64
© 2013 American Medical Association. All rights reserved. Supplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, Saieg A, Movius E, Brown KJ, Preciado D. Propranolol-mediated attenuation of MMP-9 excretion in infants with hemangiomas. JAMA Otolaryngol Head Neck Surg. doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 eTable. List of All of the Proteins Identified by Proteomics This supplementary material has been provided by the authors to give readers additional information about their work. Downloaded From: on 05/16/2018

Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

Embed Size (px)

Citation preview

Page 1: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

Supplementary Online Content

Thaivalappil S, Bauman N, Saieg A, Movius E, Brown KJ, Preciado D. Propranolol-mediated attenuation of MMP-9 excretion in infants with hemangiomas. JAMA Otolaryngol Head Neck Surg. doi:10.1001/jamaoto.2013.4773

eTable. List of All of the Proteins Identified by Proteomics

This supplementary material has been provided by the authors to give readers additional information about their work.

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 2: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

eTable. List of All of the Proteins Identified by Proteomics 

Protein Name  Prop 12 mo/4 mo 

Pred 12 mo/4 mo 

Δ Prop to Pred 

Myeloperoxidase OS=Homo sapiens GN=MPO   26.00  143.00 ‐117.00 

Lactotransferrin OS=Homo sapiens GN=LTF  114.00  205.50 ‐91.50 

Matrix metalloproteinase‐9 OS=Homo sapiens GN=MMP9   5.00  36.00 ‐31.00 

Neutrophil elastase OS=Homo sapiens GN=ELANE   24.00  48.00 ‐24.00 

Bleomycin hydrolase OS=Homo sapiens GN=BLMH  3.00  25.00 ‐22.00 

CAP7_HUMAN Azurocidin OS=Homo sapiens GN=AZU1 PE=1 SV=3  4.00  26.00 ‐22.00 

S10A8_HUMAN Protein S100‐A8 OS=Homo sapiens GN=S100A8 PE=1 SV=1 

14.67  30.50 ‐15.83 

IL1F9_HUMAN Interleukin‐1 family member 9 OS=Homo sapiens GN=IL1F9 PE=1 SV=1 

1.00  15.00 ‐14.00 

MUC5B_HUMAN Mucin‐5B OS=Homo sapiens GN=MUC5B PE=1 SV=3  2.00  14.00 ‐12.00 

MUC4_HUMAN Mucin‐4 OS=Homo sapiens GN=MUC4 PE=1 SV=3  1.00  12.00 ‐11.00 

HRG_HUMAN Histidine‐rich glycoprotein OS=Homo sapiens GN=HRG PE=1 SV=1 

1.00  12.00 ‐11.00 

TKT_HUMAN Transketolase OS=Homo sapiens GN=TKT PE=1 SV=3  17.00  28.00 ‐11.00 

CATG_HUMAN Cathepsin G OS=Homo sapiens GN=CTSG PE=1 SV=2  4.00  14.00 ‐10.00 

MUCB_HUMAN Ig mu heavy chain disease protein OS=Homo sapiens PE=1 SV=1 

2.00  11.00 ‐9.00 

ANXA1_HUMAN Annexin A1 OS=Homo sapiens GN=ANXA1 PE=1 SV=2  22.00  31.00 ‐9.00 

S10AC_HUMAN Protein S100‐A12 OS=Homo sapiens GN=S100A12 PE=1 SV=2 

1.00  8.00 ‐7.00 

TCO1_HUMAN Transcobalamin‐1 OS=Homo sapiens GN=TCN1 PE=1 SV=2 

1.00  8.00 ‐7.00 

PLSL_HUMAN Plastin‐2 OS=Homo sapiens GN=LCP1 PE=1 SV=6  11.00  18.00 ‐7.00 

ITAM_HUMAN Integrin alpha‐M OS=Homo sapiens GN=ITGAM PE=1 SV=2 

2.00  8.00 ‐6.00 

MYH9_HUMAN Myosin‐9 OS=Homo sapiens GN=MYH9 PE=1 SV=4  5.00  11.00 ‐6.00 

S100P_HUMAN Protein S100‐P OS=Homo sapiens GN=S100P PE=1  6.00  12.00 ‐6.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 3: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

SV=2 

ANXA3_HUMAN Annexin A3 OS=Homo sapiens GN=ANXA3 PE=1 SV=3  8.00  14.00 ‐6.00 

TALDO_HUMAN Transaldolase OS=Homo sapiens GN=TALDO1 PE=1 SV=2 

2.00  7.50 ‐5.50 

CEAM5_HUMAN Carcinoembryonic antigen‐related cell adhesion molecule 5 OS=Homo sapiens GN=CEACAM5 PE=1 SV=2 

8.00  13.00 ‐5.00 

STOM_HUMAN Erythrocyte band 7 integral membrane protein OS=Homo sapiens GN=STOM PE=1 SV=3 

1.00  5.00 ‐4.00 

CAMP_HUMAN Cathelicidin antimicrobial peptide OS=Homo sapiens GN=CAMP PE=1 SV=1 

2.00  6.00 ‐4.00 

BASP1_HUMAN Brain acid soluble protein 1 OS=Homo sapiens GN=BASP1 PE=1 SV=2 

2.00  6.00 ‐4.00 

IGHM_HUMAN Ig mu chain C region OS=Homo sapiens GN=IGHM PE=1 SV=3 

5.00  8.50 ‐3.50 

SPA12_HUMAN Serpin A12 OS=Homo sapiens GN=SERPINA12 PE=2 SV=1 

1.00  4.17 ‐3.17 

CPNS2_HUMAN Calpain small subunit 2 OS=Homo sapiens GN=CAPNS2 PE=2 SV=2 

1.00  4.00 ‐3.00 

PSA5_HUMAN Proteasome subunit alpha type‐5 OS=Homo sapiens GN=PSMA5 PE=1 SV=3 

1.00  4.00 ‐3.00 

PGRP1_HUMAN Peptidoglycan recognition protein 1 OS=Homo sapiens GN=PGLYRP1 PE=1 SV=1 

1.00  4.00 ‐3.00 

APOA1_HUMAN Apolipoprotein A‐I OS=Homo sapiens GN=APOA1 PE=1 SV=1 

5.25  8.20 ‐2.95 

SPB6_HUMAN Serpin B6 OS=Homo sapiens GN=SERPINB6 PE=1 SV=3  0.33  3.00 ‐2.67 

DSC2_HUMAN Desmocollin‐2 OS=Homo sapiens GN=DSC2 PE=1 SV=1  0.33  2.50 ‐2.17 

IQGA1_HUMAN Ras GTPase‐activating‐like protein IQGAP1 OS=Homo sapiens GN=IQGAP1 PE=1 SV=1 

1.00  3.00 ‐2.00 

DMBT1_HUMAN Deleted in malignant brain tumors 1 protein OS=Homo sapiens GN=DMBT1 PE=1 SV=2 

1.00  3.00 ‐2.00 

PSB4_HUMAN Proteasome subunit beta type‐4 OS=Homo sapiens GN=PSMB4 PE=1 SV=4 

1.00  3.00 ‐2.00 

PSA2_HUMAN Proteasome subunit alpha type‐2 OS=Homo sapiens  1.00  3.00 ‐2.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 4: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

GN=PSMA2 PE=1 SV=2 

SBSN_HUMAN Suprabasin OS=Homo sapiens GN=SBSN PE=2 SV=1  1.00  3.00 ‐2.00 

SPB8_HUMAN Serpin B8 OS=Homo sapiens GN=SERPINB8 PE=1 SV=2  1.00  3.00 ‐2.00 

SODM_HUMAN Superoxide dismutase [Mn], mitochondrial OS=Homo sapiens GN=SOD2 PE=1 SV=2 

1.00  3.00 ‐2.00 

VASP_HUMAN Vasodilator‐stimulated phosphoprotein OS=Homo sapiens GN=VASP PE=1 SV=3 

1.00  3.00 ‐2.00 

PAI2_HUMAN Plasminogen activator inhibitor 2 OS=Homo sapiens GN=SERPINB2 PE=1 SV=2 

1.00  3.00 ‐2.00 

ITB2_HUMAN Integrin beta‐2 OS=Homo sapiens GN=ITGB2 PE=1 SV=2  1.00  3.00 ‐2.00 

MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=MDH2 PE=1 SV=3 

2.00  4.00 ‐2.00 

CEAM1_HUMAN Carcinoembryonic antigen‐related cell adhesion molecule 1 OS=Homo sapiens GN=CEACAM1 PE=1 SV=2 

4.00  6.00 ‐2.00 

VTNC_HUMAN Vitronectin OS=Homo sapiens GN=VTN PE=1 SV=1  0.75  2.67 ‐1.92 

ANGT_HUMAN Angiotensinogen OS=Homo sapiens GN=AGT PE=1 SV=1  0.33  2.20 ‐1.87 

PROM1_HUMAN Prominin‐1 OS=Homo sapiens GN=PROM1 PE=1 SV=1  0.14  2.00 ‐1.86 

CLM9_HUMAN CMRF35‐like molecule 9 OS=Homo sapiens GN=CD300LG PE=1 SV=2 

0.17  2.00 ‐1.83 

S10A7_HUMAN Protein S100‐A7 OS=Homo sapiens GN=S100A7 PE=1 SV=4 

1.18  3.00 ‐1.82 

CATH_HUMAN Cathepsin H OS=Homo sapiens GN=CTSH PE=1 SV=4  1.00  2.75 ‐1.75 

CASPE_HUMAN Caspase‐14 OS=Homo sapiens GN=CASP14 PE=1 SV=2  1.22  2.85 ‐1.62 

COMP_HUMAN Cartilage oligomeric matrix protein OS=Homo sapiens GN=COMP PE=1 SV=2 

0.43  2.00 ‐1.57 

MOES_HUMAN Moesin OS=Homo sapiens GN=MSN PE=1 SV=3  1.50  3.00 ‐1.50 

LCN1_HUMAN Lipocalin‐1 OS=Homo sapiens GN=LCN1 PE=1 SV=1  1.00  2.25 ‐1.25 

GGCT_HUMAN Gamma‐glutamylcyclotransferase OS=Homo sapiens GN=GGCT PE=1 SV=1 

1.00  2.21 ‐1.21 

CATA_HUMAN Catalase OS=Homo sapiens GN=CAT PE=1 SV=3  1.00  2.20 ‐1.20 

IGHA1_HUMAN Ig alpha‐1 chain C region OS=Homo sapiens GN=IGHA1 PE=1 SV=2 

1.48  2.57 ‐1.09 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 5: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

CEAM8_HUMAN Carcinoembryonic antigen‐related cell adhesion molecule 8 OS=Homo sapiens GN=CEACAM8 PE=1 SV=2 

1.14  2.20 ‐1.06 

SH3L3_HUMAN SH3 domain‐binding glutamic acid‐rich‐like protein 3 OS=Homo sapiens GN=SH3BGRL3 PE=1 SV=1 

1.17  2.20 ‐1.03 

AFAM_HUMAN Afamin OS=Homo sapiens GN=AFM PE=1 SV=1  1.00  2.00 ‐1.00 

GRP78_HUMAN 78 kDa glucose‐regulated protein OS=Homo sapiens GN=HSPA5 PE=1 SV=2 

1.00  2.00 ‐1.00 

A2ML1_HUMAN Alpha‐2‐macroglobulin‐like protein 1 OS=Homo sapiens GN=A2ML1 PE=1 SV=3 

1.00  2.00 ‐1.00 

SPB7_HUMAN Serpin B7 OS=Homo sapiens GN=SERPINB7 PE=2 SV=1  1.00  2.00 ‐1.00 

RNAS7_HUMAN Ribonuclease 7 OS=Homo sapiens GN=RNASE7 PE=1 SV=2 

1.00  2.00 ‐1.00 

CAP1_HUMAN Adenylyl cyclase‐associated protein 1 OS=Homo sapiens GN=CAP1 PE=1 SV=5 

1.00  2.00 ‐1.00 

PSA1_HUMAN Proteasome subunit alpha type‐1 OS=Homo sapiens GN=PSMA1 PE=1 SV=1 

1.00  2.00 ‐1.00 

LV301_HUMAN Ig lambda chain V‐III region SH OS=Homo sapiens PE=1 SV=1 

1.00  2.00 ‐1.00 

GSTO1_HUMAN Glutathione S‐transferase omega‐1 OS=Homo sapiens GN=GSTO1 PE=1 SV=2 

1.00  2.00 ‐1.00 

RAB7A_HUMAN Ras‐related protein Rab‐7a OS=Homo sapiens GN=RAB7A PE=1 SV=1 

1.00  2.00 ‐1.00 

TAGL2_HUMAN Transgelin‐2 OS=Homo sapiens GN=TAGLN2 PE=1 SV=3  1.00  2.00 ‐1.00 

BST1_HUMAN ADP‐ribosyl cyclase 2 OS=Homo sapiens GN=BST1 PE=1 SV=2 

1.00  2.00 ‐1.00 

PSA6_HUMAN Proteasome subunit alpha type‐6 OS=Homo sapiens GN=PSMA6 PE=1 SV=1 

1.00  2.00 ‐1.00 

INO80_HUMAN Putative DNA helicase INO80 complex homolog 1 OS=Homo sapiens GN=INO80 PE=1 SV=2 

1.00  2.00 ‐1.00 

LYSC_HUMAN Lysozyme C OS=Homo sapiens GN=LYZ PE=1 SV=1  1.00  2.00 ‐1.00 

PSB1_HUMAN Proteasome subunit beta type‐1 OS=Homo sapiens GN=PSMB1 PE=1 SV=2 

1.00  2.00 ‐1.00 

PAPP1_HUMAN Pappalysin‐1 OS=Homo sapiens GN=PAPPA PE=1 SV=3  1.00  2.00 ‐1.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 6: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

HAUS8_HUMAN HAUS augmin‐like complex subunit 8 OS=Homo sapiens GN=HAUS8 PE=1 SV=3 

1.00  2.00 ‐1.00 

APOH_HUMAN Beta‐2‐glycoprotein 1 OS=Homo sapiens GN=APOH PE=1 SV=3 

1.00  2.00 ‐1.00 

ZAP70_HUMAN Tyrosine‐protein kinase ZAP‐70 OS=Homo sapiens GN=ZAP70 PE=1 SV=1 

1.00  2.00 ‐1.00 

TMC3_HUMAN Transmembrane channel‐like protein 3 OS=Homo sapiens GN=TMC3 PE=1 SV=2 

1.00  2.00 ‐1.00 

AHNK_HUMAN Neuroblast differentiation‐associated protein AHNAK OS=Homo sapiens GN=AHNAK PE=1 SV=2 

1.00  2.00 ‐1.00 

RSCA1_HUMAN Regulatory solute carrier protein family 1 member 1 OS=Homo sapiens GN=RSC1A1 PE=2 SV=1 

1.00  2.00 ‐1.00 

S1A7A_HUMAN Protein S100‐A7A OS=Homo sapiens GN=S100A7A PE=2 SV=3 

1.75  2.75 ‐1.00 

KV105_HUMAN Ig kappa chain V‐I region DEE OS=Homo sapiens PE=1 SV=1 

2.00  3.00 ‐1.00 

APOA_HUMAN Apolipoprotein(a) OS=Homo sapiens GN=LPA PE=1 SV=1 

2.00  3.00 ‐1.00 

IGJ_HUMAN Immunoglobulin J chain OS=Homo sapiens GN=IGJ PE=1 SV=4 

2.00  3.00 ‐1.00 

HEBP2_HUMAN Heme‐binding protein 2 OS=Homo sapiens GN=HEBP2 PE=1 SV=1 

3.00  4.00 ‐1.00 

VIME_HUMAN Vimentin OS=Homo sapiens GN=VIM PE=1 SV=4  3.00  4.00 ‐1.00 

CH3L1_HUMAN Chitinase‐3‐like protein 1 OS=Homo sapiens GN=CHI3L1 PE=1 SV=2 

6.00  7.00 ‐1.00 

COR1A_HUMAN Coronin‐1A OS=Homo sapiens GN=CORO1A PE=1 SV=4 

7.00  8.00 ‐1.00 

COFA1_HUMAN Collagen alpha‐1(XV) chain OS=Homo sapiens GN=COL15A1 PE=1 SV=2 

0.08  1.00 ‐0.92 

APOE_HUMAN Apolipoprotein E OS=Homo sapiens GN=APOE PE=1 SV=1 

0.09  1.00 ‐0.91 

BROX_HUMAN BRO1 domain‐containing protein BROX OS=Homo sapiens GN=BROX PE=1 SV=1 

0.13  1.00 ‐0.88 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 7: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

ALDOB_HUMAN Fructose‐bisphosphate aldolase B OS=Homo sapiens GN=ALDOB PE=1 SV=2 

0.14  1.00 ‐0.86 

SORL_HUMAN Sortilin‐related receptor OS=Homo sapiens GN=SORL1 PE=1 SV=2 

0.14  1.00 ‐0.86 

AMPE_HUMAN Glutamyl aminopeptidase OS=Homo sapiens GN=ENPEP PE=1 SV=3 

0.14  1.00 ‐0.86 

SDCB1_HUMAN Syntenin‐1 OS=Homo sapiens GN=SDCBP PE=1 SV=1  0.17  1.00 ‐0.83 

TENX_HUMAN Tenascin‐X OS=Homo sapiens GN=TNXB PE=1 SV=3  0.50  1.33 ‐0.83 

TS101_HUMAN Tumor susceptibility gene 101 protein OS=Homo sapiens GN=TSG101 PE=1 SV=2 

0.20  1.00 ‐0.80 

CHM4B_HUMAN Charged multivesicular body protein 4b OS=Homo sapiens GN=CHMP4B PE=1 SV=1 

0.20  1.00 ‐0.80 

CADH8_HUMAN Cadherin‐8 OS=Homo sapiens GN=CDH8 PE=1 SV=2  0.20  1.00 ‐0.80 

LUM_HUMAN Lumican OS=Homo sapiens GN=LUM PE=1 SV=2  0.20  1.00 ‐0.80 

ACE_HUMAN Angiotensin‐converting enzyme OS=Homo sapiens GN=ACE PE=1 SV=1 

0.20  1.00 ‐0.80 

LAMP1_HUMAN Lysosome‐associated membrane glycoprotein 1 OS=Homo sapiens GN=LAMP1 PE=1 SV=3 

0.33  1.13 ‐0.79 

LRC15_HUMAN Leucine‐rich repeat‐containing protein 15 OS=Homo sapiens GN=LRRC15 PE=1 SV=1 

0.25  1.00 ‐0.75 

PDC6I_HUMAN Programmed cell death 6‐interacting protein OS=Homo sapiens GN=PDCD6IP PE=1 SV=1 

0.25  1.00 ‐0.75 

NHRF1_HUMAN Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE‐RF1 OS=Homo sapiens GN=SLC9A3R1 PE=1 SV=4 

0.25  1.00 ‐0.75 

TIGD7_HUMAN Tigger transposable element‐derived protein 7 OS=Homo sapiens GN=TIGD7 PE=2 SV=1 

0.25  1.00 ‐0.75 

THIO_HUMAN Thioredoxin OS=Homo sapiens GN=TXN PE=1 SV=3  0.50  1.25 ‐0.75 

CADH6_HUMAN Cadherin‐6 OS=Homo sapiens GN=CDH6 PE=1 SV=1  0.27  1.00 ‐0.73 

NEP_HUMAN Neprilysin OS=Homo sapiens GN=MME PE=1 SV=2  0.63  1.33 ‐0.71 

GGH_HUMAN Gamma‐glutamyl hydrolase OS=Homo sapiens GN=GGH PE=1 SV=2 

0.33  1.00 ‐0.67 

GPVI_HUMAN Platelet glycoprotein VI OS=Homo sapiens GN=GP6 PE=1 SV=2 

0.33  1.00 ‐0.67 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 8: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

