VALEUR INFORMATIVE D’INDICATEURS ANTE ET ?· Sécurité des Aliments et Microbiologie (SECALIM 1014)…

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    16-Sep-2018

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<ul><li><p>Document de synthse 22 octobre 2008 </p><p>VALEUR INFORMATIVE DINDICATEURS ANTE ET POST MORTEM POUR LA DETECTION </p><p>DES DANGERS BIOLOGIQUES POUR LE CONSOMMATEUR DE VIANDE PORCINE </p><p>THESE DE BIOLOGIE DE LUNIVERSITE DE RENNES 1 SOUTENANCE PUBLIQUE : 1ER DECEMBRE 2008 </p><p>Julien FOSSE </p><p>Thse mene de 2005 2008 au sein des UMR INRA - Ecole Nationale Vtrinaire de Nantes </p><p>Scurit des Aliments et Microbiologie (SECALIM 1014) &amp; Bio-Agression, Epidmiologie et Analyse des Risques (BIOEPAR 1300) </p><p> Co-direction de thse : </p><p>Pr Catherine MAGRAS (DVM, PhD, HDR, Dipl. ECVPH), UMR SECALIM Pr Henri SEEGERS (DVM, Dipl. ECBHM, Dipl. ECVPH), UMR BIOEPAR </p><p>SOMMAIRE </p><p>Synthse des travaux de recherche mens dans le cadre de la thse duniversit 2 1. Etat de la science et contexte de recherche 2 2. Objectifs scientifiques 2 3. Dmarche scientifique 3 </p><p>3.1. Matriels et mthodes 3 3.2. Partenaires scientifiques 3 </p><p>4. Principaux rsultats et valorisations par les professionnels et les pouvoirs publics 3 4.1. Mthode de hirarchisation des dangers pour le consommateur 3 4.2. Etude du statut de contamination des porcs en levage et des facteurs de risque 4 4.3. Suivi longitudinal de lots de porcs de llevage labattoir 4 4.4. Construction dun modle gnrique de transmission des dangers biologiques retenus de llevage labattoir 4 </p><p>5. Perspectives d'utilisation du modle gnrique de transmission des dangers pour la proposition d'un schma de matrise fond sur l'valuation des risques </p><p>7 </p><p>5.1. Etablir les profils de risque des levages 7 5.2. Etablir les profils de risque des abattoirs 7 5.3. Combiner ces profils de risque pour cibler la ralisation de mesures correctives 7 </p><p>Publications scientifiques 8 Rfrences bibliographiques 10 </p></li><li><p> 2</p><p>SYNTHESE DES TRAVAUX DE RECHERCHE MENES DANS LE CADRE DE LA THESE DUNIVERSITE </p><p>1. Etat de la science et contexte de recherche </p><p> Le Livre Blanc de la Commission europenne sur la scurit alimentaire a prconis le remaniement des modalits de gestion des maladies infectieuses alimentaires au sein de l'Union europenne, avec notamment l'institution du principe de prcaution et l'valuation des risques comme fondements des politiques publiques relatives la scurit des aliments (rglement (CE) 178/2002). Une telle mutation a conduit les pouvoirs publics, dans le cadre d'une dmarche d'valuation des risques, s'interroger sur la pertinence des mesures de matrise des dangers pour le consommateur mises en place au sein des filires agro-alimentaires, par les professionnels, mais galement par l'Etat. Parmi ces mesures, l'inspection sanitaire en abattoir, qui se place l'interface entre l'levage - la production primaire - et l'aval des filires de productions de denres alimentaires d'origine animale, constitue un lment clef de matrise des dangers biologiques pour le consommateur. L'valuation de l'adquation entre les techniques d'inspection mises en uvre et le statut sanitaire des animaux entrant l'abattoir puis celui de leurs carcasses doit donc tre mene. Or, le statut de contamination des denres alimentaires dorigine animale vis vis de dangers pour le consommateur restent, pour certains d'entre eux, inconnus ou partiellement dtermins, et ce mme pour les dangers les plus frquemment incrimins dans des cas d'infection bactrienne d'origine alimentaire (DGSanCo, 2000 ; Vaillant et al., 2004). Par ailleurs, l'valuation de la gravit des effets nfastes nest aujourdhui pas ou insuffisamment conduite. Or ces lments doivent tre pris en compte pour envisager, dans le cadre de l'analyse des risques, une rforme des mthodes d'inspection respectant l'esprit de la rglementation