TMSS4VOJ7I42520101106Tài liệu hướng dẫn sử dụng CHEMOFFICE 2008

Tài liệu tập huấn sử dụng CNTT trong giảng dạy môn Hóa Học - 2010 trang 1

GIỚI THIỆU PHẦN MỀM CHEMOFFICE 2008

ChemOffice Ultra 2008 (version 11.0) là bộ tiện ích hóa học và sinh học tuyệt đỉnh được thiết kế để đáp ứng những nhu cầu của các nhà hóa học. ChemOffice Ultra cho phép các nhà nghiên cứu theo dõi công việc hiệu quả, hiểu sâu hơn các công trình, các cấu trúc hóa học tương quan, và cho hoàn thành các bản báo cáo chuyên nghiệp và hiệu quả hơn bao giờ hết. ChemOffice 11.0 là bộ phần mềm mạnh mẽ, bao gồm ChemDraw, Chem3D, ChemFinder và ChemACX cho các nhà hóa học; BioOffice, BioAssay, BioViz, và BioDraw cho các nhà sinh học; Inventory, E-Notebook và The Merck

Index cho các nhà nghiên cứu khoa học. ChemOffice và BioOffice tương thích với mọi Windows. Bộ phần mềm hóa học tuyệt vời bao gồm ChemBioDraw Ultra 11.0, MestReC Std, ChemScript Pro 11.0, ChemBio3D Ultra 11.0, giao diện Chem3D cho tới Schrưdinger’s Jaguar và Gaussian, GAMESS Pro 11.0, ChemFinder Ultra 11.0, E-Notebook Ultra 11.0, ChemDraw/Excel và CombiChem/Excel, các điều khiển và plugin ActiveX Pro cho ChemDraw và Chem3D, cũng như cơ sở dữ liệu ChemINDEX (Index, RXN, NCI & AIDS) và một đăng kí 1 năm dịch vụ ePub. ChemOffice Ultra bổ sung các giao diện ChemFinder Ultra, CombiChem/Excel, Chem3D cho Schrưdinger’s Jaguar và Gaussian, GAMESS, và một năm đăng kí dịch vụ ePub vào bộ phần mềm ChemOffice Pro 2008.

- ChemBioDraw Ultra 11.0: Tiêu chuẩn không thể thiếu cho các bức vẽ hóa học và sinh học, gồm các proton NMR với các đánh dấu và phân chia đỉnh, các công cụ amino acid và chuỗi ADN, công cụ vẽ bản TLC, Struct=Name, và công cụ phân tích cân bằng hóa học.

- Kết nối tực tiếp đến cơ sở dữ liệu: Tiến hành tra cứu cơ sở dữ liệu bằng công cụ Database Gateway HotLink. Các kết quả tìm kiếm bao gồm liên kết đến các nguồn thông tin trong cơ sở dữ liệu, các thuộc tính cấu trúc, tên gọi và từ đồng nghĩa của các kí hiệu hóa học như số nhận dạng ACX và các thông số CAS.

- ChemBio3D Ultra 11.0: Trình diễn các mô hình protein đỉnh cao, đồ họa Open GL và các kính lập thể. Các mô hình phân tử và các tính toán bán kinh nghiệm với giao diện liên kết MOPAC, Jaguar, GAMESS và Gaussian. Bao gồm liên kết trực tiếp để xem các các mô hình 2D trực tiếp trong môi trường 3D.

- MestReC Std: Cung cấp các trang thiết bị định cao cho việc xử lí dữ liệu, vẽ đồ thị và phân tích dữ liệu NMR (2D) độ phân giải cao, kết hợp với giao diện đồ họa thân thiện và tự động để khám phá toàn bộ sức mạnh và sự linh hoạt của nền Windows.

- ChemFinder Ultra 11.0: Lưu trữ, tìm kiếm và phân tích các số liệu khoa học liên quan bên trong cơ sở dữ liệu nội bộ có cấu trúc hay qua giao diện liên kết đến các dữ liệu khoa học chia sẻ.

- E-Notebook Ultra 11.0: Ghi nhận các thiết lập trong phòng thí nghiệm thông qua ChemDraw, Microsoft Word, Excel, PowerPoint và phần mềm quang phổ. Tìm kiếm theo cấu trúc và văn bản, và duyệt qua các dấu vết hoàn toàn trực quan.

