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DIRECTION SCIENTIFIQUE DES LABORATOIRES
Programme de travail
des laboratoires
pour l’année 2014
Laboratoire de sécurité des aliments Site de Maisons-Alfort
Site de Boulogne-sur-Mer
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Le laboratoire
La "sécurité des aliments" ou "sécurité sanitaire des aliments" est la garantie de l'innocuité des produits
alimentaires, c'est-à-dire que leur consommation n'aura pas de conséquences néfastes sur la santé. Les
activités scientifiques du laboratoire doivent permettre d'avancer vers la connaissance de la nature des
contaminants des aliments, leur mode d'action, leurs répercussions sur la santé et finalement vers une
politique de prévention.
Le Laboratoire apporte à la décision publique une expertise scientifique à la fois généraliste sur la sécurité
sanitaire des aliments, mais aussi plus spécifique sur certaines filières de transformation (lait et produits
laitiers, produits de la pêche).
Il intervient sur l’identification, la surveillance et l’analyse des risques des principaux dangers alimentaires:
• les dangers microbiologiques liés aux matières premières, aux conditions de production et de préparation des denrées; • les dangers physico-chimiques présents dans l’environnement ou générés par les procédés agro-industriels
Le laboratoire met tout en œuvre pour que ces missions de référence se réalisent dans les meilleures conditions et que les objectifs fixés par nos mandants (DGAL-Direction générale de l’alimentation du Ministère chargé de l’agriculture, DG Sanco-Direction générale Santé et Consommateurs de la Commission européenne) soient réalisés.
La surveillance est une étape indispensable dans l’objectif de devancer les crises et les alertes. Le laboratoire s’inscrit dans cet objectif et participe activement à la mise en place de plans ou de réseaux de surveillance sur les dangers pour lesquels il est référent. L’amélioration des dispositifs de surveillance passe par l’amélioration de la qualité des données (réseaux qualifiés, caractérisation et génomique des dangers, analyse haut débit) et du traitement des données (base de données en réseau, algorithme de détection d’évènement inhabituel, interrogation rapide des données en cas de crise). La caractérisation des principaux pathogènes a pour objectif de fournir des données indispensables pour une épidémiosurveillance descriptive et opérationnelle : étude et prévision des évolutions spatio-temporelles des pathogènes surveillés, détection d’émergence de clones ayant un impact sur la santé publique ou vétérinaire, évaluation de l’impact de mesures de maitrise sur la prévalence d’un danger.
Caractériser les pathogènes de la chaîne alimentaire permet également, lors d’investigation de toxi-infections alimentaires, de confirmer les sources suspectées de la contamination, en lien avec les données d’épidémiosurveillance collectées chez l’homme par les CNR et de l’InVS.
Cœur de compétence du laboratoire, la conception de nouvelles stratégies analytiques, de nouvelles
approches méthodologiques innovantes et l’amélioration des méthodes de diagnostic pour la détection, la
quantification et la caractérisation des différents dangers, sont des axes forts de nos actions scientifiques. De
nouveaux outils doivent être développés pour relever les défis, d’une part, de la multi-détection analytique et,
d’autre part, de la sensibilité de la réponse analytique. Ces outils seront à améliorer et/ou développer pour la
détection et la caractérisation fine des dangers comme l’identification des facteurs de virulence bactériens et
viraux, la caractérisation des toxines, l’identification de contaminants chimiques non ciblés, la spéciation des
métaux lourds.
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PREAMBULE
Après une réflexion conduite au cours de l’année 2013, le laboratoire de sécurité des aliments, site de Maisons-
Alfort et site de Boulogne-sur-Mer, a mis en place au 1er janvier 2014 une nouvelle organisation.
Ainsi, ce programme de travail du laboratoire élaboré en 2013 n’est pas à remettre en question mais
l’affectation des projets décrits a fait l’objet d’une nouvelle répartition au regard de la nouvelle organisation et
des nouvelles unités.
Nouvelle organisation du laboratoire au 1er janvier 2014 3 départements scientifiques, 9 unités, 2 missions et une plate-forme technologique Maisons-Alfort (MA) et Boulogne-sur-Mer (BsM) Département des contaminants microbiologiques des aliments Unité Listeria, Salmonella, E. Coli (MA) Unité Staphylocoques, Bacillus, Clostridies et Lait (MA) Unité Laboratoire central des services vétérinaires (MA et BsM) Unité Virus entériques (MA) Plate-forme haut débit d’identification et typage des agents pathogènes (MA) Mission antibiorésistance (MA) Mission Modélisation et analyse quantitative du risques (MA) Département des produits de la pêche et de l’aquaculture (site de BsM) Unité Bactériologie et parasitologie des produits de la pêche et de l’aquaculture (BsM) Unité Physico-chimie des produits de la pêche et de l’aquaculture (BsM) Unité biochimie des produits aquatiques (BsM), sous contrat avec l’ULCO Département des contaminants chimiques des aliments Unité Pesticides et biotoxines marines (MA) Unité Eléments traces métalliques et minéraux (MA)
En fonction de la thématique (danger) des différents projets, vous pourrez trouver sans équivoque la nouvelle
structure porteuse du projet.
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Sommaire
Laboratoire de sécurité des aliments ...............................................................1
Site de Maisons-Alfort .....................................................................................5
Unité Caractérisation des toxines ....................................................................................................... 5
Unité Ecophysiologie et Détection Bactérienne ................................................................................ 12
Unité Maitrise de l’hygiène ............................................................................................................... 17
Unité Virologie des Aliments et de l’Eau ........................................................................................... 20
Unité Caractérisation et épidémiologie bactérienne ........................................................................ 23
Plateforme PCR haut et moyen débit (IdentyPath) ........................................................................... 30
Unité : Modélisation des comportements bactériens ...................................................................... 34
Unité des Polluants Organiques et Pesticides ................................................................................... 38
Unité des Contaminants inorganiques et minéraux de l’environnement ......................................... 45
Laboratoire Central des services vétérinaires ................................................................................... 49
Site de Boulogne-sur-Mer ............................................................................. 51
Unité de microbiologie des Produits de la Pêche.............................................................................. 51
Mission Parasitologie des Produits de la Pêche ................................................................................ 55
Unité de physico-chimie des produits de la pêche ........................................................................... 59
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Site de Maisons-Alfort Unité Caractérisation des toxines
L’unité exerce ses compétences dans le domaine des toxines (biotoxines marines y compris cyanotoxines marines, mycotoxines dans les denrées animales et toxines bactériennes préformées dans les aliments). Pour des raisons d’ordre fonctionnel, lui sont rattachées les compétences relatives aux marqueurs enzymatiques de la qualité hygiénique du lait.
Dans le cadre de ses mandats de référence (LNR Mycotoxines DAOA, LNR Biotoxines marines, LNR et LR-UE Staphylocoques à coagulase positive : partie entérotoxines, LNR et LR-UE lait et produits laitiers, qualité sanitaire du lait cru : marqueurs de la pasteurisation), elle assure les missions inhérentes à ces mandats. Les biotoxines marines et les entérotoxines de staphylocoques pouvant provoquer des risques d’intoxication aiguë, l’unité est fortement sollicitée pour la confirmation et l’investigation de TIAC. Suite aux réflexions menées sur les orientations stratégiques des activités du laboratoire, la direction générale a acté le repositionnement de l’unité CAT sur les biotoxines marines et les toxines bactériennes. Par conséquent, l’arrêt des activités liées au mandat de LNR mycotoxines dans les DAOA est envisagé à échéance du 31 décembre 2013. Les missions de LNR mycotoxines dans les DAOA seront réduites au strict minimum jusqu’à la publication du nouvel arrêté désignant les laboratoires nationaux de référence. L’arrêt de toutes les activités de recherche et développement sur les mycotoxines a été décidé à l’exception du projet ANR SOMEAT qui a été engagé en 2013.
L’unité effectue des travaux de recherche sur la caractérisation de nouvelles toxines ou familles de toxines, leur occurrence et leur niveau de contamination dans les aliments. Elle contribue au développement de nouvelles approches analytiques pour l’identification, la caractérisation et la quantification de toxines et dérivées. Au travers de ses activités de LR-UE lait, elle œuvre pour l’harmonisation des outils analytiques et contribue par les connaissances acquises à la fixation de limites règlementaires consensuelles au niveau européen et international. Globalement, les objectifs 2014 de l’unité seront de poursuivre les développements analytiques pour l’ensemble des familles de toxines et, plus particulièrement :
- pour les toxines bactériennes : de travailler sur les entérotoxines de staphylocoques (SEG et SEI) et les toxines diarrhéiques et émétique de Bacillus cereus, ceci afin de mieux caractériser le danger qu’elles représentent pour le consommateur, et de poursuivre les travaux de caractérisation de matériaux de référence pour l’entérotoxine B (projet européen EQUATOX)
- pour les biotoxines marines : les travaux concerneront les familles de toxines émergentes comme les pinnatoxines et les ciguatoxines
- pour les mycotoxines : dans le cadre du projet ANR SOMEAT, étudier l’occurrence de certaines mycotoxines dans les viandes provenant d’élevages « bio » comparativement aux élevages conventionnels.
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Référence L’unité ne fait pas de référence (cocher, passer à la rubrique D)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE et ne l’intègre pas ici (cocher)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE intégré dans les rubriques ci-après (cocher)
1. Développement ou acquisition de méthodes
Mandat : LNR biotoxines marines
Dosage des saxitoxines dans les coquillages par chromatographie liquide haute performance avec détection fluorimétrique
Dosage des pinnatoxines dans les coquillages par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse en tandem (LC-MS/MS)
Dosage des ciguatoxines dans les poissons par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse en tandem (LC-MS/MS)
Mandat : LRUE Lait et produits laitiers / Marqueurs de pasteurisation et notamment Phosphatase Alcaline
Détermination de l’activité de la phosphatase alcaline dans le fromage
Détermination de la gamma-glutamyl-transpeptidase dans le lait
2. Expertise scientifique et technique relative aux méthodes d’analyse (dont participation aux
instances de normalisation nationales ou internationales)
Mandat Participation à des comités, commissions, GT de normalisation de méthodes d’analyse ISO, CEN, AFNOR, FAO, OIE…
LRUE staphylocoques à coagulase positive / entérotoxines
Chef du projet pour la normalisation CEN/ISO d’une méthode de recherche des entérotoxines staphylococciques dans toutes matrices alimentaires (extraction par dialyse concentration, détection par trousses commerciales). CEN/TC 275/WG 6 Mandate M/381 Work item 00275169.
LNR biotoxines marines GT électronique Codex sur les critères de performances des méthodes biotoxines
Commission AFNOR V03B, GM 5 / CEN TC 275_WG 5 LRUE Lait et produits laitiers / Marqueurs de pasteurisation et notamment Phosphatase Alcaline
Commission AFNOR V04A : Lait et produits laitiers / Groupes de
Travail Traceurs thermiques ISO_FIL : P05-Phosphatase dans le
lait, P06-Phosphatase dans le fromage (chef de projet), P08-
autres marqueurs, dont la gamma-glutamyl transpeptidase,
P13- données sur la teneur des fromages en phosphatase (chef
de projet), P14- phosphatase microbienne et réactivée (chef
de projet associé) / Comité de Pilotage Méthodes Analytiques
pour les Indicateurs des Procédés ISO_FIL / CEN TC 302
Mandat Demandes d’EST attendues en 2014
LRUE Lait et produits laitiers / Marqueurs de pasteurisation et notamment Phosphatase Alcaline
Expertise à la demande de la DG SANCO
Pilotage et l’animation scientifique de l’enquête sur la teneur en phosphatase alcaline (AP) des fromages pasteurisés au lait de vache dans les différents Etats Membres. L’objectif est de proposer, appuyés sur les
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données collectées, un seuil réglementaire européen pour la teneur en AP des fromages pasteurisés au lait de vache.
