Sectie Genoom Diagnostiek 12 laboratorium specialisten, 75 … · 2017. 4. 21. · Sectie Genoom Diagnostiek 12 laboratorium specialisten, 75 analisten >20,000 genetics tests Karyotypering

Sectie Genoom Diagnostiek

12 laboratorium specialisten, 75 analisten

>20,000 genetics tests

Karyotypering

SNP & Oligo Arrays

FISH

Sequentie analyse

http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwiY2oXw3tnPAhUCWhoKHU3LDy4QjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fwww.larshost.k41.webawere.nl%2Fumcg-begin%2F&psig=AFQjCNHb5YiApz3DoYwCsb1LotObb1uQVg&ust=1476515459409308

DNA


DNA

http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwiY2oXw3tnPAhUCWhoKHU3LDy4QjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fwww.larshost.k41.webawere.nl%2Fumcg-begin%2F&psig=AFQjCNHb5YiApz3DoYwCsb1LotObb1uQVg&ust=1476515459409308http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwiW6cbAzvrPAhVG1hoKHbAPA-kQjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fapbio4dummies.blogspot.com%2F2012%2F08%2Feukaryote-transcription-vs-prokaryote.html&psig=AFQjCNEDeDH8FhrhrSwe4nIqCKNj06-LvQ&ust=1477644871403233

Aantal genen per hartspierziekte

P vd Zwaag, 2016

LMNA/C

MYH7

TNNI3

(PKP2)

2005 2012

CSRP3 DES

MYBPC3 MYH7

LMNA/C TNNI3

TNNT2 PLN

TPM1 (exon6B) KBTBD13

MYH7 PKP2

DSC2 DSG2

DSP JUP

TMEM43


DNA


http://www.allesoverdna.nl/woordenboek/dna-sequencen.html


DCM:

van Spaendonck (2012) Eur J Heart Fail 15:376-84


Screening Kandidaat Gen(en)

Next Generation Sequencing


PA vd Zwaag, 2016


Fun facts:

• TTN heeft 363 exonen

• TTN heeft 107 973 coderende nucleotiden (680x PLN)

• Het grootste exon is 17 402 nucleotides

• RYR2 is 14 904 nucleotides (95x PLN)

Fun facts:

• PLN heeft 1 exon

• PLN heeft 158 coderende nucleotiden

• Het grootste exon is 158 nucleotiden

TTN > 10-20% DCM


12 patiënten 1 run 50-200 genen

12 cm

Gerichte (panel analyse): 55/60 genen


DNA


DNA voorbereiding

DNA

fragmenten

1 2 3 7 8 9 4 5 6

T G CT A C G A T …

Sequentie analyse

Single molecule array

Clusters genereren

Basen bepalen

C G A A

G

G

T A

C

G

C C T G

C

A T A

T

5’

5’ 3’

C

C

C

T

T

G

G

G

G

T

A

A

Plaatjes maken

DNA volgordes bepalen:


Ziekteverwekkende Variant vinden

http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwiY2oXw3tnPAhUCWhoKHU3LDy4QjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fwww.larshost.k41.webawere.nl%2Fumcg-begin%2F&psig=AFQjCNHb5YiApz3DoYwCsb1LotObb1uQVg&ust=1476515459409308http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwjlzKT9wvjPAhUCtxoKHdkqBJ4QjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fwhere-is-waldo-wally.deviantart.com%2F&psig=AFQjCNGJWgcB15zv34DkA2cv3CfmpG0pSA&ust=1477573010964194http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwjntpLFw_jPAhVL2RoKHf8eDtQQjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fwaldo.wikia.com%2Fwiki%2FThe_Wonder_Book&psig=AFQjCNHkAQRGHgFLuGTT8-mWcYOveXiUzA&ust=1477573223656442