- CombiChem/Excel Pro 11.0: Xây dựng các thư viện liên kết trong Microsoft Excel sử dụng các trình xúc tác trợ giúp được chọn bởi ChemFinder.


- ChemBioViz Pro 11.0: Tương quan giữa các số liệu về hoạt động hóa học và sinh học, tạo các biểu tượng tượng trưng đồ họa của các cơ sở dữ liệu ChemFinder nhằm xác định chiều hướng và sự tương quan giữa các số liệu, tính toán số liệu thống kê chi tiết và biểu diễn lên đồ thị.

- ChemDraw/Excel Pro 11.0: Cung cấp các bảng số liệu hóa học với các cấu trúc và tìm kiếm các cấu trúc hóa học trong tài liệu, thư mục hay ổ đĩa.

- ChemDraw ActiveX/Plugin Pro 11.0: Truy vấn cơ sở dữ liệu trực tuyến, xem và in các mô hình trực tuyến. Bộ cài đặt này tự động cài các plugin và các điều khiển ActiveX cần thiết cho trình duyệt web. Bao gồm cả chức năng in ấn và lưu trữ.

- ChemNMR Pro 11.0: Dự đoán các quang phổ NMR của proton carbon-13 từ các mô hình ChemDraw. Độ dịch chuyển hóa học và cơ chế phân li được hiện thị rõ ràng và liên kết trực tiếp đến các mô hình đối với cả proton và các dự đoán quang phổ NMR của carbon-13.

- Struct=Name Pro 11.0: Cung cấp tên nhiều loại hợp chất, bao gồm các hạt muối và các hợp chất dẫn điện, các mô hình đối xứng hoàn hảo, nhiều loại hợp chất hữu cơ và vô cơ cùng nhiều thứ khác.

- ChemScript Pro 11.0: Mở rông ngôn ngữ lập trình Python và nhiều thuật toán hóa học thông minh của CambridgeSoft bao gồm trong các sản phẩm, đồng thời đem lại cho người dùng dưới dạng một đoạn mã mô hình mẫu dễ chèn vào ngôn ngữ lập trình. ChemScript cho phép mở rộng các qui ước hóa học riêng và áp dụng các qui ước này trên hàng loạt dữ liệu.

- Gamess Pro 11.0: GAMESS là ứng dụng cho hóa học lượng tử phân tử cơ bản. GAMESS có khả năng tính toán các hàm số sóng SCF từ các hàm RHF, ROHF, UHF, GVB, và MCSCF. Sửa đổi mối tương quan giữa các hàm số sóng SCF bao gồm tương tác điều chỉnh, thuyết hỗn mang bậc hai, và các phương thức bó cặp (Coupled-Cluster), cũng như thuyết tính xấp xỉ hàm phân bố.

- Databases:Cơ sở dữ liệu hóa học khoa học tham khảo có chức năng tìm kiếm, bao gồm 1 năm đăng kí với các cơ sở dữ liệu Ashgate và ChemINDEX.

Yêu cầu hệ thống : Windows Windows 2000, XP, Vista (32-bit); Excel add-ins cần có MS Excel 2000, 2003, cho XP

Trong bài viết này tôi hướng dẫn các Thầy cô giáo cách sử dụng phần mềm ChemOffice dựa trên 2 phien bản 2004 và 2008. Phiên bản mới (ChemOffice 2008) ra đời sau nên chắc chắn có nhiều cải tiến và chức năng hơn phiên bản cũ (ChemOffice 2004). Tuy nhiên yêu cầu cấu hình máy vi tính cũng cao hơn. Tùy vào nhu cầu sử dụng và cấu hình của máy vi tính mà Thầy cô chọn phiên bản phù hợp. Theo kinh nghiệm của bản thân, với yêu cầu phục vụ cho việc soạn giảng để lên lớp thì chỉ cần phiên bản ChemOffice 2004 là đủ.