3. Animation des réseaux de laboratoires officiels
Mandat : LNR SCP, thématique entérotoxines staphylococciques
Titre de l’EIL que vous prévoyez d’organiser en 2014
Type d’EIL (EILA, EILV)
Priorité (impératif, programmé)
Champ (matrice / analyte / méthode…)
Périodicité, le cas échéant, telle que validée avec la tutelle (tous les 6,12,18 ou 24 mois)
Recherche des entérotoxines staphylococciques dans les aliments
EILA impératif 2 types d’aliments / ES / méthode Anses Maisons-alfort CAT-BAC 06
12 mois
Mandat : LRUE SCP, thématique entérotoxines staphylococciques
Titre de l’EIL que vous prévoyez d’organiser en 2014
Type d’EIL (EILA, EILV)
Priorité (impératif, programmé)
Champ (matrice / analyte / méthode…)
Périodicité, le cas échéant, telle que validée avec la tutelle (tous les 6,12,18 ou 24 mois)
Recherche des entérotoxines staphylococciques dans les aliments
EILA impératif 2 types d’aliments / ES / méthode Anses Maisons-alfort CAT-BAC 06
12 mois
Recherche des entérotoxines staphylococciques dans les aliments
EILV impératif 2 types d’aliments / ES / méthode en cours de développement dans le mandat CEN ES
12 mois
Mandat : LNR biotoxines marines
Titre de l’EIL que vous prévoyez d’organiser en 2014
Type d’EIL (EILA, EILV)
Priorité (impératif, programmé)
Champ (matrice / analyte / méthode…)
Périodicité, le cas échéant, telle que validée avec la tutelle (tous les 6,12,18 ou 24 mois)
Toxines lipophiles dans les coquillages
EILA impératif Coquillages/Toxines lipophiles/LCMSMS (MA CAT-NAT 07)
toxines lipophiles dans les coquillages
Intercomparaison entre 2 laboratoires
impératif Coquillages/Toxines lipophiles/ bioessai (LNRBM-LIP01
hépatopancréas)
toxines du groupe de la saxitoxine
EILA impératif Coquillages/Toxines paralysantes/bioess
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selon la méthode LNRBM-PSP01
ai (LNRBM-PSP01)
Mandat : LRUE Lait et produits laitiers / Marqueurs de pasteurisation et notamment Phosphatase Alcaline
Titre de l’EIL que vous prévoyez d’organiser en 2014
Type d’EIL (EILA, EILV)
Priorité (impératif, programmé)
Champ (matrice / analyte / méthode…)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
Détermination de l’activité de la phosphatase alcaline dans le fromage
1 EILV Programmé Fromage/Phosphatase alcaline/ enzymatique-fluorimétrie
Mandat : LRUE Lait et produits laitiers / Marqueurs de pasteurisation et notamment Phosphatase Alcaline
Titre de l’EIL que vous prévoyez d’organiser en 2014
Type d’EIL (EILA, EILV)
Priorité (impératif, programmé)
Champ (matrice / analyte / méthode…)
Détermination de l’activité de la phosphatase alcaline dans le fromage
1 EILA Programmé Fromage/Phosphatase alcaline/ enzymatique-fluorimétrie
Mandat : LRUE SCP thématique ES
Titre de session(s) de formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels
Priorité (impératif, programmé)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
Formation à la recherche des entérotoxines staphylococciques dans les aliments par la méthode officielle
programmée
Formation à la quantification des entérotoxines staphylococciques dans les aliments
Programmée (si LNR intéressés)
Mandat : LNR biotoxines marines
Titre de session(s) de formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels
Priorité (impératif, programmé)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
Formation à la méthode de dosage des toxines de la famille de l'acide domoïque par CLHP
Programmée (selon demande)
Formation à la méthode de dosage des saxitoxines par bioessai sur souris
Programmée (selon demande)
Formation à la méthode de dosage des toxines lipophiles par LC-MS/MS
Programmée (selon demande)
Formation à la méthode de dosage des programmée
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saxitoxines par HPLC-FLD
Mandat : LNR SCP thématique ES
Titre de session(s) de formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels
Priorité (impératif, programmé)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
4ème réunion du réseau des laboratoires de contrôle des entérotoxines staphylococciques dans les aliments
programmé
Mandat : LRUE Lait et produits laitiers / Marqueurs de pasteurisation et notamment Phosphatase Alcaline
Titre de session(s) de formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels
Priorité (impératif, programmé)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
Atelier pour les LNRs programmé
Mandat : LNR biotoxines marines
Titre de session(s) de formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels
Priorité (impératif, programmé)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
Atelier pour les laboratoires officiels programmé
Contribution à la surveillance L’unité ne contribue pas à des réseaux de surveillance
4. Plans de contrôle et de surveillance ou campagnes d’analyse programmées par l’autorité
en 2014
PS PC Phycotoxines (ASP, PSP et lipophiles pour Paris, 91, 92, 93, 94) sur convention LCSV : environ 30 analyses prévues par groupe
Plan doublon Phycotoxines (ASP, PSP et lipophiles) : environ 22 analyses prévues par groupe
Plan à l’importation Phycotoxines (ASP, PSP, lipophiles et ciguatoxines) : environ 30 analyses prévues par groupe
5. Animation ou contribution à l’animation de dispositifs de surveillance
Nom du dispositif de surveillance
Activités à conduire en 2014 Délivrable pour 2014
Comité de pilotage surveillance des coquillages
Membre / minimum 1 réunion par an et autant que de besoin
Comité de pilotage surveillance des coquillages
Cellule de vigilance Membre / minimum 1 réunion par an et en cas de discordances BES+/AC-
Cellule de vigilance
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Recherche
6. Projets de recherche initiés avant 2014, toujours en cours au 01/01/2014
non détaillés, intégration de la liste des conventions en cours enregistrées à la DFT souhaitée
(passer à la rubrique 1)
listés et détaillés ci-dessous :
Thématique : Entérotoxines de staphylocoques
Titre du projet
Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
EQuATox-Establishment of Quality Assurances for the Detection of Biological Toxins of Potential Bioterrorism Risk
impératif Oui
Période Début (mois année) : 01/2012 Fin prévue (mois année) : 12/2014
Thématique : Entérotoxines de staphylococoques et toxines de Bacillus cereus
Titre du projet
Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
UMT ARMADA Action 2-Application de la recherche pour la maîtrise des dangers dans les aliments. Action 2: Toxines bactériennes
impératif Oui
Période Début (mois année) : 07/2011 Fin prévue (mois année) : 06/2016
Thématique : Toxines de Bacillus cereus
Titre du projet
Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
VirBac-Identification de facteurs de virulence permettant de caractériser les souches pathogènes de Bacillus cereus (Thèse)
programmé Oui
Période Début (mois année) : 11/2013 Fin prévue (mois année) : 10/2016
Thématique : Mycotoxines
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
ANR-SOMEAT-Safety of organic meat impératif Non
Période Début : Février 2013
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Fin prévue : Janvier 2017
7. Récapitulatifs des thèses et post-doctorats
Doctorats prévus (sujets acceptés) et en cours, qu’elles soient encadrées ou co-encadrées par un scientifique de l’Anses
Titre Nom du doctorant Durée : mois année-mois année Financeurs
VirBac Benjamin Glasset 11/2013 – 10/2016 Anses et INRA
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Unité Ecophysiologie et Détection Bactérienne
Le laboratoire doit disposer d’une structure capable de rechercher les bactéries pathogènes dans l’ensemble des matrices alimentaires. Cette structure met en œuvre des activités analytiques de diagnostic mais également est force de proposition dans l’évolution des méthodes et des techniques.
La mise en œuvre et le développement d’outils de diagnostic se doit de prendre en compte la diversité de la population microbienne et notamment les caractéristiques physiologiques des bactéries (stress, taux de croissance, latence,..) liées aux environnements de production ou au type d’aliments. Les outils à mettre en œuvre concernent aussi bien la microbiologie conventionnelle (croissance sur milieu) que la microbiologie génétique (outils de la biologie moléculaire).
L’unité exerce ses compétences dans le domaine de l’analyse microbiologique des produits alimentaires avec une double mission d’expertise scientifique et technique et de recherche, tant sur le plan de la qualité microbiologique des produits que sur l’étude du comportement et de l’écophysiologie des pathogènes alimentaires. Elle est l’un des supports pour les activités des Laboratoires Européens et Nationaux de Référence « Lait et Produits Laitiers», « Listeria monocytogenes » et « Staphylocoques à coagulase positive incluant Staphylococcus aureus et leurs toxines » pour lesquelles des actions de gestion, de formation et d’information des réseaux officiels de détection sont supportées. L’unité assure le développement d’outils de détection et de quantification du danger microbien, par (i) la détection et le dénombrement des bactéries pathogènes L. monocytogenes, S. aureus, Escherichia coli STEC et les entérobactéries potentiellement pathogènes, (ii) la détection et la quantification des gènes de virulence (notamment gènes de production de toxines) et (iii) l’étude du comportement et de l’écophysiologie de ce danger dans l’aliment. Les objectifs fixés pour 2014 porteront sur le développement et l’optimisation d’outils méthodologiques de détection et de quantification des germes pathogènes en prenant en compte les très faibles niveaux de contamination, la présence d’une flore annexe souvent abondante, l’émergence de nouvelles souches pathogènes et le besoin de développer des méthodes d’investigation rapides et multiparamétriques.
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Référence L’unité ne fait pas de référence (cocher, passer à la rubrique D)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE et ne l’intègre pas ici (cocher)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE intégré dans les rubriques ci-après (cocher)
1. Développement ou acquisition de méthodes
Mandat : Lait et produits laitiers
Développer des matériaux de référence certifiés fabriqués à partir de lait lyophilisé pour calibrer les méthodes instrumentales qui sont généralement utilisées pour le comptage des cellules somatiques dans le lait cru.
Détermination de la flore totale des laits crus, Impact des caractéristiques de la production laitière sur le facteur de conversion.
Mandat : Listeria
Incertitude de mesure de la norme EN ISO 11290-2.
Etape de confirmation de la norme EN ISO 11290.
Validation et révision de la norme EN ISO 11290 (mandat du CEN).
Détection de Listeria dans des matrices complexes
Mandat : Staphylocoques à coagulase positive
Incertitude de mesure de la norme EN ISO 6888-2.
2. Expertise scientifique et technique relative aux méthodes d’analyse (dont participation aux
instances de normalisation nationales ou internationales)
Mandat Demandes d’EST attendues en 2014
LNR Lait Expertise document CNIEL/LNR Lait - Evaluation par le LNR Lait du document CNIEL PROC CE « Dénombrement
des cellules somatiques par comptage instantané en méthode fluoro-opto-
électronique » (révision 04)
LNR Lait Expertise document CNIEL/LNR Lait - Evaluation par le LNR Lait du document CNIEL GTTH « Dé « Dénombrement des micro-organismes par comptage des colonies obtenues à 30°C méthode Thompson» (révision 03)
LNR Lait Expertise document CNIEL/LNR Lait - Evaluation par le LNR Lait du document CNIEL PROC GTBC « Dénombrement des germes à 30°C – suivi du fonctionnement des compteurs instantanés d’UFC (type Bactoscan) » (révision 01)
Mandat Participation à des comités, commissions, GT de normalisation de méthodes d’analyse ISO, CEN, AFNOR, FAO, OIE…
Staphylocoques à coagulase positive
Animation du Groupe de travail de normalisation: ISO/TC 34/ SC 9 WG 13: “Dénombrement des staphylocoques à coagulase positive utilisant la gélose BP” (amendement de l’étape de confirmation)
Listeria monocytogenes/ Cronobacter
Animation du TAG 17 Listeria (CEN/TC275/WG6) Participation au groupe ad’hoc CEN/TC 275/WG 6 pour Cronobacter Participation groupe EFSA sur l’exploitation de l’étude de
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prévalence européenne Lm.
Lait et Produits Laitiers Participation Groupe de travail de normalisation de méthodes d’analyse : -Membre de la Commission de normalisation Afnor V08B Microbiologie des aliments. -Membre du groupe FIL/ISO S07 Evaluation des méthodes de routine -Membre du groupe FIL/ISO S09 Système de référence pour le comptage des cellules somatiques -Membre du groupe FIL/ISO S11 « Lignes directrices pour établir et vérifier une relation de conversion entre la méthode de référence et la méthode alternative pour la détermination quantitative de la qualité bactériologique » -Participation au groupe de travail « pré-enrichissement des bactéries Gram- (CEN/TC275/WG6) »
3. Animation des réseaux de laboratoires officiels
Mandat : LNR Lait
Titre de l’EIL que vous prévoyez d’organiser en 2014
Type d’EIL (EILA, EILV)
Priorité (impératif, programmé)
Champ (matrice / analyte / méthode…)
Périodicité, le cas échéant, telle que validée avec la tutelle (tous les 6,12,18 ou 24 mois)
Dénombrement de
la flore totale dans
le lait cru /
dénombrement des
cellules somatiques
dans le lait cru
EILA Impératif Lait cru vache,
chèvre et brebis/
flore totale
Lait cru de
vache/ cellules
somatiques
1/an en
alternance
flore totale /
cellules (en
2014 flore
totale)
Dans le cadre de son activité de LNR lait et produits laitiers, l’unité aura, en 2014, pour mission
d’animer le réseau de laboratoires reconnus par la Direction Générale de l’Alimentation (DGAl) pour
la réalisation des analyses destinées à vérifier le respect des critères réglementaires définis dans le
règlement (CE) n°853/2004 (section IX).
