Unité de Biologie Médicale

Preparé par: Alexandra Kerléguer, Chef, Unité de Biologie Médicale Institut Pasteur du Cambodge, 5, Bvd. Monivong BP 983 - Phnom Penh, Royaume du Cambodge

Unité de Biologie Médicale

2013 Le rapport d’activité de l’Unité de Biologie Médicale de l’Institut Pasteur du Cambodge pour la période du 31 janvier au 31 décembre 2013.

Rapport

d’Activité

Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013

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OBJECTIFS 2013

1 Amélioration continue du système de management de la qualité

- Mise à jour du catalogue de prix

- Actualisation des coûts des analyses

- Amélioration des feuilles de prescription

- Mise en place de compte-rendus avec interprétation des résultats conformément à la

norme NF EN ISO 15189

- Amélioration du système informatique

2 Poursuite des programmes de Contrôle de Qualité Externe avec les

différentes structures officielles

2.1 Association de biologie Praticienne (ABP) : 1630 € /an

SECTEURS Nombre d’envois /an Paramètres évalués

Bactériologie 4 Culture, Identification, antibiogramme et conseil

thérapeutique

Parasitologie 3 Identification et conseil thérapeutique

Mycologie 3 Culture, Identification et antifongigramme et conseil

thérapeutique

Cyto-

hématologie

4 Frottis cellulaires

Sérologie 4 Toxoplasmose (IgG+IgGM), Rubéole (IgG, IgM), Syphilis

(RPR+TPHA), CMV (IgG+IgM).

Sérologie 3 Hépatites (A, B, C), VIH

2.2 Pro BioQual : 1439 €

SECTEURS Nombre d’envois

/an Paramètres évalués

Electrophorèse des

protéines sériques

7

Protéines totales, albumine, alphaglobulines, bêtaglobulines,

gammaglobulines.

Electrophorèse de

l’hémoglobine 4 Electrophorèse de l’hémoglobine

Hémogramme 4 Numération et formule sanguine

Hémostase 8

Immunodosage 6

ACE, AFP, PSA (Total + libre), B2M, Ferritine, FSH, hCG,

LH, Prolactine, TSH, T3L, T4L, Cortisol, Estradiol,

Progestérone, IgET

2.3 Centre Toulousain pour le contrôle de qualité en Biologie clinique (CTCB) : 259 €

Sérologie des hépatites (A, B et C), sérologie HIV : 3 envois par an


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2.4 ExternalQuality Assurancepour les Gonocoques: Gratuit

Module of WHO Western Pacific Region on GonococcalAntimicrobial Surveillance Programme : 1 envoi

/an, paramètres évalués : Culture et antibiogramme

2.5 Roche ExternalQuality Control Programm in ClinicalChemistry : Gratuit

Contrôle de biochimie : Na, K, Cl, G, Urea, Crea, Au, Prot, Alb, BT, C, HDL, T, PHO, PAL, AST, ALAT, LDH,

GGT, CK, Mg

2.6 Bio-Rad : Gratuit

Contrôle de biochimie : Albumine, Bicarbonate, Bilirubine(totale et conjuguée), Chlore, Cholestérol, HDL

cholestérol, Créatinine, Glucose, Fer, Magnésium, Potassium, Protéine totaux, Sodium, Triglycéride, Urée

sanguine, Acide urique, GOT, GPT, PAL, Amylasémie, CPK, GGT, LDH :1 envoi par mois

2.7 Quality Assessment and Standardization for Immunological Measures :gratuit

Immunophénotypage lymphocytaire CD3/CD4/CD8 : 1 envoi par an.

2.8 National ExternalQualityAssessment Site for leucocyte Immunotyping : en

collaboration avec la recherche

Immunophénotypage lymphocytaire CD3/CD4/CD8 : 6 envois par an.

2.9 The External Quality Assessment in Hemoglobin A1C Program :Gratuit

Contrôle HbA1C.

2.10 College of American Pathologists

Evaluation de l’examen direct, de la culture, de l’identification des espèces de mycobactérie et de

l’antibiogramme de première ligne

Echantillons reçus : 3 souches lyophilisées et 3 prélèvements cliniques

2.11 The Research Institute of Tuberculosis (Supranational Laboratory-Japan)/ National

Center for Tuberculosis and Leprosy Control (NTP-Cambodia) :payé par NTP

Evaluation des antibiogrammes de 1èreet 2ème ligne

Echantillons reçus : 30 souchescongelées.

3 Transfert du laboratoire de virologie

- Mise en place des charges virales

- Mise en place de la confirmation des carbapénémases


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4 Installation d’une salle de prélèvement VIP

5 Renouvellement des Automates

- Hématologie : HORIBA PENTRA 80

- Immuno-Sérologie : COBAS Elecsys 411 ROCHE


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ANALYSE DE L’ATTEINTE DES OBJECTIFS

Les objectifs suivis par l’Unité de Biologie Médicale s’inscrivent dans une volonté de l’Institut Pasteur du

Cambodge à être dans un système d’amélioration continue de ces processus. En effet, ils permettent ainsi

le monitoring nécessaire pour satisfaire ses clients en termes de fiabilité des résultats, de respect des

normes en vigueur et de performances (matérielles et humaines).

1 Développement de la Démarche qualité

1.1 Mise à jour du catalogue des prix et étude des coûts analyses

L’étude « coûts-réactifs » a montré des failles dans le calcul initial des prix des analyses, elle a permis de

supprimer certaines analyses, peu réalisées et peu rentables (prix catalogue inférieur au prix direct du

réactif) et elle a permis de rééquilibrer le bilan du laboratoire.

1.2 Amélioration des feuilles de prescription

Cette amélioration était demandée par nos partenaires et par les secrétaires, afin de:

- Faciliter la prescription des analyses par les médecins extérieurs à l’IPC

- Faciliter le travail de saisie des secrétaires et éviter les erreurs de retranscription.

1.3 Compte-rendu

Ajout de conclusion et de commentaires dans les compte-rendus analytiques, conformément à la norme NF

EN ISO 15189

1.4 Informatique

- Mise en place des « maquettes ou feuilles de paillasse » pour la traçabilité des rendus de résultats.

Ces feuilles sont remplies par les techniciens puis scannées dans les dossiers par les secrétaires.

- Mise en place de la Gestion Externalisé des Dossiers (GED), les compte-rendus du laboratoire

CERBA sont envoyés directement dans le dossier du patient.

- Mise en place de l’envoi des compte-rendus par mail (avec mot de passe) et suppression de

l’envoi par fax, qui n’est pas sécurisé.

2 Programme des CQE

Le Contrôle de Qualité Externe (CQE) permet une évaluation externe de la qualité du laboratoire. Il

correspond au contrôle par un organisme extérieur de la qualité des résultats fournis par le laboratoire. Ce

contrôle rétrospectif permet une confrontation inter-laboratoire en vue d’améliorer la qualité du travail de

l’ensemble des participants.


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- Les participations aux différents programmes de CQE est de 100 %

- Le taux de réussite est de 100 %

3 Plateforme de Biologie Moléculaire

La plateforme de Biologie moléculaire mise en place en avril 2013, a pris son rythme de routine très

rapidement avec une nette augmentation des dossiers.

