1

UČNI NAČRT: Anatomija in histologija 1. Naslov predmeta: Anatomija in histologija 2. Število ECTS kreditov: 6 3. Študijski program: BIODIVERZITETA 4. Stopnja: 1. stopnja, univerzitetni 5. Steber programa: notranji izbirni predmet 6. Jezik: slovenski 7. Posebnosti: Predmet izvaja habilitirani visokošolski učitelj in visokošolski sodelavec, za

posamezne vsebine pa lahko izvajalec pritegne tudi ustrezno usposobljene gostujoče učitelje. 8. Obveznosti: oblika * število ur število KT izvaja P 30 1 učitelj LV 30 1 učitelj in sodelavec

SN 30 1 študent ŠL 45 1,5 študent KO 15 0,5 študent PI 30 1 študent SKUPAJ 180 6 9. Cilji in predmetno specifi čne kompetence Obravnavanje organizacijske pestrosti vretenčarjev s primerjavo organskih sistemov pri nižjih in višjih vretenčarjih. Spoznati morfologijo organov v povezavi z njihovo funkcijo. Strukturen ustroj zasleduje v embrionalni diferenciaciji in ga vrednoti tudi funkcionalno v tesni povezavi z ekološkimi pogoji, ki so spremljali razvojno zgodovino vretenčarjev. Obravnava strukturo vretenčarjev, funkcionalni pomen struktur in variacije v strukturi in funkciji v geološki preteklosti. Zagotoviti znanje anatomije, fiziologije in histologije v obsegu, ki zadošča za osnovno razumevanje zgradbe in funkcije človeškega telesa v primerjavi s telesi ostalih vretenčarjev. Z usvojenim znanjem lahko študent/ka nadgrajuje znanje pri sorodnih predmetih, ki se navezujejo na histologijo, anatomijo in fiziologijo .

10. Opis vsebine Vsebina predmeta pri predavanjih:

• Izvor strunarjev in vretenčarjev, diverziteta vretenčarjev, filogenetski izvor in recentni predstavniki. Prehod iz vode na kopno, izumrtje na koncu mezozoika. Zgodnji embrionalni razvoj vretenčarjev. Posamezne faze zgodnjega razvoja.

• Uvod v sestavo človeškega telesa: poimenovanje in orientacija, telesni deli, telesne votline, organski sistemi v primerjavi z osnovno zgradbo telesa vretenčarjev.

• Tkiva: vrste tkiv, značilnosti in pomen posameznih tkiv pri sestavi organov.

• Koža človeka in integument vretenčarjev. Evolucija keratina v integumentu vretenčarjev. Pigmentacija kože in njena funkcija. Koža pri posameznih vrstah vretenčarjev.

• Skelet človeka in evolucija skeleta glave, trupa in ekstremitet. Zgradba in prilagoditev skeleta trupa in ekstremitet na različne načine gibanja.

• Mišični sistem vretenčarjev in posebnosti pri človeku. Diferenciacija muskulature glede na embrionalni izvor. Evolucija posameznih delov muskulature. Funkcionalna morfologija podpore in lokomocije.

* Od kratic povzetih po Katalogu obremenitev študentov, so uporabljene naslednje: P = predavanja, SE = seminarji, LV = laboratorijske vaje, SN = seminarska naloga, ŠL = študij literature in virov, KO = kolokvij, PI = priprava na izpit in izpit

2

• Živčevje: živčno tkivo, centralno in periferno živčevje, somatsko in vegetativno živčevje, razlike v strukturi in funkciji, poškodbe in bolezni živčevja. Embrionalni in filogenetski razvoj možganov vretenčarjev.

• Čutila: vloga čutil, histološka in anatomska zgradba posameznih čutil, senzorične poti, bolezni in poškodbe čutil. Čutilni organi vretenčarjev. Kemoreceptorji. Evolucija in funkcija oktavolateralnega sistema; notranje uho in pobočnica. Elektroreceptorji. Fotoreceptorji. Evolucija, zgradba in funkcija lateralnih oči. Mediano oko.

• Endokrine žleze: povezava med živčevjem in edokrinim sistemom, sistematski pregled endokrinih žlez, delovanje hormonov.

• Obtočila: krvožilni in mezgovni sistem, srce in krvni obtoki, glavne telesne arterije in vene, kri, limfa, bezgavke, bolezni srca, ožilja in limfnega sistema. Evolucija krvožilnega sistema pri posameznih skupinah vretenčarjev. Razvoj in zgradba krvožilnega sistema.

• Dihala: dihalna pot, pljuča, pleura, mehanika dihanja, poškodbe in bolezni dihal. Respiratorni sistem pri posameznih skupinah vretenčarjev. Pomožni respiratorni organi. Evolucija pljuč in plavalnega mehurja. Posebnosti v zgradbi in delovanju respiratornega sistema pri ptičih.

• Prebavila: zgradba in funkcija prebavil, prebavni trakt, posamezni organi in žleze, bolezni prebavil, zdrava prehrana, peritonej.

• Ekskretorni sistem in ozmoregulacija. Razvoj ledvic in njihova evolucija, zgradba in funkcija izločal, posamezni izločalni organi, bolezni izločal.

• Moška spolovila: gonade, izvodila, akcesorne žleze, zunanja spolovila, delovanje spolnih hormonov, bolezni spolovil.

• Ženska spolovila: posamezni spolni organi, zunanja spolovila, delovanje spolnih hormonov, mesečni ciklus, oploditev, razvoj zarodka, potek nosečnosti.

Vsebina predmeta pri vajah:

• Skelet: histološka zgradba hrustančnega in kostnega tkiva, osifikacija, sestava in funkcija okostja, kostni stiki in sklepi, poškodbe, okvare in degeneracija skeleta.

• Anatomija hrbtenice, prsnega koša in okončin: prepoznavanje kosti po obliki in zgradbi, povezava v funkcionalne enote, razvoj postkranialnega skeleta.

• Anatomija lobanje: lobanja kot celota, posamezne kosti lobanje, razvoj lobanjskih kosti, morfologija in sestava zoba, stalno in mlečno zobovje.

• Mišičje: vrste mišičnega tkiva, zgradba in funkcija skeletnih mišic, posamezne funkcionalne skupine mišic z narastišči, poškodbe skeletnih mišic.

• Spoznavanje osnovnih in sodobnih metod mikroskopije: osnove svetlobne mikroskopije, konfokalna mikroskopija, multifotonska in multispektralna laser-skening mikroskopija, priprava celic in tkiv za fluorescentno mikroskopijo, osnove imunofluorescentne mikroskopije, fluorescentna in situ hibridizacija, transmisijska elektronska mikroskopija, imunoelektronska mikroskopija.

Vaje potekajo vzporedno z ustreznimi predavanji in so razdeljene v anatomske (makroskopske) in histološke (mikroskopske) vaje.

Anatomske vaje dajejo pregled vseh organskih sistemov človeka, primerjalno z organi ostalih vretenčarjev. Na secirnih vajah se demonstrirajo in komentirajo preparati, slike, modeli in drugi učni pripomočki. Pri histoloških vajah študenti samostojno analizirajo histološke preparate ter si ogledujejo slike, diapozitive in druge pripomočke. Spoznajo osnovne principe mikroskopiranja. Vaje potekajo v mikroskopirnici s svetlobnimi mikroskopi ter s šolsko zbirko histoloških preparatov.

3

11. Literatura Obvezna:

1. Bošković, M.S., Anatomija čoveka, Medicinska knjiga Beograd-Zagreb, 1976. 2. Bertolini, R., Leutert, G., Anatomski atlas, Tehniška založba Slovenije, 1992. 3. Martini, F.H., Timmons, M. J., Human Anatomy, Prentice-Hall International, London,

1995. 4. Stušek, P., Funkcionalna anatomija s fiziologijo, DZS, Ljubljana, 1997.

Priporo čena:

• Tomazo-Ravnik T., Anatomija človeka, Priročnik za vaje, Ljubljana 1995. • Kališnik M. Oris histologije z embriologijo. Ljubljana: Medicinska fakulteta, 1992. • Kališnik M. Navodila za vaje iz histologije z embriologijo. Ljubljana: Medicinska fakulteta,

1981. • D. Štiblar-Martinčič (ed): Histologija z embriologijo. Navodila za vaje, Medicinska fakulteta,

Ljubljana, 2001. • A.S. Romer, T.S. Parsons: The Vertebrate Body. Saunders College, Philadelphia, 1977, 1986

in kasnejše izdaje. • G.C. Kent: Comparative Anatomy of the Vertebrates. Mosby Year Book , Baltimore, 1987 in

kasnejše izdaje. • R.W. Hill, G.A. Wyse, M. Anderson: Animal Physiology. Sinauer Associates, Inc. Publishers,

Sunderland, Massachusetts, 2004. • D. Rendall, W. Burggren, K. French: Animal Physiology Mechanisms and Adaptations.

W.H.Freeman and Company, New York, 2001. • D.L. Spector, R.D. Goldman (ed): Basic Methods in Microscopy, Protocols and Concepts from

Cells: A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor, New York, 2005. • J.P. Heath: Dictionary of Microscopy, John Wiley & Sons, 2005. • A. Despopoulos, S. Silbernagl: Color Atlas of Physiology. Thieme, Stuttgart, New York, 1981,

2001 in kasnejše izdaje. • H. Leonhardt: Human Histology, Citology and Microanatomy. Georg Thieme Publishers,

Stuttgart, 1977 in kasnejše izdaje. • http://www.innerbody.com/htm/body.html

12. Predvideni študijski dosežki Znanje in razumevanje:

Poznavanje morfološke in histološke zgradbe človeškega telesa v primerjavi z zgradbo teles ostalih vretenčarjev.

Uporaba:

Zmožnost razlikovanja organizacijskih struktur različnih vretenčarjev v primerjavi s strukturo človeškega telesa, uporaba sodobnih metod in tehnik dela v anatomiji in histologiji ter sposobnost uporabe tega znanja pri načrtovanju in izvedbi poskusov.

