Supplemental data file for Zhai et al. Predicted secondary …genesdev.cshlp.org/content/suppl/2011/12/07/25.23.2540... · 2011-12-07 · CentroidFold predicts an RNA secondary structure

Supplemental data file for Zhai et al. Predicted secondary structures for new Glycine max miRNAs.

The following pages are secondary structures of miRNA precursors generated using the web based service from CentroidFold (http://www.ncrna.org/centroidfold) (Hamada et al. 2009). Since miREAP checks only for the base‐pairing of miRNA/miRNA* but not the overall secondary structure of the precursor, CentroidFold (Hamada et al. 2009) was used to predict each precursor structure and these were checked by eye to remove those that do not have a typical stem‐loop.

For each sequence, we have shown the output of CentroidFold, which includes both a standard base‐pair notation and a graphical representation of the folded sequence. In the folded sequence, the nucleotides are colored with a color gradation from blue to red which corresponds to a probability of pairing, scored in the likelihood range of 0 to 1.

CentroidFold predicts an RNA secondary structure from an RNA sequence. FASTA and one-sequence-in-a-line format are accepted for predicting a secondary structure per sequence. It also predicts a consensus secondary structure when a multiple alignment (CLUSTALW format) is given.

Seq/Fold: >soy-m0075 GGAAGAAGAGCTTGAGGAAGTGATGGGAGATGGGAGGGTCGGTAAAGGATAACAGCGTCTCTATGATTAATTGTTGTGTTGTTTATTCTTTTGCCGATTCCACCCATTCCTATGATTTTCTTTGGTTCCTTTCTTTC ((((((((((((.((((((((.((((((.(((((.(((((((((((((((((((((((..(.(.......).)..)))))))).).)))))))))))).)).))))))))))).)))))))).)))))..)))))))

Energy: -54.20 Kcal/mol

Graph:

Seq/Fold: >soy-m0077 GATTGGAAGCATGAGCTTCAAAACCAAGAGGTTGTTTAGAGATTGCCTTCACAACAAATTTTCTATTGCATTCTTGATATGTAGACCCTCCTCTGATGCATTTGTAATGATGATCCAAACTTGGTTGTTGGAACCTCAAAACATTATGTTCTATTTGAGTTTCCCTTTTGTGTCGTGAAGCTTTTGATATCCAAGA ..(((((..((.((((((((...(((((((...................................................................................................((((.((((((.............)))))).)))))))))).)...)))))))).))...)))))..


Graph:

Seq/Fold: >soy-m0119 ATTGATTCATCATGGAAGTGAATCGGGTGACTCTTCCATGTTGATCTCTCCTCCACCACCTCCTTAAGGTGATGGCAAATTTCTGAGTTTCCCGAATTTGCTTCCATGGTGAATCAATC (((((((((((((((((((((((((((.(((((........((.........(((.(((((.....))))).))))).......))))).))))).)))))))))))))))))))))).


Graph:

Seq/Fold: >soy-m0126 TGTTAGACCAGTCAGCTGAATCCTCTTATGATCAAGAGCTGTAATGCATATCAGTTTTGTTATCAGTTTGAACCGTATTTTCTTTGAATTACCGTAACAGCCCTTCATCATAGGAGGAATCAACTGGCTGGTCTAACA (((((((((((((((.(((.((((((((((((.(((.(((((.(((..............................................))).))))).))).)))))))))))).))).)))))))))))))))


Graph:

Seq/Fold: >soy-m0284 GGTTATGGTCTAACCCGTCTTAGTATAGTTCACTTTCTACGACGGTTATACATGTAACCGTATTAGAAAGTGAACTATACAAAGACGGTTATTCCAAAAAC .....(((..(((.(((((((.(((((((((((((((((..((((((((....))))))))..))))))))))))))))).))))))))))..))).....


Graph:

Seq/Fold: >soy-m0285 GGTTATGGTCTAACCCGTCTTAGTATAGTTCACTTTCTACGACGGTTATACATGTAACCGTATTAGAAAGTGAACTATACAAAGACGGTTATTCCAAAAAC .....(((..(((.(((((((.(((((((((((((((((..((((((((....))))))))..))))))))))))))))).))))))))))..))).....


