TM
Working with a new SAS Solution John Sall, Executive Vice President, SAS Institute
A Te c h n i c a l P u b l i c a t i o n f o r J M P ® U s e r s W i n t e r 2 0 0 3 I s s u e 1 1
Inside This Newsletter
Comparing Intra-Laboratory
Assays p. 2
How Are You Using JMP? p. 5
Contrasts and Custom Tests p. 6
Arranging Character Values p. 9
IT Provides a Little Animal Magic
p. 10
JMP Named to ‘Top 5 Products
of 2002’ List p. 11
Breaking News
JMP for Linux is
coming!
www.jmp.com/
linux
Web Classes for JMP 5
Our live Web classes specifically
for JMP 5 customers encourage
you to interact with a JMP
expert, learn and apply new JMP
software skills, and receive
feedback. The next scheduled
class dates are Mon., April 28
and Fri., June 13 from 1-4 pm
EDT. For more dates and details,
see http://support.sas.com/
courses/lwjgs5.html.
����������� ������������������������ ����������� �������� ���������������������������������� �������������������������������� ������������������������������������������������������������������ !����������"�������#������ !������������� ��
$���#��� �������������������%&''������������������������ ������������(����� ���������������������"������������������� ���� ������� ��������������$������������������� ���������������������%'''�)�*��������(������������#����������������������"������+ ���+������ �������������(�������������� �������� ���,��������� ��������������������� ��������������������������������� ��������������(���� �������������������&''�'''��)-.�������������������� � �����������(���� ����������" �������� ������#��������������������������"��+ ���(������������������� ���������������#� ������������� ��������
������������������������������� ��/���������������������������������������������������������0
1 ���2$����������/��������������������������������������������"���"���������������������" ��������������������������3�/������� ������������������
���������� ���"�������������������������������������������������������� ������������� ������������������ �������������������� �����������������������
1 ������ �����2(����� ������ �������������� �� �������������������������������������" �/� �����4����� ��5��� �������������������������������������� *������������������������������������������������������*�����������/��������������� ��������������������������������* �����������������������/��������
1 �����������6������2(���� �������������� ������ ���������������������������������������������������������������(����������� ������������"����������������*,�� ��������������������" �������" ��������������� ���������/���������� ��$������������������������������������"����" �/�� �����
1 7 �������27 ����������������*�����������#����������������(����� �����������*#�����������*��������������� ������������������������������������������������#���������8��9������:�'��������������������������������
��� ;
�������� � ��������������������� ������ ����������������<'�'''����������������������������������� ���������������������" ���� ��������������������������������� ����������� ����������������������������������������"�������3��������������"����������������������������������������������������������������������������������������������������#������������������������������=*����� ������������"�������������������������������������*� ����������� ����������� �����
1 ���� �7���������� ���2���� ����������� ��������������������� �������������������*� ���� ��*����������#� ��������� ���������� ��
1 ����(�" �2(���������" ������ ���"�����������������������������*������ �������3������#������� � � ��������������������"������������������������������ ����������������������� ����3�������� �� ���������*�������� ������ ��������������������� ���� � ���������������� *���
� ������������������������:�'�;������������������������������������ �������"���������������������������� �� ����>������������������ �"����������������:�<�
(����� ���������������������� ����������������������� �� ��������" �������� ������������������������"���������������������������
Comparing Intra-Laboratory AssaysMark Bailey, SAS Statistical Training & Technical Services
�����������/�������� ���� �� ���� ���������� � �"�������������/����������������������������(��������������� ������������� ��������� ����������������� ��������������� ������������������� � �"�������������������������������������������������������������(�������������������� ������
$���#��� ������� ���� � �"�����������"���"������������� ������1��(������������������"�������� ����� �"�������������������.���������������� ����������� ������������ ������������������������������������������������������������������ ����������������������������� �����������"���"���
4������������������������������������5���� �������� ��������$�����<��������������������" ������������������������������������ ��������������� �#��� �
Figure 1: Factorial Design for Assay Variability
(���������������#��� �������� �"��������������������������������� ������?� ���(������ ���������������T1��T2���������������������������R1*R3���������������� ��������������� �"����������L1*L8���(������ �������������������Y��(�� � �������������� ����/��������"�<@��?� �
Youden Plot3����������"�������������������������������������������� �������������������������0�(���������� ����������������� �������������������������� ����������������������������������������������+������������������4������ ��2��(�����������������"�� �����������"������������ �����������
(��4������ �������� �������������������* �"�������������"� ������������"���* �"�������������"� �����8�������� ��A
1 �� ��������������������������������������T1��T2������������� ���
1 ����������� ������������� �"������������������
4��������������������������������"���� ��������������A
<� � ��Tables > Split��
From the Trainer
����B
;� � ��Y�������Split Columns�����*�" ��Test�������Split Label Col�����"����Lab�����Run�����������������*�" ���������������$�����;��!�����������" �Youden Pairs.