Refleksija:

Primerjava morfološke in histološke zgradbe različnih organskih sistemov živali in analiza glede na stopnjo razvitosti in sorodnost.

Prenosljive spretnosti:

Mikroskopske tehnike dela in tehnike priprave preparatov v histologiji, izdelava slikovne dokumentacije in poročil, uporaba priročnikov v tujih jezikih, poznavanje strokovnih izrazov.

13. Metode pou čevanja in u čenja

Oblike dela: - Frontalna oblika poučevanja - Delo v manjših skupinah

4

- Samostojno delo študentov - e-izobraževanje

Metode dela:

- Razlaga - Razgovor/ diskusija/debata - Proučevanje primera - Vključevanje gostov iz prakse

14. Pogoji za vklju čitev v delo oziroma za opravljanje študijskih obvez nosti Predmet temelji na znanju, ki ga študenti pridobijo pri predmetih Citologija in Splošna zoologija. 15. Metode ocenjevanja in ocenjevalna lestvica Uspešnost pri vajah se ocenjuje na podlagi sodelovanja pri vajah, zaključnih poročilih o vajah in opravljenega kolokvija. Opravljene vaje in seminarska naloga so pogoj za pristop k pisnemu izpitu. Obseg seminarske naloge je od 1500 do 2000 besed. Vrednotenje oddanih nalog sloni na kriterijih: utemeljenost in verodostojnost podatkov, natančnost in strokovnost njihove obdelave, teoretska podlaga zaključkov in prenos ugotovitev, izvirnost interpretacije, jezikovna pravilnost in strukturiranost besedila / zvrsti, ustreznost virov in citatov. Sestavni del ocene oddanega dela bo tudi predstavitev njegove vsebine študijski skupini.

Pisni izpit se oceni z ocenjevalno lestvico od 1 do 10 (negativno od 1-5, pozitivno od 6-10). Za uspešno opravljen izpit velja kriterij:

• zadostno 6: rezultati zadoščajo minimalnim kriterijem (55-64%) • dobro 7: povprečni rezultati z večjimi napakami (65-74%) • prav dobro 8: povprečni rezultati (75-84%) • prav dobro 9: nadpovprečni rezultati (85-94%) • odlično 10: izjemni rezultati (95-100%)

Uspešnost študentov se ocenjuje na osnovi vseh aktivnosti povezanih z delom, pri čemer pisni izpit prispeva najmanj 75 %.

16. Metode evalvacije kakovosti

Evalvacija izvedbe predmeta Oddaja poročila o izvedbi predmeta in ocena izvedbe Anketiranje študentov ob zaključku izvedbe Razgovori študentov z izvajalci predmeta Evalvacija na ravni zavoda Obravnava poročil o izvedbi predmeta v okviru oddelkov Analiza uspešnosti študentov pri predmetu v okviru oddelkov

5

UČNI NAČRT: Biološke vsebine v angleškem jeziku Osnovni podatki o predmetu

1. Ime predmeta: Biološke vsebine v angleškem jeziku

2. Šifra predmeta: / 3. Število KT (seštevek iz tabel spodaj): 6 4. Učni jezik: angleški Podatki o umeš čenosti predmeta

5. Študijski program: Bioinformatika 6. Stopnja študijskega programa: univerzitetni, 1. stopnja 7. Steber programa: veščine 8. Obveznosti

Oblike neposredne pedagoške obveznosti (kontaktne ure): Oblika Število ur Število KT Izvajalec Predavanja 60 2 visokošolski učitelj Seminarske vaje 30 1 visokošolski sodelavec Skupaj 90 3

Samostojno študentovo delo: Oblika Število ur Število KT Priprave na izpit 30 1 Kolokviji 4 0.1 Domače naloge 26 0.9 Študij literature, projektna naloga 30 1 Skupaj 90 3

9. Cilji in kompetence

Predznanje, ki ga mora imeti študent: usvojena primerljiva raven znanja Učni cilji predmeta in kompetence: Cilji: - Študent ob konkretni biološki vsebini, poglobljeno spoznajo biološko izražanje v tujem jeziku. - Študent spozna osnove ključnih bioloških področji in smernice sodobnega raziskovanja. Splošne kompetence: - Študent se uči temeljnih bioloških vsebin in spoznava izrazoslovje v tujem jeziku. Na tak način doseže suveren in kritičen odnos do različnih načinov obravnavanja posameznih vsebin. - Razumevanje povezanosti osnovnih ključnih bioloških področji s sodobnimi pristopi v raziskovanju. - Študent se uči uporabljati znanje pridobljeno pri nekaterih drugih predmetih. Predmetnospecifične kompetence: - Seznanjanje z biološkim izrazoslovjem v tujem jeziku. - Spoznavanje osnovnih konceptov iz biologije.

6

10. Vsebina predmeta in literatura

Opis vsebine Predavajo se najpomembnejše raziskovalno aktualne teme iz področja matematike, ki med drugimi lahko vključujejo naslednja vsebinska podpodročja: - Osnove zoologije - Osnove botanike - Biologija in anatomija človeka - Fiziologija živali - Fiziologija rastlin - Genetika - Biokemija - Evolucija - Ekologija in varstvena biologija - Etologija

Osnovna literatura: Literatura je skladna z obravnavano tematiko in po izboru domačega oziroma vabljenega predavatelja. 11. Oblike in metode pou čevanja, u čenja ter ocenjevanja

Uporabljene metode poučevanja in učenja: Predavanja, seminar, individualne naloge in projektno delo. Uporabljeni načini preverjanja znanja: Pisni izpit (lahko se nadomesti s 3 kolokviji), ustni izpit ter domače naloge. 12. Pogoji in viri

Potrebni materialni viri za izvedbo predmeta: predavalnica, projektor. Potrebni človeški viri za izvedbo predmeta. - 1 habilitiran visokošolski učitelj in - 1 habilitiran visokošolski sodelavec * število skupin 13. Evalvacija

Metode in oblika evalvacije: študentske ankete.

7

UČNI NAČRT: Celična in molekularna biologija

Osnovni podatki o predmetu

1. Ime predmeta: Celična in molekularna biologija 2. Koda predmeta: / 3. Število ECTS kreditnih točk: 6 4. Učni jezik: slovenski Podatki o umeš čenosti predmeta

5. Študijski program: Biodiverziteta 6. Vrsta in stopnja študijskega programa: dodiplomski univerzitetni študijski program 7. Vrsta predmeta: izbirni 8. Steber programa: / 9. Oblike neposredne pedagoške obveznosti (kontaktn e ure):

Oblika izvedbe Število ur Število KT Izvajalec

Predavanja (P) 30 1 visokošolski učitelj

Seminarji (SE) 30 1 visokošolski učitelj

Laboratorijske vaje (LV) 15 0,5 visokošolski sodelavec

Skupaj 75 2,5 10. Samostojno študentovo delo:

Oblika aktivnosti Število ur Število KT Seminarska naloga (SN) 30 1 Priprava na izpit in izpit (PI) 75 2,5 Skupaj 105 3,5

Cilji in kompetence

11. Predznanje, ki ga mora imeti študent: / 12. Učni cilji predmeta in kompetence:

a. Cilji:

Predmet je osnoven. Pridobljena znanja bodo tvorila temelj za razumevanje delovanja celice kot celote. Študent/ka nadgradi srednješolsko znanje o temeljnih zakonitostih živega. Spozna organiziranost prokariontske in evkariontske celice. Pri evkariontski celici se seznani z molekularno strukturo in delovanjem celice, ter z vsemi bistvenimi razlikami med rastlinsko in živalsko celico.

b. Splošne kompetence:

Razumevanje osnovnih konceptov znanstvenih izhodišč stroke, ki študenta/-ko usmerjajo k analiziranju in reševanju problemov.

8

c. Predmetnospecifične kompetence:

Osvojiti temeljna znanja o molekularni biologiji celice, o komunikaciji celic z okoljem, razmnoževanju celic, celičnem ciklusu in smrti celic. Študent spozna tudi osnove gojenja celic in uporabnost molekularno-bioloških tehnik v raziskovalnem in uporabniškem (diagnostika, industrija) okolju.

Vsebina predmeta in literatura

13. Opis vsebine (vsebinskih sklopov):

Splošno o celici in načini preučevanja celice • nastanek in evolucija celic • mikroskopija • prokarionska in evkariontska celica • rastlinska in živalska celica • modelni organizmi

Zgradba in funkcija celičnih organelov • jedro • ribosomi • celična membrana • membranski transport • endomembranski sistem: endoplazemski retikel, Golgijev aparat, vakuole • kroženje membran; endocitoza; eksocitoza • intracelularna prebava; lizosomi • organeli energijskih transformacij: mitohondriji in kloroplasti • citosol • citoskelet: mikrotubuli, aktinski filamenti, intermediarni filamenti • celična stena

Celična komunikacija • receptorji, signalne molekule

Celični cikel • interfaza in M faza • regulacija celičnega cikla

Celična delitev • mitoza in citokineza

Celična smrt • programirana celična smrt • nekroza

Matične celice Tkiva in rak

• ekstracelularni matriks • medcelične povezave • obnavljanje tkiv • rak

14. Literatura:

a. Obvezna:

• Cooper GM. The Cell: A molecular approach. 3 izdaja, Sinauer Associates Inc, Sunderland, MA, 2004.

• Bruce Alberts, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter. Molecular biology of the cell: fifth edition. Garland Publishing, Inc. New York, London, 2007.