PDZ1I_HUMAN PDZK1‐interacting protein 1 OS=Homo sapiens GN=PDZK1IP1 PE=1 SV=1 

0.33  1.00 ‐0.67 

CHM1B_HUMAN Charged multivesicular body protein 1b OS=Homo sapiens GN=CHMP1B PE=1 SV=1 

0.33  1.00 ‐0.67 

CSPG2_HUMAN Versican core protein OS=Homo sapiens GN=VCAN PE=1 SV=3 

0.33  1.00 ‐0.67 

SC5A2_HUMAN Sodium/glucose cotransporter 2 OS=Homo sapiens GN=SLC5A2 PE=1 SV=1 

0.33  1.00 ‐0.67 

RHG23_HUMAN Rho GTPase‐activating protein 23 OS=Homo sapiens GN=ARHGAP23 PE=1 SV=2 

0.33  1.00 ‐0.67 

PHP14_HUMAN 14 kDa phosphohistidine phosphatase OS=Homo sapiens GN=PHPT1 PE=1 SV=1 

0.33  1.00 ‐0.67 

IF6_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 6 OS=Homo sapiens GN=EIF6 PE=1 SV=1 

0.33  1.00 ‐0.67 

NEGR1_HUMAN Neuronal growth regulator 1 OS=Homo sapiens GN=NEGR1 PE=1 SV=3 

0.33  1.00 ‐0.67 

ENDD1_HUMAN Endonuclease domain‐containing 1 protein OS=Homo sapiens GN=ENDOD1 PE=1 SV=2 

0.33  1.00 ‐0.67 

CDHR2_HUMAN Cadherin‐related family member 2 OS=Homo sapiens GN=CDHR2 PE=1 SV=2 

0.33  1.00 ‐0.67 

PPGB_HUMAN Lysosomal protective protein OS=Homo sapiens GN=CTSA PE=1 SV=2 

0.33  1.00 ‐0.67 

HORN_HUMAN Hornerin OS=Homo sapiens GN=HRNR PE=1 SV=2  0.38  1.00 ‐0.63 

K1C19_HUMAN Keratin, type I cytoskeletal 19 OS=Homo sapiens GN=KRT19 PE=1 SV=4 

0.44  1.06 ‐0.62 

CNTN1_HUMAN Contactin‐1 OS=Homo sapiens GN=CNTN1 PE=1 SV=1  0.40  1.00 ‐0.60 

K1C16_HUMAN Keratin, type I cytoskeletal 16 OS=Homo sapiens GN=KRT16 PE=1 SV=4 

0.47  1.06 ‐0.59 

K1H1_HUMAN Keratin, type I cuticular Ha1 OS=Homo sapiens GN=KRT31 PE=1 SV=3 

0.86  1.44 ‐0.59 

K1H2_HUMAN Keratin, type I cuticular Ha2 OS=Homo sapiens GN=KRT32 PE=1 SV=3 

0.86  1.44 ‐0.59 

K1C14_HUMAN Keratin, type I cytoskeletal 14 OS=Homo sapiens  0.42  0.97 ‐0.55 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 9: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

GN=KRT14 PE=1 SV=4 

COCA1_HUMAN Collagen alpha‐1(XII) chain OS=Homo sapiens GN=COL12A1 PE=1 SV=2 

0.54  1.09 ‐0.55 

AACT_HUMAN Alpha‐1‐antichymotrypsin OS=Homo sapiens GN=SERPINA3 PE=1 SV=2 

1.21  1.74 ‐0.54 

HEG1_HUMAN Protein HEG homolog 1 OS=Homo sapiens GN=HEG1 PE=1 SV=3 

0.50  1.00 ‐0.50 

NTRI_HUMAN Neurotrimin OS=Homo sapiens GN=NTM PE=1 SV=1  0.50  1.00 ‐0.50 

SAP3_HUMAN Ganglioside GM2 activator OS=Homo sapiens GN=GM2A PE=1 SV=4 

0.50  1.00 ‐0.50 

NAGAB_HUMAN Alpha‐N‐acetylgalactosaminidase OS=Homo sapiens GN=NAGA PE=1 SV=2 

0.50  1.00 ‐0.50 

ICAM2_HUMAN Intercellular adhesion molecule 2 OS=Homo sapiens GN=ICAM2 PE=1 SV=2 

0.50  1.00 ‐0.50 

LCAT_HUMAN Phosphatidylcholine‐sterol acyltransferase OS=Homo sapiens GN=LCAT PE=1 SV=1 

0.50  1.00 ‐0.50 

GILT_HUMAN Gamma‐interferon‐inducible lysosomal thiol reductase OS=Homo sapiens GN=IFI30 PE=1 SV=2 

0.50  1.00 ‐0.50 

SAHH_HUMAN Adenosylhomocysteinase OS=Homo sapiens GN=AHCY PE=1 SV=4 

0.50  1.00 ‐0.50 

CHMP5_HUMAN Charged multivesicular body protein 5 OS=Homo sapiens GN=CHMP5 PE=1 SV=1 

0.50  1.00 ‐0.50 

NEUR1_HUMAN Sialidase‐1 OS=Homo sapiens GN=NEU1 PE=1 SV=1  0.50  1.00 ‐0.50 

GPR56_HUMAN G‐protein coupled receptor 56 OS=Homo sapiens GN=GPR56 PE=1 SV=2 

0.50  1.00 ‐0.50 

VPS4B_HUMAN Vacuolar protein sorting‐associated protein 4B OS=Homo sapiens GN=VPS4B PE=1 SV=2 

0.50  1.00 ‐0.50 

FREM2_HUMAN FRAS1‐related extracellular matrix protein 2 OS=Homo sapiens GN=FREM2 PE=1 SV=2 

0.50  1.00 ‐0.50 

EGLN_HUMAN Endoglin OS=Homo sapiens GN=ENG PE=1 SV=2  0.50  1.00 ‐0.50 

PEX6_HUMAN Peroxisome assembly factor 2 OS=Homo sapiens GN=PEX6 PE=1 SV=2 

0.50  1.00 ‐0.50 

MMRN1_HUMAN Multimerin‐1 OS=Homo sapiens GN=MMRN1 PE=1  0.50  1.00 ‐0.50 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 10: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

SV=3 

CSPG5_HUMAN Chondroitin sulfate proteoglycan 5 OS=Homo sapiens GN=CSPG5 PE=1 SV=3 

0.50  1.00 ‐0.50 

GRN_HUMAN Granulins OS=Homo sapiens GN=GRN PE=1 SV=2  0.50  1.00 ‐0.50 

VP26B_HUMAN Vacuolar protein sorting‐associated protein 26B OS=Homo sapiens GN=VPS26B PE=1 SV=2 

0.50  1.00 ‐0.50 

S6A19_HUMAN Sodium‐dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1 OS=Homo sapiens GN=SLC6A19 PE=1 SV=1 

0.50  1.00 ‐0.50 

COTL1_HUMAN Coactosin‐like protein OS=Homo sapiens GN=COTL1 PE=1 SV=3 

0.50  1.00 ‐0.50 

FLNB_HUMAN Filamin‐B OS=Homo sapiens GN=FLNB PE=1 SV=2  0.50  1.00 ‐0.50 

TPP1_HUMAN Tripeptidyl‐peptidase 1 OS=Homo sapiens GN=TPP1 PE=1 SV=2 

0.50  1.00 ‐0.50 

AL1A1_HUMAN Retinal dehydrogenase 1 OS=Homo sapiens GN=ALDH1A1 PE=1 SV=2 

0.50  1.00 ‐0.50 

MYLK_HUMAN Myosin light chain kinase, smooth muscle OS=Homo sapiens GN=MYLK PE=1 SV=4 

0.50  1.00 ‐0.50 

NAPSA_HUMAN Napsin‐A OS=Homo sapiens GN=NAPSA PE=1 SV=1  0.50  1.00 ‐0.50 

CATB_HUMAN Cathepsin B OS=Homo sapiens GN=CTSB PE=1 SV=3  0.50  1.00 ‐0.50 

LYPD2_HUMAN Ly6/PLAUR domain‐containing protein 2 OS=Homo sapiens GN=LYPD2 PE=2 SV=1 

0.50  1.00 ‐0.50 

HBB_HUMAN Hemoglobin subunit beta OS=Homo sapiens GN=HBB PE=1 SV=2 

1.50  2.00 ‐0.50 

ANXA5_HUMAN Annexin A5 OS=Homo sapiens GN=ANXA5 PE=1 SV=2  1.50  2.00 ‐0.50 

GPC5C_HUMAN G‐protein coupled receptor family C group 5 member C OS=Homo sapiens GN=GPRC5C PE=1 SV=2 

0.03  0.50 ‐0.47 

K1C9_HUMAN Keratin, type I cytoskeletal 9 OS=Homo sapiens GN=KRT9 PE=1 SV=3 

0.55  1.01 ‐0.46 

FLNA_HUMAN Filamin‐A OS=Homo sapiens GN=FLNA PE=1 SV=4  0.67  1.13 ‐0.46 

GPC5B_HUMAN G‐protein coupled receptor family C group 5 member B OS=Homo sapiens GN=GPRC5B PE=2 SV=2 

0.06  0.50 ‐0.44 

KV402_HUMAN Ig kappa chain V‐IV region Len OS=Homo sapiens PE=1 SV=2 

0.45  0.88 ‐0.43 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 11: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

KV106_HUMAN Ig kappa chain V‐I region EU OS=Homo sapiens PE=1 SV=1 

1.33  1.75 ‐0.42 

FURIN_HUMAN Furin OS=Homo sapiens GN=FURIN PE=1 SV=2  0.60  1.00 ‐0.40 

LV106_HUMAN Ig lambda chain V‐I region WAH OS=Homo sapiens PE=1 SV=1 

0.60  1.00 ‐0.40 

THBG_HUMAN Thyroxine‐binding globulin OS=Homo sapiens GN=SERPINA7 PE=1 SV=2 

0.50  0.89 ‐0.39 

KV307_HUMAN Ig kappa chain V‐III region GOL OS=Homo sapiens PE=1 SV=1 

0.62  1.00 ‐0.38 

K1C15_HUMAN Keratin, type I cytoskeletal 15 OS=Homo sapiens GN=KRT15 PE=1 SV=3 

0.63  1.00 ‐0.37 

UBB_HUMAN Polyubiquitin‐B OS=Homo sapiens GN=UBB PE=1 SV=1  0.92  1.27 ‐0.35 

UBC_HUMAN Polyubiquitin‐C OS=Homo sapiens GN=UBC PE=1 SV=2  0.92  1.27 ‐0.35 

RS27A_HUMAN Ubiquitin‐40S ribosomal protein S27a OS=Homo sapiens GN=RPS27A PE=1 SV=2 

0.92  1.27 ‐0.35 

RL40_HUMAN Ubiquitin‐60S ribosomal protein L40 OS=Homo sapiens GN=UBA52 PE=1 SV=2 

0.92  1.27 ‐0.35 

OSCAR_HUMAN Osteoclast‐associated immunoglobulin‐like receptor OS=Homo sapiens GN=OSCAR PE=2 SV=3 

0.17  0.50 ‐0.33 

CILP2_HUMAN Cartilage intermediate layer protein 2 OS=Homo sapiens GN=CILP2 PE=2 SV=2 

0.17  0.50 ‐0.33 

EFNB1_HUMAN Ephrin‐B1 OS=Homo sapiens GN=EFNB1 PE=1 SV=1  0.67  1.00 ‐0.33 

PGCB_HUMAN Brevican core protein OS=Homo sapiens GN=BCAN PE=1 SV=2 

0.67  1.00 ‐0.33 

FBLN2_HUMAN Fibulin‐2 OS=Homo sapiens GN=FBLN2 PE=1 SV=2  0.67  1.00 ‐0.33 

PLCA_HUMAN 1‐acyl‐sn‐glycerol‐3‐phosphate acyltransferase alpha OS=Homo sapiens GN=AGPAT1 PE=2 SV=2 

0.67  1.00 ‐0.33 

SLUR1_HUMAN Secreted Ly‐6/uPAR‐related protein 1 OS=Homo sapiens GN=SLURP1 PE=1 SV=2 

1.00  1.33 ‐0.33 

ASPG_HUMAN N(4)‐(beta‐N‐acetylglucosaminyl)‐L‐asparaginase OS=Homo sapiens GN=AGA PE=1 SV=2 

1.00  1.33 ‐0.33 

COIA1_HUMAN Collagen alpha‐1(XVIII) chain OS=Homo sapiens GN=COL18A1 PE=1 SV=5 

0.20  0.50 ‐0.30 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 12: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

MADCA_HUMAN Mucosal addressin cell adhesion molecule 1 OS=Homo sapiens GN=MADCAM1 PE=1 SV=2 

0.20  0.50 ‐0.30 

CADH1_HUMAN Cadherin‐1 OS=Homo sapiens GN=CDH1 PE=1 SV=3  0.35  0.64 ‐0.29 

CBPA4_HUMAN Carboxypeptidase A4 OS=Homo sapiens GN=CPA4 PE=1 SV=2 

1.00  1.29 ‐0.29 

ASAH1_HUMAN Acid ceramidase OS=Homo sapiens GN=ASAH1 PE=1 SV=5 

0.25  0.50 ‐0.25 

PLMN_HUMAN Plasminogen OS=Homo sapiens GN=PLG PE=1 SV=2  0.50  0.75 ‐0.25 

HV103_HUMAN Ig heavy chain V‐I region V35 OS=Homo sapiens PE=1 SV=1 

0.75  1.00 ‐0.25 

CO6A3_HUMAN Collagen alpha‐3(VI) chain OS=Homo sapiens GN=COL6A3 PE=1 SV=5 

0.48  0.73 ‐0.25 

COEA1_HUMAN Collagen alpha‐1(XIV) chain OS=Homo sapiens GN=COL14A1 PE=1 SV=3 

0.29  0.50 ‐0.21 

PI16_HUMAN Peptidase inhibitor 16 OS=Homo sapiens GN=PI16 PE=1 SV=1 

0.79  1.00 ‐0.21 

SODC_HUMAN Superoxide dismutase [Cu‐Zn] OS=Homo sapiens GN=SOD1 PE=1 SV=2 

2.00  2.20 ‐0.20 

CALL5_HUMAN Calmodulin‐like protein 5 OS=Homo sapiens GN=CALML5 PE=1 SV=2 

1.00  1.20 ‐0.20 

K22E_HUMAN Keratin, type II cytoskeletal 2 epidermal OS=Homo sapiens GN=KRT2 PE=1 SV=2 

0.38  0.57 ‐0.19 

LG3BP_HUMAN Galectin‐3‐binding protein OS=Homo sapiens GN=LGALS3BP PE=1 SV=1 

0.59  0.76 ‐0.17 

BASI_HUMAN Basigin OS=Homo sapiens GN=BSG PE=1 SV=2  1.33  1.50 ‐0.17 

EPHB4_HUMAN Ephrin type‐B receptor 4 OS=Homo sapiens GN=EPHB4 PE=1 SV=2 

0.33  0.50 ‐0.17 

LTBP2_HUMAN Latent‐transforming growth factor beta‐binding protein 2 OS=Homo sapiens GN=LTBP2 PE=1 SV=3 

0.33  0.50 ‐0.17 

CYTA_HUMAN Cystatin‐A OS=Homo sapiens GN=CSTA PE=1 SV=1  0.81  0.97 ‐0.16 

FILA2_HUMAN Filaggrin‐2 OS=Homo sapiens GN=FLG2 PE=1 SV=1  0.25  0.41 ‐0.16 

GGT1_HUMAN Gamma‐glutamyltranspeptidase 1 OS=Homo sapiens GN=GGT1 PE=1 SV=2 

0.22  0.38 ‐0.15 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 13: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

GNS_HUMAN N‐acetylglucosamine‐6‐sulfatase OS=Homo sapiens GN=GNS PE=1 SV=3 

0.50  0.65 ‐0.15 

NTF2_HUMAN Nuclear transport factor 2 OS=Homo sapiens GN=NUTF2 PE=1 SV=1 

0.60  0.75 ‐0.15 

ODO2_HUMAN Dihydrolipoyllysine‐residue succinyltransferase component of 2‐oxoglutarate dehydrogenase complex, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=DLST PE=1 SV=3 

0.20  0.33 ‐0.13 

KV309_HUMAN Ig kappa chain V‐III region VG (Fragment) OS=Homo sapiens PE=1 SV=1 

0.56  0.67 ‐0.11 

CLUS_HUMAN Clusterin OS=Homo sapiens GN=CLU PE=1 SV=1  0.03  0.14 ‐0.11 

RADI_HUMAN Radixin OS=Homo sapiens GN=RDX PE=1 SV=1  0.40  0.50 ‐0.10 

R4RL2_HUMAN Reticulon‐4 receptor‐like 2 OS=Homo sapiens GN=RTN4RL2 PE=1 SV=1 

0.40  0.50 ‐0.10 

K1C10_HUMAN Keratin, type I cytoskeletal 10 OS=Homo sapiens GN=KRT10 PE=1 SV=6 

0.62  0.72 ‐0.10 

IST1_HUMAN IST1 homolog OS=Homo sapiens GN=KIAA0174 PE=1 SV=1 

0.11  0.20 ‐0.09 

CATC_HUMAN Dipeptidyl peptidase 1 OS=Homo sapiens GN=CTSC PE=1 SV=1 

0.11  0.20 ‐0.09 

BT2A1_HUMAN Butyrophilin subfamily 2 member A1 OS=Homo sapiens GN=BTN2A1 PE=1 SV=3 

0.48  0.57 ‐0.09 

CADH2_HUMAN Cadherin‐2 OS=Homo sapiens GN=CDH2 PE=1 SV=4  0.33  0.42 ‐0.08 

PTPRJ_HUMAN Receptor‐type tyrosine‐protein phosphatase eta OS=Homo sapiens GN=PTPRJ PE=1 SV=3 

0.25  0.33 ‐0.08 

BHMT1_HUMAN Betaine‐‐homocysteine S‐methyltransferase 1 OS=Homo sapiens GN=BHMT PE=1 SV=2 

0.25  0.33 ‐0.08 

PCP_HUMAN Lysosomal Pro‐X carboxypeptidase OS=Homo sapiens GN=PRCP PE=1 SV=1 

0.25  0.33 ‐0.08 

VASN_HUMAN Vasorin OS=Homo sapiens GN=VASN PE=1 SV=1  0.28  0.35 ‐0.07 

TENXA_HUMAN Putative tenascin‐XA OS=Homo sapiens GN=TNXA PE=5 SV=2 

0.43  0.50 ‐0.07 

AMPN_HUMAN Aminopeptidase N OS=Homo sapiens GN=ANPEP PE=1 SV=4 

0.45  0.52 ‐0.07 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 14: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

PROZ_HUMAN Vitamin K‐dependent protein Z OS=Homo sapiens GN=PROZ PE=1 SV=2 

0.20  0.25 ‐0.05 

DPEP1_HUMAN Dipeptidase 1 OS=Homo sapiens GN=DPEP1 PE=1 SV=3  0.45  0.50 ‐0.05 

A1AT_HUMAN Alpha‐1‐antitrypsin OS=Homo sapiens GN=SERPINA1 PE=1 SV=3 

4.02  4.06 ‐0.04 

K2C1_HUMAN Keratin, type II cytoskeletal 1 OS=Homo sapiens GN=KRT1 PE=1 SV=6 

0.77  0.81 ‐0.04 

CD248_HUMAN Endosialin OS=Homo sapiens GN=CD248 PE=1 SV=1  0.21  0.25 ‐0.04 

CPVL_HUMAN Probable serine carboxypeptidase CPVL OS=Homo sapiens GN=CPVL PE=1 SV=2 

