SECCIÓN I. Estructuras y funciones de proteínas y enzimas C APÍTULO 10. Bioinformática y biología computacional

SECCIÓN I. Estructuras y funciones de proteínas y enzimasCAPÍTULO 10. Bioinformática y biología computacional

FIGURA 10–1 Esta versión del mapa dibujado por el Dr. John Snow compara la ubicación de las residencias de víctimas de una epidemia de cólera en londres en 1854 (puntos) con las ubicaciones de las bombas que abastecían agua potable (X). El agua contaminada de la bomba en Broad Street, aproximadamente en el centro de la agrupación de víctimas, resultó ser la fuente de la epidemia en este vecindario.

FIGURA 10–3 Representaciones de llenado de espacio de la HMG-coa reductasa homodimérica de Pseudomonas mevalonii con (derecha) y sin (izquierda) el medicamento estatina lovastatina unido. Cada átomo está representado por una esfera del tamaño de su

radio de van der Waals. Las dos cadenas polipeptídicas están resaltadas con colores gris y azul. Los átomos de carbono de la lovastatina se muestran con color negro, y los átomos de oxígeno, en rojo. compare este modelo con las representaciones de esqueleto de proteínas

mostradas en los capítulos 5 y 6. (Adaptada de protein Data Bank ID no. 1t02.)


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FIGURA 10–4 Representación simplificada de un programa de predicción de sitio de ligando. los programas de predicción de sitio de ligando, como POCKET, LIGSITE, o pocket-Finder, convierten la estructura tridimensional de una proteína en un juego de coordenadaspara los átomos que la componen. un corte bidimensional del espacio lleno por estas coordenadas se presenta como un contorno de forma irregular (amarillo). a continuación se introduce repetidas veces una sonda redonda por estas coordenadas a lo largo de líneas que tienen una trayectoria paralela a cada uno de los tres ejes de coordenadas (A, B, C). Los

círculos con sombreado claro representan posiciones de la sonda donde su radio se superpone con uno o más átomos en el juego de coordenadas cartesianas. Los círculos con sombreado oscuro representan posiciones donde ninguna coordenada de átomo de proteína cae dentro del radio de la sonda. para que se reúnan las características necesarias de una bolsa o hendidura dentro de la proteína, y no sólo espacio abierto fuera de esta última, la sonda debe encontrar finalmente átomos de proteína que yacen en el otro lado de la abertura (C).


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FIGURA 10–5 Representación de un diagrama GRASP que indica las características topográficas electrostáticas de una proteína. Se muestra una representación de llenado de espacio de una proteína hipotética. las áreas sombreadas de color rojo indican la presencia de cadenas laterales de aminoácidos u otras porciones sobre la superficie de la proteína que se predice que portan una carga negativa a pH neutro. El color azul indica la presencia de grupos con carga positiva predichos. El color blanco denota áreas que se prediceque son neutras desde el punto de vista electrostático.


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FIGURA 10–6 Representación bidimensional de una serie de conformaciones de una proteína. Note

cómo cambia la forma del sitio de unión.


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FIGURA 10–7 Conformadores de un ligando simple. Se muestran tres de las muchas conformaciones diferentes de la glucosa, comúnmente denominadas silla (arriba), bote retorcido (twist boat) (en medio) y media silla (abajo). Nótense las diferencias no sólo de la forma y de lo compacto, sino de la posición de los grupos hidroxilo, los participantes potenciales en enlaces de hidrógeno, como se pone de relieve en color rojo.


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FIGURA 10–8 Símbolos usados para construir diagramas de circuito moleculares en biología de sistemas. Símbolos

de diagrama de flujo muestra.


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FIGURA 10–8 (Continuación) Símbolos gráficos para mapas de interacción molecular. (Adaptada de Kohn KW et al.: Molecular interaction maps of bioregulatory networks: a general rubric for systems biology. Mol Biol cell 2006;17:1.)


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FIGURA 10–9 Representación de una red de interacción molecular (MIN) que describe una cascada de transducción de señal que lleva a la fosforilación de proteínas sustrato por la subunidad catalítica, C, de la proteína cinasa dependiente de AMP cíclico en respuesta a la epinefrina. Las proteínas se representan como rectángulos o cuadrados. Las flechas con

Doble punta indican la formación de complejo no covalente representado por un punto a la mitad de la flecha. Las líneas de color rojo con extremos en forma de T indican interacción inhibidora. la flecha verde con punta hueca indica una interacción estimuladora. La línea de color verde con un círculo blanco en el extremo indica catálisis. la flecha de color azul con P indica modificación covalente por medio de fosforilación. (Símbolos adaptados de Kohn KW et al.: Molecular interaction maps of bioregulatory networks: a general rubric for systems biology. Mol Biol cell 2006;17:1.)


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