9

b. Priporočena: • Lewin B. Genes VIII. Person Prentice Hall, Pearson Education, Inc. NJ, 2004. • Lodish H, Berk A, Matsudaira P, Kaiser CA, Krieger M, Scott MP, Zipursky L, Darnell

J. Molecular Cell Biology fifth edition, WH Freeman, 2004.

15. Predvideni študijski dosežki: Znanje in razumevanje: Študent/ka pozna in razume zgradbo različnih tipov celic in na njeni osnovi delovanje posameznega tipa. Uporaba zmožnost razlikovanja različnih vrst celic, uporaba sodobnih metod in tehnik dela v celični in molekularni biologiji Refleksija: Študent je sposoben kritično ovrednotiti pridobljeno teoretično in praktično znanje o molekularni biologiji celice in ga uporabiti v delovnem okolju tako na raziskovalnem področju kot tudi v uporabniškem okolju. Prenosljive spretnosti: Študent pridobi sposobnost razumevanja ostalih predmetov s tega področja in ustrezno navaja osnovno besedišče predmetnega področja kot znanstvene discipline v slovenščini in tujem jeziku (angleščini). Študent je sposoben uporabiti različno literaturo, informacijsko komunikacijske tehnologije in je sposoben zbrati in ovrednotiti ter interpretirati pridobljene podatke.

Oblike in metode pou čevanja, u čenja ter ocenjevanja

16. Metode poučevanja in učenja: Poleg predavanj obsega predmet problemsko orientirano učenje (POU), ki se zaključi z oddajo seminarske naloge. Teme bodo obsegala področja, kjer bodo študentje teoretično znanje nadgradili s kritičnim ovrednotenjem določenega problema iz prakse. Temo seminarja si izbere študent/ka sam/a iz nabora predlaganih tem in v dogovoru s predavateljem. Pri POU študenti razvijajo svoje jezikovne spretnosti (branje v slovenskem in tujih jezikih, pisanje, govorni nastop), naučijo se poiskati informacije (npr. knjižnica, svetovni splet, specialisti). Za vse aktivnosti povezane s POU dobijo študenti natančna navodila). Laboratorijske vaje bodo potekale v manjših skupinah. 17. Načini preverjanja znanja:

Uspešnost pri vajah se ocenjuje na podlagi sodelovanja pri vajah in zaključnih poročilih o vajah, ter kolokviju. Pisni obseg seminarske naloge, ki ima predpisane iztočnice, je 1500 do 2000 besed in dolžina ustne predstavitve je 20-25 minut. Sledijo vprašanja in razprava. Pozitivno ocenjen seminar in opravljen kolokvij sta obvezna predpogoja za pristop k pisnemu preverjanju znanja. K skupni oceni izpita šteje pisno preverjanje, seminarska naloga in kolokvij. Ocenjevalna lestvica: zadostno 6 (60-67), dobro 7 (68-75), prav dobro (76-83), prav dobro 9 (84-90), odlično 10 (91-100).

Evalvacija

18. Metode in oblika evalvacije:

Evalvacija izvedbe predmeta Sprotni razgovori izvajalca predmeta s študenti Anketa študentov ob zaključku izvajanja predmeta

10

Analiza uspešnosti študentov pri preverjanju znanja Evalvacija na ravni zavoda Obravnava poročil o izvedbi predmeta v okviru oddelkov Analiza uspešnosti študentov pri predmetu v okviru oddelkov

11

UČNI NAČRT: Upravljanje z zavarovanimi obmo čji in trajnostna raba 1. Naslov predmeta: Upravljanje z zavarovanimi območji in trajnostna raba 2. Število ECTS kreditov: 6 3. Študijski program: Biodiverziteta 4. Stopnja: 1. stopnja, univerzitetni 5. Steber programa: notranji izbirni predmet 6. Jezik: slovenski 7. Posebnosti: Predmet izvaja habilitirani visokošolski učitelj. Izvajalec lahko za izvedbo posameznih

vsebin povabi ustrezno usposobljene domače in/ali tuje gostujoče učitelje. 8. Obveznosti: oblika * število ur število KT izvedba P 30 1 učitelj SE 15 0,5 učitelj SV 30 1 učitelj SN 30 1 študent/ka ŠL 45 1,5 študent/ka PI 30 1 študent/ka Skupaj 180 6 9. Cilji in predmetno specifi čne kompetence Slušatelj se seznani z zgodovinskimi izhodišči zavarovanih območij v svetu in Sloveniji, mednarodno kategorizacijo zavarovanih območij, različnimi načini in pristopi gospodarjenja z zavarovanimi območji, pravnimi izhodišči ter stanjem v Sloveniji in postopkom razglasitve zavarovanih območij, načrtovanju v zavarovanih območjih (načrt upravljanja). 10. Opis vsebine Izrazje, pojem zavarovanega območja Zgodovinska izhodišča ustanavljanja zavarovanih območij v svetu in Sloveniji Mednarodne kategorizacije zavarovanih območij Sistem zavarovanih območij v Sloveniji Mednarodno varovana območja v Sloveniji Sistemi presoj vplivov na naravo v zavarovanih območjih Zavarovana območja in Natura 2000 Postopek priprave predloga in razglasitve zavarovanega območja v Sloveniji Različni tipi in pristopi gospodarjenja z zavarovanimi območji Gozdarska dejavnost in zavarovana območja Mednarodne organizacije na področju upravljanja z zavarovanimi območji Upravljanje zavarovanih območij Predavanje gostujočega učitelja – diskusija in sinteza na eno izmed tem.

11. Literatura Obvezna: Študijsko gradivo (izročki predavanj s priloženimi kopijami osnovnih virov) Skoberne, P., 1984: Sto naravnih znamenitosti Slovenije, Prešernova družba, Ljubljana. Skoberne, P., 2004: Pregled mednarodnih organizacij in predpisov s področja varstva narave 2005, priročnik, inačica 9.1, Ministrstvo za okolje in prostor, Ljubljana.

* Od kratic, povzetih po Katalogu obremenitve študentov, so uporabljene naslednje: P = predavanje, SE = seminarji, SV = seminarske vaje, SN = seminarska naloga, ŠL = študij literature in virov, PI = priprava na izpit in izpit.

12

IUCN, 1994: Guidelines for Protected Area Management Categories Predpisi s področja varstva narave Priporo čena: Inventar najpomembnejše naravne dediščine 2. del: osrednja Slovenija, Zavod RS za varstvo naravne in kulturne dediščine, Ljubljana, 1991; uvodni del Skoberne, P., 2005: Varstvo narave v Sloveniji (pregled – 2005), delovno interno gradivo, Ministrstvo za okolje in prostor. 12. Predvideni študijski dosežki Znanje in razumevanje: znanje in razumevanje izrazja, načel gospodarjenja z zavarovanimi območji v Evropi in svetu, obvladovanje izhodišč za gospodarjenje z gozdovi v zavarovanih območjih. Uporaba: usposobljenost za sodelovanje pri načrtovanju in upravljanju z zavarovanimi območji Refleksija: lastno razumevanje metodoloških pristopov in načel zavarovanih območij kot temeljnega ukrepa varstva narave, kritična uporaba kategorizacij ter načel načrtovanja in upravljanja z zavarovanimi območji. Prenosljive spretnosti: zbiranje in interpretiranje podatkov, uporaba IT, sposobnost komuniciranja z drugimi deležniki. 13. Metode pou čevanja in u čenja Oblike dela: • frontalna oblika predavanj • delo v manjših skupinah • samostojno delo študentov/tk Predavanja, problemske diskusije, terenske vaje (informacijski sistemi, delo s podatki, iskanje virov). Metode dela: • razlaga • dialog, diskusija • delo z besedilom • proučevanje primera • reševanje nalog • vključevanje strokovnjakov za konkretna področja 14. Pogoji za vklju čitev v delo oziroma za opravljanje študijskih obvez nosti Študent mora biti vpisan. Po oddanem poročilu o udeležbi na terenskih vajah, študent lahko opravlja ustni ali pisni izpit. Ustni ali pisni izpit in kolokvij. 15. Metode ocenjevanja in ocenjevalna lestvica Ocena sestoji iz treh elementov: aktivnega sodelovanja pri vajah (20%), izdelave in diskusijske predstavitve seminarske naloge (20%), ki obsega okoli 1500 besed, ter zaključnega izpita iz vsebine (60%). Kriterija za ocenjevanje seminarskih nalog sta vsebinski in oblikovni: pri vsebini so pomembni celovitost predstavljenega problema, kvaliteta in obseg črpanih virov, utemeljenost podatkov, logična razporejenost snovi, dedukcija argumenta ter smiselnost in ustreznost zaključka; pri obliki pa se ocenjuje uporaba kritičnega aparata, z njo v tesni zvezi pa so tudi formalna struktura naloge, bibliografija, navajanje citatov in literature, ter navsezadnje tudi jezikovna in oblikovna pravilnost. Ocenjevalna lestvica: zadostno 6 (60-67), dobro 7 (68-75), prav dobro 8 (76-83), prav dobro 9 (84-90), odlično 10 (91-100). 16. Metode vrednotenja kakovosti Vrednotenje izvedbe predmeta: • Poročilo o izvedbi predmeta z oceno izvedbe

13

• Anketa študentov/tk ob zaključku izvajanja • Sprotni razgovori študentov/tk z izvajalci predmeta Vrednotenje na ravni zavoda: • Obravnava poročil o izvedbi predmeta v okviru oddelka • Analiza uspešnosti študentov/tk pri predmetu v okviru oddelka

14

UČNI NAČRT: Evolucijska biologija 1. Naslov predmeta: Evolucijska biologija 2. Šifra predmeta: 3. Število ECTS kreditov: 6 4. Študijski program: BIODIVERZITETA 5. Študijska smer: 6. Stopnja: 1. stopnja, univerzitetni 7. Letnik: 1. 8. Semester: zimski/letni 9. Steber programa: notranji izbirni predmet 10. Jezik: slovenski 11. Posebnosti: Prvi primer interdisciplinarnega poučevanja biogeografije v Sloveniji, pri katerem sodelujejo tako geografi kot biologi. 12. Obveznosti: oblika * število ur število KT izvedba P 30 1 učitelj/asistent SE 30 0,5 učitelj/asistent SN 30 0,5 študent/ka ŠL 45 1,5 študent/ka PI 45 1,5 študent/ka Skupaj 180 6