Recherche
4. Projets de recherche initiés avant 2014, toujours en cours au 01/01/2014
non détaillés, intégration de la liste des conventions en cours enregistrées à la DFT souhaitée
(passer à la rubrique 1)
listés et détaillés ci-dessous :
Thématique : Microbiologie des aliments
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Développement d’une PCR multiplexe Impératif Oui
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pour la détection quantitative des entérobactéries potentiellement pathogènes présentes dans les produits déshydratés : optimisation du bouillon d’enrichissement pour la culture spécifique des entérobactéries
Période Début (mois année) : 2012 Fin prévue (mois année) : 2014
Thématique : E. coli / EHEC
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
UMT ARMADA : Etude du polymorphisme et de la mobilité des gènes codant pour les Shiga-toxines, principal facteur de virulence des STEC.
Impératif Oui
Période Début (mois année) : 2012 Fin prévue (mois année) : 2016
Thématique : E. coli / EHEC
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
PorSTEC : Caractérisation et maîtrise du portage intestinal des STEC en élevage
Impératif Oui
Période Début (mois année) : 11/2012 Fin prévue (mois année) : 12/2014
5. Projets de recherche qui démarrent en 2014
Thématique : Listeria
Titre du projet
Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Nouvelles espèces de Listeria impératif
Période Début (mois année) : 2014 Fin prévue (mois année) : 2016
6. Récapitulatifs des thèses et post-doctorats
Doctorats prévus (sujets acceptés) et en cours, qu’elles soient encadrées ou co-encadrées par un scientifique de l’Anses
Titre Nom du doctorant Durée : mois année-mois année Financeurs
Etude du polymorphisme et de la mobilité des gènes codant pour les Shiga-
Ludivine Bonanno 11/2012 – 10/2015 Cifre ANRT/ACTALIA
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Unité Maitrise de l’hygiène
Dans la cadre de la réorganisation des unités du Laboratoire de sécurité sanitaire des aliments de
Maisons-Alfort et des évolutions thématiques entreprises depuis plusieurs mois, l’unité MAHY sera
amenée à disparaitre en 2014 avec la poursuite de certaines de ses activités dans d’autres unités. Les
travaux porteront la production de connaissances et de méthodologies permettant d’évaluer la
sécurité microbiologique des denrées au cours de leur fabrication, conservation et distribution.
Ces objectifs se déclinent en deux volets :
Un premier volet consacré à élaborer des outils scientifiques nécessaires à l’évaluation de la
pertinence des plans de maîtrise sanitaire (PMS) mis en place par les exploitants et de mettre ces
outils scientifiques à la disposition des Services de contrôle et des professionnels de façon à faciliter
l’application de la réglementation. Les travaux concerneront plus particulièrement l’évaluation de la
sécurité des cuissons à basse température et l’efficacité des plans d’autocontrôle microbiologiques
des entreprises.
Un deuxième volet porte sur les micro-organismes des surfaces qui résistent aux opérations
d’hygiène afin, notamment, d’explorer le phénomène de persistance bactérienne dans les ateliers. Le
programme de travail consiste en la poursuite d’une étude sur l’hygiène dans la cuisine domestique,
et d’un projet ANR sur l’utilisation du stress hydrique pour réduire la probabilité de persistance de L.
monocytogenes dans les ateliers.
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Référence L’unité ne fait pas de référence (cocher, passer à la rubrique D)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE et ne l’intègre pas ici (cocher)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE intégré dans les rubriques ci-après (cocher)
1. Développement ou acquisition de méthodes
Mandat : LNR Listeria monocytogenes
Méthode de prélèvement pour la détection de Listeria monocytogenes sur les surfaces
2. Expertise scientifique et technique relative aux méthodes d’analyse (dont participation aux
instances de normalisation nationales ou internationales)
Mandat : LRUE Listeria monocytogenes
Participation à des comités, commissions, GT de normalisation de méthodes d’analyse ISO, CEN, AFNOR, FAO, OIE…
Animation du nouveau WG 17 de l’ISO/TC34/SC9 sur la révision de la Norme ISO 18593 (méthodes de prélèvements de surfaces d’environnement agro-alimentaire), tenant compte du Guide LRUE Lm.
3. Autre action dans le domaine de la référence
Dans le cadre du projet de transfert d’activité de certaines missions assurées par l’unité MAHY aux instituts techniques agro-industriels compétents, l’unité doit rédiger des documents destinés à décrire des méthodologies de validation de certaines opérations de maitrise sanitaire telles que nécessaires dans le cadre du paquet hygiène.
Méthodologie de validation des mesures de maitrise (cuisson, refroidissement, décongélation,..)
Conception des plans d’autocontrôle microbiologique (Mise en place au sein d’un groupe de travail spécifique au sein de la commission AFNOR V01C)
En parallèle, le transfert de compétence devra être organisé vers un ou plusieurs instituts techniques
professionnels, selon des modalités à définir conjointement avec la DGAL.
Recherche
4. Projets de recherche initiés avant 2014, toujours en cours au 01/01/2014
non détaillés, intégration de la liste des conventions en cours enregistrées à la DFT souhaitée
(passer à la rubrique 1)
listés et détaillés ci-dessous :
Thématique : Persistance bactérienne dans les ateliers
Titre du projet Priorité (impératif, programmé) Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Action COST “BacFoodNet” - A European Network For Mitigating Bacterial
programmé oui
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Colonisation and Persistence On Foods and Food Processing Environments -
Période Début (mois année) : novembre 2012 Fin prévue (mois année) : novembre 2016
Thématique : Persistance bactérienne dans les ateliers
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
ANR EcoSec-Réduction de l’impact environnemental des opérations d’hygiène dans les ateliers agro-alimentaires réfrigérés par une utilisation optimale de la déshumidification de l’air
impératif oui
Période Début (mois année) : janvier 2013 Fin prévue (mois année) : décembre 2016
Thématique : Maîtrise de l’hygiène des procédés
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
TRADICUISSON : Mise au point d’une méthodologie de validation de procédés de cuisson basse température
impératif Positionnement en cours de révision
Période Début (mois année) : 05/2012 Fin prévue (mois année) : 05/2014
5. Récapitulatifs des thèses et post-doctorats
Doctorats prévus (sujets acceptés) et en cours, qu’elles soient encadrées ou co-encadrées par un scientifique de l’Anses
Titre Nom du doctorant Durée : mois année-mois année
Financeurs
Suivi du devenir de L. monocytogenes sur des surfaces soumises aux stress industriels des ateliers agroalimentaires réfrigérés et étude du transcriptome après application de ces stress
Anaïs Overney (pressentie)
Novembre 2013 –Octobre 2016 (dates prévues)
ANR
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Unité Virologie des Aliments et de l’Eau En santé publique, les toxi-infections alimentaires d’origine virale sont maintenant reconnues comme
une cause principale de pathologie chez l’homme. Les virus entériques sont essentiellement à
l’origine de gastro-entérites et d’hépatites. Ces virus sont issus de plusieurs familles virales,
possèdent des structures et supports génétiques différents mais présentent des caractéristiques
communes. En effet, ils sont capables de persister dans des environnements divers et sont
transmissibles par voie féco-orale, souvent par ingestion d’aliments ou d’eaux contaminés. Le risque
viral d’origine alimentaire a été largement sous-estimé compte tenu de l’absence d’outils analytiques
fiables et rapides. L’unité se consacre à l’étude des virus entériques, transmissibles par la voie
alimentaire ou l’eau, pouvant provoquer des TIAC.
Les travaux de l’unité visent 1) à améliorer les méthodes de détection, quantification et typage des
virus entériques dans les aliments et l’eau de boisson, 2) à participer à l’investigation de TIAC, 3) à
mettre en évidence l’infectiosité des virus en développant de nouvelles approches de détection
moléculaire et de nouveaux modèles cellulaires en vue d’une meilleure appréciation du risque viral
en termes de santé publique, 4) à étudier la première étape du cycle infectieux du virus de l’hépatite
A.
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Référence L’unité ne fait pas de référence (cocher, passer à la rubrique D)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE et ne l’intègre pas ici (cocher)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE intégré dans les rubriques ci-après (cocher)
L’unité mène des actions de référence hors mandat
1. Expertise scientifique et technique relative aux méthodes d’analyse (dont participation aux instances de normalisation nationales ou internationales)
Mandat Participation à des comités, commissions, GT de normalisation de méthodes d’analyse ISO, CEN, AFNOR, FAO, OIE…
-Sans mandat CEN/WG6/TC275/TAG4 sur la normalisation des méthodes
d’analyse des virus dans les aliments (VHA, NoV).
Recherche
2. Projets de recherche initiés avant 2014, toujours en cours au 01/01/2014
non détaillés, intégration de la liste des conventions en cours enregistrées à la DFT souhaitée
(passer à la rubrique 1)
listés et détaillés ci-dessous :
Thématique : Virologie des Aliments et de l’Eau
Titre du projet
Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Vir-Quant-Quantification absolue des génomes viraux
impératif oui
Période Début (mois année) : 06/12 Fin prévue (mois année) : 06/15
Thématique : Virologie des Aliments et de l’Eau
Titre du projet
Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
VIROPUCE-Apport des biopuces au diagnostic des virus entériques transmissibles par la voie alimentaire
impératif oui
Période Début (mois année) : 05/11 Fin prévue (mois année) : 05/14
Thématique : Virologie des Aliments et de l’Eau
Titre du projet
Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
VIRENTERIC 1 et 2 : Détection et caractérisation des virus entériques
impératif oui
Période Début (mois année) : 03/12
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Fin prévue (mois année) : 12/16
Thématique : Virologie des Aliments et de l’Eau
Titre du projet
Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
VirInfect-Infectiosité du virus de l’hépatite A
impératif oui
Période Début (mois année) : 06/12 Fin prévue (mois année) : 06/15
Thématique : Virologie des Aliments et de l’Eau
Titre du projet
Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
HEPA Transmision-Franchissement de la barrière intestinale par les virus hépatiques (VHA, VHE)
impératif oui
Période Début (mois année) : 01/13 Fin prévue (mois année) : 12/16
3. Récapitulatifs des thèses et post-doctorats
Doctorats prévus (sujets acceptés) et en cours, qu’elles soient encadrées ou co-encadrées par un scientifique de l’Anses
Titre Nom du doctorant Durée : mois année-mois année Financeurs
Viropuce Coudray Coralie 05/11 - 05/14 Anses
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Unité Caractérisation et épidémiologie bactérienne L’objectif principal de l’unité est de générer des données relatives à la caractérisation des
pathogènes transmis par les aliments s’inscrivant dans le domaine de l’épidémiosurveillance
descriptive et opérationnelle : étude et prévision des évolutions spatio-temporelles des pathogènes
surveillés, détection d’émergence de clones ayant un impact sur la santé publique ou vétérinaire.
Caractériser les pathogènes de la chaîne alimentaire permet également, lors d’investigation de toxi-
infections alimentaires, de confirmer / orienter les sources suspectées de la contamination, en lien
avec les données d’épidémiosurveillance collectées chez l’homme par le CNR et l’InVS.
L’unité CEB possède une expertise dans le développement des outils analytiques de caractérisation
moléculaire des bactéries pathogènes, activité qu’elle exerce en particulier dans le cadre de ses
mandats de référence (Salmonella, Listeria monocytogenes, Staphylocoques à coagulase positive,
Bacillus cereus et Antibiorésistance) en s’appuyant à la fois sur la détection de marqueurs d’intérêt
spécifiques (sérovars, gènes de virulence, profils de sensibilité aux antibiotiques, gènes de résistance
aux antibiotiques, gènes de production de toxines…) et sur le typage moléculaire.
