Whole-genome based Archaea phylogeny and taxonomy composition vector pproachpower.itp.ac.cn/~hao/SunXuHao_ArchaeaSuppl.pdf · 2017. 3. 10. · Supplementary Material To . Whole-genome

Supplementary Material To

Whole-genome based Archaea phylogeny and taxonomy — composition vector pproach

By

SUN JianDong1*, XU Zhao1* & HAO BaiLin1,2,3†

1 T-Life Research Center & Department of Physics, Fudan University, Shanghai

200433, China; 2 Institute of Theoretical Physics, Academia Sinica, Beijing 100190, China; 3 Santa Fe Institute, Santa Fe, New Mexico 87501, USA

Archaea branches were cut from CVTrees calculated from 861 = 56 Archaea + 797 Bacteria

+ 8 Eukarya genomes by using the Web Server at:

http://tlife.fudan.edu.cn/cvtree/

The original 861-genome genus trees for K=3 to 7 are given below:

1. K=7 CVTree 861 Populations K=7

Neighbor-Joining/UPGMA method version 3.67

Neighbor-joining method

Negative branch lengths allowed

+====Eremothecium{1}

+-565

+-734 +====Saccharomyces{1}

! !

! +====Schizosaccharomyces{1}

+-810

! ! +====Arabidopsis{1}

! +-805

! ! +====Caenorhabditis{1}

! +-757

! +--------------Drosophila_melanogaster_FlyBase

!

! +====Plasmodium{1}

! !

! ! +-504=Borrelia{8}

! ! +-827

! ! ! +-727=Treponema{3}

! ! +-852

http://tlife.fudan.edu.cn/cvtree/

! ! ! ! +-330=Chlamydia{5}

! ! ! ! +-524

! ! ! ! ! +-484=Chlamydophila{7}

! ! ! +-773

! ! ! +====Parachlamydia{1}

! ! !

! ! ! +----------117=Acidithiobacillus{2}

! ! ! !

! ! ! ! +====Alkalilimnicola{1}

! ! ! +-731 +-577

! ! ! ! ! +-646 +====Halorhodospira{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-683 +====Thioalkalivibrio{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-695 +====Nitrosococcus{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! +====Methylococcus{1}

! ! ! !

! ! ! ! +----Acidovorax_JS42

! ! ! ! +------235

! ! ! ! +-441 +====Diaphorobacter{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-481 +------------Acidovorax_avenae_citrulli_AAC00-1

! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-535 +====Delftia{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Verminephrobacter{1}

! ! ! ! +-541

! ! ! ! ! ! +-404=Polaromonas{2}

! ! ! ! ! +-501

! ! ! ! +-576 +====Rhodoferax{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Leptothrix{1}

! ! ! ! ! +-531

! ! ! ! ! +====Methylibium{1}

! ! ! +-754 +-662

! ! ! ! ! ! ! +-468=Burkholderia{22}

! ! ! ! ! ! ! +-567

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cupriavidus{1}

! ! ! ! ! +-673 ! ! ! +-306

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-350 +--------Ralstonia_eutropha_H16

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-604 ! +-384 +-----------Ralstonia_eutropha_JMP134

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-499 +------------Ralstonia_metallidurans_CH34

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Ralstonia_pickettii_12J

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-360

! ! ! ! ! ! ! +-632 ! +-----------Ralstonia_solanacearum

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Herminiimonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-361

! ! ! ! ! ! ! ! +====Janthinobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-347=Polynucleobacter{2}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-453=Bordetella{5}

! ! ! ! ! +-699

! ! ! +-761 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Aromatoleum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-493

! ! ! ! ! ! ! ! +-583 +====Azoarcus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-714 ! ! +====Dechloromonas{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-663 +====Methylobacillus{1}

! ! ! ! ! ! ! +-627

! ! ! ! ! ! ! ! +====Thiobacillus{1}

! ! ! ! ! ! +-641

! ! ! ! ! ! ! +-368=Nitrosomonas{2}

! ! ! ! ! ! +-547

! ! ! ! ! ! +====Nitrosospira{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Chromobacterium{1}

! ! ! ! ! +-660

! ! ! ! ! +------269=Neisseria{6}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-----263=Stenotrophomonas{2}

! ! ! ! ! +-486

! ! ! ! ! ! +-338=Xanthomonas{8}

! ! ! ! +-534

! ! ! ! +-------228=Xylella{4}

! ! ! !

! ! ! ! +-418=Acinetobacter{7}

! ! ! ! +-659

! ! ! ! ! +-470=Psychrobacter{3}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +--Actinobacillus_pleuropneumoniae_L20

! ! ! ! ! +-115

! ! ! ! ! +--------118 +--Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_7_AP76

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-398 +--Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_3_JL03

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-436 +------------Haemophilus_ducreyi_35000HP

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +------------Haemophilus_parasuis_SH0165

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-----------Actinobacillus_succinogenes_130Z

! ! ! +-774 ! +-502 +-380

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Mannheimia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Haemophilus_influenzae

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-213

! ! ! ! ! ! ! +-463 +-223 +---Haemophilus_influenzae_86_028NP

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +------244 +----Haemophilus_influenzae_PittEE

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----Haemophilus_influenzae_PittGG

! ! ! ! ! ! ! +-458

! ! ! ! ! ! ! ! +----Haemophilus_somnus_129PT

! ! ! ! ! ! ! ! +------227

! ! ! ! ! ! ! +-444 +----Haemophilus_somnus_2336

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Pasteurella{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Citrobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! +-317

! ! ! ! ! ! ! ! +-264=Salmonella{16}

! ! ! ! ! ! ! +-345

! ! ! ! ! ! ! ! +----------Enterobacter_638

! ! ! ! ! ! ! +-366

! ! ! ! ! ! ! ! +----246=Klebsiella{2}

! ! ! ! ! ! ! +-378

! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Enterobacter_sakazakii_ATCC_BAA-894

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_0127_H6_E2348_69

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_536

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-220 +-154 +Escherichia_coli_APEC_O1

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--95

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-116 +Escherichia_coli_S88

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-157 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_UTI89

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-209 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_CFT073

! ! ! ! ! ! +-626 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_ED1a

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_55989

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-153

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_E24377A

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-130

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_IAI1

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-113

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_SE11

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-242 +-177

! ! ! ! ! ! ! ! +-395 ! ! ! ! +-Escherichia_coli_C_ATCC_8739

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-137

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_K_12_substr__DH10B

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--80

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-155 ! +Escherichia_coli_K_12_substr__MG1655

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-216 ! +--58

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_K_12_substr__W3110

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_HS

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-226 ! +---Escherichia_coli_SMS_3_5

! ! ! ! +-753 ! ! ! ! ! ! ! ! +-210

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_UMN026

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-278 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_O157H7

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-237 ! +--71

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---88 +Escherichia_coli_O157H7_EDL933

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_O157_H7_EC4115

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Escherichia_coli_IAI39

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Shigella_boydii_CDC_3083_94

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-292 ! +-188

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Shigella_boydii_Sb227

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-245

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Shigella_flexneri_2a

! ! ! ! ! ! ! +-476 ! ! ! ! ! ! +--79

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-247 +-146 +Shigella_flexneri_2a_2457T

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-328 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Shigella_flexneri_5_8401

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----Shigella_sonnei_Ss046

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------Escherichia_fergusonii_ATCC_35469

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Shigella_dysenteriae

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Erwinia_carotovora_atroseptica_SCRI1043

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-442

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Serratia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-392

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-326=Yersinia{12}

! ! ! ! ! ! ! +-507 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-462

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Erwinia_tasmaniensis

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Sodalis{1}

! ! ! +-782 ! ! +-527

! ! ! ! ! ! +-694 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photorhabdus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-489

! ! ! ! ! ! ! ! +====Proteus{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +----290=Aeromonas{2}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Aliivibrio{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-371

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Vibrio_fischeri_ES114

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------186

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Vibrio_fischeri_MJ11

! ! ! ! ! ! ! ! +-597 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-494 +Vibrio_cholerae

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------62

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Vibrio_cholerae_O395

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Vibrio_harveyi_ATCC_BAA-1116

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-424 +-344

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Vibrio_parahaemolyticus

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-520 ! +-383

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Vibrio_vulnificus_CMCP6

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-405 +--------152

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Vibrio_vulnificus_YJ016

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Vibrio_splendidus_LGP32

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-613

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-460=Shewanella{19}

! ! ! ! ! +-742 ! +-639

! ! ! ! ! ! ! ! +====Psychromonas{1}

! ! ! ! ! ! +-664

! ! ! +-785 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Alteromonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-536

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Pseudoalteromonas_atlantica_T6c

! ! ! ! ! ! ! ! +-609

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Colwellia{1}

! ! ! ! ! ! ! +-618 +-598

! ! ! ! ! ! ! ! +--------------Pseudoalteromonas_haloplanktis_TAC125

! ! ! ! ! ! ! !

! ! +-853 ! ! ! ! +====Idiomarina{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Alcanivorax{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-637

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Hahella{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-599

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Marinobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-672

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Chromohalobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-670

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-482=Pseudomonas{16}

! ! ! ! ! ! ! ! +-696

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Marinomonas{1}

! ! ! ! +-788 ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-711

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cellvibrio{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-619

! ! ! ! ! ! ! ! +====Saccharophagus{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +------------Candidatus_Ruthia_magnifica_Cm_Calyptogena_magnifica_

! ! ! ! ! ! ! ! +-379

! ! ! ! ! ! ! +-751 +------------Candidatus_Vesicomyosocius_okutanii_HA

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Thiomicrospira{1}

! ! ! ! +-799 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +---------214=Coxiella{5}

! ! ! ! ! ! ! +-745

! ! ! ! ! ! ! +--------233=Legionella{4}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Dichelobacter{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-375=Francisella{9}

! ! ! ! +-843

! ! ! ! ! ! +====Baumannia{1}

! ! ! ! ! ! +-640

! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Candidatus_Blochmannia_floridanus

! ! ! ! ! ! ! +-523

! ! ! ! ! ! ! +-------------Candidatus_Blochmannia_pennsylvanicus_BPEN

! ! ! ! ! ! +-725

! ! ! ! ! ! ! ! +--------------Buchnera_aphidicola

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +Buchnera_aphidicola_5A__Acyrthosiphon_pisum_

! ! ! ! ! ! ! +-668 +--16

! ! ! ! ! ! +-756 ! +------------28 +Buchnera_aphidicola_Tuc7__Acyrthosiphon_pisum_

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-500 +Buchnera_sp

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-769 ! +-------------Buchnera_aphidicola_Sg

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Wigglesworthia{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +--------------Buchnera_aphidicola_Cc_Cinara_cedri

! ! ! ! !

! ! ! ! +-849 +-552=Anaplasma{3}

! ! ! ! ! ! +-653

! ! ! ! ! ! ! +-452=Ehrlichia{5}

! ! ! ! ! ! +-715

! ! ! ! ! ! ! +-407=Wolbachia{4}

! ! ! ! ! ! +-759

! ! ! ! ! ! ! +====Neorickettsia{1}

! ! ! ! ! ! +-807

! ! ! ! ! ! ! ! +----287=Orientia{2}

! ! ! ! ! ! ! +-764

! ! ! ! ! ! ! +-434=Rickettsia{11}

! ! ! ! ! +-838

! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Pelagibacter_ubique_HTCC1062

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Acidothermus{1}

! ! ! ! ! +-657

! ! ! ! ! ! +====Thermobifida{1}

! ! ! ! ! +-692

! ! ! ! ! ! +-491=Frankia{3}

! ! ! ! ! +-698

822-829 ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-525=Mycobacterium{20}

! ! ! ! ! ! ! +-569

! ! ! ! ! ! ! +-636 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Nocardia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-521

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Rhodococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-713 +-682 +====Saccharopolyspora{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Nocardioides{1}

! ! ! ! ! ! ! +-669

! ! ! ! ! ! ! ! +---320=Salinispora{2}

! ! ! ! ! ! ! +-665

! ! ! ! ! ! ! +-443=Streptomyces{3}

! ! ! ! ! +-735 !

! ! ! ! ! ! ! ! +-387=Arthrobacter{3}

! ! ! ! ! ! ! ! +-529

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Renibacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-594

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Kocuria{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-666

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----280=Clavibacter{2}

! ! ! ! ! ! ! +-681 +-554

! ! ! ! ! ! ! ! +====Leifsonia{1}

! ! ! ! ! +-737 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Kineococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Propionibacterium{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-562=Corynebacterium{7}

! ! ! ! ! +-765

! ! ! ! ! ! +-478=Bifidobacterium{5}

! ! ! ! ! +-792

! ! ! ! ! ! +-------------48=Tropheryma{2}

! ! ! ! ! +-854

! ! ! ! ! ! ! +====Coprothermobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +--336=Dictyoglomus{2}

! ! ! ! ! ! ! +-819 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Fervidobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-593

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-448=Thermosipho{2}

! ! ! ! ! ! ! ! +-816 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-689

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-611=Thermotoga{5}

! ! ! ! ! ! +-846 ! !

! ! ! ! ! +-856 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-744

! ! ! ! ! ! ! ! +====Petrotoga{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +---313=Dehalococcoides{3}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Elusimicrobium{1}

! ! ! ! ! ! +-821

! ! ! ! ! ! +--------------uncultured_Termite_group_1_bacterium_phylotype_Rs_D17

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-581=Alkaliphilus{2}

! ! ! ! ! ! +-733

! ! ! ! ! ! ! +--------------Clostridium_difficile_630

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +--------------Clostridium_acetobutylicum

! ! ! ! ! ! ! +-633

! ! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_kluyveri_DSM_555

! ! ! ! ! ! ! ! +--------------13

! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_kluyveri_NBRC_12016

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_botulinum_A

! ! ! ! ! ! +-752 ! +--47

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_botulinum_A_ATCC_19397

! ! ! ! ! ! ! ! +-643 ! +--23

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-211 +Clostridium_botulinum_A_Hall

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_botulinum_B1_Okra

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------241 +-163

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_botulinum_F_Langeland

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-587 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Clostridium_botulinum_A3_Loch_Maree

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-612 !

! ! ! ! ! ! ! +-677 ! +--------------Clostridium_tetani_E88

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-775 ! +--------------Clostridium_novyi_NT

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Clostridium_beijerinckii_NCIMB_8052

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-539

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------Clostridium_botulinum_B_Eklund_17B

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----274

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------Clostridium_botulinum_E3_Alaska_E43

! ! ! ! ! ! ! ! +-614

! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Clostridium_perfringens

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-183

! ! ! ! ! ! ! ! +-------249 +---Clostridium_perfringens_ATCC_13124

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-776 ! +-----Clostridium_perfringens_SM101

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +--------------Clostridium_phytofermentans_ISDg

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Anaerocellum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-358

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Caldicellulosiruptor{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-723

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-394=Thermoanaerobacter{3}

! ! ! ! ! ! ! +-755

! ! ! ! ! ! ! ! +--------------Clostridium_cellulolyticum_H10

! ! ! ! ! ! ! +-635

! ! ! ! ! ! ! +--------------Clostridium_thermocellum_ATCC_27405

! ! ! ! ! ! +-793

! ! ! ! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Desulforudis_audaxviator_MP104C

! ! ! ! ! ! ! ! +-679

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Desulfotomaculum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-621

! ! ! ! ! ! ! ! +-709 +====Pelotomaculum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Heliobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-720 +-705

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Moorella{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-741 +====Carboxydothermus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------207=Desulfitobacterium{2}

! ! ! ! ! ! ! ! +-758

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Syntrophomonas{1}

! ! ! ! ! ! ! +-781

! ! ! ! ! ! ! ! +====Halothermothrix{1}

! ! ! ! ! ! ! +-771

! ! ! ! ! ! ! +====Natranaerobius{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Anoxybacillus{1}

! ! ! ! ! ! ! +-477

! ! ! ! ! ! ! ! +-327=Geobacillus{2}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-575 +-----------Bacillus_amyloliquefaciens_FZB42

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-355

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Bacillus_subtilis

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-430

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_ATCC_14580

! ! ! ! ! ! ! ! +-454 +------------11

! ! ! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_DSM_13

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Bacillus_pumilus_SAFR-032

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_anthracis_Ames

! ! ! ! ! ! ! ! +--8

! ! ! ! ! ! ! ! +--44 +Bacillus_anthracis_Ames_0581

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-136 +Bacillus_anthracis_str_Sterne

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-181 +--Bacillus_cereus_AH820

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-582 +-196 +---Bacillus_thuringiensis_konkukian

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_03BB102

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-201 +-101

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_thuringiensis_Al_Hakam

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-252 +---Bacillus_cereus_ZK

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_AH187

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-112

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-239 +-Bacillus_cereus_Q1

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-272 !

! ! ! ! ! ! ! +-610 ! ! ! +----Bacillus_cereus_ATCC_10987

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Bacillus_cereus_ATCC14579

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--283 ! +-187

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-234 +---Bacillus_cereus_B4264

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-353 ! +----Bacillus_cereus_G9842

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-628 ! ! +-------Bacillus_weihenstephanensis_KBAB4

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-858 ! ! ! ! +-----------Bacillus_cereus_cytotoxis_NVH_391-98

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Bacillus_clausii_KSM-K16

! ! ! ! ! ! ! ! +-651 ! +-557

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Bacillus_halodurans

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-686 ! +====Oceanobacillus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Lysinibacillus{1}

! ! ! +-855 ! ! +-826 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Exiguobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-697

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----279=Listeria{5}

! ! ! ! ! ! ! ! +-707

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Macrococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-571

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-479=Staphylococcus{19}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Enterococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-667

! ! ! ! ! ! ! +-768 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---307=Lactococcus{3}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-622

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-522=Streptococcus{38}

! ! ! ! ! ! +-828 ! !

! ! ! ! +-859 ! ! ! ! !

! ! +-851 ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-724

! ! ! ! ! ! ! +-847 ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------------Lactobacillus_brevis_ATCC_367

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-600

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-732 ! ! +--------------Lactobacillus_plantarum

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-644 +-------------Lactobacillus_fermentum_IFO_3956

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-528

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Lactobacillus_reuteri_DSM_20016

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------29

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-623 +Lactobacillus_reuteri_F275_Kitasato

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-648 ! +--------------Lactobacillus_salivarius_UCC118

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-616

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Pediococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Lactobacillus_casei

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------191

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-710 +-591 +---Lactobacillus_casei_ATCC_334

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------------Lactobacillus_sakei_23K

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-429=Leuconostoc{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-652

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Oenococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Lactobacillus_acidophilus_NCFM

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-377

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Lactobacillus_helveticus_DPC_4571

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-509

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Lactobacillus_gasseri_ATCC_33323

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--319

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-555 +---------Lactobacillus_johnsonii_NCC_533

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus

! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------128

! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus_ATCC_BAA-365

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Finegoldia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-815

! ! ! ! ! ! ! ! +====Fusobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Brachyspira{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Aquifex{1}

! ! ! ! ! ! ! +-690

! ! ! ! ! ! ! ! +====Hydrogenobaculum{1}

! ! ! ! ! ! ! +-739

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Persephonella{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-573

! ! ! ! ! ! ! +-814 +-437=Sulfurihydrogenibium{2}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Thermodesulfovibrio{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Arcobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-701 +====Nitratiruptor{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-624

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-661 +====Sulfurovum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-717 !

