Gérer sa bibliographie et ses pdfs avec Zotero
Pour ne plus être dans cette situation
Dernière mise à jour : 07/07/2015 - Auteur : Frédérique Flamerie
Rappels sur la bibliographie
Outils pour rédiger une bibliographie • des données fiables et complètes • un style bibliographique • un logiciel de gestion de bibliographie
Par DrJohnBullas Source Flickr
Qu’est-ce qu’un style bibliographique? Les styles définissent la façon dont les éléments
bibliographiques (citations et bibliographie) d’un document doivent être organisés et formatés.
2 types de style principaux : • le système dit de « Vancouver » : citations numériques
les références dans la bibliographie sont classées par ordre d’apparition dans le texte
Ex : Vancouver, IEEE, ACS, Nature, Science • le système dit de « Harvard » : citations « auteur-date »
les références dans la bibliographie sont classées par ordre alphabétique d’auteur
Ex : AGU, Council of Science Editors Voir : Guides de l’université de Murdoch
Rappels sur la bibliographie
• Logiciel libre/propriétaire • Formats d’import et d’export
disponibles • Styles bibliographiques fournis
(et possibilité d’en créer de nouveaux)
• Possibilité d’importer depuis différentes sources bibliographiques
• Capacité de la base • Outils de recherche et de tri
dans les bibliothèques de références
Critères de comparaison et de choix d’un logiciel de gestion bibliographique
Plug-in Firefox, open source, gratuit, et extensible
Version Standalone compatible avec Safari et Chrome - limite : gère mal l’accès distant (cf. infra)
Compatible avec d’autres logiciels de gestion bibliographique : import/export de références en BibTex, RIS, etc.
Plug-in d’interface directe avec le traitement de texte Word, LibreOffice et OpenOffice
Stocker et gérer :
• des références bibliographiques = des documents
• les documents qu’elles décrivent = des fichiers joints
• des captures de pages Web
• des liens vers des pages Web
Zotero : présentation générale
Terminologie Zotero
Zotero : Zotero ou Zotero Standalone?
Source : La boîte à outils des historiens - http://www.boiteaoutils.info/2012/05/zotero-version-firefox-ou-stand-alone.html Voir aussi : http://forums.zotero.org/discussion/21623/zotero-30-for-firefox-vs-zotero-standalone
Collecter des documents depuis des catalogues de bibliothèques, des bases de données en ligne, des sites internet, des pdfs, etc.
Gérer et organiser les documents par : • dossiers et sous-dossiers (Collections) • marqueurs (Tags) • recherches dans les documents
Générer des bibliographies, gérer les appels de citation et la bibliographie d’un document
Créer un compte en ligne et synchroniser sa bibliothèque Zotero
Partager des références bibliographiques
Zotero : fonctionnalités principales
Zotero +
Zotero++
1.Installer et configurer Zotero
2.Collecter des documents
3.Gérer ses documents et ses pdfs
4.Exploiter ses documents
5.Compléments divers
Gérer sa biblio avec Zotero en 2h
By Alexandra Guerson Source : Flickr
1.Installer Zotero
Les possibilités de téléchargement sont proposées en fonction du navigateur utilisé (seulement Zotero Standalone et l’extension Chrome pour Chrome par exemple)
1. Les 4 zones
Organiser les documents : collections, marqueurs et recherches sauvegardées
Liste des documents
Détails du document sélectionné
Barre d’outils
1. Configurer Zotero Apparence + divers
Synchronisation : compte, réinitialisation, etc.