0.13  0.14 ‐0.02 

MGA_HUMAN Maltase‐glucoamylase, intestinal OS=Homo sapiens GN=MGAM PE=1 SV=5 

0.25  0.27 ‐0.02 

LYAG_HUMAN Lysosomal alpha‐glucosidase OS=Homo sapiens GN=GAA PE=1 SV=3 

0.15  0.15 ‐0.01 

CO2A1_HUMAN Collagen alpha‐1(II) chain OS=Homo sapiens GN=COL2A1 PE=1 SV=3 

0.88  0.89 ‐0.01 

LRP2_HUMAN Low‐density lipoprotein receptor‐related protein 2 OS=Homo sapiens GN=LRP2 PE=1 SV=3 

0.13  0.13 0.00 

PVRL2_HUMAN Poliovirus receptor‐related protein 2 OS=Homo sapiens GN=PVRL2 PE=1 SV=1 

0.20  0.20 0.00 

CATL1_HUMAN Cathepsin L1 OS=Homo sapiens GN=CTSL1 PE=1 SV=2  0.25  0.25 0.00 

MANBA_HUMAN Beta‐mannosidase OS=Homo sapiens GN=MANBA PE=1 SV=3 

0.33  0.33 0.00 

DNS2A_HUMAN Deoxyribonuclease‐2‐alpha OS=Homo sapiens GN=DNASE2 PE=1 SV=2 

0.50  0.50 0.00 

PXDC2_HUMAN Plexin domain‐containing protein 2 OS=Homo sapiens GN=PLXDC2 PE=1 SV=1 

0.50  0.50 0.00 

THRB_HUMAN Prothrombin OS=Homo sapiens GN=F2 PE=1 SV=2  1.00  1.00 0.00 

PTPRD_HUMAN Receptor‐type tyrosine‐protein phosphatase delta OS=Homo sapiens GN=PTPRD PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

PCD16_HUMAN Protocadherin‐16 OS=Homo sapiens GN=DCHS1 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PRKDC_HUMAN DNA‐dependent protein kinase catalytic subunit  1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 15: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

OS=Homo sapiens GN=PRKDC PE=1 SV=3 

ANXA4_HUMAN Annexin A4 OS=Homo sapiens GN=ANXA4 PE=1 SV=4  1.00  1.00 0.00 

PTK7_HUMAN Tyrosine‐protein kinase‐like 7 OS=Homo sapiens GN=PTK7 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

CFAI_HUMAN Complement factor I OS=Homo sapiens GN=CFI PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

SHSA5_HUMAN Protein shisa‐5 OS=Homo sapiens GN=SHISA5 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

NEO1_HUMAN Neogenin OS=Homo sapiens GN=NEO1 PE=1 SV=2  1.00  1.00 0.00 

CEL3B_HUMAN Chymotrypsin‐like elastase family member 3B OS=Homo sapiens GN=CELA3B PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

CEL3A_HUMAN Chymotrypsin‐like elastase family member 3A OS=Homo sapiens GN=CELA3A PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

CREG1_HUMAN Protein CREG1 OS=Homo sapiens GN=CREG1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PTPRN_HUMAN Receptor‐type tyrosine‐protein phosphatase‐like N OS=Homo sapiens GN=PTPRN PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

KRT84_HUMAN Keratin, type II cuticular Hb4 OS=Homo sapiens GN=KRT84 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

TRY2_HUMAN Trypsin‐2 OS=Homo sapiens GN=PRSS2 PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

PVRL1_HUMAN Poliovirus receptor‐related protein 1 OS=Homo sapiens GN=PVRL1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

HMCN2_HUMAN Hemicentin‐2 OS=Homo sapiens GN=HMCN2 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

TYRO3_HUMAN Tyrosine‐protein kinase receptor TYRO3 OS=Homo sapiens GN=TYRO3 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

KV110_HUMAN Ig kappa chain V‐I region HK102 (Fragment) OS=Homo sapiens GN=IGKV1‐5 PE=4 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CO1A1_HUMAN Collagen alpha‐1(I) chain OS=Homo sapiens GN=COL1A1 PE=1 SV=5 

1.00  1.00 0.00 

PXDC1_HUMAN Plexin domain‐containing protein 1 OS=Homo sapiens GN=PLXDC1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

TSP3_HUMAN Thrombospondin‐3 OS=Homo sapiens GN=THBS3 PE=1  1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 16: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

SV=1 

PSB3_HUMAN Proteasome subunit beta type‐3 OS=Homo sapiens GN=PSMB3 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

PGFRB_HUMAN Beta‐type platelet‐derived growth factor receptor OS=Homo sapiens GN=PDGFRB PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

8ODP_HUMAN 7,8‐dihydro‐8‐oxoguanine triphosphatase OS=Homo sapiens GN=NUDT1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

EPHB2_HUMAN Ephrin type‐B receptor 2 OS=Homo sapiens GN=EPHB2 PE=1 SV=5 

1.00  1.00 0.00 

XYLT1_HUMAN Xylosyltransferase 1 OS=Homo sapiens GN=XYLT1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

DOPD_HUMAN D‐dopachrome decarboxylase OS=Homo sapiens GN=DDT PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

COF1_HUMAN Cofilin‐1 OS=Homo sapiens GN=CFL1 PE=1 SV=3  1.00  1.00 0.00 

PDCD6_HUMAN Programmed cell death protein 6 OS=Homo sapiens GN=PDCD6 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CD33_HUMAN Myeloid cell surface antigen CD33 OS=Homo sapiens GN=CD33 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

LFA3_HUMAN Lymphocyte function‐associated antigen 3 OS=Homo sapiens GN=CD58 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PTPRF_HUMAN Receptor‐type tyrosine‐protein phosphatase F OS=Homo sapiens GN=PTPRF PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

PRND_HUMAN Prion‐like protein doppel OS=Homo sapiens GN=PRND PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

TENR_HUMAN Tenascin‐R OS=Homo sapiens GN=TNR PE=1 SV=3  1.00  1.00 0.00 

PGCA_HUMAN Aggrecan core protein OS=Homo sapiens GN=ACAN PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

COBA1_HUMAN Collagen alpha‐1(XI) chain OS=Homo sapiens GN=COL11A1 PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

SLIK1_HUMAN SLIT and NTRK‐like protein 1 OS=Homo sapiens GN=SLITRK1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

KV119_HUMAN Ig kappa chain V‐I region Wes OS=Homo sapiens PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 17: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

PENK_HUMAN Proenkephalin‐A OS=Homo sapiens GN=PENK PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

TUT4_HUMAN Terminal uridylyltransferase 4 OS=Homo sapiens GN=ZCCHC11 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

NONO_HUMAN Non‐POU domain‐containing octamer‐binding protein OS=Homo sapiens GN=NONO PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

NEUS_HUMAN Neuroserpin OS=Homo sapiens GN=SERPINI1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

LAMA3_HUMAN Laminin subunit alpha‐3 OS=Homo sapiens GN=LAMA3 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

CO5A3_HUMAN Collagen alpha‐3(V) chain OS=Homo sapiens GN=COL5A3 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

FBLN1_HUMAN Fibulin‐1 OS=Homo sapiens GN=FBLN1 PE=1 SV=4  1.00  1.00 0.00 

PSA3_HUMAN Proteasome subunit alpha type‐3 OS=Homo sapiens GN=PSMA3 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

SDK1_HUMAN Protein sidekick‐1 OS=Homo sapiens GN=SDK1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

TRFM_HUMAN Melanotransferrin OS=Homo sapiens GN=MFI2 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

LY6H_HUMAN Lymphocyte antigen 6H OS=Homo sapiens GN=LY6H PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

MATN4_HUMAN Matrilin‐4 OS=Homo sapiens GN=MATN4 PE=1 SV=3  1.00  1.00 0.00 

TRY1_HUMAN Trypsin‐1 OS=Homo sapiens GN=PRSS1 PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

IL1RA_HUMAN Interleukin‐1 receptor antagonist protein OS=Homo sapiens GN=IL1RN PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

RB15B_HUMAN Putative RNA‐binding protein 15B OS=Homo sapiens GN=RBM15B PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

CHL1_HUMAN Neural cell adhesion molecule L1‐like protein OS=Homo sapiens GN=CHL1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

CF120_HUMAN UPF0669 protein C6orf120 OS=Homo sapiens GN=C6orf120 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

MITD1_HUMAN MIT domain‐containing protein 1 OS=Homo sapiens GN=MITD1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 18: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

CTL4_HUMAN Choline transporter‐like protein 4 OS=Homo sapiens GN=SLC44A4 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

TRC2L_HUMAN Putative short transient receptor potential channel 2‐like protein OS=Homo sapiens PE=5 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

H15_HUMAN Histone H1.5 OS=Homo sapiens GN=HIST1H1B PE=1 SV=3  1.00  1.00 0.00 

PLXB1_HUMAN Plexin‐B1 OS=Homo sapiens GN=PLXNB1 PE=1 SV=3  1.00  1.00 0.00 

CO1A2_HUMAN Collagen alpha‐2(I) chain OS=Homo sapiens GN=COL1A2 PE=1 SV=7 

1.00  1.00 0.00 

KIRR1_HUMAN Kin of IRRE‐like protein 1 OS=Homo sapiens GN=KIRREL PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

VGF_HUMAN Neurosecretory protein VGF OS=Homo sapiens GN=VGF PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ELFN1_HUMAN Extracellular leucine‐rich repeat and fibronectin type‐III domain‐containing protein 1 OS=Homo sapiens GN=ELFN1 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

MA2A1_HUMAN Alpha‐mannosidase 2 OS=Homo sapiens GN=MAN2A1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

PSB8_HUMAN Proteasome subunit beta type‐8 OS=Homo sapiens GN=PSMB8 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

MA2B1_HUMAN Lysosomal alpha‐mannosidase OS=Homo sapiens GN=MAN2B1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

IFT74_HUMAN Intraflagellar transport protein 74 homolog OS=Homo sapiens GN=IFT74 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

ANXA6_HUMAN Annexin A6 OS=Homo sapiens GN=ANXA6 PE=1 SV=3  1.00  1.00 0.00 

PGFRA_HUMAN Alpha‐type platelet‐derived growth factor receptor OS=Homo sapiens GN=PDGFRA PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

ATNG_HUMAN Sodium/potassium‐transporting ATPase subunit gamma OS=Homo sapiens GN=FXYD2 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

F125B_HUMAN Multivesicular body subunit 12B OS=Homo sapiens GN=FAM125B PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

UK114_HUMAN Ribonuclease UK114 OS=Homo sapiens GN=HRSP12 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

I10R2_HUMAN Interleukin‐10 receptor subunit beta OS=Homo sapiens  1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 19: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

GN=IL10RB PE=1 SV=2 

CPNS1_HUMAN Calpain small subunit 1 OS=Homo sapiens GN=CAPNS1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

TC1D3_HUMAN Tctex1 domain‐containing protein 3 OS=Homo sapiens GN=TCTE3 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CLC7A_HUMAN C‐type lectin domain family 7 member A OS=Homo sapiens GN=CLEC7A PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

RIPK4_HUMAN Receptor‐interacting serine/threonine‐protein kinase 4 OS=Homo sapiens GN=RIPK4 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PKP4_HUMAN Plakophilin‐4 OS=Homo sapiens GN=PKP4 PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

BTNL3_HUMAN Butyrophilin‐like protein 3 OS=Homo sapiens GN=BTNL3 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

COG7_HUMAN Conserved oligomeric Golgi complex subunit 7 OS=Homo sapiens GN=COG7 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

TSEAR_HUMAN Protein TSPEAR OS=Homo sapiens GN=TSPEAR PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

MUC5A_HUMAN Mucin‐5AC (Fragments) OS=Homo sapiens GN=MUC5AC PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

PAPP2_HUMAN Pappalysin‐2 OS=Homo sapiens GN=PAPPA2 PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

A2LD1_HUMAN Gamma‐glutamylaminecyclotransferase OS=Homo sapiens GN=A2LD1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

PEPD_HUMAN Xaa‐Pro dipeptidase OS=Homo sapiens GN=PEPD PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

TSP1_HUMAN Thrombospondin‐1 OS=Homo sapiens GN=THBS1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

CLIC1_HUMAN Chloride intracellular channel protein 1 OS=Homo sapiens GN=CLIC1 PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

PSB9_HUMAN Proteasome subunit beta type‐9 OS=Homo sapiens GN=PSMB9 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

SLUR2_HUMAN Secreted Ly‐6/uPAR‐related protein 2 OS=Homo sapiens GN=SLURP2 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

GBG12_HUMAN Guanine nucleotide‐binding protein G(I)/G(S)/G(O)  1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 20: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

subunit gamma‐12 OS=Homo sapiens GN=GNG12 PE=1 SV=3 

K1529_HUMAN Uncharacterized protein KIAA1529 OS=Homo sapiens GN=KIAA1529 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

IQCG_HUMAN IQ domain‐containing protein G OS=Homo sapiens GN=IQCG PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

F169A_HUMAN Protein FAM169A OS=Homo sapiens GN=FAM169A PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

FOXH1_HUMAN Forkhead box protein H1 OS=Homo sapiens GN=FOXH1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

FA12_HUMAN Coagulation factor XII OS=Homo sapiens GN=F12 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

CRUM2_HUMAN Crumbs homolog 2 OS=Homo sapiens GN=CRB2 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

VPS8_HUMAN Vacuolar protein sorting‐associated protein 8 homolog OS=Homo sapiens GN=VPS8 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

SPRC_HUMAN SPARC OS=Homo sapiens GN=SPARC PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

GRIK2_HUMAN Glutamate receptor, ionotropic kainate 2 OS=Homo sapiens GN=GRIK2 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

EFNA1_HUMAN Ephrin‐A1 OS=Homo sapiens GN=EFNA1 PE=1 SV=2  1.00  1.00 0.00 

TRHDE_HUMAN Thyrotropin‐releasing hormone‐degrading ectoenzyme OS=Homo sapiens GN=TRHDE PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CB079_HUMAN Uncharacterized protein C2orf79 OS=Homo sapiens GN=C2orf79 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CBPB1_HUMAN Carboxypeptidase B OS=Homo sapiens GN=CPB1 PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

CTHR1_HUMAN Collagen triple helix repeat‐containing protein 1 OS=Homo sapiens GN=CTHRC1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CRUM1_HUMAN Crumbs homolog 1 OS=Homo sapiens GN=CRB1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

DGCR8_HUMAN Microprocessor complex subunit DGCR8 OS=Homo sapiens GN=DGCR8 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

HNRPR_HUMAN Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein R OS=Homo sapiens GN=HNRNPR PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 21: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

CATL2_HUMAN Cathepsin L2 OS=Homo sapiens GN=CTSL2 PE=1 SV=2  1.00  1.00 0.00 

COX7R_HUMAN Cytochrome c oxidase subunit 7A‐related protein, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=COX7A2L PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

CHODL_HUMAN Chondrolectin OS=Homo sapiens GN=CHODL PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

SCN4A_HUMAN Sodium channel protein type 4 subunit alpha OS=Homo sapiens GN=SCN4A PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

SRC8_HUMAN Src substrate cortactin OS=Homo sapiens GN=CTTN PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ATG13_HUMAN Autophagy‐related protein 13 OS=Homo sapiens GN=ATG13 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

SPTA2_HUMAN Spectrin alpha chain, brain OS=Homo sapiens GN=SPTAN1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

GOLM1_HUMAN Golgi membrane protein 1 OS=Homo sapiens GN=GOLM1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

RRP5_HUMAN Protein RRP5 homolog OS=Homo sapiens GN=PDCD11 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

BID_HUMAN BH3‐interacting domain death agonist OS=Homo sapiens GN=BID PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CNOT1_HUMAN CCR4‐NOT transcription complex subunit 1 OS=Homo sapiens GN=CNOT1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

K0494_HUMAN EF‐hand domain‐containing protein KIAA0494 OS=Homo sapiens GN=KIAA0494 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

APOM_HUMAN Apolipoprotein M OS=Homo sapiens GN=APOM PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

CATS_HUMAN Cathepsin S OS=Homo sapiens GN=CTSS PE=1 SV=3  1.00  1.00 0.00 

CPPED_HUMAN Calcineurin‐like phosphoesterase domain‐containing protein 1 OS=Homo sapiens GN=CPPED1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ENPP6_HUMAN Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 6 OS=Homo sapiens GN=ENPP6 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

LMTK1_HUMAN Serine/threonine‐protein kinase LMTK1 OS=Homo sapiens GN=AATK PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ADIPO_HUMAN Adiponectin OS=Homo sapiens GN=ADIPOQ PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 22: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

GSHB_HUMAN Glutathione synthetase OS=Homo sapiens GN=GSS PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

SPB13_HUMAN Serpin B13 OS=Homo sapiens GN=SERPINB13 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

AT12A_HUMAN Potassium‐transporting ATPase alpha chain 2 OS=Homo sapiens GN=ATP12A PE=2 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

ULK4_HUMAN Serine/threonine‐protein kinase ULK4 OS=Homo sapiens GN=ULK4 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

KCTD4_HUMAN BTB/POZ domain‐containing protein KCTD4 OS=Homo sapiens GN=KCTD4 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

RHCG_HUMAN Ammonium transporter Rh type C OS=Homo sapiens GN=RHCG PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PACE1_HUMAN Protein‐associating with the carboxyl‐terminal domain of ezrin OS=Homo sapiens GN=SCYL3 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

CYBR1_HUMAN Cytochrome b reductase 1 OS=Homo sapiens GN=CYBRD1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

HMGB2_HUMAN High mobility group protein B2 OS=Homo sapiens GN=HMGB2 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

KV203_HUMAN Ig kappa chain V‐II region MIL OS=Homo sapiens PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CH10_HUMAN 10 kDa heat shock protein, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=HSPE1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

FA8_HUMAN Coagulation factor VIII OS=Homo sapiens GN=F8 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PSA7_HUMAN Proteasome subunit alpha type‐7 OS=Homo sapiens GN=PSMA7 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

K1024_HUMAN UPF0258 protein KIAA1024 OS=Homo sapiens GN=KIAA1024 PE=2 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

CELF6_HUMAN CUGBP Elav‐like family member 6 OS=Homo sapiens GN=CELF6 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

RPGF3_HUMAN Rap guanine nucleotide exchange factor 3 OS=Homo sapiens GN=RAPGEF3 PE=1 SV=5 

1.00  1.00 0.00 

SYNP2_HUMAN Synaptopodin‐2 OS=Homo sapiens GN=SYNPO2 PE=1  1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 23: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

SV=2 

TAF1L_HUMAN Transcription initiation factor TFIID subunit 1‐like OS=Homo sapiens GN=TAF1L PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CO3A1_HUMAN Collagen alpha‐1(III) chain OS=Homo sapiens GN=COL3A1 PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

PECA1_HUMAN Platelet endothelial cell adhesion molecule OS=Homo sapiens GN=PECAM1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

ECP_HUMAN Eosinophil cationic protein OS=Homo sapiens GN=RNASE3 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

APOC1_HUMAN Apolipoprotein C‐I OS=Homo sapiens GN=APOC1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

KPRP_HUMAN Keratinocyte proline‐rich protein OS=Homo sapiens GN=KPRP PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

OPTN_HUMAN Optineurin OS=Homo sapiens GN=OPTN PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

RRAS2_HUMAN Ras‐related protein R‐Ras2 OS=Homo sapiens GN=RRAS2 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

AEBP1_HUMAN Adipocyte enhancer‐binding protein 1 OS=Homo sapiens GN=AEBP1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

GP126_HUMAN G‐protein coupled receptor 126 OS=Homo sapiens GN=GPR126 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

SRSIP_HUMAN SRSF2‐interacting protein OS=Homo sapiens GN=SRSF2IP PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