! ! ! ! ! ! +-844 ! ! +====Sulfurimonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Nautilia{1}

! ! ! ! ! ! +-747

! ! ! ! ! ! ! +-630=Campylobacter{10}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-730 +--------Helicobacter_acinonychis_Sheeba

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +----Helicobacter_pylori_26695

! ! ! ! ! ! ! ! +-231

! ! ! ! ! ! ! ! +-238 +----Helicobacter_pylori_HPAG1

! ! ! ! ! ! ! +----299 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-240 +----Helicobacter_pylori_P12

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-253 +----Helicobacter_pylori_G27

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-678 +-260 +-----Helicobacter_pylori_J99

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-----Helicobacter_pylori_Shi470

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +--------------Helicobacter_hepaticus

! ! ! ! ! ! +-656

! ! ! ! ! ! +====Wolinella{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Acaryochloris{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Anabaena{1}

! ! ! ! ! ! ! +----267

! ! ! ! ! ! ! +-402 +------Nostoc_sp

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-602 +-586 +------------Nostoc_punctiforme_PCC_73102

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Cyanothece_PCC_7425

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-551

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Thermosynechococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-592 +-------------Cyanothece_ATCC_51142

! ! ! ! ! ! ! ! +-459

! ! ! ! ! ! ! ! +-513 +-------------Cyanothece_PCC_8801

! ! ! ! ! ! +-608 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-542 +-------------Cyanothece_PCC_7424

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-566 +====Microcystis{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Synechococcus_PCC_7002

! ! ! ! ! ! +-638 ! +-546

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Synechocystis{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +Synechococcus_elongatus_PCC_6301

! ! ! ! ! ! ! ! +-------------24

! ! ! ! ! ! +-680 ! +Synechococcus_elongatus_PCC_7942

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Trichodesmium{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-703 ! +---------Synechococcus_sp._JA-2-3B-a_2-13

! ! ! ! ! ! ! ! +---309

! ! ! ! ! ! ! ! +---------Synechococcus_sp._JA-3-3Ab

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Gloeobacter{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +------Prochlorococcus_marinus_AS9601

! ! ! ! ! ! ! +-271

! ! ! ! ! ! ! +-288 +------Prochlorococcus_marinus_MIT_9301

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-305 +--------Prochlorococcus_marinus_MIT_9215

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-381 +---------Prochlorococcus_marinus_MIT_9312

! ! ! ! ! ! +-736 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Prochlorococcus_marinus_MED4

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-331

! ! ! ! ! ! ! ! +-553 +----------Prochlorococcus_marinus_MIT_9515

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Prochlorococcus_marinus_CCMP1375

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-439

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Prochlorococcus_marinus_MIT_9211

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-496

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Prochlorococcus_marinus_NATL1A

! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------202

! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Prochlorococcus_marinus_NATL2A

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-584 +-----Prochlorococcus_marinus_MIT9313

! ! ! ! ! ! ! ! +------243

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----Prochlorococcus_marinus_MIT_9303

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-451 +------------Synechococcus_CC9311

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-388

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Synechococcus_WH_7803

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-426

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Synechococcus_CC9605

! ! ! ! ! ! ! +-506 ! +-364

! ! ! ! ! ! ! ! +-369 +-----------Synechococcus_sp_WH8102

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-835 ! +-----------Synechococcus_CC9902

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Synechococcus_RCC307

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Acidobacteria{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-642

! ! ! ! ! ! ! ! +-721 +====Acidobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Solibacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-812

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-464=Anaeromyxobacter{4}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-722

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Myxococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-763

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Sorangium{1}

! ! ! ! ! ! +-839 +-830

! ! ! ! +-857 ! ! ! +-346=Chloroflexus{3}

! ! ! ! ! ! ! ! +-568

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-340=Roseiflexus{2}

! ! ! ! ! ! ! ! +-708

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Herpetosiphon{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-790

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Rubrobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-780

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Thermomicrobium{1}

! ! ! ! ! ! ! +-811

! ! ! ! ! ! ! ! +-457=Deinococcus{2}

! ! ! ! ! ! ! ! +-719

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------108=Thermus{2}

! ! ! ! ! ! ! +-804

! ! ! ! ! ! ! +====Symbiobacterium{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-840 +====Pirellula{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Chlorobaculum{1}

! ! ! ! ! ! ! +-354

! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Chlorobium_tepidum_TLS

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-516 +-------------Chlorobium_limicola_DSM_245

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-446

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-474 +-------------Chlorobium_phaeobacteroides_DSM_266

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-508 +-------------Pelodictyon_phaeoclathratiforme_BU_1

! ! ! ! ! ! ! +-532 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Pelodictyon_luteolum_DSM_273

! ! ! ! ! +-842 ! ! ! +-399

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Prosthecochloris_vibrioformis_DSM_265

! ! ! ! ! ! ! ! +-548 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Chlorobium_chlorochromatii_CaD3

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-649 ! +-------------Chlorobium_phaeobacteroides_BS1

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-473

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Prosthecochloris_aestuarii_DSM_271

! ! ! ! ! ! ! +-817 !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Chloroherpeton{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Salinibacter{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Akkermansia{1}

! ! ! ! ! ! ! +-795

! ! ! ! ! ! +-818 +====Opitutus{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Methylacidiphilum{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Acidiphilium{1}

! ! ! ! ! ! +-601

! ! ! ! ! ! ! +====Granulobacter{1}

! ! ! ! ! ! +-620

! ! ! ! ! ! ! ! +----------111=Gluconacetobacter{2}

! ! ! ! ! ! ! +-558

! ! ! ! ! ! ! +====Gluconobacter{1}

! ! ! ! ! ! +-718

! ! ! ! ! ! ! ! +====Magnetospirillum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-631

! ! ! ! ! ! ! +-654 +--------------Rhodospirillum_rubrum_ATCC_11170

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +--------------Rhodospirillum_centenum_SW

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +------------Agrobacterium_radiobacter_K84

! ! ! ! ! ! ! +-420

! ! ! ! ! ! ! ! +--295=Rhizobium{4}

! ! ! ! ! ! ! +-480

! ! ! ! ! ! ! +-490 ! +-------------Agrobacterium_tumefaciens_C58_Cereon

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-475

! +-836 ! ! ! ! ! ! +-------------Agrobacterium_vitis_S4

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +----282=Sinorhizobium{2}

! ! ! ! ! ! +-543

! ! ! ! ! ! +-561 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +------143=Brucella{9}

! ! ! ! ! ! ! ! +-342

! ! ! ! ! ! ! ! +====Ochrobactrum{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-544=Mesorhizobium{2}

! ! ! ! ! ! +-650

! ! ! ! ! ! ! +-423=Bartonella{4}

! ! ! ! ! +-738 !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Azorhizobium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-487

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Xanthobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-603 +-431=Bradyrhizobium{3}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-497

! ! ! ! +-845 ! ! +-704 ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-356=Nitrobacter{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-488

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-406=Rhodopseudomonas{6}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-514

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Oligotropha{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-625

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-510=Methylobacterium{6}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-634

! ! ! ! ! ! ! ! +-726 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-684 !

! ! ! ! ! ! +-746 ! ! ! ! ! +====Beijerinckia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-537

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylocella{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Parvibaculum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Dinoroseobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-517

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Roseobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-498

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-533 ! +====Ruegeria{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-469

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Silicibacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-728 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Jannaschia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-570

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Paracoccus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-549

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-332=Rhodobacter{4}

! ! ! ! ! ! +-808 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-428=Caulobacter{3}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-538

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Phenylobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-685

! ! ! ! +-848 ! ! ! ! ! +====Hyphomonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-676

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Maricaulis{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Erythrobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-540

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-560 +====Novosphingobium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-589 +====Sphingopyxis{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-655 +====Sphingomonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Zymomonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Magnetococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! +-834

! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Desulfococcus_oleovorans_Hxd3

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-675

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-693 +====Desulfatibacillum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-760 +====Desulfobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Desulfotalea{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Geobacter_FRC_32

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-438

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Geobacter_uraniumreducens_Rf4

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-518

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Geobacter_metallireducens_GS-15

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-777 +-530 +-425

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Geobacter_sulfurreducens

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-580 +-------------Geobacter_bemidjiensis_Bem

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Geobacter_lovleyi_SZ

! ! ! ! ! ! +-841 ! ! ! +-687 +-550

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Pelobacter_propionicus_DSM_2379

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-772 +--------------Pelobacter_carbinolicus

! ! ! ! ! ! ! +-794 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Syntrophobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-750

! ! ! ! ! ! ! ! +====Syntrophus{1}

! ! ! +-850 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-607=Desulfovibrio{5}

! ! ! ! ! ! +-700

! ! ! ! ! ! +====Lawsonia{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Bdellovibrio{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! +-629=Leptospira{6}

! ! ! !

! ! ! ! +-492=Bacteroides{4}

! ! ! ! +-559

! ! ! ! ! +====Parabacteroides{1}

! ! ! ! +-647

! ! ! ! ! +--------219=Porphyromonas{2}

! ! ! ! +-712

! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Azobacteroides_pseudotrichonymphae_genomovar__CFP2

! ! ! ! +-787

! ! ! ! ! ! +====Cytophaga{1}

! ! ! ! ! +-748

! ! ! +-796 ! +-526=Flavobacterium{2}

! ! ! ! +-606

! ! ! ! +====Gramella{1}

! ! ! !

! ! ! +--------------Candidatus_Amoebophilus_asiaticus_5a2

! ! !

! ! ! +====Acholeplasma{1}

! ! ! !

! ! ! ! +====Aster{1}

! ! ! +-797 +--318

! ! ! ! ! +-564 +====Onion{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-706 +-------------Candidatus_Phytoplasma_australiense

! ! ! ! !

! ! ! ! +--------------Candidatus_Phytoplasma_mali

! ! ! !

! ! ! ! +====Mesoplasma{1}

! ! ! ! +-691

! ! ! ! ! ! +-----------Mycoplasma_capricolum_ATCC_27343

! ! ! ! ! +-363

! ! ! ! ! +-----------Mycoplasma_mycoides

! ! +-837 !

! ! ! ! +--------------Mycoplasma_agalactiae_PG2

! ! ! +-820 +-767

! ! ! ! ! +-770 +--------------Mycoplasma_arthritidis_158L3_1

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-778 +--------------Mycoplasma_pulmonis

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-784 +--------------Mycoplasma_mobile_163K

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +--Mycoplasma_hyopneumoniae_232

! ! ! ! +----------145


! ! ! ! +-127

! ! +-825 +--Mycoplasma_hyopneumoniae_J

! ! !

! ! ! +--------------Mycoplasma_gallisepticum

! ! ! +-702

! ! ! ! +--------------Mycoplasma_synoviae_53

! ! ! +-791

! ! ! ! ! +-------------Mycoplasma_genitalium

! ! ! +-800 +-519

! ! ! ! ! +-------------Mycoplasma_pneumoniae

! ! ! ! !

! ! ! ! +--------------Mycoplasma_penetrans

! ! +-801

! ! +---316=Ureaplasma{3}

! !

! ! +====Aeropyrum{1}

! ! +-729

! ! ! +====Hyperthermus{1}

! ! +-762

! ! ! ! +====Desulfurococcus{1}

! ! +-779 +-658

! ! ! ! +====Staphylothermus{1}

! ! +-786 !

! ! ! ! +====Ignicoccus{1}

! ! ! !

! ! ! +====Thermofilum{1}

! ! +-789

! ! ! ! +====Caldivirga{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +------------Pyrobaculum_aerophilum

! ! ! +-743 +-409

! ! ! ! +-465 +------------Pyrobaculum_arsenaticum_DSM_13514

! ! ! ! ! !

! ! +-803 +-472 +-------------Pyrobaculum_calidifontis_JCM_11548

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-----------Pyrobaculum_islandicum_DSM_4184

! ! ! ! +-349

! ! ! ! +====Thermoproteus{1}

! ! ! !

! ! +-813 ! +====Metallosphaera{1}

! ! ! ! +-596

! ! ! ! +-574=Sulfolobus{3}

! ! ! !

! ! ! +--------------Candidatus_Korarchaeum_cryptofilum_OPF8

! ! +-824

! ! ! ! +====Picrophilus{1}

! ! +-831 +-671

! ! ! ! +-456=Thermoplasma{2}

! ! ! !

! ! ! +====Nanoarchaeum{1}

! ! !

! ! ! +====Archaeoglobus{1}

! ! ! +-783

! ! ! ! ! +-400=Pyrococcus{3}

! ! ! ! +-505

! ! ! +-802 +-408=Thermococcus{2}

! ! ! ! !

! ! ! ! +====Methanopyrus{1}

! ! ! !

! ! ! +-806 +====Methanobacterium{1}

! ! ! ! ! +-688

! ! ! ! ! +-716 +====Methanobrevibacter{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Methanosphaera{1}

! ! ! ! +-798

! ! ! ! +-617=Methanococcus{7}

! +-833 !

! ! +-809

! ! ! ! +--------------Candidatus_Methanoregula_boonei_6A8

! ! ! ! +-579

! ! ! ! +-595 +--------------Candidatus_Methanosphaerula_palustris_E1_9c

! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-645 +====Methanoculleus{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-674 +====Methanospirillum{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Methanocorpusculum{1}

! ! ! ! !

! ! ! +-766 +====Methanococcoides{1}

! ! +-823 ! +-615

! ! ! ! ! ! +-413=Methanosarcina{3}

! ! ! ! ! +-740

! ! ! ! ! ! +====Methanosaeta{1}

! ! ! ! +-749

! ! ! ! +--------------uncultured_methanogenic_archaeon_RC-I

! ! ! !

! ! ! ! +====Haloarcula{1}

! +-832 ! +-563

! ! ! +-572 +====Natronomonas{1}

! ! ! ! !

! ! ! +-585 +====Halorubrum{1}

! ! ! ! !

! ! +-588 +====Haloquadratum{1}

! ! !

! ! +-------------25=Halobacterium{2}

! !

! +====Nitrosopumilus{1}

!

+====Encephalitozoon{1}

remember: (although rooted by outgroup) this is an unrooted tree!






+-560


! !


+-813


! +-809

+-819 ! +====Caenorhabditis{1}

! ! +-764

! ! +--------------Drosophila_melanogaster_FlyBase

! !


!

! +-470=Borrelia{8}

! +-818

! ! +-699=Treponema{3}

! +-847

! ! ! +====Brachyspira{1}

! ! +-828

! ! +====Fusobacterium{1}

! !

! ! +--322=Chlamydia{5}

! ! +-494

! ! ! +-449=Chlamydophila{7}

! ! +-752

! ! ! +====Parachlamydia{1}

! ! !

! ! ! +====Acaryochloris{1}

! ! ! !

! ! ! ! +====Anabaena{1}

! ! ! ! +----276

! ! ! ! +-439 +------Nostoc_sp

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +------------Nostoc_punctiforme_PCC_73102

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +------------Cyanothece_ATCC_51142

! ! ! ! +-608 +-480

! ! ! ! ! ! +-527 +------------Cyanothece_PCC_8801

! ! ! +-640 ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-554 +-------------Cyanothece_PCC_7424

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-573 +====Microcystis{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-615 ! +-------------Synechococcus_PCC_7002

! ! ! ! ! ! ! +-555

! ! ! ! ! ! ! +====Synechocystis{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-------------Cyanothece_PCC_7425

! ! ! +-686 ! ! ! +-564

! ! ! ! ! +-623 ! ! +====Thermosynechococcus{1}

! ! ! ! ! ! +-595

! ! ! ! ! ! ! +Synechococcus_elongatus_PCC_6301

! ! ! ! ! ! +------------25

! ! ! ! ! ! +Synechococcus_elongatus_PCC_7942

! ! ! +-708 ! !

! ! ! ! ! ! +====Trichodesmium{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +--------Synechococcus_sp._JA-2-3B-a_2-13

! ! ! ! ! +----311

! ! ! ! ! +--------Synechococcus_sp._JA-3-3Ab

! ! ! ! !

! ! ! ! +====Gloeobacter{1}

! ! ! !

! ! ! ! +-----Prochlorococcus_marinus_AS9601

! ! ! ! +-264

! ! ! ! +-283 +-----Prochlorococcus_marinus_MIT_9301

! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-294 +------Prochlorococcus_marinus_MIT_9215

! ! ! +-748 ! !

! ! ! ! ! +-363 +-------Prochlorococcus_marinus_MIT_9312

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +--------Prochlorococcus_marinus_MED4

! ! ! ! ! ! +-318

! ! ! ! ! +-526 +--------Prochlorococcus_marinus_MIT_9515

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +------------Prochlorococcus_marinus_CCMP1375

! ! ! ! ! ! ! +-427

! ! ! ! ! ! ! ! +------------Prochlorococcus_marinus_MIT_9211

! ! ! ! ! ! +-487

! ! ! ! ! ! ! +--Prochlorococcus_marinus_NATL1A

! ! ! ! ! ! +--------180

! ! ! ! ! ! +--Prochlorococcus_marinus_NATL2A

! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-565 +----Prochlorococcus_marinus_MIT9313

! ! ! ! ! +------254

! ! ! ! ! ! +----Prochlorococcus_marinus_MIT_9303

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-468 +-----------Synechococcus_CC9311

! ! ! ! ! ! ! +-395

! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Synechococcus_WH_7803

! ! ! ! ! ! +-429

! ! ! ! ! ! ! +----------Synechococcus_CC9605

! ! ! ! +-505 ! +-370

! ! ! ! ! +-377 +----------Synechococcus_sp_WH8102

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +----------Synechococcus_CC9902

! ! ! ! !

! ! ! ! +------------Synechococcus_RCC307

! ! ! !

! ! ! ! +====Acidothermus{1}

! ! ! ! +-659

! ! ! ! ! +====Thermobifida{1}

! ! ! ! +-696

! ! ! ! ! ! +====Nocardioides{1}

! ! ! ! ! +-692

! ! ! ! ! ! +---336=Salinispora{2}

! ! ! ! ! +-687

! ! ! ! ! +-458=Streptomyces{3}

! ! ! ! +-711

! ! ! ! ! +-501=Frankia{3}

! ! ! ! +-720

! ! ! +-852 ! !

! ! ! ! ! ! ! +-539=Mycobacterium{20}

! ! ! ! ! ! ! +-590

! ! ! ! ! +-732 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-671 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Nocardia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-533

! ! ! ! ! ! ! ! +====Rhodococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Saccharopolyspora{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-398=Arthrobacter{3}

! ! ! ! ! ! ! +-534

! ! ! ! ! ! ! ! +====Renibacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! +-601

! ! ! ! ! +-746 ! ! +====Kocuria{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-670

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----273=Clavibacter{2}

! ! ! ! ! ! ! +-680 +-543

! ! ! ! ! ! ! ! +====Leifsonia{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Kineococcus{1}

! ! ! ! ! ! !


! ! ! ! ! +-754

! ! ! ! ! ! +====Propionibacterium{1}

! ! ! ! ! +-771

! ! ! ! ! ! +-476=Bifidobacterium{5}

! ! ! ! ! +-788

! ! ! ! ! ! +-------------34=Tropheryma{2}

! ! ! ! ! !

! ! ! +-854 ! ! +-356=Chloroflexus{3}

! ! ! ! ! +-848 +-584

! ! ! ! ! ! ! +--346=Roseiflexus{2}

! ! ! ! ! ! +-731

! ! ! ! ! ! ! +====Herpetosiphon{1}

! ! ! ! ! ! +-805

! ! ! ! ! ! ! +====Thermomicrobium{1}

! ! ! ! ! ! +-824

! ! ! ! ! ! ! ! +-461=Deinococcus{2}

! ! ! ! ! ! ! ! +-722

! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------111=Thermus{2}

! ! ! ! ! ! ! +-816

! ! ! ! ! +-840 +====Rubrobacter{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-----304=Dehalococcoides{3}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Acidobacteria{1}

! ! ! ! ! +-682

! ! ! ! ! +-755 +====Acidobacterium{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Solibacter{1}

! ! ! ! ! +-834

! ! ! ! ! ! ! +-441=Anaeromyxobacter{4}

! ! ! ! ! ! ! +-741

! ! ! ! ! ! ! ! +====Myxococcus{1}

! +-858 ! ! ! ! +-775

! ! ! ! ! ! ! +====Sorangium{1}

! ! ! ! ! ! +-843

! ! ! ! ! ! ! ! +====Akkermansia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-814

! ! ! ! ! ! ! ! +-826 +====Methylacidiphilum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-850 +-842 +====Opitutus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Pirellula{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Bdellovibrio{1}

! ! ! ! ! ! ! +-844

! ! ! ! ! ! ! +-620=Leptospira{6}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-506=Bacteroides{4}

! ! ! ! ! ! ! +-577

! ! ! ! ! +-853 ! +====Parabacteroides{1}

! ! ! ! ! ! +-645

! ! ! ! ! ! ! +--------188=Porphyromonas{2}

! ! ! ! ! ! +-694

! ! ! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Azobacteroides_pseudotrichonymphae_genomovar__CFP2

! ! ! ! ! ! +-790

! ! ! ! ! ! ! ! +====Cytophaga{1}

! ! ! ! ! ! ! +-750

! ! ! ! ! ! +-798 ! +-520=Flavobacterium{2}

! ! ! ! ! ! ! ! +-602

! ! ! ! ! ! ! ! +====Gramella{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Amoebophilus_asiaticus_5a2

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Chlorobaculum{1}

! ! ! ! ! ! ! +-355

! ! ! ! ! ! ! ! +----------Chlorobium_tepidum_TLS

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-509 +------------Chlorobium_limicola_DSM_245

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-432

! ! ! ! ! +-845 ! ! +-467 +------------Chlorobium_phaeobacteroides_DSM_266

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-496 +------------Pelodictyon_phaeoclathratiforme_BU_1

! ! ! ! ! ! +-518 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Pelodictyon_luteolum_DSM_273

! ! ! ! ! ! ! ! +-392

! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Prosthecochloris_vibrioformis_DSM_265

! ! ! ! ! ! +-538 !

! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Chlorobium_chlorochromatii_CaD3

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-654 ! +------------Chlorobium_phaeobacteroides_BS1

! ! ! ! ! ! ! ! +-466

! ! ! ! ! ! ! ! +------------Prosthecochloris_aestuarii_DSM_271

! ! ! ! ! +-829 !