Indexation des fichiers pdf et statistiques
Citation rapide
Plug-ins Word/OpenOffice et styles bibliographiques
Emplacement des données, raccourcis clavier, intégrité de la base, encodage des caractères, résolveur de liens
1.Configurer Zotero
Joindre automatiquement les fichiers PDF associés… = uniquement sur les plateformes (ScienceDirect, IEEEXplore, ACS, etc.) et pour les revues et e-books acquis par la BUPMC ou en libre accès
Un paramètre caché vous permet de choisir le type de PDF ACS téléchargé
Il doit être ajouté manuellement
• taper about:config dans la barre d’adresse de Firefox
• clic-droit > Nouvelle > Nombre entier
• Saisir le nom entier : extensions.zotero.translators.ACS.highResPDF et indiquer la valeur souhaitée
1.Configurer Zotero : pour les chimistes
Voir : http://www.zotero.org/support/preferences/hidden_preferences#translator_preferences
Indiquer le résolveur de liens de la BUPMC pour fiabiliser l’accès au texte intégral et accéder au menu SFX depuis votre bibliothèque Zotero
1.Configurer Zotero : SFX
http://sfxeu06.hosted.exlibrisgroup.com/33UPMC
1.Configurer Zotero : SFX
Menu SFX
1. Configurer Zotero : SFX
Rechercher dans la bibliothèque est l'une des options du menu déroulant du bouton Zotero. Depuis la page d'un article, vous générez ainsi le menu SFX sans avoir à enregistrer le document dans votre bibliothèque Zotero.
Source : Stillman D. Zotero 4.0.27: Streamlined saving, easier bibliography language selection, and more. Zotero Blog, 2015
2. Collecter des documents
Recherche d’une document par son identifiant (DOI, etc.)
2 4 3 2
Saisie manuelle d’une document : différents types de disponibles
3
4
Import d’un fichier
1 Collecte en ligne
1
Récupérer les métadonnées d’un pdf
5
Les éléments à sélectionner correspondent à ceux affichés sur la page en cours Pour récupérer tous les résultats d’une requête : • Modifier les paramètres d’affichage des résultats (20 per page à 50
ou 100 per page) ou • Créer un fichier .ris (ou.bib) puis l’importer dans Zotero
2.1 En ligne
2.1 En ligne
Si l’enregistrement échoue ou si vous souhaitez importer un grand nombre de documents,
Pour le Web of Science, choisir le format Plain Text
Si l’on a choisi dans les Préférences « Utiliser Zotero pour les fichiers RIS/Refer téléchargés », l’import d’un fichier RIS dans Zotero se fera automatiquement
il reste toujours possible d’exporter un fichier au format RIS ou BibTex, que l’on importera ensuite dans Zotero, ou dont on copiera le contenu pour utiliser l’import depuis le presse-papiers de Zotero
1 Choisir les références et générer le fichier Plain Text
2 Ouvrir le fichier généré, Ctrl+A et Ctrl+C pour sélectionner et copier tout le contenu
3 Importer depuis le presse-papiers
2.1 En ligne
2.2 Import de fichier Fichier de références dans un format spécifique, obtenu par
export d’EndNote ou d’une base de données biblio non compatible Zotero
A réserver aux documents dont les références sont introuvables dans une base de données
Choisir le type de doc. à décrire
Compléter les champs, variables en fonction du type de document
2.3 Saisie manuelle
2.4 Rechercher un document par son identifiant
Sources : WorldCat pour les ISBN (livres), CrossRef pour les DOI et bien sûr PubMed pour les PMID. NB import par ISBN : données souvent incomplètes
Saisir plusieurs identifiants : • séparés par Shift+Entrée • ou copie d’un fichier multi-lignes
2.4 Rechercher un document par son identifiant
2.5 Récupérer les métadonnées du PDF
Ajouter les PDF à la Bibliothèque Zotero en les faisant glisser depuis leur emplacement d’origine
Si Zotero trouve les métadonnées correspondant au PDF, il crée un nouvel élément, auquel il rattache le pdf
clic droit, installer pdftotext et pdfinfo la 1ère fois
2.5 Récupérer les métadonnées du PDF
3. Gérer ses documents
1
Affichage et tri
2
3
4 Collections Recherches
Marqueurs 5 Gérer ses PDF
3.1 Affichage et tri des documents
Définir les champs d’affichage (i. e. les critères de tri) des documents
3.2 Collections
a) Un document peut être classé dans plusieurs collections, mais il existe en un seul exemplaire dans la bibliothèque (i. e. collections = vues différentes sur un document unique)
b) Ajouter un document à une collection : glisser-déplacer le doc dans la nouvelle collection
c) Déplacer un document d’une collection à une autre : glisser-déplacer + Shift (Cmd pour Mac) le doc dans la nouvelle collection
clic droit
glisser ≠ copier
glisser ≠ déplacer
Créer des collections et des sous-collections (glisser-déplacer les dossiers pour créer une arborescence)
Pour savoir dans quelles collections un document est classé, le sélectionner et cliquer sur Ctrl (ou Alt pour Mac) : les collections dans lesquelles il est classé apparaîtront en sur-brillance
3.2 Collections
Par défaut, les collections de Zotero ne sont pas récursives, i. e. les documents d'une sous-collection n'apapraissent pas dans la collection supérieure. Modifier ce paramètre : • saisir about:config dans la barre d'adresse de Firefox, • chercher extensions.zotero.recursiveCollections, • indiquer la valeur true.