HƯỚNG DẪN CÀI ĐẶT PHẦN MỀM CHEMOFFICE A. CÀI ĐẶT PHẦN MỀM CHEMOFFICE 2004

Mở file Chemoffice 2004 và nhấp đúp chuột trái vào COU80; Nhấp chọn Next/Next

Chọn mục I accept the tem in the license agreement ; sau đó chọn Next Quay lại mở thư mục HUONG DAN trong thư mục Chemoffice 2004, copy dãy số

7654321 của Serial-1 đem paste vào ô: Serial Number: và copy dãy chữ VLPG-CG5O-5K22-VKVK-RF của Serial-2 đem paste vào ô: Registration code: (Paste bằng tổ hợp phím Ctrl + V hoặc có thể nhập trực tiếp 2 dãy Serial này bằng bàn phím)

Sau đó nhấp chọn Next.

Nhấp chọn Install để cài đặt và nhấp chọn Finish để hoàn tất quá trình cài đặt.


B. CÀI ĐẶT PHẦN MỀM CHEMOFFICE 2008

Mở file Chemoffice 2004 và nhấp đúp chuột trái vào COU101. Xuất hiện bảng sau:

Nhấp chọn OK để giải nén.

Nhập các thông tin sau vào các ô tương ứng Name: lZ0 Email: [email protected] Serial: 011-256104-7199và sau đó nhấp chọn thẻ Activate Later; Chọn OK ở bước tiếp theo

Chọn OK và Chọn Next ở 2 bước tiếp theo.


Ở bảng này cho ta chọn các ứng dụng cần cài vào máy. Tuy nhiên với nhu cầu hiện tai ta chỉ nên chọn ChemOffice Ultra 2008 (đánh dấu chọn). Chọn Next; Sau đó Chọn Begin, Next ở các bước tiếp theo.

Chọn I accept the terms of the license agreement. Chọn Next; Chọn Custom và chọn Next

Chọn Install để bắt đầu cài đặt; Sau đó chọn Finish


Chọn Finish và chọn Yes để khởi động lại máy tính

Quay lại thư mục CHEMOFFICE 2008. Mở thư mục crack, nhấp đúp chuột trái vào file crack. Chọn Yes và OK ở bước tiếp theo.

Sau đó copy file RegCodeCOM11.dll đem paste vào thư mục vừa cài đặt theo đường dẫn C:\Program Files\CambridgeSoft\ChemOffice2008\Common\DLLs

HƯỚNG DẪN SỬ DỤNG PHẦN MỀM CHEMOFFICE

Các phiên bản ChemOffice đều có các chức năng và cách sử dụng giống nhau. Những điểm khác nhau ở các phiên bản tôi sẽ hướng dẫn song song, nhưng chủ yếu là phiên bản ChemOffice 2004 vì yêu cầu như trên và một số Thầy cô đã được tập huấn trong năm học 2008 - 2009. Còn đối với phiên bản ChemOffice 2008 các Thầy cô có thể tự nghiên cứu hoặc trao đổi với tôi.

Phần mềm Chemoffice bao gồm 2 phần chính: Chemdraw Ultra (dùng để vẽ các công thức cấu tạo dạng 3D) và Chem3D Ultra (dùng để vẽ các công thức cấu tạo dạng 3D). Ngoài ra trong phần mềm này còn chứa rất nhiều cấu trúc đã được thiết lập sẵn.

I. Cách sử dụng Chemdraw Ultra Khởi động chương trình:

Đối với ChemOffice 2004 : Start / Programs / ChemOffice 2004 / ChemDraw Ultra 8.0

Đối với ChemOffice 2008 : Start / Programs / ChemBioOffice 2004 / ChemBioDraw Ultra 11.0