13. Cilji in predmetno specifi čne kompetence Študenti/študentke se seznanijo s temelji evolucijske biologije kot univerzalnega povezovalnega koncepta, na katerem temelji biološka znanost. Skozi zgodovino razvoja evolucijske misli pridejo do darvinistične evolucije, katere razvoj spremljajo do sodobnega neodarvinizma. V času zaostrenih konfrontacij na relaciji evolucionizem – kreacionizem študenti/ke lahko razumejo pomen evolucije za sodobno biologijo le skozi vlogo, ki jo pri tem igra formuliranje hipotez in njihovo testiranje. Predmet je sicer usmerjen v razumevanje temeljev darvinistične evolucije (spontana variabilnost – selekcija), slušatelja/slušateljico pa uvede tudi v osnovne hipoteze nastanka življenja. 14. Opis vsebine Zgodovina razvoja evolucijske misli pred Darwin-Wallacevo teorijo in po njej; Definicija življenja; Spontana variabilnost (mutacije – molekularna variabilnost in njen pomen za evolucijo); Naravna selekcija; Evolucija in biogeografija; Evolucija in speciacija; Koncept biološke vrste; Evolucija v času (z osnovami paleontologije); Izvor in evolucija človeka; Izvor življenja; Kreacionizem in evolucionizem. 15. Literatura � Dawkins, R. 2004. The ancestor's tale. Orion Publishing Group, London. � King, M. 1995. Species evolution. The role of chromosomal change. Cambridge University Press,

Cambridge. � Mayr, E. 1988. Towards a new philosophy of biology. Harvard University Press, Cambridge. � Moya, A., Font, E. 2004. Evolution. From molecules to ecosystems. Oxford University Press,

Oxford. � Smith, J.M., Szathmary, E. 1999. The origins of ife. From the birth of life to the origin of language.

Oxford University Press, Oxford. � Stanley, S.M. 1998. Macroevolution. Pattern and process. Johns Hopkins University Press,

London.

* Od kratic, povzetih po Katalogu obremenitve študentov, so uporabljene naslednje: P = predavanje, SE = seminar, SN = seminarska naloga, ŠL = študij literature in virov, PI = priprava na izpit in izpit.

15

16. Predvideni študijski dosežki Predmet bo študenta/ko uvedel v osnovni povezovalni koncept sodobne biologije, v evolucijsko biologijo. Omogočil mu/ji bo razumevanje temeljnih mehanizmov spreminjanja in prilagajanja živega sveta. Razmeroma velik delež samostojnega dela je namenjen vzpodbujanju in razvoju kritičnega interpretiranja raznovrstnih bioloških dejstev v luči evolucije, kar lahko dosežejo s samostojnim študijem in predstavljanjem in zagovarjanjem zaključkov v obliki seminarjev. 17. Metode pou čevanja in u čenja

• Razgovor/diskusija/debata • Proučevanje primera • Predavanja • Seminarska naloga • Samostojen študij strokovne tekoče periodike

18. Pogoji za vklju čitev v delo oziroma opravljanja študijskih obveznos ti

• seminarska naloga: študent ustno poroča o lastnih delih v seminarju 19. Metode ocenjevanja Študent je ocenjen na osnovi znanja, ki ga izkaže pri izpitu: uspešna rešitev pisnega testa ali ustnega izpita daje 80 % končne ocene pri predmetu. Študent iz predstavitve seminarske naloge pridobi 20 % končne ocene. Ocenjevalna lestvica je uzakonjena: nzd (1, 2, 3, 4, 5); zd (6); db (7); pd (8), pd (9), odl (10). 20. Metoda evalvacije kakovosti

• Učitelj odda poročilo o izvedbi predmeta in oceni izvedbo in druge pogoje, ki so vplivali na delo;

• Ustanova poskrbi za anonimno anketiranje študentov ob zaključki izvajanja predmeta; • Ustanova zagotovi razgovor med študentom in izvajalci predmeta – po njegovem zaključku; • Poročila učiteljev in rezultate ankete obravnava oddelek in komisija za kakovost; • Vsakoletno se opravi analiza uspešnosti študentov pri predmetu; • Učitelj se individualno in tajno seznani z vsemi postopki, ki so evalvirali njegovo delo.

16

UČNI NAČRT: Biogeografija 1. Naslov predmeta: Biogeografija 2. Število ECTS kreditov: 6 3. Študijski program: BIODIVERZITETA 4. Stopnja: 1. stopnja, univerzitetni 5. Steber programa: notranji izbirni predmet 6. Jezik: slovenski 7. Posebnosti: Prvi primer interdisciplinarnega poučevanja biogeografije v Sloveniji, pri katerem

sodelujejo tako geografi kot biologi.

8. Obveznosti: oblika * število ur število KT izvedba P 30 1 učitelj/asistent SE 15 0,5 učitelj/asistent TV 30 1 asistent SN 15 0,5 študent/ka ŠL 45 1,5 študent/ka PI 45 1,5 študent/ka Skupaj 180 6 13. Cilji in predmetno specifi čne kompetence

Študenti se seznanijo z osnovnimi principi biogeografije, torej z vzorci razporeditve biodiverzitete v prostoru in s procesi, ki so pripeljali do obstoječega stanja. Spoznajo metodologijo in domet deskriptivne, analitske in eksperimentalne biogeografije. Pridobijo potrebne biološke osnove za razumevanje biogeografskih principov: teorija vrste, evolucija in filogenija, molekularna biologija in filogeografija, ekologija in ekofiziologija vrst ter delovanje in struktura ekosistemov. 14. Opis vsebine Osnovni principi biogeografije; Okolje in zgodovina (razširjenost vrst; razširjenost združb; dinamična biogeografija; glaciacije in biogeografska dinamika v pleistocenu); Zgodovinski vzorci in procesi (speciacija in izumiranje; disperzija; enedemizem in provincializem; filogeografija); Recentni vzorci in procesi (otoška biogeografija; vrstna in ekosistemska diverziteta); Biogeografija in varstvena biologija. 15. Literatura Avise, J.C. 2000. Phylogeography. The history and formation of species. Harvard University Press,

Cambridge. Blondel, J.; Arnson, J. 1999. Biology and wildlife of the Mediterranean region. Oxford University Press,

Oxford. Brown, J.M.; Gibson, A.C. 1983. Biogeography. C.V. Mosby Comp., London. Brown, J.M.; Lomolino, M.V. 1998. Biogeography. 2nd ed. Sinauer Associates, Sunderland. Griffiths, H.I.; Kryštufek, B.; Reed, J.M. 2004. Balkan biodiversity. Pattern and process in the

European hotspot. Kluwer Academic Publishers, Dordrecht. Kryštufek, B. 1999. Osnove varstvene biologije. TZS, Ljubljana. MacArthur, R.H. 1984, Geographical ecology. Patterns in the distribution of species. Princeton

University Press, Princeton. Myers, A.A.; Giller, P.S. 1988. Analytical biogeography. An integrated approach to the study of animal

and plant distribution. Chapman and Hall, London.

* Od kratic, povzetih po Katalogu obremenitve študentov, so uporabljene naslednje: P = predavanje, SE = seminarji, SV = seminarske vaje, SN = seminarska naloga, ŠL = študij literature in virov, PI = priprava na izpit in izpit.

17

16. Predvideni študijski dosežki Študent bo spoznal temeljne principe o razporeditvi diverzitete življenja na zemeljskem površju. Spoznal bo zgodovinske procese in trenutne ekološke razmere, ki oblikujejo areale vrst in združb. Spoznal bo nekatere vodilne hipoteze (otoški model dinamičnega ravnotežja in podobno), kar mu bo omogočilo ustvarjanje samostojnih hipotez opazovanih pojavov. Seznanil se bo tudi s temeljnimi principi dela v biogeografiji od deskriptivne do eksperimentalne. Znanje mu bo omogočalo samostojno spremljanje relevantne znanstvene literature. 17. Metode pou čevanja in u čenja Razgovor/diskusija/debata Proučevanje primera Terenske vaje Predavanja Seminarska naloga Samostojen študij strokovne tekoče periodike 18. Pogoji za vklju čitev v delo oziroma opravljanja študijskih obveznos ti seminarska naloga: študent ustno poroča o lastnih delih v seminarju terenske vaje: pogoj je opravljena seminarska naloga 19. Metode ocenjevanja Študent je ocenjen na osnovi znanja, ki ga izkaže pri izpitu: uspešna rešitev pisnega testa ali ustnega izpita daje 80 % končne ocene pri predmetu. Študent iz predstavitve seminarske naloge pridobi 20 % končne ocene. Ocenjevalna lestvica je uzakonjena: nzd (1, 2, 3, 4, 5); zd (6); db (7); pd (8), pd (9), odl (10). 20. Metoda evalvacije kakovosti Učitelj odda poročilo o izvedbi predmeta in oceni izvedbo in druge pogoje, ki so vplivali na delo; Ustanova poskrbi za anonimno anketiranje študentov ob zaključki izvajanja predmeta; Ustanova zagotovi razgovor med študentom in izvajalci predmeta – po njegovem zaključku; Poročila učiteljev in rezultate ankete obravnava oddelek in komisija za kakovost; Vsakoletno se opravi analiza uspešnosti študentov pri predmetu; Učitelj se individualno in tajno seznani z vsemi postopki, ki so evalvirali njegovo delo.

18

UČNI NAČRT: Okoljski monitoring 1. Naslov predmeta: Okoljski monitoring 2. Število ECTS kreditov: 6 3. Študijski program: BIODIVERZITETA 4. Stopnja: 1. stopnja, univerzitetni 5. Steber programa: notranji izbirni predmet 6. Jezik: slovenski 7. Posebnosti: Predmet izvaja habilitirani visokošolski učitelj ob sodelovanju visokošolskega

sodelavca. Izvajalec lahko za izvedbo posameznih vsebin povabi ustrezno usposobljene domače in/ali tuje gostujoče učitelje.

