Pronalaženje informacija: baze podataka i strategija njihova pretraživanja
Poslijediplomski studij TRIBESplit, svibanj 2012.
Pretraživanje informacija na internetu
Opći pretraživači Yahoo http://www.yahoo.com Google http://www.google.com
Specijalizirani pretraživači i portali Google Scholar http://scholar.google.hr Health on the Net http://www.hon.ch/home.html PlivaMedNet http://www.plivamed.net/
Elektronički časopisi BMJ http://bmj.com/ CMJ http://www.cmj.hr Slobodno dostupni časopisi
http://www.freemedicaljournals.com/ http://www.doaj.org/
Bibliografske baze podataka MEDLINE/PubMed Current Contents Web of Science (WoS) Scopus
Medicinske knjižnice
Objavljivanje - završna faza istraživanja
Objavljivanje rezultata znanstvenog istraživanja - stožerno značenje u širenju znanja.
Znanstveni rad poštuje niz pravila i uputa kako bi se tijek istraživanja i njegovi rezultati mogli shvatiti, provjeriti i uporabiti u daljnjim istraživanjima, a sve u svrhu povećavanja znanstvenog znanja.
Pronalaženje izvornih radova potrebnih za daljnji rad važna je zadaća svakog znanstvenika.
Znanstvena produktivnost
Sindrom “objavi ili nestani” (publish or perish) - akademska i profesionalna promocija
Po nekim procjenama broj radova raste godišnje po stopi od 10%, a svake se godine u području biomedicine pojavi 75 - 100 novih časopisnih naslova.
Rast broja medicinskih časopisa
Stoljeće/godina Broj časopisa
17. 10
18. 436
19. 1 147
1961. ~ 6 000
2000. ~ 16 000
Gdje smo danas?
Znanstveni časopis još uvijek ima središnju ulogu u priopćavanju novih rezultata.
Većina časopisa ima elektroničke inačice. Mrežni arhivi medicinskih časopisa i članaka Open access
OA medicinski časopisi Open Choice (Springer) Pohrana rukopisa (NIH Public Access Policy) Institucijski repozitoriji
Baze podataka
Osnovne značajke
Što su baze podataka? Organizirane zbirke podataka Svaka se baza podataka sastoji od zapisa Zapisi sadrže određena polja s točno
određenim podatcima Svako polje ima:
Nepromjenjivi naziv (npr. Authors) Promjenjivi sadržaj (npr. Tomic S, Markotic A…)
Neka polja nose različite nazive u različitim bazama iako im je sadržaj isti
Primjeri strukture zapisa
Current Contents
MEDLINE/ PubMed
Web of Science
Kako nastaju?
Baze podataka izrađuju strukovna udruženja, knjižnice, profitne i neprofitne udruge…
Stvaraju ih stotine stručnjaka različitih profila: Knjižničari – definiraju strukturu baze podataka
kako bi bili uključeni svi potrebni elementi koji opisuju rad
Računalni stručnjaci – izrađuju bazu i sučelja te brinu o tehničkoj podršci
Indekseri – radovima pridodaju ključne riječi kojima opisuju sadržaj
Vrste baza podataka
Osnovne vrste su: Bibliografske baze podataka Citatne baze podataka Baze podataka s cjelovitim tekstom
Postoje i druge (npr. tekstualno-numeričke), ali su tri navedene najvažnije za pronalaženje podataka o izvornim znanstvenim radovima
Mnoge baze podataka su kombinacija dviju ili više osnovnih vrsta
Bibliografske baze podataka Temeljni sekundarni izvor podataka Sadrže osnovne podatke o primarnim izvorima
(objavljenim radovima): autor/i, naslov rada, naslov časopisa, godina/svezak/stranice, naziv ustanove i sl., ključne riječi, sažetak…
Razlikuju se prema znanstvenim područjima koja obuhvaćaju, broju časopisa, knjiga i drugih publikacija koje obrađuju, strukturi i opsegu bibliografskoga zapisa (neke baze opisuju svaki rad s desetak polja, a neke s tridesetak i više) te dodatnoj obradi (predmetnice)
Služe za stjecanje uvida u određeno znanstveno područje
Najvažnije bibliografske baze u području medicine
MEDLINE EMBASE Current Contents
Clinical Medicine Life Sciences
PsycINFO CINAHL
Citatne baze podataka
Pored osnovne strukture bibliografskih baza podataka one dodatno obrađuju popise korištene literature i prate citiranost radova unutar skupine publikacija koje obrađuju
Daju odgovor na pitanje koliko je puta citiran neki rad ili neki autor
Ne bilježe razliku između pozitivnih i negativnih citata Tek je u novije vrijeme moguće razlikovati samocitate Koriste se za stjecanje uvida u određeno znanstveno
područje i za praćenje odjeka određenoga rada ili autora unutar znanstvenoga područja
Dostupne citatne baze
Web of Science Sve do 2004. godine jedina citatna baza
Scopus Elsevier je objavljuje 2004. godine
Google Scholar Googleova tražilica lansirana također 2004.