! ! ! ! ! ! +====Chloroherpeton{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Salinibacter{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Acidiphilium{1}

! ! ! ! ! +-604

! ! ! ! ! ! +====Granulobacter{1}

! ! ! ! ! +-634

! ! ! ! ! ! ! +---------129=Gluconacetobacter{2}

! ! ! ! ! ! +-558

! ! ! ! ! ! +====Gluconobacter{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +------------Agrobacterium_radiobacter_K84

! ! ! ! ! ! +-444

! ! ! ! ! ! ! +---303=Rhizobium{4}

! ! ! ! ! ! +-500

! ! ! ! ! ! ! +---287=Sinorhizobium{2}

! ! ! ! ! ! +-512

! ! ! ! ! ! ! ! +------------Agrobacterium_tumefaciens_C58_Cereon

! ! ! ! ! ! ! +-492

! ! ! ! ! ! ! +------------Agrobacterium_vitis_S4

! ! ! ! ! ! +-571

! ! ! ! ! ! +-583 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +------141=Brucella{9}

! ! ! ! ! ! ! ! +-353

! ! ! ! ! ! ! ! +====Ochrobactrum{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-568=Mesorhizobium{2}

! ! ! ! ! ! +-651

! ! ! ! ! ! ! +-397=Bartonella{4}

! ! ! ! ! +-756 !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Azorhizobium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-498

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Xanthobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-713 +-632 +-453=Bradyrhizobium{3}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-514

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-421=Rhodopseudomonas{6}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-530

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-647 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-369=Nitrobacter{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-504

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Oligotropha{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-510=Methylobacterium{6}

! ! ! ! ! ! ! ! +-653

! ! ! ! ! ! ! +-738 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Beijerinckia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-546

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylocella{1}

! ! ! ! ! +-761 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-438=Caulobacter{3}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-545


! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-693

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Hyphomonas{1}

! ! ! ! ! ! ! +-743 ! +-704 +-691

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Maricaulis{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-730 +====Parvibaculum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Magnetospirillum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-655

! ! ! ! ! ! ! ! +-676 +-------------Rhodospirillum_rubrum_ATCC_11170

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Rhodospirillum_centenum_SW

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Dinoroseobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-521

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Roseobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-516

! ! ! ! ! ! ! ! +-541 ! +====Ruegeria{1}

! ! ! ! ! +-812 ! ! ! ! +-477

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Silicibacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Jannaschia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-580

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Paracoccus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-552

! ! ! ! ! ! ! ! +--328=Rhodobacter{4}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Erythrobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-548

! ! ! ! ! ! ! ! +-566 +====Novosphingobium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-611 +====Sphingopyxis{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-664 +====Sphingomonas{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Zymomonas{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Pelagibacter_ubique_HTCC1062

! ! ! ! ! +-825

! ! ! ! ! ! ! +-519=Anaplasma{3}

! ! ! ! ! ! ! +-605

! ! ! ! ! ! ! ! +-410=Ehrlichia{5}

! ! ! ! ! ! ! +-657

! ! ! ! ! ! ! ! +-379=Wolbachia{4}

! ! ! ! ! ! ! +-739

! ! ! ! ! ! ! ! +====Neorickettsia{1}

! ! ! ! ! ! +-785

! ! +-859 ! ! !

! ! ! ! ! ! +-------270=Orientia{2}

! ! ! ! ! +-721

! ! ! ! ! +-396=Rickettsia{11}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-----------115=Acidithiobacillus{2}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Alkalilimnicola{1}

! ! ! ! ! +-751 +-576

! ! ! ! ! ! ! +-667 +====Halorhodospira{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-698 +====Thioalkalivibrio{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-702 +====Nitrosococcus{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Methylococcus{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +----Acidovorax_JS42

! ! ! ! ! ! +------248

! ! ! ! ! ! +-437 +====Diaphorobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-489 +------------Acidovorax_avenae_citrulli_AAC00-1

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-542 +====Delftia{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Verminephrobacter{1}

! ! ! ! ! ! +-561

! ! ! ! ! ! ! ! +-418=Polaromonas{2}

! ! ! ! ! ! ! +-517

! ! ! ! ! ! +-586 +====Rhodoferax{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Leptothrix{1}

! ! ! ! ! ! ! +-524

! ! ! ! ! ! ! +====Methylibium{1}

! ! ! +-856 ! ! !

! ! ! ! ! ! +-768 +-668

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-478=Burkholderia{22}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-582

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cupriavidus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-310

! ! ! ! ! ! ! ! +-673 ! ! ! +-361 +--------Ralstonia_eutropha_H16

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-627 ! +-393 +----------Ralstonia_eutropha_JMP134

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-515 +-----------Ralstonia_metallidurans_CH34

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Ralstonia_pickettii_12J

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-371

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-638 ! +----------Ralstonia_solanacearum

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Herminiimonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-374

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Janthinobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--347=Polynucleobacter{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-459=Bordetella{5}

! ! ! ! ! ! ! ! +-705

! ! ! ! ! ! +-773 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Aromatoleum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-499

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-593 +====Azoarcus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-724 ! ! +====Dechloromonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-683 +====Methylobacillus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-649

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Thiobacillus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-662

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-372=Nitrosomonas{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-559

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Nitrosospira{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Chromobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-665

! ! ! ! ! ! ! ! +------266=Neisseria{6}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-----269=Stenotrophomonas{2}

! ! ! ! ! ! ! ! +-491

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-333=Xanthomonas{8}

! ! ! ! ! ! ! +-536

! ! ! ! ! ! ! +-------234=Xylella{4}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-412=Acinetobacter{7}

! ! ! ! ! ! ! +-658

! ! ! ! ! ! ! ! +-460=Psychrobacter{3}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-Actinobacillus_pleuropneumoniae_L20

! ! ! ! ! ! ! ! +-101

! ! ! ! ! ! ! ! +--------102 +-Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_7_AP76

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-389 +-Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_3_JL03

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-423 +-----------Haemophilus_ducreyi_35000HP

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Haemophilus_parasuis_SH0165

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Actinobacillus_succinogenes_130Z

! ! ! ! ! ! ! ! +-493 +-380

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Mannheimia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Haemophilus_influenzae

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-212

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-456 +-219 +---Haemophilus_influenzae_86_028NP

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------242 +---Haemophilus_influenzae_PittEE

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Haemophilus_influenzae_PittGG

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-443

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Haemophilus_somnus_129PT

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------221

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-431 +---Haemophilus_somnus_2336

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Pasteurella{1}

! ! ! ! ! +-839 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Citrobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-335

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-274=Salmonella{16}

! ! ! ! ! ! ! +-782 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_0127_H6_E2348_69

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_536

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-236 +-186 +-Escherichia_coli_APEC_O1

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-110

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-135 +-Escherichia_coli_S88

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-193 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_UTI89

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-222 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_CFT073

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_ED1a

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !


! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-351 ! +-182

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_E24377A

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-159

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_IAI1

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-252 ! +-133

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-633 ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_SE11

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-203

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_C_ATCC_8739

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-162

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +E_coli_K_12_substr__DH10B

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--85

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-181 ! +E_coli_K12_substr_MG1655

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-235 ! +--62

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +E_coli_K_12_substr__W3110

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_HS

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_IAI39

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-216

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-271 +-240 +-228 +---Escherichia_coli_SMS_3_5

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_UMN026

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-375 ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_O157H7

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--79

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--95 +Escherichia_coli_O157H7_EDL933

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-763 ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_O157_H7_EC4115

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Shigella_boydii_CDC_3083_94

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-289 ! +-202

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-243 +--Shigella_boydii_Sb227

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Shigella_sonnei_Ss046

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-249

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-381 ! ! ! ! ! +Shigella_flexneri_2a

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-314 ! ! +--84

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-150 +Shigella_flexneri_2a_2457T

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Shigella_flexneri_5_8401

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------Shigella_dysenteriae

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-388 ! ! +--------Escherichia_fergusonii_ATCC_35469

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Enterobacter_638

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----255=Klebsiella{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-475 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Enterobacter_sakazakii_ATCC_BAA-894

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Erwinia_tasmaniensis

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-486

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Erwinia_carotovora_atroseptica_SCRI1043

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-469

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Serratia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-409

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-338=Yersinia{12}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-507

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Sodalis{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-701 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-535

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photorhabdus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-511

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Proteus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----299=Aeromonas{2}

! +-846 ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Aliivibrio{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-358

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Vibrio_fischeri_ES114

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----204

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Vibrio_fischeri_MJ11

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-616 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-503 +Vibrio_cholerae

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------66

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Vibrio_cholerae_O395

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Vibrio_harveyi_ATCC_BAA-1116

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-440 +-343

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Vibrio_parahaemolyticus

! ! ! ! ! ! ! ! +-786 ! ! ! ! ! ! +-532 ! +-394

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Vibrio_vulnificus_CMCP6

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-428 +-------173

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Vibrio_vulnificus_YJ016

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Vibrio_splendidus_LGP32

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-643

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-484=Shewanella{19}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-776 ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-663

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Psychromonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-757 ! !

! ! ! ! ! +-851 ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-685

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Alteromonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-553

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Pseudoalteromonas_atlantica_T6c

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-637

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Colwellia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-646 +-619

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Pseudoalteromonas_haloplanktis_TAC125

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Idiomarina{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Alcanivorax{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-631

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-679 +====Marinobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Hahella{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-697

! ! ! ! ! ! ! +-799 ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Chromohalobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-689

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-502=Pseudomonas{16}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-717

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Marinomonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-726

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cellvibrio{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-624

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Saccharophagus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Candidatus_Ruthia_magnifica_Cm_Calyptogena_magnifica_

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--362

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-744 +----------Candidatus_Vesicomyosocius_okutanii_HA

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Thiomicrospira{1}

! ! ! ! ! ! +-823 ! !

! ! ! +-857 ! ! ! ! +----------156=Coxiella{5}

! ! ! ! ! ! ! ! +-737

! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------227=Legionella{4}

! ! ! ! ! ! ! +-781

! ! ! ! ! ! ! +====Dichelobacter{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +---348=Francisella{9}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Baumannia{1}

! ! ! ! ! ! +-610

! ! ! ! ! ! ! ! +------------Candidatus_Blochmannia_floridanus

! ! ! ! ! ! +-688 +-495

! ! ! ! ! ! ! ! +------------Candidatus_Blochmannia_pennsylvanicus_BPEN

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Wigglesworthia{1}

! ! ! ! ! +-714

! ! ! ! ! +-674=Buchnera{6}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Aquifex{1}

! ! ! ! ! +-642

! ! ! ! ! ! +====Hydrogenobaculum{1}

! ! ! ! ! +-715

! ! ! ! ! ! ! +====Persephonella{1}

! ! ! ! ! ! +-544

! ! ! ! ! +-804 +-405=Sulfurihydrogenibium{2}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Thermodesulfovibrio{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Arcobacter{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-669 +====Nitratiruptor{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-618

! ! ! ! ! ! ! +-644 +====Sulfurovum{1}

! ! ! ! ! ! +-695 !

! ! ! ! ! +-837 ! ! +====Sulfurimonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Nautilia{1}

! ! ! ! ! ! +-723

! ! ! ! ! ! ! +-599=Campylobacter{10}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-707 +-------Helicobacter_acinonychis_Sheeba

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +---Helicobacter_pylori_26695

! ! ! ! ! ! ! ! +-225

! ! ! ! ! ! ! ! +-229 +---Helicobacter_pylori_HPAG1

! ! ! ! ! ! ! +----298 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-231 +---Helicobacter_pylori_P12

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-251 +----Helicobacter_pylori_G27

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-652 +-256 +----Helicobacter_pylori_J99

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-849 ! +-----Helicobacter_pylori_Shi470

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-------------Helicobacter_hepaticus

! ! ! ! ! +-621

! ! ! ! ! +====Wolinella{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Desulfococcus_oleovorans_Hxd3

! ! ! ! ! +-709

! ! ! ! ! +-727 +====Desulfatibacillum{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-789 +====Desulfobacterium{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Desulfotalea{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +------------Geobacter_FRC_32

! ! ! ! ! ! +-463

! ! ! ! ! ! ! +------------Geobacter_uraniumreducens_Rf4

! ! ! ! ! ! +-529

! ! ! ! ! ! ! ! +------------Geobacter_metallireducens_GS-15

! ! ! ! ! +-803 +-540 +-430

! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Geobacter_sulfurreducens

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-596 +-------------Geobacter_bemidjiensis_Bem

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Geobacter_lovleyi_SZ

! ! ! ! ! ! ! +-703 +-563

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Pelobacter_propionicus_DSM_2379

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-796 +--------------Pelobacter_carbinolicus

! ! ! ! ! +-815 !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Syntrophobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! +-770

! ! ! ! ! ! ! +====Syntrophus{1}

! ! ! ! +-838 !

! ! ! ! ! ! +-617=Desulfovibrio{5}

! ! ! ! ! +-684

! ! ! ! ! +====Lawsonia{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! +====Magnetococcus{1}

! ! ! !

! ! ! ! +-597=Alkaliphilus{2}

! ! ! ! +-742

! ! ! ! ! +--------------Clostridium_difficile_630

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-------------Clostridium_acetobutylicum

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +Clostridium_botulinum_A

! ! ! ! ! ! +--50

! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_botulinum_A_ATCC_19397

! ! ! ! ! ! ! +--23

! ! ! ! ! ! +-214 +Clostridium_botulinum_A_Hall

! ! ! ! +-759 ! ! !

! ! ! ! ! ! +-641 ! ! +--Clostridium_botulinum_B1_Okra

! ! ! ! ! ! ! ! +-------245 +-165

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_botulinum_F_Langeland

! ! ! ! ! ! ! ! +-591 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Clostridium_botulinum_A3_Loch_Maree

! ! ! ! ! ! ! ! +-600 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Clostridium_tetani_E88

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-629 +-------------Clostridium_novyi_NT

! ! ! ! ! +-661 !

! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_kluyveri_DSM_555

! ! ! ! ! ! +-------------19

! ! ! ! ! ! +Clostridium_kluyveri_NBRC_12016

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-------------Clostridium_beijerinckii_NCIMB_8052

! ! ! ! ! ! +-537

! ! ! ! +-777 ! ! ! +------Clostridium_botulinum_B_Eklund_17B

! ! ! ! ! ! ! ! +-----275

! ! ! ! ! ! ! ! +------Clostridium_botulinum_E3_Alaska_E43

! ! ! ! ! ! +-606

! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_perfringens

! ! ! ! ! ! ! +-185

! ! ! ! ! ! +-------247 +--Clostridium_perfringens_ATCC_13124

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +----Clostridium_perfringens_SM101

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Anaerocellum{1}

! ! ! ! ! ! +--352

! ! ! ! +-780 ! ! +====Caldicellulosiruptor{1}

! ! ! ! ! ! ! +-725

! ! ! ! ! ! ! ! +-386=Thermoanaerobacter{3}

! ! ! ! ! ! +-760

! ! ! ! +-810 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Clostridium_cellulolyticum_H10

! ! ! ! ! ! ! +-635

! ! ! ! ! ! ! +-------------Clostridium_thermocellum_ATCC_27405

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +--------------Clostridium_phytofermentans_ISDg

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Finegoldia{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Anoxybacillus{1}

! ! ! ! ! +-483

! ! ! ! ! ! +-334=Geobacillus{2}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-587 +----------Bacillus_amyloliquefaciens_FZB42

! ! ! ! ! ! ! +-365

! ! ! ! ! ! ! ! +----------Bacillus_subtilis

! ! ! ! ! ! ! +-442

! ! ! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_ATCC_14580

! ! ! ! ! ! +-473 +------------16

! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_DSM_13

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +------------Bacillus_pumilus_SAFR-032

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +Bacillus_anthracis_Ames

! ! ! ! ! ! +--13

! ! ! ! ! ! +--47 +Bacillus_anthracis_Ames_0581

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-146 +Bacillus_anthracis_str_Sterne

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-195 +--Bacillus_cereus_AH820

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-592 +-210 +--Bacillus_thuringiensis_konkukian

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-213 +---Bacillus_cereus_ZK

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_03BB102

! ! ! ! ! ! ! ! +--97

! ! ! ! ! ! ! +-259 +-Bacillus_thuringiensis_Al_Hakam

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_AH187

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-113

! ! ! ! ! ! ! ! +-250 +-Bacillus_cereus_Q1

! ! ! ! ! ! ! +-280 !

! ! ! ! ! +-630 ! ! ! +----Bacillus_cereus_ATCC_10987

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

822-836 ! ! ! ! ! ! ! ! +---Bacillus_cereus_ATCC14579

! ! ! ! ! ! ! ! +-293 ! +-206

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-244 +---Bacillus_cereus_B4264

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-368 ! +----Bacillus_cereus_G9842

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-650 ! ! +-------Bacillus_weihenstephanensis_KBAB4

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +----------Bacillus_cereus_cytotoxis_NVH_391-98

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Bacillus_clausii_KSM-K16

! ! ! ! ! +-677 ! +-570

! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Bacillus_halodurans

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-700 ! +====Oceanobacillus{1}

! ! ! ! +-830 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Lysinibacillus{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Exiguobacterium{1}

! ! ! ! ! ! +-712

! ! ! ! ! ! ! ! +------278=Listeria{5}

! ! ! ! ! ! ! +-706

! ! ! ! ! ! ! ! +====Macrococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! +-557

! ! ! ! ! ! ! +-457=Staphylococcus{19}

! ! ! ! ! +-766

! ! ! ! ! ! +====Enterococcus{1}

! ! ! ! ! ! +-675

! ! ! ! ! ! ! ! +----300=Lactococcus{3}

! ! ! ! ! ! ! +-612

! ! ! ! ! ! ! +-513=Streptococcus{38}

! ! ! ! +-835 ! !

! ! ! ! ! ! +-733

! ! ! ! ! ! ! +----------Lactobacillus_acidophilus_NCFM

! ! ! ! ! ! ! +-360

! ! ! ! ! ! ! ! +----------Lactobacillus_helveticus_DPC_4571

! ! ! ! ! ! ! +-485

! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------Lactobacillus_gasseri_ATCC_33323

! ! ! ! ! ! ! ! +--312

! ! ! ! ! ! ! +-525 +--------Lactobacillus_johnsonii_NCC_533

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus

! ! ! ! ! ! ! ! +----------103

! ! ! ! ! ! ! ! +-Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus_ATCC_BAA-365

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Lactobacillus_brevis_ATCC_367

! ! ! ! +-841 ! ! ! +-562

! ! ! ! ! ! ! ! +-681 +-588 +-------------Lactobacillus_plantarum

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Pediococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-607 +------------Lactobacillus_fermentum_IFO_3956

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-508

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Lactobacillus_reuteri_DSM_20016

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-603 +-----------28

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Lactobacillus_reuteri_F275_Kitasato

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-622 !

! ! ! ! ! ! ! +-716 ! +-------------Lactobacillus_salivarius_UCC118

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Lactobacillus_casei

! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------171

! ! ! ! ! ! ! ! +-589 +--Lactobacillus_casei_ATCC_334

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Lactobacillus_sakei_23K

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-414=Leuconostoc{2}

! ! ! ! ! ! ! +-628

! ! ! ! ! ! ! +====Oenococcus{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Desulforudis_audaxviator_MP104C

! ! ! ! ! ! ! +-690

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Desulfotomaculum{1}

! ! ! ! ! ! ! +-718 +-648

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Pelotomaculum{1}

! ! ! ! ! ! ! +-719 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Moorella{1}

! ! ! ! ! ! ! +-728 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Carboxydothermus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-762 +====Heliobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! +-855 ! ! ! +---------223=Desulfitobacterium{2}

! ! ! ! ! ! +-774

! ! ! ! ! ! ! +====Syntrophomonas{1}

! ! ! ! ! ! +-802

! ! ! ! ! ! ! ! +====Halothermothrix{1}

! ! ! ! ! +-811 +-778

! ! ! ! ! ! +====Natranaerobius{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Symbiobacterium{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Coprothermobacter{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +---326=Dictyoglomus{2}

! ! ! ! +-817 !

! ! ! ! ! ! +====Fervidobacterium{1}

! ! ! ! ! ! +-574

! ! ! ! ! ! ! +-413=Thermosipho{2}

! ! ! ! +-806 !

! ! ! ! ! +-656

! ! ! ! ! ! +-614=Thermotoga{5}

! ! ! ! +-734

! ! ! ! +====Petrotoga{1}

! ! ! !

! ! ! ! +====Elusimicrobium{1}

! ! ! +-797

! ! ! +--------------uncultured_Termite_group_1_bacterium_phylotype_Rs_D17

! ! !


! ! ! !

! ! ! ! +====Aster{1}

! ! ! +-791 +---309

! ! ! ! ! +-528 +====Onion{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-678 +-------------Candidatus_Phytoplasma_australiense

! ! ! ! !

! ! ! ! +--------------Candidatus_Phytoplasma_mali

! ! ! !

! ! ! ! +====Mesoplasma{1}

! ! ! ! +-626

! ! ! ! ! ! +---------Mycoplasma_capricolum_ATCC_27343

! ! ! ! ! +--337

! ! ! ! ! +---------Mycoplasma_mycoides

! ! +-831 !

! ! ! ! +--------------Mycoplasma_agalactiae_PG2

! ! ! +-807 +-740

! ! ! ! ! +-747 +--------------Mycoplasma_pulmonis

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-749 +--------------Mycoplasma_arthritidis_158L3_1

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-765 +--------------Mycoplasma_mobile_163K

! ! ! ! !