8. Obveznosti: oblika * število ur število KT izvedba P 30 1 učitelj LV 30 1 učitelj, sodelavec TV 30 1 učitelj, sodelavec ŠL 45 1,5 študent/ka KO 15 0,5 študent/ka PI 30 1 študent/ka Skupaj 180 6

9. Cilji in predmetno specifi čne kompetence Cilj predmeta je seznaniti študente/ke z osnovnimi principi kemijske analize. Študentje/ke bodo poglobili/e znanja o temeljnih kemijskih zakonitosti in spoznali/e osnovne analizne tehnike, ki se uporabljajo pri ugotavljanju stanja onesnaženosti okolja. Splošne kompetence, ki jih študentje/ke s predmetom pridobijo je sposobnost analize, sinteze, predvidevanja rešitev ter posledic pojavov in obvladovanje raziskovalnih oz. razvojnih metod s področja analizne kemije in okoljskega monitoringa. Predmetno-specifične kompetence se nanašajo na poglobitev osnovnega teoretskega in praktičnega znanja iz področja kemijske analize in nekaterih instrumentalnih (optičnih, elektrokemijskih ter separacijskih) metod kemijske analize, ki se uporabljajo pri okoljskem monitoringu. Poudarek bo na pravilnem odvzemu vzorcev za analizo, njihovi pripravi za merjenje (raztopine oziroma neposredna analiza trdih vzorcev) ter statistični obdelavi rezultatov s preverjanjem pravilnosti. Na predavanjih bodo študenti/ke pridobili teoretično znanje, ki ga bodo nadgradili na praktičnih primerih v okviru računskih in laboratorijskih vaj. Predmet posreduje aplikativno znanje s področja načrtovanja, izdelave ter uporabe modernih merilnih tehnik in instrumentov v okoljskem monitoringu. Z obravnavanjem bistvenih problemov v okviru predmeta se bodo študentje/ke seznanili z različnimi raziskovalnimi metodami in tehnikami, ki jim bodo omogočale poglabljanje in pridobivanje novih znanj, razvoj kritične misli ter sposobnost sintetiziranja ter uporabe pridobljenih znanj in veščin v praksi. 10. Opis vsebine V okviru predmeta bo v prvem delu narejen kratek povzetek osnovnih pojmov in parametrov kemijske analize. Sledila bo razlaga pomembnih klasičnih kemijskih tehnik in vrednotenje analiznih rezultatov. V okviru okoljskega monitoringa bo predstavljena zakonodaja s področja monitoringa emisij ter merilne metode za ugotavljanje onesnaženosti okolja. Znotraj poglavja industrijska in procesna

* Od kratic, povzetih po Katalogu obremenitve študentov, so uporabljene naslednje: P = predavanje, LV = laboratorijske vaje,TV-terenske vaje, ŠL = študij literature in virov, KO = priprava na kolokvij in kolokvij, PI = priprava na izpit in izpit.

19

merjenja za vrednotenje onesnaževanja, bo na konkretnih primerih iz prakse prikazana oprema in naprave za spremljanje okoljskega monitoringa. Prikazan bo postopek izračuna obremenitve okolja (letne emisije) za posamezno podjetje. Poglavitne teme:

• Analizna kemija Osnovni pojmi in parametri kemijske analize Analizne tehnike (gravimetrija, titrimetrija, obarjalne in nevtralizacijske titracije v vodnih in

nevodnih medijih, kompleksometrične titracije) Vrednotenje analiznih rezultatov: naključne in sistematične napake, natančnost in točnost,

statistični parametri Pregled osnovnih instrumentalnih tehnik: potenciometrija, elektrogravimetrija, kulometrija...itd.

Okoljski monitoring Zakonodaja na področju monitoringa emisij Pregled metod monitoringa okoljskih emisij, ki jih predpisuje SLO in EU zakonodaja Načini odvzema in priprave vzorca Pomembnost pravilnega vzorčenja in kakovosti merjenja Dostopne merilne metode Osnovni principi okoljskih meritev (monitoringa)

o Analizne kemije (težke kovine, KPK, BPK, TOC, AOX...) o Senzorskih sistemov za določevanje fizikalnih parametrov (hrup, mikroklima,

temperatura, tlak) o Senzorskih sistemov za določevanje kemijskih parametrov (NH3, CO2...)

Industrijska in procesna merjenja za vrednotenje onesnaževanje vode, tla in zraka Vrednotenje izmerjene emisije in izračun letne obremenitve Letno povračilo (taksa) za obremenitev okolja

11. Literatura Obvezna: Knjige in učbeniki: • Skoog D.A. et al., Fundamentals of Analytical Chemistry, 7th ed., Saunders, New York, 1996. • Sawyer, C.N., McCarty, P.L., Chemistry for Environmental Engeeniring, 3rd edition, Mc Graw-Hill

Book Company, New York, 1978. Priporo čena: Knjige in učbeniki: Skoog, D.A.,Leary J.J.,Principles of instrumental Analysis, 4th ed., Saunders College Publishing,

Philadelphia, 1992. 12. Predvideni študijski dosežki Študentje/ke se bodo seznanili/e z osnovnimi principi kemijske analize ter pridobili znanja o analiznih tehnikah, ki se uporabljajo pri ugotavljanju stanja onesnaženosti okolja. Namen predmeta je poglobitev osnovnega teoretskega in praktičnega znanja iz področja kemijske analize in nekaterih instrumentalnih (optičnih, elektrokemijskih ter separacijskih) metod kemijske analize, ki se uporabljajo pri okoljskem monitoringu. Študentje/ke bodo pridobili/e temeljno znanje na področju analizne kemije, ki jim bo služilo kot osnova za pridobitev novih znanj s širšega področja kemije in ostalih naravoslovnih ved. 13. Metode pou čevanja in u čenja Oblike dela: • frontalna oblika predavanj • delo v manjših skupinah • samostojno delo študentov/tk

20

Metode dela: • razlaga • dialog, diskusija • reševanje nalog • proučevanje praktičnih primerov v okviru laboratorijskih vaj • »Terenske vaje« (obiski podjetij) • vključevanje strokovnjakov za konkretna področja 14. Pogoji za vklju čitev v delo oziroma za opravljanje študijskih obvez nosti Študent mora opraviti kolokvij v sklopu laboratorijskih vaj, pri čemer je obvezna vsaj 90 % prisotnost na vajah. Pozitivno opravljen kolokvij je pogoj za pristop k izpitu. 15. Metode ocenjevanja in ocenjevalna lestvica Ocena je sestavljena iz dveh elementov: opravljenega zaključnega kolokvija pri laboratorijskih vajah (20%) ter zaključnega izpita iz vsebine predmeta (80%). Ocenjevalna lestvica: zadostno 6 (60-67), dobro 7 (68-75), prav dobro 8 (76-83), prav dobro 9 (84-90), odlično 10 (91-100). 16. Metode vrednotenja kakovosti Vrednotenje izvedbe predmeta: Učitelj odda poročilo o izvedbi predmeta in oceni izvedbo in druge pogoje, ki so vplivali na delo;

• Visokošolski zavod poskrbi za anonimno anketiranje študentov ob zaključku izvajanja predmeta;

• Visokošolski zavod zagotovi razgovor med študenti in izvajalci predmeta – po njegovem zaključku.

• Poročila učiteljev in rezultate ankete obravnava oddelek in komisija za kakovost; • Vsakoletno se opravi analiza uspešnosti študentov pri predmetu; • Učitelj se individualno in tajno seznani z vsemi postopki, ki so evalvirali njegovo delo.

Vrednotenje na ravni zavoda: • Obravnava poročil o izvedbi predmeta v okviru oddelka • Analiza uspešnosti študentov/tk pri predmetu v okviru oddelka

21

UČNI NAČRT: Biodiverziteta morja 1. Naslov predmeta: Biodiverziteta morja 2. Šifra predmeta: 3. Število ECTS kreditov: 6 4. Študijski program: BIODIVERZITETA 5. Študijska smer 6. Stopnja: 1. stopnja, univerzitetni 7. Letnik: 2. 8. Semester: 9. Steber programa: notranji izbirni predmet 10. Jezik: slovenski 11. Posebnosti: Predmet izvaja habilitirani visokošolski učitelj ob sodelovanju visokošolskega

sodelavca. Izvajalec lahko za izvedbo posameznih vsebin povabi ustrezno usposobljene domače in/ali tuje gostujoče učitelje.

12. Obveznosti: oblika * število ur število KT izvedba P 30 1 predavatelj SE 30 1 predavatelj TV 60 2 asistent/predavatelj SN 15 0,5 predstavi študent KO 15 0,5 študent PI 30 1 študent Skupaj 180 6 13. Cilji in predmetno specifi čne kompetence

Predmet “Biodiverziteta morij” obravnava pregled biotske raznovrstnosti v svetovnih morjih in oceanih s posebnim poudarkom na dejavnike, ki na biotsko raznovrstnost vplivajo. Slušatelji bodo seznanjeni z bentoško bionomijo Sredozemskega morja s posebnim ozirom na Jadransko morje. Spoznali bodo temeljne značilnosti in posebnosti sredozemske in jadranske morske favne in flore. Poseben poudarek bo namenjen recentnim spremembam v biotski raznovrstnosti morij kot posledici globalnih oceanografskih in klimatskih sprememb ter antropogenih dejavnikov (bioinvazija, marikultura, epibioza). 14. Opis vsebine Predmet obsega naslednja poglavja:

• Osnovni pojmi iz biodiverzitete, geografije morij i n morske histori čne in recentne biogeografije,

• Bentoška bionomija: • biocenoze in faciesi supralitorala, • biocenoze in faciesi mediolitorala, • biocenboze in faciesi infralitorala • biocenoze in cirkalitorala, • biocenoza hadala, batiala in abisala. • Prostorske in časovne spremembe morske biodiverzitete (Wegenerjeva teorija razmejitve kontinetov, Tethys, lokalna, globalna, množična izumiranja, permska kriza, Messinska kriza, izvor sredozemske biodiverzitete)

* Od kratic, povzetih po Katalogu obremenitve študentov, so uporabljene naslednje: P = predavanje, SE = seminarji, TV = terenske vaje, SN = seminarska naloga, KO = priprava na kolokvij in kolokvij, PI = priprava na izpit in izpit.