Les objectifs de 2014 s’orientent vers la mise en place de bases de données structurées permettant
de rassembler l’ensemble des données épidémiologiques et des résultats de caractérisation
moléculaires au niveau i) national de façon à augmenter notre capacité à détecter des signaux
inhabituels, à générer des informations pour l’investigation de cas et de façon générale à estimer les
tendances évolutives des pathogènes surveillés ii) et européen (L. monocytogenes) de façon à
répondre aux exigences européennes de retransmission des données vers l’EFSA. Parallèlement,
l’unité devra s’appuyer sur les nouveaux outils de caractérisation orientés vers le séquençage
complet de génome bactérien de façon à développer, évaluer et valider de nouvelles méthodes de
caractérisation pertinentes adaptées à la surveillance.
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Référence L’unité ne fait pas de référence (cocher, passer à la rubrique D)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE et ne l’intègre pas ici (cocher)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE intégré dans les rubriques ci-après (cocher)
1. Développement ou acquisition de méthodes
Mandat : Staphylococcus coagulase positive (LNR + LR-UE)
Détection des gènes codant les entérotoxines par PCR en temps réel
Mandat : Listeria monocytogenes (LR-UE)
Révision de la méthode PFGE au regard du protocole PulseNet
Mandat : Salmonella (LNR partagé avec l’Anses Ploufragan-Unité HQPAP)
Sérotypage moléculaire par biopuces PTS
Typage par la méthode MLVA de souches de sérotypes variés
Sérotypage moléculaire des salmonelles
2. Expertise scientifique et technique relative aux méthodes d’analyse (dont participation aux
instances de normalisation nationales ou internationales)
Mandat Demandes d’EST attendues en 2014
Salmonella (LNR partagé) Confirmation des souches variants monophasiques selon recommandations EFSA Caractérisation multiple des isolats et interrogation de la base de données du réseau Salmonella dans le cadre des investigations des cas groupés humains (sollicitation InVS, CNR, DGAl)
Antibiorésistance (LNR partagé) GT Anses GT EFSA, expertise DGAl
Bacillus (sans mandat) Identification de Bacillus thuringiensis au sein de la collection CEB A la demande de la DPR / DER (non prioritaire)
Listeria monocytogenes (LR-UE) Sollicitation par l’EFSA de l’expertise du LR-UE vis-à-vis des
méthodes de typage de Lm et de leur standardisation (EFSA’s
Working Group on the collection of data on molecular testing in
food/animal isolates of food-borne infections)
Listeria monocytogenes (LR-UE) Réponse au Call EFSA NP/EFSA/BIOMO/2013/04, « Technical
assistance related to establishing molecular typing data collection
for Listeria monocytogenes isolates from food and animals” sur 9
mois à partir de sept. 2013.
Mandat Participation à des comités, commissions, GT de normalisation de méthodes d’analyse ISO, CEN, AFNOR, FAO, OIE…
Salmonella (LNR partagé) Révision ISO 6579 / ISO TC34 SC9 Partie 3 « Serotyping of Salmonella » Bureau Technique de validation des méthodes alternatives AFNOR Certification
Antibiorésistance (LNR partagé) GT de normalisation AFNOR
Bacillus (sans mandat) Participation au groupe AFNOR V 08B N876 GT Bacillus
3. Animation des réseaux de laboratoires officiels
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Mandat : Salmonella (LNR partagé) Réseau Salmonella
Titre de l’EIL que vous prévoyez d’organiser en 2014
Type d’EIL (EILA, EILV)
Priorité (impératif, programmé)
Champ (matrice / analyte / méthode…)
Périodicité, le cas échéant, telle que validée avec la tutelle (tous les 6,12,18 ou 24 mois)
Serotypage des Salmonella
EILA impératif Souche/ agglutination
tous les 12 mois
Mandat : Listeria monocytogenes (LR-UE)
Titre de l’EIL que vous prévoyez d’organiser en 2014
Type d’EIL (EILA, EILV)
Priorité (impératif, programmé)
Champ (matrice / analyte / méthode…)
Périodicité, le cas échéant, telle que validée avec la tutelle (tous les 6,12,18 ou 24 mois)
Typage PFGE et analyse des profils par le logiciel BioNumerics
EILA impératif Souche/ typage moléculaire
tous les 24 mois
Mandat : Staphylococcus coagulase positive (LR-UE)
Titre de session(s) de formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels
Priorité (impératif, programmé)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
Formation détection des gènes se par PCR conventionnelle/ temps réel
programmé
Mandat : Staphylococcus coagulase positive (LR-UE)
Titre de session(s) de formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels
Priorité (impératif, programmé)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
Participation à l’atelier SCP impératif
Mandat : Listeria monocytogenes (LR-UE)
Titre de session(s) de formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels
Priorité (impératif, programmé)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
Participation à l’atelier Lm Comité de pilotage de la base de données LR-UE
impératif impératif
Mandat : Salmonella (LNR partagé) Réseau Salmonella
Titre de session(s) de formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels
Priorité (impératif, programmé)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
Identification et sérotypage des salmonelles (formation) Organisation de la réunion du Réseau
programmé
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Salmonella
4. Autre action dans le domaine de la référence
Salmonella (LNR partagé): Animation du réseau Salmonella, réseau d’environ 150 laboratoires
partenaires, enregistrement, saisie et analyse d’environ 15-20 000 données/ an ; Organisation,
gestion du Comité de pilotage, Réunion annuelle du réseau Salmonella ; Edition des bulletins
trimestriels et inventaire annuel (impératif).
Délivrables : Base de données nationale des sérovars de Salmonella d’origine non humaine, détection
de signaux, rapports de caractérisation dans le cadre de l’investigation de cas groupés humains ou de
TIACs : caractérisation des isolats de Salmonella, L. monocytogenes, S. aureus et de B. cereus
suspectés être impliqués dans les infections d’origine alimentaire.
Contribution à la surveillance L’unité ne contribue pas à des réseaux de surveillance
5. Plans de contrôle et de surveillance ou campagnes d’analyse programmées par l’autorité
en 2014
Détermination des CMI des isolats représentatifs des filières poule pondeuse, poulet de chair, dinde selon la méthode défini par le LR-UE Antibiorésistance, Transmission des données à l’EFSA en fichier xml
Intégration de l’ensemble des résultats de caractérisation et informations épidémiologiques des souches de L. monocytogenes isolées du plan communautaire « baseLine Survey », dans la base de données centralisée du LR-UE
Caractérisation des souches de L. monocytogenes isolées des plans de surveillance et de contrôle de la DGAl et de la DGCCRF
Caractérisation des souches de Salmonella isolées des plans de surveillance et de contrôle de la DGAl et de la DGCCRF
6. Animation ou contribution à l’animation de dispositifs de surveillance
Nom du dispositif de surveillance
Activités à conduire en 2014 Délivrable pour 2014
Réseau Salmonella Déploiement de la nouvelle base de données ACTEOLab pour la surveillance des isolats en lien avec DTI (phase 2) Mise en place d’un système de détection de signaux en lien avec l’unité SurvEpi Programmation réunion comité de pilotage et réunion annuelle Valorisation
Ouverture des fonctionnalités de la base et de la saisie aux partenaires du réseau Système opérationnel Réunions organisées et compte-rendu Inventaire annuel rédigé
A l’international LR-UE Listeria monocytogenes : Préparation au transfert de la base de données de typage moléculaire centralisée vers l’EFSA. Réalisation des actions d’expertise relatives au typage moléculaire Lm en réponse à la demande d’appui de l’EFSA. Délivrable 2014 : Base de données fonctionnelle et méthodologie standardisée avec l’ECDC.
Expertise et appui EFSA réalisés.
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Recherche
7. Projets de recherche initiés avant 2014, toujours en cours au 01/01/2014
non détaillés, intégration de la liste des conventions en cours enregistrées à la DFT souhaitée
(passer à la rubrique 1)
listés et détaillés ci-dessous :
Thématique : Antibiorésistance
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
EQ-R-Plasm-Caractérisation des mécanismes de diffusion de l'antibiorésistance entre Salmonella et la flore commensale en filière équine
programmé oui
Période Début (mois année) : été 2010 Fin prévue (mois année) : juin 2014
Thématique : Salmonella, Listeria monocytogenes
Titre du projet : Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
UMT-ARMADA Act 4-Epidémio-suveillance moléculaire de Salmonella enterica et des Listeria monocytogenes
Impératif oui
Période Début : 2012 Fin prévue : 2016
Thématique : Bacillus cereus
Titre du projet :
Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
UMT ARMADA Act 2-Pour une maîtrise de la qualité sanitaire des aliments au regard du risque lié aux toxines bactériennes et plus particulièrement des toxines de B. cereus ; étude des caractéristiques des souches B. cereus isolées des produits laitiers
Impératif oui
Période Début : 2012 Fin prévue : 2016
Thématique : Listeria monocytogenes et marqueurs de virulence
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Etude de la diversité génétique des impératif oui
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isolats provenant des aliments pour une meilleure appréciation de la virulence
Période Début (mois année) : Nov 2013 Fin prévue (mois année) : Nov 2016
Thématique : Surveillance épidémiologique des pathogènes transmis par les aliments
Titre du projet : Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Déploiement de la base de données ACTEOLab pour l’épidémiosurveillance des bactéries pathogènes des aliments
Impératif non
Période Début : 2012 Fin prévue : 2014
Thématique : Salmonella et variants émergents en filière porc
Titre du projet
Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
SALMOVAR-Etude comparative des différentes méthodes de détection des variants monophasiques de salmonelles de sérotype Typhimurium au cours de la fabrication et de la commercialisation du saucisson sec
programmé oui
Période Début (mois année) : juillet 2013 Fin prévue (mois année) : juillet 2015
8. Projets de recherche qui démarrent en 2014
Thématique : Salmonella et geno-sérotypage
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Etude comparative des performances des dispositifs de géno-sérotypage des Salmonella disponibles
Programmé sous réserve de disponibilité des moyens
Non
Période Début : Septembre 2014 Fin prévue :
9. Récapitulatifs des thèses et post-doctorats
Doctorats prévus (sujets acceptés) et en cours, qu’elles soient encadrées ou co-encadrées par un scientifique de l’Anses
Titre Nom du doctorant Durée : mois année-mois année
Financeurs
Etude de la diversité génétique des isolats de Lm provenant des
Clémentine HENRI 36 mois (Nov 2013 – Nov 2016)
Anses-DTU
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aliments pour une meilleure appréciation de la virulence
Identification de facteurs de virulence permettant de caractériser les souches pathogènes de Bacillus cereus
Benjamin GLASSET 36 mois (Nov 2013 – Nov 2016)
Anses-Inra
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Plateforme PCR haut et moyen débit (IdentyPath) L’émergence et la résurgence de nouvelles maladies infectieuses zoonotiques constituent un défi
majeur pour l’Agence et imposent d’améliorer les dispositifs de veille et de vigilance mais aussi de
« repenser » les organisations comme les modalités d’obtention, d’accès et de traitement des
données de surveillance issues de nombreux acteurs de terrain. La plate-forme IdentyPath créée en
2010 permet de mutualiser les compétences scientifiques et les moyens analytiques instrumentaux
autour des techniques de "PCR on chip", PCR très haut et moyen débits. Notre objectif pour les
prochaines années est de poursuivre le développement de cette plate-forme scientifique et
technologique autour de ces méthodologies modernes qui peuvent être utilisées pour le typage et
l’identification d’agents pathogènes (bactéries, virus et parasites) responsables de toxi-infections
alimentaires, de maladies animales épizootiques ou de zoonoses.
Nos efforts pour 2014 porteront sur l’utilisation des nouvelles techniques de séquençage haut débit
(NGS) et des outils de bio-informatique associés indispensables à l’analyse des génomes, pour le
développement de méthodes PCR haut débit en soutien à la surveillance. L’objectif est de doter les
laboratoires de l’Anses en charge de la recherche, d’activités de référence ou d’expertise sur divers
agents pathogènes, d’une structure capable d’apprécier avec précision l’évolution et l’émergence de
souches à fort potentiel pathogène pour l'homme et/ou l'animal. Ceci afin de répondre rapidement
et efficacement aux sollicitations des autorités sanitaires françaises et européennes en cas
d’épizootie ou d’épidémie comme ce fut le cas lors de l’épidémie à E. coli O104:H4.
