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Presentación Web 2.0 y 3.0 para manejo de información biomédica presentación en el seminario del Departamento de Inmunología y Reumatología del Instituto Nacional Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán. Layla Michán Miércoles 28 de Octubre a las 12:00- 13:30 hrs
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Web 2.0 y 3.0 para manejo de información biomédica
Dra. Layla Michán
Miércoles 28 octubre 2009
SeminarioDepartamento de Inmunología y Reumatología Instituto Nacional Ciencias Médicas y Nutrición
Salvador Zubirán
Línea de investigación
OBJETO DE ESTUDIO
Las ciencias biológicas (1950 a la actualidad)
PROYECTOS•Dominios biológicos: Biología evolutiva vs Biología experimental
•Estudios sobre biodiversidad (taxonomía y biogeografía) de/sobre México y América Latina
•E-investigación bibliográfica•La investigación de Recursos Naturales en América Latin
Análisis de las ciencias Biológicas: Estructura, dinámica, desarrollo y relaciones
(Re)evolución de la información
• Diseño de las computadoras, aparición del Internet masificación de la web.
• Formato digital: bajo costo, poco espacio.
• Explosión de la información.
• Desapareció la distinción entre escribir y publicar, se volvió un proceso simultáneo.
• Gran cantidad de colecciones de datos .
• Dinámica: cambia, está en modificación constante, tanto el contenido como los formatos.
• Masiva
• Democrática: Cualquiera puede publicar información sin revisión o edición
(Re)evolución de la información (científica)
• Modificación en la forma de producir, evaluar, consultar y difundir el nuevo conocimiento científico.
– Revistas electrónicas
– Procedimiento electrónico
– Evaluación libre
– Preprints
– Inmediatez
• Se han producido nuevas disciplinas científicas– Bioinformática
– Informática Médica
La Web 2.0 (Social)
• Se centra en la capacidad de las personas para colaborar y compartir información en línea.
• Transición de la Web estática a una dinámica, que es más organizada.
• Comunicación abierta con un énfasis en comunidades de usuarios e intercambio de información.
• Ya no sólo se trata de ofrecer la posibilidad de encontrar información, sino de lograr objetivos específicos, pues es factible, crear, etiquetar jerarquizar y compartir datos.
• Lenguaje HTLM
Web 3.0 (Semántica)
• Basada en la idea de añadir metadatos semánticos e información (a través de mapas
• cognitivos).
• Desarrollar nuevos sistemas de interoperabilidad que permitan interpretar
• metadatos para adaptarse a las acciones de los usuarios .
• Minería de textos y ontologías
• Lenguajes: XML (etiquetas) y RDF (metadatos)
Tim Berners-Lee, el creador de la idea, la expresó de la siguiente manera:"Mi sueño es una Web en la que las máquinas sean capaces de analizar todos los datos –contenido, enlaces y transacciones entre la gente y los ordenadores–. La 'Web Semántica', que haría esto posible, está todavía por llegar, pero cuando llegue, la rutina de nuestras compras, burocracia y vida diaria será gestionada por máquinas hablando con máquinas. Los 'Agentes Inteligentes' que han sido anunciados durante décadas se harán por fin realidad".
www(Aplicación)
Red estructural y funcional
Nodo
Relación
• Páginas electrónicas• Portales (sitios web)• Motores de bùsqueda• Metabuscadores• Correo electrónico• Chats• Alertas• Listas de discusión
• Blogs• Redes sociales• Wikis• Folksonomias (social bookmarking) • Weminarios• Web feed
Web 1.02000
Web 2.02003
Diferencias
•Tecnológicas
•Estructurales
•Filosóficas
•Sociológicas•Comunidades (conexiones entre usuarios)•Actualización constante•Intercambiar contenido
•Compartir•Cargar
•Creadores (contenido)•Democrático•Se combina información de diferentes bases de datos•Etiquetas•Ratings
•Consumidores (contenido)
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Web 2.0
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ClasificarPublicar
Navegar
Buscar Recomendación
Selección Recuperación
Lectura
Comentar
CitarReferencias
PUBLICACIÓN
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Obtener metadatos
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7
3
45
6
2
Meta-análisisBibliometríaAnálisis de redesDescubrimiento Basado en Literatura
Comentar PDFsAcrobatPDF Exchange*
COLECCIONES DE DATOSBases de datosSistemas de informaciónProveedores
Citar mientras escribo1/100
MarcadoresGoogle marcadores y blockFacebookFolkosomiasDeliciousCiteulikeGestores de bibliografíaGestores de
bibliografíaEndnoteRefworksMendeley*ZoteroCiteulike*
PDFHTLMTXT
AlertasCorreos electrónicosListas de discusiónAgregadores
NavegadoresGoogle, Bing
Ciberinfraestructura
Modificado de Hull, 2008)
http://www.victorinox.ch/
Herramientas electrónicas
•Programas
•Aplicaciones
•Recursos
•Utilidades
•Herramientas
•Servicios
•Complementos (gadgets y plugins)
Los más comunes
PROGRAMAS• Procesadores de texto
• Buscador
• Exploradores o navegadores
• Correo electrónico
• Listas
• Grupos
• Marcadores
• Folkosomias
• Redes sociales
• Lectores de agregadores (feeds)
• Administradores de bibliografía
FUNCIONESBuscar o navegarEnviar y recibirGuardar o imprimirEtiquetarJerarquizarClasificar EditarCompartirPublicarAgregarAnotarChatear
Documentos electrónicosPáginas web
BlogsWikis
Artículos electrónicosLibros electrónicos
Correos electrónicosMensajes
Web 2.0• Etiquetar
(Tagging)• Compartir
(share)• Calificar
(ranking)• Agregar
(feeds)• Automatizar• Comentar
Meta-análisis
• Infometría• Análisis de Redes• Descubrimiento basado
en literatura
Buscadores Metabuscadores Buscadores especializados
Bases de datos bibliográficas Editores/Proveedores
Buscar
Marcar (marck)Sistematizar / Organizar
Explorar
Difundir
Navegar
Exploración en la Web• La exploración de información digital se puede hacer de
dos formas:
– Navegar (browser). Consiste en ver toda la información, reconocer las jerarquías y la estructura utilizada en la base de datos, en “navegar” las páginas electrónicas y acceder a las ligas de interés, permite explorar las opciones y facilita el encuentro con las diversas opciones disponibles.
