomiase en Afrique (nom non officiel)

Afrique 15 Connu Une Animales, humaines

Non

Surveillance de la trypanosomiase au Kenya (nom non officiel)

Afrique 126 Connu Une Animales, humaines, autre

Non

Trypnet : Hemoparasite Information Network


197 Connu Plusieurs Animales, humaines

Non

Tuberculosis Freedom Assurance Program 2 (TFAP 2)

Océanie 162 Connu Une Animales Non

Surveillance de la tularémie en Europe centrale (nom non officiel)


Unexplained Deaths and Critical Illnesses (UNEX)

Amérique du Nord

86, 153, 154 Inconnu Plusieurs Humaines Non

US Department of Defense Global Emerging Infections Surveillance and Response System (DoD‐GEIS)

International 40 Indéterminé Plusieurs Humaines Non

US Naval Medical Research Unit‐2 (NAMRU‐2 et NAMRU‐3)

International 40 Connu Plusieurs Humaines Non

Système de surveillance des maladies pouvant être prévenues par un vaccin (nom non officiel)


Annexes

45


Agent connu/inconnu



Évalué oui/non

Vector Surveillance Program Amérique du Nord

44, 45 Connu Plusieurs Animales Non

VEGA Europe 56 Les deux Plusieurs Animales

VIALINE Europe 56 Connu Plusieurs Animales Non

Weekly Returns Service (WRS) du Royal College of General Practitioners


Surveillance du virus du Nil occidental transmis par les moustiques au Connecticut (nom non officiel)

Amérique du Nord

6, 52 Connu Une Animales Oui

Surveillance nationale du virus du Nil occidental (nom non officiel)

Amérique du Nord

102, 146 Les deux Une Animales, humaines

Oui

Surveillance du virus du Nil occidental (nom non officiel)

Amérique du Nord


West Nile Virus Surveillance and Reporting System

Amérique du Nord

145 Connu Une Animales, humaines

Non

Surveillance du virus du Nil occidental en Californie (nom non officiel)

Amérique du Nord

164 Connu Plusieurs Animales, humaines

Non

OMS – Collaborating Centre for Rabies Surveillance and Research

International 135 Connu Une Animales, humaines

Non

OMS – Collaborating Centres for Influenza Reference and Research

International 5 Connu Une Humaines Non

OMS – Collaborating Laboratories International 50 Connu Plusieurs Non

OMS – Food Surveillance Programme for the Control of Foodborne Diseases in Europe

Europe 191 Connu Plusieurs Humaines Oui

OMS – Global Influenza Surveillance Network (Flu‐Net)

International 66, 182 Les deux Plusieurs Non

OMS – Global Salm‐Surv International 71 Connu Une Animales, humaines

Non

WHONET International 50 Connu Indéterminé Non

Wildlife Health Research Centre Amérique du Nord


Surveillance de la faune et de la flore sauvages (nom non officiel)

Europe 135 Indéterminé Plusieurs Animales Non

WONDER – système de courriel Amérique du Nord

48 Les deux Plusieurs Humaines, animales, autre

Non

Absentéisme au travail (nom non officiel)

Amérique du Nord


Surveillance des zoos (nom non officiel)

Amérique du Nord

107 Connu Plusieurs Animales Non

Surveillance des zoonoses à Chypre (nom non officiel)

Europe 58, 59 Connu Plusieurs Animales, humaines

Non

46

Annexe 5. Liste des 17 systèmes évalués inclus dans l’étude Annexe 5. Liste des 17 systèmes évalués inclus dans l’étude

Nom du système Continent Références Agent connu/inconnu



Évalué oui/non

Surveillance active des maladies sporadiques (nom non officiel)

Amérique du Nord

199

Connu Plusieurs Humaines Oui

Boston Bioterrorism Surveillance System (nom non officiel)

Amérique du Nord


Clinical Management System (CMS) Asie 16 Connu Une Humaines Oui

Data Mining Surveillance System (DMSS) Amérique du Nord

32 Indéterminé Plusieurs Oui

EPI‐BAC Europe 78 Connu Plusieurs Humaines Oui

FoodNet Amérique du Nord

8, 11, 27, 88, 124 Connu Plusieurs Humaines Oui

Health Information Network Amérique du Nord

60, 150 Connu Plusieurs Animales, humaines Oui

Système de surveillance du groupe médical PartenaireSanté (nom non officiel)

Amérique du Nord


Surveillance de la leptospirose en Thaïlande (nom non officiel)


NHS Direct Europe 42 Les deux Plusieurs Humaines Oui

Oklahoma Physicians Resource/Research Network's OKAlert‐ILI System

Amérique du Nord


Real‐time Outbreak and Disease Surveillance System (RODS)