22

• Pregled biodiverzitete morij • Pregled sredozemske in jadranske morske biodiverzit ete • Naravni viri • Biogradniki v morjih • Osnovni pojmi (ekološka niša, prostorska heterogenost, ekološki odnosi) • Biokonstrukcija (koralni grebeni, koraligene alge, druge živalske skupine) • Bioerozija (endolitske vrste, mehanskovrtanje, kemično vrtanje) • vloga in pomen biogradnikov s posebnim ozirom na koralne grebene • Kriza biodiverzitete v morjih • Degradacija morskih ekosistemov • Bioinvazija (lesepske selivke, balastne vode, vnosi z marikulturo,pobegi) • Oceanografske in klimatske spremembe (problem tropikalizacije) • Netrajnostna raba naravnih virov (kitolov, ribolov, prilov, intenzivno, polintenzivno in

ekstenzivno gojenje morskih organizmov) • Onesnaževanje morij in oceanov (bioakumulacija, biomagnifikacija, drugi vidiki) • Ohranjanje biodiverzitete v morjih in oceanih • Aktivni principi (umetni podvodni grebeni, FAD) • Pasivni principi (MPA, metodologija) • Biotska raznovrstnost v slovenskem morju • Koliko vrst v slovenskem morju • Bionomske in biogeografske posebnosti v slovensekm morju • Zavarovana območja v slovenskem morju

15. Literatura Obvezna:

Groombridge, B. (1992): Global biodiversity – status of ther earth’s living resources. World Conservation Monitoring Centre. Chapman Hall. London.585 pp.

Nybakken, J. W. 1997. Marine Biology: An Ecological Approach. 4th Edition. Addison-Wesley Educational Publ. Inc., 481 pp.

Pérès, J-M., Gamulin Brida, H. 1973. Biološka oceanografija. Bentos. Bentoska bionomija Jadranskog mora. Školska knjiga, Zagreb, 493 str. Priporo čena:

Lipej, L., Orlando Bonaca, M., Makovec, T. 2005. Raziskovanje biodiverzitete v slovenskem morju. Nacionalni inštitut za biologijo, Morska biološka postja, Piran, 136 str.

Riedel, R. (1963): Fauna und Flora des Mittelmeer. Paul Parey Verlag. Tarman, K. 1992. Osnove ekologije in ekologija živali. DZS, Ljubljana, 547 str.

16. Predvideni študijski dosežki Slušatelji razumejo dejavnike, ki vplivajo na pestrost življenja v svetovnih morjih in oceanih. Dobijo vpogled v biodiverziteto svetovnih morij in razumejo dejavnike, ki vplivajo na število vrst. Razumejo krizo biodiverzitete in razumejo pomen ohranjanja morskih ekosistemov. 17. Metode pou čevanja in u čenja

- predavanja - terenske vaje - seminarske naloge - samostojni študij literature in skupne diskusije - konzultacije

23

18. Pogoji za vklju čitev v delo oziroma za opravljanje študijskih obvez nosti Potrebna so predhodna znanja iz temeljnih bioloških predmetov kot so splošna zoologija in botanika ter predvsem ekologija. 19. Metode ocenjevanja in ocenjevalna lestvica Pisni izpit z možnostjo ustnega zagovora Ocena seminarskih nalog: predstavlja 30% skupne ocene Obvezna udeležba na terenskih vajah Pozitivna ocena: 56% vseh točk 20. Metode vrednotenja kakovosti Vrednotenje izvedbe predmeta: študentska anketa • Poročilo o izvedbi predmeta z oceno izvedbe • Anketa študentov/tk ob zaključku izvajanja • Sprotni razgovori študentov/tk z izvajalci predmeta Vrednotenje na ravni zavoda: • Obravnava poročil o izvedbi predmeta v okviru oddelka • Analiza uspešnosti študentov/tk pri predmetu v okviru oddelka

24

UČNI NAČRT: Evolucijska genetika 1. Naslov predmeta: Evolucijska genetika 2. Šifra predmeta: / 3. Število ECTS kreditov: 6 4. Študijski program: Bioinformatika 5. Študijska smer: / 6. Stopnja: 1. stopnja, univerzitetni 7. Letnik: 3. 8. Semester: 1. 9. Steber programa: obvezni predmet stroke 10. Jezik: slovenski 11. Posebnosti: / 12. Obveznosti: oblika * število ur število KT izvedba Predavanja 30 1 učitelj Seminarji 15 0,5 učitelj Seminarske vaje 30 1,0 asistent ŠL 45 1,5 študent/ka KO 30 1 študent/ka PI 30 1 študent/ka Skupaj 180 6

13. Cilji in predmetno specifi čne kompetence Cilj predmeta je seznanitev z osnovami evolucijske genetike in poglobi njihovo znanje o razumevanju uporabnosti molekularnih orodij določanju evolucijske zgodovine vrst. Splošne kompetence, ki jih študentje/ke s predmetom pridobijo so podrobnejši vpogled v molekulsko osnovo variabilnosti živih bitji, vzorce in mehanizme spreminjanja bioloških informacijskih makromolekul, molekularno filogenetiko ter evolucijo genov. Predmetno-specifične kompetence se nanašajo na pregledno znanje o evolucijski teoriji in matematični ponazoritvi elementarnih mikroevolucijskih dogajanj. Študentje/ke razumejo posebnosti molekularne evolucije ter uporabo bioinformatike v molekularni evoluciji in filogenetiki. Na predavanjih bodo študenti/ke pridobili teoretično znanje, ki ga bodo nadgradili na praktičnih primerih v okviru računskih vaj. Z obravnavanjem bistvenih problemov v okviru predmeta se bodo študentje/ke seznanili z različnimi raziskovalnimi metodami in tehnikami, ki jim bodo omogočale poglabljanje in pridobivanje novih znanj, razvoj kritične misli ter sposobnost sintetiziranja. 14. Opis vsebine V okviru predmeta bo v uvodnem delu prestavljena evolucija in molekularna evolucija. Področje molekularne evolucije bo osredotočilo na pomembnost polimorfizma na molekulski ravni, nevtralne teorije in koalesčenčne teorije. Predmet bo zasnovan predvsem na pridobitvi temeljnih znanj iz področja evolucijske genetike, potrebnih za razumevanje uporabe informacijskih orodij v biološki znanosti. Poglavitne teme: a. Pojem molekularne evolucije .

* Od kratic, povzetih po Katalogu obremenitve študentov, so uporabljene naslednje: P = predavanje, LV = laboratorijske vaje, ŠL = študij literature in virov, KO = priprava na kolokvij in kolokvij, PI = priprava na izpit in izpit.

25

b. Polimorfizem molekule DNA c. Nevtralna teorija d. Koalesčenčna teorija, ortolognost in paralognost e. Molekularni markerji (mtDNA) f. Evolucijske spremembe nukleotidnih zaporedij (modeli, genetske razdalje) g. Hitrost nukleotidnih zamenjav h. Molekularna ura i. Molekularna filogenetika j. Filogenetska drevesa k. Homoplazije, apomorfizem, pleziomorfizem, homolognost l. Uporaba mtDNA in nuklearnih markerjev za konstrukcijo dreves m. Poravnava nukleotidnih zaporedij n. Metode za določanje filog. dreves o. Algoritmi za iskanje optimalnih dreves p. Banke podatkov nukleinskih in proteinskih sekvenc q. Uvod v računalniška orodja za delo z nukleot. zaporedji Literatura Obvezna: Knjige in učbeniki: • Page, R.D. M. Homles, E.C. 2004. Molecular Evolution: a phylogenetic approach. Blackwell

Science Priporo čena: Knjige in učbeniki: • Avise J. C .2004. Molecular Markers, Natural History, and Evolution, Sinauer Associates • Felsenstein, J. 2004. Inferring phylogenies. Sinauer associates, Sunderland

15. Predvideni študijski dosežki Študenti bodo z vsebinami predmeta evolucijska genetika sposobni matematično ponazoriti elementarna mikroevolucijska dogajanja. Dobijo podrobnejši vpogled v posebnosti molekularne evolucije in filogenetike.

16. Metode pou čevanja in u čenja Oblike dela: • frontalna oblika predavanj • samostojno delo študentov/tk • e-izobraževanje Metode dela: • razlaga • dialog, diskusija • reševanje računskih nalog • proučevanje praktičnih primerov v okviru laboratorijskih vaj

17. Pogoji za vklju čitev v delo oziroma za opravljanje študijskih obvez nosti Končna ocena pri predmetu sestoji iz treh delov: sodelovanje pri seminarskih vajah, izdelava kratkega poročila seminarskih vaj (20%), izdelava in predstavitev seminarske naloge (10%) in zaključnega izpita (70%). Vprašanja pri pisnem izpitu se nanašajo na snov podano v predavanjih. Seminarska naloga obsega 1500 do 2500 besed, kriteriji za ocenjevanje seminarskih nalog vključujejo celovitost in strokovnost predstavljenega problema, izvirnost interpretacije in zaključkov, kakovost virov, jezikovna pravilnost in predstavitev naloge skupini.

26

Ocenjevalna lestvica: zadostno, 6 (60-67), dobro, 7 (68-75), prav dobro, 8 (76-83), prav dobro, 9 (84-90), odlično, 10 (91-100).

18. Metode ocenjevanja in ocenjevalna lestvica

Ocena sestoji iz dveh elementov: opravljenega zaključnega kolokvija pri laboratorijskih vajah (20%) in zaključnega izpita iz vsebine predmeta (80%). Ocenjevalna lestvica: zadostno 6 (60-67), dobro 7 (68-75), prav dobro 8 (76-83), prav dobro 9 (84-90), odlično 10 (91-100).

