SKETCHEL Standard

Review SketchEl adalahalatmolekulkimiasketsainteraktif ,dan data spreadsheet molekulaplikasientri . The set fitur yang disediakanolehsketsmolekulsebagianbesarterbataspadafitur minimum yang diperlukanuntukdenganmudahmengeditrepresentasi diagram daristrukturmolekulkecil .Toolbars , template , gerakan mouse , keyboard, perintahutilitasdanbeberapa mode tampilan yang ditawarkandalamrangkauntukmembuatinisenyamanmungkin . Molekuldapatdenganmudah interconverted dengan format file MDL MOL di mana-mana ,meskipuntidakbelumtentutanpakehilanganinformasi . Diagram Molekultersebutdiberikansecarainteraktifdalamkualitastinggi ,danjugadapatdieksporsebagaigrafis SVG . Fiturbarudari datasheet SketchElmemungkinkanmelihatdanmengedittabel data sederhana , yang masing-masingkolomadalahjenisskalarumum (string , int , real , boolean ) ataumolekul . Mengeditdanmelihatmolekuliniterkaitdenganalatmolekulsketsa . The editing datasheet dimaksudkanuntukmenjadinyamanuntukmemasukipropertinumerikdan data identifikasi , di sampingstrukturmolekulbunga . Format asliadalahberbasisXML ,denganfituruntuk interconverting dengan file MDL SD .

SemuafiturSketchElditulisdandisusundengan Java 1.5 ,danmembuatpenuhpenggunaanfitur yang tersedia di perpustakaan default. Tidakadadependensitambahan .Kodeini paling diujisecaraluaspada platform Linux , seringpada Windows, dankadang-kadangpada Mac OS X. Fitur editing -molekultunggaldapatdijalankansebagai Java Applet dalamhalaman web , danisimolekul yang mendasaridapatdimanipulasioleh program JavaScript .

Tutorial

Padadasarnya. Cara penggunaanSketchEl, samadenganpenggunaan Chemsketch. 1. Install software 2. Bukalembarkerja(worksheet) 3. Plih Tool yang ada di sebelahkiriuntukmembuatgambarsenyawa yang andainginkan. 4. Padabagian menu di atasterdapat menu Hidrogen yang secaraotomatisakanmenimbulkanunsur H. JikainginmenghilangkanUnsur H, pilih menu Hidrogenlalupilihlah Zero Hidrogen. 5. Hubungkansenyawa-senyawa yang diinginkandenganrantaitunggal, ganda, ikatanrangkaptiga, dsb. Sesuaikebutuhan. 6. Selesai sumber : http://sketchel.sourceforge.net/

DATEJANUARY 13, 2014 COMMENTSLEAVE A COMMENT

CHEMSKETCH Standard

Review Software inidigunakanuntukmenggambarkanstruktursuatusenyawakimia.Chemsketchlengkapfiturnyahinggakitabisamembuatstruktursiklikdanbentuk yang lain. Diantaranyajugaterdapatikatantunggal, rangkapdanrangkaptiga.UntukAlkanal, AlkanondanAlkilalkanoatjugabisa di buatdenganbantuanChemsketch.

Tutorial Cara menggambarrumusstruktursenyawahidrokarbondenganmenggunakanChemSketchadalahsebagaiberikut:

1. BukaChemSketchdari Star-Program-ACDLabs12-Chemsketch. Padakeadaanstandar (default) ChemSketchdalam mode Structure.

2. Agar semua atom C munculnantinyasilahkanaturpropertiesnyadari Tools-Stucutures

Properties. CaranyaCentang All pada Show Carbons pada tab Common.

3. Pastikanandaadapada mode Stukturedanbukanpada mode Draw. 4. Klik Atom C pada menu ygadadisampingkirilayarkerjachemsketch. 5. Drag kemudiankliksekaliuntukmembuatsatu C (metana) dan drag

lagidenganmenyambung C pertamaitudanklikuntukmenambahsatu atom C untukmenjadietana. Begituseterusnya, untukmembuatpercabangantinggalklikpada C

utama yang akandijadikantempatpercabangankemudian di drag danklik.

6. Pastikanrumusstrukturygdigambarpadalangkahsebelumnyaterpilih, jikabelumklik toolbar

yang persis di bawahtulisan mode draw. Kemudianlakukanpenseleksianstrukturuntuktujuanmenampilkansecarastukuturterkembangdengan atom H dan C nampak. Caranyaklik Tools-Add explicit hydrogens. Jikaberhasilmakatampilannyamenjadisepertidibawahini.

7. Untukmenyalinnya agar bisadikopikankedalammicrosoft word, pindahkandari mode

Structure ke mode Draw 8. Salin (copy) rumusstruktur yang sudahjadikemudianletakkan (rekatkan/paste)

dalammicrosoft word. 9. Selesai.

http://urip.wordpress.com/2010/10/23/cara-menggambar-rumus-struktur-dengan-chemsketch/

QMOL Standard

Review qmoladalahmolekulkalkulatormassasederhana . Andadapatmemasukkanrumus , ( misalnya CH3 ( CH2 ) 2OH ) danmendapatkanberatmolekul ( 60,0959 g / mol ) dankomposisiunsurnya ( C3H8O : C 59.96 ; H 13,42 ; O 26.62 % ) .

qmoldilengkapidengan set kelompok yang telahditetapkan ( alkil / aryls , asam amino ) . Selainitu ,AndadapatmenentukansimbolkelompokkustomAndasendiri , asalkanmerekatidakmengganggunamasebuahelemen .

