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SATCAFE y control biológico como alternativa de manejo de
enfermedades del café
Luis C. Mejía
INDICASAT AIP
Los hongos endófitos son particularmente diversos
Las Comunidades de microorganismos(microbiomas) de plantas son altamente diversas
Patógenos de plantas
Todo organismo en la naturaleza tiene un enemigo
Control Biológico:Uso de un organismo para suprimir la actividades y poblaciones de otro organismo
Treatment
% fru
its w
ith
M. ro
reri
sp
ore
s
20
30
40
50
60
70
a
b
abab
C. gloeosporioides
control
C. rosea
B. dothidea
Farm
AL BB RC RL
% fru
its w
ith
M. ro
reri
sp
ore
s
0
10
20
30
40
50
60
70
C. rosea
control
A B
Mejía et al. 2008. Biological Control
A) Media (ES) % frutas de T. cacao en las que patógeno M. roreri esporuló después de 6-9 aplicaciuones en 4 fincas de Bocas del Toro, Panama. B) Media (ES) %frutas de T. cacao con esporas de M. roreri para el mismo período
Hongos endófitos limitan daño causado porpatógeno, en campo
Microbioma del café y control biológico de la roya
Proyecto: Desarrollando tecnología de biocontrol para los agricultores combatir una enfermedad del café
de importancia global
• El propósito principal del proyecto es estudiar comunidades de microbios (microbioma del café para aislar y probar agentes promisorios de control biológico del Hemileia vastatrix, hongo causante de la roya del café, enfermedad más importante de este cultivo a nivel local e internacional.
Harry Evans, CoPI, CABI
Robert Barreto. UFV
Colaboradores
Microbioma del cafeto: Sitios de muestreo en Panama
Piedra Candela
Comarca Gnobe Bugle
Boquete
Dos variedades por sitioCinco individuos por variedadHojas, Frutas, Tallo, Raiz, Suelo
Cómo cambian las comunidades de hongos del cafeto en función del tiempo, localidad, fenología y variedad de café y variables climáticas?
Métodos
Colecta de muestras y cuanttificaciónde daño por patógenos (Roya y Ojo de Gallo)
Cultivo de hongos Pruebas de actividad
Extracción de ADN y amplificación de ITS
Caracterización taxonómica de comunidades de hongos basada en ADN
Limpieza superficial de tejidos
Pruebas in planta de actividad contra roya
Integración de clima con dinámica de comunidades de hongos y enfermedades del café
SATCAFE
Variables Ecológicas
Indicadores de Microorganismos Benéficos?
Incidencia de Roya del CaféFinca Flores, Comarca Ngäbe-Buglé
Geisha
Typica Catuai
Ojo de Gallo
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
Mayo Junio Julio Agosto Septiembre Octubre Noviembre Diciembre
INC
IDEN
CIA
(%
)
Finca FloresComarca Ngäbe-Buglé
Catimore Tardío Pache Geisha Typica Catuaí
Año 2016
Evaluación de antagonismo contra Mycena citricolor
Primer muestreo masivo de microorganismos del café en Panamá
Bacterias en suelos de cafetales> 30 phyla recuperados
Collaboration with Kristin Saltonstall, STRI
0%
10%
20%
30%
40%
50%
60%
70%
80%
90%
100% k__Bacteria;p__[Caldithrix]
k__Bacteria;p__WS3
k__Bacteria;p__Verrucomicrobia
k__Bacteria;p__Thermi
k__Bacteria;p__TM7
k__Bacteria;p__TM6
k__Bacteria;p__Spirochaetes
k__Bacteria;p__Proteobacteria
k__Bacteria;p__Planctomycetes
k__Bacteria;p__PAUC34f
k__Bacteria;p__OP3
k__Bacteria;p__Nitrospirae
k__Bacteria;p__NKB19
k__Bacteria;p__Lentisphaerae
k__Bacteria;p__Gemmatimonadetes
k__Bacteria;p__GOUTA4
k__Bacteria;p__GN04
k__Bacteria;p__GAL15
k__Bacteria;p__Fusobacteria
k__Bacteria;p__Firmicutes
k__Bacteria;p__Fibrobacteres
k__Bacteria;p__FCPU426
k__Bacteria;p__Elusimicrobia
k__Bacteria;p__Cyanobacteria
k__Bacteria;p__Chloroflexi
k__Bacteria;p__Chlorobi
k__Bacteria;p__Chlamydiae
k__Bacteria;p__Bacteroidetes
k__Bacteria;p__Armatimonadetes
k__Bacteria;p__Actinobacteria
k__Bacteria;p__Acidobacteria
k__Bacteria;p__AD3
k__Bacteria;Other
k__Archaea;p__Crenarchaeota
k__Archaea;Other
Unclassified;Other
Collaborative work with Kristin Saltonstall (STRI)
Composición taxonómica de bacterias en suelo asociado a 45 árboles de café en Panamá
Resultados preliminares: Las comunidades de bacterias parecen
diferir por sitio
-0.15
-0.1
-0.05
0
0.05
0.1
0.15
0.2
-0.15 -0.1 -0.05 0 0.05 0.1 0.15
PC
oA
2 1
9.1
5%
var
iati
on
exp
lain
ed
PCoA1 26.15% variation explained
Boquete
Eleta
Comarca
43 microbiome samples51652 reads3893 fungal OTUs
Composición taxonómica de comunidades de hongos en hojas de café
Piedra Candela Boquete Comarca Ngäbe-Buglé
Other
Botryosphaeriales
Capnodiales
Myriangiales
Pleosporales
Dothideomycetes; unidentified
Chaetothyriales
Eurotiomycetes; unidentified
Chaetosphaeriales
Diaporthales
Incertae sedis
Sordariales
Xylariales
Sordariomycetes; unidentified
Unidentified
Agaricales
Sporidiobolales
Pucciniales
Tremellales
Unidentified
Unidentified
Mes 4,
Resultados preliminares: Las comunidades de hongos parecen diferir por sitio
ResumenTodos los organismos tienen enemigos naturales
Podemos utilizar microorganismos que son enemigos de plagas y patógenos de plantas para hacerlas más resistentes y productivas
El control biológico ofrece una alternativa efectiva de manejo de enfermedades de cultivos agrícolas que es amigable con el ambiente, las salud de las personas y por lo tanto con gran potencial de impacto social
Las herramientas de sistema de alerta temprana tienen un potencial uso para monitoreo de microorganismos benéficos a través del tiempo, un componente importante para manejo agroecológico de cultivo de café
FAO
Agradecimientos
INDICASAT AIP
Productores y técnicos de café por acceso a cafetales-Sr. Roberto Brenes-Sr. Price Peterson -Hacienda Café de Eleta-Hacienda Esmeralda-Sr. Kelly Hartman-Sr. Miguel Cervantes
IDIAP: Ing. José LezcanoMIDA: Despacho Superior, Ing. Harry Pérez, Personal Técnico.Embajada Británica en PanamáFAO por la invitación a este evento