5
!"" #$%% & " ’ The 6 th National Biotechnology Congress of Iran 13-15 Aug, 2009, Milad Tower Conference Hall, Tehran-Iran ! " # $$ % & ’( ) *+ & , ) & - . % ’ # # "() !*+" ,- . /0 12. 3, ,- 45 6 3, 47 5 [email protected] / .’ 8+ 9 . 4 :; Ascochyta rabiei <0 6"( = " ">+ $? 1 ( @ A 5 B8> 8 " CD6 ; E 8+ 9 5 ( !"F8 RAPD G & H D"I 6(J) " ; * . CD6 1+ DNA 1 @ 1 @ E @ KL " % M ( !"F8 &1N" @ O Dice 1 <5 & @ " P + !.6 7 18D6 ; E Q @+61 @RL 31 & 4 $S 1 :; ( @ A. rabiei . CF ;8D T; " ">+ @ . CD6 ; #P !.6 U, 4 1 T 1 E " !"F8 5 ( RAPD 8+ 9 & 5V :; $ W S "6 ".) @5 1 P$ 8+ 9 @ X ) 1N" <Y" " :; R " C E , @U 1 @ Z ( <N2 @ 8+ 9 RAPD . 1 @ Z [+ ( @ 4 X\ & 85D ." $# W S "6 @\- @5 1 RM ]8\U+ X\ *+ B 85D 4 9 . 8+ C E RM X\ ". B + 85D ." 5 ( !"F8 @5 1" RAPD & ^ _ :; B8> A. rabiei + O 1‘ 1 E 8+ @ "8 a ( <N2 ,- :; b A. rabiei " 8+ 9 ( . 4 c "Y ; ( C /(c . 1 " @5 J C., "d+ @ @8U. "+ !"F8 !") bQ " &1 E 0 . 12 3 Ascochyta rabiei 45 64 & & & & RAPD PDF Compressor Pro

Xanthomonas translucens

Embed Size (px)

DESCRIPTION

Xanthomonas translucens

Citation preview

Page 1: Xanthomonas translucens

������������� �������������������������������

�� ���!��"�"���#$%%��� ����������&"����'���The 6th National Biotechnology Congress of Iran��

13-15 Aug, 2009, Milad Tower Conference Hall, Tehran-Iran

���������� ������������������������������������������

�!������"#$$�%�&�'�(�)�*+&��������,�)����&��-.�����%�'#

# ����"�()�!�*�+�"��,-��.�/��0�12�.������ ��3�,� ,-��45����6�3�,���47������5�

[email protected]��

�/�.'

8+��9��������.�������4���:��;�Ascochyta rabiei���<��0����6"(�=������"�"�>+�$?�1����(��@A����5�B�8>����8��

����"����CD�6� ���;�� E����8+��9���������5���� (�� !"�F8�� ���RAPD�G��� &HD"�I���6(�J)������"���������;�

�*���.�CD�61+����DNA�1��� �����@�1��@�E�@�����KL��"%��M�(��!"�F8�����&1N�"���@�����ODice�1��<5�&��@

��"���P��+��!.�6��7�1�8D�6����;��EQ���@+�6�1��@R��L����31��&������4���$S�1����:��;�(��@A. rabiei�.�����CF��

;��8D��T;������"����"�>+���@��.�CD�6����;�#P��!.�6������U,�� �4�1���T1��� E�� �"������� ��!"�F8�� ����5����(

RAPD8+��9����&������5V��:��;��$WS"�6�"�.)�����@5�1P$8+��9����@��X������)�1N�"�����������<Y�"��"�:��;��

R���"���C�E�,����������@U��1��@�����Z�����(��<N�2����@�8+��9��������RAPD�����.���1��@�����Z���[+�(�����@

�������4����X�\����&��������85�D�."��$#WS"�6�@\�-�����@5�1�RM�]�8\U+�X�\�����*+����B�����85�D��������4���9����.�

8+����C��� ERM�X�\����"��.���B����������+���85�D�."�������5����(��!"�F8��@5�1�"����������RAPD���� &�

����������^�����_�:��;�B�8>��A. rabiei�+�O������1�`��1�����E�8+�@��"��8������a��(��<N�2�,-�����:��;�bA.