godine Prati citiranost radova unutar izvora koje
pretražuje
Baze podataka s cjelovitim tekstom Najčešće su to zbirke elektroničkih časopisa jednoga ili
više izdavača U pravilu sadrže i bibliografski opis svakoga rada Potpuni tekst rada obično je dostupan u dva osnovna
formata: HTML i PDF HTML omogućuje laku navigaciju unutar samoga rada,
hipertekstualne veze između pojedinih dijelova, povezivanje literaturnih navoda u samome tekstu s njihovim popisom na kraju itd.
PDF preslikava izgled rada iz tiskane inačice publikacije i stoga je pogodniji za pohranjivanje i tiskanje
Dostupne baze cjelovitoga teksta ScienceDirect
Zbirka elektroničkih časopisa jednoga od najvećih izdavača znanstvenih časopisa Elseviera
Dostupan nam je samo dio časopisa, a ne svi i to najčešće od 1997. godine
Academic Search Complete Zbirka od oko 7900 časopisa različitih izdavača; dostupna preko
sučelja EBSCOhost Core Biomedical Collection
Časopisi različitih izdavača; sučelje OvidSP CINAHL with Full Text
Sučelje EBSCOhost The Cochrane Database of Systematic Reviews
Sučelje OvidSP
Kako pristupiti?
Centar za online baze podataka
http://www.online-baze.hr
Mogućnosti pristupa S računala iz mreže ustanove koja je unutar sustava
znanosti i visokoga školstva (unutar CARNetove mreže)
S bilo kojeg računala preko proxy servera za sve korisnike koji imaju elektronički identitet u sustavu AAI@EduHr
Preko CARNetovih modemskih ulaza
S bilo kojeg računala za ustanove članice biomedicinskoga konzorcija za dio baza dostupnih preko Ovida (potrebna lozinka)
Osnovne baze podataka
Pregled
Što je MEDLINE? Najveća i najpoznatija medicinska baza podataka MEDLINE obuhvaća:
medicinu stomatologiju veterinarske znanosti sestrinstvo biološke znanosti
Dostupna nam je preko četiri različita sučelja: OvidSP Web of Knowledge EBSCOhost PubMed
Osnovni podatci
Stvara je i održava: National Library of Medicine, Washington, DC.
Pokriva razdoblje od 1940-ih do danas Sažetke sadržava >75% uključenih bibliografskih zapisa Obuhvaća časopise iz oko 80 zemalja (oko 50% iz
SAD-a) na 30-ak jezika Indeksira oko 5.400 časopisa Trenutno ima oko 21 milijun zapisa 10 hrvatskih časopisa Dnevno ažuriranje
PubMedhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
Servis koji pored baze MEDLINE sadrži i dodatne
zapise iz bioloških časopisa zastupljenih u arhivu PubMedCentral
Poveznice s arhivom PubMed Central (PMC), OA časopisima i pretplaćenim časopisima na mrežnim sjedištima agregatora ili izdavača
Javno dostupan
MeSH - Medical Subject Headings
Kontrolirani rječnik (tezaurus) koji se koristi za indeksiranje i pretraživanje biomedicinske literature
Preko 20.000 deskriptora (organizirani abecedno i hijerarhijski)
Glavne predmetnice (headings) i potpredmetnice (subheadings)
Javno, online dostupan MeSH Browser na adresi http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html
Current Contents
Thomson Reuters, ranije Institute for Scientific Information (ISI)
Indeksira sadržaje oko10.000 znanstvenih časopisa i drugih publikacija
Dostupan preko dva sučelja: OvidSP (http://gateway.ovid.com/autologin.html) Web of Knowledge (http://www.isiknowledge.com)
Većina članaka uključuje i autorske sažetke na engleskom jeziku
Dostupni podatci od druge polovice 1993. godine do danas (Ovid)
Baza se ažurira jednom tjedno
Web of Science (WoS) http://www.isiknowledge.com Multidisciplinarna baza Obuhvaća razdoblje od 1955. godine do danas Indeksira preko 12.000 najutjecajnijih znanstvenih
časopisa General Search – pretraživanje po zapisima Cited Reference Search – pretraživanje po citatima Pruža uvid u literaturu koja je prethodila objavljivanju
rada i uvid u utjecaj toga rada na daljnja istraživanja Časopisima koji su indeksirani u WoS-u, na temelju
citiranosti objavljenih članaka, izračunava se svake godine čimbenik utjecaja (impact factor) u bazi Journal Citation Reports
Web of Science sadržiTri citatna indeksa:
Science Citation Index Expanded (SCIex) Indeksira oko 8.300 časopisa iz različitih znanstvenih
područja Social Sciences Citation Index (SSCI)
Indeksira oko 2.800 časopisa s područja društvenih znanosti
Arts & Humanities Citation Index (AHCI) Pokriva oko 1.600 časopisa s područja humanističkih
znanosti i umjetnosti
Journal Citation Reports
Sadrži čimbenike utjecaja (impact factore) časopisa koji su indeksirani u WoS-u.