4 Mise en place de la salle VIP

Cette salle mise en place courant de l’année 2013; permet de recevoir les VIP, mais surtout permet de

« désengorger » la salle d’attente lors de grande affluence, une secrétaire ayant le certificat de préleveur

vient en aide au personnel infirmier.

5 Renouvellement des automates

Les automates d’hématologie et d’immuno-sérologie ont été livrés en fin d’année

- L’automate d’hématologie a été installé, mais n’a pas été calibré et ne peut donc être utilisé

- L’automate d’immuno-sérologie n’est pas encore installé.

Ils seront validés au mois de janvier et pourront être utilisés en routine dès le mois de février.

6 Conclusion

L’Unité de Biologie Médicale poursuit son avancée dans l’objectif d’accréditation.


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POINTS MARQUANTS DE L’ANNEE 2013

1 Formation Continue

Soutenance de thèse de Mme Hem Sopheak le 23 décembre 2013

2 Parasitologie

Diagnostic du premier cas de Leishmaniose viscérale chez un jeune Cambodgien, de la région de Preah

Vihear.

Histoire de la maladie :

Jeune de 15 ans, originaire de la région de Preah Vihear (frontière thaïlandaise) hospitalisé à

l’hôpital Khméro-soviétique pour asthénie. Lors du bilan initial, il est mis en évidence une bi-cytopénie,

un myélogramme nous est alors adressé pour diagnostic de cette bi-cytopénie.

A l’institut Pasteur, la NFS de contrôle montre une pancytopénie avec une Hb à 4 g/dL et une

thrombopénie importante à 4 G/L. A l’interrogatoire, il est confus, il est très pâle, dyspnéique, asthénique,

l’examen clinique révèle un souffle systolique, une légère splénomégalie et une hémorragie conjonctivale.

Le myélogramme est envahi par des formes trypomastigotes de Leishmanies. Le diagnostic de

Leishmaniose viscérale est porté et l’hôpital Khméro-soviétique est averti.

Grâce à la mise en place d’une « chaîne humanitaire » et la mobilisation de tout le personnel du

laboratoire, l’ensemble du traitement de ce jeune homme a pu être pris en charge.

Conclusion :

L’unité de biologie Médicale a diagnostiqué le premier cas de leishmaniose viscérale au

Cambodge. Ce diagnostic est mal connu des médecins du Cambodge et trop souvent omis dans les cas de

pancytopénie.

Le Service de Santé du Cambodge a été averti.

Au-delà de la satisfaction d’avoir mis en évidence ce cas de leishmaniose, jamais décrit au

Cambodge, nous sommes particulièrement fiers d’avoir pu « sauver la vie » d’un jeune Cambodgien,

grâce à la mise en place d’une chaîne humanitaire.

3 Assurance Qualité

- Mise en place du projet de certification ISO 9001 2008

- Titularisation du référent qualité dans le cadre du projet

- Rédaction de la cartographie des processus


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- Mise à jour des mode-opératoires et des procédures existantes, rédaction de celles

qui n’existaient pas.

- Création des fiches techniques pour les techniciens

- Traduction des consignes de prélèvement en anglais et en Khmer.

4 Pré-analytique

- Ajout de l’analyse NONC dans le logiciel médico-technique pour le suivi des non

conformités.

- Mise en place du contrôle de fertilité lors de la préparation des géloses. Ce contrôle réalisé

avec des souches de référence permet de vérifier que les géloses élaborées dans l’unité de

Biologie Médicale ont toutes les qualités nécessaires à l’identification des bactéries.

- Mise en place du contrôle à réception des kits de bactériologie.

5 Analytique

1°) Poursuite de la collaboration avec le laboratoire CERBA en France pour les analyses de biologie

médicale spécialisées, génétiques et anatomopathologiques (1041 analyses transmises en 2012), avec des

arrêts momentanés suite au changement de réglementation de transport des produits dangereux par air.

2°) Mise à jour du catalogue des prix

3°) Suppression de certaines analyses trop onéreuses pour le laboratoire, car réalisées moins de 10 fois

par an. La recherche de leishmaniose cutanée a été supprimée car il n’y a pas de possibilité de réaliser

des biopsies cutanées à l’IPC.

- D-dimères

- Plaquettes seules

- Acide urique urinaire

- Amylase urinaire

- Bicarbonates

- Bêta 2-microglobulinémie

- Bêta 2-microglobulinurie

- Immunofixation des protéines sériques

- Magnésium urinaire

- Microalbuminurie

- Ratio MAU/CREU

- Phosphore urinaire

- Protéinurie par bandelette (couplée avec

la glycosurie)

- Urée urinaire

- MNI-test

- Syphilis (IgG) (FTA)

- Brucellose : rose de Bengale

- Recherche de Nocardia

- Antigènurie Legionella pneumophila

- Recherche de leishmanies cutanées

4°) Analyses ajoutées au catalogue


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- Recherche de spermatozoïdes dans les

urines

- Dépistage du diabète gestationnel

- Diagnostic du diabète gestationnel

- Confirmation du diabète gestationnel

- Prélèvements pulmonaires et

bronchiques

- Mycologie – Examen direct

- Ag S.pneumoniae Antibiogramme de

2ème

ligne de M.tuberculosis (DST2)

- Charge virale HBV / HCV / HIV

- Mutation des résistances HIV : 1ère

ligne

HIV / 2ème

ligne / 3ème

ligne

- Test de résistance HBV

- Génotypage HCV

- Dépistage des carbapénémases (PCR)

- Chlamydia – Mycoplasma (PCR en

temps réel)

- Leptospirose (PCR en temps réel)

- Legionella pneumophila (PCR en temps

réel)

- H. influenzae type b (PCR en temps

réel)

- N. meningitidis (PCR en temps réel)

- S. pneumoniae (PCR en temps réel)

- S. suis (PCR en temps réel)

- GeneXpert MTB/RIF (XPER)

6°) Suppression du 2ème test de dépistage du HIV 1-2 conformément à l’arrêté du 28 mai 2010, ce qui a

permis d’effectuer les confirmations par western-blots gratuitement chez les patients dépistés positifs (le

bilan de l’année 2012 avait montré que 76 % des patients positifs n’avaient pas effectué de

confirmation).

7°) Mise en place du dépistage des carbapénémases (dépistage phénotypique, confirmation génotypique)


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FORMATION DU PERSONNEL / ACCUEIL DE STAGIAIRES

1 Formation du personnel du service

1.1 Personnel d’encadrement

Mme Hem Sopheak, pharmacien, vient de passer avec succès sa thèse de DES. Elle est maintenant

Pharmacien Biologiste.

Mlle Tor Pety, pharmacien, est inscrite en 3ème année du DES de Biologie Médicale (USS Phnom Penh).

Elle a déposé son sujet de thèse auprès de la faculté pour la soutenir en septembre 2014

Mlle Cheng Sokleaph, pharmacien a terminé son DES de Biologie Médicale (USS Phnom Penh), mais n’a

pas encore soutenu sa thèse.