rabiei��� �"�8+��9���� (���������� .�������4��c������� ��"��Y������;��� (��C�� /(c� .�1��������"�@5�J�C�.�,�����

��"�d+�@��@8U��.��"��+�!"�F8��!"��)�bQ�����"�&1������E��

��

�0.����12�'�3Ascochyta rabiei4���5�6�4��&���� &�������������� &���&RAPD

��

PDF Compressor Pro

Page 2: Xanthomonas translucens

������������� �������������������������������

�� ���!��"�"���#$%%��� ����������&"����'���The 6th National Biotechnology Congress of Iran��

13-15 Aug, 2009, Milad Tower Conference Hall, Tehran-Iran

7�'8�

�����6"(�=�����:��;��e���"�"�>+�Ascochyta rabiei (Pass.) Lab.�8� ��&��������+"��"�"�>+����.����������1����

�����"�@5�(�3��UY�&10�U��G�"���"��.�"�>+�9��4��@���"(���E�8 ����f�8�5�!�������������/.�,��/�;���(��!"�F8��&

��1����ED�R����[���@�����6)�&/.�,��/�;������31��(��������4���*���.�8+��9��������.�M�@,L�������"�:��;�����

1���� E����^�f�2�@�� ������_F�8>�����(���+"�����(��:��;�����.���"�6�g��46�����C��!1� E�U+�����������.�#��

��!.�6�����1+"��+�g��46�!��+���5�(������4 h��Ei�j��������������8+��9����"�����"�������+"��"�:��;�����h��&P��i�.

������h#�iC��@8D�6�3��N�E������"����������:��;�&��5V��A. rabiei�8+��9���������(���c�������"�6��1�E�"�����"

��X�\����8+��9���������:��;�A. rabiei����"��ek��@R��L�����C��@8D�*+�3��N��E�����"�R��M�2������!.�0�1��

����8+��9���������.�������4��������"�:��;�����X�\���� &��������+���85�D�."�����"�4A6�����C �����5���8�����

d���8�1��O�������8�)��"��+�!1��(���4����""�6�E��

�0,�������

�����"���M�2�$?6�@+��+�������@��!"��)�����6"(�=����(��&"�>+��A<�������5�B�8>����8���l���m)�;�����n��&

��� 5�&!��+���5�&/��������.�@��.)�o�����8���.�1�2���"�6��1�E���@+��++�F01M�(��Z^�!1�)�C"�@���-L���

��G�����5�7�1�C��TAWS.�����&1N�"��8^�p.�q�.�2�-������6)�r)�C�5�G(WA)"�6�C�5��1�E�(��Z^#��

�1��(.�����@����1�"�6�s��Y���7��t��g.��@��&@8D��1+1�E ����[���@����CD���@��U�����'��>8��C ��DNA�&

�1�����@.��"�!1��r�>8+������f�.�2�-����C�5�GPotato Dextrose Broth (PDB)"�6�C�5�������"�.�1��G

��"����S������U��@��"��.�����&u��C0������4���#�S;"��"��."���31��@��@,#�����1 *+�(."�6��1�E�'��>8�

DNA�1���(��1��(��Z^����@����U�-��(��:��;�/���GPDB���3(��G����1���"�^�.��V^�3��N�&o��CD�hH�Ei�Z^

����(��5��F��5�.�C��CDNA�1��C[�J�&!1��'��>8����".12��"����@�A���"�/�6�+�+�������[����8�"�6�T���"�.�1

�����5�.�PCR��;�!"�F8��"����CD�6��� EQ�������RAPD�� (�������6(�J)����()�"������ &�HD"�I���6(�J)���

hOPA-02� &OPI-01� &UBC-519&UBC-574� &UBC-736� &UBC-772� &4S� &16S� .�29S� i5�u�����F��.�1+���v�M.�C

V^�����������"����.�r�>8+���)��"�����CD�6����;��Ew�����DNA�Tn2��"��A����.���.�2��8�AW�����.�����D���(���8