Figure 2: Split Columns Window
B� 7 �/����Split�"�������������������" ���������(���� ���������Y�� ������ ���������������� �������������������� �@C��������"�����������;@�������$�����B��
Figure 3. Tests in Separate Columns
!#���������������������������� ����(���������A
<� � ��Analyze > Fit Y by X�
;� �������T1����������T2�������������������$�����@�
B� 7 �/�OK���������4������ ���
Enhance the Plot with Labels and Color4�����������������������4������ ��������� ��/�� �/�$�����:��)�������������������� �"��" �������������������������������������D����"�������������������������4�����A
1 .����� �" ������" ��Lab��������*������������
1 8���������������������������� *����
1 ��������� �������������� ����*�� �������<@������������ �������������/������� ��
1 ������������������������� ����*����� ���������������������������������������"������� �����������
(�� �" ����������A
<� � ��Rows > Row Selection >
Select All Rows�
;� � ��Rows > Label/Unlabel�
B� 7 �/��������* ���������������������" ������ ��� ���������
(��� ������������A
<� � ��Rows > Color or Mark by
Column�
;� 7��������Lab������" ����������* ������������������� �/�OK�
(����������� ���A
<� E����* �/��������� ��#�������� ��Axis Settings��
;� (���14��������#��"�#������� ���������Add Ref Line�"����������� �/����Add Ref Line�"�������7 �/�OK�
B� E�������������������� ��#���
(����������������� ���������� ��A
<� E����* �/��������������� ��Add
Graphics Script��
;� F�������������������������� �/�OKA
Pen Color(1); Y Function(x,x)
Figure 5: Enhanced Youden Plot for Assay Data
Interpret the results)�� ��/����������4������ ����������������������������������������� ���������������� �� ����������������������������������������� ����������$����$�����:��������������������������� A
1 -�"��B�����@������������ �� ���"���"����B�����<��?� �������� ������������
Figure 4. Fit Y by X Launch Dialog
����@
1 -�"�G������������ �������"���"����;��?� �����������
1 -�"��<��;��:��&�����C� ������������������������������������� �"���*������������� ��������
(��������������������������� �"��������� �"�������������������" ���(������������� �� ����������������������������������(������������ ����������������� ����� �/���������������������������� ���������
Figure 6: Zooming on Youden Plot Center
������������������������������ ���������������� � �������������������������"����������������� ������9���� ������������� ������������������������������������3�����������������������"�������������������������A
1 (�������"� ����"�������������-�"�:���� ����
1 (�������"� ����"������� ���������������-�"��:�����C���� ����
Variability Charts������������������� �����������������������������������������"� ��������������������"� ����������(�������"� �������������������������� ����� �������������������������������������(���������������"� ���������������#��� ���" A
<� E������������������ ��������" ��"�������Y�� ������ �����
;� � � Graph > Variability Chart�
B� 8����������������������������Y����Y, Response���������Lab�����Run����X, Grouping�
@� +����������������������� �/������������� �������������� �"�������� ��Connect Cell Means�
:� 7 �/������������� �������������� �"�������������Show Group
Means��
&� ��" * �/��������� ��#��������������������������������������� ������<@�
$�����G������������� �����9����"� ����������������� ���������������!��������������� ����������������������������� ������������������������������� ����4�������������
1 -�"��<��;��:��&�����C����������������������"���-�"��B��@�����G����
�������������"������������4������ ����
1 -�"��:��G�����C�#��"��������" ������"� ����"����������(������*�"� �����������������"������� �*����������������������"����������"������������������� �������������������� ��������7�����
Variance Components(���������������������������"� ���������"�������Lab��Run�����Test�� �/������������� �������������� �"�������� ��Variance Components > Nested��(�����������������"������������������,�������� �"��������
$�����C������������������������������(���������������������������������� �����������������������������������������������������������������8�����������Lab������������������������������"� �����(�������������������������� �����������������������������
Figure 7: Variability and Standard Deviation Charts
��� :
��������������������������� ������"� �����(������� ������������������"���� �"�������������"� ��������"����%GH����������� �
Scripting8��������������������������������������������-����������-�����������"�� �����4������ ������������������������������$�����%��(�����������"�������������" ����������������������" ���������������� ��������������"� ����������
Conclusion(����#��� ����� ��������������������������� ������������������ ���������������������������� ���� �������������
4���������������4������ ������ ������������������������Tables�����Rows�������+����������������������������
��������� ��������������������"� �������������������������������������������������������.������������������������ ��������������������������
����������� ���������"����������������������������������������������������
E����<� 7� ����������������� �����������A??����������?��� ? ������ ������"��:��;'';�
;� !8�(?�F��(F7>�*>���"��/������������� �������������A??������ ���������?���C%C?����*"��/?��?�����B?��BBB<����������"��:��;'';�
Figure 9: Script for Youden Plot
How Are You Using JMP?Robert Reid, Sr. Project Engineer, CTS Microelectronics
I’ve been a JMP user since version 1 on the Macintosh. I’ve used JMP for everything from a paraxial ray trace simula-tion of precision fiber optic components to automated data gathering from automated electrical test machines.
Currently, our company uses JMP as a statistical client to connect to a company-wide SPC database. Data is har-vested from CMMs, electrical testers, micrometers, weigh scales, viscometers, etc. by Rockwell Automation Data-Myte data collectors and sent to our SQL server database. Scripts have been developed in-house to query this database to provide everything from failure analysis reports to process capability analysis reports.
JMP has become the “Swiss Army Knife” tool in our process maintenance/improvement efforts. With every day that passes, we depend on its robust feature set more and more.
������
Contrasts and Custom TestsGunter Hartel, Research and Development, CSL Limited
Lee Creighton, JMP Development
��������� ���������� �� ������ ��������������Custom Test��������������������������$������ ���� �������������4����� ������������������������5��� ������������������������������������������������ �������� ��
������������� ������������������������������������������������������������� ���������E+7�6-��
7������������ ������������������������� ��������������������$�����<'��(�������������group������������������������� �����Supplement���������������Medication���������� �"���Placebo������#������������������������������������� � �������" ������������change���(��������� �����"�� ����������initial��
3������������������������������� �����������" �����������>����������������"�������������������������A�������� ������������������������������������ � ������������������������������ �������������"�����������A
1 µ��������� ����
1 µ�I��1�������1����������������������������������
1 µ�I��2�������2���������������������������������
1 µ�I��3�������3����������������������������������
)������ ��������������" �����
����������������"�������������������������������8��������E+7�6-��������������������������������,�� ����������3 J�'����������������������������������������������������1�K��2�K��3�J�'��
(������������������������Analyze >
Fit Model������������change�����������"����group�����initial������������������ ���������������������������������������������$�����<<�
!��������������������������������� ��������������� � �������������� ������(������������������� ����
�������������������������������������������A�ILI@�'%:K�I<B�@''�M�J�<G�@%:CC<��8������������������������������������������������������� �/������������� �������������������� �"�������� ��Estimates >
Expanded Estimates��(�������������������������������������� � � �������������� ������" ����$�����<;��
>������� ����������������������������� ����� � ������������ ���������������"���������������������"��������"���������������������������������������������������������F�����(�����������������������
Tips and Techniques
Figure 11: Fit Model AnalysisFigure 10: Drug Data Example
��� G
Figure 12: Expanded Estimates Table
(�����������������������"��$������ �������� ������ ��>���������������������������������������������������������������������������������$���#��� �����������������A
1 (���������������������,�� ����<�����������'�
1 (�������������"����������������
1 (���������������������������� �����������placebo����������������#��� ���
(���/�������������������������������������7���������������������������������������*���������������� ��� ��������������D����������������������*�������������������������������F���������������������������$�����<<���(���� �������������������������� ��*������������������������������������
(�������������������#��� ���������������������������group[Medication]������group [PlaceboM��(���������A
<� 7 �/������������� �������������������� �"������������Esti-
mates > Custom Test��(�����������������������������������
;� F����1 �#�����group[Medication]�����–1�"����group[Placebo]��
B� �+������ ��F��������������������������������������������� ��#�������"�#���������������������������������
@� 7 �/�Done������������ ������������$�����<B��
Figure 13: Custom Test to Compare Medication to Placebo
(���������������������������������������"������������������������������������������"�N������'�'':�
�������������������������group[Supplement] �����group[Placebo]��(�������������������������������������group[Supplement]=group[PlaceboM�����,���� �� ���group[Supplement]–
group[Placebo] = 0�
(��������������� �������5�������� �����������group[Supplement]�"������������������������������������� � ��������������������������������������������������������������)����������/�����������������������������������/����group[Medication] + group[Placebo] +
group[Supplement] = 0 �������group[Medication] – group[Placebo] =
group[Supplement].
