Upload
dom
View
155
Download
0
Embed Size (px)
DESCRIPTION
Teme diplomskih nalog za študente 1. diplomske stopnje. področje Biokemija. Predstavljena so tiste teme oziroma podpodročja , za katere so profesorji poslali podatke. - PowerPoint PPT Presentation
Citation preview
Teme diplomskih nalog za študente 1. diplomske stopnje
področje Biokemija
• Predstavljena so tiste teme oziroma podpodročja, za katere so profesorji poslali podatke.
• Diplomo lahko opravljate pod mentorstvom kateregakoli habilitiranega učitelja, ki sodeluje pri izvedbi programa Biokemija (za študente Kemije: programa Kemija) na 1. ali 2. stopnji študija.
• Vsak mentor ima lahko največ tri diplomante 1. stopnje na leto.• Ob vpisu se odločite za področje. Sočasno bomo za študente
Biokemije izvedli anketo, ki nam bo olajšala usklajevanje in razpored po mentorjih.
• Kdor bi diplomo opravljal na drugih katedrah FKKT, kot področje navede katedro, za katero se je odločil. Ne glede na izbor področja/katedre boste po zaključku študija imeli diplomo študija, na katerega ste vpisani.
Katedra za biokemijo
Proteinska biokemija/Encimatika/BioinformatikaMol. biologija / DNA-tehnologija / Strukturna biologijaCelična biologija/Molekularna evolucija
Struktura in funkcija modularnih proteinov zunajceličnega matriksa, Regulacija encimske aktivnosti
prof. dr. Brigita Lenarčič, Katedra za biokemijo [email protected]
metode standardne proteinske biokemije, strukturne biologije, celične biologije, encimska kinetika, proteinske interakcije, molekularna evolucija v povezavi s funkcijo proteinov
Mol. biologija / DNA-tehnologija / Mol. biotehnologija
Molekulsko kloniranje, Priprava rekombinantnih proteinov, Optimizacija vektorjev, Biogoriva, Biološka varnost
doc. dr. Marko Dolinar, Katedra za biokemijo [email protected]
sintezna biologija, mikrobiološke tehnike, alternativni ekspresijskisistemi, določanje moči promotorjev
Strukturna biologija/ Nanobiotehnologija/ Imunologija/ Bioinformatika
Molekulsko kloniranje, Priprava in kristalizacija rekombinantnih proteinov, Kristalne strukture proteinov in kompleksov, Bionanosenzorji, Optična pinceta
doc. dr. Gregor Gunčar, Katedra za biokemijo FKKTgregor.gunč[email protected]
proteinska kristalografija, biokemijske in molekularno-biološke tehnike, sintezna biologija, bioinformatska analiza, ...
Ostali možni mentorici:
Metka Renko (v pokoju)
Kristina Djinović Carugo (na Dunaju)
Predavatelji zunaj FKKT
Mikrobiologija
Mikologija
prof. dr. Nina Gunde - Cimerman, BF UL, Oddelek za biologijo, večna pot 111, Ljubljana
izolacija gliv na selekcijskih gojiščih, fermentacija v stresani kulturi,
izolacija DNA, PCR, določanje nukleotidnega zaporedja
Mikrobiologija
Biotransformacije organskih spojin, Biokemija steroidov, Interakcija med glivami in steroidi
prof. dr. Marija Žakelj-Mavrič, Institut za biokemijo MF, Vrazov trg 2
gojenje mikroorganizmov, mikrobna biotransformacija steroidov, analiza steroidnih produktov (TLC,GC-MS), testiranje steroidne inhibicije rasti gliv, uporaba gensko spremenjenih sevov S. cerevisiae za ugotavljanje vloge detoksifikacijskih proteinov/encimov
Fiziologija / Celična biologija
Celična fiziologija, Nevroendokrinologija, Patofiziologija,
Znanosti o celici, Napredni celični izdelki
prof. dr. Robert Zorec, MF UL http://lnmcp.mf.uni-lj.si/Neuroendo/index.html