HV306_HUMAN Ig heavy chain V‐III region BUT OS=Homo sapiens PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CHM2A_HUMAN Charged multivesicular body protein 2a OS=Homo sapiens GN=CHMP2A PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

SET1A_HUMAN Histone‐lysine N‐methyltransferase SETD1A OS=Homo sapiens GN=SETD1A PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

CCD21_HUMAN Coiled‐coil domain‐containing protein 21 OS=Homo sapiens GN=CCDC21 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PTAR1_HUMAN Protein prenyltransferase alpha subunit repeat‐containing protein 1 OS=Homo sapiens GN=PTAR1 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

K2C80_HUMAN Keratin, type II cytoskeletal 80 OS=Homo sapiens  1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 24: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

GN=KRT80 PE=1 SV=2 

CCD24_HUMAN Coiled‐coil domain‐containing protein 24 OS=Homo sapiens GN=CCDC24 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PZRN4_HUMAN PDZ domain‐containing RING finger protein 4 OS=Homo sapiens GN=PDZRN4 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

TTLL7_HUMAN Tubulin polyglutamylase TTLL7 OS=Homo sapiens GN=TTLL7 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

GOPC_HUMAN Golgi‐associated PDZ and coiled‐coil motif‐containing protein OS=Homo sapiens GN=GOPC PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

MTMR9_HUMAN Myotubularin‐related protein 9 OS=Homo sapiens GN=MTMR9 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

UN13B_HUMAN Protein unc‐13 homolog B OS=Homo sapiens GN=UNC13B PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

TM11D_HUMAN Transmembrane protease serine 11D OS=Homo sapiens GN=TMPRSS11D PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

MYO1C_HUMAN Myosin‐Ic OS=Homo sapiens GN=MYO1C PE=1 SV=3  1.00  1.00 0.00 

SP4_HUMAN Transcription factor Sp4 OS=Homo sapiens GN=SP4 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

FUCO2_HUMAN Plasma alpha‐L‐fucosidase OS=Homo sapiens GN=FUCA2 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

T151B_HUMAN Transmembrane protein 151B OS=Homo sapiens GN=TMEM151B PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ACY1_HUMAN Aminoacylase‐1 OS=Homo sapiens GN=ACY1 PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

NUCB1_HUMAN Nucleobindin‐1 OS=Homo sapiens GN=NUCB1 PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

NADC_HUMAN Nicotinate‐nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating] OS=Homo sapiens GN=QPRT PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

RAB19_HUMAN Ras‐related protein Rab‐19 OS=Homo sapiens GN=RAB19 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

PUR8_HUMAN Adenylosuccinate lyase OS=Homo sapiens GN=ADSL PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

TTLL8_HUMAN Protein monoglycylase TTLL8 OS=Homo sapiens GN=TTLL8 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 25: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

CS010_HUMAN UPF0556 protein C19orf10 OS=Homo sapiens GN=C19orf10 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

ACPL2_HUMAN Acid phosphatase‐like protein 2 OS=Homo sapiens GN=ACPL2 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

ARHGB_HUMAN Rho guanine nucleotide exchange factor 11 OS=Homo sapiens GN=ARHGEF11 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

TMBI1_HUMAN Transmembrane BAX inhibitor motif‐containing protein 1 OS=Homo sapiens GN=TMBIM1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

FCER2_HUMAN Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor OS=Homo sapiens GN=FCER2 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

MAP4_HUMAN Microtubule‐associated protein 4 OS=Homo sapiens GN=MAP4 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

SP6_HUMAN Transcription factor Sp6 OS=Homo sapiens GN=SP6 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

VNN1_HUMAN Pantetheinase OS=Homo sapiens GN=VNN1 PE=1 SV=2  1.00  1.00 0.00 

HXK3_HUMAN Hexokinase‐3 OS=Homo sapiens GN=HK3 PE=1 SV=2  1.00  1.00 0.00 

LAMB4_HUMAN Laminin subunit beta‐4 OS=Homo sapiens GN=LAMB4 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

M3K3_HUMAN Mitogen‐activated protein kinase kinase kinase 3 OS=Homo sapiens GN=MAP3K3 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

OPHN1_HUMAN Oligophrenin‐1 OS=Homo sapiens GN=OPHN1 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

BAMBI_HUMAN BMP and activin membrane‐bound inhibitor homolog OS=Homo sapiens GN=BAMBI PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

MAGBI_HUMAN Melanoma‐associated antigen B18 OS=Homo sapiens GN=MAGEB18 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

DOT1L_HUMAN Histone‐lysine N‐methyltransferase, H3 lysine‐79 specific OS=Homo sapiens GN=DOT1L PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

YO011_HUMAN Putative transmembrane protein ENSP00000320207 OS=Homo sapiens PE=5 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PGP_HUMAN Phosphoglycolate phosphatase OS=Homo sapiens GN=PGP PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

LIRA5_HUMAN Leukocyte immunoglobulin‐like receptor subfamily A  1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 26: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

member 5 OS=Homo sapiens GN=LILRA5 PE=1 SV=1 

K2022_HUMAN Uncharacterized protein KIAA2022 OS=Homo sapiens GN=KIAA2022 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

MYO7A_HUMAN Myosin‐VIIa OS=Homo sapiens GN=MYO7A PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

ERC2_HUMAN ERC protein 2 OS=Homo sapiens GN=ERC2 PE=1 SV=3  1.00  1.00 0.00 

UBD_HUMAN Ubiquitin D OS=Homo sapiens GN=UBD PE=1 SV=2  1.00  1.00 0.00 

SAMP_HUMAN Serum amyloid P‐component OS=Homo sapiens GN=APCS PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

PKHA4_HUMAN Pleckstrin homology domain‐containing family A member 4 OS=Homo sapiens GN=PLEKHA4 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

GTR11_HUMAN Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 11 OS=Homo sapiens GN=SLC2A11 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PEDF_HUMAN Pigment epithelium‐derived factor OS=Homo sapiens GN=SERPINF1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

EYS_HUMAN Protein eyes shut homolog OS=Homo sapiens GN=EYS PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

NSUN7_HUMAN Putative methyltransferase NSUN7 OS=Homo sapiens GN=NSUN7 PE=2 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

NT5D3_HUMAN 5'‐nucleotidase domain‐containing protein 3 OS=Homo sapiens GN=NT5DC3 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

SMC4_HUMAN Structural maintenance of chromosomes protein 4 OS=Homo sapiens GN=SMC4 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

PD1L2_HUMAN Programmed cell death 1 ligand 2 OS=Homo sapiens GN=PDCD1LG2 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

SNX18_HUMAN Sorting nexin‐18 OS=Homo sapiens GN=SNX18 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

PCDH9_HUMAN Protocadherin‐9 OS=Homo sapiens GN=PCDH9 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

LHPP_HUMAN Phospholysine phosphohistidine inorganic pyrophosphate phosphatase OS=Homo sapiens GN=LHPP PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

PEF1_HUMAN Peflin OS=Homo sapiens GN=PEF1 PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

CO5A2_HUMAN Collagen alpha‐2(V) chain OS=Homo sapiens  1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 27: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

GN=COL5A2 PE=1 SV=3 

PTER_HUMAN Phosphotriesterase‐related protein OS=Homo sapiens GN=PTER PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PRS35_HUMAN Inactive serine protease 35 OS=Homo sapiens GN=PRSS35 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

UPK1A_HUMAN Uroplakin‐1a OS=Homo sapiens GN=UPK1A PE=2 SV=1  1.00  1.00 0.00 

ERIC1_HUMAN Glutamate‐rich protein 1 OS=Homo sapiens GN=ERICH1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

GTR5_HUMAN Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 5 OS=Homo sapiens GN=SLC2A5 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

OLM2A_HUMAN Olfactomedin‐like protein 2A OS=Homo sapiens GN=OLFML2A PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

GLRX5_HUMAN Glutaredoxin‐related protein 5, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=GLRX5 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

LGUL_HUMAN Lactoylglutathione lyase OS=Homo sapiens GN=GLO1 PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

IL16_HUMAN Pro‐interleukin‐16 OS=Homo sapiens GN=IL16 PE=1 SV=4  1.00  1.00 0.00 

FHOD3_HUMAN FH1/FH2 domain‐containing protein 3 OS=Homo sapiens GN=FHOD3 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

S38AA_HUMAN Putative sodium‐coupled neutral amino acid transporter 10 OS=Homo sapiens GN=SLC38A10 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

IRF7_HUMAN Interferon regulatory factor 7 OS=Homo sapiens GN=IRF7 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

GNAT1_HUMAN Guanine nucleotide‐binding protein G(t) subunit alpha‐1 OS=Homo sapiens GN=GNAT1 PE=1 SV=5 

1.00  1.00 0.00 

HLAG_HUMAN HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G OS=Homo sapiens GN=HLA‐G PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

BMPR2_HUMAN Bone morphogenetic protein receptor type‐2 OS=Homo sapiens GN=BMPR2 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

SRSF1_HUMAN Serine/arginine‐rich splicing factor 1 OS=Homo sapiens GN=SRSF1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

KPCD3_HUMAN Serine/threonine‐protein kinase D3 OS=Homo sapiens GN=PRKD3 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 28: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

ALDOC_HUMAN Fructose‐bisphosphate aldolase C OS=Homo sapiens GN=ALDOC PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

MTM1_HUMAN Myotubularin OS=Homo sapiens GN=MTM1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

COL12_HUMAN Collectin‐12 OS=Homo sapiens GN=COLEC12 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

CJ093_HUMAN TPR repeat‐containing protein C10orf93 OS=Homo sapiens GN=C10orf93 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

PUS7L_HUMAN Pseudouridylate synthase 7 homolog‐like protein OS=Homo sapiens GN=PUS7L PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CLPT1_HUMAN Cleft lip and palate transmembrane protein 1 OS=Homo sapiens GN=CLPTM1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PSB2_HUMAN Proteasome subunit beta type‐2 OS=Homo sapiens GN=PSMB2 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

RBM19_HUMAN Probable RNA‐binding protein 19 OS=Homo sapiens GN=RBM19 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

KIF12_HUMAN Kinesin‐like protein KIF12 OS=Homo sapiens GN=KIF12 PE=2 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

CSTN3_HUMAN Calsyntenin‐3 OS=Homo sapiens GN=CLSTN3 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CO9_HUMAN Complement component C9 OS=Homo sapiens GN=C9 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

BT3L2_HUMAN Transcription factor BTF3 homolog 2 OS=Homo sapiens GN=BTF3L2 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

ERCC6_HUMAN DNA excision repair protein ERCC‐6 OS=Homo sapiens GN=ERCC6 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

HECW1_HUMAN E3 ubiquitin‐protein ligase HECW1 OS=Homo sapiens GN=HECW1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

RHG32_HUMAN Rho GTPase‐activating protein 32 OS=Homo sapiens GN=ARHGAP32 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

GOGA4_HUMAN Golgin subfamily A member 4 OS=Homo sapiens GN=GOLGA4 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

INP4B_HUMAN Type II inositol‐3,4‐bisphosphate 4‐phosphatase  1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 29: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

OS=Homo sapiens GN=INPP4B PE=2 SV=4 

MGDP1_HUMAN Magnesium‐dependent phosphatase 1 OS=Homo sapiens GN=MDP1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

DLEC1_HUMAN Deleted in lung and esophageal cancer protein 1 OS=Homo sapiens GN=DLEC1 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

CHSTE_HUMAN Carbohydrate sulfotransferase 14 OS=Homo sapiens GN=CHST14 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ARI4B_HUMAN AT‐rich interactive domain‐containing protein 4B OS=Homo sapiens GN=ARID4B PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

PALM_HUMAN Paralemmin OS=Homo sapiens GN=PALM PE=1 SV=2  1.00  1.00 0.00 

KCNB1_HUMAN Potassium voltage‐gated channel subfamily B member 1 OS=Homo sapiens GN=KCNB1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

DGKE_HUMAN Diacylglycerol kinase epsilon OS=Homo sapiens GN=DGKE PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CROCC_HUMAN Rootletin OS=Homo sapiens GN=CROCC PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

MARCS_HUMAN Myristoylated alanine‐rich C‐kinase substrate OS=Homo sapiens GN=MARCKS PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

SHD_HUMAN SH2 domain‐containing adapter protein D OS=Homo sapiens GN=SHD PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

EPHB3_HUMAN Ephrin type‐B receptor 3 OS=Homo sapiens GN=EPHB3 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

CA026_HUMAN Uncharacterized protein C1orf26 OS=Homo sapiens GN=C1orf26 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CHD7_HUMAN Chromodomain‐helicase‐DNA‐binding protein 7 OS=Homo sapiens GN=CHD7 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

FLRT1_HUMAN Leucine‐rich repeat transmembrane protein FLRT1 OS=Homo sapiens GN=FLRT1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

CR1_HUMAN Complement receptor type 1 OS=Homo sapiens GN=CR1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

MATN3_HUMAN Matrilin‐3 OS=Homo sapiens GN=MATN3 PE=1 SV=2  1.00  1.00 0.00 

IKBE_HUMAN NF‐kappa‐B inhibitor epsilon OS=Homo sapiens GN=NFKBIE PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

NSD2_HUMAN Probable histone‐lysine N‐methyltransferase NSD2  1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 30: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

OS=Homo sapiens GN=WHSC1 PE=1 SV=1 

NMD3B_HUMAN Glutamate [NMDA] receptor subunit 3B OS=Homo sapiens GN=GRIN3B PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

U520_HUMAN U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase OS=Homo sapiens GN=SNRNP200 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

S39AA_HUMAN Zinc transporter ZIP10 OS=Homo sapiens GN=SLC39A10 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

NCOR2_HUMAN Nuclear receptor corepressor 2 OS=Homo sapiens GN=NCOR2 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

DTL_HUMAN Denticleless protein homolog OS=Homo sapiens GN=DTL PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

TTC6_HUMAN Tetratricopeptide repeat protein 6 OS=Homo sapiens GN=TTC6 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

STAB2_HUMAN Stabilin‐2 OS=Homo sapiens GN=STAB2 PE=1 SV=3  1.00  1.00 0.00 

GRIA4_HUMAN Glutamate receptor 4 OS=Homo sapiens GN=GRIA4 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ARI5B_HUMAN AT‐rich interactive domain‐containing protein 5B OS=Homo sapiens GN=ARID5B PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

TNC18_HUMAN Trinucleotide repeat‐containing gene 18 protein OS=Homo sapiens GN=TNRC18 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

LIRB4_HUMAN Leukocyte immunoglobulin‐like receptor subfamily B member 4 OS=Homo sapiens GN=LILRB4 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ROCK1_HUMAN Rho‐associated protein kinase 1 OS=Homo sapiens GN=ROCK1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

TITIN_HUMAN Titin OS=Homo sapiens GN=TTN PE=1 SV=2  1.00  1.00 0.00 

TMPS2_HUMAN Transmembrane protease serine 2 OS=Homo sapiens GN=TMPRSS2 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

K1609_HUMAN TLD domain‐containing protein KIAA1609 OS=Homo sapiens GN=KIAA1609 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

PANK1_HUMAN Pantothenate kinase 1 OS=Homo sapiens GN=PANK1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

TMTC4_HUMAN Transmembrane and TPR repeat‐containing protein 4 OS=Homo sapiens GN=TMTC4 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 31: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

PARVA_HUMAN Alpha‐parvin OS=Homo sapiens GN=PARVA PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

ST14_HUMAN Suppressor of tumorigenicity 14 protein OS=Homo sapiens GN=ST14 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

BPI_HUMAN Bactericidal permeability‐increasing protein OS=Homo sapiens GN=BPI PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

CJ046_HUMAN Uncharacterized protein C10orf46 OS=Homo sapiens GN=C10orf46 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PAK3_HUMAN Serine/threonine‐protein kinase PAK 3 OS=Homo sapiens GN=PAK3 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

MRM1_HUMAN rRNA methyltransferase 1, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=MRM1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

ZBT8A_HUMAN Zinc finger and BTB domain‐containing protein 8A OS=Homo sapiens GN=ZBTB8A PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

SYNE2_HUMAN Nesprin‐2 OS=Homo sapiens GN=SYNE2 PE=1 SV=3  1.00  1.00 0.00 

NXF1_HUMAN Nuclear RNA export factor 1 OS=Homo sapiens GN=NXF1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

GIMA8_HUMAN GTPase IMAP family member 8 OS=Homo sapiens GN=GIMAP8 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ERBB3_HUMAN Receptor tyrosine‐protein kinase erbB‐3 OS=Homo sapiens GN=ERBB3 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

ADML_HUMAN ADM OS=Homo sapiens GN=ADM PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

RPC1_HUMAN DNA‐directed RNA polymerase III subunit RPC1 OS=Homo sapiens GN=POLR3A PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

LKHA4_HUMAN Leukotriene A‐4 hydrolase OS=Homo sapiens GN=LTA4H PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

CB055_HUMAN Uncharacterized protein C2orf55 OS=Homo sapiens GN=C2orf55 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

DOK3_HUMAN Docking protein 3 OS=Homo sapiens GN=DOK3 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

NTNG1_HUMAN Netrin‐G1 OS=Homo sapiens GN=NTNG1 PE=1 SV=3  1.00  1.00 0.00 

ACL7A_HUMAN Actin‐like protein 7A OS=Homo sapiens GN=ACTL7A PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

GDPD5_HUMAN Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain‐ 1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 32: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

containing protein 5 OS=Homo sapiens GN=GDPD5 PE=2 SV=2 

HCN4_HUMAN Potassium/sodium hyperpolarization‐activated cyclic nucleotide‐gated channel 4 OS=Homo sapiens GN=HCN4 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PTHR_HUMAN Parathyroid hormone‐related protein OS=Homo sapiens GN=PTHLH PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

FRPD1_HUMAN FERM and PDZ domain‐containing protein 1 OS=Homo sapiens GN=FRMPD1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

ZFHX4_HUMAN Zinc finger homeobox protein 4 OS=Homo sapiens GN=ZFHX4 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

INT3_HUMAN Integrator complex subunit 3 OS=Homo sapiens GN=INTS3 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

NQO2_HUMAN Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone] OS=Homo sapiens GN=NQO2 PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

CI140_HUMAN Protein C9orf140 OS=Homo sapiens GN=C9orf140 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

AFG32_HUMAN AFG3‐like protein 2 OS=Homo sapiens GN=AFG3L2 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

SAM50_HUMAN Sorting and assembly machinery component 50 homolog OS=Homo sapiens GN=SAMM50 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

CPLX1_HUMAN Complexin‐1 OS=Homo sapiens GN=CPLX1 PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

PTX3_HUMAN Pentraxin‐related protein PTX3 OS=Homo sapiens GN=PTX3 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

DC1L2_HUMAN Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 OS=Homo sapiens GN=DYNC1LI2 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

TOP2A_HUMAN DNA topoisomerase 2‐alpha OS=Homo sapiens GN=TOP2A PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

RYR3_HUMAN Ryanodine receptor 3 OS=Homo sapiens GN=RYR3 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

KGP1_HUMAN cGMP‐dependent protein kinase 1 OS=Homo sapiens GN=PRKG1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

THAP2_HUMAN THAP domain‐containing protein 2 OS=Homo sapiens GN=THAP2 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CD5L_HUMAN CD5 antigen‐like OS=Homo sapiens GN=CD5L PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 33: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

RA1L3_HUMAN Putative heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1‐like 3 OS=Homo sapiens GN=HNRPA1L3 PE=5 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PDE4C_HUMAN cAMP‐specific 3',5'‐cyclic phosphodiesterase 4C OS=Homo sapiens GN=PDE4C PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

FBLN3_HUMAN EGF‐containing fibulin‐like extracellular matrix protein 1 OS=Homo sapiens GN=EFEMP1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ESTD_HUMAN S‐formylglutathione hydrolase OS=Homo sapiens GN=ESD PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