Collections utilitaires
Repérer les doublons et les fusionner
Repérer les documents non classés
Le contrôle de doublon se fait sur le titre, le DOI et l’ISBN
3.2 Collections
Marqueurs du document sélectionné
Tous les marqueurs
3.3 Marqueurs
Marqueur = doit être créé dans un document
Créer plusieurs marqueurs simultanément en les séparant par Shift+Entrée ou par copie d’un fichier multi-ligne
Filtre sur un marqueur : afficher uniquement les documents comportant ce marqueur
Appliquer un marqueur à un ensemble de documents : glisser-déplacer les documents sur le marqueur
By KTVee Source : Flickr
3.3 Marqueurs
Clic droit : • renommer un marqueur • le supprimer (mise à jour automatique dans les documents) • attribuer une couleur et un raccourci clavier à un marqueur : le
raccourci clavier permet d’ajouter et de retirer un marqueur à un document
Un marqueur auquel on a attribué une couleur n’est pas supprimé automatiquement lorsque le dernier document le comportant est supprimé
3.3 Marqueurs
1. Définir les critères de recherche
2. Enregistrer et nommer la recherche
3.4 Recherche dans la bibliothèque
• Chaque champ ne doit contenir qu’une chaîne de caractères
• Si la recherche porte sur un seul critère, afficher un seul champ et ne pas laisser de champ vide
3. Relancer la recherche
3.5 Gérer ses PDF (et tous ses fichiers)
Par : Dennis Skley - BY-ND – Source : Flick’r
Ajouter dans le document un lien vers le fichier pdf du texte intégral stocké sur le disque dur
3.5 Gérer ses PDF
Copier le fichier pdf sélectionné dans un répertoire du dossier système de Zotero (possibilité de définir ce répertoire dans les Préférences):
› fichier non accessible par l’explorateur Windows, › mais lien plus pérenne, › possibilité de chercher dans le texte intégral › + qqs autres aspects (notamment synchronisation)
Il vaut mieux copier le fichier que joindre un lien vers le fichier
Autre possibilité :
• copier = glisser-déplacer
• déplacer = glisser-déplacer + Shift (Cmd pour Mac)
le fichier depuis son emplacement, en l’attachant (ou non) à un document
NB pas attaché = pas citable
3.5 Gérer ses PDF
• Faciliter la gestion des fichiers attachés : attachement du dernier fichier téléchargé, renommage automatique des fichiers, enregistrement des pdfs dans un dossier déterminé, etc. • Synchroniser les pdfs avec un IPad ou une tablette • Extraire les annotations d’un fichier joint et les intégrer dans une note
3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile
Enregistrer le fichier .xpi
Utiliser Zotfile avec Zotero Standalone
3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile
Enregistrer le fichier .xpi
Utiliser Zotfile avec Zotero Standalone
Installer l’extension dans Zotero Standalone
Utiliser Zotfile avec Zotero Standalone
1
2
3
3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile
• Paramètres généraux : définir l’emplacement du dossier source et des fichiers • Paramètres des tablettes : synchronisation avec un iPad ou une tablette • Règles de renommage : définir le schéma de renommage des fichiers • Paramètres avancés : options des annotations, options de renommage (types de pièce jointe, renommage automatique, etc.)