1.2 Techniciens

Le contrôle continu des techniciens est assuré par le rendu des résultats des Contrôles de Qualité Externe

2 Accueil de stagiaires

2.1 Etudiants cambodgiens en DES de Biologie Médicale (Université des Sciences de la

Santé de Phnom-Penh) :

Le LABM de l’IPC est agréé depuis octobre 2011 par l’Université des Sciences de la Santé de Phnom Penh

comme terrain de stage pour le Diplôme d’Enseignement Spécialisé (DES) de Biologie Médicale (pour la

bactériologie, l’hématologie et la biochimie). Les étudiants cambodgiens doivent effectuer des stages

pratiques de 3 mois.

L’unité de Biologie Médicale a reçu 3 étudiants en 2013.

2.2 Etudiants en 4ème

année de Pharmacie (Université des Sciences de la Santé de

Phnom-Penh) :

Les étudiants sont en stage pour 1 mois et demi, en microbiologie médicale et en biologie sanguine.

L’unité de Biologie Médicale a reçu 24 étudiants pour 2013

2.3 Elèves en 2ème

et 3ème

année de Technicien (Ecole Technique des Soins Médicaux de

Phnom-Penh)

Les élèves sont en stage pour 1 mois en microbiologie médicale et en biologie sanguine.


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L’unité de Biologie Médicale a reçu 52 élèves pour 2013.

3 Accueil de lycéens

1°) Accueil de 3 lycéens de troisième dans le cadre de leur stage de « découverte du monde du travail »

2°) Cette année l’unité de Biologie médicale a passé une convention avec le Lycée français René

Descartes pour recevoir les lycéens des classes de 3ème

, pour réaliser les travaux pratiques sur

l’identification bactérienne, qui ne peuvent être faits au lycée.

Cette formation a été assurée par le chef de l’unité de Biologie et son adjoint de bactériologie.


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UNITE DE BIOLOGIE MEDICAL – ASSURANCE QUALITE

1 Suivi des non-conformités

1.1 Répartition des non-conformités


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1.2 Détail des non-conformités

Secteur Nombre de NC NC récurrente(s)

Accueil 11 Erreurs dans l’enregistrement du dossier du

patient

Prélèvements apportés 9 Prélèvement non conforme (volume insuffisant)

Biologie sanguine 3 Erreur d’interprétation d’un résultat

Prélèvements IPC 2 Prélèvement non-conforme (volume ou

conservation)

Mycobactériologie 1 Erreur d’interprétation d’un résultat

Biologie moléculaire 1 Défaillance d’un équipement

Sous-traitance 1 Erreur de CERBA dans l’analyse demandée

Fournisseurs 2 Réactifs non conformes à réception

1.3 Actions préventives et correctives mises en place

Rédaction de nouveaux protocoles :

- Pour une formalisation officielle des pratiques

- Pour une remise à niveau des connaissances et savoir-faire


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UNITE DE BIOLOGIE MEDICAL – MATERIEL

1 MICROBIOLOGIE

1.3 Identification bactérienne

- Système VITEK Biomérieux : 1995

Automate vieillissant, plus de maintenance et plus de pièces détachées disponibles.

Il fonctionne toujours pour l’identification des galeries API.

1.4 Interprétation des antibiogrammes

- Automate OSIRIS Bio-Rad : 2003

Automate vieillissant, qui n’existe plus dans le commerce, mais la maintenance est toujours effectuée 2

fois/an.

2 BIOLOGIE SANGUINE

2.1 Immuno-Hématologie

2.1.1 Numération cellulaire

- Automate PENTRA 80XL, HORIBA (en cours de qualification)

Mis en service par la société DKSH en décembre 2012

- Automate FACSCount Becton-Dickison (Dynamic)

Date de mise en service : 1996, maintenance préventive 2/an.

2.1.2 Electrophorèse

- Automate : MINICAP SEBIA Sebia (Medi-Group)

Date mise en place 21 octobre 2008, maintenance préventive 3/ an.

Cette automate est « sous-dimensionnée » par rapport à l’activité réalisée au laboratoire. L’étude « coût-

réactifs » instaurée en 2012 en vue de changer l’automate pour un plus performant, n’a pas abouti, car les

conditions de la société SEBIA sont disproportionnées par rapport à notre activité.

2.1.3 Hémostase

- Automate CA-50 Sysmex (Kunang Hsien)

Date de mise en service : 07/2007, maintenance préventive 4 fois/an


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2.2 Biochimie :

2.2.1 Substrats –enzymes et ionogrammes

- Deux INTEGRA 400 Roche (Diethelm)

Date mise en place 02/2007, maintenance préventive 4/an.

2.2.2 Hormonologie et marqueurs tumoraux/ Sérologie/ Immuno-enzymologie

- Automate CPBAS Elecsys 411 ROCHE : non installé, en cours de qualification.

3 MYCOBACTERIOLOGIE

Matériel Mise en service Périodicité de la maintenance

LABORATOIRE P2

Hotte classe II A2 (Thermo) 5/12/2005 1/an

Hotte classe I BK (Flufrance) 01/01/1995 1/an

Microscope optique (Leica) 17/06/2005 1/an

Microscope à fluorescence (Leica) 1/an

LABORATOIRE P3

BACTEC 960 (BD) 01/06/2009 1/an

BACTEC 320 (BD) 30/10/2010 1/an

Hotte classe II A2 (Thermo) 01/01/2008 1/18 mois

Microscope optique (Olympus) 1/an


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ACTIVITES DE SERVICE

1 CLIENTELES

- Particuliers

- CDAG IPC

- Médecins libéraux

- Hôpitaux publiques

- Organismes

internationaux, ONG

- Santé Publique

2 ANALYSES PAR SECTEUR

2.1 Biologie sanguine

2.1.1 Immuno-Hématologie

*augmentation des analyses en relation avec des études en cours.

ANALYSES NOMBRES

D’ACTES COMPARAISON AVEC 2012

D-Dimères 2 Analyse arrêtée en janvier 2013

Electrophorèse de l'hémoglobine 4769 Activité multipliée par 3 *

Fibrinogène 90 Activité multipliée par 1,5

Frottis- Goutte Epaisse 229 Activité multipliée par 1,5

Groupage ABO et Rhésus 1024 Stable

G6PD 1725 Activité multipliée par 3 *

Numération Formule Plaquettes 7602 Stable

Plaquettes 7602 Stable

Myélogramme 35 Stable

Numération des sous-populations lymphocytaires 264 Activité divisée par 4

Recherche de filaires 2 0 en 2012

Réticulocytes 1021 Activité multipliée par 5 *

Spermogramme 293

Recherche de spermatozoides dans les urines 2 Analyse mise en place en

septembre 2013

Temps de Saignement 18 Stable

Temps de Céphaline Activée 134 Stable

Taux de Prothrombine 746 Stable

Vitesse de Sédimentation 1891 Stable

TOTAL 27449


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2.1.2 Biochimie

ANALYSES NOMBRES D’ACTES

COMPARAISON AVEC 2012

METABOLITES

Calcémie 2112 Stable

Calcium urinaire 1

Ionogramme sanguine 2177 Stable

Ionogramme urinaire 276 Analyse multipliée par 17

Acide lactique 29 Demande divisée par 10 ?