19. Metode vrednotenja kakovosti Vrednotenje izvedbe predmeta: Učitelj odda poročilo o izvedbi predmeta in oceni izvedbo in druge pogoje, ki so vplivali na delo;

• Visokošolski zavod poskrbi za anonimno anketiranje študentov ob zaključku izvajanja predmeta;

• Visokošolski zavod zagotovi razgovor med študenti in izvajalci predmeta – po njegovem zaključku.

• Poročila učiteljev in rezultate ankete obravnava oddelek in komisija za kakovost; • Vsakoletno se opravi analiza uspešnosti študentov pri predmetu; • Učitelj se individualno in tajno seznani z vsemi postopki, ki so evalvirali njegovo delo.

Vrednotenje na ravni zavoda: • Obravnava poročil o izvedbi predmeta v okviru oddelka • Analiza uspešnosti študentov/tk pri predmetu v okviru oddelka

27

UČNI NAČRT: Ekotoksikologija 1. Naslov predmeta: Ekotoksikologija 2. Šifra predmeta: 3. Število ECTS kreditov: 6 4. Študijski program: BIODIVERZITETA 5. Študijska smer: 6. Stopnja: 1. stopnja, univerzitetni 7. Letnik: 3. 8. Semester: 1. 9. Steber programa: obvezni predmet stroke 10. Jezik: slovenski 11. Posebnosti: Predmet izvaja habilitirani visokošolski učitelj ob sodelovanju visokošolskega

sodelavca. Izvajalec lahko za izvedbo posameznih vsebin povabi ustrezno usposobljene domače in/ali tuje gostujoče učitelje.

12. Obveznosti: oblika * število ur število KT izvedba P 30 1 Učitelj, sodelavec SE 15 0,5 Učitelj, sodelavec SV 15 0,5 Učitelj, sodelavec LV 15 0,5 Učitelj, sodelavec SN 15 0,5 študent/ka ŠL 45 1,5 študent/ka PI 45 1,5 študent/ka Skupaj 180 6

13. Cilji in predmetno specifi čne kompetence Cilj predmeta ekotoksikologija je študentom/kam celovito predstaviti vpliv uporabe kemikalij na

različne ekosisteme, ugotavljanje stopnje nastale škode in načinov za izboljšanje situacije ter preprečevanje nastajanja nadaljnje škode. Študenti/ke bodo seznanjeni s temami kot so ekologija, toksikologija, kemikalije in njihova usoda v okolju, učinki kemikalij na posamezne organizme in na združbe, (bio) monitoring, ekotoksikološke baze podatkov, ocena nevarnosti, izpostavljenosti in tveganja ter zakonodaja na področju kemijske varnosti. Študij ekotoksikologije naj bi omogočil razumevanje dinamičnosti biološkega ravnotežja in naravnih ter umetno povzročenih sprememb v naravi/okolju, ki so posledica vplivov človekovega delovanja pri uporabi kemikalij. Študenti/tke naj bi pridobili/e širok pogled na to kompleksno problematiko, ki jo je potrebno študirati in reševati v sodelovanju z različnimi strokovnjaki. Kompetence, ki jih študentje/ke s predmetom pridobijo, se nanašajo na temeljno izobrazbo na področju ekotoksikologije ter sposobnost pridobivanja relevantnih podatkov v zanesljivih bazah podatkov in ocenjevanja tveganja za okolje. Velik pomen in poudarek bo namenjen delu v skupinah. Sposobnost interdisciplinarnega dela ekologov, toksikologov, kemikov, strokovnjakov za ocenjevanje emisij kemikalij v okolje in izpostavljenosti tem snovem na področju ekotoksikologije je izjemno pomembna. 14. Opis vsebine

Predmet je posvečen predstavitvi ekotoksikologije in metodam, ki omogočijo kvalitetno ocenjevanje tveganja za okolje pri uporabi kemikalij. V okviru teme ekologija se predpostavlja, da študenti/ke poznajo osnove ekologije. Poudarek bo zato predvsem na pomenu poznavanja združb, populacijske dinamike in genetike populacij pri

* Od kratic, povzetih po Katalogu obremenitve študentov, so uporabljene naslednje: P = predavanje, SE = seminarji, SV = seminarske vaje, SN = seminarska naloga, LV = laboratorijske vaje, ŠL = študij literature in virov, PI = priprava na izpit in izpit.

28

ocenjevanju potencialnih ekoloških učinkov kemikalij. Podani bodo primeri znanih učinkov predstavljeni v literaturi. Poznavanje toksikologije bo omejeno na osnovne principe in metode. Predstavljen bo način vnosa kemikalij v organizem, sprejem in porazdelitev snovi v različnih tkivih v organizmu, metabolizem in izločanje iz organizma. Študenti bodo seznanjeni z načinom delovanja snovi in posledicah, ki se kažejo v različnih oblikah na molekularnem in celičnem nivoju oziroma vidnih sprememb na nivoju tkiv, organov in celotnega organizma. Pojasnjen bo princip odvisnosti velikosti posledic od velikosti odmerka. Študenti/ke bodo spoznali metode s katerimi se določa vrsta (akutna toksičnost, genotoksičnost, rakotvornost, motnje delovanja endokrinega sistema...) in velikost negativnega učinka na organizem (LD50, LC50, NO(A)EL...). Predstavljene bodo klasične metode in vivo ter moderne alternativne metode (in vitro, QSAR, nove testne strategije...) s poudarkom na etiki in zaščiti pravic živali v poskusih. Predstavljeni bodo mednarodni, standardni protokoli za izvajanje testov. Ekotoksikologija bo predstavljena v ožjem pomenu kot veda, ki proučuje škodljive učinke kemikalij na ekosisteme za razliko od toksikologije, ki vso pozornost posveča proučevanju učinkov snovi na posameznega človeka. Pozornost bo posvečena iskanju in pomenu skupnih principov in metod v obeh vedah in specifičnosti vsake od njih. Posebej bodo proučene skupine različnih vrst kemikalij ter njihove fizikalno-kemijske lastnosti, ki pogojujejo usodo snovi v okolju. Obravnavani bodo trije osnovni deli okolja zrak, voda in tla ter verjetnost, da se bodo določene snovi kopičile bolj v enem ali drugem okolju ter odvisnost tega pojava od razgradljivosti in biorazgradljivosti. Nadgradnja bo sledila v kopičenju snovi v organizmih (bioakumulacija/biokoncentracija in biomagnifikacija). Učinki kemikalij na posamezne organizme bodo teoretično obravnavani že v sklopu teme toksikologija. Možnost praktičnih vaj na tem področju bi zajemala laboratorijsko izvajanje klasičnih testov na vodnih organizmih kot so vodne bolhe, alge in ribe. Dodali bi lahko tudi teste na vodnih in kopenskih rastlinah ter teste genotoksičnosti. Učinki kemikalij na združbe bi se lahko, glede na možnosti, praktično izvedli na manjših vodnih ekosistemih, t.i. mezokosmos testi. Sicer pa bi v sklopu te teme proučili znane primere iz literature s poudarkom na slovenskih primerih (svinec, živo srebro, PCB...). Predstavitev bioindikatorjev. Monitoring in kemijska analitika je tema, ki zajema predstavitev metod za določanje kemikalij v okolju (zrak, voda, tla). Predstavljeni naj bi bili nacionalni laboratoriji in raziskovalni projekti, ki se izvajajo na tem področju. Biomonitoring je način odkrivanja prisotnosti snovi v živih organizmih. Predstavljen bo pomen tovrstnih podatkov pri ocenjevanju tveganja. Iskanje ekotoksikoloških podatkov v literaturi in bazah podatkov je izjemno pomembno zaradi preprečevanja ponavljanja izvajanja novih testov, še posebej, ko gre za vretenčarje, ki so kot poskusne živali posebej zaščiteni. Pomembno je tudi, da se pridobi čim več obstoječih podatkov, ker se pogosto rezultati enakih testov izvedenih v različnih laboratorijih razlikujejo. V tem kontekstu bo velik poudarek posvečen predstavitvi nekaterih javno dostopnih baz podatkov in seznamu relevantne literature. Predstavljeno bo vrednotenje podatkov in izbor ključnih rezultatov, ki so uporabni za ocenjevanje tveganja. Predstavljeno bo tudi izrazoslovje na tem področju, glede na večino dostopnih informacij v angleškem jeziku. Ocena nevarnosti je zelo zahtevna odločitev o tem, kateri med opaženimi negativnimi učinki so ključni in pri kateri koncentraciji ali odmerku snovi se že pojavijo. Predstavljena bodo mednarodna merila, ki veljajo pri določanju teh lastnosti. Ocena emisij in izpostavljenosti je pomembna za oceno tveganja. Predstavljeni bodo načini in modeli s pomočjo katerih lahko na podlagi fizikalno-kemijskih lastnosti in kemijske strukture snovi določimo potencialno emisijo v določen tip okolja in možnost izpostavljenosti različnih organizmov preko različnih poti vnosa v organizem. Predstavljeni bodo različni scenariji uporabe snovi, pri katerih pride lahko do različnih emisij in izpostavljenosti. Ocena tveganja je zaključna primerjava med koncentracijo snovi, ki v organizmu oziroma ekosistemu povzroči negativne učinke in koncentracijo snovi, ki ji bo organizem/ekosistem izpostavljen. Predstavljen bo evropski model za oceno tveganja za človeka in okolje, ki se uporablja za regulatorne namene. Zakonodaja na področju kemijske varnosti določa postopke in merila, ki se morajo upoštevati, da se zagotovi enotno in vzajemno priznavanje ocenjevanja tveganja kemikalij. Pomembno je, da se

29

kemikalije označujejo usklajeno na mednarodnem nivoju, da se zagotovi hitro in učinkovito posredovanje v primeru nesreč in splošno obvladovanje in postopno zmanjševanje tveganja. Predavanja gostujočih predavateljev/raziskovalcev za predstavitev specifičnih tem.