! ! ! ! +----------112

! ! ! ! ! +-Mycoplasma_hyopneumoniae_7448

! ! ! ! +--96

! ! +-808 +-Mycoplasma_hyopneumoniae_J

! ! !

! ! ! +--------------Mycoplasma_gallisepticum

! ! ! +-666

! ! ! ! +--------------Mycoplasma_synoviae_53

! ! ! +-772

! ! ! ! ! +------------Mycoplasma_genitalium

! ! ! +-792 +-479

! ! ! ! ! +------------Mycoplasma_pneumoniae

! ! ! ! !

! ! ! ! +--------------Mycoplasma_penetrans

! ! +-794

! ! +----307=Ureaplasma{3}

! !


! ! +-710

! ! +-745 +====Hyperthermus{1}

! ! ! !

! ! +-758 +====Ignicoccus{1}

! ! ! !


! ! +-779 +-613


! ! +-793 !

! ! ! ! +====Thermofilum{1}

! ! ! !

! ! ! +--------------Candidatus_Korarchaeum_cryptofilum_OPF8

! ! !

! ! ! +====Caldivirga{1}

! ! ! !

! ! +-801 ! +-----------Pyrobaculum_aerophilum

! ! ! ! +-735 +-406

! ! ! ! ! ! +-451 +-----------Pyrobaculum_arsenaticum_DSM_13514

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-464 +------------Pyrobaculum_calidifontis_JCM_11548

! ! ! ! ! !

! ! ! +-784 ! +----------Pyrobaculum_islandicum_DSM_4184

! ! ! ! +-350


! ! +-820 !

! ! ! ! ! +====Metallosphaera{1}

! ! ! ! +-581

! ! ! ! +-547=Sulfolobus{3}

! ! ! !


! ! ! +-625

! ! ! +-425=Thermoplasma{2}

! ! !


! ! ! !

! ! ! ! +-------------Candidatus_Methanoregula_boonei_6A8

! ! ! ! +-575

! ! ! ! +-598 +-------------Candidatus_Methanosphaerula_palustris_E1_9c

! ! +-821 ! ! !

! ! ! ! +-783 +-639 +====Methanoculleus{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-672 +====Methanospirillum{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Methanocorpusculum{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-767 +====Methanococcoides{1}

! ! ! ! ! ! +-609

! ! ! ! ! ! ! +-411=Methanosarcina{3}

! ! ! ! ! ! +-729

! ! ! ! ! ! ! +====Methanosaeta{1}

! ! ! ! ! +-753

! ! ! ! ! +--------------uncultured_methanogenic_archaeon_RC-I

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Methanobacterium{1}

! ! ! +-800 +-636

! ! ! ! +-660 +====Methanobrevibacter{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Methanosphaera{1}

! ! ! ! +-769

! ! ! ! ! +-579=Methanococcus{7}

! ! +-827 ! !

! ! ! ! ! +-787

! ! ! ! ! ! +====Methanopyrus{1}

! ! ! ! +-795

! ! ! ! ! +-391=Pyrococcus{3}

! ! ! ! +-490

! +-833 ! +-407=Thermococcus{2}

! ! !

! ! ! +====Haloarcula{1}

! ! ! +-556

! ! ! +-567 +====Natronomonas{1}

! ! ! ! !

! ! ! +-569 +====Halorubrum{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! +------------27=Halobacterium{2}

! ! +-585

! ! +====Haloquadratum{1}

! !

! ! +====Nanoarchaeum{1}

! +-832

! +====Nitrosopumilus{1}

!



3. K=5 CVTree

861 Populations K=5





+-544


! !


+-789


! +-771


! ! +-704

! ! +--------------Drosophila_melanogaster_FlyBase

! !


!

! +-603=Alkaliphilus{2}

! +-739

! ! +-------------Clostridium_difficile_630

! !

! ! +-------------Clostridium_acetobutylicum

! ! !

! ! ! +Clostridium_botulinum_A

! ! ! +--50

! ! ! ! ! +Clostridium_botulinum_A_ATCC_19397

! ! ! ! +--24

! ! ! +-201 +Clostridium_botulinum_A_Hall

! +-758 ! ! !

! ! ! +-633 ! ! +--Clostridium_botulinum_B1_Okra

! ! ! ! ! +-------231 +-141

! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_botulinum_F_Langeland

! ! ! ! ! +-567 !

! ! ! ! ! ! ! +----Clostridium_botulinum_A3_Loch_Maree

! ! ! ! ! +-584 !

! ! ! ! ! ! ! +-------------Clostridium_tetani_E88

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-626 +-------------Clostridium_novyi_NT

! ! +-648 !

! ! ! ! +Clostridium_kluyveri_DSM_555

! ! ! +------------23

! ! ! +Clostridium_kluyveri_NBRC_12016

! ! !

! ! ! +------------Clostridium_beijerinckii_NCIMB_8052

! ! ! +-529

! +-783 ! ! ! +-----Clostridium_botulinum_B_Eklund_17B

! ! ! ! ! +-----272

! ! ! ! ! +-----Clostridium_botulinum_E3_Alaska_E43

! ! ! +-594

! ! ! ! +--Clostridium_perfringens

! ! ! ! +-159

! ! ! +-------232 +--Clostridium_perfringens_ATCC_13124

! ! ! !

! ! ! +----Clostridium_perfringens_SM101

! ! !

! ! ! +====Anaerocellum{1}

! ! ! +--347

! +-786 ! ! +====Caldicellulosiruptor{1}

! ! ! ! +-724

! ! ! ! ! +-387=Thermoanaerobacter{3}

! ! ! +-768

! ! ! ! +-------------Clostridium_cellulolyticum_H10

! ! ! +-639

! ! ! +-------------Clostridium_thermocellum_ATCC_27405

! ! !

! ! +--------------Clostridium_phytofermentans_ISDg

! !

! +-821 +-------------Candidatus_Desulforudis_audaxviator_MP104C

! ! ! +-697

! ! ! +-723 +====Pelotomaculum{1}

! ! ! ! !

! ! ! +-744 +====Desulfotomaculum{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Carboxydothermus{1}

! ! ! +-754 +-736

! ! ! ! ! +====Moorella{1}

! ! ! +-784 !

! ! ! ! ! +====Heliobacterium{1}

! +-827 ! ! !

! ! ! ! +-792 +====Syntrophomonas{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +--------236=Desulfitobacterium{2}

! ! ! +-814

! +-835 ! ! +====Halothermothrix{1}

! ! ! ! +-781

! ! ! ! +====Natranaerobius{1}

! ! ! !

! ! ! ! +====Finegoldia{1}

! ! ! +-811

! ! ! +====Fusobacterium{1}

! ! !

! +-845 +====Brachyspira{1}

! ! !

! ! ! +====Coprothermobacter{1}

! ! ! !

! ! ! ! +-----312=Dictyoglomus{2}

! ! +-808 !

! ! ! ! +====Fervidobacterium{1}

! ! ! ! +-536

! ! ! ! ! +-373=Thermosipho{2}

! ! +-793 !

! +-847 ! !

! ! ! ! +-632

! ! ! ! ! +-604=Thermotoga{5}

! ! ! +-708

! ! ! +====Petrotoga{1}

! +-848 !

! ! ! ! +====Elusimicrobium{1}

! ! ! +-802

! ! ! +--------------uncultured_Termite_group_1_bacterium_phylotype_Rs_D17

! ! !

! ! +-----317=Dehalococcoides{3}

! !

! ! +====Aquifex{1}

! ! +-614

! ! ! +====Hydrogenobaculum{1}

! ! +-681

! ! ! ! +====Persephonella{1}

! ! ! +-516

! ! +-813 +-378=Sulfurihydrogenibium{2}

! ! ! !

! ! ! +====Thermodesulfovibrio{1}

! ! !

! ! ! +====Arcobacter{1}

! ! ! +-620

! ! ! +-640 +====Sulfurimonas{1}

! ! ! ! !

! ! ! +-644 +====Sulfurovum{1}

! ! ! ! !

! ! +-828 ! ! +====Nautilia{1}

! +-849 ! ! ! +-607

! ! ! ! ! ! +====Nitratiruptor{1}

! ! ! ! +-695

! ! ! ! ! +-576=Campylobacter{10}

! ! ! ! +-677

! ! +-846 !

! ! ! ! +-624=Helicobacter{8}

! ! ! +-641

! ! ! +====Wolinella{1}

! ! !

! ! ! +-------------Candidatus_Desulfococcus_oleovorans_Hxd3

! ! ! +-717

! ! ! +-741 +====Desulfatibacillum{1}

! ! ! ! !

! ! ! +-782 +====Desulfobacterium{1}

! ! ! ! !

! ! ! +-801 +====Syntrophobacter{1}

! ! ! ! !

! ! ! +-817 +====Syntrophus{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! +====Desulfotalea{1}

! ! ! !

! ! ! ! +-----------Geobacter_FRC_32

! ! ! ! +-469

! ! ! ! +-534 +-----------Geobacter_uraniumreducens_Rf4

! ! ! +-822 ! !

! ! ! ! ! +-548 +------------Geobacter_bemidjiensis_Bem

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-----------Geobacter_metallireducens_GS-15

! ! ! ! ! +-609 +-440

! ! ! ! ! ! ! +-----------Geobacter_sulfurreducens

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-730 ! +-------------Geobacter_lovleyi_SZ

! ! ! ! ! +-585

! ! +-829 ! +-------------Pelobacter_propionicus_DSM_2379

! ! ! !

! ! ! +-------------Pelobacter_carbinolicus

! ! !

! ! ! +-643=Desulfovibrio{5}

! ! +-716

! ! +====Lawsonia{1}

! !

! ! +====Acaryochloris{1}

! ! !

! ! ! +====Anabaena{1}

! ! ! +----279

! ! ! +-429 +-----Nostoc_sp

! ! ! ! !

! ! ! +-601 +-----------Nostoc_punctiforme_PCC_73102

! ! ! ! !

! ! ! ! +====Trichodesmium{1}

! ! +-638 !

! ! ! ! ! +-----------Cyanothece_ATCC_51142

! ! ! ! +-610 +-466

! ! ! ! ! ! +-519 +-----------Cyanothece_PCC_8801

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-549 +------------Cyanothece_PCC_7424

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-575 +====Microcystis{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! +-622 ! +------------Synechococcus_PCC_7002

! ! ! ! +-563

! ! +-676 ! +====Synechocystis{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-------------Cyanothece_PCC_7425

! ! ! ! ! +-571

! ! ! ! ! ! +====Thermosynechococcus{1}

! ! ! ! +-597

! ! ! ! ! +Synechococcus_elongatus_PCC_6301

! ! +-700 ! +------------28


! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-------Synechococcus_sp._JA-2-3B-a_2-13

! ! ! ! +----308

! ! ! ! +-------Synechococcus_sp._JA-3-3Ab

! ! ! !

! ! ! +====Gloeobacter{1}

! ! !

! ! ! +----Prochlorococcus_marinus_AS9601

! ! ! +-257

! ! ! +-277 +----Prochlorococcus_marinus_MIT_9301

! ! ! ! !

! ! +-752 +-285 +-----Prochlorococcus_marinus_MIT_9215

! ! ! ! ! !

! ! ! ! +--343 +------Prochlorococcus_marinus_MIT_9312

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-------Prochlorococcus_marinus_MED4

! ! ! ! ! +-306

! ! ! ! +-504 +-------Prochlorococcus_marinus_MIT_9515

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-----------Prochlorococcus_marinus_CCMP1375

! ! ! ! ! ! +-424

! ! ! ! ! ! ! +-----------Prochlorococcus_marinus_MIT_9211

! ! ! ! ! +-479

! ! ! ! ! ! +--Prochlorococcus_marinus_NATL1A

! ! ! ! ! +--------145

! ! ! +-558 +--Prochlorococcus_marinus_NATL2A

! ! ! !

! ! ! ! +-----Prochlorococcus_marinus_MIT9313

! ! ! ! +-----274

! ! ! ! ! +-----Prochlorococcus_marinus_MIT_9303

! ! ! ! !


! ! ! +-502 +-410

! ! ! ! ! +----------Synechococcus_WH_7803

! ! +-854 ! +-435

! ! ! ! ! ! ! +----------Synechococcus_CC9605

! ! ! ! ! ! ! +-374

! ! ! ! +-482 +-386 +----------Synechococcus_sp_WH8102

! ! ! ! ! !


! ! ! ! !

! ! ! ! +------------Synechococcus_RCC307

! ! ! !

! ! ! ! +--350=Chloroflexus{3}

! ! ! ! +-581

! ! ! ! ! +---337=Roseiflexus{2}

! ! ! ! +-718

! ! ! ! ! +====Herpetosiphon{1}

! ! ! ! !

! ! ! +-833 +-447=Deinococcus{2}

! ! ! ! +-699

! ! ! ! ! +---------107=Thermus{2}

! ! ! ! +-820

! ! ! ! ! ! +====Rubrobacter{1}

! ! ! +-832 +-798

! ! ! ! +====Thermomicrobium{1}

! ! ! !

! ! ! +====Symbiobacterium{1}

! ! !

! ! ! +====Acidiphilium{1}

! ! ! +-612

! ! ! ! +====Granulobacter{1}

! ! ! +-651

! ! ! ! ! +--------156=Gluconacetobacter{2}

! ! ! ! +-566

! ! ! +-746 +====Gluconobacter{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Magnetospirillum{1}

! ! ! ! +-679

! ! ! ! +-656=Rhodospirillum{2}

! ! ! !

! ! ! ! +-----------Agrobacterium_radiobacter_K84

! ! ! ! +-443

! ! ! ! ! +--310=Rhizobium{4}

! ! ! ! +-493

! ! ! ! ! +----283=Sinorhizobium{2}

! ! ! ! +-509

! ! ! ! ! ! +------------Agrobacterium_tumefaciens_C58_Cereon

! ! ! ! ! +-487

! ! ! ! ! +------------Agrobacterium_vitis_S4

! ! ! ! +-577

! ! ! ! +-593 !

! ! ! ! ! ! ! +-----166=Brucella{9}

! ! ! ! ! ! +--366

! ! ! ! ! ! +====Ochrobactrum{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-578=Mesorhizobium{2}

! ! ! ! +-689

! ! ! ! ! +-426=Bartonella{4}

! ! ! +-760 !

! ! ! ! ! ! +====Azorhizobium{1}

! ! ! ! ! ! +-495

! ! ! ! ! ! ! +====Xanthobacter{1}

! ! ! ! ! +-727 +-630

! ! ! ! ! ! ! ! +-494=Methylobacterium{6}

! ! ! ! ! ! ! +-650

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Beijerinckia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-561

! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylocella{1}

! +-859 ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-660

! ! ! ! ! ! ! ! +-442=Bradyrhizobium{3}

! ! ! ! ! ! ! ! +-514

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-415=Rhodopseudomonas{6}

! ! ! ! ! ! +-743 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-547

! ! ! ! +-769 ! ! ! ! +-368=Nitrobacter{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-506

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Oligotropha{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-433=Caulobacter{3}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-546

! ! ! ! ! ! +-745 ! ! +====Phenylobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-675

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Hyphomonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-688

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Maricaulis{1}

! ! ! ! ! ! ! +-705

! ! ! ! ! ! ! +====Parvibaculum{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Dinoroseobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! +-512

! ! ! ! ! ! ! ! +====Roseobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! +-526

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Ruegeria{1}

! ! ! ! ! ! ! +-542 +-468

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Silicibacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Jannaschia{1}

! ! ! ! ! ! +-582

! ! ! ! ! ! ! +====Paracoccus{1}

! ! ! ! ! ! +-555

! ! ! ! ! ! +---321=Rhodobacter{4}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Erythrobacter{1}

! ! ! ! ! ! +-559

! ! ! ! ! ! +-568 +====Novosphingobium{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-617 +====Sphingopyxis{1}

! ! ! ! +-819 ! ! !

! ! ! ! ! ! +-698 +====Sphingomonas{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Zymomonas{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-530=Anaplasma{3}

! ! ! ! ! ! +-599

! ! ! ! ! ! ! +-414=Ehrlichia{5}

! ! ! ! ! ! +-635

! ! ! ! ! ! ! +-377=Wolbachia{4}

! ! ! ! ! ! +-719

! ! ! ! ! ! ! +====Neorickettsia{1}

! ! ! ! ! ! +-764

! ! ! ! ! ! ! ! +------270=Orientia{2}

! ! ! ! ! ! ! +-680

! ! ! ! ! ! ! +-393=Rickettsia{11}

! ! ! ! ! +-800

! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Pelagibacter_ubique_HTCC1062

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +----------131=Acidithiobacillus{2}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Alkalilimnicola{1}

! ! ! ! ! +-770 +-570

! ! ! ! ! ! ! +-666 +====Halorhodospira{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-728 +====Thioalkalivibrio{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-729 +====Nitrosococcus{1}

! ! ! ! ! +-788 !

! ! ! ! ! ! ! +====Methylococcus{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +---------Candidatus_Ruthia_magnifica_Cm_Calyptogena_magnifica_

! ! ! ! ! ! ! +--356

! ! ! ! ! ! +-737 +---------Candidatus_Vesicomyosocius_okutanii_HA

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Thiomicrospira{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +----Acidovorax_JS42

! ! ! ! ! ! +-----256

! ! ! ! ! ! +-438 +====Diaphorobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-486 +-----------Acidovorax_avenae_citrulli_AAC00-1

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-560 +====Delftia{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Verminephrobacter{1}

! ! ! ! ! ! +-573

! ! ! ! ! ! ! ! +-431=Polaromonas{2}

! ! ! ! ! ! ! +-524

! ! ! ! ! ! +-591 +====Rhodoferax{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Leptothrix{1}

! ! ! ! ! ! ! +-525

! ! ! ! ! ! ! +====Methylibium{1}

! ! ! ! ! ! +-668

! ! ! ! ! +-791 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-460=Bordetella{5}

! ! ! ! ! ! ! ! +-659

! ! ! ! ! ! ! +-690 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-470=Burkholderia{22}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-583

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cupriavidus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-302

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-354 +-------Ralstonia_eutropha_H16

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-647 ! +-395 +---------Ralstonia_eutropha_JMP134

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-726 ! ! +-508 +----------Ralstonia_metallidurans_CH34

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Ralstonia_pickettii_12J

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-375

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Ralstonia_solanacearum

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Herminiimonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-379

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Janthinobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +--361=Polynucleobacter{2}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Aromatoleum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-497

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-602 +====Azoarcus{1}

! ! ! ! ! ! +-749 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Dechloromonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-711 +====Methylobacillus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-664

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Thiobacillus{1}

! ! ! ! ! ! ! +-691

! ! ! ! ! ! ! ! +-382=Nitrosomonas{2}

! ! ! ! ! ! ! +-586

! ! ! ! ! ! ! +====Nitrosospira{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Chromobacterium{1}

! ! ! ! ! ! +-694

! ! ! ! ! ! +-----280=Neisseria{6}

! ! +-858 ! !