MBLC2_HUMAN Metallo‐beta‐lactamase domain‐containing protein 2 OS=Homo sapiens GN=MBLAC2 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

PEBP4_HUMAN Phosphatidylethanolamine‐binding protein 4 OS=Homo sapiens GN=PEBP4 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

S22AK_HUMAN Solute carrier family 22 member 20 OS=Homo sapiens GN=SLC22A20 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

SPDE3_HUMAN Speedy protein E3 OS=Homo sapiens GN=SPDYE3 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ASPP2_HUMAN Apoptosis‐stimulating of p53 protein 2 OS=Homo sapiens GN=TP53BP2 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ERBB4_HUMAN Receptor tyrosine‐protein kinase erbB‐4 OS=Homo sapiens GN=ERBB4 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

IF2B3_HUMAN Insulin‐like growth factor 2 mRNA‐binding protein 3 OS=Homo sapiens GN=IGF2BP3 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

HNRPL_HUMAN Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L OS=Homo sapiens GN=HNRNPL PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

FUS_HUMAN RNA‐binding protein FUS OS=Homo sapiens GN=FUS PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

VPP3_HUMAN V‐type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 3 OS=Homo sapiens GN=TCIRG1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

SETMR_HUMAN Histone‐lysine N‐methyltransferase SETMAR OS=Homo sapiens GN=SETMAR PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

FIL1L_HUMAN Filamin A‐interacting protein 1‐like OS=Homo sapiens GN=FILIP1L PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

JKIP3_HUMAN Janus kinase and microtubule‐interacting protein 3  1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 34: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

OS=Homo sapiens GN=JAKMIP3 PE=2 SV=2 

CD27_HUMAN CD27 antigen OS=Homo sapiens GN=CD27 PE=1 SV=2  1.00  1.00 0.00 

ANK3_HUMAN Ankyrin‐3 OS=Homo sapiens GN=ANK3 PE=1 SV=3  1.00  1.00 0.00 

CGT_HUMAN 2‐hydroxyacylsphingosine 1‐beta‐galactosyltransferase OS=Homo sapiens GN=UGT8 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

COHA1_HUMAN Collagen alpha‐1(XVII) chain OS=Homo sapiens GN=COL17A1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

ALDH2_HUMAN Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=ALDH2 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

DSPP_HUMAN Dentin sialophosphoprotein OS=Homo sapiens GN=DSPP PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

MUC2_HUMAN Mucin‐2 OS=Homo sapiens GN=MUC2 PE=1 SV=2  1.00  1.00 0.00 

CYFP2_HUMAN Cytoplasmic FMR1‐interacting protein 2 OS=Homo sapiens GN=CYFIP2 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

6PGD_HUMAN 6‐phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating OS=Homo sapiens GN=PGD PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

KLK5_HUMAN Kallikrein‐5 OS=Homo sapiens GN=KLK5 PE=1 SV=2  1.00  1.00 0.00 

SYBU_HUMAN Syntabulin OS=Homo sapiens GN=SYBU PE=1 SV=2  1.00  1.00 0.00 

CDHR5_HUMAN Cadherin‐related family member 5 OS=Homo sapiens GN=CDHR5 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

ACOX3_HUMAN Peroxisomal acyl‐coenzyme A oxidase 3 OS=Homo sapiens GN=ACOX3 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

LRRC7_HUMAN Leucine‐rich repeat‐containing protein 7 OS=Homo sapiens GN=LRRC7 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

DLG5_HUMAN Disks large homolog 5 OS=Homo sapiens GN=DLG5 PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

NMDE1_HUMAN Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon‐1 OS=Homo sapiens GN=GRIN2A PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

HEXA_HUMAN Beta‐hexosaminidase subunit alpha OS=Homo sapiens GN=HEXA PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

TFE3_HUMAN Transcription factor E3 OS=Homo sapiens GN=TFE3 PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

KLHL5_HUMAN Kelch‐like protein 5 OS=Homo sapiens GN=KLHL5 PE=2  1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 35: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

SV=3 

TM149_HUMAN Transmembrane protein 149 OS=Homo sapiens GN=TMEM149 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

TBX18_HUMAN T‐box transcription factor TBX18 OS=Homo sapiens GN=TBX18 PE=2 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

VIP2_HUMAN Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol‐pentakisphosphate kinase 2 OS=Homo sapiens GN=PPIP5K2 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

RB6I2_HUMAN ELKS/Rab6‐interacting/CAST family member 1 OS=Homo sapiens GN=ERC1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PKH4B_HUMAN Pleckstrin homology domain‐containing family G member 4B OS=Homo sapiens GN=PLEKHG4B PE=2 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

SNP47_HUMAN Synaptosomal‐associated protein 47 OS=Homo sapiens GN=SNAP47 PE=2 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

CN16B_HUMAN Uncharacterized protein C14orf166B OS=Homo sapiens GN=C14orf166B PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

MKS1_HUMAN Meckel syndrome type 1 protein OS=Homo sapiens GN=MKS1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

O52A1_HUMAN Olfactory receptor 52A1 OS=Homo sapiens GN=OR52A1 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

C163B_HUMAN Scavenger receptor cysteine‐rich type 1 protein M160 OS=Homo sapiens GN=CD163L1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

CEP72_HUMAN Centrosomal protein of 72 kDa OS=Homo sapiens GN=CEP72 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

NACC2_HUMAN Nucleus accumbens‐associated protein 2 OS=Homo sapiens GN=NACC2 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

BCAR3_HUMAN Breast cancer anti‐estrogen resistance protein 3 OS=Homo sapiens GN=BCAR3 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

GPC1_HUMAN Glypican‐1 OS=Homo sapiens GN=GPC1 PE=1 SV=2  1.00  1.00 0.00 

NDUS1_HUMAN NADH‐ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=NDUFS1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

SLK_HUMAN STE20‐like serine/threonine‐protein kinase OS=Homo sapiens GN=SLK PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

EHD4_HUMAN EH domain‐containing protein 4 OS=Homo sapiens  1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 36: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

GN=EHD4 PE=1 SV=1 

PPN_HUMAN Papilin OS=Homo sapiens GN=PAPLN PE=2 SV=4  1.00  1.00 0.00 

BIG1_HUMAN Brefeldin A‐inhibited guanine nucleotide‐exchange protein 1 OS=Homo sapiens GN=ARFGEF1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

CD180_HUMAN CD180 antigen OS=Homo sapiens GN=CD180 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

WFDC2_HUMAN WAP four‐disulfide core domain protein 2 OS=Homo sapiens GN=WFDC2 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

RM22_HUMAN 39S ribosomal protein L22, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=MRPL22 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

TSN8_HUMAN Tetraspanin‐8 OS=Homo sapiens GN=TSPAN8 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

KATL1_HUMAN Katanin p60 ATPase‐containing subunit A‐like 1 OS=Homo sapiens GN=KATNAL1 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

ZN879_HUMAN Zinc finger protein 879 OS=Homo sapiens GN=ZNF879 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

S39A4_HUMAN Zinc transporter ZIP4 OS=Homo sapiens GN=SLC39A4 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

DYH7_HUMAN Dynein heavy chain 7, axonemal OS=Homo sapiens GN=DNAH7 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

AL9A1_HUMAN 4‐trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase OS=Homo sapiens GN=ALDH9A1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

BBS1_HUMAN Bardet‐Biedl syndrome 1 protein OS=Homo sapiens GN=BBS1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

GSCR1_HUMAN Glioma tumor suppressor candidate region gene 1 protein OS=Homo sapiens GN=GLTSCR1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ARGAL_HUMAN Rho guanine nucleotide exchange factor 10‐like protein OS=Homo sapiens GN=ARHGEF10L PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

C11B2_HUMAN Cytochrome P450 11B2, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=CYP11B2 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

JKIP1_HUMAN Janus kinase and microtubule‐interacting protein 1 OS=Homo sapiens GN=JAKMIP1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

SOST_HUMAN Sclerostin OS=Homo sapiens GN=SOST PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 37: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

ARAP1_HUMAN Arf‐GAP with Rho‐GAP domain, ANK repeat and PH domain‐containing protein 1 OS=Homo sapiens GN=ARAP1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

FSHR_HUMAN Follicle‐stimulating hormone receptor OS=Homo sapiens GN=FSHR PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

CAC1G_HUMAN Voltage‐dependent T‐type calcium channel subunit alpha‐1G OS=Homo sapiens GN=CACNA1G PE=2 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

HUTH_HUMAN Histidine ammonia‐lyase OS=Homo sapiens GN=HAL PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

NU6M_HUMAN NADH‐ubiquinone oxidoreductase chain 6 OS=Homo sapiens GN=MT‐ND6 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

GGEE1_HUMAN G antigen family E member 1 OS=Homo sapiens GN=PAGE5 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

STIM1_HUMAN Stromal interaction molecule 1 OS=Homo sapiens GN=STIM1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

ZNF8_HUMAN Zinc finger protein 8 OS=Homo sapiens GN=ZNF8 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

BCS1_HUMAN Mitochondrial chaperone BCS1 OS=Homo sapiens GN=BCS1L PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PKHG3_HUMAN Pleckstrin homology domain‐containing family G member 3 OS=Homo sapiens GN=PLEKHG3 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

SORC2_HUMAN VPS10 domain‐containing receptor SorCS2 OS=Homo sapiens GN=SORCS2 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

AQR_HUMAN Intron‐binding protein aquarius OS=Homo sapiens GN=AQR PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

IF4G1_HUMAN Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1 OS=Homo sapiens GN=EIF4G1 PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

ZN704_HUMAN Zinc finger protein 704 OS=Homo sapiens GN=ZNF704 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

ERI3_HUMAN ERI1 exoribonuclease 3 OS=Homo sapiens GN=ERI3 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

RAB5A_HUMAN Ras‐related protein Rab‐5A OS=Homo sapiens GN=RAB5A PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

TGFR2_HUMAN TGF‐beta receptor type‐2 OS=Homo sapiens  1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 38: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

GN=TGFBR2 PE=1 SV=2 

NSF1C_HUMAN NSFL1 cofactor p47 OS=Homo sapiens GN=NSFL1C PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

K0649_HUMAN Protein KIAA0649 OS=Homo sapiens GN=KIAA0649 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CAH3_HUMAN Carbonic anhydrase 3 OS=Homo sapiens GN=CA3 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

THEG_HUMAN Testicular haploid expressed gene protein OS=Homo sapiens GN=THEG PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CO6_HUMAN Complement component C6 OS=Homo sapiens GN=C6 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

NAV3_HUMAN Neuron navigator 3 OS=Homo sapiens GN=NAV3 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

TEP1_HUMAN Telomerase protein component 1 OS=Homo sapiens GN=TEP1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

MVP_HUMAN Major vault protein OS=Homo sapiens GN=MVP PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

AP1M1_HUMAN AP‐1 complex subunit mu‐1 OS=Homo sapiens GN=AP1M1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

KCNQ4_HUMAN Potassium voltage‐gated channel subfamily KQT member 4 OS=Homo sapiens GN=KCNQ4 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

SNIP1_HUMAN Smad nuclear‐interacting protein 1 OS=Homo sapiens GN=SNIP1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CK5P1_HUMAN CDK5 regulatory subunit‐associated protein 1 OS=Homo sapiens GN=CDK5RAP1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

SP16H_HUMAN FACT complex subunit SPT16 OS=Homo sapiens GN=SUPT16H PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CAB39_HUMAN Calcium‐binding protein 39 OS=Homo sapiens GN=CAB39 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

RBM28_HUMAN RNA‐binding protein 28 OS=Homo sapiens GN=RBM28 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

ENTP1_HUMAN Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 OS=Homo sapiens GN=ENTPD1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 39: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

PLXA4_HUMAN Plexin‐A4 OS=Homo sapiens GN=PLXNA4 PE=1 SV=4  1.00  1.00 0.00 

SNPC1_HUMAN snRNA‐activating protein complex subunit 1 OS=Homo sapiens GN=SNAPC1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CCD18_HUMAN Coiled‐coil domain‐containing protein 18 OS=Homo sapiens GN=CCDC18 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PROF3_HUMAN Profilin‐3 OS=Homo sapiens GN=PFN3 PE=2 SV=1  1.00  1.00 0.00 

P66A_HUMAN Transcriptional repressor p66‐alpha OS=Homo sapiens GN=GATAD2A PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

MBP_HUMAN Myelin basic protein OS=Homo sapiens GN=MBP PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

PRDX5_HUMAN Peroxiredoxin‐5, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=PRDX5 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

HPS3_HUMAN Hermansky‐Pudlak syndrome 3 protein OS=Homo sapiens GN=HPS3 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CA106_HUMAN Uncharacterized protein C1orf106 OS=Homo sapiens GN=C1orf106 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

TOR3A_HUMAN Torsin‐3A OS=Homo sapiens GN=TOR3A PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

DAPK3_HUMAN Death‐associated protein kinase 3 OS=Homo sapiens GN=DAPK3 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

AGAP2_HUMAN Arf‐GAP with GTPase, ANK repeat and PH domain‐containing protein 2 OS=Homo sapiens GN=AGAP2 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

RARG_HUMAN Retinoic acid receptor gamma OS=Homo sapiens GN=RARG PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

ZN592_HUMAN Zinc finger protein 592 OS=Homo sapiens GN=ZNF592 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

OLM2B_HUMAN Olfactomedin‐like protein 2B OS=Homo sapiens GN=OLFML2B PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

GPR12_HUMAN G‐protein coupled receptor 12 OS=Homo sapiens GN=GPR12 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

SE6L2_HUMAN Seizure 6‐like protein 2 OS=Homo sapiens GN=SEZ6L2 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CTCFL_HUMAN Transcriptional repressor CTCFL OS=Homo sapiens GN=CTCFL PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 40: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

AATM_HUMAN Aspartate aminotransferase, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=GOT2 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

TRAD1_HUMAN TRAF‐type zinc finger domain‐containing protein 1 OS=Homo sapiens GN=TRAFD1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

MIA3_HUMAN Melanoma inhibitory activity protein 3 OS=Homo sapiens GN=MIA3 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

MILK1_HUMAN MICAL‐like protein 1 OS=Homo sapiens GN=MICALL1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

SCAP_HUMAN Sterol regulatory element‐binding protein cleavage‐activating protein OS=Homo sapiens GN=SCAP PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

DAF_HUMAN Complement decay‐accelerating factor OS=Homo sapiens GN=CD55 PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

NCOR1_HUMAN Nuclear receptor corepressor 1 OS=Homo sapiens GN=NCOR1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

FABPH_HUMAN Fatty acid‐binding protein, heart OS=Homo sapiens GN=FABP3 PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

RAB20_HUMAN Ras‐related protein Rab‐20 OS=Homo sapiens GN=RAB20 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

ST2B1_HUMAN Sulfotransferase family cytosolic 2B member 1 OS=Homo sapiens GN=SULT2B1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

PAR3L_HUMAN Partitioning defective 3 homolog B OS=Homo sapiens GN=PARD3B PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

SAM9L_HUMAN Sterile alpha motif domain‐containing protein 9‐like OS=Homo sapiens GN=SAMD9L PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

VSIG8_HUMAN V‐set and immunoglobulin domain‐containing protein 8 OS=Homo sapiens GN=VSIG8 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

MK15_HUMAN Mitogen‐activated protein kinase 15 OS=Homo sapiens GN=MAPK15 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

LV001_HUMAN Ig lambda chain V region 4A OS=Homo sapiens PE=4 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CAH4_HUMAN Carbonic anhydrase 4 OS=Homo sapiens GN=CA4 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ZN732_HUMAN Zinc finger protein 732 OS=Homo sapiens GN=ZNF732  1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 41: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

PE=2 SV=1 

NPHP3_HUMAN Nephrocystin‐3 OS=Homo sapiens GN=NPHP3 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

HACL1_HUMAN 2‐hydroxyacyl‐CoA lyase 1 OS=Homo sapiens GN=HACL1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

PDCD1_HUMAN Programmed cell death protein 1 OS=Homo sapiens GN=PDCD1 PE=2 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

SYCC_HUMAN Cysteinyl‐tRNA synthetase, cytoplasmic OS=Homo sapiens GN=CARS PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

VATL_HUMAN V‐type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit OS=Homo sapiens GN=ATP6V0C PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CDD_HUMAN Cytidine deaminase OS=Homo sapiens GN=CDA PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

CEAM7_HUMAN Carcinoembryonic antigen‐related cell adhesion molecule 7 OS=Homo sapiens GN=CEACAM7 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

LRC28_HUMAN Leucine‐rich repeat‐containing protein 28 OS=Homo sapiens GN=LRRC28 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

DUS10_HUMAN Dual specificity protein phosphatase 10 OS=Homo sapiens GN=DUSP10 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PYGM_HUMAN Glycogen phosphorylase, muscle form OS=Homo sapiens GN=PYGM PE=1 SV=6 

1.00  1.00 0.00 

PLAG1_HUMAN Zinc finger protein PLAG1 OS=Homo sapiens GN=PLAG1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PROD_HUMAN Proline dehydrogenase, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=PRODH PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

SKA3_HUMAN Spindle and kinetochore‐associated protein 3 OS=Homo sapiens GN=SKA3 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

PPE2_HUMAN Serine/threonine‐protein phosphatase with EF‐hands 2 OS=Homo sapiens GN=PPEF2 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

IRF6_HUMAN Interferon regulatory factor 6 OS=Homo sapiens GN=IRF6 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

KIF5C_HUMAN Kinesin heavy chain isoform 5C OS=Homo sapiens GN=KIF5C PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 42: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

RALA_HUMAN Ras‐related protein Ral‐A OS=Homo sapiens GN=RALA PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CHD2_HUMAN Chromodomain‐helicase‐DNA‐binding protein 2 OS=Homo sapiens GN=CHD2 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

LMO7_HUMAN LIM domain only protein 7 OS=Homo sapiens GN=LMO7 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

TBCE_HUMAN Tubulin‐specific chaperone E OS=Homo sapiens GN=TBCE PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

AGAL_HUMAN Alpha‐galactosidase A OS=Homo sapiens GN=GLA PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CT007_HUMAN Probable methyltransferase C20orf7, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=C20orf7 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

COBA2_HUMAN Collagen alpha‐2(XI) chain OS=Homo sapiens GN=COL11A2 PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

TNR12_HUMAN Tumor necrosis factor receptor superfamily member 12A OS=Homo sapiens GN=TNFRSF12A PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

SEM3F_HUMAN Semaphorin‐3F OS=Homo sapiens GN=SEMA3F PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

SMCA4_HUMAN Transcription activator BRG1 OS=Homo sapiens GN=SMARCA4 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

FKS43_HUMAN Putative FERM domain‐containing protein FKSG43 OS=Homo sapiens GN=FKSG43 PE=5 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

XKR9_HUMAN XK‐related protein 9 OS=Homo sapiens GN=XKR9 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

SNW1_HUMAN SNW domain‐containing protein 1 OS=Homo sapiens GN=SNW1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CANT1_HUMAN Soluble calcium‐activated nucleotidase 1 OS=Homo sapiens GN=CANT1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

ZN33A_HUMAN Zinc finger protein 33A OS=Homo sapiens GN=ZNF33A PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

CAN7_HUMAN Calpain‐7 OS=Homo sapiens GN=CAPN7 PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

GRSF1_HUMAN G‐rich sequence factor 1 OS=Homo sapiens GN=GRSF1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 43: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

AKAP3_HUMAN A‐kinase anchor protein 3 OS=Homo sapiens GN=AKAP3 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ASXL2_HUMAN Putative Polycomb group protein ASXL2 OS=Homo sapiens GN=ASXL2 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

MD2L2_HUMAN Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B OS=Homo sapiens GN=MAD2L2 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

TCOF_HUMAN Treacle protein OS=Homo sapiens GN=TCOF1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