Poglavitne teme: ekologija toksikologija ekotoksikologija kemikalije in njihova usoda v okolju učinki kemikalij na posamezne organizme učinki kemikalij na združbe monitoring in kemijska analitika biomonitoring baze ekotoksikoloških podatkov ocena nevarnosti ocena emisij in izpostavljenosti ocena tveganja zakonodaja na področju kemijske varnosti 1. Literatura Obvezna: Knjige in učbeniki: • Walker, C.H., Hopkin S.P., Sibly R.M in Peakall D.B. Principles of Ecotoxicology. 2nd ed. Taylor &

Francis, London, 2003. • Moriarty F. Ecotoxicology: The Study of Pollutants in Ecosystems. 3rd ed. Academic Press, London,

2001. • Timbrell, John. Introduction to Toxicology. 3rd ed. CRC Press, London. 2002. Priporo čena: Knjige in učbeniki: • Carson, Rachel. Nema pomlad. Houghton Mifflin Company, Boston, 1962. Prevod 1972. 16. Predvideni študijski dosežki

Namen predmeta je, da se študentje/ke seznanijo s principi ekotoksikologije in osvojijo metode pomembne za svoje kasnejše praktično delo pri oceni nevarnosti kemikalij in vrednotenju vplivov kemikalij na ekosisteme. 17. Metode pou čevanja in u čenja Oblike dela: • predavanja • delo v skupinah • samostojno delo študentov/tk Metode dela: • razlaga • diskusija • proučevanje primerov • reševanje nalog • praktično delo • vključevanje strokovnjakov za konkretna področja

30

18. Pogoji za vklju čitev v delo oziroma za opravljanje študijskih obvez nosti Program izvedbe predmeta študentje/ke dobijo v obliki izročka (syllabus), ki je dosegljiv tudi v

elektronski obliki na spletni strani FHŠ UP. Literatura je dostopna v knjižnici FHŠ UP oziroma v Osrednji knjižnici S. Vilharja v Kopru. Na spletni strani lahko študentje/ke spremljajo tudi koledar razpisanih seminarjev. 19. Metode ocenjevanja in ocenjevalna lestvica Ocena sestoji iz treh elementov: aktivnega sodelovanja pri vajah (20%), izdelave in diskusijske predstavitve seminarske naloge (20%), ki obsega okoli 10 strani A4 formata, ter zaključnega izpita iz vsebine (60%). Kriterija za ocenjevanje seminarskih nalog sta vsebinski in oblikovni: pri vsebini je pomembna celovitost predstavljenega problema, kvaliteta in obseg virov, utemeljenost podatkov, logična razporejenost snovi, smiselnost in ustreznost argumentov; pri obliki se ocenjuje sistematičnost in preglednost predstavljenih podatkov, jasna predstavitev zaključkov, navajanje citatov in literature in jezikovna pravilnost. Ocenjevalna lestvica: zadostno 6 (60-67), dobro 7 (68-75), prav dobro 8 (76-83), prav dobro 9 (84-90), odlično 10 (91-100). 20. Metode vrednotenja kakovosti Vrednotenje izvedbe predmeta: • Poročilo o izvedbi predmeta z oceno izvedbe • Anketa študentov/tk ob zaključku izvajanja • Sprotni razgovori študentov/tk z izvajalci predmeta Vrednotenje na ravni zavoda: • Obravnava poročil o izvedbi predmeta v okviru oddelka • Analiza uspešnosti študentov/tk pri predmetu v okviru oddelka

31

UČNI NAČRT: Bioinformatika 1. Naslov enote / predmeta / modula: Bioinformatika 2. Število ECTS kreditov: 6 3. Študijski program: Bioinformatika 4. Stopnja: 1. stopnja 5. Steber programa: obvezni 6. Jezik: slovenski, lahko tudi angleščina 7. Posebnosti: / 8. Obveznosti: Oblike neposredne pedagoške obveznosti: oblika izvedbe število ur število KT izvaja P 45 1,5 učitelj SE 15 0,5 učitelj LV 30 1 učitelj in asistent SKUPAJ 90 3 Samostojno študentovo delo: oblika aktivnosti število ur število KT opravi NA 15 0,5 študent SN 15 0,5 študent ŠL 7,5 0,25 študent DN 7,5 0,25 študent KO 15 0,5 študent PI 30 1 študent Skupaj 90 3 9. Cilji in predmetno specifi čne kompetence Študent se spozna s temelji bioinformatike s poudarkom na primerjavi nukleotidnega zaporedja molekule DNA in drugih zaporedij (nizov). Osnovni namen predmeta je predstaviti študentom osnove bioinformatskih problemov v molekularni biologiji in set najpogosteje uporabljenih algoritmov. Študentje se seznanijo z uvodom v biološka zaporedja, s poravnavo zaporedij, s filogenijo zaporedij, s prosto dostopnimi bazami zaporedij, z osnovnim in naprednim iskanje po bazah zaporedij, programskimi orodji za napovedovanje kodogenih-genskih zaporedij in sekundarnih struktur RNA molekul in proteinov. Seznanijo se s celotnimi analizami genomov, kar vključuje analize mikromrež in analize transkriptoma in s potrebnimi analizami dobljenih podatkov. Poudarek bo tudi na osnovah teorije analiz in predstavljeni bodo problemi in njihove rešitve. Poseben poudarek je namenjen uporabi bioinformatskih programskih orodij, ki temeljijo na odprti kodi. Vaje dajejo študentom priložnost, da se seznanijo in tudi rešijo praktične probleme. Pri predmetu se študenti izobražujejo tudi s pripravo in predstavitvijo seminarjev iz znanstvene literature.

b. Splošne kompetence:

• Abstraktno in analitično mišljenje. • Zmožnost pretvarjanja biološko pogojenih problemov v računalniški jezik. • Študij literature in priprava seminarskega dela.

c. Predmetnospecifične kompetence: • Osnove inženirskega znanja v obliki združevanja obstoječih rešitev. • Tvorjenje modela za reševanje problemov. • Poznavanje algoritmov za primerjavo nizov. • Uporaba orodij za reševanje problemov iz bioinformatike.

32

10. Opis vsebine

• Uvod v bioinformatiko, osnove bioinformatskih problemov v molekularni biologiji, kratek biološki uvod.

• Podatkovne baze: vrste podatkovnih baz (tipi glede na vrsto podatkov – DNA, proteinske, genomske, 3D, 2D-PAGE itd.), formati podatkovnih baz, distribucija, integracija podatkovnih baz (navzkrižne reference).

• Algoritmi analize zaporedij: temelječi na iskanju vzorca, na premikajočem oknu, na matrikah, na klasičnih statističnih metodah, na grafičnih predstavitvah.

• Primerjava dveh nizov: algoritmi za natančno ujemanje • Primerjava dveh nizov: hevristični algoritmi • Iskanje vzorcev in najboljše ujemanje. • Priponska drevesa • Primerjava večih nizov • Tvorjenje evolucijskih dreves. • Iskanja podobnosti: definicije problemov, matrice, metode. • Poravnave dveh in več zaporedij: definicije problemov in metode. • Filogenetske analize: izračuni oddaljenosti, metode parsimonije, metode največje

podobnosti, bootstraping. • Problemi pri strukturni analizi: definicije strukturnih elementov proteinov in DNA/RNA,

napovedi sekundarnih struktur, 3D modeliranje s pomočjo homologije. • Programska orodja za napovedovanje kodirajočih regij. • Genomika in funkcionalna genomika: genomika, transkriptomika-EST zaporedja in

mikromreže, proteomika-2D-PAGE elektroforeze, metabolomika. 11. Literatura

a. Osnovna literatura: • David W. Mount: Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. 2001, Cold Spring Harbor

Laboratory; ISBN: 0879696087 • Dan Gusfield, Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational

Biology, Cambridge University Press, 1997. • R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison, Biological sequence analysis: Probabilistic models of

proteins and nucleic acids, Cambridge University Press, 1999. b. Dopolnilna literatura: • David W. Mount, Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, 2. izdaja. Cold Spring Harbor

Laboratory Press, 2004. • Dan Krane, Michael Raymer, Fundamental Concepts of Bioinformatics. Pearson Education, 2002. c. Dodatna literatura: • John R. Levine, Tony Mason, Doug Brown, LEX and YACC. O'Reilly Media, 1992. • N. Jones and P. Pevzner, Introduction to bioinformatics algorithms. MIT Press, 2004. • P. Pevzner, Computational molecular biology. MIT Press, 2000.

12. Predvideni študijski dosežki a. Znanje in razumevanje: • Študent razume osnovne probleme pri primerjanju bioloških vzorcev in se jih zna

smiselno lotiti. b. Uporaba: • Zna sestaviti uporabiti ustrezno orodje, oziroma algoritem za primerjavo dveh vzorcev. 13. Metode pou čevanja in u čenja

33

Uporabljene metode poučevanja in učenja: • Predavanja, • vaje, • domače naloge, • projektna naloga.

14. Pogoji za vklju čitev v delo oziroma za opravljanje študijskih obvez nosti

Predavanja in seminarji se bodo izvajali v učilnici opremljenimi z audiovizualnimi učnimi pripomočki, laboratorijske vaje v opremljenem biotehnološkem laboratoriju. Zaradi potrebe po uporabi računalniške tehnologije so skupine velike 15 študentov.

15. Metode ocenjevanja in ocenjevalna lestvica Študentje opravljajo seminarsko delo, 4 domače naloge, dva kolokvija in pisni izpit ter ustni izpit po potrebi. Ocenjevalna lestvica: zadostno, 6 (60-67), dobro, 7 (68-75), prav dobro, 8 (76-83), prav dobro, 9 (84-89), odlično, 10 (90-100).

16. Metode evalvacije kakovosti

Evalvacija izvedbe predmeta Oddaja poročila o izvedbi predmeta in ocena izvedbe Anketiranje študentov ob zaključku izvedbe Razgovori študentov z izvajalci predmeta Evalvacija na ravni zavoda Obravnava poročil o izvedbi predmeta v okviru oddelkov Analiza uspešnosti študentov pri predmetu v okviru oddelkov