Graph:

Seq/Fold: >soy-m0327 TCACAGCACAACCAGTATTCTTGTCCGCGGAAGGACCACCCCCGACGGCCAAAGAAAGAAGGAAACTCGATCTCCTCGAGGAGAGATTGAGGGTTGTTTAAGGCTTTGGTGACTATCCATTCGCGGACATGATGGATCTTTGCTTGG ....((((...(((....((.((((((((((.(((............(((((((..........(((((((((((....))..))))))))..).........))))))).....))).)))))))))).))))).....))))...


Graph:

Seq/Fold: >soy-m0458 ACAGGTCGAACGAAACGTTGAGGTATATGTGGACTACATGGTTGTCAAGTCTCCAAGCATACCCCAACATGTGGCAGACCTAG ..(((((...((....((((.(((((.(.(((((((((....)))..))))..)).).))))).))))...))...)))))..


Graph:

Seq/Fold: >soy-m0523 TGTTCCTTTTCTTGCTTCTACTCACCCCCATGACCATTAGTTTATACTTAGTCCAAGTTGTACTTTATTTTGCTGTGGAAGAAGAATAAGACCAAGGTTTTAATTAGAGCCTCGTTTGTGCAAGTGAAAAATAGGATCACATTGACCTATTCTTTTTTCAAGCTCTTTTAATTGTCTTGGGAAGAAAATGAACCCAGAAATGAATGGGGTTGAGGCTGAGAAGAGGCAAGAGAATGGACA (((((.(((((((((((((.((((.((((((......(.((((((......((((((..............(((.(((((((((((((..((..(((((((....))))))).)).....(((((((.........)))).)))...))))))))))))))))............))))))......)))))).........))))))).......)))).))))))))))))).)))))


Graph:

Seq/Fold: >soy-m0550 TGGGTGCTCTTGGAGGACCTTTGAAGGTGCAATTTGATACACAAATCGGACACCATTAAACTCACCATTAAGACAGAGACCTTGTAGTGTTGACACAAGGGAACAGATCCT ...................(((((.(((((.(((((.....))))).)..)))).)))))...................((((((.((....))))))))...........


Graph:

Seq/Fold: >soy-m0590 CTGGAAAGACTATTCTGGATTCAAATTGTTACTTTTAGAATAGATTTTTCGTAAGTGCAATACTGATCTTCGGAACCCCCTTTCTA .(((((((....(((((((.(((.(((((.((((...(((.......)))..)))))))))..)))..)))))))....)))))))


Graph:

Seq/Fold: >soy-m0626 TTTATCTCCTTCGTCGGCATCATTGACTTGACATATTTGCATATAGAGTATTGTACAGGATTAAAAAAATAAATTTAATGGCATTTTCAACGGCCAAAAGCATGATTCAACTTAAGACCATGAAGGGAATATAATGTGATGAGGGAAATGAAGACGACGAAGTAGTCAAA .....((.((((((((.(.(((((..((((.((((((...............................................................................................)))))).))))...))))).).)))))))).)).....


Graph:

Seq/Fold: >soy-m0704 GGATATTTCTTTAGGACTATGGTTTGGACGAGTCACTACTCAGCAGAGAACATGCTAATTGATTTGTGTGCACCGCAAAAGGGGAATAAGATTTTCTACCTATGGCGAGGTATATGTCTGTTGATTTTGGTTATGTTCTCATAACTTTTATTGTTTTCAGCTTTTAGTCCAAAATCGTGCAGAGCTTGATAACACAGAAGAGTTCAGTTGCCACTTGTCCAATCCATAGTTTTAAAGGAATGAACCC ((.(((((((((((((((((((.((((((((((..(.(((.....(((((((((((((((((.....((((..(((.(.(((((((.......)))).))).).)))..)))).......)))))..)))).))))))))..(((((((..((((.((((((((................)))))).)).))))...))))))).))).)..)))))))))).)))))))))))))))))))..)).


Graph:

Seq/Fold: >soy-m0719 TATTTCCTTTTACTTGGTGAATTGTTGGATCACTCTGTGTCAACCAACCATATTGGATTTGGAGCTTCATGCAGAAGACAAAAGAGATGCAAGCCAGAGGAAATATAGAATGATCCAACATTTCACTATGTAAAAGGATTGC ....(((((((((.(((((((.((((((((((.(((((((...(((.......)))........((((.....)))).........................))))))).)))))))))).))))))).)))))))))....