PCR 1X� &PAWS����.����X��>�� (�� �8#S�������c���dNTP� &#����.�����6(�J)� (�� �8#S^��� &f����$WS����.����(�� �8

4+)��^�t��T��(���unit/µl�A�&���t��.����(���8MgCl2�AS������.��c����AW#P����.���L,������."�r)��8��8������"�<

������!�*8"�����(Bio-RAD iCycler Ltd, California USA)��"�@��+������.�����;"����"�@,H�U��@��"���.�u�

$A����@Y�`��;"����"�@,H$U��@��"��� &u��;"�t���"�@,$?U��@��"��� &u��;"����"�@,P�U��@��"���.�u�

w���@�2���� +��������A;"����"�@,P�U��@��"�� ��u��(��@�"�6�/�n+��.��1�E6)�f���"���5�.�f�I-��(���W#�x

.�2����1���.���/���4��1��31��@��.�b��C��e���8�.����C0��HS"�6�(��D.�8����C�.��1�E�*��1+������(��"�!1��"�n���

�!�*8"�G����F����D���+ Gel DocumentationhUvi Doc Ltd., Cambridge UK�i��"���Z�01���E�*��1+����

���y2�u������ &!1�)�C1�h#�i��y2�/10���1+����hSi���4D��/�+��"� &Excel"�6�"��.���M�(��!"�F8�� ���.�1��@�����O

Dice�@��+��� �"� &SIMQUAL���4D��/�+� �"�NTSYS-pc����� &��@��+��� (�� !"�F8�� ��� .�@\�-��@�����ZSHAN�g.��.�

UPGMA4n��&���@��Y�@"�6�/�n+���� +��"�.�1��/��6.�1+"�CRAPD�@�����KL��"�&%��x���"�6�T��1h�<��#�Ei

�j���8+��9���������:��;�A. rabiei�^�f���D�(��!"�F8�����"� ���Nei"�6�@\�-���1 h%�Ei��

Q������"�@+�6�1����*�$S�1����:��;�@A. rabiei������"�.�����@+�>�6�G�P;��8D��T;���<������lILC-202�&ILC-

72�&ILC-5928�&ILC-1929�&ILC-194�&ICC-3996�.�PCH-15�"�&�$��C[�J����.�������#S?�z����^���7���"�6��1�E

�(��Z^#A�0�31��(.�����T�.�����!1��"�n6�����(���!�����"�6���1h?� Ei�,����[���@������85�D�@U������4���9�������

PDF Compressor Pro

Page 3: Xanthomonas translucens

������������� �������������������������������

�� ���!��"�"���#$%%��� ����������&"����'���The 6th National Biotechnology Congress of Iran��

13-15 Aug, 2009, Milad Tower Conference Hall, Tehran-Iran

8+����������������� &���@�����Z���31���������4���1��CF���^�f���D�(��!"�F8�� ������@�"� ���Gower\�-���@

"�6��1hA� Ei���������� ��� ��5V��f���D�(�� !1�)�C1��@�����Z��@�����ZRAPD���4D��/�+��"�NTSYS-pc�@��+��� ��� .�

MXCOMP�,���"�6�@U�� +��"�.�1���X�\����C���9�����������4��8+��9����.�����1���"�����@�:��;�A. rabiei�(�������

"�6�1E��

���<��#i�@�����/��6.�1+"�$?�1����B�8>��@A. rabiei��@��+���(��!"�F8����UPGMA�M�.���@�����ODiceh�"��0�GY���*+��+��*+���@������

�1�����@�:��;�A. rabiei��.)�o�������8��(��!1�����m)��;�����n���&�� 5�&!��+���5�&/��������.�@�����8���.�1�2���1����Ei��

��

����9(��:

����(���HD"�I���6(�J)���"�@8D����5�@�� ���������RAPD����6(�J)�&�UBC-772�.�UBC-574����8�����1+�����

����1�`���������1+"��+�1�E$?�1����:��;�@A. rabiei��@�����KL��"%��x�M����.��@�����ODice�@��&P��+��!.�6��7��

(A-G)U,����1+1��Th�<��#�Ei�!.�6A��"������"�������1����86�4��&@��������!.�6���"�"�<�E���!.�6�B�.�F����@����O

���"�P�.�$�1���1+"���@�E������!.�6��(C, D, E, G)��������"�t���1��t�1+"���@�E��*+��8+��9�����������"���<5��

R�������"����C���$$WS�@5�"���P$��)�1N�"�h#P#WS�i8+��9����@��X�������"�R������<Y�"����.�C�P�1N�"�

hS?�WS�i8+��9����@��X����������"��R�����R�����C��"�6���1�E�����"���@+�>�6��"�1R��&#P��!.�6��������8���4��4

"�6��� !.�6� @5� 1������4��� �"��� ���"� ���$�1���*��� @5� @����"� &1+"��� ��8��� ��8�� @�� b�R8���8�5���31���

�������4��"���� E�!.�6�������4�H��"��� ���"������1���� 5���8��(��@�������.�@��.�1�2���$�1������m)���8��(��@����n

;�����&��8����31���������4�����"���������1�8��"����!.�6���E�,��(��Z^������@U��@�����ZRAPD����������@�����Z

�������4����X�\����&����������."����Z$#WS"�6�@\�-���5�{1��@�8+�������g��46����@nY����,,-������"����(����@�

Simillarity of 36 isolates of Ascochyta rabiei

Dice`s Coefficient0.67 0.72 0.76 0.81 0.86 0.91 0.95 1.00

Ar.1 Ar.2 Ar.3 Ar.6 Ar.10 Ar.23 Ar.24 Ar.22 Ar.4 Ar.7 Ar.8 Ar.5 Ar.12 Ar.14 Ar.9 Ar.11 Ar.28 Ar.32 Ar.33 Ar.19 Ar.20 Ar.21 Ar.13 Ar.17 Ar.29 Ar.30 Ar.35 Ar.15 Ar.16 Ar.31 Ar.18 Ar.34 Ar.25 Ar.27 Ar.26 Ar.36

A

B

C D E

F

G

����� ����� ����� ����� ����� ���� �� ���� �� ���� �� ����� ����� ����� ����� ������� ������� ����� ������� ���� �� ����

������� ��ت������ ����� �

������� ��ت������ ���� ��ت��

������� �������

���� ��ت��

������� ���� �� ���� �� ���� �� ��ت��

PDF Compressor Pro

Page 4: Xanthomonas translucens

������������� �������������������������������

�� ���!��"�"���#$%%��� ����������&"����'���The 6th National Biotechnology Congress of Iran��

13-15 Aug, 2009, Milad Tower Conference Hall, Tehran-Iran

h$�&��iRM�X�\����@5�F��������".12����&1+"���!"�5�!1�������85�D�."��"��"�C,��L���E�j��������"����&�M�2�

"�1R���!.�6�������41���"�6�!1�����1���(�����5�����@5�1�C��!1�+�g��46����E ��u������,-�����1��b��@���

���m)���8��;�����n���(����8����31���������4���1������.�����@�8�5�(����8�����8�����31���������4�����"����

�1�����@��������8�������"�����1+"�"����+�� E�1�� (�����@�� ���������4��������8������������/�;���r�>8+��

CU�� !� ��B�8>��bQ���� �"� /.�,�� E��Q�@��5���8+����a��:��;�@5� "�"����+���.d^��A. rabiei�8+��9���� (�����.�

�������4��c���������"��Y�������.�1�����8U�J�/�;��� (������"�@5�"�d+�@��@8U��.���^� ]�8\U+�C�.�,�����1����&1�����

"��+� !"�F8�� E�j���RM�X�\���� ���� B�8+�� 9���� �������������� 9���� .�������4���+� &�� ����(�� !"�F8�� @5� 1�"�

���5������������RAPD���������������^�����_�:��;�A. rabiei��+�O������1�`�1�����E��

��

����'4���; �

1��.���,-��@Uk��(��@��6�3�,���47�������"�()�!�*�+�"�.����5��,-��.�/��0�12�.���/(c�3�+�����@5���� ��3�,

