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Presentación de Daniel Amariles para el módulo avanzado Nuevas herramientas de GBIF II: Portal 2013 y NPT Startup'. Incluye información sobre el NPT Startup RC1 y sobre cómo instalarlo, y sobre el nuevo portal de datos de GBIF y su API.
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GBIF Governing Board 20
Módulo 6B: Nuevas herramientas de GBIF IIPortal 2013 y NPT Startup
Daniel AmarilesLíder TI, Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia Global Biodiversity Information Facility (GBIF)
Sábado, 5 de Octubre, 2013
RESUMEN
El desarrollo del nuevo portal de GBIF ofrece una API completa para la consulta de datos publicados en la red.
Esta es una introducción al nuevo sistema, para aquellos que consideran construir aplicaciones web que usen la nueva API.
Esta presentación corresponde al módulo 6B del curso de entrenamiento para Nodos en el GB20, realizado en Octubre de 2013 en Berlín, Alemania.
Aquí también se presentará una introducción al desarrollo del NPT Startup y sus características principales.
ÍNDICE
1. Introducción al NPT Startup
2. Introducción al Portal de Datos 2013
3. El API del Portal de Datos
4. Del Portal al API
5. El API de mapas
6. Usando los datos del API de mapas
7. Ejercicio práctico
INTRODUCCIÓN ALNPT STARTUP
“NPT Startup es un sitio Drupal que establece una presencia en la web para nodos participantes de GBIF..”
Sitio demo http://nptstartup.gbif.org/
https://github.com/gbif/gbif-npt-startup/releases
Repositorio en GitHub
http://vimeo.com/63640790
Vídeo de presentation
INTRODUCCIÓN ALNPT STARTUP
CARACTERISTÍCAS DEL NPT STARTUP• Información sobre biodiversidad proveniente del Portal
de Datos de GBIF y de Encyclopedia of Life.
CARACTERÍSTICAS DEL NPT STARTUP• Carácteristicas comunes en los sitios web como
noticias, foros y blogs. Así que el sitio puede ser usado por un Nodo Participante de GBIF como sitio de comunicación.
CARACTERÍSTICAS DEL NPT STARTUP
• Incluye una lista de chequeo taxonómica inicial para el país, generado por la unión nombres científicos que se extraen de los datos de registros biológicos de especies dentro del país disponibles en la red de GBIF.
• Los datos sobre biodiversidad de una especie son mostrados como mapas estáticos de distribución de especies.
CARACTERÍSTICAS DEL NPT STARTUP• Más información disponible acerca de una especie
incluyendo descripción y multimedia proveniente de Encyclopedia of Life (EOL).
CARACTERÍSTICAS DEL NPT STARTUPA nivel de país, El NPT Startup muestra algunas cifras
sobre la actividad de publicación de datos.
CARACTERÍSTICAS DEL NPT STARTUP• Muestra artículos científicos e informes usando datos
de los medios de GBIF, publicados por autores del país y/o acerca de biodiversidad del país.
ÍNDICE
1. Introducción al NPT Startup
2. Introducción al Portal de Datos 2013
3. El API del Portal de Datos
4. Del Portal al API
5. El API de mapas
6. Usando los datos del API de mapas
7. Ejercicio práctico
INTRODUCCIÓN AL PORTAL DE DATOS 2013
SECCIONES PRINCIPALES
BÚSQUEDA DE ESPECIES
Resultados de la búsqueda
Filtros- Taxonomía base- Taxones principales- Rango- Estado- Habitat- Tipo de nombre
VISTA DE LA ESPECIE
Información general
Contenido externo
Cifras básicasInformation
taxonómica
Distribución de registros
ÍNDICE
1. Introducción al NPT Startup
2. Introducción al Portal de Datos 2013
3. El API del Portal de Datos
4. Del Portal al API
5. El API de mapas
6. Usando los datos del API de mapas
7. Ejercicio práctico
API DEL PORTAL DE DATOS
Una interfaz para acceder a los datos publicados en la red de GBIF usando servicios Web.