ANSES/PR2/01-01 [version a] Page 31 sur 62
Référence L’unité ne fait pas de référence (cocher, passer à la rubrique D)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE et ne l’intègre pas ici (cocher)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE intégré dans les rubriques ci-après (cocher)
L’unité mène des actions de référence hors mandat
1. Développement ou acquisition de méthodes
Mandat : LNR Botulisme Aviaire partagé avec l’Anses-Ploufragan
Détection par PCR en temps réel de C. botulinum types C et D et des formes mosaïques associées C-D et D-C sur plateforme GeneDisc cycler.
2. Expertise scientifique et technique relative aux méthodes d’analyse (dont participation aux
instances de normalisation nationales ou internationales)
Mandat Demandes d’EST attendues en 2014
LNR Botulisme Aviaire Demandes d’expertise scientifique et technique attendues en 2014. Détection et caractérisation des souches de C. botulinum isolées en filière avicole.
Mandat Participation à des comités, commissions, GT de normalisation de méthodes d’analyse ISO, CEN, AFNOR, FAO, OIE…
LNR Botulisme Aviaire Soutien scientifique au groupe du CEN/TC275/WG 6
3. Autre action dans le domaine de la référence
Dans le cadre du LNR botulisme en filière avicole porté par l’Anses Ploufragan, la plate-forme IDPA apporte son expertise et prend notamment en charge les activités de génétique moléculaire sur Clostridium Botulinum. L’objectif du LNR est (1) d’acquérir les descripteurs et les données épidémiologiques sur C. botulinum dans la volaille en France en production primaire ; (2) d’acquérir une expertise sur ce germe dans la filière avicole et d’apprécier au final la pertinence de cette thématique dans les priorités de recherche en hygiène et qualité des produits avicoles (Priorité impératif). La plate-forme IDPA apporte son expertise et son soutien au LNR E. coli (VetAgroSup) en réalisant la recherche des marqueurs de virulence en qPCR haut débit sur les souches de STEC que lui envoie le LNR pour caractérisation (travail réalisé en partie dans le cadre d’une CRD financée par l’Anses).
Contribution à la surveillance L’unité ne contribue pas à des réseaux de surveillance
4. Animation ou contribution à l’animation de dispositifs de surveillance
Nom du dispositif de surveillance
Activités à conduire en 2014 Délivrable pour 2014
Convention de recherche et développement (CRD) : Etude des caractéristiques
Dans le cadre du prolongement de la CRD qui associe l’Anses, le CNR et le LNR E. coli la PF IdentyPath apportera son soutien dans la caractérisation moléculaire des souches de STEC isolées chez l’homme et
Rapport de la CRD transmis à l’Anses / Direction de l’évaluation des risques
ANSES/PR2/01-01 [version a] Page 32 sur 62
génétiques et phénotypiques des souches STEC isolées chez l’homme, l’animal et dans les aliments en France
dans les aliments.
Convention DGAL : LNR botulisme aviaire
Dans le cadre du prolongement de la convention avec la DGAL qui confie à l’Anses le mandat de LNR ‘botulisme aviaire’ la PF IdentyPath apportera son soutien dans le dispositif de surveillance des foyers de botulisme dans la filière avicole.
Rapport du LNR botulisme aviaire transmis à la DGAL
Recherche
5. Projets de recherche initiés avant 2014, toujours en cours au 01/01/2014
non détaillés, intégration de la liste des conventions en cours enregistrées à la DFT souhaitée
(passer à la rubrique 1)
listés et détaillés ci-dessous :
Thématique : NRBC, Bioterrorisme, E. coli enterohémorragiques
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Projet NRBC : Etude du ‘virulome’ des souches d’E. coli responsables de colites hémorragiques et du SHU (syndrome hémolytique et urémique)
impératif oui
Période Début (mois année) : Janvier 2012 Fin prévue (mois année) : Décembre 2014
Thématique : E. coli enterohémorrhagiques
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Caractérisation génétique du pouvoir pathogène des souches de STEC et émergence de nouveaux pathogroupes d’E. coli.
impératif oui
Période Début : Janvier 2013 Fin prévue : Décembre 2014
Thématique : Salmonella serotypage moléculaire
Titre du projet : Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Projet SEROTYPSAL : Conception d’un programmé oui
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schéma alternatif de détermination des sérotypes majeurs chez Salmonella enterica basée sur un système de qPCR haut débit
Période Début : Janvier 2012 Fin prévue : Décembre 2014
Thématique : Agents pathogènes véhiculés par les Tiques
Titre du projet : Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Projet BiopuceTIK : Détection d’un panel d’agents pathogènes à caractère épizootique et/ou zoonotique dans des tiques collectées en France : création d’une puce à ADN basse densité servant d’outil d’investigation épidémiologique
impératif oui
Période Début : Janvier 2012 Fin prévue : Décembre 2014
6. Projets de recherche qui démarrent en 2014
Thématique : E. coli enterohémorragiques
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Projet O26 (Stx2) : Caractérisation des souches d’E. coli O26 productrices de Shiga toxine 2 isolées dans les aliments et signification en termes de risque pour la santé publique
impératif oui
Période Début : Janvier 2014 Fin prévue : Décembre 2014
Positionnement de l’équipe partenaire
Thématique : Metagenomique
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Projet Metagenome : Metagenomique et sécurité alimentaire (Horizon 2020)
programmé oui
Période Début : En cours de dépot Fin prévue :
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Unité : Modélisation des comportements bactériens
Le niveau attendu de protection des consommateurs et d’innocuité des aliments nécessiteraient un
nombre de contrôles et d’analyses que les fabricants de denrées alimentaires et les organes de
contrôle officiels ne pourraient supporter.
Afin de garantir ce niveau élevé de sécurité sanitaire des aliments, il est nécessaire d’offrir des outils
de prédiction et d’estimation des risques comme outil d’aide à la décision.
L’unité exerce une activité destinée à concevoir, faire évoluer et nourrir les modèles utiles à
l’appréciation de l’exposition des consommateurs aux dangers bactériens.
Ces outils visent notamment à estimer les durées de vie des aliments ou l’impact des caractéristiques
des denrées alimentaires (pH, aw, acidité, taux de sel,..) sur la croissance de dangers bactériens
pertinents. Ils permettent également de quantifier l’impact des procédés de fabrication de divers
produits alimentaires sur les risques associés à la présence de bactéries pathogènes (L.
monocytogenes, Clostridium perfringens , Bacillus cereus….).
Ces travaux contribuent notamment aux activités de référence du laboratoire (LNR et LRUE Listeria
monocytogenes) par de la normalisation, de la rédaction de guides, de l’information et des
formations relatives aux challenges tests, tests de vieillissement et microbiologie prévisionnelle.
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Référence L’unité ne fait pas de référence (cocher, passer à la rubrique D)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE et ne l’intègre pas ici (cocher)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE intégré dans les rubriques ci-après (cocher)
1. Développement ou acquisition de méthodes
Mandat : LRUE/LNR Listeria monocytogenes
Essai inter-laboratoires d’aptitude sur les tests de croissance estimant le potentiel de croissance
Amélioration d’une méthode de contamination en surface d’une matrice alimentaire solide dans le but de conduire des tests de croissance pour Listeria monocytogenes
2. Expertise scientifique et technique relative aux méthodes d’analyse (dont participation aux instances de normalisation nationales ou internationales)
Mandat Demandes d’EST attendues en 2014
LNR Lm Saisines de la DGAl relatives à la détermination de durée de vie microbiologique des aliments.
Mandat Participation à des comités, commissions, GT de normalisation de méthodes d’analyse ISO, CEN, AFNOR, FAO, OIE…
LNR Lm Commissions V01C / V08B / V03C et nouveau WG 19 de l’ISO/TC 34/SC 9 de normalisation des tests de croissance
3. Animation des réseaux de laboratoires officiels
Mandat : LRUE Listeria monocytogenes
Sessions de formation relative à la mise en œuvre d’études de durée de vie de denrées alimentaires prêtes à être consommées au regard de Listeria monocytogenes
Mandat : LNR Listeria monocytogenes
Titre de session(s) de formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels
Priorité (impératif, programmé)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
Formation des agents des laboratoires reconnus par la DGAl pour la réalisation des tests de croissance au regard de L. monocytogenes
impératif
Dans le cadre de son activité de LNR pour Listeria monocytogenes, l’unité aura, en 2014, pour mission d’animer un réseau de laboratoires reconnus par la Direction Générale de l’Alimentation (DGAl) pour la réalisation des tests de croissance de Listeria monocytogenes, cités comme un des outils utiles à la mise en œuvre des études de durée de vie dans le règlement européen (CE) 2073/2005 relatif aux critères microbiologiques applicables aux denrées alimentaires (Arrêté du 29 octobre 2012 et note de service DGAL/SDPPST/N2013-8079 du 30 avril 2013).
A ce titre l’unité aura en charge :
- la réalisation d’audits des laboratoires réalisant des tests de croissance destinés à déterminer la durée de vie microbiologique des denrées alimentaires prêtes à être consommées au regard du danger L. monocytogenes ,
la formation, en tant que de besoin, des agents des laboratoires reconnus par la DGAl pour la mise en œuvre des études de durée de vie microbiologique des aliments.
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Recherche
4. Projets de recherche initiés avant 2014, toujours en cours au 01/01/2014
non détaillés, intégration de la liste des conventions en cours enregistrées à la DFT souhaitée
(passer à la rubrique 1)
listés et détaillés ci-dessous :
Thématique : Histamine
Titre du projet
Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
HISTABAC : Caractérisation des bactéries productrices d’histamine dans les produits de la mer réfrigérés
impératif
Oui
Période Début (mois année) : 04/2012 Fin prévue (mois année) : 12/2013 (extension en 2014)
Thématique : Maîtrise de l’hygiène des procédés
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
TRADICUISSON : Mise au point d’une méthodologie de validation de procédés de cuisson-basse température
impératif Positionnement en cours de révision
Période Début (mois année) : 05/2012 Fin prévue (mois année) : 05/2014
Thématique : Listeria
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
MOQUA : Modélisation des variabilités des transferts thermiques et hydriques dans la chaîne du froid pour la maîtrise de la qualité et la sécurité sanitaire
impératifCliquer ici ouiCliquer ici
Période Début (mois année) : 11/2011 Fin prévue (mois année) : 11/2014
5. Projets de recherche qui démarrent en 2014
Thématique : Salmonella
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
SalmoTransmAbat : Transmission des Salmonelles pendant l’abattage : adaptation d’un modèle à la situation française
Programmé (dépôt de projet en cours)
Cliquer ici
Période Début (mois année) : A définir (si financement
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FranceAgrimer) Fin prévue (mois année) : +18 mois
6. Récapitulatifs des thèses et post-doctorats
Doctorats prévus (sujets acceptés) et en cours, qu’elles soient encadrées ou co-encadrées par un scientifique de l’Anses
Titre Nom du doctorant Durée : mois année-mois année Financeurs
Modélisation des variabilités des transferts thermiques et hydriques dans la chaîne du froid pour la maîtrise de la qualité et la sécurité sanitaire
Steven DURET 11/2011 – 11/2014 CR IdF/DIM-ASTREA
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Unité des Polluants Organiques et Pesticides L’unité exerce ses compétences dans le domaine des pesticides (organochlorés,
organophosphorés, pyréthrinoïdes, carbamates, triazoles , ammoniums quaternaires, …).
L’unité abrite deux mandats nationaux de référence :
o pour les pesticides dans les denrées animales et d’origine animale
o pour l’analyse des résidus de pesticides selon des méthodes monorésidus
- Dans le cadre de ses missions de référence, l’unité développe et valide des méthodes
d’analyse soit multirésidus pour l’analyse des pesticides dans les denrées animales, soit
mono-résidus dans les denrées animales et végétales. La validation des méthodes est réalisée
sous assurance qualité selon le référentiel EN ISO/CEI17025 (COFRAC - portée flexible). L’unité
anime deux réseaux de laboratoires officiels pour lequel elle organise des sessions de
formation, confirme les analyses officielles, organise plusieurs essais d’aptitude par an et
contribue à l’élaboration de matériaux de référence. Dans le cadre du plan national
chlordécone, elle accompagne en particulier le laboratoire départemental de la Martinique
(LDA 972) pour la réalisation des analyses officielles de chlordécone dans les denrées
animales.
- L’unité contribue à l’évaluation de l’exposition des consommateurs aux pesticides dans les
denrées alimentaires via les études EAT2, EAT infantile et SAPOTILLE. Elle concourt à
l’évaluation des risques en participant à l’expertise du CES de l’ANSES « Produits
phytopharmaceutiques : substances et préparations chimiques ».