3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile
Vocabulaire %a - noms des auteurs %I - initiales de l’auteur %F - nom de l’auteur et 1ère lettre de son
prénom (i.e. EinsteinA) %A - 1ère lettre de l’auteur %y - année (extrait du champ date) %t - titre %T - type de document % h - titre abrégé %j - titre de la revue %p - nom de l’éditeur %w - titre de la revue ou nom de l’éditeur %s - titre de la revue abrégé %v - volume %e - numéro %f - pagination %n - numéro de brevet (que pour les brevets) %i - détenteurs (que pour les brevets) %u - date de publication (que pour les brevets) %c collection (uniquement pour les sous-
dossiers, non pour les fichiers). Si un document est classé dans plusieurs collections, l’utilisateur choisira celle à utiliser pour le classement du fichier
Séparateur pour Windows : \ Séparateur pour Mac et Unix : /
3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile
Syntaxe {…} : groupe optionnel |: joker exclusif Ex: {%a}{-%y}{-%j (%s)} = Abbott-1990-American Journal of Sociology (AJS) si"%j" ou "%s" est vide = Abbott-1990 {%a-}{%y-}{%s|%j} = Abbott-1990-AJS si "%s" est vide = Abbott-1990-American Journal of
Sociology
3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile
• Pour exploiter ses pdfs en dehors de Zotero, on peut paramétrer leur enregistrement automatique dans un répertoire déterminé (un lien est alors créé dans le document).
• Pour déplacer des fichiers joints déjà enregistrés dans Zotero, il suffit de lancer le batch de renommage (cf. diapo suivante).
Ne pas déplacer ni renommer les répertoires ou sous-répertoires ou fichiers, sinon les liens avec les documents dans Zotero seront rompus
Séparateur pour Windows : \ Séparateur pour Mac et Unix : /
3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile
Clic droit • Joindre un nouveau fichier : attacher le dernier fichier téléchargé dans un dossier défini • Gérer les pièces jointes : renommer et/ou déplacer les fichiers joints, extraire les annotations des pdfs
3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile
4. Exploiter les documents
1. LaTeX
2. Générer une bibliographie
3. Citation rapide
4. Plug-in traitement de texte
Auteur : Evil Erin - Source : Flickr
4.1 et Zotero vous permet de créer une véritable base de données de vos
références bibliographiques (et bien plus) Références que vous pouvez ensuite exploiter avec LateX, puisque Zotero
gère les imports/exports en BibTex
clic droit, « Exporter les documents sélectionnés »
Zotero génère le type, les champs et la clef : nom de l’auteur_mot du titre_date
En savoir plus : cours du MIT et de l’EPFL
AutoZotBib › alimenter automatiquement un fichier .bib › choisir les éléments constitutifs de la clef
générée automatiquement par Zotero › ce plug-in peut ralentir considérablement le
fonctionnement de Zotero
Zotero autoexporting › alimenter automatiquement un fichier .bib › exporter toute sa bibliothèque ou seulement des
collections ou recherches sauvegardées déterminées
Zot2Bib alimenter automatiquement un ou plusieurs documents
BibDesk
Zotero Better Bib(La)Tex › gérer les clefs : définies manuellement dans le champ
“Extra” des documents Zotero, et/ou générées automatiquement
› glisser-déplacer des citations dans un éditeur LaTeX › exporter automatiquement toute sa bibliothèque ou
seulement des collections déterminées › etc.