Bicarbonates 86 Stable

Magnésium plasmatique 554 stable

Phosphorémie 188 Stable

BILAN LIPIDIQUE

Bilan lipidique complet 4570 Stable

Cholesterol 348 Stable

Triglycérides 397 Stable

BILAN GLUCIDIQUE

Glycémie 5575 Stable

Glycosurie 1 Stable

Dépistage du diabète gestationnel 24

Analyses mises en place en septembre 2013 Diagnostic du diabète gestationnel 16

Confirmation du diabète gestationnel 8

Hémoglobine glycosylée (HbA1C) 1258 Augmentation de 6,5 %

BILAN PROTEIQUE

Albuminémie 274 Stable

Electrophorèse des protéines 274 Stable

Protéines totales 288 Stable

Protéinurie 119 Stable


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BILAN HEPATIQUE

Bilirubine totale et conjuguée 650 20 % d’analyses en moins

Bilirubine totale 150 Stable

Fibrotest 92 stable

GammaGT 1512 Stable

ASAT 7317 1000 analyses de moins

ALAT 7325

PAL 506 Stable



BILAN MARTIAL

Fer 782 Stable

Capacité totale de fixation de la sidérophylline 139 Stable

Ferritine 463 Stable

Haptoglobine 317 Demande multipliée par 10

BILAN RENAL

Acide urique 4015 Stable

Clairance de la créatinine 6 Demande multipliée par 3

Créatinine 4585 Stable

Créatinine urinaire 264 Demande multipliée par 20

Microalbuminurie 21 Stable

Ration Ualuminurie/creatinine 19 Stable

Urée 1514 Stable

BILAN CARDIAQUE

CPK 219 Stable

Troponine 40 Stable

LDH 534 Demande multipliée par 2


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ANALYSES DIVERSES

Amylase 524 Stable

Bandelette urinaire 1330 Stable

Biochimie des liquides de ponction 5 Analyse mise en place en

septembre

CRP 1134 Demandes diminuées de moitié

TOTAL BIOCHIMIE 52038

2.1.3 Immuno-Sérologie



IMMUNOLOGIE

ACE 119 Stable

AFP 400 Stable

ASLO 370 Stable

Bêta2microglobuline 25 Multiplié par 2

Cortisol 111 Stable

Oestradiol 59 Stable

FSH 66 stable

LH 73 Stable

Bêta-HCG 225 Stable

Progestérone 50 Stable

Prolactine 40 Stable

PSA 345 Stable

T3L 1960 Stable

T4L 2133 Stable

TSH 2315

HEPATITE A

IgM 83 Stable

IgG 400 Stable


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HEPATITE B

Antigène HBs 4452 Stable

Anticorps anti-HBs 5360 Stable

Anticorps anti-HBc totaux 929 Stable

Anticorps anti-HBc IgM 71 Stable

Antigène HBe 264 Stable

Anticorps anti-HBe 242 Stable

HEPATITE C

Sérologie de dépistage 4754 Stable

HIV 1-2

Sérologie de dépistage 6540

Confirmation 81



AUTRES SEROLOGIES

Amibiase 52 Stable

Dépistage syphilis (TPHA + VDRL) 3492 Stable

FTA IgG 35 Analyse supprimée du catalogue

CMV 56 Stable

MNI 4 Analyse supprimée du catalogue

Rubéole 193 Stable

Toxoplasmose 229 Stable

Sérodiagnostic de Widal et Félix 219 Stable

Facteur rhumatoide 342 Stable

Waler Rose 1 Analyse supprimée du catalogue

TOTAL IMMUNO-SEROLOGIE 36090


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2.1.4 Répartition des analyses de la Biologie Sanguine

Sous-unités Nombres d’analyses dans l’année Part de chaque sous-unités

Immuno-hématologie 27449 23,75 %

Biochimie 52038 45 %

Immuno-sérologie 36090 31,22 %

TOTAL 115577

2.2 Microbiologie

2.2.1 Origine des prélèvements

Les prélèvements ont des origines très diverses : certains sont faits sur place à des patients adressés en

ambulatoire par leur médecin, d'autres proviennent de cliniques ou de structures hospitalières de Phnom

Penh ou des environs proches. L'identification des bactéries repose sur les techniques conventionnelles :

l'examen direct, la culture, la détermination des caractères biochimiques au moyen de galeries et le cas

échéant le sérotypage.

Les antibiogrammes sont réalisés par la méthode de diffusion de disques sur gélose en respectant les

recommandations du CA-SFM afin de permettre une lecture interprétative des résultats par le système

OSIRIS.

2.2.2 Répartition par prélèvement



Recherche d’antigène de Cryptococcus néoformans 106 Demande multipliée par 2

Antigène soluble de S. Pneumoniae 0 Analyse mise en place en

novembre 2013

Prélèvements pulmonaires et bronchiques 268 Analyses multipliée par 3

Culture bactérienne 266 Stable

Immuno-hématologie 23,75 %

Biochimie 45 %

Immuno-sérologie 31,22 %


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Examen direct bactério 71 Stable

Bactériologie des liquides de ponction 250 Stable

Cytologie et biochimie des liquides de ponction 184 stable

Recherche de toxine de Clostridium difficile 11 Stable

Recherche directe de Chlamydia trachomatis 63 Stable

Coproculture 535 Demande multipliée par 2

Recherche de Cryptosporidium dans les selles 3 Stable

Cytologie urinaire 1192 Stable

ECBU 661 Stable

Hémoculture (Isolator) 247 Stable

Hémoculture (Flacon) 18 50 % d’analyses en moins*

HLM 3 0 en 2012

Sérologie Leptospirose 24 Stable

Mycologie culture 137 Stable

Mycologie examen direct 131 Stable

Recherche directe de Mycoplasma 38 50 % d’analyses en plus

Bactériologie d’un prélèvement d’œil 1 Stable

Bactériologie d’un prélèvement de gorge 151 Stable

Bactériologie d’un prélèvement d’oreille 17 Stable

Parasitologie des selles 547 Stable

Examen parasitologique d’un liquide de ponction 2 Stable

Recherche de Pneumocystis jirovecii 12 50 % d’analyses en plus

Recherche d’HSV 1-2 14 Stable

Recherche de Rotavirus dans les selles 2 50 % d’analyses en moins **

Spermoculture 12 Stable

Recherche de sang dans les selles 15 50 % d’analyses en moins

Prélèvement urétral 32 Stable

Prélèvement vaginal 195 Stable

TOTAL BACTERIOLOGIE 5208


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* La demande d’hémocultures-flacons a diminué, cette analyse est réalisée par d’autres

laboratoires publiques, grâce au soutien de la fondation Mérieux à l’USS, qui distribue les

flacons gratuitement

** Les chiffres de l’an dernier étaient dus à une étude en cours

2.2.3 Evolution par rapport à 2012

2012

2013

2000

3000

4000

5000

6000

4509

5208

MicroBiologie

2012

2013


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2.3 Plateforme de Biologie Moléculaire


CHARGES VIRALES

Hépatite B 213

Hépatite C 207

HIV 1229

DEPISTAGE DES RESISTANCES

Mutation 1ère ligne 57

Mutation 2ème ligne 92

Mutation 3èmeligne 2

Résistance HBV 0

GENOTYPAGE

HCV 25

MYCOBACTERIOLOGIE

GeneXpert 15

Identification des 13 espèces de NTM 170

Différenciation du complexe tuberculosis 2

Identification des 16 espèces de NTM 31

Résistance aux fluoroquinolones / ETH… 1

Résistance INH /RIF 29

BACTERIOLOGIE

PCR en temps réel leptospirose 1

TOTAL BIOLOGIE MOLECULAIRE 2074

2.4 Mycobactériologie

2.4.1 Origine des prélèvements

Les prélèvements étudiés au laboratoire ont plusieurs origines :

Candidats à l’émigration se présentant à l'Office des Migrations Internationales (IOM). Selon le

pays de destination envisagé, il est effectué uniquement un examen direct de crachats ou un examen direct


27 | P a g e

associé à une mise en culture et identification. En cas de culture positive de Mycobacterium tuberculosis

complex, un antibiogramme de 1ère

ligne est demandé.