1. Một số công cụ chính của chương trình a. Cửa sổ chính của chương trình

Thanh công cụ Thanh trượt dọc

Vùng soạn thảo

H

Thanh trượt ngang

Cửa sổ làm việc của Chemdraw Ultra 8.0

Cửa sổ làm việc của ChemBiodraw Ultra 11.0

Tài liệu tập huấn sử dụng CNTT trong giảng dạy môn Hóa Học - 2010trang 8

b. Các công cụ chính của chương trình

Lasso Marquee

Structure perspective Mass Framentation tool

Solit Bond Eraser

Multiple Bonds Text

Dashed Bond Pent

Hashed Bond Arrows

Hashed Wedget Bond Orbitals

Bold Bond Drawing elements

Bold Wedget Bond Brakets

Hollow Wedget Bond Chemical symbols

Wavy Bond Query tools

Table TLC plate

Acyclic chain Templates

Cyclopropane Ring Cyclobutane Ring

Cyclopentane Ring Cyclohexane Ring

Cycloheptane Ring Cyclooctane Ring

Cyclohexane chair 1 Cyclohexane chair 2

Cyclopentadiene Ring Benzene Ring

Sử dụng các công cụ này để tạo và thực hiện các thao tác vẽ. Với các chức năng cụ thể: + Lasso: Chọn đối tượng bằng cách kéo x ung quanh chúng. + Marquee: Chọn đối tượng bằng cách kéo chéo qua chúng. + Structure perspective : Xoay đối tượng được chọn. + Mass Framentation tool : Tách phân tử qua những liên kết đặc biệt. + Solit Bond: Vẽ và sắp đặt các loại liên kết. + Eraser: Xoá đối tượng. Kích hoạt vào đối tượng cần xoá hoặc kéo để xoá nhiều đối

tượng. + Multiple bonds : Hộp công cụ này có các công cụ dùng để vẽ và sắp xếp các loại liên kết. + Text: Viết các ký hiệu nguyên tử và chú thích. + Dashed Bond : Liên kết dạng nét đứt. + Pent: Vẽ mũi tên và orbital tuỳ theo lựa chọn. + Hashed Bond : Vẽ liên kết dạng lập thể. + Arrows: Hộp công cụ này có các công cụ dùng để vẽ mũi tên, hình mũi tên. + Hashed Wedget Bond: Vẽ liên kết lập thể. + Orbitals: Hộp công cụ này chứa đựng các công cụ dùng để vẽ các loại orbital. + Bold Bond: Vẽ liên kết đơn nét đậm.


+ Drawing elements : Vẽ những chú thích có ý nghĩa hoá học như những hộp, dòng kẻ.

+ Bold Wedget Bond: Vẽ liên kết lập thể. + Brakets: Hộp công cụ này chứa đựng các công cụ dùng để vẽ các dấu ngoặc. + Hollow Wedget Bond : Vẽ liên kết lập thể. + Chemical symbols : Hộp công cụ này chứa đựng các công cụ dùng để vẽ

các biểu tượng có ý nghĩa hoá học n hư điện tích, gốc tự do, cặp electron chưa chia, … + Wavy Bond: Vẽ các liên kết dạng đường cong. + Arc: Hộp công cụ này chứa đựng các công cụ dùng để vẽ các cung, góc. + Acyclic chain : Vẽ các mạch với độ dài khác nhau. + Templates: Hộp công cụ này chứa đựng các công cụ dùng để vẽ những cấu trúc,

các hình có sẵn. + Cyclopropane Ring : Vẽ cấu trúc vòng 3 cạnh. + Cyclobutane Ring : Vẽ cấu trúc vòng 4 cạnh. + Cyclopentane Ring : Vẽ cấu trúc vòng 5 cạnh. + Cyclohexane Ring: Vẽ cấu trúc vòng 6 cạnh. + Cycloheptane Ring: Vẽ cấu trúc vòng 7 cạnh. + Cyclooctane Ring : vẽ cấu trúc vòng 8 cạnh. + Cyclohexane chair 1 và 2: Vẽ 2 cấu dạng ghế của vòng 6 cạnh. + Cyclopentadiene Ring : Vẽ cấu trúc vòng 5 cạnh có 2 nối đôi liên hợp. + Benzene Ring: Vẽ cấu trúc vòng benzen. + Table: Vẽ các bảng với số dòng và số cột tùy chọn. + TLC plate: Vẽ sắc kí các chất, hay nói cách khác là sơ đồ về tốc độ di chuyển của các

chất khác trong dung môi.

2. Cách sử dụng Các công cụ của Chemdraw được sử dụng trong nhiều công việc khác nhau như: vẽ các

phương trình phản ứng; vẽ công thức của các chất phức tạp như: phức chất, polime, các hợp chất hữu cơ hay vẽ các sơ đồ của các bộ dụng cụ thí nghiệm… Dưới đây là cách sử dụng công cụ của Chemdraw để vẽ một số hình thường gặp trong hóa học.