Graph:

Seq/Fold: >soy-m0723 TTTAGGGACTCCTGTCGTAGGAGAGATGACGCCTTCTGTTAGGTAATTAATATGTTGCAAAGCCAACTTGAATTAGCAGTAGCTGTCATCTTTCCTCGGCTGAAGCCCCTTCA ...((((.((.(.((((.(((((((((((((.((.(((((((...........((((......)))).....))))))).)).))))))))))))))))).).)).))))...


Graph:

Seq/Fold: >soy-m0877 AGAGGAGGCATCCAAAGGGATCACATTGATCCCAAATCCAAGCTTCAATGTTCTTCTCTCTTTCTCACTCAAAATATTAATTTTATTTGGGATCATGCTATCCCTTTGGACTTCTC .((((((...(((((((((((..((.(((((((((((...............................................)))))))))))))..)))))))))))))))))


Graph:

Seq/Fold: >soy-m0904 GGGAGAAGAGCTTGAGGAAGTGATGGGAGATGGGAGGGTCGGTAAAGAATATATCTGAGACTCGACTCAATCTCGATCTCTCTCAGTGTTGTGTTGTTTTGTTTATCCTTTTGCCGATTCCACCCATTCCTATGATTTCCTTCGGTTCCTCTCTTTC ((((((.(((((.((((((((.((((((.(((((.((((((((((((.(((...((((((.((((.......))))....)))))).................))).).))))))))).)).))))))))))).)))))))).))))).))))))..


Graph:

Seq/Fold: >soy-m1008 CCCTGGGTGATTCAGAAGTTGTTAAGGAATTTACAAGGATAGTGGAAATCTCAAGTGGATTGCTTAAGGACTGGACGTAGG ................((((.(((((.(((((((..((((.......))))...))))))).))))).)))).........


Graph:

Seq/Fold: >soy-m1049 TCATTTTTCTGTGGTCACTTCTGCTCTGGGTGAGAGAAACACGTATTGAAGAAGGTTCATGGCTTAGACAATAAGTTGCTACTTTGCTGAACTCACCATTTTATGTGAAGAAGTGGCTATGCTAATTGTTTGATTCTGTACACGTACGATACGGGTCGCTCTCACCTGGAGTAGGGCTGCCCAAAGCTTTGATAAA ........((.(((.((.((((((((((((((((((..((.(((((((......((.((.((.(((((((((.(((.((((((((.......((((........)))).))))))))...))).))))))))).)))).)).....))))))).))..)))))))))))))))))).)).))).))..........


Graph:

Seq/Fold: >soy-m1063 GTTTTTTTTCTTTTGTGTCGTGAAGCTTTTGATGCCTAAGAACCCTAGAGCACCAATTATTAGATGTAGTATTAGTGGCCAAGCACAAAAAAAAAAAAAA .((((((((.((((((((...(..(((...(((((.................................)))))...))))..)))))))).)))))))).


Graph:

Seq/Fold: >soy-m1071 GTCGCAAGCAAGAATGTGAGTTAGAGTGAGCATCCCTAAAAAAAGAATTTCAAATTCTATATTTTTGAGAGAATTTGAAATCCCACTATTTTAGTCTGTCGCAACCTACCTTACGACG ...............(((((.(((......((...((((((...(.((((((((((((.(.......).)))))))))))).).....))))))..)).......))).)))))....


Graph:

Seq/Fold: >soy-m1090 GATTTTCTTATTTTTAAAAGGTTCAGTTAGGTCCTTTATTTTTTAAAATGGGTTCAATTTGGTCCCACTTAAACTCATTTTTTGAAAATGTTCGAAGCTGTTGGAAGAAAATGGGACCAACCCAATTTAAAAAATAAAAGACCTAATTGAACCTTTTAAAAATAAAGGGACCA ....(((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((......((((((((............(((((((....)))))))..............))))))))))))).))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))).)))....


Graph:

Seq/Fold: >soy-m1107 ACGAGTTTGAGCTGGCGTCGACACGTGGCATGGGACTAGTCAGTTAAACTGGCGATTTGTAAGTAGCAGGGCTCCTCAGCTTTTTCAGGGTTGCAGCTCAGCTTTTTCAGGGTTGTAGGCACGCGTGAAGGCAGCAGGAGCAGCACTTGA ...(((((.((((((((((..((.......)).)))..))))))))))))...............((...(((((((.((((((.(.(.((((((((((.(......).))))))).))).)..).)))))).).)))))).))......