4.1 et
4.2 Style de la bibliographie Préférences > Citer > Styles
Désinstaller un style
Sélectionner les documents (triées au préalable le cas échéant) ou la collection, clic droit « Créer une bibliographie à partir des éléments sélectionnés », choisir le style bibliographique, la langue et le format d’enregistrement du fichier
4.2 Générer une bibliographie
4.3 Citation rapide Insérer rapidement une citation et 1 créer une bibliographie
par glisser-déplacer, ou 2 insérer seulement l’appel de citation en appuyant sur Shift
• Paramétrer le style bibliographique et la langue dans Préférences > Exportation
1
2
4.4 Installer le plug-in Word ou Libre Office
Préférences > Citer > Traitements de texte
4.4 Plug-in Word/OpenOffice
• Insérer et modifier des citation
• Insérer et modifier une bibliographie
• Choisir le style bibliographique, la langue et la place des notes (bas de page et/ou fin du document, en fonction des styles)
• liste à définir dans les Préférences>Citer
• Possibilité de stocker les documents dans le fichier pour le partager avec d’autres utilisateurs
Insérer une citation
L’abréviation automatique est proposée uniquement pour les styles prescrivant d’utiliser les titres abrégés de revue.
Chercher et insérer la citation
4.4 Plug-in Word/OpenOffice
Fenêtre classique = navigation dans la bibliothèque
4.4 Plug-in Word/OpenOffice
Autres fonctionnalités
Générer une bibliographie à partir de tous les éléments référencés (NB : si le style le prévoit)
Modifier une citation
Refresh : mise à jour des citations et de la bibliographie
Afficher les préférences du document pour changer le style bibliographique
Modifier la bibliographie
Enlever les codes de champ (irréversible)
4.4 Plug-in Word/OpenOffice
Raccourcis clavier (Word - Windows)
Libre Office et Mac + modifier les raccourcis clavier, voir : https://www.zotero.org/support/word_processor_plugin_shortcuts
Alt+Ctrl+d
4.4 Plug-in Word/OpenOffice
Alt+Ctrl+e Alt+Ctrl+a
Alt+Ctrl+r Alt+Ctrl+p
Alt+Ctrl+b
5.Compléments divers
Auteur : Sam Hames - source : Flickr
5.Supprimer une bibliothèque Zotero et en commencer une nouvelle
Fermer Firefox
Supprimer
• le fichier zotero.sqlite
• le dossier storage
5. Les modules complémentaires de Zotero
En plus de • ZotFile • Zotero Better Bib(La)Tex
Beaucoup d’autres modules • Zutilo : ensemble de macros pour gérer les
marqueurs, modifier le chemin des fichiers attachés, etc.
• Zotero QuickLook : pour les utilisateurs de Mac OSX, permet de visualiser les notes et les fichiers attachés avec QuickLook - compatible avec Windows et Linux (mais peu convaincant sur Windows) moyennant l’installation d’un autre logiciel - vidéo de démo
• liste complète sur le site Zotero et sélection sur le blog The Zoteroist
By Alexandra Guerson Source : Flickr
5. Zotero, les smartphones et les tablettes
Source (et cours complet) : Harvard Kennedy School Library and knowledge services
Et aussi
5. Ce que fait EndNote et ne fait pas Zotero Modifier par lots, par ex. modifier
ou ajouter un auteur dans plusieurs notices à la fois
Autoriser des bibliographies multiples, par ex. une pour les sources primaires et une pour les sources secondaires
Créer un lien hypertexte entre un appel de citation et la référence correspondante dans la bibliographie
Et encore d’autres choses… qui ne vous manqueront pas forcément si vous n’avez jamais utilisé EndNote!
By Alexandra Guerson Source : Flickr
5. Migrer d’EndNote à Zotero
Procédure sur le site de l’EPFL : http://flashinformatique.epfl.ch/spip.
php?article2618
Aide sur le support et le forum Zotero (notamment pour le transfert des fichiers pdfs joints) :
http://www.zotero.org/support/kb/importing_records_from_endnote http://forums.zotero.org/discussion/25117/endnote-ris-with-attached-pdfs-code-suggestion http://forums.zotero.org/discussion/5311/importing-endnote-libaray-including-pdf-attachments
By Alexandra Guerson Source : Flickr