Prospectives du laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive
Période 2007-2010
La structure du laboratoireLes grands axes de rechercheMoyens pour la recherche
Locaux et plateaux techniquesLes personnels
L’enseignementConclusions
La structure du laboratoire
Rattachements demandés dans le cadre du contrat 2007-2010
Équipe « Epidémiologie et Santé Publique » P. Vanhems Equipe « Evaluation et Modélisation des Effets
Thérapeutiques » F. Gueyffier D. Kahn (DR INRA en détachement sur un poste INRIA,
UMR5558) H. Fritz (CR CNRS, CEBC) dans le cadre d’une demande
d’ATIPE
Modélisation Mathématique etBio-statistiqueBiomaths- Santé
Populations et Evolution
Etude des mécanismes génétiquesde l’évolution en relation avec leniveau populationnel et l’environnement
Approche phénotypique des mécanismes responsables de la dynamique adaptative des populations et des communautés
Approches biométriquesdes grands problèmes de santé publique
Génomique comparativeGénétique et
génomique évolutives
Ecologie évolutive
L. Duret C. Bernstein
JP. Flandrois
Comité de direction Méthodologique J. Lobry
Interactions durables F. Vavre
Les grands axes de recherche
Les grands axes de recherche
Méthodologies Génomique évolutive Ecologie évolutive Epidémiologie
Méthodologies Génomique évolutive Ecologie évolutive Epidémiologie
1-Méthodologies1-Méthodologies
Algorithmique Algorithmique
Les grands axes de recherche
Réglis : MF Sagot
REGuLarités : Inférence et Statistiques
Identifier des régularités, au niveau génomique et au niveau des réseaux, structurales ou fonctionnelles, qui pourraient représenter des indices d'une organisation profonde du vivant ?
1-Méthodologies1-Méthodologies
Algorithmique (Projet Réglis) Base de données (Génomique Santé) Les statistiques bayésiennes (Santé Génomique,
Ecologie) Ecologie statistique (Ecologie Santé) Les systèmes dynamiques stochastiques
Algorithmique (Projet Réglis) Base de données (Génomique Santé) Les statistiques bayésiennes (Santé Génomique,
Ecologie) Ecologie statistique (Ecologie Santé) Les systèmes dynamiques stochastiques
Les grands axes de recherche
2- Génomique évolutive2- Génomique évolutive
Structure et évolution des génomesStructure et évolution des génomes
Les grands axes de recherche
Génomicro : L. Duret
Elucider les processus évolutifs et révéler les contraintes fonctionnelles dans les génomes complets.
Génomique micro-évolutive
chimpanzé
macaque
Homme
2- Génomique évolutive2- Génomique évolutive
Structure et évolution des génomes Processus évolutifs (Projet Génomicro) Rôle des Eléments Transposables
Structure et évolution des génomes Processus évolutifs (Projet Génomicro) Rôle des Eléments Transposables
Les grands axes de recherche
3. Ecologie évolutive3. Ecologie évolutive
Fonctionnement des populations
et environnement
Fonctionnement des populations
et environnement
Les grands axes de recherche
Mobilité : D. AllainéHétérogénéité spatiale et mobilité de la grande faune. Applications à la conservation d’espaces et d’espèces menacées en Afrique et en Europe
Un carnivore de montagne tempérée
Deux mésoherbivores de savane africaine
qui circulent sur de vastes espaces hétérogènes soumis à des pressions anthropiques
3. Ecologie évolutive3. Ecologie évolutive
Fonctionnement des populations et environnement (projet Mobilité) Gestion et conservation de la biodiversité
Relations « hôte-parasite » Approche écologique et modélisation Approche fonctionnelle
Fonctionnement des populations et environnement (projet Mobilité) Gestion et conservation de la biodiversité
Relations « hôte-parasite » Approche écologique et modélisation Approche fonctionnelle
Les grands axes de recherche
4. Epidémiologie4. EpidémiologieLes grands axes de recherche
Santé et Environnement
Pathocénoses et émergence des maladies transmissibles : un concept unificateur mis à l’épreuve sur des pathologies
exemplaires : D. Pontier
Equipe UMR« Ecologie évolutive »
ONCFSInstitut Pasteur
de Tunis Analyse de données et Modélisation
Épidémiologistes, biologistes de populations, médecins, virologues, généticiens, gestionnaires de la faune, mathématiciens, statisticiens
IRD« Conditions et territoires
d’émergence des maladies »
ENVT
+ Bordeaux
Etudier la co-existence de plusieurs pathogènessur leurs propriétés nosologiques et/ou la dynamique de la population d’hôtes.