europenne rcemment promulgue (Schruff et Blaha, 2004). En outre, sur un plan plus cognitif, les limites analytiques (absence de dtection, seuil de dtection trop lev, sensibilit et / ou spcificit insuffisantes) pour de nombreux dangers conduisent envisager une amlioration de la dtection de ces dangers par la dfinition et lutilisation dindicateurs complmentaires. Nous entendons ici par indicateur toute information microbiologique, zootechnique, lsionnelle, analytique susceptible d'tre corrle la prsence d'un danger pour l'homme. Lutilisation dun indicateur ou dune combinaison dindicateurs pourrait tre alors envisage pour amliorer la dtection des viandes dangereuses . Lapplication de cette valuation pourrait conduire, le cas chant, la proposition de nouveaux schmas de matrise des dangers biologiques responsables de ces maladies. Parmi les filires pouvant faire l'objet de cette valuation, la filire viande porcine, premire viande consomme en France et en Europe, constitue un objet d'tude d'intrt. En effet, de rcentes tudes ont montr limpossibilit pratique de raliser lensemble des oprations dincision et palpation des organes et viscres prvues dans la rglementation europenne en vigueur (rglement CE 852/2004, annexe II), du fait notamment de cadences dabattages trop leves (Bailly, 2004). </p><p>2. Objectifs scientifiques </p><p> Dans ce contexte, les objectifs de notre thse taient de quatre ordres : i) identifier et caractriser les dangers biologiques pour le consommateur de viande de porc et valuer la valeur informative des oprations d'examen macroscopique des carcasses quant leur dtection l'abattoir ; ii) caractriser, au niveau de la production primaire, le statut de contamination des porcs l'gard des dangers biologiques retenus sur la base de l'valuation des risques mene, et identifier les facteurs de risque de la prsence de ces dangers en levage ; iii) caractriser le statut de contamination de lots de porcs et de leurs carcasses et valuer la valeur prdictive de l'utilisation d'indicateurs ante et post mortem quant la dtection des dangers biologiques retenus ; iv) enfin modliser la transmission des dangers zoonotiques alimentaires au sein de la filire porcine, afin de dessiner les perspectives d'un schma de matrise des dangers biologiques alternatif au schma actuel. </p><p>3. Dmarche scientifique </p><p>3.1. Matriels et mthodes </p><p> Pour atteindre ces objectifs, nos travaux ont t conduits de manire largement imbrique. Nanmoins, nous avons dvelopp pour chaque objectif un matriel et mthode. Ainsi, nous avons distingu quatre tapes : i) la hirarchisation des dangers biologiques pour le consommateur de viande porcine, notamment au regard de leur dtectabilit lors de l'examen macroscopique des carcasses ralis dans le cadre de l'inspection sanitaire l'abattoir. Cette tape impliquait de dvelopper une mthode originale destimation des cas de maladies infectieuses dorigine alimentaire spcifiquement attribuables la consommation de viande porcine en Europe, de quantification de la gravit des cas cliniques humains de ces maladies, utilisant les indicateurs pidmiologiques disponibles (taux de ltalit et de mortalit) et, enfin, de quantification de la dtectabilit des dangers constitutifs des principaux risques. Dveloppe lors des commissions dvaluation antrieures, nous ne reviendrons pas ici sur cette mthodologie ayant montr que les dangers biologiques responsables des cas de zoonoses alimentaire induites par la consommation de viande porcine les plus graves et les plus frquents sont </p></li><li><p> 3</p><p>non-dtectables lors de lexamen macroscopique visuel des carcasses. Il sagit des Campylobacter spp. thermotolrants, Clostridium perfringens, Listeria monocytogenes, Salmonella enterica, Staphylococcus aureus et Yersinia enterocolitica. ii) la caractrisation du statut de contamination des porcs en levage lgard des dangers constitutifs des principaux risques pour le consommateur, notamment