DRG1_HUMAN Developmentally‐regulated GTP‐binding protein 1 OS=Homo sapiens GN=DRG1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

STK10_HUMAN Serine/threonine‐protein kinase 10 OS=Homo sapiens GN=STK10 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PYGB_HUMAN Glycogen phosphorylase, brain form OS=Homo sapiens GN=PYGB PE=1 SV=5 

1.00  1.00 0.00 

RPC2_HUMAN DNA‐directed RNA polymerase III subunit RPC2 OS=Homo sapiens GN=POLR3B PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

IL2RA_HUMAN Interleukin‐2 receptor subunit alpha OS=Homo sapiens GN=IL2RA PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

PKHG5_HUMAN Pleckstrin homology domain‐containing family G member 5 OS=Homo sapiens GN=PLEKHG5 PE=2 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

FTHFD_HUMAN 10‐formyltetrahydrofolate dehydrogenase OS=Homo sapiens GN=ALDH1L1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

DCA15_HUMAN DDB1‐ and CUL4‐associated factor 15 OS=Homo sapiens GN=DCAF15 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

SPG17_HUMAN Sperm‐associated antigen 17 OS=Homo sapiens GN=SPAG17 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

IPMK_HUMAN Inositol polyphosphate multikinase OS=Homo sapiens GN=IPMK PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

FA83C_HUMAN Protein FAM83C OS=Homo sapiens GN=FAM83C PE=2 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

CS054_HUMAN UPF0692 protein C19orf54 OS=Homo sapiens GN=C19orf54 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

HYDIN_HUMAN Hydrocephalus‐inducing protein homolog OS=Homo  1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 44: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

sapiens GN=HYDIN PE=1 SV=2 

GP156_HUMAN Probable G‐protein coupled receptor 156 OS=Homo sapiens GN=GPR156 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ASSY_HUMAN Argininosuccinate synthase OS=Homo sapiens GN=ASS1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

RPTN_HUMAN Repetin OS=Homo sapiens GN=RPTN PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

UBP33_HUMAN Ubiquitin carboxyl‐terminal hydrolase 33 OS=Homo sapiens GN=USP33 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

F123C_HUMAN Protein FAM123C OS=Homo sapiens GN=FAM123C PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

IRX3_HUMAN Iroquois‐class homeodomain protein IRX‐3 OS=Homo sapiens GN=IRX3 PE=2 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

CAH1_HUMAN Carbonic anhydrase 1 OS=Homo sapiens GN=CA1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

TTP_HUMAN Tristetraprolin OS=Homo sapiens GN=ZFP36 PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

MRF_HUMAN Myelin gene regulatory factor OS=Homo sapiens GN=MRF PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

DHB1_HUMAN Estradiol 17‐beta‐dehydrogenase 1 OS=Homo sapiens GN=HSD17B1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

MLL3_HUMAN Histone‐lysine N‐methyltransferase MLL3 OS=Homo sapiens GN=MLL3 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

ACS2B_HUMAN Acyl‐coenzyme A synthetase ACSM2B, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=ACSM2B PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

JAM3_HUMAN Junctional adhesion molecule C OS=Homo sapiens GN=JAM3 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

WDR92_HUMAN WD repeat‐containing protein 92 OS=Homo sapiens GN=WDR92 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

LDB1_HUMAN LIM domain‐binding protein 1 OS=Homo sapiens GN=LDB1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ATR_HUMAN Serine/threonine‐protein kinase ATR OS=Homo sapiens GN=ATR PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

IBTK_HUMAN Inhibitor of Bruton tyrosine kinase OS=Homo sapiens GN=IBTK PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 45: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

FA10_HUMAN Coagulation factor X OS=Homo sapiens GN=F10 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

VPS41_HUMAN Vacuolar protein sorting‐associated protein 41 homolog OS=Homo sapiens GN=VPS41 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

ACE2_HUMAN Angiotensin‐converting enzyme 2 OS=Homo sapiens GN=ACE2 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ANO5_HUMAN Anoctamin‐5 OS=Homo sapiens GN=ANO5 PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

SFR16_HUMAN Splicing factor, arginine/serine‐rich 16 OS=Homo sapiens GN=SFRS16 PE=1 SV=4 

1.00  1.00 0.00 

EFGM_HUMAN Elongation factor G, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=GFM1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

CNGB1_HUMAN Cyclic nucleotide‐gated cation channel beta‐1 OS=Homo sapiens GN=CNGB1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

RB12B_HUMAN RNA‐binding protein 12B OS=Homo sapiens GN=RBM12B PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

PK3C3_HUMAN Phosphatidylinositol 3‐kinase catalytic subunit type 3 OS=Homo sapiens GN=PIK3C3 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

EMAL6_HUMAN Echinoderm microtubule‐associated protein‐like 6 OS=Homo sapiens GN=EML6 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

PTTG_HUMAN Pituitary tumor‐transforming gene 1 protein‐interacting protein OS=Homo sapiens GN=PTTG1IP PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

DDR1_HUMAN Epithelial discoidin domain‐containing receptor 1 OS=Homo sapiens GN=DDR1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

DPP2_HUMAN Dipeptidyl peptidase 2 OS=Homo sapiens GN=DPP7 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

SAP_HUMAN Proactivator polypeptide OS=Homo sapiens GN=PSAP PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

LY6D_HUMAN Lymphocyte antigen 6D OS=Homo sapiens GN=LY6D PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

A4_HUMAN Amyloid beta A4 protein OS=Homo sapiens GN=APP PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

GLU2B_HUMAN Glucosidase 2 subunit beta OS=Homo sapiens GN=PRKCSH PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 46: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

ZBT46_HUMAN Zinc finger and BTB domain‐containing protein 46 OS=Homo sapiens GN=ZBTB46 PE=2 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ICAM1_HUMAN Intercellular adhesion molecule 1 OS=Homo sapiens GN=ICAM1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

BGLR_HUMAN Beta‐glucuronidase OS=Homo sapiens GN=GUSB PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

GALM_HUMAN Aldose 1‐epimerase OS=Homo sapiens GN=GALM PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

LYVE1_HUMAN Lymphatic vessel endothelial hyaluronic acid receptor 1 OS=Homo sapiens GN=LYVE1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

CLC4G_HUMAN C‐type lectin domain family 4 member G OS=Homo sapiens GN=CLEC4G PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

NCAN_HUMAN Neurocan core protein OS=Homo sapiens GN=NCAN PE=2 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

FA59A_HUMAN Protein FAM59A OS=Homo sapiens GN=FAM59A PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

TRBM_HUMAN Thrombomodulin OS=Homo sapiens GN=THBD PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

PRAX_HUMAN Periaxin OS=Homo sapiens GN=PRX PE=1 SV=1  1.00  1.00 0.00 

ANTR1_HUMAN Anthrax toxin receptor 1 OS=Homo sapiens GN=ANTXR1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ZN638_HUMAN Zinc finger protein 638 OS=Homo sapiens GN=ZNF638 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

ASGR2_HUMAN Asialoglycoprotein receptor 2 OS=Homo sapiens GN=ASGR2 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

F193A_HUMAN Protein FAM193A OS=Homo sapiens GN=FAM193A PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

KI2S1_HUMAN Killer cell immunoglobulin‐like receptor 2DS1 OS=Homo sapiens GN=KIR2DS1 PE=2 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CQ037_HUMAN Protein C17orf37 OS=Homo sapiens GN=C17orf37 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

CIR1_HUMAN Corepressor interacting with RBPJ 1 OS=Homo sapiens GN=CIR1 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 47: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

FGFR2_HUMAN Fibroblast growth factor receptor 2 OS=Homo sapiens GN=FGFR2 PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

TCRG1_HUMAN Transcription elongation regulator 1 OS=Homo sapiens GN=TCERG1 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

HV310_HUMAN Ig heavy chain V‐III region HIL OS=Homo sapiens PE=1 SV=1 

1.00  1.00 0.00 

AATC_HUMAN Aspartate aminotransferase, cytoplasmic OS=Homo sapiens GN=GOT1 PE=1 SV=3 

1.00  1.00 0.00 

PLBL2_HUMAN Putative phospholipase B‐like 2 OS=Homo sapiens GN=PLBD2 PE=1 SV=2 

1.00  1.00 0.00 

FCGBP_HUMAN IgGFc‐binding protein OS=Homo sapiens GN=FCGBP PE=1 SV=3 

2.00  2.00 0.00 

RETN_HUMAN Resistin OS=Homo sapiens GN=RETN PE=2 SV=1  2.00  2.00 0.00 

MYL6_HUMAN Myosin light polypeptide 6 OS=Homo sapiens GN=MYL6 PE=1 SV=2 

3.00  3.00 0.00 

SZT2_HUMAN Protein SZT2 OS=Homo sapiens GN=SZT2 PE=2 SV=3  3.00  3.00 0.00 

G3P_HUMAN Glyceraldehyde‐3‐phosphate dehydrogenase OS=Homo sapiens GN=GAPDH PE=1 SV=3 

3.00  3.00 0.00 

CUBN_HUMAN Cubilin OS=Homo sapiens GN=CUBN PE=1 SV=5  0.11  0.11 0.00 

EPCR_HUMAN Endothelial protein C receptor OS=Homo sapiens GN=PROCR PE=1 SV=1 

0.69  0.67 0.02 

BTD_HUMAN Biotinidase OS=Homo sapiens GN=BTD PE=1 SV=2  0.13  0.10 0.03 

BGAL_HUMAN Beta‐galactosidase OS=Homo sapiens GN=GLB1 PE=1 SV=2 

0.20  0.17 0.03 

PVRL4_HUMAN Poliovirus receptor‐related protein 4 OS=Homo sapiens GN=PVRL4 PE=1 SV=1 

0.17  0.13 0.04 

A1BG_HUMAN Alpha‐1B‐glycoprotein OS=Homo sapiens GN=A1BG PE=1 SV=3 

1.62  1.57 0.04 

ANAG_HUMAN Alpha‐N‐acetylglucosaminidase OS=Homo sapiens GN=NAGLU PE=1 SV=1 

0.10  0.02 0.07 

BCAM_HUMAN Basal cell adhesion molecule OS=Homo sapiens GN=BCAM PE=1 SV=2 

0.14  0.07 0.08 

MEGF8_HUMAN Multiple epidermal growth factor‐like domains  0.20  0.11 0.09 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 48: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

protein 8 OS=Homo sapiens GN=MEGF8 PE=1 SV=2 

CATD_HUMAN Cathepsin D OS=Homo sapiens GN=CTSD PE=1 SV=1  0.20  0.11 0.09 

A2MG_HUMAN Alpha‐2‐macroglobulin OS=Homo sapiens GN=A2M PE=1 SV=3 

22.27  22.18 0.09 

TENA_HUMAN Tenascin OS=Homo sapiens GN=TNC PE=1 SV=3  0.69  0.59 0.10 

ROBO4_HUMAN Roundabout homolog 4 OS=Homo sapiens GN=ROBO4 PE=1 SV=1 

0.24  0.13 0.11 

MUC1_HUMAN Mucin‐1 OS=Homo sapiens GN=MUC1 PE=1 SV=3  0.45  0.34 0.11 

CO6A1_HUMAN Collagen alpha‐1(VI) chain OS=Homo sapiens GN=COL6A1 PE=1 SV=3 

0.17  0.04 0.13 

S12A1_HUMAN Solute carrier family 12 member 1 OS=Homo sapiens GN=SLC12A1 PE=1 SV=2 

0.33  0.20 0.13 

FINC_HUMAN Fibronectin OS=Homo sapiens GN=FN1 PE=1 SV=4  0.85  0.71 0.14 

PEPA_HUMAN Pepsin A OS=Homo sapiens GN=PGA3 PE=1 SV=1  0.33  0.18 0.15 

PTGDS_HUMAN Prostaglandin‐H2 D‐isomerase OS=Homo sapiens GN=PTGDS PE=1 SV=1 

0.86  0.71 0.16 

TGM3_HUMAN Protein‐glutamine gamma‐glutamyltransferase E OS=Homo sapiens GN=TGM3 PE=1 SV=4 

0.50  0.34 0.16 

CD14_HUMAN Monocyte differentiation antigen CD14 OS=Homo sapiens GN=CD14 PE=1 SV=2 

0.25  0.09 0.16 

RNAS2_HUMAN Non‐secretory ribonuclease OS=Homo sapiens GN=RNASE2 PE=1 SV=2 

0.44  0.28 0.16 

SLAF5_HUMAN SLAM family member 5 OS=Homo sapiens GN=CD84 PE=1 SV=1 

0.67  0.50 0.17 

ROR2_HUMAN Tyrosine‐protein kinase transmembrane receptor ROR2 OS=Homo sapiens GN=ROR2 PE=1 SV=2 

0.67  0.50 0.17 

FAM3C_HUMAN Protein FAM3C OS=Homo sapiens GN=FAM3C PE=1 SV=1 

0.50  0.33 0.17 

APOA4_HUMAN Apolipoprotein A‐IV OS=Homo sapiens GN=APOA4 PE=1 SV=3 

0.50  0.33 0.17 

CATZ_HUMAN Cathepsin Z OS=Homo sapiens GN=CTSZ PE=1 SV=1  0.50  0.33 0.17 

IPO8_HUMAN Importin‐8 OS=Homo sapiens GN=IPO8 PE=1 SV=2  0.50  0.33 0.17 

SPHM_HUMAN N‐sulphoglucosamine sulphohydrolase OS=Homo  0.50  0.33 0.17 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 49: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

sapiens GN=SGSH PE=1 SV=1 

FABPL_HUMAN Fatty acid‐binding protein, liver OS=Homo sapiens GN=FABP1 PE=1 SV=1 

0.50  0.33 0.17 

CAH2_HUMAN Carbonic anhydrase 2 OS=Homo sapiens GN=CA2 PE=1 SV=2 

0.25  0.07 0.18 

F16P1_HUMAN Fructose‐1,6‐bisphosphatase 1 OS=Homo sapiens GN=FBP1 PE=1 SV=5 

0.33  0.14 0.19 

ICOSL_HUMAN ICOS ligand OS=Homo sapiens GN=ICOSLG PE=1 SV=2  0.44  0.25 0.19 

CD44_HUMAN CD44 antigen OS=Homo sapiens GN=CD44 PE=1 SV=3  0.62  0.41 0.21 

IBP7_HUMAN Insulin‐like growth factor‐binding protein 7 OS=Homo sapiens GN=IGFBP7 PE=1 SV=1 

0.53  0.31 0.22 

SDC1_HUMAN Syndecan‐1 OS=Homo sapiens GN=SDC1 PE=1 SV=3  0.33  0.11 0.22 

APOD_HUMAN Apolipoprotein D OS=Homo sapiens GN=APOD PE=1 SV=1 

1.00  0.78 0.22 

SPB4_HUMAN Serpin B4 OS=Homo sapiens GN=SERPINB4 PE=1 SV=2  3.50  3.28 0.22 

SCG1_HUMAN Secretogranin‐1 OS=Homo sapiens GN=CHGB PE=1 SV=2 

0.57  0.33 0.24 

OPCM_HUMAN Opioid‐binding protein/cell adhesion molecule OS=Homo sapiens GN=OPCML PE=1 SV=1 

0.33  0.09 0.24 

MA1A1_HUMAN Mannosyl‐oligosaccharide 1,2‐alpha‐mannosidase IA OS=Homo sapiens GN=MAN1A1 PE=1 SV=3 

0.33  0.09 0.24 

NHLC3_HUMAN NHL repeat‐containing protein 3 OS=Homo sapiens GN=NHLRC3 PE=2 SV=1 

0.50  0.25 0.25 

FETUA_HUMAN Alpha‐2‐HS‐glycoprotein OS=Homo sapiens GN=AHSG PE=1 SV=1 

1.00  0.75 0.25 

NPC2_HUMAN Epididymal secretory protein E1 OS=Homo sapiens GN=NPC2 PE=1 SV=1 

1.00  0.75 0.25 

PPAP_HUMAN Prostatic acid phosphatase OS=Homo sapiens GN=ACPP PE=1 SV=3 

0.45  0.20 0.25 

BT2A2_HUMAN Butyrophilin subfamily 2 member A2 OS=Homo sapiens GN=BTN2A2 PE=2 SV=2 

0.82  0.55 0.28 

K2C5_HUMAN Keratin, type II cytoskeletal 5 OS=Homo sapiens GN=KRT5 PE=1 SV=3 

0.79  0.51 0.28 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 50: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

PPAL_HUMAN Lysosomal acid phosphatase OS=Homo sapiens GN=ACP2 PE=1 SV=3 

0.38  0.09 0.28 

FILA_HUMAN Filaggrin OS=Homo sapiens GN=FLG PE=1 SV=3  0.44  0.14 0.30 

DIAC_HUMAN Di‐N‐acetylchitobiase OS=Homo sapiens GN=CTBS PE=1 SV=1 

0.50  0.20 0.30 

B2MG_HUMAN Beta‐2‐microglobulin OS=Homo sapiens GN=B2M PE=1 SV=1 

0.58  0.25 0.33 

FBN1_HUMAN Fibrillin‐1 OS=Homo sapiens GN=FBN1 PE=1 SV=3  1.33  1.00 0.33 

PRSS8_HUMAN Prostasin OS=Homo sapiens GN=PRSS8 PE=1 SV=1  0.50  0.17 0.33 

EZRI_HUMAN Ezrin OS=Homo sapiens GN=EZR PE=1 SV=4  0.50  0.17 0.33 

PSCA_HUMAN Prostate stem cell antigen OS=Homo sapiens GN=PSCA PE=1 SV=1 

1.00  0.67 0.33 

LAIR1_HUMAN Leukocyte‐associated immunoglobulin‐like receptor 1 OS=Homo sapiens GN=LAIR1 PE=1 SV=1 

1.07  0.74 0.33 

AMBP_HUMAN Protein AMBP OS=Homo sapiens GN=AMBP PE=1 SV=1  0.95  0.60 0.36 

GPX3_HUMAN Glutathione peroxidase 3 OS=Homo sapiens GN=GPX3 PE=1 SV=2 

0.50  0.14 0.36 

KNG1_HUMAN Kininogen‐1 OS=Homo sapiens GN=KNG1 PE=1 SV=2  0.59  0.22 0.37 

SHPS1_HUMAN Tyrosine‐protein phosphatase non‐receptor type substrate 1 OS=Homo sapiens GN=SIRPA PE=1 SV=1 

1.00  0.63 0.38 

K2C6B_HUMAN Keratin, type II cytoskeletal 6B OS=Homo sapiens GN=KRT6B PE=1 SV=5 

1.00  0.62 0.38 

CAD13_HUMAN Cadherin‐13 OS=Homo sapiens GN=CDH13 PE=1 SV=1  1.08  0.69 0.39 

ARSA_HUMAN Arylsulfatase A OS=Homo sapiens GN=ARSA PE=1 SV=3  0.52  0.11 0.42 

CSPG4_HUMAN Chondroitin sulfate proteoglycan 4 OS=Homo sapiens GN=CSPG4 PE=1 SV=2 

0.48  0.06 0.42 

IC1_HUMAN Plasma protease C1 inhibitor OS=Homo sapiens GN=SERPING1 PE=1 SV=2 

1.36  0.94 0.42 

ALDR_HUMAN Aldose reductase OS=Homo sapiens GN=AKR1B1 PE=1 SV=3 

0.50  0.07 0.43 

SIRBL_HUMAN Signal‐regulatory protein beta‐1 isoform 3 OS=Homo sapiens GN=SIRPB1 PE=1 SV=1 

1.00  0.56 0.44 

KLK1_HUMAN Kallikrein‐1 OS=Homo sapiens GN=KLK1 PE=1 SV=2  1.07  0.59 0.48 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 51: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