4. Epidémiologie4. Epidémiologie
Santé et environnement Etude des facteurs écologiques et populationnels impliqués dans la
dynamique des infections (Projet Pathocénose) Confrontation réciproque des modèles épidémiologiques des
maladies transmissibles chez l’homme et l’animal (FIV HIV)
Epidémiologie des maladies non transmissibles Modélisation de l’incidence des maladies et de leur pronostic en
conjuguant les approches cliniques et populationnelles
Santé et environnement Etude des facteurs écologiques et populationnels impliqués dans la
dynamique des infections (Projet Pathocénose) Confrontation réciproque des modèles épidémiologiques des
maladies transmissibles chez l’homme et l’animal (FIV HIV)
Epidémiologie des maladies non transmissibles Modélisation de l’incidence des maladies et de leur pronostic en
conjuguant les approches cliniques et populationnelles
Les grands axes de recherche
Moyens pour la rechercheMoyens pour la recherche
Les Locaux Extension du PRABI
Les Locaux Extension du PRABI
Moyens pour la rechercheMoyens pour la recherche
Les Locaux Les plateaux techniques
Microscopie Biologie moléculaire Ecologie de terrain et écophysiologie
Les Locaux Les plateaux techniques
Microscopie Biologie moléculaire Ecologie de terrain et écophysiologie
Moyens pour la rechercheMoyens pour la recherche
Les Locaux Les plateaux techniques Les services communs
Informatique PCR Relation avec le « DTAMB »
Les Locaux Les plateaux techniques Les services communs
Informatique PCR Relation avec le « DTAMB »
Moyens pour la rechercheMoyens pour la recherche
Les Locaux Les plateaux techniques Les Plate-formes locales et centres nationaux
Les Locaux Les plateaux techniques Les Plate-formes locales et centres nationaux
Moyens pour la rechercheMoyens pour la recherche
Les Locaux Les plateaux techniques Les services communs Les Plate-formes locales et centres nationaux
Les Personnels ITARF et ITA : maintenir le savoir faire et surtout
augmenter l’aide technique.
Les Locaux Les plateaux techniques Les services communs Les Plate-formes locales et centres nationaux
Les Personnels ITARF et ITA : maintenir le savoir faire et surtout
augmenter l’aide technique.
L’enseignementL’enseignement Interaction forte entre recherche et enseignement
Disciplines enseignées Bioinformatique, Biostatistique, Biomathématique Génétique des populations, Evolution moléculaire, Ecologie évolutive
Filières de formation BioInformatique et Biomathématique (INSA) Biologie Moléculaire et Cellulaire (UCBL/ENS) Mathématique et Informatique du Vivant (UCBL)
Méthodes d’enseignement Technologie de l’Information et de la Communication pour
l’Enseignement
Interaction forte entre recherche et enseignement Disciplines enseignées
Bioinformatique, Biostatistique, Biomathématique Génétique des populations, Evolution moléculaire, Ecologie évolutive
Filières de formation BioInformatique et Biomathématique (INSA) Biologie Moléculaire et Cellulaire (UCBL/ENS) Mathématique et Informatique du Vivant (UCBL)
Méthodes d’enseignement Technologie de l’Information et de la Communication pour
l’Enseignement
L’enseignementL’enseignement
Master : mention Spécialité recherche et professionalisante
Responsable
EEME Ecologie Evolution Biométrie D. Pontier EE
aMIV Méthodes en Bioinformatique Moléculaire
D. Mouchiroud GGE
Modélisation en Epidémiologie et en recherche clinique
P. Roy BMS
Approche quantitative et Modélisation formelle pour l’Innovation Thérapeutique
F. Gueyffier BMS
Outils Mathématiques et Informatique pour le Vivant
AB Dufour EE
Rentrée 2004
L’enseignementL’enseignement
Master : mention Spécialité recherche et professionalisante.
Responsable
EEME Ecologie Evolution Biométrie D. Pontier EE
aMIV Bioinformatique D. Mouchiroud GGE
Biostatistique P. Roy BMS
Biomathématiques et pharmacologie F. Gueyffier BMS
Biométrie appliquée AB Dufour EE
S3 Epidémiologie P. Vanhems BMS
Rentrée 2006
Projet 2007
Master europeen regroupant les spécialités recherches de l’UMR 5558
Conclusions Conclusions Maintenir l’équilibre entre la biologie évolutive et la
biométrie,
Favoriser et développer les échanges intra et inter départements,
Améliorer notre visibilité au niveau national et international.
Maintenir l’équilibre entre la biologie évolutive et la biométrie,
Favoriser et développer les échanges intra et inter départements,
Améliorer notre visibilité au niveau national et international.