en relation avec l'identification des facteurs de risque de leur prsence ce niveau de la production primaire. Cette tape a repos sur deux approches complmentaires : a) une approche bibliomtrique pour le recensement des facteurs de risque de prsence des dangers en levage porcin et la quantification par mta-analyse de leur prvalence en levage et lentre de labattoir chez lanimal vivant, en fonction de la nature du prlvement et de la mthode analytique choisie ; b) une tude exprimentale in situ mene dans 12 levages du Grand Ouest et visant dfinir le statut de contamination des porcs et en valuer la variabilit en fonction de leur bande dappartenance. Cette seconde approche reposait notamment sur lutilisation doutils dpidmiologie molculaire (PFGE Pulsed Field Gel Electrophoresis) pour ltude de la variabilit des profils de souches de Campylobacter spp. entre levages et entre bandes. iii) l'valuation des relations entre statut de contamination des animaux en levage et l'entre de l'abattoir d'une part, entre statut des animaux et contamination de leurs carcasses d'autre part. Cette tape impliquait le suivi longitudinal de lots danimaux de llevage labattoir et la ralisation de prlvements en levage puis labattoir sur des animaux identifis par bouclage. Ce suivi a t men sur 31 lots issus de 9 levages, abattus dans trois outils distincts. La campagne de prlvement, particulirement lourde, a t mene doctobre 2006 mars 2008 et impliquait la participation systmatique de 3 personnes en levage et de 5 personnes labattoir. iv) enfin, l'aune des rsultats de ces trois tapes, la modlisation de la transmission des dangers biologiques constitutifs des principaux risques pour le consommateur aux premires tapes de la filire porcine a t propose. </p><p>3.2. Partenaires scientifiques Ce travail de recherche a impliqu la ralisation danalyses bactriologiques que nous avons menes au sein de lUMR SECALIM pour le dnombrement, lidentification molculaire (PCR multiplex) et le typage de souches (PFGE) du danger Campylobacter spp. Pour les autres dangers recherchs, les analyses bactriologiques ont t menes par un laboratoire prestataire de service accrdit par le COFRAC pour ces recherches. La confirmation et le typage (bio- et lyso-typage) des souches de Yersinia enterocolitica ont t mens par le CNR de la peste et autres yersinioses de lInstitut Pasteur, centre collaborateur de lOMS pour la recherche de Yersinia enterocolitica. </p><p>4. Principaux rsultats et valorisations par les professionnels et les pouvoirs publics </p><p>4.1. Mthode de hirarchisation des dangers pour le consommateur La mthode de hirarchisation des dangers base sur des indicateurs quantitatifs d'valuation des risques </p><p>que nous avons dveloppe est transposable l'ensemble des filires agro-alimentaires. Une partie de ses conclusions, essentiellement l'identification des dangers, a t utilise par l'Institut de la Filire Porcine (IFIP) dans le cadre de ses travaux sur les guides de bonnes pratiques d'hygine en levage et l'abattoir ainsi que sur l'information sur la chane alimentaire. En outre, cette mthode a t transpose la filire viande bovine, dans le cadre du stage de Mme Agns Werner (Royal Veterinary College de Londres) rsidente du collge europen de sant publique vtrinaire. Cette transposition a donn lieu une publication connexe. </p><p>4.2. Etude du statut de contamination des porcs en levage et des facteurs de risque </p><p>En terme d'valuation des risques, nos travaux montrent que pour un levage donn, les variations de statut de contamination des porcs au cours du temps et entre bandes (groupes d'animaux levs ensemble dans un mme local) sont nulles ngligeables. Un statut sanitaire d'levage peut donc tre dfini, sur la base d'analyses bactriologiques. Les facteurs de risques associs la prsence des dangers en levage, dcrits dans la littrature, permettent paralllement de proposer des profils de risque des levages. Ces