PCDGK_HUMAN Protocadherin gamma‐C3 OS=Homo sapiens GN=PCDHGC3 PE=1 SV=1 

1.00  0.50 0.50 

SPIT2_HUMAN Kunitz‐type protease inhibitor 2 OS=Homo sapiens GN=SPINT2 PE=1 SV=2 

1.00  0.50 0.50 

DERM_HUMAN Dermatopontin OS=Homo sapiens GN=DPT PE=2 SV=2  1.00  0.50 0.50 

VCAM1_HUMAN Vascular cell adhesion protein 1 OS=Homo sapiens GN=VCAM1 PE=1 SV=1 

1.00  0.50 0.50 

COCH_HUMAN Cochlin OS=Homo sapiens GN=COCH PE=1 SV=1  1.00  0.50 0.50 

CEL2A_HUMAN Chymotrypsin‐like elastase family member 2A OS=Homo sapiens GN=CELA2A PE=1 SV=1 

1.00  0.50 0.50 

PARK7_HUMAN Protein DJ‐1 OS=Homo sapiens GN=PARK7 PE=1 SV=2  1.00  0.50 0.50 

DSC3_HUMAN Desmocollin‐3 OS=Homo sapiens GN=DSC3 PE=1 SV=3  1.00  0.50 0.50 

CADM1_HUMAN Cell adhesion molecule 1 OS=Homo sapiens GN=CADM1 PE=1 SV=2 

1.00  0.50 0.50 

B3GN1_HUMAN N‐acetyllactosaminide beta‐1,3‐N‐acetylglucosaminyltransferase OS=Homo sapiens GN=B3GNT1 PE=1 SV=1 

1.00  0.50 0.50 

ACPH_HUMAN Acylamino‐acid‐releasing enzyme OS=Homo sapiens GN=APEH PE=1 SV=4 

1.00  0.50 0.50 

CBPE_HUMAN Carboxypeptidase E OS=Homo sapiens GN=CPE PE=1 SV=1 

1.00  0.50 0.50 

PLBL1_HUMAN Putative phospholipase B‐like 1 OS=Homo sapiens GN=PLBD1 PE=1 SV=2 

1.00  0.50 0.50 

PCSK1_HUMAN ProSAAS OS=Homo sapiens GN=PCSK1N PE=1 SV=1  1.00  0.50 0.50 

S26A4_HUMAN Pendrin OS=Homo sapiens GN=SLC26A4 PE=1 SV=1  1.00  0.50 0.50 

F151A_HUMAN Protein FAM151A OS=Homo sapiens GN=FAM151A PE=2 SV=2 

1.00  0.50 0.50 

MDR1_HUMAN Multidrug resistance protein 1 OS=Homo sapiens GN=ABCB1 PE=1 SV=3 

1.00  0.50 0.50 

SPIT1_HUMAN Kunitz‐type protease inhibitor 1 OS=Homo sapiens GN=SPINT1 PE=1 SV=2 

1.00  0.50 0.50 

RNAS1_HUMAN Ribonuclease pancreatic OS=Homo sapiens GN=RNASE1 PE=1 SV=4 

1.00  0.50 0.50 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 52: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

GP180_HUMAN Integral membrane protein GPR180 OS=Homo sapiens GN=GPR180 PE=2 SV=1 

1.00  0.50 0.50 

CGAT1_HUMAN Chondroitin sulfate N‐acetylgalactosaminyltransferase 1 OS=Homo sapiens GN=CSGALNACT1 PE=1 SV=2 

1.00  0.50 0.50 

ADSV_HUMAN Adseverin OS=Homo sapiens GN=SCIN PE=1 SV=4  1.00  0.50 0.50 

S10A6_HUMAN Protein S100‐A6 OS=Homo sapiens GN=S100A6 PE=1 SV=1 

1.00  0.50 0.50 

AUGN_HUMAN Augurin OS=Homo sapiens GN=C2orf40 PE=1 SV=1  1.00  0.50 0.50 

DCNL3_HUMAN DCN1‐like protein 3 OS=Homo sapiens GN=DCUN1D3 PE=2 SV=1 

1.00  0.50 0.50 

FUMH_HUMAN Fumarate hydratase, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=FH PE=1 SV=3 

1.00  0.50 0.50 

ZNF77_HUMAN Zinc finger protein 77 OS=Homo sapiens GN=ZNF77 PE=2 SV=2 

1.00  0.50 0.50 

PP14C_HUMAN Protein phosphatase 1 regulatory subunit 14C OS=Homo sapiens GN=PPP1R14C PE=1 SV=3 

1.00  0.50 0.50 

ISLR_HUMAN Immunoglobulin superfamily containing leucine‐rich repeat protein OS=Homo sapiens GN=ISLR PE=1 SV=1 

1.00  0.50 0.50 

GALNS_HUMAN N‐acetylgalactosamine‐6‐sulfatase OS=Homo sapiens GN=GALNS PE=1 SV=1 

1.00  0.50 0.50 

GGT6_HUMAN Gamma‐glutamyltransferase 6 OS=Homo sapiens GN=GGT6 PE=2 SV=2 

1.00  0.50 0.50 

SBP1_HUMAN Selenium‐binding protein 1 OS=Homo sapiens GN=SELENBP1 PE=1 SV=2 

1.00  0.50 0.50 

CSF1_HUMAN Macrophage colony‐stimulating factor 1 OS=Homo sapiens GN=CSF1 PE=1 SV=2 

1.00  0.50 0.50 

CAD15_HUMAN Cadherin‐15 OS=Homo sapiens GN=CDH15 PE=1 SV=1  1.50  1.00 0.50 

CNTFR_HUMAN Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha OS=Homo sapiens GN=CNTFR PE=1 SV=2 

0.71  0.20 0.51 

IPSP_HUMAN Plasma serine protease inhibitor OS=Homo sapiens GN=SERPINA5 PE=1 SV=2 

0.87  0.35 0.52 

PGK1_HUMAN Phosphoglycerate kinase 1 OS=Homo sapiens GN=PGK1 PE=1 SV=3 

0.67  0.14 0.52 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 53: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

C1RL_HUMAN Complement C1r subcomponent‐like protein OS=Homo sapiens GN=C1RL PE=1 SV=2 

0.69  0.17 0.53 

FIBA_HUMAN Fibrinogen alpha chain OS=Homo sapiens GN=FGA PE=1 SV=2 

1.44  0.92 0.53 

UROM_HUMAN Uromodulin OS=Homo sapiens GN=UMOD PE=1 SV=1  1.06  0.53 0.53 

MXRA8_HUMAN Matrix‐remodeling‐associated protein 8 OS=Homo sapiens GN=MXRA8 PE=1 SV=1 

0.86  0.33 0.53 

ZA2G_HUMAN Zinc‐alpha‐2‐glycoprotein OS=Homo sapiens GN=AZGP1 PE=1 SV=2 

1.31  0.77 0.54 

MASP2_HUMAN Mannan‐binding lectin serine protease 2 OS=Homo sapiens GN=MASP2 PE=1 SV=3 

0.74  0.18 0.56 

NID1_HUMAN Nidogen‐1 OS=Homo sapiens GN=NID1 PE=1 SV=3  0.94  0.38 0.56 

DNAS1_HUMAN Deoxyribonuclease‐1 OS=Homo sapiens GN=DNASE1 PE=1 SV=1 

0.92  0.35 0.57 

PIP_HUMAN Prolactin‐inducible protein OS=Homo sapiens GN=PIP PE=1 SV=1 

1.00  0.43 0.57 

DPP4_HUMAN Dipeptidyl peptidase 4 OS=Homo sapiens GN=DPP4 PE=1 SV=2 

0.68  0.11 0.57 

A1AG2_HUMAN Alpha‐1‐acid glycoprotein 2 OS=Homo sapiens GN=ORM2 PE=1 SV=2 

1.85  1.27 0.57 

REG1A_HUMAN Lithostathine‐1‐alpha OS=Homo sapiens GN=REG1A PE=1 SV=3 

1.00  0.40 0.60 

OSTP_HUMAN Osteopontin OS=Homo sapiens GN=SPP1 PE=1 SV=1  1.14  0.53 0.62 

IGHG2_HUMAN Ig gamma‐2 chain C region OS=Homo sapiens GN=IGHG2 PE=1 SV=2 

1.48  0.86 0.62 

PODXL_HUMAN Podocalyxin OS=Homo sapiens GN=PODXL PE=1 SV=2  1.13  0.50 0.63 

CD59_HUMAN CD59 glycoprotein OS=Homo sapiens GN=CD59 PE=1 SV=1 

0.81  0.18 0.63 

DSG1_HUMAN Desmoglein‐1 OS=Homo sapiens GN=DSG1 PE=1 SV=2  1.00  0.37 0.63 

CAD11_HUMAN Cadherin‐11 OS=Homo sapiens GN=CDH11 PE=1 SV=2  0.88  0.24 0.64 

ARGI1_HUMAN Arginase‐1 OS=Homo sapiens GN=ARG1 PE=1 SV=2  2.00  1.35 0.65 

SPB3_HUMAN Serpin B3 OS=Homo sapiens GN=SERPINB3 PE=1 SV=2  2.82  2.17 0.65 

CADM4_HUMAN Cell adhesion molecule 4 OS=Homo sapiens  0.87  0.21 0.66 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 54: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

GN=CADM4 PE=1 SV=1 

SULF2_HUMAN Extracellular sulfatase Sulf‐2 OS=Homo sapiens GN=SULF2 PE=1 SV=1 

1.33  0.67 0.67 

ANX11_HUMAN Annexin A11 OS=Homo sapiens GN=ANXA11 PE=1 SV=1 

1.00  0.33 0.67 

QOR_HUMAN Quinone oxidoreductase OS=Homo sapiens GN=CRYZ PE=1 SV=1 

1.00  0.33 0.67 

ESAM_HUMAN Endothelial cell‐selective adhesion molecule OS=Homo sapiens GN=ESAM PE=1 SV=1 

1.00  0.33 0.67 

CBPA1_HUMAN Carboxypeptidase A1 OS=Homo sapiens GN=CPA1 PE=1 SV=2 

1.00  0.33 0.67 

HEXB_HUMAN Beta‐hexosaminidase subunit beta OS=Homo sapiens GN=HEXB PE=1 SV=3 

1.00  0.33 0.67 

DSC1_HUMAN Desmocollin‐1 OS=Homo sapiens GN=DSC1 PE=1 SV=2  1.00  0.33 0.67 

GUC2A_HUMAN Guanylin OS=Homo sapiens GN=GUCA2A PE=1 SV=2  1.00  0.33 0.67 

IL6RB_HUMAN Interleukin‐6 receptor subunit beta OS=Homo sapiens GN=IL6ST PE=1 SV=2 

1.00  0.33 0.67 

RNT2_HUMAN Ribonuclease T2 OS=Homo sapiens GN=RNASET2 PE=1 SV=2 

1.00  0.33 0.67 

S12A3_HUMAN Solute carrier family 12 member 3 OS=Homo sapiens GN=SLC12A3 PE=1 SV=2 

1.00  0.33 0.67 

IDHC_HUMAN Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic OS=Homo sapiens GN=IDH1 PE=1 SV=2 

1.17  0.50 0.67 

APOA2_HUMAN Apolipoprotein A‐II OS=Homo sapiens GN=APOA2 PE=1 SV=1 

1.67  1.00 0.67 

LMAN2_HUMAN Vesicular integral‐membrane protein VIP36 OS=Homo sapiens GN=LMAN2 PE=1 SV=1 

1.05  0.38 0.67 

IGKC_HUMAN Ig kappa chain C region OS=Homo sapiens GN=IGKC PE=1 SV=1 

1.78  1.11 0.68 

HMCN1_HUMAN Hemicentin‐1 OS=Homo sapiens GN=HMCN1 PE=1 SV=2 

0.78  0.10 0.68 

IGSF8_HUMAN Immunoglobulin superfamily member 8 OS=Homo sapiens GN=IGSF8 PE=1 SV=1 

0.80  0.11 0.69 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 55: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

AXA2L_HUMAN Putative annexin A2‐like protein OS=Homo sapiens GN=ANXA2P2 PE=5 SV=2 

2.25  1.55 0.70 

K1C13_HUMAN Keratin, type I cytoskeletal 13 OS=Homo sapiens GN=KRT13 PE=1 SV=4 

1.55  0.83 0.71 

ITIH4_HUMAN Inter‐alpha‐trypsin inhibitor heavy chain H4 OS=Homo sapiens GN=ITIH4 PE=1 SV=4 

0.91  0.20 0.72 

SIAE_HUMAN Sialate O‐acetylesterase OS=Homo sapiens GN=SIAE PE=1 SV=1 

1.00  0.27 0.73 

SPB12_HUMAN Serpin B12 OS=Homo sapiens GN=SERPINB12 PE=1 SV=1 

2.00  1.27 0.73 

SODE_HUMAN Extracellular superoxide dismutase [Cu‐Zn] OS=Homo sapiens GN=SOD3 PE=1 SV=2 

0.89  0.16 0.73 

TGON2_HUMAN Trans‐Golgi network integral membrane protein 2 OS=Homo sapiens GN=TGOLN2 PE=1 SV=2 

1.00  0.25 0.75 

GSHR_HUMAN Glutathione reductase, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=GSR PE=1 SV=2 

1.00  0.25 0.75 

UROK_HUMAN Urokinase‐type plasminogen activator OS=Homo sapiens GN=PLAU PE=1 SV=2 

1.00  0.25 0.75 

CALB1_HUMAN Calbindin OS=Homo sapiens GN=CALB1 PE=1 SV=2  1.00  0.25 0.75 

PGCP_HUMAN Plasma glutamate carboxypeptidase OS=Homo sapiens GN=PGCP PE=1 SV=1 

1.00  0.25 0.75 

CD276_HUMAN CD276 antigen OS=Homo sapiens GN=CD276 PE=1 SV=1 

1.25  0.50 0.75 

HEMO_HUMAN Hemopexin OS=Homo sapiens GN=HPX PE=1 SV=2  3.17  2.41 0.75 

LAC2_HUMAN Ig lambda‐2 chain C regions OS=Homo sapiens GN=IGLC2 PE=1 SV=1 

2.64  1.86 0.77 

RAI3_HUMAN Retinoic acid‐induced protein 3 OS=Homo sapiens GN=GPRC5A PE=1 SV=2 

1.00  0.20 0.80 

CK054_HUMAN Ester hydrolase C11orf54 OS=Homo sapiens GN=C11orf54 PE=1 SV=1 

1.00  0.20 0.80 

FUCO_HUMAN Tissue alpha‐L‐fucosidase OS=Homo sapiens GN=FUCA1 PE=1 SV=4 

1.00  0.20 0.80 

MMRN2_HUMAN Multimerin‐2 OS=Homo sapiens GN=MMRN2 PE=1  1.00  0.20 0.80 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 56: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

SV=2 

LDHB_HUMAN L‐lactate dehydrogenase B chain OS=Homo sapiens GN=LDHB PE=1 SV=2 

0.85  0.05 0.80 

PGBM_HUMAN Basement membrane‐specific heparan sulfate proteoglycan core protein OS=Homo sapiens GN=HSPG2 PE=1 SV=3 

1.20  0.39 0.81 

PIGR_HUMAN Polymeric immunoglobulin receptor OS=Homo sapiens GN=PIGR PE=1 SV=4 

1.57  0.75 0.82 

VTCN1_HUMAN V‐set domain‐containing T‐cell activation inhibitor 1 OS=Homo sapiens GN=VTCN1 PE=1 SV=1 

1.00  0.14 0.86 

LAC1_HUMAN Ig lambda‐1 chain C regions OS=Homo sapiens GN=IGLC1 PE=1 SV=1 

2.60  1.73 0.87 

EGF_HUMAN Pro‐epidermal growth factor OS=Homo sapiens GN=EGF PE=1 SV=2 

1.05  0.16 0.88 

K2C6A_HUMAN Keratin, type II cytoskeletal 6A OS=Homo sapiens GN=KRT6A PE=1 SV=3 

1.42  0.53 0.89 

CD9_HUMAN CD9 antigen OS=Homo sapiens GN=CD9 PE=1 SV=4  1.00  0.11 0.89 

PVR_HUMAN Poliovirus receptor OS=Homo sapiens GN=PVR PE=1 SV=2 

1.12  0.22 0.90 

PPIA_HUMAN Peptidyl‐prolyl cis‐trans isomerase A OS=Homo sapiens GN=PPIA PE=1 SV=2 

1.83  0.93 0.90 

A2GL_HUMAN Leucine‐rich alpha‐2‐glycoprotein OS=Homo sapiens GN=LRG1 PE=1 SV=2 

1.57  0.64 0.93 

ATRN_HUMAN Attractin OS=Homo sapiens GN=ATRN PE=1 SV=2  1.26  0.32 0.94 

AMY1_HUMAN Alpha‐amylase 1 OS=Homo sapiens GN=AMY1A PE=1 SV=2 

1.00  0.03 0.97 

AGRIN_HUMAN Agrin OS=Homo sapiens GN=AGRN PE=1 SV=4  1.20  0.22 0.98 

PEBP1_HUMAN Phosphatidylethanolamine‐binding protein 1 OS=Homo sapiens GN=PEBP1 PE=1 SV=3 

1.40  0.42 0.98 

SCTM1_HUMAN Secreted and transmembrane protein 1 OS=Homo sapiens GN=SECTM1 PE=1 SV=2 

1.33  0.34 0.99 

CD7_HUMAN T‐cell antigen CD7 OS=Homo sapiens GN=CD7 PE=1 SV=1  1.33  0.33 1.00 

TWSG1_HUMAN Twisted gastrulation protein homolog 1 OS=Homo sapiens GN=TWSG1 PE=2 SV=1 

1.33  0.33 1.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 57: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

LDHA_HUMAN L‐lactate dehydrogenase A chain OS=Homo sapiens GN=LDHA PE=1 SV=2 

2.00  1.00 1.00 

CALL3_HUMAN Calmodulin‐like protein 3 OS=Homo sapiens GN=CALML3 PE=1 SV=2 

2.00  1.00 1.00 

DESP_HUMAN Desmoplakin OS=Homo sapiens GN=DSP PE=1 SV=3  2.00  1.00 1.00 

PCD12_HUMAN Protocadherin‐12 OS=Homo sapiens GN=PCDH12 PE=2 SV=1 

2.00  1.00 1.00 

SH3L1_HUMAN SH3 domain‐binding glutamic acid‐rich‐like protein OS=Homo sapiens GN=SH3BGRL PE=1 SV=1 

2.00  1.00 1.00 

LEG3_HUMAN Galectin‐3 OS=Homo sapiens GN=LGALS3 PE=1 SV=5  2.00  1.00 1.00 

CRGD_HUMAN Gamma‐crystallin D OS=Homo sapiens GN=CRYGD PE=1 SV=3 

2.00  1.00 1.00 

PSB6_HUMAN Proteasome subunit beta type‐6 OS=Homo sapiens GN=PSMB6 PE=1 SV=4 

2.00  1.00 1.00 

SHBG_HUMAN Sex hormone‐binding globulin OS=Homo sapiens GN=SHBG PE=1 SV=2 

2.00  1.00 1.00 

CEAM6_HUMAN Carcinoembryonic antigen‐related cell adhesion molecule 6 OS=Homo sapiens GN=CEACAM6 PE=1 SV=3 

2.00  1.00 1.00 

A2AP_HUMAN Alpha‐2‐antiplasmin OS=Homo sapiens GN=SERPINF2 PE=1 SV=3 

2.00  1.00 1.00 

PDIA1_HUMAN Protein disulfide‐isomerase OS=Homo sapiens GN=P4HB PE=1 SV=3 

2.00  1.00 1.00 

FCN2_HUMAN Ficolin‐2 OS=Homo sapiens GN=FCN2 PE=1 SV=2  2.00  1.00 1.00 

UTER_HUMAN Uteroglobin OS=Homo sapiens GN=SCGB1A1 PE=1 SV=1  2.00  1.00 1.00 

PRAM_HUMAN PML‐RARA‐regulated adapter molecule 1 OS=Homo sapiens GN=PRAM1 PE=1 SV=1 