�����C ����D������.d^���������1+"��+�T����"���E��

��

PDF Compressor Pro

Page 5: Xanthomonas translucens

������������� �������������������������������

�� ���!��"�"���#$%%��� ����������&"����'���The 6th National Biotechnology Congress of Iran��

13-15 Aug, 2009, Milad Tower Conference Hall, Tehran-Iran

<����

# ������p� &�D�E�;��� &9� &� E82�D� .�/� &��*8��� E#$%�� ER���8+��9����������<��0�:��;�����6"(�=�����"�>+�

[Ascochyta rabiei (Pass.) Lab.]���"�����5����(��!"�F8�� ���������������RAPD(�.��5����D�.�/��0�@�n��&��.�

\Q�o�����R����&!��h��li�S$� #H$�E��

��� ��U+��v�&E/�&3�Y��&E=�&".��n2�&E'�&"�(�&ER��Q�&�9�&�E+��(�.�/�&�E#$%��E��9���������4���1������@�Ascochyta

rabiei�.���@�n��&!��+���5���8���"�"�>+�/.�,��/�;��������� 6������&$H�l�$S �#$E��

3- Ahmed, H. U., Chang, K. F., Hwang S. F. and Howard, R. J. 2007. Pathogenic diversity of Didymella rabiei isolates from southern Alberta, Canada. Plant Dis. Protect. 114(5):189-195.

4- Chang, K. F., Hwang, S. F., Khadhair, A. H., Ahmed, H. U., Strelkov, S. E., Deyholos, M., Turnbull G. D. and Feng, J. 2008. Molecular diversity of Ascochyta rabiei isolates from chickpea in Alberta, Canada. Plant Pathology J. 7(1): 20-26.

5-�Gower, J.C. 1971E �A general coefficient of similarity and some of its properties. Biometrics 27, 857-

874.�

6- Jan H. and Wiese, M. W. 1991. Virulence forms of Ascochyta rabiei affecting chickpea in the Palouse. Plant Disease 75: 904-906.

7- Navas-Cortés J. A., E. Pérez-Artés, R.M. Jiménez-Diaz, A., Llobell, B.W. Brainbridge and J.B. Heale, 1998. Mating type, Pathotype, RAPDs analysis in Didymella rabiei, The agent of ascochyta blight of chickpea. Tropical Pest Management 28, 61-70.

8- Nei, M. 1973. Analysis of gene diversity in subdivided populations. Proceeding of the National. Academy of Sciences of the United States of America 70, 3321-3323.

9- Raeder P. and A. Broda, 1985. Rapid preparation of DNA from filamentous fungi. Letters in Applied Microbiology 1, 17-20.�

Abstract Genetic and pathogenic diversity in Ascochyta rabiei, the causal agent of ascochyta blight of chickpea, was determined using 36 isolates which were collected from chickpea fields in East-Azarbayjan, Ilam, Kermanshah, Lorestan and Kohkiluyeh-Boyerahmad provinces of Iran. RAPD analysis of genomic DNA was conducted using nine short sequence primers (OPA-02, OPI-01, UBC574, UBC772, UBC519, UBC736, 29S, 16S and 4s), and data were subjected to statistical analysis. The results showed that A. rabiei isolates were belonged to seven clusters in the phylogenic tree. The average genetic similarity among the isolates was 82% based on the UPGMA clustering method and Dice’s coefficient. In a separate studies the interactions between isolates of the fungus with seven differential chickpea lines (ILC-202, ILC-1929, ILC-194, ILC-5928, ILC-72, ICC-3996 and PCH-15) were studied to evaluate their virulence, in order to finding any probable relation between genetic and virulence characteristics. In this regard, pathogenicity of the isolates of A. rabiei was determined and the isolates fell in to 17 distinct groups when they were subjected to virulence assesment. The results indicated that a high level of genetic and pathogenic variability exists among A. rabiei isolates. The correlation between pathogenic and molecular variability of the isolates was 0.31. This finding suggests that molecular RAPD marker, have little value for indicating A. rabiei pathotypes. It can be deduced from the obtained results that there were high level of genetic and virulence variation in the population of A. rabiei in Iran. It would be desirable to use cultivars carrying non-race specific resistance gene to A. rabiei.

PDF Compressor Pro