Inimemiliki modus protein untukmenghitungberatmolekul protein ( yaitu H2O penguranganotomatis ) . Andadapatmenghitungmassa protein besarseperti yang ada di halamanini : protein prolin kaya 12 ( 1215 asam amino , 129.992 g / mol ) . Modus Protein denganinterpretasiasam amino satuhurufdipicudenganmelampirkan formula dalamtandakurungsiku .MisalnyaAndadapatmenghitung MW aspartamdengan [ DF ] Me – H ( aspartamadalah ester metildari N – ( L – α – Aspartyl ) – L – fenilalanin , yaitu Me menambahkan , satu H dikurangi ) .

MungkinAndajugaakanmenemukanfungsisejarah yang berguna .

qmolmerupakanpenulisanulangbesarTomislavGountchev yang kmol . Akubenar-benarmenikmatimenggunakankmoluntukpenggunaanlaboratoriumsehari-haridalamkimiaanorganiksintetik .Maksudaslisayaadalahkepelabuhankmol , yang didasarkanpadaperpustakaan kde3 , untuk kde4 untukmenyingkirkanketergantungan kde3 tua . Tapiwaktuitusayamencobaitu, sayatidakmengerticukup C + + / Qtuntukdapatmelakukannya .Jadiakumemutuskanakuakanmenganalisiskodedengan coding aplikasilebihataukurangdariawaltanpadependensikde( yaitumurniQt ) menggunakanQtCreator .

Tutorial

Cara menggunakan : 1. Install qmol 2. Bukasoftwarenya.

3. Padakolom formula masukkanrumussenyawa yang hendakandaukur Massa molekulrelatifnya(Mr)

4. Kemudianklik button Calculate 5. Selesai.

6. Untukmengosongkan worksheet danmemulaiperhitunganbaru, gunakan button Clear. sumber : sourceforge.net

DATEJANUARY 14, 2014 COMMENTSLEAVE A COMMENT

ChemicalA Merupakan software yang digunakanseorang programmer untukmembuatstrukturgambarmolekul.lengkapfiturnyahinggakitabisamembuatstruktursiklikdanbentuk yang lain. Diantaranyajugaterdapatikatantunggal, rangkapdanrangkaptiga.UntukAlkanal, AlkanondanAlkilalkanoat Tutorial 1. Install chemical A 2. Bukasoftwarenya.

3. kemudianjelajahidangunakan software ini

4. Selesai.

5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja : www.sourceforge.net

SMSD

Smsdadalah library perangkatlunakberbasis Java

untukmenghitungMaksimumumumsubgraph (MCS) antaramolekulkecil. Hal

iniakanmembantukitauntukmenemukankesamaan / jarakantaraduamolekul. MCS

jugadigunakanuntukskriningobatsepertisenyawadenganmemukulmolekul, yang berbagi

Graf umum (substruktur).

Tutorial 1. Install SMSD 2. Bukasoftwarenya.

3. kemudianjelajahidangunakan software ini

4. Selesai.

5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja : www.sourceforge.net

The Chemistry Development Kit (CDK)

The Chemistry Development Kit (CDK) adalahilmiah, perpustakaan LGPL-eduntuk bio-

kimiawidandankimiakomputasiditulis di Jawa

Tutorial 1. Install The Chemistry Development Kit (CDK)

2. Bukasoftwarenya.

3. kemudianjelajahidangunakan software ini

4. Selesai.

5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja : www.sourceforge.net

Scaffold Hunter

Scaffold Hunter adalahalatperangkatlunakberbasis JAVA untukanalisisstruktur yang

berhubungandengan data biokimia. Hal

inimemungkinkangenerasidannavigasidalamhirarkipohonperancahdijelaskandenganber

bagai data

1. Install scaffold hunter

2. Bukasoftwarenya.

3. kemudianjelajahidangunakan software ini

4. Selesai.

5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja : www.sourceforge.net

Molekul Graphics, DinamikaMolekuler, Optimization, Kimia kuantum. Bangunan model

molekul.Model air eksplisitdanimplisit.http://www.biomolecular-

modeling.com/Products.html

1. Install ascalaph designer

2. Bukasoftwarenya.

3. kemudianjelajahidangunakan software ini

4. Selesai.

5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja : www.sourceforge.net

Workbench

Workbench untukmemvisualisasikanjaringanbiologis (regulasi, interaksi,

danmetabolisme).Dapatdigunakansebagai front-end untuk BNDB datawarehouses,

tetapijugasebagaialat yang berdirisendiri.

1. Install workbench

2. Bukasoftwarenya.

3. kemudianjelajahidangunakan software ini

4. Selesai.

5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja : www.sourceforge.net

CCP1GUI

CCP1GUI proyekbertujuanuntukmengembangkanbebas, extensible Graphical User

Interface untukberbagaikodekimiakomputasidikembangkanolehkomunitasakademis di

seluruhdunia, denganpenekananpadakodeab initio Quantum Kimia.

1. Install CCP1GUI

2. Bukasoftwarenya.

3. kemudianjelajahidangunakan software ini

4. Selesai.

5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja : www.sourceforge.net