! ! ! ! ! +-417=Acinetobacter{7}

! ! ! ! ! +-669

! ! ! ! ! ! +-456=Psychrobacter{3}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-Actinobacillus_pleuropneumoniae_L20

! ! ! ! +-795 ! +-103

! ! ! ! ! ! ! +-------106 +-Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_3_JL03

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-408 +-Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_7_AP76

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-437 +----------Haemophilus_ducreyi_35000HP

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Haemophilus_parasuis_SH0165

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +----------Actinobacillus_succinogenes_130Z

! ! ! ! ! ! ! +-510 +-384

! ! ! +-841 ! ! ! ! ! ! +====Mannheimia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Haemophilus_influenzae

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-221

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-477 +-230 +---Haemophilus_influenzae_86_028NP

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----251 +---Haemophilus_influenzae_PittEE

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Haemophilus_influenzae_PittGG

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-464

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Haemophilus_somnus_129PT

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------227

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-454 +---Haemophilus_somnus_2336

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Pasteurella{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Citrobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-352

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-291=Salmonella{16}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Escherichia_coli_0127_H6_E2348_69

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_536

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-254 +-208 +-Escherichia_coli_APEC_O1

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-119

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-160 +-Escherichia_coli_S88

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-215 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_UTI89

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-241 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_CFT073

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Escherichia_coli_ED1a

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_55989

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-363 ! +-199

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_E24377A

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-176

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_IAI1

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-266 ! +-147

! ! ! ! ! ! ! ! +-670 ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_SE11

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-216

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_C_ATCC_8739

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-172

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_K_12_substr__DH10B

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--82

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-192 ! +Escherichia_coli_K_12_substr__MG1655

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-246 ! +--59

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_K_12_substr__W3110

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_HS

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_IAI39

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-226

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-278 +-255 +-238 +---Escherichia_coli_SMS_3_5

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_UMN026

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-389 ! ! ! ! +Escherichia_coli_O157H7

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--77

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-105 +Escherichia_coli_O157H7_EDL933

! ! ! ! ! ! +-778 ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_O157_H7_EC4115

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Shigella_boydii_CDC_3083_94

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-292 ! +-210

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-250 +--Shigella_boydii_Sb227

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Shigella_sonnei_Ss046

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-259

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Shigella_flexneri_2a

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-325 ! ! +--83

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-404 ! ! ! +-153 +Shigella_flexneri_2a_2457T

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Shigella_flexneri_5_8401

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------Shigella_dysenteriae

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------Escherichia_fergusonii_ATCC_35469

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-490 ! ! +----------Enterobacter_638

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-380

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----252=Klebsiella{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Enterobacter_sakazakii_ATCC_BAA-894

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-499 +------------Erwinia_tasmaniensis

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Erwinia_carotovora_atroseptica_SCRI1043

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-481

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Serratia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-425

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-345=Yersinia{12}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-537

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Sodalis{1}

! ! ! ! ! +-796 ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-732 +-569

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photorhabdus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-532

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Proteus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----301=Aeromonas{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Aliivibrio{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-359

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Vibrio_fischeri_ES114

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----198

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Vibrio_fischeri_MJ11

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-637 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-513 +-Vibrio_cholerae

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------76

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Vibrio_cholerae_O395

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Vibrio_harveyi_ATCC_BAA-1116

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-462 +-349

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Vibrio_parahaemolyticus

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-543 ! +-406

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Vibrio_vulnificus_CMCP6

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-436 +-----196

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Vibrio_vulnificus_YJ016

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Vibrio_splendidus_LGP32

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photobacterium{1}

! ! ! +-842 ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-663

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-483=Shewanella{19}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-678

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Psychromonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-772 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-696

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Alteromonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-565

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Pseudoalteromonas_atlantica_T6c

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-646

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Colwellia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-655 +-631

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Pseudoalteromonas_haloplanktis_TAC125

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Idiomarina{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Alcanivorax{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-642

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-693 +====Marinobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Hahella{1}

! ! ! ! ! +-818 ! ! !

! +-852 ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-714

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Chromohalobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-692

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-500=Pseudomonas{16}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-731

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Marinomonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-747

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cellvibrio{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-629

! ! ! ! ! ! ! ! +====Saccharophagus{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-855 ! ! ! +-----267=Stenotrophomonas{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-489

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--335=Xanthomonas{8}

! ! ! ! ! ! ! ! +-562

! ! ! ! ! ! ! ! +------253=Xylella{4}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Baumannia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-596

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Candidatus_Blochmannia_floridanus

! ! ! ! ! ! ! ! +-625 +-472

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Candidatus_Blochmannia_pennsylvanicus_BPEN

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Wigglesworthia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-645

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-574=Buchnera{6}

! ! ! ! ! ! ! ! +-809

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Dichelobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! +-810

! ! ! ! ! ! ! ! +----------151=Coxiella{5}

! ! ! ! ! ! ! ! +-765

! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------220=Legionella{4}

! ! ! ! ! ! ! +-794

! ! ! ! ! ! ! +----341=Francisella{9}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Magnetococcus{1}

! ! ! +-857 !


! ! ! ! ! +-686

! ! ! ! ! +-750 +====Acidobacterium{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Solibacter{1}

! ! ! ! ! +-831

! ! ! ! ! ! ! +-412=Anaeromyxobacter{4}

! ! ! ! ! ! ! +-748

! ! ! ! ! ! ! ! +====Myxococcus{1}

! ! ! ! ! +-839 +-773

! ! ! ! ! ! ! +====Sorangium{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Pirellula{1}

! ! ! ! +-853

! ! ! ! ! +====Bdellovibrio{1}

! ! ! ! +-840

! ! ! ! +-605=Leptospira{6}

! ! ! !

! ! ! ! +====Akkermansia{1}

! ! ! ! +-825

! ! ! ! +-834 +====Opitutus{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Methylacidiphilum{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-521=Bacteroides{4}

! ! ! ! ! +-598

! ! ! ! ! ! +====Parabacteroides{1}

! ! ! ! ! +-682

! ! ! ! ! ! +--------183=Porphyromonas{2}

! ! ! ! ! +-720

! ! ! ! ! ! +-------------Candidatus_Azobacteroides_pseudotrichonymphae_genomovar__CFP2

! ! ! +-856 !

! ! ! ! +-807

! ! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Amoebophilus_asiaticus_5a2

! ! ! ! ! +-805

! ! ! ! ! ! +====Cytophaga{1}

! ! ! ! ! +-733

! ! ! ! ! ! +-523=Flavobacterium{2}

! ! ! ! ! +-595

! ! ! ! ! +====Gramella{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Chlorobaculum{1}

! ! ! ! ! +-360

! ! ! ! ! ! +---------Chlorobium_tepidum_TLS

! ! ! +-843 !

! ! ! ! +-520 +------------Chlorobium_chlorochromatii_CaD3

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-----------Chlorobium_limicola_DSM_245

! ! ! ! ! +-515 +-439

! ! ! ! ! ! +-474 +-----------Chlorobium_phaeobacteroides_DSM_266

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-545 +-498 +-----------Pelodictyon_phaeoclathratiforme_BU_1

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +----------Pelodictyon_luteolum_DSM_273

! ! ! ! ! ! +-394

! ! ! ! ! ! +----------Prosthecochloris_vibrioformis_DSM_265

! ! ! ! +-672 !

! ! ! ! ! ! ! +-----------Chlorobium_phaeobacteroides_BS1

! ! ! ! ! ! +-467

! ! ! +-837 ! +-----------Prosthecochloris_aestuarii_DSM_271

! ! ! ! !

! ! ! ! +====Chloroherpeton{1}

! ! ! !

! ! ! +====Salinibacter{1}

! ! !


! ! ! !

! ! ! ! +====Aster{1}

! ! ! +-774 +---299

! ! ! ! ! +-492 +====Onion{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-621 +------------Candidatus_Phytoplasma_australiense

! ! ! ! !

! ! ! ! +-------------Candidatus_Phytoplasma_mali

! ! ! !

! ! ! ! +====Mesoplasma{1}

! ! ! ! +-579

! ! ! ! ! ! +-------Mycoplasma_capricolum_ATCC_27343

! ! ! ! ! +----318

! ! ! ! ! +-------Mycoplasma_mycoides

! ! ! +-812 !

! ! ! ! ! ! +-------------Mycoplasma_agalactiae_PG2

! ! ! ! ! ! +-654

! ! ! ! ! +-776 ! +-------------Mycoplasma_synoviae_53

! ! ! ! ! ! ! +-687

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Mycoplasma_mobile_163K

! ! ! ! ! ! ! +-710 +-667

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Mycoplasma_pulmonis

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Mycoplasma_arthritidis_158L3_1

! ! ! ! ! ! +-725

! ! ! ! ! ! ! +-Mycoplasma_hyopneumoniae_232

! ! ! ! ! ! ! +--87

! ! ! ! +-779 +-----------91 +-Mycoplasma_hyopneumoniae_J

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-Mycoplasma_hyopneumoniae_7448

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-------------Mycoplasma_gallisepticum

! ! ! ! ! +-713

! ! ! ! ! ! ! +-----------Mycoplasma_genitalium

! ! ! ! ! +-756 +-458

! ! ! ! ! ! ! +-----------Mycoplasma_pneumoniae

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +--------------Mycoplasma_penetrans

! ! ! ! +-757

! ! ! ! +------288=Ureaplasma{3}

! ! ! !

! ! ! ! +====Anoxybacillus{1}

! ! ! ! +-511

! ! ! ! ! +-351=Geobacillus{2}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +---------Bacillus_amyloliquefaciens_FZB42

! ! ! ! ! +-369

! ! ! ! ! ! +---------Bacillus_subtilis

! ! ! ! ! +-451

! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_ATCC_14580

! ! ! ! ! +-480 +-----------20

! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_DSM_13

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-619 ! +------------Bacillus_pumilus_SAFR-032

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_anthracis_Ames

! ! ! ! ! ! ! +--13

! ! ! ! ! ! ! +--48 +Bacillus_anthracis_Ames_0581

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-133 +Bacillus_anthracis_str_Sterne

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-175 +--Bacillus_cereus_AH820

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-194 +--Bacillus_thuringiensis_konkukian

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-204 +---Bacillus_cereus_ZK

! ! ! ! ! +-608 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_03BB102

! ! ! ! ! ! ! +--97

! ! ! ! ! ! +-262 +-Bacillus_thuringiensis_Al_Hakam

! ! ! ! +-649 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_AH187

! ! ! ! ! ! ! ! ! +--95

! ! ! ! ! ! ! ! +-249 +-Bacillus_cereus_Q1

! ! ! ! ! ! ! +-281 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Bacillus_cereus_ATCC_10987

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Bacillus_cereus_ATCC14579

! ! ! ! ! ! ! +--294 ! +-191

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-233 +---Bacillus_cereus_B4264

! ! ! ! +-658 ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-371 ! +----Bacillus_cereus_G9842

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +------Bacillus_weihenstephanensis_KBAB4

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +----------Bacillus_cereus_cytotoxis_NVH_391-98

! ! ! ! +-683 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Bacillus_clausii_KSM-K16

! ! ! ! ! ! ! +-588

! ! ! ! ! ! ! +-------------Bacillus_halodurans

! ! ! ! +-715 ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Oceanobacillus{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Lysinibacillus{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Exiguobacterium{1}

! ! ! ! +-721

! ! ! +-836 ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Macrococcus{1}

! ! ! ! ! ! +-564

! ! ! ! ! ! +-450=Staphylococcus{19}

! ! ! ! ! +-755

! ! ! ! ! ! ! +====Enterococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! +-673

816-838 ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +----296=Lactococcus{3}

! ! ! ! ! ! ! ! +-628

! ! ! ! ! ! ! ! +-522=Streptococcus{38}

! ! ! ! ! ! +-722

! ! ! ! ! ! +------275=Listeria{5}

! ! ! +-850 ! !

! ! ! ! ! +-785

! ! ! ! ! ! +---------Lactobacillus_acidophilus_NCFM

! ! ! ! ! ! +-364

! ! ! ! ! ! ! +---------Lactobacillus_helveticus_DPC_4571

! ! ! ! ! ! +-484

! ! ! ! ! ! ! ! +-------Lactobacillus_gasseri_ATCC_33323

! ! ! ! ! ! ! +---313

! ! ! ! ! ! +-535 +-------Lactobacillus_johnsonii_NCC_533

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +--Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus

! ! ! ! ! ! ! +--------115

! ! ! ! ! ! ! +--Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus_ATCC_BAA-365

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-------------Lactobacillus_brevis_ATCC_367

! ! ! ! ! ! ! +-580

! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Lactobacillus_plantarum

! ! ! ! ! ! +-706 +-623

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Lactobacillus_sakei_23K

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-606

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-618 +====Pediococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-634 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Lactobacillus_salivarius_UCC118

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Lactobacillus_fermentum_IFO_3956

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-517

! ! ! ! ! +-734 +-674 ! +Lactobacillus_reuteri_DSM_20016

! ! ! ! ! ! ! +-----------29

! ! ! ! ! ! ! +Lactobacillus_reuteri_F275_Kitasato

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +---Lactobacillus_casei

! ! ! ! ! ! +--------186

! ! ! ! ! ! +---Lactobacillus_casei_ATCC_334

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-444=Leuconostoc{2}

! ! ! ! ! +-636

! ! ! ! ! +====Oenococcus{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-420=Borrelia{8}

! ! ! ! ! +-804

! ! ! ! ! ! +-702=Treponema{3}

! ! ! ! +-844

! ! ! ! ! +--324=Chlamydia{5}

! ! ! ! ! +-496

! ! ! ! ! ! +-459=Chlamydophila{7}

! ! ! ! +-761

! ! ! ! +====Parachlamydia{1}

! ! +-851

! ! ! +====Acidothermus{1}

! ! ! +-662

! ! ! ! +====Thermobifida{1}

! ! ! +-685

! ! ! ! ! +====Nocardioides{1}

! ! ! ! +-671

! ! ! ! ! +---328=Salinispora{2}

! ! ! ! +-665

! ! ! ! +-445=Streptomyces{3}

! ! ! +-703

! ! ! ! +-488=Frankia{3}

! ! ! +-712

! ! ! ! ! +-554=Mycobacterium{20}

! ! ! ! ! +-590

! ! ! +-738 ! ! !

! ! ! ! ! +-661 !

! ! ! ! ! ! ! +====Nocardia{1}

! ! ! ! ! ! +-528

! ! ! ! ! ! +====Rhodococcus{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Saccharopolyspora{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-396=Arthrobacter{3}

! ! ! ! ! +-550

! ! ! ! ! ! +====Renibacterium{1}

! ! ! +-753 ! +-611

! ! ! ! ! ! ! +====Kocuria{1}

! ! ! ! ! +-657

! ! ! ! ! ! +-----268=Clavibacter{2}

! ! ! ! ! ! +-527

! ! ! ! ! ! ! +====Leifsonia{1}

! ! ! ! ! +-653

! ! ! ! ! +====Kineococcus{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! +-589=Corynebacterium{7}

! ! ! +-762

! ! ! ! +====Propionibacterium{1}

! ! ! +-797

! ! ! ! +-501=Bifidobacterium{5}

! ! +-806

! ! +-------------33=Tropheryma{2}

! !


! ! +-701

! ! ! +====Hyperthermus{1}

! ! +-740


! ! +-751 +-600


! ! ! !

! ! ! +====Ignicoccus{1}

! ! !

! ! ! +====Caldivirga{1}

! ! ! !

! ! +-775 ! +----------Pyrobaculum_aerophilum

! ! ! ! +-707 +-401

! ! ! ! ! ! +-432 +----------Pyrobaculum_arsenaticum_DSM_13514

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-448 +-----------Pyrobaculum_calidifontis_JCM_11548

! ! ! ! ! !

! ! ! +-767 ! +---------Pyrobaculum_islandicum_DSM_4184

! ! ! ! +-348


! ! +-780 !

! ! ! ! ! +====Metallosphaera{1}

! ! ! ! +-552

! ! ! ! +-505=Sulfolobus{3}

! ! +-815 !

! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Korarchaeum_cryptofilum_OPF8

! ! ! ! +-759


! ! ! !


! ! ! +-592

! ! ! +-413=Thermoplasma{2}

! ! !


! ! ! +-787

! ! ! ! ! +-383=Pyrococcus{3}

! ! ! ! +-475

! ! ! ! +-405=Thermococcus{2}

! ! +-823 !

! ! ! ! ! +====Methanobacterium{1}

! ! ! ! ! +-627

! ! ! ! +-790 ! ! +====Methanobrevibacter{1}

! ! ! ! ! ! ! +-613

! ! ! ! ! ! ! +====Methanosphaera{1}

! ! ! ! ! ! +-742

! ! ! ! ! ! ! +-541=Methanococcus{7}

! ! ! ! ! +-766

! ! ! ! ! +====Methanopyrus{1}

! ! ! +-803

! ! +-824 !

! ! ! ! ! +-------------Candidatus_Methanoregula_boonei_6A8

! ! ! ! ! +-587

! ! ! ! ! +-615 +-------------Candidatus_Methanosphaerula_palustris_E1_9c

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-652 +====Methanoculleus{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-684 +====Methanospirillum{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Methanocorpusculum{1}

! ! ! ! ! !

! ! +-826 ! +-777 +====Methanococcoides{1}

! ! ! ! ! ! +-616

! ! ! ! ! ! ! +-407=Methanosarcina{3}

! ! ! ! ! ! +-735

! ! ! ! ! ! ! +====Methanosaeta{1}

! ! ! ! ! +-763

! ! ! ! ! +--------------uncultured_methanogenic_archaeon_RC-I

! ! ! ! !

! ! ! ! +====Nanoarchaeum{1}

! ! ! !

! +-830 +====Nitrosopumilus{1}

! !

! ! +====Haloarcula{1}

! ! +-538

! ! +-539 +====Natronomonas{1}

! ! ! !

! ! +-553 +====Halorubrum{1}

! ! ! !

! ! ! +-----------26=Halobacterium{2}

! +-572

! +====Haloquadratum{1}

!








+-514


! !


+-709


! +-621


! ! +-532

! ! +----------Drosophila_melanogaster_FlyBase

! !


!

! +====Acaryochloris{1}

! +-628

! ! +-----------Cyanothece_PCC_7425

! !

! ! +====Anabaena{1}

! ! +--288

! ! +-419 +----Nostoc_sp

! +-637 ! !

! ! ! +-603 +--------Nostoc_punctiforme_PCC_73102

! ! ! ! !

! ! ! ! +====Trichodesmium{1}

! ! ! !

! ! ! ! +---------Cyanothece_ATCC_51142

! ! +-618 +-460

! ! ! +-497 +---------Cyanothece_PCC_8801

! ! ! ! !

! ! ! +-553 +---------Cyanothece_PCC_7424

! +-663 ! ! !

! ! ! +-584 +====Microcystis{1}

! ! ! !

! ! ! ! +----------Synechococcus_PCC_7002

! ! ! +-550

! ! ! +====Synechocystis{1}

! ! !

! ! ! +Synechococcus_elongatus_PCC_6301

! +-702 ! +-----------22


! ! ! +-629

! ! ! ! +-----Synechococcus_sp._JA-2-3B-a_2-13

! ! ! ! +-----289

! ! ! +-593 +-----Synechococcus_sp._JA-3-3Ab

! ! ! !

! ! ! +====Thermosynechococcus{1}

! ! !

! ! +====Gloeobacter{1}

! !

! ! +---Prochlorococcus_marinus_AS9601

! ! +-150

! ! +-203 +---Prochlorococcus_marinus_MIT_9301

! ! ! !

! +-762 +-243 +---Prochlorococcus_marinus_MIT_9312

! ! ! ! !

! ! ! +--311 +----Prochlorococcus_marinus_MIT_9215

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-----Prochlorococcus_marinus_MED4

! ! ! ! +-273

! ! ! +-475 +-----Prochlorococcus_marinus_MIT_9515

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +---------Prochlorococcus_marinus_CCMP1375

! ! ! ! ! +-391

! ! ! ! ! ! +---------Prochlorococcus_marinus_MIT_9211

! ! ! ! +-435

! ! ! ! ! +-Prochlorococcus_marinus_NATL1A

! ! ! ! +--------51

! ! +-543 +-Prochlorococcus_marinus_NATL2A

! ! !

! ! ! +-----Prochlorococcus_marinus_MIT9313

! ! ! +---264

! ! ! ! +-----Prochlorococcus_marinus_MIT_9303

! ! ! !

! ! ! ! +--------Synechococcus_CC9311

! ! +-480 +-378

! ! ! ! +--------Synechococcus_WH_7803

! ! ! +-415

! +-852 ! ! ! +--------Synechococcus_CC9605

! ! ! ! ! ! +-370

! ! ! +-436 +-377 +--------Synechococcus_sp_WH8102

! ! ! ! !

! ! ! ! +--------Synechococcus_CC9902

! ! ! !

! ! ! +----------Synechococcus_RCC307

! ! !

! ! ! +---293=Chlamydia{5}

! ! ! +-487

! ! ! ! +-450=Chlamydophila{7}

! ! +-764

! ! +====Parachlamydia{1}

! !

! ! +-501=Anaplasma{3}

! ! +-539

! ! ! +-349=Ehrlichia{5}

! ! +-590

! ! ! +-386=Wolbachia{4}

! ! +-611

! ! ! +====Neorickettsia{1}

! ! +-667

! ! ! ! +----290=Orientia{2}

! ! ! +-627

! ! ! +-384=Rickettsia{11}

! +-856 +-785

! ! ! ! +-423=Bartonella{4}

! ! ! +-790

! ! ! ! +-------------Candidatus_Pelagibacter_ubique_HTCC1062

! ! ! !

! ! ! ! +====Baumannia{1}

! ! ! ! +-572

! ! ! ! ! ! +----------Candidatus_Blochmannia_floridanus

! ! ! ! +-583 +-444

! ! ! ! ! ! +----------Candidatus_Blochmannia_pennsylvanicus_BPEN

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Wigglesworthia{1}

! ! ! ! +-599

! ! ! +-851 ! +-528=Buchnera{6}

! ! ! ! ! +-791

! ! ! ! ! ! +-------------uncultured_Termite_group_1_bacterium_phylotype_Rs_D17

! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-845 +--------119=Coxiella{5}

! ! ! ! ! +-777

! ! ! ! ! ! +-----322=Francisella{9}

! ! ! ! ! +-788

! ! ! ! ! ! +--------129=Legionella{4}

! ! ! ! +-827

! ! ! ! +====Dichelobacter{1}

! ! +-854

! ! ! +====Aster{1}

! ! ! +---270

! ! ! +-461 +====Onion{1}

! ! ! ! !

! ! ! +-538 +----------Candidatus_Phytoplasma_australiense

! ! ! ! !