- Elle s’implique dans les travaux de normalisation des méthodes d’analyse (AFNOR, CEN, ISO)
et participe aux discussions sur les règlements communautaires en cours d’élaboration.
- En recherche, l’unité œuvre pour la création de connaissances, notamment par le
développement de méthode permettant la cartographie de contamination des aliments par
des méthodes à large spectre dites « non-ciblée » (futur projet ANOCIP) ; un autre projet sur
le statut de contamination vis-à-vis des pesticides des filières Viande « bio » (bœuf, porc,
volaille) par rapport aux élevages conventionnels permettra de connaître la nature et le
niveau de contamination de ce type d’aliments ainsi que l’effet des procédés thermiques de
préparation de ces aliments sur le devenir de ces contaminants (projet ANR SOMEAT).
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Référence L’unité ne fait pas de référence (cocher, passer à la rubrique D)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE et ne l’intègre pas ici (cocher)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE intégré dans les rubriques ci-après (cocher)
1. Développement ou acquisition de méthodes
Mandat : LNR Pesticides dans les denrées alimentaires d’origine animale et produits à forte teneur en matière grasse
Dosage des pesticides organochlorés et des pyréthrinoïdes dans la matière grasse d’origine animale par GC-MS/MS (Anses Maisons Alfort POP10)
Dosage des pesticides organophosphorés et 3 organochlorés dans les denrées alimentaires d’origine animale par LC-MS/MS. Anses Maisons Alfort POP11)
Méthode type QuEchERS adaptée pour l’analyse des pesticides dans les denrées d’origine animale par LC-MS/MS et/ou GC-MS/MS (Anses Maisons Alfort POP 13)
Mandat : LNR Pesticides par méthodes monorésidus
La méthode n’a pas encore été choisie, le comité de pilotage du LNR monorésidus se réunira en septembre-octobre 2013 afin de prioriser la méthode à développer par le LNR en 2014.
2. Expertise scientifique et technique relative aux méthodes d’analyse (dont participation aux
instances de normalisation nationales ou internationales)
Mandat Demandes d’EST attendues en 2014
DAOA et Mono Avis sur le projet de règlement CE concernant le programme de contrôle pluriannuel des pesticides 2015-2017
Mandat Participation à des comités, commissions, GT de normalisation de méthodes d’analyse ISO, CEN, AFNOR, FAO, OIE…
DAOA et Mono - AFNOR – Animateur du Groupe miroir CEN/ TC 275/ WG3-4
« Pesticides »
- AFNOR – Membre de la commission V03B « Méthodes d’analyses
horizontales des denrées alimentaires »
- CEN - Représentant Français au CEN pour le groupe de travail du CEN
TC275 WG4 « Pesticides »
- ISO - Représentant Français à l’ISO TC34 « Pesticides »
- CODEX – Membre du groupe de travail sur les performances des
méthodes d’analyse des pesticides.
- ANSES – Membre du GT VAL2 « Validation de méthode »
- ANSES – Membre du CES « produits phytopharmaceutiques :
Substances et préparation chimiques »
3. Animation des réseaux de laboratoires officiels
Mandat : LNR Pesticides dans les denrées alimentaires d’origine animale et produits à forte teneur en matière grasse
Titre de l’EIL que vous prévoyez d’organiser en 2014
Type d’EIL (EILA, EILV)
Priorité (impératif, programmé)
Champ (matrice / analyte / méthode…) Périodicité, le cas échéant, telle que validée avec la tutelle (tous les 6,12,18 ou 24 mois)
ANSES/PR2/01-01 [version a] Page 40 sur 62
EUPT AO09
Analyse de
résidus de
pesticides
Extraction
des données
des
laboratoires
Français et
suivi des
actions
correctives
EILA impératif Matrice : non définie
Analyte : Aldrine, Chlordane ,
Chlordane , Oxy-chlordane, Chlorobenzilate, Chlorothalonil, DDD o,p’ (TDE o,p’), DDD p,p’ (TDE p,p’), DDE o,p’, DDE p,p’, DDT o,p, DDT p,p’, Dicofol o,p’, Dicofol p,p’, Dieldrine, Endosulfan
, Endosulfan , Endosulfan sulfate,
Endrine, HCB, HCH , HCH , HCH , Heptachlore, Heptachlore epoxy cis, Heptachlore epoxy trans, Méthoxychlor 4.4’, Pendimethalin, Bifenthrine, Cyfluthrine, Cyhalothrine , Cypermethrine, Deltamethrine cis, Fenvalerate, Permethrine cis, Permethrine trans, Quintozene, Tecnazene, Azinphos Ethyl, Chlorpyrifos Ethyl, Chlorpyrifos Methyl, Diazinon, Disulfoton, Disulfoton Sulfone, Disulfoton Sulfoxide, Fenthion, Fenthion Sulfone, Fenthion Sulfoxide, Fenthion Oxon, Fenthion Oxon Sulfone, Fenthion Oxon Sulfoxide, Methacrifos, Methidathion, Parathion Ethyl, Parathion Methyl, Paraoxon Methyl, Phorate, Phorate Oxon, Phorate Sulfone, Pirimifos Methyl, Profenofos, Pyrazophos, Triazophos,Flusilazole, Boscalid, Indoxacarb, Metazachlor, Cyproconazole, Prothioconazole, Etofenprox, Spinosad, Fenpropidin, Tebuconazole, Fluquinconazole, Bixafen, Carbendazim, Prochloraz, Chlorpropham, Epoxiconazole, Prothioconazole-desthio, Famoxadone, tau-Fluvalinate, Fenpropimorph, Tetraconazole, Thiacloprid. Méthode : POP 10 - POP 11 et POP13 (molécules non-obligatoires)
tous les 12 mois
Mandat : LNR Pesticides dans les denrées alimentaires d’origine animale et produits à forte teneur en matière grasse
Titre de l’EIL que vous prévoyez d’organiser en 2014
Type d’EIL (EILA, EILV)
Priorité (impératif, programmé)
Champ (matrice / analyte / méthode…) Périodicité, le cas échéant, telle que validée avec la tutelle (tous les 6,12,18 ou 24 mois)
Dosage des
résidus de
pesticides
EILA impératif Matrice : chaire de poisson
Analyte : Aldrine, Chlordane ,
Chlordane , Oxy-chlordane, Chlorobenzilate, Chlorothalonil, DDD
tous les 12 mois
ANSES/PR2/01-01 [version a] Page 41 sur 62
dans la chair
de poisson
o,p’ (TDE o,p’), DDD p,p’ (TDE p,p’), DDE o,p’, DDE p,p’, DDT o,p, DDT p,p’, Dicofol o,p’, Dicofol p,p’, Dieldrine,
Endosulfan , Endosulfan , Endosulfan
sulfate, Endrine, HCB, HCH , HCH ,
HCH , Heptachlore, Heptachlore epoxy cis, Heptachlore epoxy trans, Méthoxychlor 4.4’, Pendimethalin, Bifenthrine, Cyfluthrine, Cyhalothrine , Cypermethrine, Deltamethrine cis, Fenvalerate, Permethrine cis, Permethrine trans, Quintozene, Tecnazene, Azinphos Ethyl, Chlorpyrifos Ethyl, Chlorpyrifos Methyl, Diazinon, Disulfoton, Disulfoton Sulfone, Disulfoton Sulfoxide, Fenthion, Fenthion Sulfone, Fenthion Sulfoxide, Fenthion Oxon, Fenthion Oxon Sulfone, Fenthion Oxon Sulfoxide, Methacrifos, Methidathion, Parathion Ethyl, Parathion Methyl, Paraoxon Methyl, Phorate, Phorate Oxon, Phorate Sulfone, Pirimifos Methyl, Profenofos, Pyrazophos, Triazophos,Flusilazole, Boscalid, Indoxacarb, Metazachlor, Cyproconazole, Prothioconazole, Etofenprox, Spinosad, Fenpropidin, Tebuconazole, Fluquinconazole, Bixafen, Carbendazim, Prochloraz, Chlorpropham, Epoxiconazole, Prothioconazole-desthio, Famoxadone, tau-Fluvalinate, Fenpropimorph, Tetraconazole, Thiacloprid. Méthode : POP 10 - POP 11 et POP13
Mandat : LNR Pesticides par méthodes monorésidus
Titre de l’EIL que vous prévoyez d’organiser en 2014
Type d’EIL (EILA, EILV)
Priorité (impératif, programmé)
Champ (matrice / analyte / méthode…)
Périodicité, le cas échéant, telle que validée avec la tutelle (tous les 6,12,18 ou 24 mois)
EUPT SRM09
Analyse de
résidus de
pesticides
Extraction des
données des
laboratoires
EILA impératif Matrice : non définie Analyte : Pesticides polaires (2.4D (acide libre), captan, chlorméquat, chlorothalonil, cyromazine, dicofol, ethepon,
fenbutatin oxyde, fluazifop, folpet, glyphosate, haloxyfop, mépiquat, diquat, fentin, fosethyl aluminium, glufosinate,, hydrazide maleique, HEPA, AMPA, MPPA, N-Acethyl-Glufosinate, ETU, PTU, daminozide)
tous les 12 mois
ANSES/PR2/01-01 [version a] Page 42 sur 62
Français et suivi
des actions
correctives
Méthodes : POP15 et POP20
Mandat : LNR Pesticides par méthodes monorésidus
Titre de l’EIL que vous prévoyez d’organiser en 2014
Type d’EIL (EILA, EILV)
Priorité (impératif, programmé)
Champ (matrice / analyte / méthode…)
Périodicité, le cas échéant, telle que validée avec la tutelle (tous les 6,12,18 ou 24 mois)
Dosage de
l’Ethephon dans
les denrées
végétales
EILA impératif Matrice : non définie Analyte : Ethepon Méthode : POP15
tous les 12 mois
Mandat : LNR Pesticides dans les denrées alimentaires d’origine animale et produits à forte teneur en matière grasse
Titre de session(s) de formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels
Priorité (impératif, programmé)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
Atelier de travail programmé
Mandat : LNR Pesticides dans les denrées alimentaires d’origine animale et produits à forte teneur en matière grasse
Titre de session(s) de formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels
Priorité (impératif, programmé)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
Formation programmé
Mandat : LNR Pesticides par méthodes monorésidus
Titre de session(s) de formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels
Priorité (impératif, programmé)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
Atelier de travail programmé
Mandat : LNR Pesticides par méthodes monorésidus
Titre de session(s) de formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels
Priorité (impératif, programmé)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
Formation programmé
ANSES/PR2/01-01 [version a] Page 43 sur 62
Mandat : LNR Pesticides par méthodes monorésidus et LNR Pesticides dans les denrées alimentaires d’origine animale et produits à forte teneur en matière grasse
Titre de session(s) de formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels
Priorité (impératif, programmé)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
Séminaire des 4 LNRs pesticides Français impératif
4. Autre action dans le domaine de la référence
Thématique : Pesticides
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Mise en place et fiabilisation des capacités analytiques du laboratoire de la Martinique pour le dosage du chlordécone dans les denrées animales et d’origine animale.
impératif Oui
Période Début : juin 2012 Fin prévue : juin 2014
Thématique : Pesticides
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
PRIMODA - Priorisation des molécules phytopharmaceutiques pour la surveillance des denrées animales Complémentarité de l’évaluation des risques a priori et a posteriori
impératif oui
Période Début (mois année) : Janvier 2014 Fin prévue (mois année) : octobre 2014
Contribution à la surveillance L’unité ne contribue pas à des réseaux de surveillance
5. Plans de contrôle et de surveillance ou campagnes d’analyse programmées par l’autorité
en 2014
Analyses officielles du PSPC 2014 pesticides produits de la pêche pour le LCSV (DDPP 75, 91, 92, 93 et 94)
Analyses Officielles du PSPC 2014 Expérimental Pesticides Mollusques bivalves (A confirmer)
Analyses Officielles du PSPC 2014 Pesticides Foie (porcin, bovin, volaille)
Analyses Officielles du PSPC 2014 Pesticides Equin (A confirmer)
Contrôle qualité du PSPC Chlordécone
Recherche
ANSES/PR2/01-01 [version a] Page 44 sur 62
6. Projets de recherche initiés avant 2014, toujours en cours au 01/01/2014
non détaillés, intégration de la liste des conventions en cours enregistrées à la DFT souhaitée
(passer à la rubrique 1)
listés et détaillés ci-dessous :
Thématique : Pesticides et polluants organiques
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
EAT Infantile-Etude de l’alimentation totale concernant l’exposition à certains contaminants des enfants français de moins de 3 ans (l’unité POP
est impliquée dans la réalisation des analyses d’acrylamide et de furane et l’expertise des résultats de pesticides)
impératif oui
Période Début (mois année) : Aout 2011 Fin prévue (mois année) : Aout 2014
Thématique : Pesticides
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
ANR SOMEAT - Sécurité sanitaire des viandes issues de l’agriculture biologique
impératif oui
Période Début (mois année) : Janvier 2013 Fin prévue (mois année) : Décembre 2014
Thématique : Pesticides
Titre du projet :
Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
ANOCIP - Analyse non-ciblée des pesticides dans les aliments
impératif oui
Période Début (mois année) : Avril 2013 Fin prévue (mois année) : Décembre 2016
ANSES/PR2/01-01 [version a] Page 45 sur 62
Unité des Contaminants inorganiques et minéraux de l’environnement
L’unité exerce ses compétences dans le domaine des contaminants inorganiques (éléments traces et
minéraux). Dans le cadre de son mandat de référence (LNR « Eléments traces dans les denrées
alimentaires d’origine animale (DAOA) »), l’unité développe et valide des méthodes d’analyse, gère
un réseau de laboratoires d’application, organise des essais interlaboratoires d’aptitude (EILA) et des
formations continues et élabore des matériaux de référence.