Patients en ambulatoire ou hospitalisés, principalement dans les services de maladies infectieuses

ou de pneumologie des hôpitaux de Phnom Penh, Kampong Cham, Siem Reap, et Takeo.

Patients d’autres organismes : Clinique SOS, CSI (Cooperative Service International), CHC et

MSF

Prélèvements animaux en provenance des organisations Free The Bear et Wildlife Conservation

Society

Biopsies ganglionnaires provenant des bovins des abattoirs, dans le cadre du projet MBV

Les patients inclus dans les projets CHC-MDR, IMMI et PAANTHER01.

2.4.2 Répartition par acte



EXAMEN DIRECT

1782 14% d’analyses

en moins

CULTURE

1818 Stable

SUBCULTURE

805 15% d’analyses

en plus*

IDENTIFICATION (GENE-PROBE)

458 Stable

ANTIBIOGRAMME

1ère ligne 190 Stable

2ème ligne 10 Stable

RECHERCHE DE M. LEPRAE

1 Stable

TOTAL MYCOBACTERIOLOGIE 5053


28 | P a g e

2.4.3 Evolution par rapport à 2012

Examen Direct 49.42%

Culture 36.82%

Subculture 0.36%

Identification 8.34%

ATB1 4.82%

ATB2 0.23%

Lèpre 0.00%

Examen Direct 35.27%

Culture 35.98%

Subculture 15.93%

Identification 8.96%

ATB1 3.64%

ATB2 0.20%

Lèpre 0.02%

0

1000

2000

3000

2013 (5053)

2012 (5538)

2012 (5538)

2013 (5053)


29 | P a g e

L’activité en mycobactériologie a diminué de 8.76 %. La répartition en fonction des analyses réalisées est

identique d’une année sur l’autre pour la culture, l’identification par Gene-Probe, l’antibiogramme de

premier et de seconde ligne et la lèpre. Les examens directs ont diminué autour de 14% mais les

subcultures ont augmenté de 15%. L’augmentation correspond aux subcultures des souches de patients

inclus dans le projet CAMELIA.

3 REPARTITION PAR SECTEUR

4 CONCLUSION

4.1 Comparaison avec 2012

4.1.1 Activité globale

- 2012: 153 155 actes

- 2013 : 127 912 actes

4.1.2 Par secteur

Le secteur Biologie sanguine assure 90,40 % de l’activité de service, la microbiologie, la

mycobactériologie et la plateforme de biologie moléculaire représentant uniquement 9,65 % de l’activité.

La Microbiologie a augmenté ses activités de 15,5 %, alors que la Biologie Sanguine a perdu 19,20 % et

la mycobactériologie 8,76 %.

Nombres d'actes (127 912)

Microbiologie (4,10 %)

Biologie Sanguine (90,40 %)

Plateforme de biologie Moléculaire (1,60 %)

Mycobactériologie (3,95 %)

16,50 % d’activité en moins


30 | P a g e

ANALYSE DES RESULTATS

1 Biologie sanguine

1.1 Sérologie HIV

1.1.1 Dépistage sérologique

Populations étudiées Effectifs Positifs forts Positifs faibles

Dépistage nominatif 4230 87 23

CDAG 657 44 12

Candidats à l’émigration 1640 6 11

TOTAL 6540 130 46

1°) Dépistage nominatifs : Sur les 23 positifs faibles, uniquement 11 patients sont venus contrôler leur

sérologie à 15 jours :

- Pour 3 patients, les ratios de contrôle étaient identiques aux ratios de dépistage, ces

3 patients ont été conclus négatifs.

- Pour 6 autres patients leur médecin avait demandé un WB qui était négatif

- Pour 2 patients, Le WB montrait une positivité de la bande p55, à recontrôler sur un

nouveau prélèvement.

2°) Pour les positifs faibles provenant du CDAG et de l’IOM, les analyses étant anonymes, nous n’avons

aucun moyen de vérifier si les sérologies de contrôle demandées sont effectuées.

1.1.2 Confirmation par western-blot

En 2013 81 WB ont été réalisés

Répartition des WB

WB sur sérologie négative

WB sans sérologie

initiale au

laboratoire

WB de confirmation TOTAL

Nombre 2 37

42

(41 nominatif,

1 CDAG)

81

- Les 2 WB réalisés sur sérologie négative, ont été demandés par des médecins et confirmés par

téléphone, malgré les conseils du laboratoire.

- Sur les 37 WB réalisés sans sérologie initiale : 21 étaient négatifs, 6 présentaient un profil

indéterminé et 10 étaient positifs HIV-1. Les WB sans sérologie sont essentiellement demandés par


31 | P a g e

l’IOM pour les candidats à l’émigration et par le CDAG (qui connaissent déjà le statut sérologique de leur

patient, mais dont nous n’avons pas la visibilité, puisque le dépistage est anonyme).

- Seulement 41 patients sur 87 positifs au dépistage (dépistage nominatifs) ont été confirmés

HIV-1 positifs par WB.

- Pour le CDAG, nous avons depuis le mois d’octobre instauré aussi le WB gratuit, ce qui permet

d’assurer un meilleur suivi des patients, car certains par manque d’argent ne venaient pas confirmer leur

positivité.

1.1.3 Conclusion

1°) Dépistage nominatif :

- Seulement 47,13 % des patients positifs ont été confirmés par WB, essentiellement à partir de

septembre 2013 où nous avons mis en place la confirmation gratuite chez les patients positifs.

- Pour les sérologies faiblement positives, malgré le commentaire noté sur le compte-rendu,

seulement 47,80 % des patients sont venus contrôler leur sérologie à 15 jours dans le laboratoire

(perdus de vue ou contrôle dans un autre laboratoire ?)

- 45,65 % des WB sont réalisés sur demande des médecins sans sérologie. Il nous est impossible de

savoir s’il s’agit d’une confirmation d’un dépistage réalisé en dehors du laboratoire ou d’une

mauvaise connaissance de la sérologie HIV 1-2.

2°) Le faible pourcentage de demande de WB de confirmation, nous conforte dans notre décision

d’effectuer le WB gratuitement chez les patients dépistés positifs. Cette gratuité n’est pas préjudiciable au

laboratoire du fait du grand nombre de sérologie négative et du nombre de WB prescrits par les médecins.