! ! ! ! +-----------Candidatus_Phytoplasma_mali

! ! ! +-807

! ! ! ! +--405=Borrelia{8}

! ! ! +-829

! ! ! ! +-------------Candidatus_Amoebophilus_asiaticus_5a2

! ! ! +-849

! ! ! ! ! +-496=Bacteroides{4}

! ! ! ! ! +-568

! ! ! ! ! ! +====Parabacteroides{1}

! ! ! ! ! +-680

! ! +-853 ! ! +--------111=Porphyromonas{2}

! ! ! +-738

! ! ! +-------------Candidatus_Azobacteroides_pseudotrichonymphae_genomovar__CFP2

! ! !

! ! ! +====Elusimicrobium{1}

! ! +-794

! ! +------------16=Tropheryma{2}

! !

! ! +====Acholeplasma{1}

! ! +-485

! ! ! +----------Mycoplasma_gallisepticum

! ! !

! ! ! +-------Lactobacillus_acidophilus_NCFM

! ! +-760 +-398

! ! ! ! ! +--------Lactobacillus_helveticus_DPC_4571

! ! ! ! +-473

! ! ! ! ! ! +-----Lactobacillus_gasseri_ATCC_33323

! ! ! ! ! +--312

! ! ! +-563 +-----Lactobacillus_johnsonii_NCC_533

! ! ! !

! ! ! ! +--Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus

! ! ! +-------127

! ! ! +--Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus_ATCC_BAA-365

! ! !

! ! ! +====Anoxybacillus{1}

! ! ! +-525

! ! ! ! +-359=Geobacillus{2}

! ! ! +-636

! ! ! ! ! +----------Bacillus_clausii_KSM-K16

! ! ! ! +-587

! ! ! ! +====Oceanobacillus{1}

! ! ! !

! ! ! ! +-------Bacillus_amyloliquefaciens_FZB42

! ! ! ! +-368

! ! ! ! +-470 +-------Bacillus_subtilis

! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-489 +---------Bacillus_pumilus_SAFR-032

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_ATCC_14580

! ! ! +-649 ! +--------53

! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_DSM_13

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +Bacillus_anthracis_Ames

! ! ! ! ! ! +--54

! ! ! ! ! ! +--83 +Bacillus_anthracis_Ames_0581

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-158 +Bacillus_anthracis_str_Sterne

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-204 +-Bacillus_cereus_AH820

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +--Bacillus_cereus_ZK

! ! ! ! ! ! +-206 +-191

! ! ! ! +-616 ! ! +--Bacillus_thuringiensis_konkukian

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_03BB102

! ! ! ! ! ! +-140

! ! ! +-669 ! +-276 +-Bacillus_thuringiensis_Al_Hakam

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_AH187

! ! ! ! ! ! ! ! +-167

! ! ! ! ! ! ! +-267 +-Bacillus_cereus_Q1

! ! ! ! ! ! +-297 !

! ! ! ! ! ! ! ! +---Bacillus_cereus_ATCC_10987

! ! +-797 ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Bacillus_cereus_ATCC14579

! ! ! ! ! ! ! +-301 ! +-205

! ! ! ! +-673 ! ! ! ! +-246 +--Bacillus_cereus_B4264

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-379 ! +---Bacillus_cereus_G9842

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +----Bacillus_weihenstephanensis_KBAB4

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-------Bacillus_cereus_cytotoxis_NVH_391-98

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-----------Bacillus_halodurans

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Exiguobacterium{1}

! ! ! ! +-718

! ! ! ! ! ! +====Lysinibacillus{1}

! ! ! ! ! +-691

! ! ! ! ! ! +====Macrococcus{1}

! ! ! ! ! +-562

! ! ! ! ! +-441=Staphylococcus{19}

! ! ! +-759

! ! ! ! +====Enterococcus{1}

! ! ! ! +-626

! ! ! ! ! +-----292=Listeria{5}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +----------Lactobacillus_brevis_ATCC_367

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-Lactobacillus_casei

! ! ! ! ! +-551 +-----232

! ! ! ! ! ! ! +-517 +-Lactobacillus_casei_ATCC_334

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-530 +---------Lactobacillus_sakei_23K

! ! ! ! ! +-613 !

! ! ! ! ! ! ! +---------Lactobacillus_plantarum

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +--337=Lactococcus{3}

! ! ! ! ! +-658

! ! ! ! ! ! ! +---------Lactobacillus_fermentum_IFO_3956

! ! ! ! ! ! ! +-518

! ! ! ! ! ! ! ! ! +Lactobacillus_reuteri_DSM_20016

! ! ! ! ! ! ! ! +--------62

! ! ! +-719 ! +-614 +Lactobacillus_reuteri_F275_Kitasato

! ! ! ! +-690 !

! ! ! ! ! ! ! +----------Lactobacillus_salivarius_UCC118

! ! ! ! ! ! +-579

! ! ! ! ! ! +====Pediococcus{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +--345=Leuconostoc{2}

! ! ! ! ! +-600

! ! ! ! ! +====Oenococcus{1}

! ! +-823 ! !

! ! ! ! +-713

! ! ! ! +-573=Streptococcus{38}

! ! +-832 !


! ! ! ! ! +-622

! ! ! ! ! ! +====Solibacter{1}

! ! ! ! ! +-692

! ! ! ! ! ! +--401=Anaeromyxobacter{4}

! ! ! ! ! +-720

! ! ! ! ! ! +====Myxococcus{1}

! ! ! ! ! +-753

! ! ! ! ! ! +====Sorangium{1}

! ! ! ! ! +-801

! ! ! ! ! ! +====Opitutus{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-811 +--352=Chloroflexus{3}

! ! ! ! ! ! ! +-581

! ! ! ! ! ! ! ! +--353=Roseiflexus{2}

! ! ! ! ! ! ! +-701

! ! ! ! ! ! ! ! +====Herpetosiphon{1}

! ! ! ! ! ! +-800

! ! ! ! ! ! ! +-455=Deinococcus{2}

! ! ! ! ! ! +-682

! ! ! ! +-820 +-------170=Thermus{2}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Haloarcula{1}

! ! ! ! ! +-513

! ! ! ! ! +-535 +====Halorubrum{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-554 +====Natronomonas{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-589 +====Haloquadratum{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +---------52=Halobacterium{2}

! ! ! ! +-778

! ! ! ! ! +====Nitrosopumilus{1}

! ! ! ! +-754

! ! ! ! +====Symbiobacterium{1}

! ! ! !

! ! ! ! +====Acidobacterium{1}

! ! ! +-805

! ! ! ! +====Pirellula{1}

! ! ! +-779

! ! ! +====Salinibacter{1}

! ! !

! ! ! +====Aeropyrum{1}

! ! ! !

! ! ! ! +--------Pyrobaculum_aerophilum

! ! ! +-716 +-363

! ! ! ! ! ! +--------Pyrobaculum_arsenaticum_DSM_13514

! ! ! ! ! +-411

! ! ! ! ! ! ! +-------Pyrobaculum_islandicum_DSM_4184

! ! ! ! +-431 +-335

! ! ! ! ! +====Thermoproteus{1}

! ! ! ! !

! ! ! +-741 +---------Pyrobaculum_calidifontis_JCM_11548

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Desulfurococcus{1}

! ! ! ! ! +-570

! ! ! ! ! +-681 +====Staphylothermus{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-722 +====Hyperthermus{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! +====Ignicoccus{1}

! ! ! !

! ! ! ! +====Caldivirga{1}

! ! ! ! +-640

! ! ! ! ! ! +====Metallosphaera{1}

! ! ! ! ! +-464

! ! ! ! ! +-432=Sulfolobus{3}

! ! ! +-758 !

! ! ! ! ! +-693

! ! ! ! ! ! ! +-394=Pyrococcus{3}

! ! ! ! ! +-721 +-447

! ! ! ! ! ! ! +-369=Thermococcus{2}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-747 ! +====Picrophilus{1}

! ! ! ! ! +-575

! ! ! ! ! +-388=Thermoplasma{2}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-----------Candidatus_Korarchaeum_cryptofilum_OPF8

! ! ! ! +-698


! ! +-840 !

! ! ! ! +-819 +====Archaeoglobus{1}

! ! ! ! ! ! +-780

! ! ! ! ! ! ! +====Methanopyrus{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Methanobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! +-624

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methanobrevibacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-591

! ! ! ! ! ! ! ! +====Methanosphaera{1}

! ! ! ! ! ! +-793 +-733

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-533=Methanococcus{7}

! ! ! ! ! ! ! +-769

! ! ! ! ! +-808 ! +====Methanococcoides{1}

! ! ! ! ! ! ! +-645

! ! ! ! ! ! ! ! +-434=Methanosarcina{3}

! ! ! ! ! ! +-739

! ! ! ! ! ! +====Methanosaeta{1}

! ! ! ! +-833 !

! ! ! ! ! ! ! +------------Candidatus_Methanoregula_boonei_6A8

! ! ! ! ! ! ! +-644

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Candidatus_Methanosphaerula_palustris_E1_9c

! ! ! ! ! ! ! ! +-638

! ! ! ! ! ! ! +-704 ! +====Methanoculleus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-617

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methanospirillum{1}

! ! ! ! ! ! +-745 !

! ! ! ! ! ! ! +====Methanocorpusculum{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +------------uncultured_methanogenic_archaeon_RC-I

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Aquifex{1}

! ! ! ! ! ! +-619

! ! ! ! ! ! ! +====Hydrogenobaculum{1}

! ! ! ! ! ! +-659

! ! ! ! ! ! ! ! +====Persephonella{1}

! ! ! ! ! ! ! +-494

! ! ! ! ! ! ! +-380=Sulfurihydrogenibium{2}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Arcobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! +-630

! ! ! ! ! ! ! ! +====Wolinella{1}

! ! ! ! ! ! ! +-654

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Nitratiruptor{1}

! ! ! ! ! +-814 ! ! +-560

! ! ! ! ! ! +-665 +-585 +====Sulfurovum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Sulfurimonas{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Nautilia{1}

! ! ! ! ! +-734

! ! ! ! ! ! +-576=Campylobacter{10}

! ! ! ! ! +-675

! ! ! ! ! +-633=Helicobacter{8}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-612=Alkaliphilus{2}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +------------Clostridium_acetobutylicum

! ! ! ! ! ! +-641

! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_kluyveri_DSM_555

! ! ! ! ! ! ! +-----------28

! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_kluyveri_NBRC_12016

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_botulinum_A

! ! ! ! ! ! ! +--40

! ! ! +-835 ! +-652 ! ! +Clostridium_botulinum_A_ATCC_19397

! ! ! ! ! ! ! ! +--21

! ! ! ! ! ! ! +-125 +Clostridium_botulinum_A_Hall

! ! ! ! +-799 ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_botulinum_B1_Okra

! ! ! ! ! ! ! ! +------175 +--85

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_botulinum_F_Langeland

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-598 +---Clostridium_botulinum_A3_Loch_Maree

! ! ! ! ! ! +-671 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Clostridium_novyi_NT

! ! ! ! ! ! ! ! +-558

! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Clostridium_tetani_E88

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +----------Clostridium_beijerinckii_NCIMB_8052

! ! ! ! ! ! ! ! +-544

! ! ! ! +-815 ! ! ! ! ! +----Clostridium_botulinum_B_Eklund_17B

! ! +-841 ! ! ! +-744 ! ! +-----247

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Clostridium_botulinum_E3_Alaska_E43

! ! ! ! ! ! ! ! +-634

! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_perfringens

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-126

! ! ! ! ! ! ! ! +-------225 +--Clostridium_perfringens_ATCC_13124

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +---Clostridium_perfringens_SM101

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-------------Clostridium_difficile_630

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +------------Clostridium_cellulolyticum_H10

! ! ! ! ! ! ! +-620

! ! ! ! ! ! +-795 +-----------Clostridium_thermocellum_ATCC_27405

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-821 +------------Clostridium_phytofermentans_ISDg

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Anaerocellum{1}

! ! ! ! ! ! ! +----346

! ! ! ! ! ! ! ! +====Caldicellulosiruptor{1}

! ! ! ! ! ! ! +-766

! ! ! ! ! ! ! ! ! +----306=Dictyoglomus{2}

! ! ! ! ! ! ! ! +-748

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Halothermothrix{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-725

! ! ! ! ! ! ! ! +--399=Thermoanaerobacter{3}

! ! ! ! ! ! +-810

! ! ! ! ! ! ! +====Coprothermobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Fervidobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-537

! ! ! ! ! ! ! ! ! +--356=Thermosipho{2}

! ! ! ! ! +-825 +-798 +-615

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Thermotoga_RQ2

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-148

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--199 +-Thermotoga_maritima

! ! ! ! ! ! ! ! +-656 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--334 +--Thermotoga_petrophila_RKU-1

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-694 ! +------Thermotoga_neapolitana_DSM_4359

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Thermotoga_lettingae_TMO

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Petrotoga{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Carboxydothermus{1}

! ! ! ! ! ! ! +-679

! ! ! ! ! ! ! ! +====Natranaerobius{1}

! ! ! ! ! ! ! +-715

! ! ! ! ! ! ! ! +------238=Desulfitobacterium{2}

! ! ! ! ! ! ! +-757

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Desulfotomaculum{1}

! ! ! ! ! ! ! +-774 +-726

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Pelotomaculum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-796 ! +====Heliobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! +-756

! ! ! ! ! ! ! +====Moorella{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-834 +====Syntrophomonas{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-----------Candidatus_Desulfococcus_oleovorans_Hxd3

! +-858 ! ! ! +-662

! ! ! ! ! ! +-687 +====Desulfatibacillum{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-737 +====Desulfobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-809 +====Syntrophobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Desulfotalea{1}

! ! ! ! ! ! +-816

! ! ! ! ! ! ! ! +-595=Geobacter{6}

! ! ! ! ! ! ! ! +-655

! ! ! ! ! ! +-818 ! ! +-----------Pelobacter_propionicus_DSM_2379

! ! ! ! ! ! ! ! +-749

! ! ! ! ! ! ! ! +------------Pelobacter_carbinolicus

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Syntrophus{1}

! ! ! ! ! +-831 +-781


! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +------------Candidatus_Desulforudis_audaxviator_MP104C

! ! ! ! ! ! +-742

! ! ! ! ! ! ! +====Thermomicrobium{1}

! ! ! ! ! +-782

! ! ! ! ! +-----321=Dehalococcoides{3}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Chlorobaculum{1}

! ! ! ! ! +-365

! ! ! ! ! ! +--------Chlorobium_tepidum_TLS

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-512 +---------Chlorobium_limicola_DSM_245

! ! ! ! ! ! ! +-413

! ! ! ! ! ! ! +-472 +---------Chlorobium_phaeobacteroides_DSM_266

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-508 +----------Pelodictyon_phaeoclathratiforme_BU_1

! ! ! ! ! +-516 !

! ! ! ! ! ! ! ! +--------Pelodictyon_luteolum_DSM_273

! ! ! +-843 ! ! ! +-408

! ! ! ! ! ! ! ! +---------Prosthecochloris_vibrioformis_DSM_265

! ! ! ! ! ! +-559 !

! ! ! ! ! ! ! ! +----------Chlorobium_chlorochromatii_CaD3

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-703 ! +---------Chlorobium_phaeobacteroides_BS1

! ! ! ! ! ! ! ! +-456

! ! ! ! ! ! ! ! +----------Prosthecochloris_aestuarii_DSM_271

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Chloroherpeton{1}

! ! ! ! ! +-836

! ! ! ! ! ! +====Cytophaga{1}

! ! ! ! ! ! +-735

! ! ! ! ! ! ! ! +-469=Flavobacterium{2}

! ! ! ! ! ! ! +-549

! ! ! ! ! ! ! +====Gramella{1}

! ! ! ! ! +-817

! ! ! ! ! +-623=Leptospira{6}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Acidothermus{1}

! ! ! ! ! +-661

! ! ! ! ! ! +====Thermobifida{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-717 +====Saccharopolyspora{1}

! ! ! ! ! ! ! +-666

! ! ! ! ! ! ! ! +-458=Streptomyces{3}

! ! ! ! ! ! +-696

! ! ! ! ! ! +-----299=Salinispora{2}

! ! ! ! ! +-728

! ! ! ! ! ! ! +-412=Arthrobacter{3}

! ! ! ! ! ! ! +-574

! ! ! ! ! ! ! ! +====Renibacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! +-635

! ! ! ! ! ! ! ! +====Kocuria{1}

! ! ! ! ! ! ! +-674

! ! ! ! ! ! ! ! ! +----268=Clavibacter{2}

! ! ! ! ! ! ! +-683 +-569

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Leifsonia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-708 +====Kineococcus{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Nocardioides{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +--------Frankia_CcI3

! ! ! ! ! +-755 +-426

! ! ! ! ! ! ! ! +---------Frankia_alni_ACN14a

! ! ! ! ! ! ! +-588

! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Frankia_EAN1pec

! ! ! ! ! ! ! ! +-476

! ! ! ! ! ! ! ! +====Nocardia{1}

! ! ! ! ! ! +-707

! ! ! ! ! +-804 !

! ! ! ! ! ! ! ! +-577=Mycobacterium{20}

! ! ! ! ! ! ! +-642

! ! ! ! ! ! ! +====Rhodococcus{1}

! ! ! ! ! ! !


! ! ! ! ! +-828

! ! ! ! ! ! +====Propionibacterium{1}

! ! ! ! +-837

! ! ! ! +====Rubrobacter{1}

! ! ! !

! ! ! ! +====Acidiphilium{1}

! ! ! ! +-651

! ! ! ! ! +====Granulobacter{1}

! ! ! ! +-685

! ! ! ! ! ! +-------101=Gluconacetobacter{2}

! ! ! ! ! +-596

! ! ! ! ! +====Gluconobacter{1}

! ! ! ! +-767

! ! ! ! ! ! +====Magnetospirillum{1}

! ! ! ! ! ! +-648

! ! ! ! ! +-706 +-----------Rhodospirillum_rubrum_ATCC_11170

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-----------Rhodospirillum_centenum_SW

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +--------Agrobacterium_radiobacter_K84

! ! ! ! ! +-445

! ! ! ! ! ! +-314=Rhizobium{4}

! ! ! ! ! +-491

! ! ! ! ! ! +----271=Sinorhizobium{2}

! ! ! ! ! +-507

! ! ! ! ! ! ! +---------Agrobacterium_tumefaciens_C58_Cereon

! ! ! ! ! ! +-478

! ! ! ! ! ! +---------Agrobacterium_vitis_S4

! ! ! ! ! +-608

! ! ! ! ! ! ! +----133=Brucella{9}

! ! ! ! ! ! ! +-371

! ! ! ! ! ! ! ! +====Ochrobactrum{1}

! ! ! ! ! ! ! +-597

! ! ! ! ! ! ! ! +----------Mesorhizobium_BNC1

! ! ! ! ! ! +-605

! ! ! ! ! ! +----------Mesorhizobium_loti

! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-786 ! +====Azorhizobium{1}

! ! ! ! ! ! ! +-488

! ! ! ! ! ! ! ! +====Xanthobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! +-632

! ! ! ! ! ! +-723 ! +-509=Methylobacterium{6}

! ! ! ! ! ! ! ! +-664

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-433=Bradyrhizobium{3}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-506

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-406=Rhodopseudomonas{6}

! ! ! ! ! ! +-761 +-686 +-561

! ! ! +-846 ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-375=Nitrobacter{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-524

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Oligotropha{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Beijerinckia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-602

! ! ! ! ! +-789 ! ! ! +====Methylocella{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-427=Caulobacter{3}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-519


! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-672

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Parvibaculum{1}

! ! ! ! ! ! ! +-773 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-711

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Hyphomonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-676

! ! ! ! ! ! ! ! +====Maricaulis{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Dinoroseobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-482

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Roseobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-459

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Ruegeria{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-511

! ! ! ! ! ! ! ! ! +--320=Rhodobacter{4}

! ! ! ! ! ! ! ! +-531

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Jannaschia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-566

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Silicibacter{1}

! ! ! ! ! ! ! +-601

! ! ! ! ! ! ! +====Paracoccus{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Erythrobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! +-594

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Novosphingobium{1}

! ! ! ! ! ! ! +-670 +-555

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Sphingopyxis{1}

! ! ! ! ! ! +-730 !

! ! ! ! ! ! ! +====Sphingomonas{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Zymomonas{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-------222=Acidithiobacillus{2}

! ! ! ! ! ! +-647

! ! ! ! ! ! ! +====Thioalkalivibrio{1}

! ! ! ! ! ! +-727

! ! ! ! ! ! ! ! +====Alkalilimnicola{1}

! ! ! ! ! ! +-783 +-578

! ! ! ! ! ! ! ! +====Halorhodospira{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Magnetococcus{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +---Acidovorax_JS42

! ! ! ! ! ! ! +----262

! ! ! ! ! ! ! +-477 +====Diaphorobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-504 +----------Acidovorax_avenae_citrulli_AAC00-1

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-592 +====Delftia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Verminephrobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! +-606

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-467=Polaromonas{2}

! ! ! ! ! ! ! ! +-542

! ! ! ! ! ! ! +-625 +====Rhodoferax{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Leptothrix{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-552

! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylibium{1}

! ! ! ! ! ! ! +-700

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-490=Bordetella{5}

! ! ! ! ! ! +-803 ! ! +-668

! ! ! ! ! ! ! ! +-712 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-684 !

