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Les outils
du cherch
eurLARDY Jean-PierreUniversité LYON 1
20 juin 2011 LARDY JP 2
Sommaire
Le chercheur doit :–S’informer–Publier–Archiver–Évaluer et se faire évaluer–Gérer son information
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S’informer
S’informer pour explorer un sujet :
état de l’art avant de commencer une thèse
faire le point à la veille d’une publication ou d’une communication à un congrès
Source d’information les bases de données bibliographiques
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S’informer
Suivre l’actualité scientifique :• générale
Source d’information quelques publications peu nombreuses et multidisciplinaires comme La Recherche, Pour la Science, Science, Nature
• sur un sujet particulier Source d’information les bases de données Elles ont maintenant des mises à jour très rapides : quotidiennes et même en temps réel les serveurs de pré-publications
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S’informer
Rechercher une information ponctuelle :• données numériques• Propriétés physiques et chimiques • techniques• réactions chimiques• …. Source d’information handbooks, séries techniques …
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S’informer
Savoir ce que font les autres :• par l’information informelle
rencontres et discussions aux congrès• le collège invisible :
réseau de relations entretenu avec des chercheurs dans d'autres laboratoires
• les outils PUSH (l’info arrive sur son poste de travail) :– Les listes de discussion– Les fils RSS des blogs
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S’informer
Faire de la veille
DSI = Diffusion Sélective de l’Information
Source d’information les bases de données bibliographiques et les collections de e-journaux
NB : il faut obligatoirement s’enregistre c’est-à-dire avoir un compte (gratuit) pour chaque ressource
Ex SciencDirect : Register or Login--------: Password:------
Pubmed : My NCBI[Sign In] [Register]
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S’informerLes fonctions d’alerte des bases de données ou des collections de
jounaux électroniques permettent de rester averti des dernières informations dans ses domaines de recherche.
Les différents producteurs de ressources électroniques emploient une terminologie variée.
Une alerte de recherche est une demande de recherche programmée pour fonctionner automatiquement à une fréquence choisie et fournir un avertissement par mail des résultats.
De même, une alerte de table des matières de revue est une notification par mail d’une nouvelle édition d’un journal.
Exemple d’aide http://marmaris.ku.edu.tr/sasrequest/alert_page/Alert.htm
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S’informer
• alerte sur profil = elle est basée sur un ou plusieurs termes de recherche Ex ScienceDirect Save Search | Save as Search Alert Pubmed : My Saved Searches
• alerte basée sur un article particulier = pour être averti – de la citation d’un article– d’une correction– d’une discussion
SD : Save as Citation Alert
Science : Alert me when new articles cite this article
• recevoir les tables des matières (ToC)SD : Alert me when new Journal Issues are available
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S’informer
De nouvelles sources sont apparues dernièrement :– Google Scholar http://scholar.google.com
– Scirus http://www.scirus.com
– Windows Live Academichttp://academic.live.com
– OAIster
http://oaister.umdl.umich.edu
– …
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S’informer
Le web évolue : blogs et wikis
Les blogs
Définition : Pages web constituées de textes affichées et archivées automatiquement par ordre ante-chronologique, susceptibles d’être commentées et enrichies de liens externes.
Ex : URFIST.infohttp://www.urfist.info
Il existe de nombreux moteurs de recherche spécialisés sur les blogs comme Technorati
http://www.technorati.com
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S’informer
Les wikisDéfinition : c’est un site web dynamique permettant à tout individu
d'en modifier les pages à volonté. Il permet de communiquer et diffuser des informations rapidement, et de structurer cette information pour permettre d'y naviguer commodément.