Elle œuvre pour la création de connaissances et pour le développement de nouvelles approches
analytiques, pour l’identification (ou mise en évidence) et la caractérisation chimique (spéciation), la
contamination des aliments (transfert, accumulation, répartition…) et l’exposition des
consommateurs (EAT infantile, EAT, étude Calipso, étude des repas dupliqués…).
Son expertise permet de nourrir l’évaluation des risques notamment en contribuant à l’évolution du
système de surveillance des éléments traces dans les denrées alimentaires. L’unité s’implique
également dans des travaux de normalisation et d’expertise.
ANSES/PR2/01-01 [version a] Page 46 sur 62
Référence L’unité ne fait pas de référence (cocher, passer à la rubrique D)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE et ne l’intègre pas ici (cocher)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE intégré dans les rubriques ci-après (cocher)
1. Développement ou acquisition de méthodes
Mandat : LNR « Métaux lourds dans les DAOA »
Détermination par dilution isotopique de la teneur en espèces mercurielles dans les produits de la pêche : Extraction solide/liquide et quantification par dilution isotopique chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse couplée à un plasma induit (ID-GC/ICP-MS)
Détermination de la teneur en mercure total dans les aliments par analyse de mercure direct
2. Expertise scientifique et technique relative aux méthodes d’analyse (dont participation aux
instances de normalisation nationales ou internationales)
Mandat Participation à des comités, commissions, GT de normalisation de méthodes d’analyse ISO, CEN, AFNOR, FAO, OIE…
LNR « Métaux lourds dans les DAOA »
Animation du GT 10 Métaux lourds de la commission AFNOR/V03B Participation au CEN TC 275 WG 10, et au comité permanent ISO / FIL / SC MCCPP
3. Animation des réseaux de laboratoires officiels
Mandat : LNR « Métaux lourds dans les DAOA »
Titre de l’EIL que vous prévoyez d’organiser en 2014
Type d’EIL (EILA, EILV)
Priorité (impératif, programmé)
Champ (matrice / analyte / méthode…)
Périodicité, le cas échéant, telle que validée avec la tutelle (tous les 6,12,18 ou 24 mois)
Produits de la pêche
EILA impératif Muscle / Pb, Cd Hg/As/ ANSES Maisons-Alfort CIME 01, 02, 04, 08
tous les 18 mois
Produits laitiers EILA impératif Lait/ Pb/ ANSES Maisons-Alfort CIME 03, 08
tous les 18 mois
Mandat : LNR « Métaux lourds dans les DAOA »
Titre de session(s) de formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels
Priorité (impératif, programmé)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
Formation sur méthode ANSES Maisons-Alfort CIME
programmé
Contribution à la surveillance L’unité ne contribue pas à des réseaux de surveillance
4. Plans de contrôle et de surveillance ou campagnes d’analyse programmées par l’autorité
en 2014
ANSES/PR2/01-01 [version a] Page 47 sur 62
Plan Miel
Plan orienté mercure animaux terrestres
5. Animation ou contribution à l’animation de dispositifs de surveillance
Nom du dispositif de surveillance
Activités à conduire en 2014 Délivrable pour 2014
Participation au GT technique d’analyse de la DER
En attente de la 1ère réunion En attente de la 1ère réunion
Recherche
6. Projets de recherche initiés avant 2014, toujours en cours au 01/01/2014
non détaillés, intégration de la liste des conventions en cours enregistrées à la DFT souhaitée
(passer à la rubrique 1)
listés et détaillés ci-dessous :
Thématique : Analyses élémentaires des éléments inorganiques
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
EPITHYR-2 : Interaction génétique environnement dans le risque de cancer de la thyroïde
impératif oui
Période Début (mois année) : 09/2011 Fin prévue (mois année) : 04/2014
Thématique : Analyses élémentaires des éléments inorganiques
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
EAT infantile : Etude de l’alimentation totale concernant l’exposition à certains contaminants des enfants français de moins de 3 ans
impératif oui
Période Début : 10/2011 Fin prévue : 06/2013
Thématique : Analyses élémentaires des éléments inorganiques
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
ANR SOMEAT : Sécurité sanitaire des viandes issues de l'agriculture biologique
programmé oui
Période Début : 2013 (projet accepté en juillet 2012) Fin prévue : 2017
ANSES/PR2/01-01 [version a] Page 48 sur 62
Thématique : Analyses élémentaires des éléments inorganiques
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
TDS Exposure
programmé oui
Période Début : mars 2013 Fin prévue : janvier 2016
7. Projets de recherche qui démarrent en 2014
Thématique : Analyses élémentaires des éléments inorganiques Spéciation des contaminants
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Extension de l’étude EATi au lait maternel
programmé oui
Période Début (mois année) : A définir Fin prévue (mois année) : A définir
Thématique : Spéciation des contaminants
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Spéciation du chrome dans les produits céréaliers, les produits laitiers et les eaux destinées à la consommation humaine par couplage HPLC-ICPMS et impact en termes d’évaluation du risque sur la santé du consommateur
programmé oui
Période Début (mois année) : 10/2013 Fin prévue (mois année) : 09/2016
8. Récapitulatifs des thèses et post-doctorats
Doctorats prévus (sujets acceptés) et en cours, qu’elles soient encadrées ou co-encadrées par un scientifique de l’Anses
Titre Nom du doctorant
Durée : mois année-mois année
Financeurs
Spéciation du chrome dans les produits céréaliers, les produits laitiers et les eaux destinées à la consommation humaine par couplage HPLC-ICPMS et impact en termes d’évaluation du risque sur la santé du consommateur.
Fanny HERNANDEZ
10/2013 – 09/2016 ANSES
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Laboratoire Central des services vétérinaires
Le laboratoire central des services vétérinaires est le laboratoire de première intention pour les DDPP
de la région parisienne (75, 91, 92, 93 et 94) pour réaliser l’ensemble des analyses de contrôle officiel
(investigations dans le cadre de TIA(C), contrôles aux frontières, analyses réglementaires et plans de
surveillance et contrôle), conformément à la convention passée avec la Préfecture de Police de Paris.
L’unité LCSV centralise l’ensemble des demandes des DDPP. Les analyses courantes de microbiologie
sont réalisées en son sein (dénombrement et recherche de germes d’hygiène et pathogènes – 4 260
analyses microbiologiques en 2012). L’unité est accréditée par le COFRAC depuis 2009 pour
l’ensemble des analyses réalisées en microbiologie conventionnelle (programme LAB GTA 59 sur 17
paramètres). Elle est la porte d’entrée pour les autres types d’analyses qui sont réalisées dans les
antennes (à savoir les autres unités du Laboratoire de sécurité des aliments, y compris le site de
Boulogne-sur-Mer, pour réaliser les analyses virologiques, les caractérisations bactériennes, le
dosage des différents contaminants chimiques ou du laboratoire de santé animale pour la détection
et l’identification des parasites). La structure possède l’agrément en tant que laboratoire agréé pour
la réalisation des analyses officielles dans le domaine de la microbiologie des aliments.
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Référence
1. Développement ou acquisition de méthodes
Mandat : Laboratoire agréé
Recherche de Campylobacter pathogènes
2. Expertise scientifique et technique relative aux méthodes d’analyse (dont participation aux
instances de normalisation nationales ou internationales)
Mandat Participation à des comités, commissions, GT de normalisation de méthodes d’analyse ISO, CEN, AFNOR, FAO, OIE…
Anses Commission V08 B – Microbiologie des aliments
3. Animation des réseaux de laboratoires officiels
Participation aux actions des LNR dans le cadre de l’animation des réseaux de laboratoires officiels au titre de laboratoire agréé par la DGAl dans le domaine de la microbiologie des aliments/
Contribution à la surveillance
L’unité participera aux plans de contrôle et de surveillance pour les méthodes pour lesquelles elle possède l’agrément DGAl (précisées en fin d’année) pour les DDPP de la région Ile de France.
Recherche L’unité n’est pas impliquée dans des projets de recherche (laboratoire de 1ère intention) mais uniquement dans l’évolution de son catalogue de prestations au service des DDPP franciliennes.
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Site de Boulogne-sur-Mer Unité de microbiologie des Produits de la Pêche
Cette unité a des activités de recherche et d’expertise dans le domaine des contaminants
microbiologiques des produits de la pêche. Elle développe des activités de recherche sur Listeria
monocytogenes dans cette filière. L. monocytogenes adhère à la surface d’équipements et peut être
mise en évidence dans de nombreux environnements industriels agro-alimentaires (bactéries
persistantes) où elle est considérée comme une source majeure de contamination des aliments,
entraînant des problèmes de santé publique. Des recherches sont également développées sur les
vibrions, bactéries propres aux eaux tièdes. L’unité réalise des prestations analytiques pour les
autorités sanitaires et les professionnels. Elle a un mandat de référence pour les Vibrio sp. et mets en
œuvre des analyses pour la caractérisation moléculaire des souches de Vibrio parahaemolyticus et la
recherche des hémolysines TDH et TRH. Les activités pour l’année 2014 s’orienteront vers
l’amélioration des méthodes de détection (Vibrions), la production et la compilation de données
pour la surveillance des contaminants microbiens dans les produits de la pêche et la participation à
des travaux concernant l’antibiorésistance dans la filière.
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Référence L’unité ne fait pas de référence (cocher, passer à la rubrique D)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE et ne l’intègre pas ici (cocher)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE intégré dans les rubriques ci-après (cocher)
1. Développement ou acquisition de méthodes
Mandat : LNR vibrio produits de la pêche
Détection de Vibrio par des méthodes moléculaires développées par le LR-UE
2. Expertise scientifique et technique relative aux méthodes d’analyse (dont participation aux
instances de normalisation nationales ou internationales)
Mandat Demandes d’EST attendues en 2014
LNR Vibrio produits de la pêche Réponses aux demandes d’expertise scientifique et technique à la demande de la DGAL Analyses de l’ensemble des contrôles officiels (Note de service DGAl à paraître)
Mandat Participation à des comités, commissions, GT de normalisation de méthodes d’analyse ISO, CEN, AFNOR, FAO, OIE…
LNR Vibrio produits de la pêche - Poursuite probable du GT « Evaluation du risque lié à Vibrio parahaemolyticus via la consommation de produits de la mer » en 2014 suite aux résultats obtenus au cours de la CRD en 2013. - Poursuite probable du GT AFNOR spécifique Vibrio pour la révision de la norme ISO/TS 21872 - Participation au groupe de travail du CEN Mandat M381 pour la révision des normes 11290-1 et 11290-2. - Participation au groupe de travail ISO/TC 34/SC 9/ WG 8 pour la révision de la norme ISO 6887.