8��������������������"�������group[Supplement] – group[Placebo] = 0
(–group[Medication] – group[Placebo]) –
–group[Placebo] = 0
2*group[Placebo] + group[Medication] = 0
(�������������������A
<� 7 �/������������� ���������� ��Estimates > Custom Test�
;� F����2�"����group[Placebo]����������1�"����group[Medication]�
B� 7 �/�Done��(������������������������������������������������$�����<@�
Figure 14: Custom Test to Compare Supplement to Placebo
+����������������������������� ���������������������������A
<� +������F���� ��� ���������������������
;� 7 �/������������� �����������group���� �"�������� ��LS Means
Contrast�
B� 7 �/����������������I��"����Sup-
plement��������� ���������K��"����Placebo��(��� �/�Done�
(��7��������(��� ��� ���� ����$�����<:����������������������������������������������$�����<@�
>����������������������������������������������������/����������������������������������� #��$���#��� �������������������������������������� ����
��� C
��������������������������������� �"������������������ �������������������group[Supplement] =
2*group[Placebo]��(���������������������������������-�������7����������� ������������$�����<:��(������������������������������������
)�������,���� ����������group[Supplement] – 2 group[Placebo] = 0,��������������������"�������������"������������(– group[Medication] –
group[Placebo]) – 2 group[Placebo] = 0.
(�������group[Medication] +
3*group[Placebo] = 0��������������������������������
+�������������������������������������� ���������������������� ��������������������������� �"���(����������������group[Medication] –
.5*group[Placebo] = 0��(��������������� ���� ������������������������������"������� �������������������������4����� ���������� group[Medication] – group[Placebo] = 2.
(��������������� ������"������������ ������ �����������������������������$�����<&���������� ����������������"���"����
!�����������������������������������������������������������������������(�������*���������������������"�������*��������������������" ���"�������������������
.����������������������,���� �������������������� ���������"�� ����� ���������������(��/����������������������������������������������������+���������������������������� ���������������������������
Figure 15: Contrast Dialog and Results
Figure 16: Custom Test Dialog for Multiple Tests
Look for JMP at these Conferences and Trade Shows
April 15-17, 2003 Quality Expo International in Rosemont, IL
May 4-7, 2003 PharmaSUG in Miami, FL
May 19-21, 2003 ASQ’s AQC in Kansas City, MO
June 8-11, 2003 ACS Mid-Atlantic Meeting in Princeton, NJ
June 15-19, 2003 DIA 2003 in San Antonio, TX
������
Arranging Character ValuesAnnie Dudley Zangi, JMP Development
>������������������������������������ ������������������������������������ ���������� ���"��� �������������������������������������" 0�$����������������������������� �������������������������������� ��������������������" ���8����������� �� �����������������������������������������������"���������������#������ ���������������� ������������Apr���������������Aug��Dec��Feb������������
������#��� �� �5�������������� ����������������<%G<��$�����<G��������������� � �����������������������������" ��
F�����������������������/��"��������"�����������������"��������� ��������������(����" ���������� �����������" �A�Rank��Month���������������Day������������������������Month #��(�������� �����������������"�������� ������������������������������������ ���� ����������������������������� ���� ����������"����
Figure 17: Partial Listing of Draft Lottery Data
���������������������������������!+9�����Rank�"��Month��(���������A
<� � � Analyze > Fit Y by X�
;� 7�����Rank���������������������
B� 7 �/�OK��$�����<C������������� ���
@� �������������� ����������� �/������������� �����������+�������� �"�������� ��Means/ANOVA/t
test��
:� ������ �/������������� �����������+�������� �"�������� ��Dis-
play Options > Connect Means�
(���!+9���������������*�� ������''::������������������������������������������������������������������������������������������� �������������������� ������������������������������������������������������������ �"���������������������������������������������������� �������� ���"��� �������8����� ��"�"����������������������������������� ���� ������
����������������������������#�������������4��������������������������������������������������������� ���� ������������������������������������������������������"���(�������������������������� ���� �A