[email protected], [email protected]
priprava in vzdrževanje evkariontskih celičnih kultur, mikroskopija in kvantitativna analiza slike, napredna mikroskopija visoke ločljivosti,elektrofiziološke meritve prevodnosti ionskih kanalov in kapacitivnost membrane, imunocitokemija, molekulska biologija in biokemija
Celična biologija
Vzpostavljanje celičnih stikov med regeneracijo epitelija, Pomen lipidov pri oblikovanju medceličnih nanocevk, Visoko holesterolna membranska področja kot tarče antitumorskih toksinov
izr. prof. dr. Peter Veranič, Inštitut za biologijo celice, MF UL, Lipičeva 2,
mikroskopija (imunofluorescenca, elektronska mikroskopija, analiza živih celic), celične kulture
Molekularna biologija / DNA-tehnologija / Bioinformatika
Funkcijska genomika, Uravnavanje izražanja genov
prof. dr. Damjana Rozman, Center za funkcijsko genomiko in bio-čipe,
Inštitut za biokemijo MF UL [email protected]
kvantitativni PCR, DNA-mikromreže , bakterijsko kloniranje, transfekcije sesalskih celic, analiza western
Proteinska biokemija
Fiziološko in patološko delovanje sekretornih fosfolipaz A2
Karakterizacija medicinsko zanimivih spojin v živalskih strupih
prof. dr. Igor Križaj, IJS [email protected]
metode standardne proteinske biokemije, celične biologije,molekularne biologije/proteinskega inženirstva, določanje primarne strukture proteinov (Edman in masna spektroskopija), fluorescenčna in konfokalna mikroskopija
Proteinska biokemija / Encimatika /
Nanobiotehnologija
Programirana celična smrt, Razvoj dostavnih sistemov za zdravila,
Regulacija delovanja proteaz, Vloga proteaz pri raku
prof. dr. Boris Turk, IJS, Jamova 39 [email protected] (0)1 477 3772
celična biologija, pretočna citometrija, testi aktivnosti (in vitro in celični), proteomika, molekularna biologija in biokemija
Molekularna biotehnologija
Razvoj sevov industrijskih mikroorganizmov nove generacije
doc. dr. Uroš Petrovič, Odsek za molekularne in biomedicinske znanosti, Institut “Jožef Stefan” [email protected]
metode klasične genetike , DNA mikromreže, sekvenciranje nove generacije, robotika
Molekularna biotehnologija / Imunologija
Naravna imunostSintezna biologija, Nanobiotehnologija
prof. dr. Roman Jerala, Kemijski inštitut [email protected]
metode rekombinantne DNA, delo s sesalskimi celicami, fluorescenčna mikroskopija, pretočna citometrija; priprava in analiza proteinov, mikroskopija na atomsko silo
Molekularna evolucija / Genomska biologija
Evolucijska in primerjalna genomika, Genomska biologija, Patogenomika
doc. dr. Dušan Kordiš; Institut "Jožef Stefan", Odsek za molekularne in biomedicinske znanosti B2; Jamova 39, 1000 Ljubljana (soba B404) [email protected]
genomske in molekularnoevolucijske analize genov in proteinskih naddružin:filogenomska analiza proteinskih naddružin, analiza horizontalnega prenosa genov, evolucijska/komparativna genomika multigenskih družin in transpozicijskih elementov, genomska biologija in paleogenomika pri evkariontih, patogenomika in sistemska biologija virulenčnih faktorjev pri patogenih bakterijah
Strukturna biologija
Struktura nukleinskih kislin, proteinov, majhnih molekul
in njihovih interakcij
prof. dr. Janez Plavec, KI, Hajdrihova 19, Ljubljana [email protected]