2.1. Một số thao tác cơ bản thường gặp khi sử dụng phần mềm. - Chọn một đối tượng: Chọn đối tượng bằng công cụ Lasso (chọn tự động) hoặc

công cụ Marquee để chọn một phần đối tượng. Cách chọn: Nhấp chuột trái vào công cụ hoặc . Giữ chuột trái và kéo con trỏ

chéo qua đối tượng.- Xóa một đối tượng: Để xóa một đối tượng ta nhấp chuột trái vào biểu tượng

(con trỏ chuột có hình vuông). Đưa trỏ chuột đến điểm giữa đối tượng cần xóa (xuất hiện hình chữ nhật sẫm màu) và nháp chuột trái hoặc nhấn phím Enter.

- Quay lại thao tác trước: Nếu thao tác sai ta có thể dùng lệnh Undo để quay lại thao tác trước đó tương tự như trong MS Word.

- Sao chép một đối tượng: Sau khi chọn đối tượng cần copy. Đưa con trỏ chuột (có hình bàn tay) vào trong khu vực hình đã chọn và nhấn chuột phải và chọn lệnh Copy. Sau đó đem Paste ra vị trí cần thiết trong vùng soạn thảo hoặc trang MS Word, MS Power Point.

- Di chuyển đối tượng: Để di chuyển đối tượng ta chọn đối tượng sau đó giữ chuột trải để kéo đối tượng sang vị trí cần thiết.


- Tô màu một đối tượng: Trước tiên ta chọn đối tượng cần tô màu, sau đó nhấp chuột trái vào thẻ Color trên thanh Menu và chọn màu.

- Phóng to thu nhỏ và quay một đối tượng: + Đối với Chemoffice 2004: Sau khi đã chọn đối tượng cần phóng to hoặc

quay, ta rê con trỏ chuột vào góc của khung viền đối tượng nơi có màu sẫm thấy xuất hiện dấu mũi tên thẳng 2 chiều (dùng để phóng to) hoặc mũi tên cong 2 chiều ở vị trí đường thẳng hướng ra ngoài của trên khung viền (dùng để quay), giữ chuột trái và kéo theo hướng mũi tên đến khi đạt yêu cầu.

+ Đối với Chemoffice 2008: Sau khi đã chọn đối tượng cần phóng to hoặc quay, ta rê con trỏ chuột vào góc hoặc giữa cạnh của khung viền đối tượng thấy xuất hiện dấu mũi tên thẳng 2 chiều (dùng để phóng to) hoặc mũi tên cong 2 chiều ở vị trí đường thẳng hướng ra ngoài của trên khung viền (dùng để quay), giữ chuột trái và kéo theo hướng mũi tên đến khi đạt yêu cầu.

- Lưu một đối tượng: Vào menu File, chọn Save as, một cửa sổ mới xuất hiện. * Ở ô Save in, chọn nơi lưu của tập tin. * Ở ô File name, đặt tên cho tập tin cần lưu. * Ở ô Save as type chọn định dạng của tập tin cần lưu,thông thường người ta lựa

chọn định dạng GIF (tập tin hình ảnh).

* Nhấn phím Save, hoặc gõ phím Enter để lưu tập tin lại. - Mở một đối tượng đã được lưu trong ổ đĩa: Mở cửa sổ làm việc của Chemdraw hoặc Chem 3D, chọn File/Open (hoặc kích

vào biểu tượng ). Trong cửa sổ mới, nhấp vào hình tam giác trong ô Look in để dẫnđến nơi lưu đối tượng, chọn đúng tên đối tượng cần thiết. Sau đó nhấn Open hay Enter.