Ziekteverwekkende Variant vinden

http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwiY2oXw3tnPAhUCWhoKHU3LDy4QjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fwww.larshost.k41.webawere.nl%2Fumcg-begin%2F&psig=AFQjCNHb5YiApz3DoYwCsb1LotObb1uQVg&ust=1476515459409308http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwjlzKT9wvjPAhUCtxoKHdkqBJ4QjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fwhere-is-waldo-wally.deviantart.com%2F&psig=AFQjCNGJWgcB15zv34DkA2cv3CfmpG0pSA&ust=1477573010964194http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwjntpLFw_jPAhVL2RoKHf8eDtQQjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fwaldo.wikia.com%2Fwiki%2FThe_Wonder_Book&psig=AFQjCNHkAQRGHgFLuGTT8-mWcYOveXiUzA&ust=1477573223656442http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwiFm5vpwvjPAhUGtRoKHYv5BV0QjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fimgur.com%2Fgallery%2Fb8btr&psig=AFQjCNGJWgcB15zv34DkA2cv3CfmpG0pSA&ust=1477573010964194

http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwiY2oXw3tnPAhUCWhoKHU3LDy4QjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fwww.larshost.k41.webawere.nl%2Fumcg-begin%2F&psig=AFQjCNHb5YiApz3DoYwCsb1LotObb1uQVg&ust=1476515459409308http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwjlzKT9wvjPAhUCtxoKHdkqBJ4QjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fwhere-is-waldo-wally.deviantart.com%2F&psig=AFQjCNGJWgcB15zv34DkA2cv3CfmpG0pSA&ust=1477573010964194http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwiFm5vpwvjPAhUGtRoKHYv5BV0QjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fimgur.com%2Fgallery%2Fb8btr&psig=AFQjCNGJWgcB15zv34DkA2cv3CfmpG0pSA&ust=1477573010964194

Exomen van >60.000 mensen

Controle groepen gebruiken


Welke mutatie is daadwerkelijk ziekteverwekkend?


Welke mutatie is daadwerkelijk ziekteverwekkend?

• Pathogeen

• Waarschijnlijk pathogeen

• Onbekende betekenis

• Waarschijnlijk onschuldig

• Onschuldig


ABCC9, ACTC1, ACTN2, ANKRD1, BAG3, CALR3,

CAV3, CRYAB, CSRP3/MLP, DES, DMD, DSC2, DSG2, DSP, DTNA, EMD, EYA4,

GATAD1, GLA, JPH2, JUP, LAMA4, LAMP2, LMNA,

MYBPC3, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MYPN, MYOZ1, MYOZ2, NEXN, PKP2, PLN, PRKAG2,

PSEN1, PSEN2, RBM20, RYR2, SCN5A, SGCD, TAZ, TBX20,

TCAP, TMEM43, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1, TTN, TXNRD2, VCL, ZASP/LDB3

Sinds September 2012 in Routine Diagnostiek: 1150 patiënten 55 genen panel 1020 patiënten 60 genen panel 2170 patiënten totaal


Gene panel based resequencing

Exome Sequencing

ABCC9, ACTC1, ACTN2, ANKRD1, BAG3, CALR3, CRYAB, SRP3/MLP, DES, DMD, DSC2, DSG2, DSP, EMD, GLA, JPH2, JUP, LAMA4, LAMP2, LMNA, MYBPC3, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MYPN, MYOZ1, MYOZ2, PKP2, PLN, PRKAG2, PSEN1, PSEN2, RBM20, RYR2, SCN5A, SGCD, TAZ, TBX20, TCAP, TMEM43, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1, TTN, VCL, ZASP

Whole Genome Sequencing


Exoom (WES) vs Whole genome (WGS)