3°) La prise en charge du dépistage du HIV 1-2 ne semble pas encore totalement comprise par certains

médecins qui confondent sérologie de dépistage, WB et charge virale. Certains demandent même de

confirmer une sérologie de dépistage positive par un typage lymphocytaire CD4/CD8 !

1.2 Dépistage syphilis

Profil sérologique Conclusion 2013 2012

VDRL – et TPHA +

Cicatrice sérologique ou

tréponématose précoce

(J7-J10 du cancre)

N % N %

13 0,37 13 0,33

VDRL + et TPHA + Tréponématose en cours

d’évolution

N % N %

30 0,86 16 0,4

VDRL + et TPHA - Faux Positif VDRL N % N %

1 0,02 3 0,075


32 | P a g e

1.3 Hépatites B

Marqueurs 2012 2013

Ag HBs 4 704

Pos : 630 4 452

Pos : 567

Neg : 4 074 Neg : 3 385

Ac anti-HBs 5 339

Pos : 3 081 5 360

Pos : 3 225

Neg : 2 258 Neg : 2 135

Ac anti-HBc IgM 53

Pos : 3 71

Pos : 5

Neg : 50 Neg : 66

Ac anti-HBc 2 196

Pos : 938 929

Pos : 368

Neg : 1 258 Neg : 561

Ag HBe 370

Pos : 118 264

Pos : 71

Neg : 252 Neg : 193

Ac anti-HBe 306

Pos : 195 242

Pos : 153

Neg : 111 Neg : 89

2 MICROBIOLOGIE

2.1 Répartition des cultures bactériennes

2012

50

2050

4050

6050

2012

2013

Evolution 2012-2013


33 | P a g e

Nature des Prélèvements Nombre d’analyses cultures positives %

Prélèvements génitaux 227 50,2

Liquidesd'épanchement 102 5,9

Liquide céphalo-rachidien 100 6

Uroculture 661 37,7

Hémocultures 265 5,7

Coprocultures 535 3,6

Pus divers 399 46,1

Prélèvements respiratoires 350 30,3

2.2 Tour d’horizon des bactéries

2.2.1 Escherichia coli

C’est la bactérie la plus fréquemment retrouvée dans les prélèvements.

Prélèvements Urinaires Autres Total

148 27 175

2.2.2 Burkholderia pseudomallei

Cette bactérie a été isolée à 5 reprises :

2 souches proviennent de l’hôpital Calmette

3 souches proviennent de cabinets médicaux de Phnom Penh

Prélèvements Pulmonaire Abcès Hémoculture Liq articulaire

1 1 2 1

2.2.3 Streptococcus pneumoniae

Soixante-six souches ont été détectées en 2013, soit un total multiplié par 6 par rapport à

l’année 2012.

Prélèvements Pulmonaire ORL LCR Urétral Sperme

40 21 1 2 2


34 | P a g e

2.2.4 Salmonella / Shigella

- Aucune Shigella n’a été isolée en 2013

- Nous avons isolé 30 souches de Salmonella

Prélèvements Coproculture Hémoculture Urines

18 10 2

Le profil antibiotique des Salmonelles est généralement de phénotype sauvage, quelques

pénicillinases de bas niveau et 1 salmonelle BLSE ont été retrouvés

2.2.5 Neisseria gonorroheae

Sept souches ont été détectées dans les prélèvements urétraux.

2.2.6 Cryptococcus neoformans

Cryptococcus néoformans responsable de méningite chez les patients immuno-déprimés et notamment

HIV positifs, a été isolé de 11 LCR.

- Mise en évidence à l’examen direct

- Mise en évidence par agglutination sur particules de latex.

2.3 Evolution des Bactéries Multi Résistantes (BMR) sur 6 ans à l’IPC

2.3.1 Définition des BMR

1°) Entérobactéries BLSE

2°) Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline

3°) Enteroccocus résistant à la vancomycine

4°) Pseudomonas aeruginosa :

Multirésistant : résistant ou intermédiaire à l’imipénème, la ceftazidime et la ciprofloxacine

Ultrarésistant : juste sensible à la colistine +/- fosfomycine

5°) Acinetobacter baumanii BMR : résistant à l’imipénème OU ne restant sensible qu’à l’imipénème

6°) Carbapénémases

2.3.2 Suivi évolutif des BMR


35 | P a g e

1°) Entérobactéries BLSE

2013 BLSE %

E. coli 263 45 10,92

P. mirabilis 5 0 0

Salmonella spp 2 0 0

Shigella spp 1 0 0

K. pneumoniae 110 19 4,61

Enterobacter spp 30 7 1,70

M. morganii 1 0 0

TOTAL 412 71

2°) Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline

3°) Enteroccocus résistant à la vancomycine

Aucun

4°) Pseudomonas aeruginosa résistant

020406080

100120140160180200220240

2008 2009 2010 2011 2012 2013

Total S. aureus

MRSA %


36 | P a g e

5°) Acinetobacter baumanii

Notre taux d’Acinetobacter baumanii résistant à l’imipénème est très largement inférieur à celui retrouvé

en Asie, 16,70 % à l’IPC contre 59, 80 % en Asie (données de 2009).

6°) Aucune carbapénémase mise en évidence.

2.3.3 Conclusion

La plupart de nos bactéries multirésistantes sont isolées de patients infectés, il serait important de pouvoir

avoir des données sur le portage, en effet la méconnaissance du portage augmente le risque de diffusion

des bactéries multirésistantes.

0

10

20

30

40

50

60

70

80

2008 2009 2010 2011 2012 2013

Total of strains

PAR %

2008 2009 2010 2011 2012 2013

Total 30 51 12 5 9 12

Résistant à l'imipénème 3 4 2 3 5 2

0

10

20

30

40

50

60

No

mb

re d

e s

ou

che

s

Evolution de la résistance à l'imipénème des Acinetobacter baumannii


37 | P a g e

- Les entérobactéries BLSE sont stables d’une année sur l’autre, essentiellement des E. coli

(10,90%) et Klebsiella pneumoniae (4.60 %). Ces taux sont inférieurs à ceux retrouvés en Asie

Bactéries Vietnam Chine Malaisie Hong-Kong

E. coli 60 % 67 % 24 % 34 %

Klebsiella pneumoniae 54 % 61 % 36 % 11 %

- Les SARM sont eux en augmentation (42.5%), mais nous restons en-dessous des taux décrits en

Asie (25,50 % de portage et 67 % associé à des infections intercurrentes).

- Les résistances à l’imipénème sont encore assez rares.

- Nous n’avons pas mis en évidence de carbapénémase.

- Les origines des BMR montrent qu’elles proviennent essentiellement de prélèvements

communautaires.

2.4 Diminution de sensibilité de certaines bactéries

2.4.1 Pneumocoques : sensibilité diminuée aux pénicillines

On classe les souches de S. pneumoniae dans les catégories sensible, intermédiaire ou résistante à la

pénicilline en fonction de leurs concentrations minimales inhibitrices (CMI) pour cet antibiotique. Selon

le Comité de l'Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie (CA/SFM), une souche est

considérée comme sensible à la pénicilline G si sa CMI est inférieure ou égale à 0,06 mg/l, intermédiaire

si elle se situe entre 0,07 et 2 mg/l, et résistante si la CMI est supérieure à 2 mg/l. Pour l'amoxicilline et

les céphalosporines de 3e génération, le CA/SFM considère qu'une souche est sensible si la CMI de

l'antibiotique est inférieure ou égale à 0,5 mg/l, intermédiaire entre 0,5 et 2 mg/l et résistante si la CMI est

strictement supérieure à 2 mg/l.