2.2. Giới thiệu một số ứng dụng cơ bản của phần mềm.a.Vẽ công thức phân tử, công thức cấu tạo và sơ đồ phản ứng hóa họcTrong phần này thường sử dụng một số công cụ chính sau của chương trình.Các công cụ để vẽ liên kết hóa học: (liên kết đơn hay solid bond), (liên kết

đôi), (mũi tên), (Text) và một số công cụ khác để vẽ.ChemDraw Ultra cho phép khi gõ tên theo IUPAC (hoặc một số tên thông thường)

của một chất, chương trình sẽ xử lý và chuyển ngay thành công thức cấu tạo phẳng. Công thức cấu tạo phẳng viết trong ChemDraw Ultra có thể chuyển thành công thức cấu tạo lập thể trong CS Chem 3D với nhiều tính năng hơn so với ISI/Draw, ACD 3D Viewer và ChemWindows. Ví dụ: Viết công thức cấu tạo của Methane (CH4) B1. Chọn menu Edit/ Insert Name as Structure B2. Xuất hiện cửa sổ Insert Structure, gõ vào khung hộp thoại tên IUPAC hoặc tên thường của hóa chất. Trong trường hợp này, nếu bạn gõ metan thì chương trình không hiểu mà nên dùng methane. B3. Chương trình sẽ hiển thị công thức cấu tạo phẳng của hợp chất. Bạn cũng có thể chuyển thành mô hình phân tử 3D trong Chem 3D (xem hướng dẫn ở phần sau).

- Vẽ Công thức phân tử B1. Dùng chuột trái nhấp vào biểu tượng và nhấp chuột trái vào vùng soạn thảo để

nhập chữ. B2. Nhập công thức phân tử vào. Dùng chuột trái nhấp vào biểu tượng để viết

các chỉ số của nguyên tử.Ví dụ: Vẽ CTPT của axit axetic, ancol etylic

- Vẽ công thức cấu tạo (ta sử dụng các công cụ để vẽ khung phân tử gồm các liên kết, sau đó sẽ bổ sung phần chữ vào khung)

+ Vẽ các liên kết B1. Nhấp chuột trái vào công cụ Solid bond (con trỏ chuột có hình dấu cộng) và

nhấp vào vùng soạn thảo để vẽ liên kết đơn.B2. Để thêm một liên kết thứ hai, bạn tiếp tục sử dụng công cụ Solid bond và rê

con trỏ chuột đến một trong hai đầu của của liên kết đã được tạo trước khi xuất hiện hình vuông sẫm màu thì nhấp chuột trái và giữ chuột trái rê theo hướng cần vẽ. (nếu nhấp chuột trái thì liên kết thứ hai được hình thành và hợp với liên kết thứ nhất một góc 1200). Đối với liên kết đôi, ba ta dùng công cụ tương ứng và thao tác tương tự.

+ Thêm chữ vào khung liên kết B1. Nhấp chuột trái vào biểu tượng (con trỏ chuột có hình dấu cộng có chữ A ở

giữa). Đưa trỏ chuột vào đầu mỗi liên kết (khi xuất hiện hình vuông sẫm màu) và nhấpchuột trái. Ta nhập chữ cần thiết vào khung.


- Dùng công thức cấu tạo sẵn có trong phần mềmVí dụ: Vẽ CTCT của benzen, phenol

B1. Nhấp chọn đối tượng hoặc theo đường dẫn Template\Ph Rings và nhấpchọn vòng benzen để vẽ vào vùng soạn thảo.

B2. Copy hoặc vẽ thêm 1 vòng benzen nữa. B3. Dùng công cụ vẽ liên kết và dán chữ để vẽ CTCT của phenol.

- Vẽ phương trình phản ứng hóa học B1. Vẽ CTCT của các chất trong phương trình phản ứng. B2. Sắp xếp các chất theo đúng thứ tự và bổ sung dấu cộng (bằng công cụ và bàn

phím) và dấu mũi tên trong công cụ Ví dụ. Vẽ phương trình phản ứng giữa etilen với brom.

b.Vẽ công thức chiếu Fisher của các chất hữu c ơ:

Để vẽ công thức chiếu Fisher của một c hất có thể làm như sau (ví dụ đối với công thức 2,3-dihidroxibutanal):

*Dùng công cụ Solid bond vẽ mạch chính của chất cần vẽ theo phương đứng. Tùy thuộc vào việc có bao nhiêu nguyên tử C bất đối mà chọn vẽ số liên kết cho thích hợp.

Với ví dụ đang xét thì vẽ 3 liên kết đơn thẳng đứng nối lại với nhau, để tạo thành hai điểm nối ứng với 2 nguyên tử C bất đối.