Le meilleur exemple est Wikipedia, l’encyclopédie librehttp://fr.wikipedia.org
Exemples : URFIST de Nice http://www.unice.fr/urfist/LYON 1 : École doctoralehttp://biomserv.univ-lyon1.fr/wiki/e2m2vie/moin.cgiParis 5 http://wiki.univ-paris5.fr
Fluwiki http://www.fluwikie.com
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S’informer
Les fils RSS ou Atom permettent de récupérer automatiquement :
• les tables des matières des derniers numéros de revues électroniques
ex : Fils RSS des revues du groupe Naturehttp://www.nature.com/nphys/newsfeeds.html
American Institute of Physics RSS Feedshttp://www.aip.org/rss.htmlEDP Scienceshttp://www.edpsciences.org/index.cfm?id_langue=1&niv1=
rss
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S’informer
Les fils RSS ou Atom permettent de récupérer automatiquement :
• les résultats d'une recherche bibliographique dans une base de données par un fil RSS
ex : dans Pubmed,
Proquest avec Dissertations & Theses,
Engineering Village 2,
ou XPLORE d'IEEE
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Publier
Tout chercheur doit publier pour la reconnaissance de son travail :
C’est le fameux « publish or perish »
La carrière des chercheurs s’appuient sur leurs publications avec toutes les dérives liées à ce principe, en particulier le copier/coller, la surabondance …
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Publier
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Publier
En sciences exactes et
biomédicales, l’article de
périodique est devenu le
média principal de publication,
suivi des communications aux congrès et pour les doctorants des posters.
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Publier
Diffuser les connaissances scientifiques, c’est– éclairer les décisions des acteurs publics et
privés- participer aux débats science/société- développer la culture scientifique et technique
et vulgariser la science en direction du grand public
Production livres, expositions, conférences grand public…
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Publier
Valoriser la recherche en– trouvant des partenaires : société de
valorisation
Ex : EZUS à Lyon 1 http://www.ezus-lyon1.fr
– créant son entreprise : incubateur
Ex : Créalys http://www.crealys.com – déposant des brevets Ex : INPI http://www.inpi.fr
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Publier
Les nouveaux moyens de publication
le mouvement Accès Libre
• Définition de l’Open Access (OA)
C’est la disponibilité libre de la littérature validée par les pairs l'Internet public, permettant à tout utilisateur de lire, télécharger, copier, distribuer, imprimer, rechercher ou lier le texte des articles.
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Publier Archiver
• Open Access : principe d'accès gratuit aux publications scientifiques avec un comité de lecture. Les coûts d’une archive sont négligeables. C'est aussi comme cela qu'on appelle le mouvement, initié à Budapest en 2002 par des scientifiques.
• Open Archive : stockage des publications scientifiques par les auteurs ou des médiateurs institutionnels (bibliothèques) sans comité de lecture sur des serveurs fonctionnant avec un logiciel « Open Source » (généralement E-prints), permettant une interopérabilité avec d'autres serveurs et offrant un accès totalement gratuit.
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Publier
De nouveaux acteurs :
• Public Library of Science - PLoS
http://www.plos.org• Biomed Central
http://www.biomedcentral.com/• BioOne
http://www.bioone.org
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Publier
De nouvelles pratiques :
EDP Sciences expérimente différentes formules :• période de mise en accès libre - actualités ou archives ;• modèles économiques comme par exemple le modèle
mixte pour lequel le choix est laissé à l’auteur de rendre ou non son article disponible gratuitement à l’intérieur d’une revue.
De même on trouve Springer Open Choice, Blackwell Publishing Online Open, Oxford Open (mai 2005)….