95% van DNA geen/ onbekende functie

3.8% geconserveerd in zoogdieren 1.2% of DNA codeert voor eiwitten

Exoom (alle exonen van een genoom) (>180,000 exons) ..bevat 80% van alle mutaties


http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwiY2oXw3tnPAhUCWhoKHU3LDy4QjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fwww.larshost.k41.webawere.nl%2Fumcg-begin%2F&psig=AFQjCNHb5YiApz3DoYwCsb1LotObb1uQVg&ust=1476515459409308http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwjlzKT9wvjPAhUCtxoKHdkqBJ4QjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fwhere-is-waldo-wally.deviantart.com%2F&psig=AFQjCNGJWgcB15zv34DkA2cv3CfmpG0pSA&ust=1477573010964194http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&ved=0ahUKEwi2vt-axPjPAhXMWxoKHV8pAdkQjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fcollider.com%2Fwheres-waldo-movie-live-action%2F&psig=AFQjCNHgWKmCOBRgcBY8z7HnDCx9gLStpA&ust=1477573435727327

Waarom toch Exoom sequencing?

*Flexibel: geen vast genen set

*Alle genen: grotere kans op diagnose (“exoom openen”)

-> kinderen met cardiomyopathie

*Zelfde test voor alle ziekten

*Nieuwe genen vinden



Exome Sequencing




Waarom genoom sequencing? Sneller Beter Meer informatie Alles beschikbaar

95% van DNA geen/ onbekende functie

3.8% geconserveerd in zoogdieren

1.2% of DNA codeert voor eiwitten


HiSeq X Ten Systems

18.000 Genomen Per jaar!


Panel: meer genen = meer varianten

Klasse Omschrijving

5 Pathogeen >99%

4 Waarsch.

Pathogeen

95-99%

3 Onzeker (VUS,

variant of unknown

significance)

5-95%

2 Waarsch. Niet

pathogeen

0,1-5%

1 Niet pathogeen < 0,1%

Puch et al. Genetics in

Med. 2014

Ongeveer 50% heeft een variant

waarvan de betekenis niet duidelijk is

Varianten beter begrijpen:

• Data delen

• Data “cureren”

• RNA sequencen

• Functie testen: CRISP CAS e.a.


Gen panel gebaseerde analyses:

Groningen

Utrecht

Amsterdam (AMC)

Rotterdam

Maastricht 5 Centers: Dennis Dooijes (UMCU) Ronald Lekanne dit Deprez (AMC) Marjon Slegtenhorst (EMC) Arthur van de Wijngaard (MUMC) Jan Jongbloed (UMCG)


Exomen van >60.000 mensen


• Data delen


• RNA sequencen




• Data delen


• RNA sequencen



DNA

http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwiY2oXw3tnPAhUCWhoKHU3LDy4QjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fwww.larshost.k41.webawere.nl%2Fumcg-begin%2F&psig=AFQjCNHb5YiApz3DoYwCsb1LotObb1uQVg&ust=1476515459409308http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwiW6cbAzvrPAhVG1hoKHbAPA-kQjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fapbio4dummies.blogspot.com%2F2012%2F08%2Feukaryote-transcription-vs-prokaryote.html&psig=AFQjCNEDeDH8FhrhrSwe4nIqCKNj06-LvQ&ust=1477644871403233


• Data delen


• RNA sequencen


http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwj-9de42v3PAhWDDBoKHUYmC_4QjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fsynbio.arnoschrauwers.nl%2Ftag%2Fcas9%2F&psig=AFQjCNFoBRU41FBkYBlBsiAmBGwbn2cZlA&ust=1477751223917432http://www.google.nl/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwiY2oXw3tnPAhUCWhoKHU3LDy4QjRwIBw&url=http%3A%2F%2Fwww.larshost.k41.webawere.nl%2Fumcg-begin%2F&psig=AFQjCNHb5YiApz3DoYwCsb1LotObb1uQVg&ust=1476515459409308


Exome Sequencing




Vragen?

Documents

Sectie Genoom Diagnostiek 12 laboratorium specialisten, 75 … · 2017. 4. 21. · Sectie Genoom Diagnostiek 12 laboratorium specialisten, 75 analisten >20,000 genetics tests Karyotypering