2.00  1.00 1.00 

1433T_HUMAN 14‐3‐3 protein theta OS=Homo sapiens GN=YWHAQ PE=1 SV=1 

2.00  1.00 1.00 

PRDX1_HUMAN Peroxiredoxin‐1 OS=Homo sapiens GN=PRDX1 PE=1 SV=1 

2.00  1.00 1.00 

DYDC2_HUMAN DPY30 domain‐containing protein 2 OS=Homo sapiens GN=DYDC2 PE=1 SV=1 

2.00  1.00 1.00 

GLOD4_HUMAN Glyoxalase domain‐containing protein 4 OS=Homo  2.00  1.00 1.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 58: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

sapiens GN=GLOD4 PE=1 SV=1 

LV403_HUMAN Ig lambda chain V‐IV region Hil OS=Homo sapiens PE=1 SV=1 

2.00  1.00 1.00 

CHIT1_HUMAN Chitotriosidase‐1 OS=Homo sapiens GN=CHIT1 PE=1 SV=1 

3.00  2.00 1.00 

CBG_HUMAN Corticosteroid‐binding globulin OS=Homo sapiens GN=SERPINA6 PE=1 SV=1 

3.00  2.00 1.00 

PNPH_HUMAN Purine nucleoside phosphorylase OS=Homo sapiens GN=PNP PE=1 SV=2 

3.00  2.00 1.00 

PROF1_HUMAN Profilin‐1 OS=Homo sapiens GN=PFN1 PE=1 SV=2  7.00  6.00 1.00 

SIRB1_HUMAN Signal‐regulatory protein beta‐1 OS=Homo sapiens GN=SIRPB1 PE=1 SV=5 

1.40  0.38 1.03 

VTDB_HUMAN Vitamin D‐binding protein OS=Homo sapiens GN=GC PE=1 SV=1 

2.38  1.35 1.03 

FCG3A_HUMAN Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III‐A OS=Homo sapiens GN=FCGR3A PE=2 SV=2 

1.44  0.38 1.06 

K2C6C_HUMAN Keratin, type II cytoskeletal 6C OS=Homo sapiens GN=KRT6C PE=1 SV=3 

1.64  0.53 1.11 

UFO_HUMAN Tyrosine‐protein kinase receptor UFO OS=Homo sapiens GN=AXL PE=1 SV=3 

1.40  0.27 1.13 

ITIH1_HUMAN Inter‐alpha‐trypsin inhibitor heavy chain H1 OS=Homo sapiens GN=ITIH1 PE=1 SV=3 

2.00  0.86 1.14 

HV320_HUMAN Ig heavy chain V‐III region GAL OS=Homo sapiens PE=1 SV=1 

2.14  1.00 1.14 

CUTA_HUMAN Protein CutA OS=Homo sapiens GN=CUTA PE=1 SV=2  1.50  0.33 1.17 

TETN_HUMAN Tetranectin OS=Homo sapiens GN=CLEC3B PE=1 SV=2  1.50  0.33 1.17 

HSP72_HUMAN Heat shock‐related 70 kDa protein 2 OS=Homo sapiens GN=HSPA2 PE=1 SV=1 

2.00  0.80 1.20 

IGHG3_HUMAN Ig gamma‐3 chain C region OS=Homo sapiens GN=IGHG3 PE=1 SV=2 

2.03  0.82 1.21 

CBPM_HUMAN Carboxypeptidase M OS=Homo sapiens GN=CPM PE=1 SV=2 

1.33  0.13 1.21 

K2C75_HUMAN Keratin, type II cytoskeletal 75 OS=Homo sapiens  2.00  0.79 1.21 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 59: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

GN=KRT75 PE=1 SV=2 

ACTBL_HUMAN Beta‐actin‐like protein 2 OS=Homo sapiens GN=ACTBL2 PE=1 SV=2 

2.71  1.50 1.21 

PTPRS_HUMAN Receptor‐type tyrosine‐protein phosphatase S OS=Homo sapiens GN=PTPRS PE=1 SV=2 

1.50  0.25 1.25 

CYTM_HUMAN Cystatin‐M OS=Homo sapiens GN=CST6 PE=1 SV=1  1.50  0.25 1.25 

SDC4_HUMAN Syndecan‐4 OS=Homo sapiens GN=SDC4 PE=1 SV=2  1.33  0.06 1.27 

TPIS_HUMAN Triosephosphate isomerase OS=Homo sapiens GN=TPI1 PE=1 SV=2 

3.00  1.71 1.29 

IGHG1_HUMAN Ig gamma‐1 chain C region OS=Homo sapiens GN=IGHG1 PE=1 SV=1 

2.58  1.25 1.33 

TIMD3_HUMAN Hepatitis A virus cellular receptor 2 OS=Homo sapiens GN=HAVCR2 PE=1 SV=3 

1.67  0.33 1.33 

KV206_HUMAN Ig kappa chain V‐II region RPMI 6410 OS=Homo sapiens PE=4 SV=1 

2.33  1.00 1.33 

RNF26_HUMAN RING finger protein 26 OS=Homo sapiens GN=RNF26 PE=2 SV=1 

2.34  1.00 1.34 

ANXA2_HUMAN Annexin A2 OS=Homo sapiens GN=ANXA2 PE=1 SV=2  3.00  1.63 1.38 

THY1_HUMAN Thy‐1 membrane glycoprotein OS=Homo sapiens GN=THY1 PE=1 SV=2 

1.67  0.20 1.47 

AMYP_HUMAN Pancreatic alpha‐amylase OS=Homo sapiens GN=AMY2A PE=1 SV=2 

1.50  0.03 1.47 

QPCT_HUMAN Glutaminyl‐peptide cyclotransferase OS=Homo sapiens GN=QPCT PE=1 SV=1 

1.83  0.33 1.50 

CEP55_HUMAN Centrosomal protein of 55 kDa OS=Homo sapiens GN=CEP55 PE=1 SV=3 

2.00  0.50 1.50 

PCOC1_HUMAN Procollagen C‐endopeptidase enhancer 1 OS=Homo sapiens GN=PCOLCE PE=1 SV=2 

2.00  0.50 1.50 

CYTC_HUMAN Cystatin‐C OS=Homo sapiens GN=CST3 PE=1 SV=1  2.00  0.50 1.50 

LAMP2_HUMAN Lysosome‐associated membrane glycoprotein 2 OS=Homo sapiens GN=LAMP2 PE=1 SV=2 

2.25  0.75 1.50 

HSP7C_HUMAN Heat shock cognate 71 kDa protein OS=Homo sapiens GN=HSPA8 PE=1 SV=1 

2.50  1.00 1.50 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 60: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

G6PI_HUMAN Glucose‐6‐phosphate isomerase OS=Homo sapiens GN=GPI PE=1 SV=4 

4.50  3.00 1.50 

OLFM4_HUMAN Olfactomedin‐4 OS=Homo sapiens GN=OLFM4 PE=1 SV=1 

7.00  5.50 1.50 

QSOX1_HUMAN Sulfhydryl oxidase 1 OS=Homo sapiens GN=QSOX1 PE=1 SV=3 

1.67  0.09 1.58 

HV303_HUMAN Ig heavy chain V‐III region VH26 OS=Homo sapiens PE=1 SV=1 

2.67  1.00 1.67 

A1AG1_HUMAN Alpha‐1‐acid glycoprotein 1 OS=Homo sapiens GN=ORM1 PE=1 SV=1 

3.00  1.33 1.67 

GSTP1_HUMAN Glutathione S‐transferase P OS=Homo sapiens GN=GSTP1 PE=1 SV=2 

3.00  1.33 1.67 

AMY2B_HUMAN Alpha‐amylase 2B OS=Homo sapiens GN=AMY2B PE=1 SV=1 

1.75  0.03 1.72 

MUC18_HUMAN Cell surface glycoprotein MUC18 OS=Homo sapiens GN=MCAM PE=1 SV=2 

2.00  0.25 1.75 

ALBU_HUMAN Serum albumin OS=Homo sapiens GN=ALB PE=1 SV=2  3.38  1.61 1.77 

TTHY_HUMAN Transthyretin OS=Homo sapiens GN=TTR PE=1 SV=1  2.78  0.90 1.88 

P3IP1_HUMAN Phosphoinositide‐3‐kinase‐interacting protein 1 OS=Homo sapiens GN=PIK3IP1 PE=1 SV=2 

2.75  0.83 1.92 

ACBP_HUMAN Acyl‐CoA‐binding protein OS=Homo sapiens GN=DBI PE=1 SV=2 

3.00  1.00 2.00 

PDXK_HUMAN Pyridoxal kinase OS=Homo sapiens GN=PDXK PE=1 SV=1  3.00  1.00 2.00 

PCDH1_HUMAN Protocadherin‐1 OS=Homo sapiens GN=PCDH1 PE=1 SV=2 

3.00  1.00 2.00 

PSA4_HUMAN Proteasome subunit alpha type‐4 OS=Homo sapiens GN=PSMA4 PE=1 SV=1 

3.00  1.00 2.00 

ACAM_HUMAN Adipocyte adhesion molecule OS=Homo sapiens GN=ACAM PE=1 SV=1 

3.00  1.00 2.00 

NCAM1_HUMAN Neural cell adhesion molecule 1 OS=Homo sapiens GN=NCAM1 PE=1 SV=3 

3.00  1.00 2.00 

TRAK1_HUMAN Trafficking kinesin‐binding protein 1 OS=Homo sapiens GN=TRAK1 PE=1 SV=1 

3.00  1.00 2.00 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 61: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

MICA2_HUMAN Protein MICAL‐2 OS=Homo sapiens GN=MICAL2 PE=1 SV=1 

3.00  1.00 2.00 

XPP2_HUMAN Xaa‐Pro aminopeptidase 2 OS=Homo sapiens GN=XPNPEP2 PE=1 SV=3 

3.00  1.00 2.00 

I18BP_HUMAN Interleukin‐18‐binding protein OS=Homo sapiens GN=IL18BP PE=1 SV=2 

3.00  1.00 2.00 

FRIH_HUMAN Ferritin heavy chain OS=Homo sapiens GN=FTH1 PE=1 SV=2 

4.00  2.00 2.00 

FRIL_HUMAN Ferritin light chain OS=Homo sapiens GN=FTL PE=1 SV=2  4.00  2.00 2.00 

RALYL_HUMAN RNA‐binding Raly‐like protein OS=Homo sapiens GN=RALYL PE=1 SV=2 

4.00  2.00 2.00 

ALDOA_HUMAN Fructose‐bisphosphate aldolase A OS=Homo sapiens GN=ALDOA PE=1 SV=2 

6.00  4.00 2.00 

GDIR2_HUMAN Rho GDP‐dissociation inhibitor 2 OS=Homo sapiens GN=ARHGDIB PE=1 SV=3 

8.00  6.00 2.00 

TRFE_HUMAN Serotransferrin OS=Homo sapiens GN=TF PE=1 SV=2  4.92  2.86 2.05 

LV302_HUMAN Ig lambda chain V‐III region LOI OS=Homo sapiens PE=1 SV=1 

3.00  0.80 2.20 

ACTB_HUMAN Actin, cytoplasmic 1 OS=Homo sapiens GN=ACTB PE=1 SV=1 

3.68  1.32 2.36 

ACTG_HUMAN Actin, cytoplasmic 2 OS=Homo sapiens GN=ACTG1 PE=1 SV=1 

3.68  1.32 2.36 

CYC_HUMAN Cytochrome c OS=Homo sapiens GN=CYCS PE=1 SV=2  3.00  0.60 2.40 

KPYM_HUMAN Pyruvate kinase isozymes M1/M2 OS=Homo sapiens GN=PKM2 PE=1 SV=4 

4.00  1.50 2.50 

HSP71_HUMAN Heat shock 70 kDa protein 1A/1B OS=Homo sapiens GN=HSPA1A PE=1 SV=5 

6.00  3.50 2.50 

GELS_HUMAN Gelsolin OS=Homo sapiens GN=GSN PE=1 SV=1  3.78  1.09 2.69 

VMO1_HUMAN Vitelline membrane outer layer protein 1 homolog OS=Homo sapiens GN=VMO1 PE=1 SV=1 

3.00  0.29 2.71 

PGRP2_HUMAN N‐acetylmuramoyl‐L‐alanine amidase OS=Homo sapiens GN=PGLYRP2 PE=1 SV=1 

3.00  0.20 2.80 

CYTB_HUMAN Cystatin‐B OS=Homo sapiens GN=CSTB PE=1 SV=2  3.67  0.83 2.83 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 62: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

ENOA_HUMAN Alpha‐enolase OS=Homo sapiens GN=ENO1 PE=1 SV=2  4.67  1.72 2.94 

TPM3_HUMAN Tropomyosin alpha‐3 chain OS=Homo sapiens GN=TPM3 PE=1 SV=1 

4.00  1.00 3.00 

DCD_HUMAN Dermcidin OS=Homo sapiens GN=DCD PE=1 SV=2  4.00  1.00 3.00 

ARPC3_HUMAN Actin‐related protein 2/3 complex subunit 3 OS=Homo sapiens GN=ARPC3 PE=1 SV=3 

4.00  1.00 3.00 

SPRR3_HUMAN Small proline‐rich protein 3 OS=Homo sapiens GN=SPRR3 PE=1 SV=2 

4.00  1.00 3.00 

ANR32_HUMAN Ankyrin repeat domain‐containing protein 32 OS=Homo sapiens GN=ANKRD32 PE=1 SV=2 

4.00  1.00 3.00 

CAPG_HUMAN Macrophage‐capping protein OS=Homo sapiens GN=CAPG PE=1 SV=1 

5.00  2.00 3.00 

RET4_HUMAN Retinol‐binding protein 4 OS=Homo sapiens GN=RBP4 PE=1 SV=3 

3.67  0.42 3.25 

ANT3_HUMAN Antithrombin‐III OS=Homo sapiens GN=SERPINC1 PE=1 SV=1 

5.67  2.29 3.38 

S10AB_HUMAN Protein S100‐A11 OS=Homo sapiens GN=S100A11 PE=1 SV=2 

5.00  1.50 3.50 

TPM4_HUMAN Tropomyosin alpha‐4 chain OS=Homo sapiens GN=TPM4 PE=1 SV=3 

4.00  0.33 3.67 

CALM_HUMAN Calmodulin OS=Homo sapiens GN=CALM1 PE=1 SV=2  5.00  1.33 3.67 

FCG3B_HUMAN Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III‐B OS=Homo sapiens GN=FCGR3B PE=1 SV=2 

4.00  0.25 3.75 

CO4A_HUMAN Complement C4‐A OS=Homo sapiens GN=C4A PE=1 SV=1 

5.00  1.00 4.00 

CO4B_HUMAN Complement C4‐B OS=Homo sapiens GN=C4B PE=1 SV=1 

5.00  1.00 4.00 

NDKA_HUMAN Nucleoside diphosphate kinase A OS=Homo sapiens GN=NME1 PE=1 SV=1 

5.00  1.00 4.00 

HBA_HUMAN Hemoglobin subunit alpha OS=Homo sapiens GN=HBA1 PE=1 SV=2 

5.00  1.00 4.00 

PGAM1_HUMAN Phosphoglycerate mutase 1 OS=Homo sapiens GN=PGAM1 PE=1 SV=2 

5.00  0.88 4.13 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 63: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

CMGA_HUMAN Chromogranin‐A OS=Homo sapiens GN=CHGA PE=1 SV=7 

5.50  1.00 4.50 

CERU_HUMAN Ceruloplasmin OS=Homo sapiens GN=CP PE=1 SV=1  5.61  0.86 4.75 

FIBB_HUMAN Fibrinogen beta chain OS=Homo sapiens GN=FGB PE=1 SV=2 

6.00  1.00 5.00 

1433B_HUMAN 14‐3‐3 protein beta/alpha OS=Homo sapiens GN=YWHAB PE=1 SV=3 

6.00  1.00 5.00 

S10A9_HUMAN Protein S100‐A9 OS=Homo sapiens GN=S100A9 PE=1 SV=1 

16.40  11.08 5.32 

PPIB_HUMAN Peptidyl‐prolyl cis‐trans isomerase B OS=Homo sapiens GN=PPIB PE=1 SV=2 

8.00  2.00 6.00 

PRIO_HUMAN Major prion protein OS=Homo sapiens GN=PRNP PE=1 SV=1 

7.00  0.25 6.75 

1433S_HUMAN 14‐3‐3 protein sigma OS=Homo sapiens GN=SFN PE=1 SV=1 

8.00  1.00 7.00 

ITIH2_HUMAN Inter‐alpha‐trypsin inhibitor heavy chain H2 OS=Homo sapiens GN=ITIH2 PE=1 SV=2 

8.00  1.00 7.00 

NGAL_HUMAN Neutrophil gelatinase‐associated lipocalin OS=Homo sapiens GN=LCN2 PE=1 SV=2 

14.33  7.06 7.27 

H4_HUMAN Histone H4 OS=Homo sapiens GN=HIST1H4A PE=1 SV=2  16.00  8.50 7.50 

CFAB_HUMAN Complement factor B OS=Homo sapiens GN=CFB PE=1 SV=2 

9.00  0.67 8.33 

1433E_HUMAN 14‐3‐3 protein epsilon OS=Homo sapiens GN=YWHAE PE=1 SV=1 

9.00  0.50 8.50 

CALR_HUMAN Calreticulin OS=Homo sapiens GN=CALR PE=1 SV=1  9.00  0.33 8.67 

ILEU_HUMAN Leukocyte elastase inhibitor OS=Homo sapiens GN=SERPINB1 PE=1 SV=1 

17.00  8.20 8.80 

FIBG_HUMAN Fibrinogen gamma chain OS=Homo sapiens GN=FGG PE=1 SV=3 

12.00  1.00 11.00 

1433Z_HUMAN 14‐3‐3 protein zeta/delta OS=Homo sapiens GN=YWHAZ PE=1 SV=1 

13.00  2.00 11.00 

PRTN3_HUMAN Myeloblastin OS=Homo sapiens GN=PRTN3 PE=1 SV=3  26.00  15.00 11.00 

ACTN1_HUMAN Alpha‐actinin‐1 OS=Homo sapiens GN=ACTN1 PE=1  22.00  4.67 17.33 

Downloaded From: on 05/16/2018

Page 64: Supplementary Online Content - JAMA · PDF fileSupplementary Online Content Thaivalappil S, Bauman N, ... doi:10.1001/jamaoto.2013.4773 ... MDHM_HUMAN Malate dehydrogenase, mitochondrial

© 2013 American Medical Association. All rights reserved. 

 

SV=2 

HPT_HUMAN Haptoglobin OS=Homo sapiens GN=HP PE=1 SV=1  21.67  4.00 17.67 

ACTN4_HUMAN Alpha‐actinin‐4 OS=Homo sapiens GN=ACTN4 PE=1 SV=2 

21.00  3.00 18.00 

HSPB1_HUMAN Heat shock protein beta‐1 OS=Homo sapiens GN=HSPB1 PE=1 SV=2 

21.00  1.00 20.00 

HPTR_HUMAN Haptoglobin‐related protein OS=Homo sapiens GN=HPR PE=2 SV=2 

33.00  1.00 32.00 

INVO_HUMAN Involucrin OS=Homo sapiens GN=IVL PE=1 SV=2  35.00  1.00 34.00 

CO3_HUMAN Complement C3 OS=Homo sapiens GN=C3 PE=1 SV=2  42.50  1.92 40.58 

 

Downloaded From: on 05/16/2018