Amérique du Nord

24, 50, 61, 194, 200


Système de surveillance de la salmonelle (nom non officiel)

Amérique du Nord

185 Connu Une Humaines Oui

Sentinelles – French Communicable Diseases Computer Network (FCDN)

Europe 4, 35, 117, 140, 150, 193, 196


Surveillance du virus du Nil occidental transmis par les moustiques au Connecticut (nom non officiel)

Amérique du Nord

6, 52 Connu Une Animales Oui

Surveillance nationale du virus du Nil occidental (nom non officiel)

Amérique du Nord

102, 146 Les deux Une Animales, humaines Oui

OMS – Food Surveillance Programme for the Control of Foodborne Diseases in Europe

Europe 191 Connu Plusieurs Humaines Oui

47

Annexe 6. Liste des 214 articles inclus dans la revue systématique Annexe 6. Liste des 214 articles inclus dans la revue 1 Aarestrup FM. Monitoring of antimicrobial resistance among food animals: principles and limitations. Journal of Veterinary Medicine

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Annexes

48

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29 Blumer C, Roche P, Spencer J, Lin M, Milton A, Bunn C, Gidding H, Kaldor J, Kirk, M, Hall R, Della‐Porta T, Leader R and Wright P. Australia's notifiable diseases status, 2001. Annual report of the National Notifiable Diseases Surveillance System. Communicable Disease Intelligence 2003;27(1):1‐78.

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31 Briggs D, Bourhy H, Cleaveland S, et al. WHO expert consultation on rabies. World Health Organization Technical Report Series 2005;IS 931:i‐viii+1‐85.

32 Brossette SE, Sprague AP, Hardin JM, et al. Association Rules and Data Mining in hospital infection control and public health surveillance. Journal of the American Medical Informatics Association 1998;5(4):373‐381.

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34 Canas L, Lohman K, Pavlin JA, et al. The Department of Defense Laboratory‐based Global Influenza Surveillance System. Military Medicine 2000;165(S2):52‐56.

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41 Clothier HJ, Fielding JE, Kelly HA. An evaluation of the Australian Sentinel Practice Research Network (ASPREN) surveillance for influenza‐like illness. Communicable Disease Intelligence 2005;29:231‐247.

42 Cooper DL, Verlander NQ, Smithe GE, et al. Can syndromic surveillance data detect local outbreaks of communicable disease? A model using a historical cryptosporidiosis outbreak. Epidemiological Infections 2006;134:13‐20.

43 Cousins DV & Dawson DJ. Tuberculosis due to Mycobacterium bovis in the Australian population: cases recorded during 1970‐1994. International Journal of Tubercular and Lung Diseases 1999;3(8):715‐721.

44 Crans WJ. Mosquito‐borne encephalitis in New Jersey in 2001. Proceedings of the New Jersey Mosquito Control Association 89 2002:77‐81.

45 Crans WJ. Mosquito‐borne encephalitis in New Jersey in 2004. Proceedings of the New Jersey Mosquito Control Association 92 2005:45‐49.

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49 DaSilva J, Garanganga B, Teveredzi V, et al. Improving epidemic malaria planning, preparedness and response in Southern Africa. Malaria Journal 2004;3:37‐41.

50 Dato V. How outbreaks of infectious disease are detected: a review of surveillance systems and outbreaks. Public Health Reports2004;119(5):464‐471.

51 Day JF & Curtis A. Blood feeding and Oviposition by Culex nigripalpus (Diptera: Culicidae) Before, During, and After a Widespread St. Louis Encephalitis Virus Epidemic in Florida. Journal of Medical Entomology 1999;36(2):176‐181.

52 Diuk‐Wasser MA, Brown HE, Andreadis TG, Fish D. Modeling the spatial distribution of mosquito vectors for West Nile virus in Connecticut, USA. Vector Borne & Zoonotic Diseases 2006;6(3):283‐295.

53 Dobrean V, Opris A, Daraban S. An epidemiological and surveillance overview of brucellosis in Romania. Veterinary Microbiology2002;90:157‐163.

54 Donoso Mantke D, Schmitz H, Zeller H, et al. Quality assurance for the diagnostics of viral diseases to enhance the emergency preparedness in Europe. Eurosurveillance 2005;10(4‐6):102‐106.

55 Dooley EE. EHPnet: Humanitarian Resource Institute Emergency Infectious Disease Network. Environmental Health Perspectives2004;112(1):A27.

Annexes

49

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78 Goulet V, de Valk H, Pierre O, et al. Effect of prevention measures on incidence of human listeriosis, France, 1987‐1997. Emerging Infectious Diseases 2001;7(6):983‐989.

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Annexes

50

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