3. Animation des réseaux de laboratoires officiels
Mandat : LNR Vibrio
Titre de l’EIL que vous prévoyez d’organiser en 2014
Type d’EIL (EILA, EILV)
Priorité (impératif, programmé)
Champ (matrice / analyte / méthode…)
Périodicité, le cas échéant, telle que validée avec la tutelle (tous les 6,12,18 ou 24 mois)
Caractérisation moléculaire des Vibrio parahaemolyticus et les facteurs de pathogénicité TDH et TRH
EILA programmé souches connues de Vibrio spp
tous les 12 mois
Recherche
4. Projets de recherche initiés avant 2014, toujours en cours au 01/01/2014
non détaillés, intégration de la liste des conventions en cours enregistrées à la DFT souhaitée
(passer à la rubrique 1)
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listés et détaillés ci-dessous :
Thématique : Vibrio
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Développement d’un système miniaturisé pour la détection des vibrions pathogènes par voie alimentaire dans les produits de la mer par PCR en temps réel. (GENVIB)
impératif oui
Période Début (mois année) : août 12 Fin prévue (mois année) : janvier 14
Thématique : Listeria
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Application d’un outil rapide de recherche de Listeria monocytogenes (PCR en temps réel) dans des entreprises de traitement de crevettes et caractérisation moléculaire des isolats. (RECLIS)
impératif oui
Période Début (mois année) : septembre 12 Fin prévue (mois année) : février 14
Thématique : Listeria
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Evaluation du comportement de Listeria monocytogenes en cours de conservation dans les crevettes cuites entières commercialisées en vrac ou sous atmosphère jusqu’a la durée de vie.(CREMONO)
impératif non
Période Début (mois année) : septembre 12 Fin prévue (mois année) : février 14
Thématique : Listeria
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Rôle de la matrice extracellulaire des biofilms monoespèces et mixtes de Listeria monocytogenes dans la formation des biofilms et dans leur détachement. Application à la filière
impératif non
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des produits de la pêche.(MATLM)
Période Début (mois année) : janvier 13 Fin prévue (mois année) : décembre 15
5. Récapitulatifs des thèses et post-doctorats
Doctorats prévus (sujets acceptés) et en cours, qu’elles soient encadrées ou co-encadrées par un scientifique de l’Anses
Titre Nom du doctorant Durée : mois année-mois année
Financeurs
Rôle de la matrice extracellulaire des biofilms monoespèces et mixtes de Listeria monocytogenes dans la formation des biofilms et dans leur détachement. Application à la filière des produits de la pêche.
Thomas Brauge janvier 13 - décembre 15
ANSES/ Région Nord pas de Calais
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Mission Parasitologie des Produits de la Pêche
De nombreux parasites affectent la qualité des produits de la pêche et certains d’entre eux ont un
potentiel zoonotique avec un impact en santé publique. Parmi ceux-ci, les Anisakidae, responsables
de pathologies digestives et/ou allergiques, représentent un risque parasitaire important dans les
poissons, de par leur répartition (plus de 200 espèces infestées, prévalence allant jusqu'à 100%), la
modification des habitudes alimentaires et le non-respect de la réglementation européenne.
La principale thématique de recherche de la Mission Parasitologie des produits de la pêche est la
compréhension de la répartition des Anisakidae dans les poissons consommés en France. Cette
thématique se développe selon 2 axes : 1) Recherche (quantification, caractérisation) de parasites
dans des espèces de poissons sélectionnés; 2) Développement et validation de méthodes
(moléculaires ou autres) d'Identification/détection des parasites.
Pour l'année 2014, ces objectifs seront poursuivis avec : 1) analyse des données de prévalence
acquises ; 2) poursuite de l'acquisition de données de prévalence (contexte européen et régional) ; 3)
développement de méthodes innovantes pour l'identification de ces parasites ; développement
et/ou évaluation des outils de détection/identification.
La mission effectue des travaux de référence sur les parasites dans les produits de la pêche en lien
avec le mandat de référence national "Parasites transmis par les Aliments" porté par le Laboratoire
de santé animale de Maisons-Alfort.
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Référence L’unité ne fait pas de référence (cocher, passer à la rubrique D)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE et ne l’intègre pas ici (cocher)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE intégré dans les rubriques ci-après (cocher)
1. Développement ou acquisition de méthodes
Mandat : Parasites transmis par les aliments
Digestion pepsique pour la recherche de larves de nématodes dans la chair de poisson
2. Expertise scientifique et technique relative aux méthodes d’analyse (dont participation aux
instances de normalisation nationales ou internationales)
Mandat Demandes d’EST attendues en 2014
Parasites transmis par les aliments en lien avec le mandat porté par le LSAn
Demande d'expertise en cas de suspicion d'Anisakidae par le BPMED de la DGAl Sollicitations ponctuelles pour la rédaction/correction de textes par le BPMED de la DGAl
3. Animation des réseaux de laboratoires officiels
Mandat : Parasites transmis par les aliments
Titre de session(s) de formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels
Priorité (impératif, programmé)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
Parasites de poissons et fruits de mer (diffusion aux professionnels et autorités sanitaires) Formation programmée dans le programme de recherches Fish-Parasites
impératif
4. Autre action dans le domaine de la référence
L'objectif pour 2014 est de poursuivre l’intégration des activités portant sur les Anisakidae (recherche
et identification) réalisées par la Mission de Parasitologie des Produits de la Pêche de Boulogne au
LNR Parasites transmis par les aliments porté par le Laboratoire de Santé Animale.
Délivrable : Reconnaissance de l'activité de référence de la Mission au niveau national et par le LR-UE
Recherche
5. Projets de recherche initiés avant 2014, toujours en cours au 01/01/2014
non détaillés, intégration de la liste des conventions en cours enregistrées à la DFT souhaitée
(passer à la rubrique 1)
listés et détaillés ci-dessous :
Thématique : Parasites des produits de la pêche
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
ANR Fish-Parasites : Parasites de impératif oui
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poisson: identification du danger, impact et recherches en vue d'une stratégie efficace de prévention
Période Début (mois année) : 12/2010 Fin prévue (mois année) : 11/2013, prolongation au 05/2014
Thématique : Parasites des produits de la pêche
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
FP7 PARASITE : PArasite Risk ASsessment with Integrated Tools in EU fish production value chains
impératif oui
Période Début (mois année) : 02/2013 Fin prévue (mois année) : 01/2016
Thématique : Parasites des produits de la pêche
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Caractérisation des parasites responsables de zoonoses dans les produits de la pêche : étude de prévalence et développement d'outils d'identification et de détection (Thèse)
impératif oui
Période Début (mois année) : 10/2012 Fin prévue (mois année) : 09/2015
6. Projets de recherche qui démarrent en 2014
Thématique : Parasites des produits de la pêche
Titre du projet Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
ABCFish : Protistes et nématodes parasites de poisson : de leur circulation dans les écosystèmes à leur impact en santé humaine
impératif oui
Période Début (mois année) : janvier 2014 Fin prévue (mois année) : décembre 2016
7. Récapitulatifs des thèses et post-doctorats
Doctorats prévus (sujets acceptés) et en cours, qu’elles soient encadrées ou co-encadrées par un scientifique de l’Anses
Titre Nom du doctorant Durée : mois année-mois année
Financeurs
Caractérisation des parasites responsables de zoonoses dans les produits de la pêche : étude de prévalence
Yuwalee SEESAO (Thaïlande)
10/2012 – 09/2015 Gouvernement thaïlandais
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et développement d'outils d'identification et de détection
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Unité de physico-chimie des produits de la pêche
L’unité de physico-chimie développe deux thématiques, la première qui est liée au risque
histaminique et la seconde qui concerne la qualité-fraicheur des poissons.
La caractéristique de « fraicheur » des produits de la mer est non seulement importante du point de
vue organoleptique et nutritionnel pour le consommateur mais constitue également un enjeu
sanitaire à travers le risque d’installation d’une flore d’altération bactérienne capable de produire et
d’accumuler des produits de dégradation comme par exemple ceux issus des protéines (amines
biogènes). La connaissance de l’état de fraicheur à l’aide de marqueur constitue un indicateur a
posteriori des bonnes pratiques de conservation des produits (congélation, conservation au froid
positif). L’unité s’intéresse à la recherche de composés volatils qui pourraient permettre de
caractériser la fraicheur afin de garantir la qualité, élément essentiel de la sécurité sanitaire des
produits. D’autre part l’étude de ces composés pourrait nous conduire à la différenciation de
produits ayant subi une congélation. L’objectif poursuivi est de réaliser en laboratoire de manière
objective ce qui est fait lors d’analyses sensorielles : l’identification et la quantification de composés
volatils dont l’évolution est significative du niveau d’altération devrait permettre une prise en
compte objective des odeurs, celles-ci constituant l’expression la plus explicite de la dégradation.
L’unité va consolider ses activités de référence liées au LNR Histamine par la participation à une
démarche communautaire de validation de la méthode de quantification.
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Référence L’unité ne fait pas de référence (cocher, passer à la rubrique D)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE et ne l’intègre pas ici (cocher)
L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE intégré dans les rubriques ci-après (cocher)
Il n’existe pas de LR-UE Histamine mais l’unité à un positionnement européen important sur ce danger notamment au travers de ses travaux de normalisation européenne et son rôle pilote dans le cadre du CEN
1. Développement ou acquisition de méthodes
Mandat : LNR Histamine
Dosage de l’Histamine par HPLC
2. Expertise scientifique et technique relative aux méthodes d’analyse (dont participation aux
instances de normalisation nationales ou internationales)
Mandat Demandes d’EST attendues en 2014
LNR Histamine Participation à des comités, commissions, GT de normalisation de méthodes d’analyse ISO-CEN (AFNOR), FAO, OIE… GT Anses Validation des méthodes d’analyses
3. Animation des réseaux de laboratoires officiels
Mandat : LNR Histamine
Titre de l’EIL que vous prévoyez d’organiser en 2014
Type d’EIL (EILA, EILV)
Priorité (impératif, programmé)
Champ (matrice / analyte / méthode…)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
Histamine EILA impératif Poisson
Mandat : LNR Histamine
Titre de session(s) de formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels
Priorité (impératif, programmé)
Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)
Séminaire du réseau des laboratoires agréés
impératif
4. Autre action dans le domaine de la référence
A la demande de la DGAL, le LNR est sollicité pour réaliser des audits des laboratoires agréés (1
laboratoire agréé audité par an au moins) conjointement avec la DGAL. Cette mission n’est pas
explicitement mentionnée dans les missions des LNR mais peut s’accrocher à l’expertise technique
que doit apporter le LNR à la DGAL. En terme de moyen, il n’est pas envisageable d’aller au-delà d’un
audit par an.
Contribution à la surveillance L’unité ne contribue pas à des réseaux de surveillance
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5. Plans de contrôle et de surveillance ou campagnes d’analyse programmées par l’autorité en 2014
PSPC Histamine
Recherche
6. Projets de recherche initiés avant 2014, toujours en cours au 01/01/2014
non détaillés, intégration de la liste des conventions en cours enregistrées à la DFT souhaitée
(passer à la rubrique 1)
listés et détaillés ci-dessous :
Thématique : Histamine
Titre du projet
Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
HISTABAC : Caractérisation des bactéries productrices d’histamine dans les produits de la mer réfrigérés
impératif
Oui
Période Début (mois année) : 04/2012 Fin prévue (mois année) : 12/2013 (extension -> 01/03/2014)
Thématique : Qualité fraicheur
Titre du projet
Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
FUI Opticook instrumentation sans contact et contrôle des paramètres pour une cuisson optimale des aliments, sans intervention humaine et automatisée permettant de conserver les qualités sanitaires, organoleptiques et nutritionnelles des aliments cuits.
Impératif oui
Période Début (mois année) : 11/2012 Fin prévue (mois année) : 12/2015
Thématique : Qualité fraicheur
Titre du projet
Priorité (impératif, programmé)
Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)
Approches chimiques (analyse des composés aromatiques) et moléculaires (PCR quantitative) pour l’évaluation de la qualité-fraîcheur du poisson (frais, fumés et cuits) Thèse
Impératif Oui
Période Début (mois année) : 10/2011 Fin prévue (mois année) : 10/2014
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7. Récapitulatifs des thèses et post-doctorats
Doctorats prévus (sujets acceptés) et en cours
Titre Nom du doctorant Durée : mois année-mois année
Approches chimiques (analyse des composés aromatiques) et moléculaires (PCR quantitative) pour l’évaluation de la qualité-fraîcheur du poisson (frais, fumés et cuits)
Alexandre Dehaut 10/2011 – 10/2014