*Tại các điểm nối vẫn dùng công cụ Solid bond, kích chuột vào các điểm này, kéo chuột sang trái và sang phải theo các phương nằm ngang để tạo các liên kết nằm ngang trong công thức chiếu.

*Dùng công cụ Text để điền các nguyên tử hay nhóm nguyên tử cần thiết trên công thức chiếu.

c. Vẽ sơ đồ các dụng cụ thí nghiệm:


Để vẽ sơ đồ các dụng cụ thí nghiệm ta nhấp chuột trái công cụ vào công cụ

(Chemoffice 2008) hay công cụ (Chemoffice 2004) và tùy vào yêu cầu mà ta có thể chọn dụng cụ cần thiết trong thẻ Clipware.part 1 hoặc Clipware.part 2.

*Giữ chuột trái và rê chuột để tìm chọn các dụng cụ thí nghiệm cần thiết, sau đó thả chuột và vẽ vào khung soạn thảo.

*Bạn chọn đủ các dụng cụ trên cửa sổ của chương trình, sau đó bạn vào công cụ Lasso để chọn từng dụng cụ, và dùng các phím dịch chuyển qua lại, lên xuống để lắp đặt các dụng cụ của bộ thí nghiệm lại thành hệ thống như ý muốn. Ví dụ: Vẽ sơ đồ chuẩn độ NaOH bằng HCl

+ Chuẩn bị các dụng cụ cần thiết. + Sử dụng một số thao tác đã nêu ta vẽ được sơ đồ thí nghiệm.

d. Một số vấn đề khác: Ngoài một số ứng dụng của phần mềm Chemdraw Ultra trong các vấn đề đã nêu thì phần mềm này còn được sử dụng để giải quyết nhiều vấn đề nữa trong hóa học

như: vẽ mô hình obitan nguyên tử cũng như phân tử, vẽ cấu tạo của các polime, vẽ cấu trúc lập thể của các chất, vẽ các sơ đồ sắc kí,…

II.Cách sử dung phần mềm Chem3D Ultra 1. Cửa sổ chương trình:

Đối với ChemOffice 2004 : Start \Programs \ ChemOffice 2004 \ Chem3D Ultra 8.0 Đối với ChemOffice 2008 : Start \ Programs \ ChemBioOffice 2008 \ ChemBio3D Ultra 11.0

Nếu xuất hiện hộp thoại Chem 3D to chem 3D 8.0! lựa chọn chức năng “Enable


hardware acceleration, and make this default settings” rồi nhấp chuột trái chọn vào ô “I have read. Please don’t show me this again” để không hiển thị thông báo trong các khởi động tiếp theo, sau đó click OK để bắt đầu.

Cửa sổ làm việc của Chem3D Ultra 8.0

Cửa sổ làm việc của ChemBio3D Ultra 11.0


*Công cụ chính của Chem 3D tương tự với Chemdraw. 2. Cách sử dụng: Chem 3D Ultra được sử dụng chủ yếu vào việc thiết kế mô hình phân tử của các hợp

chất hóa học. Đồng thời nó còn cho phép ta thiết kế sự quay của các mô hình phân tử này trong không gian.

a. Cách tạo một mô hình phân tử: Ví dụ: Để vẽ cấu trúc phân tử axit sunfuric ta thực hiện như sau: Kích chuột vào

công cụ (Text) và kích vào vùng trình bày. Nhập công thức phân tử H2SO4 vào vànhấn phím Enter, mô hình phân tử tương ứng với công thức đã nhập sẽ được hiển thị.Hoặc có thể sử dụng các công cụ vẽ liên kết để vẽ cấu trúc phân tử.

* Để biên tập lại mô hình phân tử có thể kích chuột vào các biểu tượng sau:

+ cho phép xoay mô hình phân tử.+ hoặc : trên mô hình phân tử hiện ký hiệu của từng loại nguyên tố.+ hoặc : hiển thị số trên mô hình phân tử.+ hoặc : thay đổi màu nền cho mô hình phân tử.+ nhìn mô hình trong không gian 3 chiều.+ hoặc chọn kiểu mô hình phân tử:

- Wire fram: dạng sợi. - Sticks:dạng que. - Balls and sticks: dạng que và hình cầu. - Cylindrical bonds : dạng các liên kết kiểu hình trụ. - Space filling: dạng khối.