jedrska magnetna resonanca (NMR), sinteza in čiščenje oligonukleotidov, UV-spektroskopija, cirkularni dikroizem (CD)
Ostali možni mentorji:temeljni naravoslovni predmeti: Janez Bonča, Petar Pavešić
biologija celice: Jasna Štrus, Kristjan Jezernik
imunologija: Vladka Čurin Šerbec
genetika: Peter Dovč, Simon Horvat, Radovan Komel
strukturna biokemija: Kristina Djinović Carugo, Dušan Turk
virologija: Tatjana Avšič Zupanc
rastlinska biokemija: Kristina Gruden, Samo Kreft
farmakologija: Tatjana Irman Florjanc, Lovro Stanovnik
biokemija bolezni: Tamara Lah, Janez Sketelj
… in asistenti z nazivom docenta ali profesorja pri predmetih 1. in 2. bolonjske stopnje
Predavatelji z drugih kateder FKKT
Molekularna biologija/DNA-tehnologija
Zvitje in molekulsko prepoznavanje proteinov in nukleinskih kislinModuli toksin-antitoksin kot regulatorji stresa pri bakterijahNativno nestrukturirani proteini (intrinsically disordered proteins)
prof. dr. Jurij Lah ([email protected]; http://www.fkkt.uni-lj.si/si/?150), Katedra za fizikalno kemijo FKKT
termodinamska analiza v povezavi s strukturo in funkcijo molekul, kalorimetrija (DSC, ITC), spektroskopija (CD, fluorescenca), gelska elektroforeza; glede metod in pristopov glejte tudi programa predmetov Biofizikalna kemija I in II na mag. študiju Biokemije
Encimatika
Bioremediacija
(Možnosti uporabe gliv bele trohnobe za razbarvanje nekaterih organskih barvil)
prof. dr. Aleksander Pavko, FKKT [email protected]
Gojenje mikroorganizmov v stresalniku pod sterilnimi pogojiSpektrofotometrična določitev encimskih aktivnostiSpektrofotometrična določitev koncentracije barvil
Strukturna biologija
Teoretične napovedi kemijskih struktur
prof. dr. Jože Koller, doc. dr. Tomaž Urbič, Katedra za fizikalno kemijo
[email protected] in [email protected]
metode molekulske dinamike, kvantnokemijski računi, metode Monte Carlo
Analizna kemija
Analitika bioloških sistemov: določevanje kovin in organskih spojin v rastlinah, tkivih, bioloških tekočinah….Okoljska problematika: določevanje anorganskih in organskih onesnaževal v okolju; voda, zrak, zemlja prof. Marjan Veber, Katedra za analizno kemijo
atomska spektrometrija, kromatografija
Analizna kemija
Določanje sestavin in onesnaževal v živilih; Določanje farmakološko aktivnih onesnaževal v okoljskih vzorcih; Raziskave potencialnih farmakološko aktivnih učinkovin v rastlinah prof. Helena Prosen, Katedra za analizno kemijo [email protected]
plinska kromatografija, tekočinska kromatografija, masna spektrometrija; UV-Vis spektroskopija, ekstrakcijske metode (priprava vzorcev)
Analizna kemija
Kemija in analiza živil (npr. določanje mikotoksina v vinih,aminokislin v moštu in vinu, vinske kisline v arheološki posodi,...)Organski materiali (npr. določanje hlapnih spojin v kartonu, papirju, pergamentu, karakterizacija pergamenta in drugih materialov kulturne dediščine, ...)
prof. Irena Kralj Cigić, Katedra za analizno kemijo [email protected]
separacijske tehnike (plinska in tekočinska kromatografija) inmasna spektrometrija
Ostali možni mentorji:
organska kemija: Slovenko Polanc, Marijan Kočevar, Marko Zupan, Andrej Petrič, Bogdan Štefane
fizikalna kemija: Ksenija Kogej , Barbara Hribar-Lee
anorganska kemija: Nataša Bukovec, Peter Bukovec
analizna kemija:
… in asistenti z nazivom docenta ali profesorja pri predmetih 1. in 2. bolonjske stopnje