<� E����* �/����Month�� ������������� ��Column Info��������������������������+������� ��������Month�� ��������� ��Cols >
Column Info��(��7� ����8�������*�����������
;� 7 �/����New Properties�"����������� ��List Check��(���� ���������Month�� ����������� ��������������������� ���"��� �������4���������������������� ������
��� ���������� ������ ����������������������
B� >��� �����Jan����� �/����Move up�"���������� �Jan���������������� ����
@� >��� �����Feb����� �/����Move
Up�"���������� �Feb��������������� ����
:� 7�������������������� ����"�� �/*����Move Up����Move Down��������������$�����<%��
&� 7 �/�OK�
8������ ������� ���������� ����������� �����/����"� �� ) �#��������� ��������
!�������������������� �����"�� �/���������������� ����������������5��+�������� �"�������� �����Script > Redo Analysis��(����� ������$�����;'�����������"��������� ����������������� ��� �/ �����"�� �����������������(������������ ������������� ���� ������
� ���������������/��� ����������������� ����������� ������������ �������������� �����/�������$���#��� ����7�������� �������������"�����������*�#��������������������������� ����������������" ��8������������7�������� �������������� �����-�������������" ����������������������������� ���"��� ���������� ���� �
>����������������������" ������������������������������������������������ �����/�����������������������"�����������������������������"����������� ��������$�����;'���� �����������A
Tips and Techniques
��� <'
<� � ��Tables > Sort�
;� 8����������������������������� �����Month����� �/����By�"�������������������" �"�����Month������" �������������������� �����/����������������
B� 7 �/�Sort�
@� � ��Graph > Chart��
:� 8������������������������� �/�Month������ �/�X, Level��
&� >��� �����Rank������ �/����Statistics�"�������� ��Mean���������������������*�#����
G� 7 �/�OK������������ ��������� ������$�����;<�.
IT Provides A Little Animal MagicBryan Glick, Computing Magazine
7���������������������������� ������������� ���� �������������������/������������������!���������� ������ ��� ������������������
(�����5��"������8(���������������������"����������"��=� ������"�������!������ ��"������������������������ ���� �������������������� ������/����������������������*��������"���������"����������������� #����� ����
)�����������������D������ ������������ ���������������������������������������������������������� �������"���������8(�������������������������� �/ �� ��������
3� � ���"�� �������O�P��� �����������"�����/��� �"�������"�������������!#����������������������8�������������������� ����������� ���� �������������E������������D������������������������ �������� �������������A??�������������������/?�����������
E����������������������" ��������<%%<����� ����������" �/����������� ����������O��"�"��������������������������������� ��������������������
+�������#�������������� ������ �"����"��������� ������������������#���������������������������������������������������
E�������������"�����"� ������������������ �����������/��������������� �������������������������
Case Study
Figure 18: Oneway Anova of Rank by Month
Figure 19: Column Info Window with List Check
Figure 20: ANOVA with Chronological Month Names
Figure 21: Chart of Mean(Rank) by Month Sorted by List Check Order Names
���� ��
���� ��� �������������������������� ��������������������������������������������������������� ������������ �������
�� �������������� �������������������� ����������������� ��� ����������� �� ��������������������������������������������� ��� ���� ��������� ������������ !��������� ���
��������"��� �����������������#���������� ��� ����� ������"���� ������������������ ����������������� �
$%������������������������� ��������������� !����� ������� ����� �����&���������������������'���������� �� � ' �������������� ������������ ���� �������������� ������������� ������ ��������������� &(���������
) �����&���������� ����#�������������*�*&��� �������������������������������������� ����������������������������������� ���� �������� �������� ������� �������� �������������������������� ����������� ����
+,� ������������������������������������ ��� ����*�*�� ������������������*�*��������� ������ ����-����.������� ����� ���������������� ����#��� �������������������������������� ������/
