Vector NTI 軟體使用講解

2008/05/08

曾祥豫

• 如何建立序列資料庫。

開啟 Vector NTI

主要介面

出現 author information 視窗後先按 Cancel, 不需輸入

plasmid 命名

File Create New Sequence Using Sequence Editor (DNA/RNA)…

建構 plasmid

按下 Edit Sequence後可以輸入序列設定 plasmid information

出現”輸入序列”視窗

將文字檔 (pdf, txt, doc) 內的序列反白後 copy and paste 到上方”輸入序列”視窗 , 輸入後按下視窗上的” OK” 確定

注意 : 試用版本沒有 paste 功能 , 只能以 key in 輸入

輸入序列確定後回到原本視窗設定其他項目1. Feature Map: 在序列上標示具功能

性序列 ( 例如 : promoter, antibiotic gene, tag…)

2. Restriction Map: 想在序列上標示哪些酵素切位

3. 設定完成後按下”確定” , plasmid data 即出現在主要介面並存入 Database 中

1

2

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主要介面

Plasmid information

Plasmid sequence

Plasmid map

分成三部份 : information, sequence and map

• 建立 primer 資料庫，尋找 vector 上 primer binding site 。

公司 primer binding sites search

建立 primer database

Analyses Oligo Analyses Oligo Duplexes…

出現視窗 , 按下’’ Add New” 後會出現 oligo 設定視窗

1. 輸入名稱 ( 例 : PQEF) 2. 輸入序列

3. 按”確定”後 , 資料會存在 oligo database

Oligo Data base 建立完成後 , 回到主介面

2. 選工具列 ” Analyses” Motifs…

例子 : 在 pcDNA3.1(+) 上找是否有 M13F(-20), M13R, SP6, T7p, T3的 binding sites?

1. 找出 pcDNA3.1(+) 的 data (File→Open→ pcDNA3.1(+))

出現新視窗後點選” Oligo Database…”, 會出現 Oligo 資料庫

圈選出要找的 primer 後按” OK”

注意 : 視窗會出現圈選的Primer information

設定” Similarity…”設定” Similarity…”

出現視窗後點選 With Similarity>= Similarity Threshold, 並設定 Threshold 為 100.0

設定 Strand(s) to Search設定 Strand(s) to Search

勾選” Direct” 與” Complementary”搜尋 plasmid 正反股序列

按“ OK” 確定

主要介面的 plasmid information 視窗中點選 Motifs (both strands) 選項 , 會出現剛圈選的 primer 在此 plasmid 上的位置與數量

說明 :M13 Reverse 在 pcDNA3.1(+) 上有一個位置 (1 site), 在 vector 第 3274 base 以後為 primer 的 binding site, 位在反股序列上 .

主要介面的 plasmid sequence 也會出現 primer binding site 在此 plasmid 上的位置

• Feature map set up ( 功能性基因的標示 )

Feature map set up ( 功能性基因的標示 )

功能性基因 : 例如 Promoter, cDNA, antibiotic gene, etc…

在主介面 Sequence 視窗先圈選 sequence 範圍 , 也可先不圈選範圍 , 用 key in 輸入區域

Edit New Add Feature To FMap

出現 Feature 設定視窗

例子 : 在 pcDNA3.1(+)上設定一個叫” MOMO” 的 promoter

例子 : 在 pcDNA3.1(+)上設定一個叫” MOMO” 的 promoter

1

2

3

1. Feature name: key in “MOMO”

2. Sequence 範圍由第 31 到第 60 nt. ( 可直接 key in 或先選取 sequence 範圍 , 若要反向就勾選” Complementary”)

3. 選定 Feature Type: Promoter Euk.

4. “OK”

1. Feature name: key in “MOMO”

2. Sequence 範圍由第 31 到第 60 nt. ( 可直接 key in 或先選取 sequence 範圍 , 若要反向就勾選” Complementary”)

3. 選定 Feature Type: Promoter Euk.

4. “OK”

4

Map and information 出現 MOMO promoter

Map and information 出現 MOMO promoter

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