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cours sur biopython présenté par Clovis et Quentin (FDV He).
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Quentin Ferdinand & Clovis Basier
Biopython,Biology Module for Python
DNA AlphabetIUPAC - International Union of Pure and Applied Chemistry
Unambiguous DNA
Ambiguous DNA
Fasta vs GenBankLocusSource
Organisme
Référence
Auteurs
Journal
Pubmed
Gene
mRNA
Translation
Séquence
Séquence
Central dogma of molecular biology
Protein translation tables
Vertebrate mitochondrial genetic codeGenetic code
UGA Trp
AGG StopAGA StopAUA Ile
Restriction enzyme
Tinastella
BlastBlast : Basic Local Alignment Search Tool
E value : the number of hits one can "expect" to see by chance when searching a database of a particular size.
exercices :
1.- printer le reverse complement de la séquence “AACTGCCAATGGGCT”2.- printer le reverse de la séquence.3.- printer le AT content4.- transcrire en ARNm la séquence5.- traduire la séquence jusqu’au premier codon stop.
exercices v2 :1.- télécharger la séquence de la gfp
depuis le fichier genbank de NCBI.( id : 7011691 )
2.- faire un code qui fait blast de la gfp et print chaque alignement trouvé
3.- faire un code qui prend en paramètre un id et un chiffre n et qui renvoie les n alignement les plus proches
Ingrid Moen, Charlotte Jevne, Jian Wang, Karl-Henning Kalland, Martha Chekenya, Lars A Akslen, Linda Sleire, Per Ø Enger, Rolf K Reed, Anne M Øyan and Linda EB Stuhr: Gene expression in tumor cells and stroma in dsRed 4T1 tumors in eGFP-expressing mice with and without enhanced oxygenation. In: BMC Cancer. 2012, 12:21
liens utilestuto - http://www.csc.kth.se/utbildning/kth/kurser/DD2397/appbio09/docs/BioPython.pdf
doc http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html
intro http://www.biotnet.org/sites/biotnet.org/files/documents/25/biopython_intro.pdf ← bien fait
cours http://ece.uprm.edu/~bvelez/courses/ComputingBioinformatics/Python/PythonCourseBioInformatics.pdf ← p75
cours http://www1.chapman.edu/~fahy/bioinformatics/ ← sehr gut
tuto http://jacksimpson.com.au/biopython/