Čimbenik utjecaja je omjer između broja citata koje su radovi u nekom časopisu dobili u toj godini i broja radova objavljenih u tom časopisu u prethodne dvije godine.
Ima dva izdanja: JCR Science Edition JCR Social Sciences Edition
Scopus
http://www.scopus.com Bibliografska baza nizozemskog izdavača Elseviera Obuhvaća područja prirodnih, tehničkih, medicinskih i
društvenih znanosti Bibliografski zapisi imaju sažetke (od 1966. god.) Svaki bibliografski zapis ima pretraživ popis literature (od
1996. god.) Prati citiranost radova unutar baze 100 % MEDLINE, 100 % EMBASE
Što sve Scopus indeksira? Različite vrste publikacija
Oko 19.500 aktivnih naslova, 5.000 izdavača 18.500 znanstvenih časopisa 300 zbornika skupova i sl. 400 publikacija tvrtki
Časopisi iz različitih zemalja Više od 50% iz Europe, Afrike i s Bliskog istoka Najveći broj hrvatskih časopisa indeksiran je upravo u
Scopusu Ukupno oko 47 milijuna zapisa
Medicina utemeljena na dokazima
Kritička primjena najboljega mogućeg dokaza
Klinička praksa utemeljena na dokazima: povezivanje osobnoga iskustva i sustava vrijednosti liječnika i bolesnika s najboljim mogućim dokazom iz medicinske literature
Pet koraka:1. Postavljanje kliničkoga pitanja (oblikovanje problema) 2. Traženje dokaza 3. Kritička prosudba valjanosti i relevantnosti dokaza 4. Klinička primjena dokaza (donošenje odluke, integriranje dokaza s kliničkim
iskustvom i bolesnikovim osobnim vrijednostima) 5. Vrjednovanje rezultata
Postavljanje kliničkoga pitanja
Potrebu za informacijom treba pretvoriti u pitanje na koje se može naći odgovor
Pitanje mora biti specifično i ciljano Dobro postavljeno pitanje ima 4 elementa
(tzv. model PICO) Dva dodatna elementa dobro postavljenog pitanja
uključuju: vrstu pitanja (terapija, dijagnoza, etiologija, prognoza,
prevencija, troškovi) vrstu studije (npr. RCT, meta-analiza i sl.)
Model PICO
Patient Za kojega bolesnika, populaciju ili problem se traži
informacija?
Intervention O kojoj se medicinskoj intervenciji radi?
Comparison Postoji li alternativna intervencija?
Outcome Kakav je učinak intervencije?
Klinički scenarij
65-godišnji bolesnik oporavlja se od posljedica moždanoga udara. Ultrazvučno mu je potvrđeno blago suženje lijeve karotidne arterije.
Bi li uvođenje acetil-salicilne kiseline trebalo smanjiti rizik od pojave ponovnog moždanog udara?
Vrsta istraživanja: liječenje/prevencija
Ustroj istraživanja: RCT/sustavni pregledni članak
Koncepti: moždani udar acetil-salicilna kiselina (aspirin) Sustavni pregledni članci ili randomizirane
kontrolirane studije
P Bolesnik: muškarac u dobi od 65 godina s moždanim udarom
I Intervencija: acetil-salicilna kiselina C Usporedna intervencija: placebo O Ishod: prevencija ponovljenog moždanog
udara
Pitanje: Može li primjena acetil-salicilne kiseline u 65-godišnjeg muškarca koji je doživio jedan moždani udar smanjiti vjerojatnost pojave ponovljenog moždanog udara?