$)����� �����������������#���������� �����&(�������������$0����������������� �������� ���� ����������� �������� �������������������
$%���������� ����������������������������� ����� �����������&��������������������-��������������� ������ ��������������������������� �����&�� ���� ���������������������������� �(
����*�*������������������������������������ ������� �����1���������������������������������������2������� �� ��� ��� �� �������� �����
� ����������"��� ���������������#���������������������� ������$�� ������� ��� ��� ������ !�������� �������������� ������ ��!�������� � ����������&(���������
$������� ����������"���������"�� ����� ������������ �������'��������&���������������������� ����� �����(
��3����� ���� ���� ���������������� ��������������������� �� ���������������� ���������������������������
������
-������������������� ���#��������������&������,� ������������������������������������� ���� ������� ��&���� �������� �'����� ���������� �����������������������������
$0���� � ����������� ��� �����#�������������������������������
������� ��������� ����&��������#����������� ������ ������� ������&(������������
�������������� !��������������������������������� �422�&��������� ��������������� ������������ ������� �������# ������������������� �) ���
�������������*�*&��������� ����������������� ���"������������� ���� � �������������3���&������������������������������������������ �� ������ ������� �-�����5���� ���6*��� ������� �������#���������������������� ���� ������������������������
�������������������������� �������������������������&���� �������������������*�*����������������� ��������������� ��������������������������������������� ������� ���������� �����7������������������ ������� �������������������������������� ���
����������������
JMP Named to ‘Top 5 Products of 2002’ ListAmy Smith, JMP Sales and Marketing
JMP™, a business unit of SAS, announced its election to the “Top 5 Products of 2002” list of Scientific Computing & Instrumentation (February, 2003) magazine in two categories. The publication, with circulation exceeding 45,000, has created a list of the five best products for each of their wide-ranging solutions categories, based on the number of inquiries from readers during the past year. JMP excelled among readers in the categories of “data analysis” and “statistical software.” JMP was also touted as a technology leader—developing new products and technologies applicable to the needs of tomorrow.
������������������
(�������������������������������������������#��������������������������������������������������8������� �"������" �������������������������� ������������������������������������ ��"����������������������� ���������$� ������������ ���� ��������)��� �����������"����
8����������������������"������������� �"�������������������������������� ���������������� ������
Q7���������������������������������������������������� ��"�������������������R�������� ��Q(��������������������� ������/�����������������������*��������"������������#��� �����������)������������� ������ ��������� ���������������� ��������������������/�R
�����������"��������������������������������"� �������8(��������������"����������������������8(�������� ����������������������������������� � ���"�� �������
Q.����������� ������������������ ���������������"����������������������������������/��������������" ����������� ������������"�/���������������������������� �����������������" �������������������R�������� ��Q3������������ ��"��������" ������������� ����R
������������������������������������������������ �������7����������������!
About JMPer CableIssue 11 Winter 2003
JMPer Cable is mailed to JMP users who are registered users with SAS Institute. It is also available online at www.jmp.com.
ContributorsJohn Sall
Mark Bailey
Gunter Hartel
Lee Creighton
Robert Reid
Annie Dudley Zangi
Brian Glick
Amy Smith
EditorsAnn Lehman
Meredith Blackwelder
DesignerMeredith Blackwelder
PrintingSAS Institute Print Center
Questions or [email protected]
To order JMP software1-877-594-6567
For more information on JMP1-877-594-6567
www.jmp.com
Copyright 2003, SAS Institute. All rights reserved. JMPer Cable SAS, JMP, JMPer Cable, and all other SAS Institute Inc. product or service names are registered trademarks or trademarks of SAS Institute Inc. in the USA and other countries.® indicates registration. Other brand and product names are trademarks of their respective companies.