38 | P a g e

Le taux de Pneumocoques de sensibilité diminuée aux pénicillines est stable, variant entre 75 et 85 %.

- Actuellement, des souches de PSDP sont signalées dans le monde entier, avec des incidences très

variables selon les pays. Les taux les plus bas (< 5 %) sont trouvés principalement en Norvège, en Suède,

en Hollande, en Allemagne, en Italie, en Inde. Viennent ensuite la Finlande, la Grande-Bretagne, la Suisse

et l'Autriche avec 5 à 10 % de résistance, puis le Canada, l'Islande et une partie de l'Australie qui

comptent 10 à 25 % de résistance. Des taux plus importants (> 25 %) sont observés en Espagne, au

Portugal, en France, aux États-Unis et en Afrique du Sud, les taux en Asie sont très supérieurs à ceux

rencontrés dans le reste du monde.

- Nous sommes largement au-dessus des taux rencontrés en Europe, les taux retrouvés en Asie sont

à 54 % et 71 % au Vietnam.

Au Cambodge, le principal facteur de risque d'acquisition de souches résistantes aux bêta-lactamines est

l'utilisation « sauvage » et inappropriée (cures itératives ou à titre prophylactique) d’antibiotiques,

notamment les bêta-lactamines mais aussi le cotrimoxazole.

2008

2009

2010

2011

2012

2013

6 ans

Pneumocoques totaux 23 14 5 7 8 51 108

PSDP (Résistants à l'oxacilline) 16 12 4 6 6 34 78

0

20

40

60

80

100

120

No

mb

re d

e s

ou

che

s

Evolution sur 6 ans des pneumocoques de sensibilité

diminuée aux pénicillines


39 | P a g e

2.4.2 Haemophilus influenzae

Le taux de résistance est stable depuis 2010, aux alentours de 50 %, ce qui s’approche des taux de

résistance décrits dans le reste du monde entre 20 et 40 %.

2.4.3 Burkholderia pseudomallei

2008 2009 2010 2011 2012 2013

Intermédiaire 8 7 6 1 2 1

Résistant 32 17 24 4 5 6

Sensible 46 36 18 2 3 6

05

101520253035404550

No

mb

re d

e s

ou

che

sEvolution de la résistance aux B-lactamines

2008 2009 2010 2011 2012 2013


Résistant 6 7 10 1 7 0

Sensible 39 11 1 0 2 5

0

5

10

15

20

25

30

35

40

45

No

mb

re d

e s

ou

che

s

Evaluation de la résistance à l'augmentin


40 | P a g e

2.4.4 Neisseria gonorrhae

Le gonocoque est généralement sensible aux antibiotiques mais apparaissent des souches productrices de

bétalactamase et des souches résistantes aux cyclines.

- Les 7 gonocoques isolés étaient porteurs d’une Pénicillinase, mais restaient sensibles aux

céphalosporines de 3ème

génération

- Cinq sur sept présentaient une résistance aux tétracyclines.

3 PLATEFORME DE BIOLOGIE MOLECULAIRE

3.1 Charges virales

Analyses Total Nb Détecté % Détecté

Charge Virale HBV 213 191 90%

Charge Virale HCV 207 115 56%

Charge Virale HIV 1229 390 32%

Les charges virales sont réalisées par 2 techniques différentes suivant la quantité de plasma reçu au

laboratoire : Cobas Taqman/Amplipred (ROCHE) ou technique BIOCENTRIC, quand la quantité de

plasma est inférieur à 500 µL.

- Charges virales analysées par COBAS : 533

- Charges virales analys&ées par BIOCENTRIC : 696

2008 2009 2010 2011 2012 2013


Résistant 1 0 0 0 0 0

Sensible 48 21 13 1 9 5

0

10

20

30

40

50

60

No

mb

re d

e s

ou

che

s

Evolution de la résistance à la ceftazidime


41 | P a g e

3.2 Analyses des mutations

Jan Feb Mar Avr Mai Juin Juillet Août Sep Oct Nov Dec Total

HDR1 5 5 1 3 5 9 5 6 6 3 3 3 54

HDR2 0 7 5 1 27 37 10 0 0 2 0 3 92

HDR3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 6

Total 9 12 6 4 32 46 15 6 6 6 3 7 152

3.3 Génotypage HCV

Jan Feb Mar Apr May Jun Jul Aug Sep Oct Nov Dec Total

NS5 1 4 2 4 2 3 1 3 2 1 0 2 25

Sur les 115 charges virales détectées positives, uniquement 25 ont été génotypées, alors que le génotype

est un critère important de la mise en route du traitement.

3.4 Test génétique d’identification des Mycobactéries

3.4.1 Ensemble des souches

Codes Analyses Nombre : 586 souches Pourcentage

Identification Mycobacterium atypique

CM : commonMycobacteria 133 22,70 %

AS : AdditionnalSpecies 17 2,90 %

Différenciation du complexe Mycobacteriumtuberculosis

MTBC 2 0,34 %

Identification du complexe Mycobacterium tuberculosis et des Résistances IHN et RIF

MTBDRplus 39 6,65 %

Identification du complexe Mycobacteriumtuberculosiset des Résistances aux fluoroquinolones

aux amino-peptides cycliques et à l’EMB

MTBDRsl 10 1,70 %

Identification du complexe Mycobacterium tuberculosis et de la Résistance à RIF

GENEXPERT 385 65,70 %


42 | P a g e

3.4.2 Mycobactéries atypiques

3.5 Projet IMMI

Recherche de Chlamydia pneumoniae, Mycoplasma pneumonaie, Légionella pneumophila et Legionella sp par

PCR en temps réel

Recherche Pré-nasopharyngé Pré-expectoration Nb positif

Chlamydia pneumoniae

115 6 0 Mycoplasma pneumonaie

Légionella pneumophila

Total 121

3.6 Projet Méningo-encéphalite

536 LCR ont été analysés à la recherche de S.suis, S.pneumoniae, N.meningitidis, et H. influenzae par PCR

en temps réel :

Identification Mycobactéries atypiques Nombre %

M. abscessus 19 10

M. asiaticum 2 1

M. avium 2 1

M. avium et M. intracellulaire 1 1

M. fortuitum 44 22

M. fortuitum et M. intracellulaire 1 1

M. gordonae 9 5

M. hemophilum 2 1

M. interjectum 4 2

M. intracellulaire 28 14

M. kansasii 3 2

M. scrofulaceum 14 7

M. simiae 4 2

M. spec 53 27

M. TB complex 2 1

M. ulcerans 1 1

Culture contaminée 8 4

Profil non interprétable 1 1

Total 198


43 | P a g e

Recherche Nombre testé sur

prélevement LCR

Nombre de

positif

S. suis

536

3

S. pneumoniae 16

N. meningitidis 2

H. influenzae 4

4 MYCOBACTERIOLOGIE

4.1 Ensemble des analyses réalisées (routine + recherche)

Analyses Total Examens Positifs En cours

Examen direct 1782 80 ----

Culture 1818 314 119

Subculture 805 571 2

Gene-Probe 458 300 5

4.2 Antibiogramme de 1ère

ligne réalisé (routine + recherche)