Postupak traženja izvora/dokaza
U svakodnevnoj liječničkoj praksi pronalaženje dokaza treba biti brzo i učinkovito
Različiti EBM izvori:baze podataka (sustavni pregledi, strukturirani sažetci), časopisi, smjernice...
Odabir izvora ovisi o naravi kliničkoga pitanja i raspoloživome vremenu
Početi s izvorima koji sadržavaju već probrane podatke u sažetome obliku
The Cochrane Library
The Cochrane Collaboration (http://www.cochrane.org) Međunarodna neprofitna organizacija koja izrađuje,
objavljuje i održava sustavne preglede (systematic reviews) o učincima intervencija u zdravstvu
Cochrane knjižnica je dostupna hrvatskoj akademskoj zajednici i zdravstvenim ustanovama preko Ovidovog sučelja (http://gateway.ovid.com/autologin.html)
Ostali je mogu pretraživati do razine sažetaka na adresi http://www.thecochranelibrary.com
Što sadrži Cochrane knjižnica? Cochrane knjižnica sadrži različite baze podataka, najvažnije su:
The Cochrane Database of Systematic Reviews sustavni pregledni članci i protokoli za članke koji su u postupku
izrade najbolji izvor podataka o učinkovitosti terapije
Database of Abstracts of Reviews of Effects (DARE) strukturirani sažetci kvalitativno procijenjenih sustavnih pregleda
koji nisu izrađeni u okviru Cochrane kolaboracije
The Cochrane Central Register of Controlled Trials (CENTRAL) nezaobilazan izvor randomiziranih kontroliranih pokusa koji se
preuzimaju iz različitih baza (MEDLINE, EMBASE…) ili su pronađeni ručnim pretraživanjem literature
Clinical Evidence – BMJ Publishing Group (http://www.clinicalevidence.com) Pokriva više od 160 tema i nudi odgovor na preko
800 kliničkih pitanja
Evidence Based On-Call (http://www.eboncall.org) CAT (Critically appraised topic) - strukturirani
sažetci izvornih znanstvenih radova objavljenih u medicinskim časopisima uz kritičku prosudbu
Vodiči kroz postupke Pristup slobodan
PubMed Clinical Queries
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/clinical Sadrži tri filtera:
Clinical Study Categories (terapija, dijagnoza, etiologija…; široko ili fokusirano pretraživanje)
Systematic Reviews (sustavni pregledi, meta-analize, smjernice…)
Medical Genetics pristup besplatan
EBM časopisi
Strukturirani sažetci izabranih članaka uz komentar o vrijednosti pronađenih dokaza za kliničku praksu
Analiziraju najbolje kliničke časopise ACP Journal Club Evidence-Based Medicine Evidence-Based Mental Health Evidence-Based Oncology Evidence-Based Cardiovascular Medicine Bandolier ...
Info-sustavi (portali, metapretraživači, agregatori...)
SUMSearch (http://sumsearch.org) Istovremeno pretražuje različite medicinske izvore (DARE,
Medline, National Guideline Clearinghouse), pristup slobodan
TRIPDatabase (http://www.tripdatabase.com) Pretražuje veliki broj EBM-izvora, pristup slobodan
UpToDate (http://www.uptodate.com) Komercijalni servis koji daje odgovore na klinička pitanja
Smjernice
Daju putokaz kako informaciju primijeniti u praksi Izrađuju ih službena tijela, npr. vladine agencije,
medicinska udruženja… Kombinacija dokaza iz sustavnih pregleda i
mišljenje stručnjaka za određeno područje
Izvori za smjernice
National Guideline Clearinghouse NGC http://www.guidelines.gov
Agency for Health Care Research and Quality, AHRQhttp://www.ahrq.gov
National Institute for Clinical Excellence NICE http://www.nice.org.uk
Koji izvor odabrati? Mogući izbor za klinička pitanja o učinkovitosti intervencija:
The Cochrane Database of Systematic Reviews
Database of Abstracts of Reviews of Effectiveness (DARE)
PubMed Clinical Queries
TRIP Database, SUMSearch
PubMed/MEDLINE
Druge vrste kliničkih pitanja
Jedan od mogućih izbora:
PubMed Clinical QueriesTRIP Database
SUMSearch
PubMed/MEDLINE
Pitanje Ustroj istraživanja
Dijagnoza Presječno istraživanje
Prognoza Kohortno istraživanje
Etiologija Kohortno istraživanje Istraživanje parova
Liječenje Randomizirani kontrolirani pokus (RCT) Kohortno istraživanje Istraživanje parova
Iskustva bolesnika Kvalitativna istraživanja