API DEL PORTAL DE DATOS
API del Registro del Portal : http://portaldev.gbif.org/developer/registry
API de todos los servicios web de GBIF: http://dev.gbif.org/wiki/display/POR/Webservice+API
“Todos los servicios reciven parámetros como una cadena de consulta codificada como parámetros GET clave=valor y responden con un contenido tipo json”
API DISPONIBLE
• Checklist Bank Services: Name usage• Checklist Bank Services: GBIF Backbone Taxon Lookup• Checklist Bank Services: Search Service• Checklist Bank Services: Metrics• Registry Services: Node• Registry Services: Organization• Registry Services: Network• Registry Services: Technical Installation• Registry Services: Dataset• Registry Services: Dataset Search Service• Occurrence Services: Occurrence Record• Occurrence Services: Search Service• Occurrence Services: Download Service• Cube Metrics Services: Occurrence Service • Crawler Services: Dataset Crawl Service
Names APIhttp://api.gbif.org/lookup/name_usage/?name=oenanthe&kingdom=plants
Dataset API
http://api.gbif.org/dataset/52a423d2-0486-4e77-bcee-6350d708d6ff
Organization APIhttp://api.gbif.org/organization/10980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a862
Names Usage APIhttp://api.gbif.org/name_usage/1
Occurrence search APIhttp://api.gbif.org/occurrence/search?TAXON_KEY=6746
EJEMPLOS DE LLAMADOS AL API
ÍNDICE
1. Introducción al NPT Startup
2. Introducción al Portal de Datos 2013
3. El API del Portal de Datos
4. Del Portal al API
5. El API de mapas
6. Usando los datos del API de mapas
7. Ejercicio práctico
CONSULTANDO UNA ORGANIZACIÓN
Obtener el UUID de la organización
10980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a86210980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a862
URL Base API + URL término + UUID Organización
CONSULTANDO UNA ORGANIZACIÓN
http://api.gbif.org/organization/10980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a86210980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a86210980920-6dad-11da-ad13-b8a03c50a862
Construye la URL de llamado al API:
Usa el cliente REST para EXPLORAR EL CÓDIGO
USANDO LOS DATOS DEL API
Ejemplo: http://data.sibcolombia.net/publicadores/provider/3
ÍNDICE
1. Introducción al NPT Startup
2. Introducción al Portal de Datos 2013
3. El API del Portal de Datos
4. Del Portal al API
5. El API de mapas
6. Usando los datos del API de mapas
7. Ejercicio práctico
API DE MAPAS v1.0
“¿Busca sobreponer contenido de GBIF en su mapa? Pruebe con este servicio flexible y fácil de usar para la renderización de capas”http://uat.gbif.org/developer/maps
Este servicio está diseñado para ser usado con los clientes de mapas más comunes tales como el API de Google Maps o con Leaflet JS.
Estas bibliotecas permiten visualizar las capas de GBIF con otro contenido, tales como los que vienen de proveedores de Servicios Web de Mapas (WMS). Cabe anotar que el API de Mapas no es un WMS ni tampoco soporta funcionalidades WFS.
http://leafletjs.com/
MAPPING API v1.0
PERSONALIZANDO EL CONTENIDO DE LA CAPA
El formato de la URL es el siguiente:
Con los siguientes parámetros obligatorios:
type : TAXON, DATASET, COUNTRY o PUBLISHER
key : La clave apropiada según el type seleccionado (clave de taxón, UUID del conjunto/publicador o código ISO de país de 2 letras)
http://api.gbif.org/map/density/tile?x={x}&y={y}&z={z}
PERSONALIZANDO EL CONTENIDO DE LA CAPA
• Basis of record– Fossil– Living specimen
• Year Range– Observations year range– Specimens’ year range– Other year ranges
El parámetro layer es un campo opcional y multievaluado en el cual son declaradas las capas para ser combinadas por en el servidor en el mosaico.
&layer=OBS_2010_2020&layer=SP_2010_2020&layer=OTH_2010_2020&layer=LIVING&layer=FOSSIL
Ejemplo:
DANDOLE ESTILO A LA CAPA
“Para dar estilo a la capa configurada se puede hacer a través del parámetro colors o del párametro palette.”
&colors=%2C100%2C%23FF000033%7C100%2C10000%2C%2300FF0033%7C10000%2C%2C%230000FF33
Usando el parámetro colors:
&palette=greens
Usando el parámetro palette:
ÍNDICE
1. Introducción al NPT Startup
2. Introducción al Portal de Datos 2013
3. El API del Portal de Datos
4. Del Portal al API
5. El API de mapas
6. Usando las capas del API de mapas
7. Ejercicio práctico
USANDO LOS DATOS DEL API
Contruir una consulta al API de Mapas de
GBIF
Configura la capa en tu navegador de mapas
USANDO LOS DATOS DEL API
Ejemplo: http://maps.sibcolombia.net/
ÍNDICE
1. Introducción al NPT Startup
2. Introducción al Portal de Datos 2013
3. El API del Portal de Datos
4. Del Portal al API
5. El API de mapas
6. Usando los datos del API de mapas
7. Ejercicio práctico
EJERCICIO PRÁCTICO:EXPERIMIENTANDO EL API DEL PORTAL1. Explora los datos con un cliente REST
2. Intenta imaginar cómo le gustaría usar esos datos en su aplicación o portal.
3. Haz uno o más prototipos visuales acerca de cómo integrar esos datos
4. Tarea: Implementar un cliente JSON para obtener los datos
HERRAMIENTAS DE SERVICIOS WEB
Clientes REST recomendados
Advanced REST client
Google Chrome extensions
http://code.google.com/p/rest-client/
https://chrome.google.com/webstore/detail/advanced-rest-client/hgmloofddffdnphfgcellkdfbfbjeloo
PROTOTIPADO VISUAL
Herramienta recomendada de prototipado visual
https://cacoo.com/
GBIF Governing Board 20
Módulo 6B: Nuevas herramientas de GBIF IIPortal 2013 y NPT Startup
Daniel AmarilesLíder TI, Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia Global Biodiversity Information Facility (GBIF)
Sábado, 5 de Octubre, 2013