Graph:

Seq/Fold: >soy-m1128 ATCTTTGATCTGGGTGAGAGAAACGCGTATCGATGAGATTCAGGGCTTACTAGTTCACACAGTTGCATCCACACACCAATTGTTTTAACAATTTGGAGTGAGTGTGTTTTGATCGATACGGGTCCTCTCACCTAGACTAGAGTT ..(((((.((((((((((((..((.(((((((((........(((((....))))).........((..(.(((.((((((((....))))).))).))).)..)).....))))))))).)).)))))))))))).)))))..


Graph:

Seq/Fold: >soy-m1167 TGATCATGGCAATGTCTGGGCTTAGCGAGGCGGTCACGAGCTTAGCGTGCTTTTGGGTTTCTTCATGGTCCTTCTTCGTGCTAAGCTTGAGCTTGCCTGCTAAGCGAGGAGGTGCGTTGAGCC ........((....(((..(((((((.((((((.(.(((((((((((((.....(((((.......))))).....))))))))))))).).)))))))))))))..)))...))........


Graph:

back

Seq/F>soy-m11AAATTCTG........

Energ-28.90 K

Graph

Fold: 191 GGAAGTAGTC....(((((.

gy: Kcal/mol

h:

CTTTCCTTTTT....((.....

TGGTAAACTA.))...))))

ACACTTTCCCT).......((

TCTTCAAAAG((.(((((((

GTTCTTATGGA(..(((((((.

AAAAGACACA...(((((..

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CTGTTTGCAT)).((((...

ACAAGCCATA.)))))))))

AAGCTCTTTT)))..)))))

GAGAGCTTCT))))).....

TCTAGAGTAT..........

T

Seq/F>soy-m12GCTTTGAA..((((((

Energ-21.19 K

Graph

Fold: 200 AGAAGTGGGT((..(((.((

gy: Kcal/mol

h:

TGGGTTGGTGC((((((((..(

CTGCAGCTAG((...(((((

GATCAAAATGG((((.......

GGATTTAGCG.)))))))).

GAATTGGGAAT..........

TCGGAGATAA..........

AGAGAAAGCCA.....)))).

ATGACTTACA..))))))).

ACACGCATTTC)))...))))

CAAATG ))))..

Seq/F>soy-m12CATCGAGAGAAAATTT((((....)...))))

Energ-58.71 K

Graph

Fold: 212 ATTTTATAGTTAGATTTCAA.((((((((())))))))).

gy: Kcal/mol

h:

TCTGACATCTGAATGTCAGATT((((((((.((.))))))))))

GGAATTTAAATATAAAACAT(((((((((()))))))...

ATGTCTCAACATGGGTGA ((...((((((.)))).

AAGGGCGTTA

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ACGTTCCACA

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ATTTCTTCTC

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CTTTGAAACAA

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AATAAAGGAC

..........

CACCCGAGATC

..........

CCCCGTAGAA

..........

GCTCTTGTTG

))))))))))

G

Seq/F>soy-m12GTGGATTGCGTCAATA((((((((........

Energ-86.36 K

Graph

Fold: 249 GTTAACTTGGATAGAATCCC(((.((((((.........)

gy: Kcal/mol

h:

GGCTGAGCTTACGGTCAACACC((.(((((((.))))))))).

AGGTGAGTGTCCACCGGAGT.((((.((((.)))).))))

TTGACCGTGGTTTCAATTCAAG((((((((((())).))))))

TGTGCTCTAAGTCAATAGTT(((((((((()).)))))))

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TCTTTGGAGTT

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CAGACTCTCAG

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GTCATTAAGG

..........

AATCTACCAG

..........

G

Seq/F>soy-m12GCTGATGCCACGCACA.(((((((........

Energ-75.21 K

Graph

Fold: 250 CTAGGTGCACACCTAGCACA((((((((((..........

gy: Kcal/mol

h:

CCAGCATTATTAAATGTGAAGA(((((((((((...........

TGCTGGTGCAAAAGTGTACT((((((((((...)))))))

ATCCAGCACTTTAGCAATAATG((..((((...))))))))))

TAAAGAGAAAGTTGGATGCA.......((())))).))))

AAGACTAAAATACCTAGCATCA((((((.....))))))))))

TATCTCTGATAG .((.....))))

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CAAATGCTTA

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AATATCAACA

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TACGAATCAA

..........

ACTTAATTTAT

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TACGGATCAA

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ACTCGATCCAT

...)))))..

TACAATTTAC

..........

GGATCACTCT

..........