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Réactions des éditeurs
Pour convaincre les chercheurs que les éditeurs commerciaux admettent l’auto-archivage, consultez
le site :
The SHERPA/ROMEO list
http://www.sherpa.ac.uk
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Publier
• HighWire Press
http://highwire.stanford.edu
Plus de 1 342 000 articles en texte intégral issus de 942 journaux hébergés par HighWire
• DOAJ
http://www.doaj.org
Répertoire de plus de 2 230 journaux, toutes disciplines et langues
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Publier
Les bibliothèques numériques : une bibliothèque numérique est une collection organisée de documents électroniques en accès libre et gratuit sur Internet, associée à une interface permettant la recherche et la consultation de ces documents. – NUMDAM http://www.numdam.orgnumérisation rétrospective des fonds mathématiques
publiés en France– Persée http://www.persee.frportail de revues scientifiques en sciences humaines et
sociales
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Archiver
Différents types d’archives :Par discipline :• arXiv en physique lancé en 1991 arXiv.org• PubMed Central lancé en 1999 http://www.pubmedcentral.org/
Par institution : eScholarship - California Digital Library http://repositories.cdlib.org/
escholarship/
En France : • CDST http://hal.ccsd.cnrs.fr/• La Cellule MathDoc http://mathdoc.emath.fr/
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Evaluer
Depuis plus de 40 ans, l’ISI comptabilise les co-citations.– Journal Citation Reports (JCR) permet la
comparaison des périodiques de recherche à partir des citations tirées de plus de 8 400 périodiques de recherche.
Il présente :– le facteur d'impact annuel par revue – l'évolution de l'impact des revues scientifiques – des informations statistiques basées sur des données
de citations – une mesure qualitative des citations entre
publications
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Evaluer
• Citations
Web of Science est composé de 3 bases interrogeables séparément ou simultanément : – Arts & Humanities Citation Index
– Science Citation Index Expanded
– Social Sciences Citation Index
On peut rechercher par référence citée– auteur cité (Cited author)– publication citée (Cited work)
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Evaluer
Il existe d’autres ressources d’évaluation des articles et journaux.
Faculty of 1000, http://www.facultyof1000.com
publié dans BMC, est un ensemble d'articles sélectionnés en sciences biologiques.
Le classement est effectué par plus de 1000 chercheurs.
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Evaluer
Des bases de données récentes proposent aussi les co-citations voir http://urfist.univ-lyon1.fr/cocitations.html
ex ScienceDirect :http://www.sciencedirect.compub-date > 1994 and pub-date < 2005 and TITLE-ABSTR-KEY(vioxx)
and TITLE-ABSTR-KEY(cardio!)
11 Articles Found That Cited: Risk of cardiovascular events and rofecoxib: cumulative meta-
analysisThe Lancet, Volume 364, Issue 9450, 4 December 2004-10 December 2004, Pages 2021-2029
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Evaluer
Scholar Google
On retrouve le même article :Risk of cardiovascular events and rofecoxib
: cumulative meta-analysisP Jueni, L Nartey, S Reichenbach, R Sterchi, PA … - Lancet, 2004 - Peter Jüni, Linda Nartey, Stephan ... Cited by 49 -
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Evaluer
HighWire : certaines références donnent le lien
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20 juin 2011 LARDY JP 34
Gérer l’information
Un logiciel de gestion de bibliographie permet :
• La saisie et l’importation de références• L’interrogation de la base de données• La maintenance de la base de références• La liaison entre un document de traitement de
texte et la base de données• La génération de bibliographie selon le style
demandé par la publication
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Gérer l’information
Il existe des solutions commerciales :• EndNote est le plus connu
http://www.endnote.com
• RefWorks de CSA est disponible en lignehttp://www.refworks.com
Mais aussi des solutions Open source gratuites :• Bibus multi-plateforme
http://bibus-biblio.sourceforge.net
• Wikindx en lignehttp://wikindx.sourceforge.net
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Pour approfondir
Mouvement Accès Ouvert :
• http://www.inist.fr/openaccess/• http://snhs-plin.barry.edu/Open_Access.htm
Blogs, RSS• http://www.ccr.jussieu.fr/urfist/rss/index.htm
Serveurs de pré-publications• http://bmiu.univ-bpclermont.fr/DOC_ELECTR/PageEnCours/PREPR
INTS.htm
Gérer sa bibliographie• http://urfist.univ-lyon1.fr/logiciels_gestion_doc.html