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Rle du laboratoire demicrobiologie:
prlvements, examen biologique
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Plan
1. Gnralits
2. Diagnostic direct 2.1 Prlvements des produits pathologiques 2.2 Etude des produits biologiques
2.2.1 Bactriologie classique 2.2.2 Recherche dantignes solubles
2.2.3 Mthodes molculaires
3. Diagnostic indirect: srodiagnostic
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Maladies infectieuses
1ire cause de mortalit dans le monde (17millions/an)
Etat pathologique transmissible induit par unagent infectieux:
Organisme vivant: champignons, parasites, bactries
Parasite molculaire: virus, prions
Rsultats dun conflit hte-agent infectieuxaboutissant des lsions chez lhte infect.
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Dfinitions
Bactries saprophytes :
Se nourrissent de matires organiques en dcomposition Bactries de lenvironnement
Bactries commensales : Vivent aux dpens dun autre organisme sans lui causer de dommage
Flore rsidente Effet barrire
Bactries pathognes Pouvoir pathogne : capacit induire des troubles morbides chez lhte
(typhode, cholra, tuberculose)
Li la virulence et la susceptibilit individuelle Flore normale : pneumocoque, mningocoque
Ou non : salmonelle, tuberculose
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Flores bactriennes humaines
Flore cutane:106 bactries
Bactries grampositif(staphylocoques,corynbactries)
Flore oro-pharynge:
109
bactriesAnarobies,streptocoques,Haemophilus,Neisseria
Flore digestive:1014 bactries
Anarobies,entrobactries,entrocoques
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Diagnostic dune maladie
bactrienne1. Clinique
Signes gnraux
Signes spcifiques
2. Examens complmentaires
Radiologiques
Biologiques
3. Diagnostic de ltiologie de la maladie bactrienne
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Diagnostic de ltiologie de la
maladie bactrienne
1. DIAGNOSTIC DIRECT ou bactriologique:
- Dtecter la bactrie ou ses constituants (protines,polyosides, acides nucliques)
- Isoler en culture et identifier le genre et lespce decette bactrie
2. DIAGNOSTIC INDIRECT ou srologique:
- Dtection dune rponse immunitaire spcifique de labactrie suspecte
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Plan
1. Gnralits
2. Diagnostic direct 2.1 Prlvements des produits pathologiques 2.2 Etude des produits biologiques
2.2.1 Bactriologie classique 2.2.2 Recherche dantignes solubles
2.2.3 Mthodes molculaires
3. Diagnostic indirect: srodiagnostic
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Prlvements des produits
pathologiques Guids par la symptomatologie et lexamen clinique
O ? : dans les organes cibles (LCR, abcs profonds, panchements...) dans le sang au cours de la dissmination la porte d'entre cutano-muqueuse toujours recherche
Quand ? le plus tt possible,
avant l'antibiothrapie
Comment ? Strilement
Transport rapide au laboratoire
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Prlvements cutano-muqueux
Prlvements des produits
pathologiques
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Urines (ECBU) Toilette soigneuse de la rgion vulvaire ou du gland Recueil du 2imejet dans un pot strile Acheminement rapide au laboratoire ou conservation
4C
Prlvements des produits
pathologiques
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Prlvements pulmonaires
Crachats (ECBC)
Le matin au rveil, aprs rinage bucco-dentaire Effort de toux (les crachats salivaires sont liminer)
LBA (Lavage Broncho-Alvolaire)
PDP (Prlvement Distal Protg)
Prlvements des produits
pathologiques
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Selles (coproculture)
Il faut distinguer Coproculture standard la recherche de Salmonella,
Shigella,Yersinia, Campylobacter Coproculture la recherche de BMR
Coproculture la recherche de Clostridium difficile
Ecouvillonnage rectal si pas de selles
Prlvements des produits
pathologiques
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Pus ou liquides dpanchements
Foyers infectieux ouverts (contamination par la florecommensale) ou infections fermes
Seringue strile ou couvillon
Si recherche danarobies: milieux spcifiques(Portagerm ou flacon dhmoculture anarobie)
Prlvements des produits
pathologiques
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LCR (Liquide Cphalo-Rachidien) Urgence absolue en cas de suspicion de mningite Transport urgent +++
Prlvements des produits
pathologiques
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Hmocultures Une hmoculture = un flacon arobie + un flacon
anarobie Prlvement veineux strile Indications
Hyperthermie >38,5 C
Hypothermie
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Plan
1. Gnralits
2. Diagnostic direct 2.1 Prlvements des produits pathologiques 2.2 Etude des produits biologiques
2.2.1 Bactriologie classique 2.2.2 Recherche dantignes solubles
2.2.3 Mthodes molculaires
3. Diagnostic indirect: srodiagnostic
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Etude des produits biologiques Bactriologie classique
Examen macroscopique
Examen microscopique Mise en culture Identification antibiogramme
Recherche dantignes solubles
Mthodes molculaires
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Examen macroscopique
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Examen microscopique: examen
direct Examen cytologique
quantitatif ou semi-quantitatif (leucocytes, hmaties)
qualitatif (type de cellules, MGG)
Examen bactriologique
tat frais (mobilit)
coloration
Information au clinicien
Choix des milieux de culture
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Diffrentes techniques de coloration
des bactries Coloration universelle : coloration au bleu demthylne
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Coloration de Gram
Information rapide et mdicalement importante, carpouvoir pathogne et sensibilit aux antibiotiques trsdiffrents
4 groupes: Bactries Gram positif (bleu)
Bactries Gram ngatif (rose)
Bactries sans paroi (non colorables) Bactries non colorables par la mthode de Gram (mycobactries,
trponmes)
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Composition de la paroi en fonction
des espces ou du groupe bactrien