! +-859 ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-484=Burkholderia{22}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-609

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cupriavidus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-329

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-357 +-----Ralstonia_eutropha_H16

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-420 +------Ralstonia_eutropha_JMP134

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-536 +--------Ralstonia_metallidurans_CH34

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-751 ! ! ! +-------Ralstonia_pickettii_12J

! ! ! ! ! ! ! +-812 ! ! ! ! ! +-409

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------Ralstonia_solanacearum

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Herminiimonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--387

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Janthinobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--393=Polynucleobacter{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-772 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Aromatoleum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-522

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-604 +====Azoarcus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-699 +====Dechloromonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-787 ! +-732 +====Thiobacillus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Chromobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylobacillus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-770

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Nitrosococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-736

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-404=Nitrosomonas{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-580

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Nitrosospira{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------Candidatus_Ruthia_magnifica_Cm_Calyptogena_magnifica_

! ! ! ! ! ! ! ! ! +----333

! ! ! ! ! ! ! ! +-746 +-------Candidatus_Vesicomyosocius_okutanii_HA

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Thiomicrospira{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-438=Acinetobacter{7}

! ! ! ! ! ! ! ! +-724

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-449=Psychrobacter{3}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Alcanivorax{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-660

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Marinobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-710

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Chromohalobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-802 ! +-697

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-529=Pseudomonas{16}

! ! ! ! ! +-838 ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-822 ! ! +-750

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Hahella{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-771

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cellvibrio{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-639

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-768 +====Saccharophagus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Marinomonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +Actinobacillus_pleuropneumoniae_L20

! ! ! ! ! ! ! ! ! +--93

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----106 +Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_3_JL03

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-439 +-Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_7_AP76

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-474 +--------Haemophilus_parasuis_SH0165

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Haemophilus_ducreyi_35000HP

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------Actinobacillus_succinogenes_130Z

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-540 +-372

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Mannheimia{1}

! ! ! ! +-848 ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Haemophilus_influenzae

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-144

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-510 +-156 +--Haemophilus_influenzae_86_028NP

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----216 +--Haemophilus_influenzae_PittEE

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-437 +---Haemophilus_influenzae_PittGG

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-500 +====Pasteurella{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Haemophilus_somnus_129PT

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----172

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Haemophilus_somnus_2336

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Citrobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-354

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-296=Salmonella{16}

! ! ! ! ! ! ! ! +-813 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_0127_H6_E2348_69

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_536

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-274 ! +-Escherichia_coli_APEC_O1

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-229 +-159

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-192 +-Escherichia_coli_S88

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-261 +-227 +-Escherichia_coli_UTI89

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_CFT073

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_ED1a

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-367 !


! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-224

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_E24377A

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-212

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_IAI1

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-287 ! +-180

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_SE11

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-236

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-731 ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_C_ATCC_8739

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-190

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_K_12_substr__DH10B

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-103

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-213 ! +Escherichia_coli_K_12_substr__MG1655

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-260 ! +--80

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_K_12_substr__W3110

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_HS

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_IAI39

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-239

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-279 +-249 +--Escherichia_coli_SMS_3_5

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-319 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_UMN026

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-397 ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_O157H7

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-102

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-152 +Escherichia_coli_O157H7_EDL933

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_O157_H7_EC4115

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

806-855 ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-280=Shigella{7}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-336

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----Escherichia_fergusonii_ATCC_35469

! ! ! ! ! ! ! +-824 ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-416 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------Enterobacter_638

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-502 ! +-382

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---245=Klebsiella{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------Enterobacter_sakazakii_ATCC_BAA-894

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Erwinia_carotovora_atroseptica_SCRI1043

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-486

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Serratia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-443

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-360=Yersinia{12}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-515

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Erwinia_tasmaniensis

! ! ! +-850 ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-784 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-567

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Sodalis{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-610

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photorhabdus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-571

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Proteus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +----313=Aeromonas{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Aliivibrio{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-381

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Vibrio_fischeri_ES114

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---207

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Vibrio_fischeri_MJ11

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-678 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-541 +Vibrio_cholerae

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------92

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Vibrio_cholerae_O395

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------Vibrio_harveyi_ATCC_BAA-1116

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-483 +-402

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------Vibrio_parahaemolyticus

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-705 +-582 ! +-446

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Vibrio_vulnificus_CMCP6

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-466 +----215

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Vibrio_vulnificus_YJ016

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Vibrio_splendidus_LGP32

! ! ! ! ! +-826 ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-729 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Psychromonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Alteromonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-556

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Pseudoalteromonas_atlantica_T6c

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-657

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Colwellia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-677 +-650

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Pseudoalteromonas_haloplanktis_TAC125

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Idiomarina{1}

! ! ! ! ! ! ! +-740

! ! ! ! ! ! ! +-565=Shewanella{19}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +------284=Neisseria{6}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-----269=Stenotrophomonas{2}

! ! ! ! ! ! +-523

! ! ! ! ! ! ! +-376=Xanthomonas{8}

! ! ! ! ! +-631

! ! ! ! ! +------248=Xylella{4}

! ! ! ! !

! ! ! ! +====Bdellovibrio{1}

! ! ! !

! ! ! +====Methylacidiphilum{1}

! ! !

! ! ! +====Akkermansia{1}

! ! ! +-830

! ! ! ! +-695=Treponema{3}

! ! +-857

! ! ! +-643=Desulfovibrio{5}

! ! +-752

! ! +====Lawsonia{1}

! !

! ! +-526=Bifidobacterium{5}

! ! +-839

! ! ! +====Brachyspira{1}

! ! +-842

! ! ! ! +====Finegoldia{1}

! ! ! +-776

! ! ! +====Fusobacterium{1}

! ! !

! ! ! +====Mesoplasma{1}

! ! ! +-548

! ! ! ! ! +------Mycoplasma_capricolum_ATCC_27343

! ! ! ! +---304

! ! ! ! +------Mycoplasma_mycoides

! ! ! !

! ! ! ! +----------Mycoplasma_genitalium

! ! ! +-775 +-452

! ! ! ! ! ! +----------Mycoplasma_pneumoniae

! +-847 ! ! +-688

! ! ! ! ! +-------241=Ureaplasma{3}

! ! ! +-743

! ! ! +-------------Mycoplasma_penetrans

! ! +-792

! ! ! ! +-------------Mycoplasma_agalactiae_PG2

! ! ! ! +-714

! ! ! ! ! ! +-------------Mycoplasma_arthritidis_158L3_1

! ! ! ! ! +-689

! ! ! ! ! ! +-----------Mycoplasma_mobile_163K

! ! ! ! ! +-646

! +-844 +-763 ! +------------Mycoplasma_pulmonis

! ! ! +-586

! ! ! +------------Mycoplasma_synoviae_53

! ! !

! ! ! +-Mycoplasma_hyopneumoniae_232

! ! +-----------37

! ! ! +-Mycoplasma_hyopneumoniae_7448

! ! +--27

! ! +-Mycoplasma_hyopneumoniae_J

! !

! +====Nanoarchaeum{1}

!







+====Nitrosopumilus{1}

!

! +====Eremothecium{1}

! +-429

! +-520 +====Saccharomyces{1}

! ! !

! ! +====Schizosaccharomyces{1}

! +-549

! ! ! +====Arabidopsis{1}

! ! +-405

! +-625 ! +====Caenorhabditis{1}

! ! ! +-337

! ! ! +----Drosophila_melanogaster_FlyBase

! ! !

! ! +====Plasmodium{1}

! !

! ! +====Akkermansia{1}

! ! !

! ! ! +====Chlorobaculum{1}

! ! ! +-348

! ! ! ! +----Chlorobium_tepidum_TLS

! ! ! +-536

! ! ! ! ! +-----Pelodictyon_luteolum_DSM_273

! ! ! ! +-393

! ! ! +-567 +-----Prosthecochloris_vibrioformis_DSM_265

! ! +-850 ! !

! ! ! ! ! ! +------Chlorobium_limicola_DSM_245

! ! ! ! ! ! +-466

! ! ! ! +-592 +-499 +-------Chlorobium_phaeobacteroides_DSM_266

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-------Pelodictyon_phaeoclathratiforme_BU_1

! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-640 ! +-------Chlorobium_phaeobacteroides_BS1

! ! ! ! ! ! +-513

! ! ! ! ! ! +-------Prosthecochloris_aestuarii_DSM_271

! ! ! +-729 !

! ! ! ! +---------Chlorobium_chlorochromatii_CaD3

! ! ! !

! ! ! +====Chloroherpeton{1}

! ! !

! ! ! +--------Candidatus_Desulfococcus_oleovorans_Hxd3

! ! ! +-739

! ! ! ! ! +====Desulfatibacillum{1}

! ! ! ! +-700

! ! ! +-770 +====Desulfobacterium{1}

! ! ! ! !

! ! +-853 ! ! +====Syntrophobacter{1}

! ! ! ! ! +-754

! ! ! ! ! +====Syntrophus{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-----Geobacter_FRC_32

! ! ! ! ! +-446

! ! ! ! +-801 +-528 +-----Geobacter_uraniumreducens_Rf4

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-555 +------Geobacter_bemidjiensis_Bem

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +------Geobacter_metallireducens_GS-15

! ! ! ! ! ! +-696 +-478

! ! ! ! ! ! ! ! +------Geobacter_sulfurreducens

! ! ! ! +-826 ! ! !

! ! ! ! ! ! +-760 ! +-------Geobacter_lovleyi_SZ

! ! ! ! ! ! ! +-630

! ! ! ! ! ! ! +-------Pelobacter_propionicus_DSM_2379

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +--------Pelobacter_carbinolicus

! ! ! ! ! !

! ! ! +-847 +====Desulfotalea{1}

! ! +-858 !

! ! ! ! ! +-660=Desulfovibrio{5}

! ! ! ! +-781

! ! ! ! +====Lawsonia{1}

! ! ! !

! ! ! ! +-468=Bacteroides{4}

! ! ! ! +-561

! ! ! ! ! +====Parabacteroides{1}

! ! ! ! +-736

! ! ! ! ! +-----184=Porphyromonas{2}

! ! ! ! +-808

! ! ! ! ! ! +====Cytophaga{1}

! ! ! ! ! +-666

! ! ! ! ! ! +-518=Flavobacterium{2}

! ! ! +-838 +-605

! ! ! ! +====Gramella{1}

! ! ! !

! ! ! ! +====Bdellovibrio{1}

! ! ! +-820

! ! ! +-679=Leptospira{6}

! ! !

! ! ! +====Acaryochloris{1}

! ! ! +-607

! ! ! ! +-------Cyanothece_PCC_7425

! ! ! !

! ! ! ! +====Anabaena{1}

! ! ! ! +-300

! ! ! +-622 +-398 +-Nostoc_sp

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +----Nostoc_punctiforme_PCC_73102

! ! ! ! ! +-537

! ! ! ! ! ! ! +----Cyanothece_ATCC_51142

! ! ! ! ! ! ! +-400

! ! ! ! +-587 +-445 +----Cyanothece_PCC_8801

! ! ! ! ! !

! ! ! +-634 ! +-----Cyanothece_PCC_7424

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Trichodesmium{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +------Synechococcus_PCC_7002

! ! ! ! ! +-504

! ! ! ! ! ! +====Synechocystis{1}

! ! ! +-649 +-594

! ! ! ! ! ! +Synechococcus_elongatus_PCC_6301

! ! ! ! ! ! +-------57

! ! ! ! ! +-569 +Synechococcus_elongatus_PCC_7942

! ! ! ! ! !

! ! ! +-737 ! +====Thermosynechococcus{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Microcystis{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-----Synechococcus_sp._JA-2-3B-a_2-13

! ! ! ! +---342

! ! ! ! +-----Synechococcus_sp._JA-3-3Ab

! ! ! !

! ! ! ! +-Prochlorococcus_marinus_AS9601

! ! ! ! +-113

! ! ! ! +-144 +-Prochlorococcus_marinus_MIT_9301

! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-170 +--Prochlorococcus_marinus_MIT_9312

! ! ! +-768 ! !

! ! ! ! ! +--252 +--Prochlorococcus_marinus_MIT_9215

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +--Prochlorococcus_marinus_MED4

! ! ! ! ! +-432 +-185

! ! ! ! ! ! ! +--Prochlorococcus_marinus_MIT_9515

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +Prochlorococcus_marinus_NATL1A

! ! ! ! ! +-439 +------87

! ! ! ! ! ! ! +Prochlorococcus_marinus_NATL2A

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-----Prochlorococcus_marinus_CCMP1375

! ! ! ! ! ! +-352

! ! ! ! ! ! +-----Prochlorococcus_marinus_MIT_9211

! ! ! ! +-586

! ! ! ! ! +--Prochlorococcus_marinus_MIT9313

! ! ! +-814 ! +---192

! ! ! ! ! ! ! +--Prochlorococcus_marinus_MIT_9303

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +------Synechococcus_CC9311

! ! ! ! ! +-462 !

! ! ! ! ! ! ! +----Synechococcus_CC9605

! ! ! ! ! ! +-385 +-325

! ! ! ! ! ! ! ! +-332 +----Synechococcus_sp_WH8102

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-404 +-370 +-----Synechococcus_CC9902

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +------Synechococcus_WH_7803

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +------Synechococcus_RCC307

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Gloeobacter{1}

! ! ! ! +-738

! ! ! ! +====Nitrosococcus{1}

! ! ! !

! ! ! ! +====Acidobacteria{1}

! ! ! ! +-604

! ! ! ! +-637 +====Solibacter{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-752 +====Acidobacterium{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Opitutus{1}

! ! ! ! +-764

! ! ! ! ! ! +-334=Anaeromyxobacter{4}

! ! ! ! ! ! +-552

! ! ! ! +-774 ! ! +====Sorangium{1}

! ! ! ! ! ! +-612

! ! ! ! ! ! +====Myxococcus{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Pirellula{1}

! ! ! ! +-827

! ! ! ! ! ! +-402=Chloroflexus{3}

! ! ! ! ! ! +-568

! ! ! ! ! ! ! +-399=Roseiflexus{2}

! ! ! ! ! +-714

! ! ! ! ! +====Herpetosiphon{1}

! ! ! ! +-845

! ! ! ! ! ! +-481=Deinococcus{2}

! ! ! ! ! ! +-642

! ! ! ! ! ! ! +--------49=Thermus{2}

! ! ! ! ! ! +-791

! ! ! +-854 ! ! ! ! +====Rubrobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-757

! ! ! ! ! ! ! ! +====Thermomicrobium{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Haloarcula{1}

! ! ! ! ! ! +-805 +-437

! ! ! ! ! ! ! +-448 +====Natronomonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-476 +====Halorubrum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-------31=Halobacterium{2}

! ! ! ! ! ! ! +-502

! ! ! ! ! ! ! ! +====Haloquadratum{1}

! ! ! ! ! ! +-773

! ! ! ! ! ! +====Salinibacter{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Acidothermus{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-407=Frankia{3}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-614 +-551 +====Saccharopolyspora{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-512

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-364=Streptomyces{3}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-533

! ! ! ! ! ! ! ! +-577 +---242=Salinispora{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-654 ! ! +====Nocardioides{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-585

! ! ! ! ! ! ! ! +====Kineococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Thermobifida{1}

! ! ! ! ! ! +-703

! ! ! ! ! ! ! ! +-392=Arthrobacter{3}

! ! ! ! ! ! ! ! +-617

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Kocuria{1}

! ! ! ! ! ! +-735 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-665

! ! ! ! ! ! ! ! ! +--319=Clavibacter{2}

! ! ! ! ! ! ! ! +-534

! ! ! ! ! ! +-753 ! +====Leifsonia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Propionibacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Renibacterium{1}

! ! ! ! +-851 !

! ! ! ! ! ! +-Mycobacterium_JLS

! ! ! ! ! ! +-158

! ! ! ! ! ! ! ! +Mycobacterium_KMS

! ! ! ! ! ! ! +-110

! ! ! ! ! ! +-363 +Mycobacterium_MCS

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +--Mycobacterium_gilvum_PYR-GCK

! ! ! ! ! ! +-428 +-330

! ! ! ! ! ! ! ! +--Mycobacterium_vanbaalenii_PYR-1

! ! ! ! ! ! +-496 !

! ! ! ! ! ! ! ! +----Mycobacterium_smegmatis_MC2_155

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-788 +-547 +------Mycobacterium_abscessus_ATCC_19977T

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Nocardia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-444

! ! ! ! ! ! ! ! +====Rhodococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +---Mycobacterium_avium_104

! ! ! ! ! ! ! ! +-222

! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Mycobacterium_avium_paratuberculosis

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-596 ! +Mycobacterium_bovis

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--41

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Mycobacterium_bovis_BCG_Pasteur_1173P2

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--40

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-427 +--50 +Mycobacterium_bovis_BCG_Tokyo_172

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Mycobacterium_tuberculosis_F11

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--39

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---54 ! +Mycobacterium_tuberculosis_H37Ra

! ! ! ! ! +-792 ! ! ! ! ! ! ! +--37

! ! ! ! ! ! ! +-669 +-511 ! ! ! +Mycobacterium_tuberculosis_H37Rv

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-328 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Mycobacterium_tuberculosis_CDC1551

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Mycobacterium_marinum_M

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +Mycobacterium_leprae

! ! ! ! ! ! ! ! +--------20

! ! ! ! ! ! ! ! +Mycobacterium_leprae_Br4923

+-793 ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +------------Mycobacterium_ulcerans_Agy99

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-716=Corynebacterium{7}

! ! ! ! ! ! +-821

! ! ! ! ! ! ! +-532=Bifidobacterium{5}

! ! ! ! ! +-846

! ! ! ! ! ! +--270=Stenotrophomonas{2}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-510 +Xanthomonas_campestris_8004

! ! ! ! ! ! ! ! +-135

! ! ! ! ! ! ! ! +-190 +Xanthomonas_campestris_ATCC_33913

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-323 +Xanthomonas_campestris_B100

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-655 ! +-Xanthomonas_campestris_vesicatoria_85-10

! ! ! ! ! ! ! ! +-286

! ! ! ! ! ! ! ! +-Xanthomonas_citri

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-----204=Xylella{4}

! ! ! ! ! +-751

! ! ! ! ! ! +Xanthomonas_oryzae_KACC10331

! ! ! ! ! ! +--9

! ! ! ! ! +-----------15 +Xanthomonas_oryzae_MAFF_311018

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +Xanthomonas_oryzae_PXO99A

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Acidiphilium{1}

! ! ! ! ! +-657

! ! ! ! ! ! +====Granulobacter{1}

! ! ! ! ! +-667

! ! ! ! ! ! ! +-----130=Gluconacetobacter{2}

! ! ! ! ! ! +-600

! ! ! ! ! +-749 +====Gluconobacter{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Magnetospirillum{1}

! ! ! ! ! ! +-699

! ! ! ! ! ! +-638=Rhodospirillum{2}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-----Agrobacterium_radiobacter_K84

! ! ! ! ! ! +-465

! ! ! ! ! ! ! +-306=Rhizobium{4}

! ! ! ! ! ! +-482

! ! ! ! ! ! ! +-----Agrobacterium_tumefaciens_C58_Cereon

! ! ! ! ! ! +-493

! ! ! ! ! ! ! +--292=Sinorhizobium{2}

! ! ! ! ! ! +-521

! ! ! ! ! ! ! +-----Agrobacterium_vitis_S4

! ! ! ! ! ! +-570

! ! ! ! ! ! ! +-----Mesorhizobium_loti

! ! ! ! ! ! +-603

! ! ! ! ! ! ! +------Mesorhizobium_BNC1

! ! ! ! ! ! +-616

! ! ! ! ! ! ! ! +-241=Brucella{9}

! ! ! ! ! ! ! +-417

! ! ! ! ! ! ! +====Ochrobactrum{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Azorhizobium{1}

! ! ! +-859 ! +-756 ! +-522

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Xanthobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-715 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-652

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-509=Methylobacterium{6}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-671

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Beijerinckia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-610

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylocella{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-693

! ! ! ! ! +-855 ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-475=Bradyrhizobium{3}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-542

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-460=Rhodopseudomonas{6}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-719 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-619

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-456=Nitrobacter{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-576

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Oligotropha{1}

! ! ! ! ! ! ! +-833 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Dinoroseobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-506

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Roseobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-530

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Ruegeria{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-545 +-486

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Silicibacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Jannaschia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-748 +-609

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Paracoccus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-584

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--335=Rhodobacter{4}

! ! ! ! ! ! ! +-844 ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-435=Caulobacter{3}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-526

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Phenylobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-618

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Hyphomonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-651

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Maricaulis{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-704

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Parvibaculum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-712

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Erythrobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-593

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Novosphingobium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-646 +-583