*Để thay đổi nguyên tố trên mô hình phân tử đã thiết kế, ta kích chuột vào công cụ Text, sau đó kích chuột nguyên tử muốn đổi tên trên mô hình phân tử, đánh tên nguyên tố cần thay đổi thay đổi vào trong Text này, nhấn phím Enter chương trình sẽ tự động đổi tên nguyên tử. Ví dụ chuyển mô hình phân tử H2SO4 thành Na2SO4: ta dùng công cụ Text để thay thế nguyên tử H bằng Na.

b. Tạo phim quay cấu trúc 3D trong không gian


Sau khi đã tạo được một cấu trúc 3D, ta muốn cho cấu trúc này quay trong không gian để đưa vào MS Power Point, ta tiến hành như sau: - Tạo cấu trúc quay trong không gian + Với Chemoffice 2004. B1. Nhấp chọn thẻ Analyze, trong hộp thoại xổ xuống ta chọn chiều quay tương ứng theo thẻ Spin About X Axis (quay theo trục X), Spin About Y Axis (quay theo trục Y), Spin About Z Axis (quay theo trục Z). B2. Chọn tốc độ quay bằng cách nhấp chuột trái thẻ View chọn Settings. Trong hộp thoại Chem 3D Settings chọn thẻ Movie và kéo thanh trượt chọn tốc độ quay phù hợp và nhấp chọn OK. - Với Chemoffice 2008. B1. Nhấp chuột trái vào một trong các công cụ và quan sát sự quay của cấu trúc. B2. Chọn tốc độ quay bằng cách nhấp chuột trái vào và kéo thanh trượt chọn tốc độ quay phù hợp. - Lưu sự quay này thành phim. Trước tiên ta phải nhấp chuột trái vào biểu tượng để dừng việc quay. Sau đó Chọn File\Save as để lưu lại. Trong hộp thoại Save as ta chọn định dạng file cần lưu là Windows AVI Movie (*.avi) trong ô Save as type. Nhấn Save để hoàn tất quá trình.

b. Sử dụng các mô hình mà phần mềm đã thiết kế sẵn Đối với ChemOffice 2004 : View \ Substructure.TBL Đối với ChemOffice 2008 : View \ Parameter Tables \ Substructures

Các cấu trúc được thiết kế sẵn trong phần mềm Chemoffice 2008

Các cấu trúc được thiết kế sẵn trong phần mềm Chemoffice 2004 Một cửa sổ mới xuất hiện.Trong cửa sổ này có khoảng 256 mô hình phân tử của các


chất khác nhau. Với Chemoffice 2008: Muốn lấy cấu trúc nào thì nhấp chuột phải thực hiện lệnh

Copy và Paste vào vùng soạn thảo. Với Chemoffice 2004: Ta thực hiện như sau: B1. Đặt con trỏ chuột vào hình tam giác trước tên hợp chất cần lấy ra và kích chuột trái

để chọn. Khi mô hình phân tử hiên ra kích chuột vào mô hình để chọn. B2. Vào menu Edit, chọn Copy. B3. Trở lại cửa sổ chính của chương trình, vào menu Edit, chọn Paste.

Cách lấy các cấu trúc được thiết kế sẵn ở Chemoffice 2004

Còn có nhiều vấn đề chứa đựng trong phần mềm này mà tôi chưa thể nêu hết ra được đang chờ các bạn khám phá tiếp. Ngoài ra cũng còn rất nhiều phần mềm khác nữa chưa được viết để phục vụ cho việc dạy và học môn hóa học. Do vậy những đóng góp của quý thầy cô giáo cũng như bạn đọc sẽ cho tôi những kinh nghiệm quan trọng trong việc sử dụng và ứng dụng của các phần mềm nhằm phục vụ tốt hơn cho việc giảng dạy môn hóa học.

Xin chân thành cảm ơn.

Documents

TMSS4VOJ7I42520101106Tài liệu hướng dẫn sử dụng CHEMOFFICE 2008