T

Seq/F>soy-m13GCATCAAC...(((.(

Energ-77.60 K

Graph

Fold: 316 CTTCGACGAA(((((((((.

gy: Kcal/mol

h:

ACTCTTCGTCG..(((((((((

GGCATCGACA((..(.((((

ATCCACGGAGA(((((((((((

ATGTCTTGCC(...((((((

CGGACTTGGAG(((((......

GATGTTCGGC...)))))))

CGAGTTCTCCG))).))))))

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AGCACCGGCGA)..)))))))

AGGAATCGTC)))).)))))

GGAGATGAAC)))).)))..

CT ..

Seq/F>soy-m13GCTTCTAATTGGAGTT..........)))).)

Energ-17.07 K

Graph

Fold: 336 AGCCAAGTCCTAGCGGGAAA..........).))))....

gy: Kcal/mol

h:

CAAAGTAGGAAAGCA ...(((..(((....

ATGTTGCATT

((((((....

TTTCAAACAAT

(((.......

TTTGTTAGCA

..........

ATTGGAAAACA

..)))...))

AGTATTCTAT

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TTTTTGAGTTG

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GCCAAATAGA

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ACCATGTTAAA

..........

AGCCAACCAC

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CAATACTGCC

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.(.((((.(((

ATCCTTATGCC

((...(..((

CTTCAGCCTG

(((((((.((

GAATATGTGTA

........))

ATGTTGAAGG

).))))))))

AAATGATGTT

...)))))..

T

Seq/F>soy-m13TTTTGGTC.((((.((

Energ-65.43 K

Graph

Fold: 354 CTGGGTTCCT((((((((((

gy: Kcal/mol

h:

TATTGTCAAGT(((((((.(((

TTAAGTGATG((((((((((

GACATGACATC((..(((((((

CATCTGATGA(((((((((.

ACTGATATATA(.........

ATTGGAAGAG.........)

GCCGTTGAGAT.)))).))))

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ATCATCACTTA))))))))))

AGCTGACGGT))))))))))

AGGGACCTAG))))))))))

GGACAAA )).))))

Seq/F>soy-m13CCAACTTC......((

Energ-19.10 K

Graph

Fold: 360 CAGGCTCAGG(((..((((.

gy: Kcal/mol

h:

GAGGCAGTGTG...((((((((

GAGTTCTTGT((..((....

TGATTGCATCT))))))).))

TGCGACTGAA)))..)))).

AACTGAGACTG.)))).....

GCATCTGGAT..........

TGAAGGATA ........

Seq/F>soy-m14GGTAAATT.(((((.(

Energ-55.60 K

Graph

Fold: 403 TGAATTGAAC((((((((((

gy: Kcal/mol

h:

CTTCTCCTATA((((((((((.

AAGTTAAAAT.(((((((((

TCAACTTATAC(((..((((((

CACATAATTT(((....(((

TTCGTAGAAAC((.(.((((.(

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GTTCATTTTAC)))).)))))

C )

Seq/F>soy-m14GGCCGCGG.((.((((

Energ-63.50 K

Graph

Fold: 418 GTGGCGGGTC((((((.(((

gy: Kcal/mol

h:

CCCTCCGGGTC(((((((.(((

CGTCTCCGTC((((((((((

CTGCGGAGGAC(..........

CGACGGAGAC.)))))))))

CGACGACGGGG)))..)))))

GAGGACGCGC).)))).)))

CCGCTGCTGCA)))))).)).

A .

Seq/F>soy-m14GTTGGAAC.(((((((

Energ-43.60 K

Graph

Fold: 427 CAGAGGAATC(.((((((((

gy: Kcal/mol

h:

CCATTCAGATC(((((.(((((

CTGTTTCGCA((((((((..

AACACCATATT..(((.....

TGGGTTCGAC..))).....

CTGAAACAGAT))))))))))

TCTAAATGGA))).))))))

ATTCCTTAGTT)))))).)))

TCTGA )))))

Seq/F>soy-m14GGATATTTCTGCAGAG((.(((((....))))

Energ-66.17 K

Graph

Fold: 444 TCTTTAGGACGGTTGATAAC(((((((((())))).....

gy: Kcal/mol

h:

CTATGGTTTGGCACATTGTAGT((((((.((((....)))))).

GACAAGTCACTGACAGAAGA(((((((....)))))))..

CTACTCAGAGCAGTTCAGTTGC.((((((.((.....))...

CACAAAACATCCACTTGTCC((((........))))))))