Cent quatre-vingt-dix antibiogrammes ont été réalisés dans le cadre de l’activité globale du service, dont 5

toujours en cours et 7 contaminés par des M. atypiques ou des bactéries

- 127 souches sont sensibles à tous les antibiotiques

- 30 souches présentaient une monorésistance

Isoniazide (INH) 18

Rifampicine (RIF) 1

Streptomycine (STR) 11

Etambutol (EMB) 0

- 17 souches présentaient16 souches présentaient une polyrésistance

INH+STR 6

RIF+STR 1

RIF+EMB 8


44 | P a g e

INH+STR+EMB 2

- 16 souches étaient multi-résistantes

INH+RIF 3

IN de H+RIF+STR 7

INH+RIF+STR+EMB 6

4.3 Antibiogramme de 2ème

ligne réalisé (routine + recherche)

Dix antibiogrammes de seconde ligne ont été réalisés dans le cadre de l’activité globale du service.

1°) Antituberculeux testés :

- Ofloxacine 0.2 µg/ml

- Amikacine 1.0 µg/ml

- Kanamycine 5.0 µg/ml

- Capréomycine 2.5 µg/ml

2°) Résultats :

- Sensibilité aux 4 antituberculeux : 9

- Résistance associée : AMK + KN + CAP : 1 (Cette souche est dite « Pré-XDR»

(Extensively drug-resistant). Elle est résistante aux INH, RIF et aux aminosides de

réserve y compris AMK, KN et CAP. La souche reste sensible aux STM, EMB et OFL.

4.4 Nombre de contamination

- Pourcentage de contamination des milieux Lowenstein-Jensen : 7.04 % (128/1818)

- Pourcentage de contamination MGIT : 1.54% (28/1818)


45 | P a g e

ACTIVITES DE RECHERCHE

1/ Microbiologie Médicale

Nom du projet Date de mise en

place Collaboration scientifique Financement

Méningo-Encephalite 2010 Unité Virologie de l’IPC - Hôpital Kuntha Bopha

Li Ka Shing Foundation- AVIESAN

ANRS 12229:

Improving diagnosis of

Tuberculosis in HIV infected

children in Asia

(PAANTHER)

2010

- National Pediatric Hospital,

- Angkor Hospital for Children,

- Unité Epidémiologie Santé Publique (IPC),

- Immunologie virale (IPC),

- Unité Hépatites / VIH (IPC)

- Laboratoire de Bactériologie-Virologie (CHRU Arnaud de Villeneuve)

Agence

Nationale de

Recherche sur le

Sida et les

Hépatites

Virales (ANRS)

IMMI : Factor associated with Severity of Influenza Virus including H1N1 2009 pandemic virus infection in Calmette hospital, Phnom Penh

2011 Unité Epidémiologie Santé Publique de l’IPC & Hôpital Calmette, Takeo

RIIP

AGISAR : an integrated surveillance study of antimicrobial resistance in salmonella subspecies, campylobacter spp, Escherichia coli and Enterococcus spp from pultry carcasses and Salmonella subspecies , campylobacter spp from inpatients of national pediatric hospital, Phnom Penh

2012 Laboratoire Microbiologie Alimentaire de l’IPC -Hôpital national Pédiatrique

WHO, FAO and RIIP

The phylogeography of Shigella spp. in Southeast Asia

2013-2014 AFRIM-OCRU Wellcome Trust

CHARLI: Children Antibiotic Resistant infections in Low

En cours de réalisation

IP Paris, Unité Epidémiologie Santé Publique de l’IPC & Hôpital Kp


46 | P a g e

Income countries: an international cohort study

Speu ?

BMR : Overview of AMR in Cambodian Hospital

En cours de réalisation

Hôpital Calmette ?

2/ Biologie Sanguine



ANRS 12229:



children in Asia (PAANTHER)

2010







Agence Nationale

de Recherche sur le

Sida et les

Hépatites Virales

(ANRS)

IMMI : Factor associated with Severity of Influenza Virus including H1N1 2009 pandemic virus infection in Calmette hospital, Phnom Penh

2011 Unité Epidémiologie Santé Publique de l’IPC & Hôpital Calmette, Takeo

RIIP

TIV: Test in vitro Unité Epidémiologie moléculaire de l’IPC

Dr. Didier MENARD

OMS : Assessing the safety of weekly administered primaquine in vivax malaria infected Cambodians

2013

Unité Epidémiologie

moléculaire de l’IPC

Dr. Didier MENARD +

Dr. Bob Taylor

National Center for

Parasitology,

Entomology and

Malaria Control,

Phnom Penh,

Cambodia.

RDT 2013

Unité Epidémiologie moléculaire de l’IPC

Dr. Didier MENARD

IRD 2013

Dr. Frank T. Wieringa OMS?


47 | P a g e

3) Mycobactériologie



Comparative performance study of

LoopampTM

MTBC Detection Kit

for Rapid Detection of Complex

Mycobacterium tuberculosis in

pulmonary specimens

2013 National Centre for TB and Leprosy Control (CENAT)

Foundation for Innovative New Diagnostics (FIND)

ANRS 12278: Effect of

Mycobacterium tuberculosis

genetics on clinical outcomes of

HIV/tuberculosis co-infected adults

enrolled in the CAMELIA (ANRS

1295/CIPRA KH001) trial

2013

- Unité d’Epidemiologie et de

Santé Publique

- Département de

Bactériologie-Virologie (INSERM U1058)

Agence Nationale

de Recherche sur le

Sida et les

Hépatites Virales

(ANRS)

Jeunes Equipes AIRD (JEAI):

Molecular Epidemiology of

Tuberculosis in Southeast Asia

(Vietnam, Laos and Cambodia)

2012 (durée

prévisible 3 ans)

- National Institute of Hygiene and Epidemiology (Vietnam)

- Centre d'Infectiologie Christophe Mérieux du Laos

Maladies

Infectieuses et

Vecteurs: Ecologie,

Génétique,

Evolution et

Contrôle

(MIVEGEC-IRD)

Project pilot: Mycobacterium bovis

in cattle in Cambodia

2012

Département de Bactériologie-

Virologie (INSERM U1058)

INSERM and

French Agricultural

Research Centre for

International

Development

(CIRAD)

Non-Tuberculosis Mycobacterium

infections in a Referral

Tuberculosis treatment centre in

Cambodia: Clinical,

epidemiological and therapeutic

aspects

2012

- Institut de Médecine Tropical

(Belgique)

- Département de

Bactériologie-Virologie (INSERM U1058)

Médecins Sans

Frontières - France

Comparative performance of

LoopampTM

MTBC Detection Kit

to Detect Complex Mycobacterium

tuberculosis in frozen specimens

2012 -

IPC

ANRS 12229:



children in Asia (PAANTHER)

2010






Agence Nationale

de Recherche sur le

Sida et les

Hépatites Virales

(ANRS)


48 | P a g e


Documents

Unité de Biologie Médicale