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Sphingopyxis{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Sphingomonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Zymomonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Magnetococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-----247=Acidithiobacillus{2}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Alkalilimnicola{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-783 +-546

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-681 +====Halorhodospira{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-717 +====Thioalkalivibrio{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-763 +====Thiobacillus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Acidovorax_JS42

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-315

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-527 +====Diaphorobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-538 +====Delftia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------Acidovorax_avenae_citrulli_AAC00-1

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-620

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-483=Polaromonas{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-581

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-621 +====Rhodoferax{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-648 ! +====Leptothrix{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-539

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylibium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Verminephrobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-802 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-727

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-559=Burkholderia{22}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-641

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-747 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cupriavidus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-331

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-386 +-Ralstonia_eutropha_H16

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-713 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-455 +--Ralstonia_eutropha_JMP134

! ! ! ! ! ! ! ! +-823 ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-578 +----Ralstonia_metallidurans_CH34

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----Ralstonia_pickettii_12J

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-457

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----Ralstonia_solanacearum

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Herminiimonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--433

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-766 ! +====Janthinobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-668=Bordetella{5}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Aromatoleum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-579

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-683 +====Azoarcus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-731 +====Dechloromonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Chromobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylobacillus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-761

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---367=Polynucleobacter{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-776

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-494=Nitrosomonas{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-680

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Nitrosospira{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +--346=Aeromonas{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Vibrio_cholerae

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---217

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-650 ! +Vibrio_cholerae_O395

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! +-810 ! ! ! ! ! ! ! ! +-484 +---Vibrio_parahaemolyticus

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-423

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Vibrio_vulnificus_CMCP6

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-464 +-280

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-524 ! +Vibrio_vulnificus_YJ016

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----Vibrio_splendidus_LGP32

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-831 ! ! +Vibrio_fischeri_ES114

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----220

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Vibrio_fischeri_MJ11

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Alteromonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-694 +-562

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------Pseudoalteromonas_atlantica_T6c

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-644

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Colwellia{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-580

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------Pseudoalteromonas_haloplanktis_TAC125

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-673

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-503=Shewanella{19}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-720

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Psychromonas{1}

! ! ! ! ! +-852 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-732

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Marinomonas{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-769

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Idiomarina{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Alcanivorax{1}

! ! ! ! ! ! ! +-775 +-662

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Marinobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-741

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cellvibrio{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-597

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-718 +====Saccharophagus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Hahella{1}

! ! ! ! ! ! ! +-765

! ! ! ! ! ! ! ! +====Chromohalobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! +-730

! ! ! ! ! ! ! +-573=Pseudomonas{16}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +Actinobacillus_pleuropneumoniae_L20

! ! ! ! ! ! ! +-114

! ! ! ! ! ! ! +---127 +Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_3_JL03

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-421 +Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_7_AP76

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-477 +-----Haemophilus_parasuis_SH0165

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-------Haemophilus_ducreyi_35000HP

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +----Actinobacillus_succinogenes_130Z

! ! ! ! ! ! ! ! +-345

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Mannheimia{1}

! ! ! ! ! ! ! +-523 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Haemophilus_influenzae

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-454 +-161

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-169 +Haemophilus_influenzae_86_028NP

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--183 +--Haemophilus_influenzae_PittEE

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-469 +-438 +--Haemophilus_influenzae_PittGG

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Pasteurella{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Haemophilus_somnus_129PT

! ! ! ! ! ! ! ! +---198

! ! ! ! ! ! ! ! +-Haemophilus_somnus_2336

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Citrobacter{1}

! ! ! ! ! ! +-841 ! +-381

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-326=Salmonella{16}

! ! ! +-857 ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-410

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-383=Escherichia{23}

! ! ! ! ! ! ! +-750 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-450

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-297=Klebsiella{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-451

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-419=Enterobacter{2}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-514

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----Erwinia_tasmaniensis

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-540 +-490

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Serratia{1}

! ! ! ! ! ! ! +-806 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------Erwinia_carotovora_atroseptica_SCRI1043

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-535

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-447=Yersinia{12}

! ! ! ! +-842 ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-606

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Proteus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-632

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photorhabdus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-682

! ! ! ! ! ! ! ! +====Sodalis{1}

! ! ! ! ! ! +-830 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-695

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Vibrio_harveyi_ATCC_BAA-1116

! ! ! ! ! ! ! ! +-795

! ! ! ! ! ! ! ! +----308=Shigella{7}

! ! ! ! ! ! +-832 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Candidatus_Ruthia_magnifica_Cm_Calyptogena_magnifica_

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----203

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-777 +----Candidatus_Vesicomyosocius_okutanii_HA

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-813 +====Thiomicrospira{1}

! ! +-856 ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Dichelobacter{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +------277=Neisseria{6}

! ! ! ! ! ! +-840

! ! ! ! ! ! ! +------153=Coxiella{5}

! ! ! ! ! ! +-787

! ! ! ! ! ! +-----224=Legionella{4}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-691=Acinetobacter{7}

! ! ! ! ! +-812

! ! ! ! ! +--489=Psychrobacter{3}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Aliivibrio{1}

! ! ! ! ! +-598

! ! ! ! ! ! ! +---------Lactococcus_lactis_cremoris_SK11

! ! ! ! ! ! +-412

! ! ! ! ! ! +---------Mycoplasma_mobile_163K

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Mesoplasma{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-------Mycoplasma_capricolum_ATCC_27343

! ! ! ! ! ! ! +--291

! ! ! ! ! ! +-701 +-543 +-------Mycoplasma_mycoides

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-779 ! ! +-602 +-----------Mycoplasma_synoviae_53

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Mycoplasma_gallisepticum

! ! ! ! ! ! ! ! +-686

! ! ! ! ! ! ! +-709 +--------72=Ureaplasma{3}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +------------Mycoplasma_penetrans

! ! ! ! ! ! +-726

! ! ! ! ! ! ! +------------Mycoplasma_agalactiae_PG2

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-653 +-Mycoplasma_hyopneumoniae_232

! ! ! ! ! ! ! ! ! +--19

! ! ! ! ! ! ! ! +---------26 +Mycoplasma_hyopneumoniae_7448

! ! ! ! ! +-797 +-676 !

! ! ! ! ! ! ! ! +--Mycoplasma_hyopneumoniae_J

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +------------Mycoplasma_arthritidis_158L3_1

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Aster{1}

! ! ! ! ! ! ! +------59

! ! ! ! ! ! ! +-472 +====Onion{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-575 +----------Candidatus_Phytoplasma_australiense

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-659 +-----------Candidatus_Phytoplasma_mali

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Mycoplasma_pulmonis

! ! ! ! ! ! ! +-743 +-550

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Nanoarchaeum{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------Mycoplasma_genitalium

! ! ! ! ! ! +-778 +--368

! ! ! ! ! ! ! +--------Mycoplasma_pneumoniae

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-----------13=Tropheryma{2}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-430=Anaplasma{3}

! ! ! ! ! ! +-473

! ! ! ! ! ! ! +--233=Ehrlichia{5}

! ! ! ! ! +-811 !

! ! ! ! ! ! ! +-613

! ! ! ! ! ! ! ! +-372=Wolbachia{4}

! ! ! ! ! ! ! +-678

! ! ! ! ! ! ! ! +====Neorickettsia{1}

! ! ! ! ! ! ! +-733

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----167=Orientia{2}

! ! ! ! ! ! ! ! +-677

! ! ! ! ! ! ! ! +---309=Rickettsia{11}

! ! ! ! ! ! +-807

! ! ! ! ! +-816 !

! ! ! ! ! ! ! ! +---321=Borrelia{8}

! ! ! ! ! ! ! +-794

! ! ! ! ! ! ! +------------Candidatus_Amoebophilus_asiaticus_5a2

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Baumannia{1}

! ! ! ! ! ! ! +-564

! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------Candidatus_Blochmannia_floridanus

! ! ! ! ! ! ! ! +-387

! ! ! ! ! +-836 ! ! +-------Candidatus_Blochmannia_pennsylvanicus_BPEN

! ! ! ! ! ! ! ! +-595

! ! ! ! ! ! ! +-796 ! +-463=Buchnera{6}

! ! ! ! ! ! ! ! +-563

! ! ! ! ! ! ! ! +====Wigglesworthia{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +----------Candidatus_Azobacteroides_pseudotrichonymphae_genomovar__CFP2

! ! ! ! ! ! ! +-675

! ! ! ! ! ! ! +-----------uncultured_Termite_group_1_bacterium_phylotype_Rs_D17

! ! ! ! ! +-837 !

! ! ! ! ! ! ! ! +--453=Bartonella{4}

! ! ! ! ! ! ! +-835

! ! ! ! ! ! ! ! +------------Candidatus_Pelagibacter_ubique_HTCC1062

! ! ! ! ! ! ! +-815

! ! ! ! ! ! ! +---379=Francisella{9}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-843 ! +Treponema_pallidum

! ! ! ! ! +------------12

! ! ! ! ! +Treponema_pallidum_SS14

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +---174=Chlamydia{5}

! ! ! ! ! +--418

! ! ! ! ! ! +-366=Chlamydophila{7}

! ! ! ! ! +-817

! ! ! ! ! ! +====Parachlamydia{1}

! ! ! ! +-834

! ! ! ! +====Methylacidiphilum{1}

! ! ! !

! ! ! ! +====Acholeplasma{1}

! ! ! ! +-790

! ! ! ! ! +---------Clostridium_phytofermentans_ISDg

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +--------Alkaliphilus_metalliredigens_QYMF

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-744 +--------Alkaliphilus_oremlandii_OhILAs

! ! ! ! ! ! ! +-636

! ! ! ! ! ! +-722 +====Fusobacterium{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Natranaerobius{1}

! ! ! ! +-809 !

! ! ! ! ! ! ! +--------Clostridium_acetobutylicum

! ! ! ! ! ! ! +-661

! ! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_kluyveri_DSM_555

! ! ! ! ! ! ! ! +-------74

! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_kluyveri_NBRC_12016

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-----Clostridium_beijerinckii_NCIMB_8052

! ! ! ! ! ! ! ! +-415

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_botulinum_B_Eklund_17B

! ! ! ! ! +-786 ! ! +--194

! ! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_botulinum_E3_Alaska_E43

! ! ! ! ! ! ! +-635

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Clostridium_perfringens

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-132

! ! ! ! ! ! +-698 ! +---255 +-Clostridium_perfringens_ATCC_13124

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Clostridium_perfringens_SM101

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_botulinum_A

! ! ! ! ! ! ! ! +-674 +-108

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_botulinum_A_ATCC_19397

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--89

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-156 +Clostridium_botulinum_A_Hall

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_botulinum_B1_Okra

! ! ! ! ! +-746 ! ! ! +-----168 +-142

! ! ! ! ! ! +-688 ! ! ! +Clostridium_botulinum_F_Langeland

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-590 +Clostridium_botulinum_A3_Loch_Maree

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +--------Clostridium_novyi_NT

! ! ! ! ! ! ! +-571

! ! ! ! ! ! ! +-------Clostridium_tetani_E88

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +--------Clostridium_difficile_630

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Finegoldia{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Anoxybacillus{1}

! ! ! ! ! +-516

! ! ! ! ! ! +-406=Geobacillus{2}

! ! ! ! ! +-647

! ! ! ! ! ! +--------Bacillus_halodurans

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +----Bacillus_amyloliquefaciens_FZB42

! ! ! ! ! ! +-369

! ! ! ! ! ! ! +----Bacillus_subtilis

! ! ! ! ! ! +-461

! ! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_ATCC_14580

! ! ! ! ! ! +-488 +----125

! ! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_DSM_13

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-----Bacillus_pumilus_SAFR-032

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_anthracis_Ames

! ! ! ! ! ! ! +-157

! ! ! ! ! ! ! +-173 +Bacillus_anthracis_Ames_0581

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-215 +Bacillus_anthracis_str_Sterne

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +-228 +Bacillus_cereus_AH820

! ! ! ! ! +-697 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-229 +-Bacillus_cereus_ZK

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-230 +-Bacillus_thuringiensis_konkukian

! ! ! ! ! ! ! +-611 ! !

! ! ! ! +-824 ! ! ! ! ! ! +Bacillus_cereus_03BB102

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-196

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-272 +Bacillus_thuringiensis_Al_Hakam

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_cereus_AH187

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-202

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-249 +Bacillus_cereus_Q1

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-293 !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_ATCC_10987

! ! ! ! ! ! ! ! +-639 ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_ATCC14579

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-301 ! +-226

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-254 +-Bacillus_cereus_B4264

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-396 ! +-Bacillus_cereus_G9842

! ! ! ! ! ! +-723 ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +-664 ! ! +-Bacillus_weihenstephanensis_KBAB4

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Bacillus_cereus_cytotoxis_NVH_391-98

! ! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Lysinibacillus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------Bacillus_clausii_KSM-K16

! ! ! ! ! ! ! ! +-624

! ! ! ! ! ! ! ! +====Oceanobacillus{1}

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +====Exiguobacterium{1}

! ! ! ! ! ! ! +-643

! +-849 ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +====Macrococcus{1}

! ! ! ! ! ! +-498

! ! ! ! ! ! +-408=Staphylococcus{19}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-784 +====Enterococcus{1}

! ! ! ! ! +-687

! ! ! ! ! ! +-----199=Listeria{5}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-------Lactobacillus_acidophilus_NCFM

! ! ! ! ! ! +-425

! ! ! ! ! ! ! ! +----Lactobacillus_gasseri_ATCC_33323

! ! ! ! ! ! +-529 +-298

! ! ! ! ! ! ! ! +-----Lactobacillus_johnsonii_NCC_533

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-557 +----------Lactobacillus_helveticus_DPC_4571

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-721 ! ! +--Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus

! ! ! ! ! ! ! ! +------99

! ! ! ! ! ! ! ! +--Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus_ATCC_BAA-365

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! +--------Lactobacillus_brevis_ATCC_367

! ! ! ! ! ! ! +-685 +-519

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Lactobacillus_sakei_23K

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-558

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------Lactobacillus_plantarum

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-544

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Leuconostoc_citreum_KM20

! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-474

! ! ! ! ! ! ! ! +-633 +====Pediococcus{1}

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Lactobacillus_fermentum_IFO_3956

! ! ! ! ! ! ! ! ! +-507

! ! ! ! ! ! +-702 ! ! ! +Lactobacillus_reuteri_DSM_20016

! ! ! ! ! ! ! +-623 +--------43

! ! ! ! ! ! ! ! +Lactobacillus_reuteri_F275_Kitasato

! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +----------Lactobacillus_salivarius_UCC118

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +---Lactobacillus_casei

! ! ! ! ! ! ! +---206

! ! ! ! ! ! ! ! +----Lactobacillus_casei_ATCC_334

! ! ! ! ! ! ! +-582

! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Leuconostoc_mesenteroides_ATCC_8293

! ! ! ! ! ! ! ! +-467

! ! ! ! ! ! +-658 +====Oenococcus{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +---Lactococcus_lactis

! ! ! ! ! ! +----238

! ! ! ! ! ! +---Lactococcus_lactis_cremoris_MG1363

! ! ! ! +-724

! ! ! ! +-591=Streptococcus{38}

! ! +-848

! ! ! +====Aeropyrum{1}

! ! ! +-589

! ! ! ! +====Hyperthermus{1}

! ! ! +-627

! ! ! ! ! +====Desulfurococcus{1}

! ! ! ! ! +-443

! ! ! +-670 +-615 +====Staphylothermus{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Thermofilum{1}

! ! ! +-692 !

! ! ! ! ! +====Ignicoccus{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! +-----------Candidatus_Korarchaeum_cryptofilum_OPF8

! ! ! +-707

! ! ! ! ! +-317=Pyrococcus{3}

! ! ! ! +--371

! ! ! ! +-320=Thermococcus{2}

! ! ! +-725

! ! ! ! ! +====Caldivirga{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +----Pyrobaculum_aerophilum

! ! ! ! ! +-626 +-305

! ! ! ! ! ! ! +-338 +----Pyrobaculum_arsenaticum_DSM_13514

! ! ! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +--354 +-----Pyrobaculum_calidifontis_JCM_11548

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! ! +----Pyrobaculum_islandicum_DSM_4184

! ! ! ! +-705 +-253

! ! ! +-755 ! +====Thermoproteus{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Metallosphaera{1}

! ! ! ! ! ! +-388

! ! ! ! ! ! ! ! +-----Sulfolobus_acidocaldarius_DSM_639

! ! ! ! ! +-458 +-349

! ! ! ! ! ! +-----Sulfolobus_tokodaii

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +--------Sulfolobus_solfataricus

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Picrophilus{1}

! ! ! ! +-501

! ! ! ! +-339=Thermoplasma{2}

! ! ! +-789

! ! ! ! ! +====Archaeoglobus{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Methanococcoides{1}

! ! ! ! ! +-772 +-628

! ! ! ! ! ! ! ! +-384=Methanosarcina{3}

! ! ! ! ! ! ! +-711

! ! ! ! ! ! ! ! +---------uncultured_methanogenic_archaeon_RC-I

! ! ! ! ! ! +-762

! ! ! ! ! ! +====Methanosaeta{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Methanobacterium{1}

! ! ! ! ! ! +-560

! ! ! ! +-785 ! ! +====Methanobrevibacter{1}

! ! ! ! ! ! +-553

! ! ! ! ! ! +====Methanosphaera{1}

! ! ! ! ! +-672

! ! ! +-804 ! ! +-403=Methanococcus{7}

! ! ! ! ! +-771

! ! ! ! ! +====Methanopyrus{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-------Candidatus_Methanoregula_boonei_6A8

! ! ! ! ! +-566

! ! ! ! ! +-608 +-------Candidatus_Methanosphaerula_palustris_E1_9c

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! +-690 +====Methanospirillum{1}

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! +-708 +====Methanoculleus{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! +====Methanocorpusculum{1}

! ! ! +-825

! ! ! ! ! +====Anaerocellum{1}

! ! ! ! ! +---347

! ! ! ! ! ! +====Caldicellulosiruptor{1}

! ! ! ! ! +-745

! ! ! ! ! ! ! +--------Clostridium_cellulolyticum_H10

! ! ! ! ! ! +-689

! ! ! ! ! +-782 +--------Clostridium_thermocellum_ATCC_27405

! ! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +-431=Thermoanaerobacter{3}

! ! ! ! ! +-803

! ! ! ! ! ! ! +====Aquifex{1}

! ! ! ! ! ! ! +-556

! ! ! ! ! ! ! ! +====Hydrogenobaculum{1}

! ! ! ! ! ! ! +-684

! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Persephonella{1}

! ! ! ! ! ! ! ! +-500

! ! ! ! ! ! +-780 +-357=Sulfurihydrogenibium{2}

! ! ! ! ! ! !


! ! ! ! +-818

! ! ! ! ! +====Coprothermobacter{1}

! ! ! ! ! !

! ! ! ! ! ! +------162=Dictyoglomus{2}

! ! +-839 ! ! !

! ! ! ! ! ! +====Fervidobacterium{1}

! ! ! ! ! ! +-548

! ! ! +-799 ! ! +-307=Thermosipho{2}

! ! ! ! +-742 !

! ! ! ! ! ! +-663

! ! ! ! ! ! ! +-588=Thermotoga{5}

! ! ! +-798 +-706

! ! ! ! +====Petrotoga{1}

! ! ! !

! ! ! +====Halothermothrix{1}

! ! !

! ! ! +----------Candidatus_Desulforudis_audaxviator_MP104C

! ! ! +-819

! ! ! ! +------223=Dehalococcoides{3}

! ! ! !

! ! ! ! +====Carboxydothermus{1}

! ! ! ! +-740

! ! ! ! +-758 +====Pelotomaculum{1}

! ! +-829 ! !

! ! ! +-759 +====Moorella{1}

! ! ! ! !

! ! ! ! ! +====Desulfotomaculum{1}

! ! ! +-767 +-728

! ! ! ! ! +====Syntrophomonas{1}

! ! ! ! !

! ! ! +-800 +-----248=Desulfitobacterium{2}

! ! ! ! !

! ! ! ! +====Heliobacterium{1}

! ! +-822

! ! +====Symbiobacterium{1}

! !

! ! +====Arcobacter{1}

! ! +-485

! ! +-599 +====Sulfurimonas{1}

! ! ! !

! ! ! +====Nautilia{1}

! ! +-631

! ! ! +-497=Campylobacter{10}

! ! +-656

! ! +-710 !

! ! ! ! ! +-554=Helicobacter{8}

! ! ! ! +-629

! ! ! ! +====Wolinella{1}

! +-828 !

! ! ! +====Nitratiruptor{1}

! ! +-601

! ! +====Sulfurovum{1}

! !

! +====Elusimicrobium{1}

!

! +====Brachyspira{1}

734-645

! +---------Treponema_denticola_ATCC_35405

!



Documents

Whole-genome based Archaea phylogeny and taxonomy composition vector pproachpower.itp.ac.cn/~hao/SunXuHao_ArchaeaSuppl.pdf · 2017. 3. 10. · Supplementary Material To . Whole-genome