facteurs de risque sont prsents dans le tableau 1 ci-aprs. </p></li><li><p> 4</p><p>Tableau 1 - Synthse des facteurs de risque de prsence de certains dangers biologiques pour le consommateur en levage porcin. </p><p>Facteur de risque Danger associ </p><p>Bioscurit - Dfaut de nettoyage-dsinfection et dure du vide sanitaire insuffisante </p><p> Insuffisance de raclage des fces des truies ou absence de vidange des pr-fosses entre bandes de truies en maternit </p><p> Salm. enterica </p><p> Dsinfection des salles sans nettoyage pralable ou nettoyage des salles sans dsinfection , contamination rsiduelle des locaux avant le remplissage de la salle </p><p> Campylobacter spp. Salm. enterica </p><p> Vide sanitaire insuffisant (moins de 6 jours en maternit, moins de 7 jours en post-sevrage, moins de 3 jours en engraissement) </p><p> L. monocytogenes Salm. enterica </p><p>- Dfaut d'hygine et tenue vestimentaire </p><p> Absence de nettoyage-dsinfection des bottes, de lavage des mains avant de soigner les animaux, absence de toilettes sur le site d'levage, absence de sas </p><p> L. monocytogenes Salm. enterica </p><p>- Infection des animaux d'origine humaine ou via l'quipement </p><p> Visite de plus de deux personnes chaque jour dans le local d'engraissement, prsence de visiteurs ayant t en contact avec d'autres exploitations le jour de la visite, partage d'quipement entre exploitations </p><p> Salm. enterica </p><p>- Logement des animaux et matrise de l'ambiance </p><p> Sols pleins ou paills par opposition au caillebotis Salm. enterica Y. enterocolitica </p><p> Caillebotis partiel par opposition au caillebotis total Salm. enterica Cloisons ajoures entre salles ou possibilits de contacts "groin groin" </p><p> Salm. enterica </p><p> Dfaut de ventilation Y. enterocolitica Alimentation et abreuvement </p><p>- Aliment Alimentation sche, comparativement une alimentation humide </p><p> Salm. enterica </p><p> Alimentation humide, comparativement une alimentation sche </p><p> L. monocytogenes </p><p> Alimentation sous forme de granuls en comparaison avec une alimentation non granule </p><p> Salm. enterica </p><p>- Transitions alimentaires </p><p> Changement de type d'aliment durant l'engraissement Salm. enterica </p><p>- Type d'abreuvoirs Abreuvoirs bols par opposition aux abreuvoirs linaires de type sucette </p><p> Salm. enterica </p><p>Conduite d'levage </p><p>- Type d'levage Elevages post-sevreurs engraisseurs et engraisseurs par comparaison aux levages naisseurs-engraisseurs </p><p> Salm. enterica Y. enterocolitica </p><p>- Densit de l'levage Densit d'occupation de la salle infrieure 0,75 m2 par porc Salm. enterica - Mlanges de bandes ou de porcs d'origines diffrentes </p><p> Mlanges de bandes en engraissement, porcs provenant de diffrents levages fournisseurs </p><p> Campylobacter spp. Salm. enterica </p><p>- Autres espces animales leves et contact avec des animaux sauvages </p><p> Elevage de volailles sur l'exploitation Salm. enterica Autres espces d'animaux domestiques ou sauvages ou contacts indirects avec d'autres levages de porcs </p><p> Salm. enterica Y. enterocolitica </p><p>Gestion de la sant du troupeau </p><p>- Traitement mdicamenteux en engraissement </p><p> Traitement antibiotique curatif ou prventif au cours de l'engraissement, utilisation de la tylosine ou de la chlorttracycline comme promoteur de croissance, supplmentation en chlorttracycline, penicilline-procane et sulphamthazine </p><p> Salm. enterica </p><p> Traitement anthelminthique prventif Campylobacter spp. - Maladies intercurrentes </p><p> Diarrhe chez le porc en croissance, infection par le virus du Syndrome Dysgnsique et Respiratoire Porcin (SDRP), par le coronavirus respiratoire porcin (CRP), par Lawsonia intracellularis, infestations hpatiques par Ascaris suum </p><p> Salm. enterica </p><p>Ces lments peuvent, si les services...</p></li></ul>

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