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Cocci Gram positif
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Bacilles Gram positif
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Cocci Gram ngatif
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Bacilles Gram ngatif
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Colorations particulires
(bactries non colorables par la mthode de Gram)
Mycobactries
Non colorables par lamthode de Gram
Treponema pallidum
Agent de la syphilis
Non cultivable
Ziehl-Neelsen
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Conclusion J0
Arguments diagnostiques de forteprsomption
Mise en route d'une thrapeutique adapte
Culture et isolement de l'agent causalessentiels : identification et sensibilit auxantibiotiques
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Cultures des produits biologiques
Diffrents milieux de culture Milieux solides/liquides Milieux plus ou moins enrichis
Diffrents types de culture Qualitative identification
Quantitative numration bactrienne (Urines,prlvements pulmonaires)
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Diffrentes conditions dincubation (anarobiose,ajout de CO2,)
Diffrents dlais dincubation (24h 48h engnral)
Choix fonction des renseignementscliniques, du type de prlvement et delexamen direct
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Type respiratoire : culture en arobiose et/ou enanarobiose
Aspect des colonies
Prsence d'une hmolyse (alpha, bta)
Tests dorientation : tat frais, Gram, oxydase,catalase, srogroupage
Analyse qualitative des bactries
isoles
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Prlvements uni- ou pauci-microbiens
Analyse qualitative des bactries
isoles
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Prlvements plurimicrobiens
Analyse qualitative des bactries
isoles
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Conclusion 24h ou 48h
(bactries usuelles)
Identification prsomptive
Staphylocoque Streptocoque Bacille Gram - Anarobie
- coagulase ngative
- dor
--hmolytique
--hmolytique groupage
- non hmolytique
- entrobactrie
- oxydase + pyocyanique
- typeHaemophilus sp.
-
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Identification dfinitive
Proprits biochimiques (mtabolismerespiratoire, glucidique, enzymatique): galeriesadaptes
Constituants antigniques (agglutination)
+/- biologie molculaire
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Interprtation
Prlvements monomicrobiens:
provenant de sites normalement striles (sang, urine, LCR,tissus...)
dinterprtation assez facile Examen direct capital, rapide, trs informatif
Prlvements polymicrobiens:
du revtement cutano-muqueux avec flore commensale(gorge, selles, vagin, peau) diagnostic plus difficile: reprer une bactrie pathogne au
milieu de bactries commensales souvent trs abondantes Examen direct peu contributif
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Antibiogramme
Dtermination de la sensibilit des bactries auxantibiotiques
Fonction de lespce bactrienne et de lacquisition demcanismes de rsistance aux ATB
Adaptation dutraitement antibiotique
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Recherche dantignes solubles
Avantages : prcocit, simplicit, rapidit, diagnostic
tardif Sensibilit variable
Urines : pneumocoque, Legionella pneumophila
LCR Selles : toxines de Clostridium difficile
Inconvnient : pas disolement de la bactrie
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Exemple : antignurie
Legionella pneumophilatype 1
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Nouvelles techniques de diagnostic
par biologie molculaire La bactriologie traditionnelle peut tre prise
en dfaut:
Culture impossible (traitement antibiotique pralable,Treponema) Culture trop complexe (Chlamydia trachomatis) Culture trop lente par rapport lurgence
(Mycobacterium tuberculosis, Neisseria meningitidis, )
On utilise alors lamplification gnique par PCR(Polymerase Chain Reaction) de squencesbacteriennes.
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Arbre phylogntique
extraction Taq pol
PCR(20 - 60 cycles)
Bactrie
Biopsie tissulaire
lectrophorse
M.W.
1 2
ADN
Banquede donnes
squenage
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Diffrents types de PCR: PCR universelle: dtection et identification des
microorganismes dans les prlvements
biologiques ou aprs isolement (ARN 16S)
PCR spcifique: dtection et identification dune espce bactrienne
partir de prlvements biologiques ou aprsisolement (gne spcifique despce)
Epidmiologie: dtection de gnes de rsistance oude virulence
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Plan
1. Gnralits
2. Diagnostic direct 2.1 Prlvements des produits pathologiques 2.2 Etude des produits biologiques
2.2.1 Bactriologie classique 2.2.2 Recherche dantignes solubles
2.2.3 Mthodes molculaires 3. Diagnostic indirect: srodiagnostic
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Serodiagnostic
Indications: Infection due une bactrie croissance difficile ou
impossible
Infection dcapite par les antibiotiques Diagnostic rtrospectif dune infection rcente
tudes pidmiologiques : sroprvalence
Principe: les bactries expriment des antignes(Ag), qui induisent une rponse immunitairespcifique (apparition danticorps)
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Cintique de production des Ac
IgM
IgG
semaines mois annes
Titre desanticorps
temps
Exposition lagentinfectieux
Rponse diffre(8-10 j)
Ac spcifiquesIgG/IgM
Rexposition lagentinfectieux
Ascensionimmdiate
Ac spcifiques IgG
Taux rsiduel bas
Taux rsiduel lev
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Principales srologies bactriennes
Bactries responsables dinfections pulmonaires Chlamydia pneumoniae
Legionella pneumophila
Mycoplasma pneumoniae
Bactries responsables dinfections gnitales Chlamydia trachomatis
Treponema pallidum
Bactries responsables de maladies dissmines difficiles cultiver
Brucellose
Maladie de Lyme
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Conclusion : diagnostic
dune maladie bactrienne
Faisceau darguments clinico-biologiques Examen direct parfois suffisant
Diagnostic indirect parfois seul recours enroutine
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