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..........

AGCTATATAT

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CTCTTTGGTT

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TTTTTGCAAG

((.(((((((

GTAATCTTGAC

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CCAGCTTCTA

.((((((((.

GTCCAAAATC

..........

C

Seq/F>soy-m14AAACTCTT....((((

Energ-45.69 K

Graph

Fold: 480 TCATTAGCTA((((((((((

gy: Kcal/mol

h:

AATCATTAGCT(((((((((((

TAATTTGTAA(((((.(((.

AATGTCATCTC(.((..((((

CATTTTTTAG(((.......

GAAAAGCTTTA.........)

ATGAGAGCTT)))))))).)

TCTACTAATTA.))).)))))

AGCTAATGGT))))))))))

TAGCTAATGA))))))))))

AAGAACTC ))))....

Seq/F>soy-m14ATTTACTT........

Energ-29.50 K

Graph

Fold: 498 TGTTAGTGTT....((((..

gy: Kcal/mol

h:

TGTCCTGTCGA...((((((((

AACACGGACA(.((((.(((

ACCAACATGTG((...((((((

GTCAGACACC(((.(....)

CAGACACGAAC.)))))....

CAAAAGAATG.......)))

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TCTGTAGAAT..........

ATCTATTTTT..........

TACTTTCATGC...........

GCAACGTGGAT..........

TA ..

Seq/F>soy-m15GAAAGTCT.((((.((

Energ-45.75 K

Graph

Fold: 500 TTTAGCAACC(((((((..(

gy: Kcal/mol

h:

CCTCAAAGGCT((((((((..(

TTCCACTACT((((((((((

TCCATATTTCA(((........

AGTCTAGTGA..........

AATGTCCACAA...((((...

AACATGGAGG....))))))

GAGTAGTGGAA))))))))))

ACTTTGAGGC))))))))).

CTGCTGAAGC.)))))))).

CCTTT .))))

Seq/F>soy-m15TAAATTTT((((((((

Energ-47.90 K

Graph

Fold: 551 TCTTGAGAAT((((((((((

gy: Kcal/mol

h:

TTTGGCCTCTG(((((.(((((

GTCCATGTCT((((((.(.(

TAATTATTAAT((((((((...

TTCCAATAAT....))))))

TTGAGATGGAT))).))))))

TAGAGCCCAA))))).))))

AATTCTCAAGA))))))))))

AGAATTTGT)))))))).

Seq/F>soy-m15CACTTGGGGTGTTGTA........(((.....

Energ-18.53 K

Graph

Fold: 577 GTTGATGATTACATTATCAC.................)))

gy: Kcal/mol

h:

TTTCAATACGACATTAGAGTC ....................

ATTTCATTTA

.........(

AAGAAGTTAGT

(((((((....

TTGCTTCTTT

..))))))).

TCAGCTTACCA

..........

AACAATGAAG

...((((..(

GCCACACAATC

(((((......

CAAGAATTAC

..........

AAGTGGCAAC

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CATTAACAAA

))))......

AATCCCTTTG

..........

GACAACCATTT

...........

TTTAGGAAAAA

..........

AAAACCATAC

..........

CAAGTTTATGT

....(((((.

TTTACATAAA

....))))).

GTCAATAATT

..........

T

Seq/F>soy-m16TATTAGAA...(((((

Energ-24.50 K

Graph

Fold: 625 AAGTGAACTA(((((((.((

gy: Kcal/mol

h:

ATACAAAGACG((((.((((((

GGTTATTCCA((((......

AAAAACCGTTT..))))))))

TTAGTATAAT)).))))).)

TTTACTTTTTA))))))))))

ACGA )...

Seq/F>soy-m16AAGAGTTT..((((((

Energ-108.30 K

Graph

Fold: 631 TGGGCTGGCG((((((((((

gy: Kcal/mol

h:

GTCGACACGTG(((((((((((

GGCATGAGAC((((((((((

CTAGTCAGTGG(((((((((((

GCAATTTGCA((.(((((((

AGGTAGCAGGG((.((((...(

GCTTCTCAGC(((.(((.(.

CTTTTTCAGGG.....).)))

GTAGCAGGGT).)))...))

TACTGCAAAT))))))))))

TCGCCAATTG).))).....

GACTGGCTAG.)))))))))

GTCTCATGTCA)))))))))))

CACGTGTCGAC))))))))))

CGTCAGCCCA))))))))))

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