– Buscar (search). Implica una labor especifica, se hace por medio de consultas (queries) en uno o varios campos en los que se define con la ayuda de palabras y criterios la información a localizar; consiste en realizar una pregunta clara que busca una respuesta específica y concreta, a partir de la cual el sistema arroja los resultados que satisfacen una solicitud.
Barra de herramientas de Google
Vista Previa Interclue
Delicious
InterclueXmarks
Mendeley
Delicious
CiteUlike
Visualizeus
https://sites.google.com/a/ciencias.unam.mx/ciberinfraestructuraliteratura/
http://ciberliteraturaunam.blogspot.com/
•Un wiki, o una wiki, es un sitio web cuyas páginas web pueden ser editadas por múltiples voluntarios a través del navegador web.
•Los usuarios pueden crear, modificar o borrar un mismo texto que comparten.
•Los textos o "páginas wiki" tienen títulos únicos. Si se escribe el título de una "página-wiki" en algún lugar del wiki, esta palabra se convierte en un "enlace web" (o "link") a la página web.
Buscar
Buscadores
Buscar
• Buscadores y Metabuscadores
• Generales
• Especializados en Ciencias Biomédicas
• Web 2.0 Sociales
• Web 3.0 Semánticos
BuscadorSearch Magine ALCANCE
Scope IDIOMA(S) Languages
CARACTERISTICAS Features
Global Inglés
Español Google
Global Inglés Altavista
Global Inglés
Español Yahoo!
Global Inglés
Español Excite
Global Inglés HotBot
Global Inglés Infoseek
Global Inglés WebCrawler
Global Inglés
Español Lycos
Global Inglés Netscape
Global Inglés Aol
Global Inglés MSN
Global Inglés dmoz
Global Inglés NBCi
Glonal Inglés All The Web
Global Inglés DogPile
Global Inglés Hooting Owl
Global Inglés Go
Global Inglés Celestina
USA
Global Inglés Looksmart
Indice Internacional
Global Inglés
Español Ask Jeeves
Indice Internacional
Global Inglés Teoma
Indice Internacional
Global Inglés Xupiter
Global Inglés Alexa
USA
•Servicio que mantiene una base de datos con los contenidos de un gran número de páginas web, y permite a sus usuarios realizar búsquedas por contenido (palabras) en ella. •Poseen bases de datos amplias y actualizadas. •Se compilan por máquinas o robots, e incorporan en sus bases de datos la información que sea capaz de recoger en los sitios de Internet.
Metabuscadores
• Buscador de buscadores, buscadores múltiples, multimotores o megabuscadores.
• Sitios web especializados en consultar varios buscadores al mismo tiempo y presentar la información proporcionada de forma entendible y ordenada que permiten interrogar varias bases de datos simultáneamente desde una única interfaz,
• No poseen bases de datos propias, envían su búsqueda a varios motores, de modo que los resultados obtenidos dependen de lo que sean capaces de devolver estos, si están accesibles en el momento de la búsqueda.
• Por lo general, son difíciles de utilizar para búsquedas precisas, porque tienen un menor control sobre la búsqueda, y se atienen a las restricciones e interfaces diferentes en cada motor.
Metabuscadores(metasearch)
Entrez
Buscador Web 2.0
Protocolo Web
semántica
Dietze and Schroeder BMC Bioinformatics 2009 10(Suppl 10):S7 doi:10.1186/1471-2105-10-S10-S7
Dietze and Schroeder BMC Bioinformatics 2009 10(Suppl 10):S7 doi:10.1186/1471-2105-10-S10-S7
Buscador Web 3.0 GoWeb
Marcar
Marcar
• Páginas Web: blogs, wikis,
• Imágenes
• Bibliografía
Páginas web
Imágenes
Manejador de bibliografía
APLICACIONES DE GOOGLE (Top 10) 1. Gmail2. Blog y Portal 3. Grupo4. Google y Google Académico5. Barra de herramientas de google6. Página de inicio personalizada i-Google7. Marcadores de Google y Google block de notas8.Google libros9. Google Reader10. Google documents
Automatización, Actualización e Inmediatez
• Importancia de la actualización e inmediatez en el área Biomédica.
• La herramienta de la web 2.0 para la actualización: los feeds
• i-google y Google Reader• Creación de feeds
– De revistas (Cell, Nature, Science, Plosone)– De blogs (ciberinfraestructura)– De noticias– De google
Suscripciones
RSS (Really Simple Syndication)
Formato de datos que es utilizado para redifundir contenidos a suscriptores de un sitio web que permite distribuir contenido sin necesidad de un navegador, utilizando un software diseñado para leer estos contenidos RSS llamado agregador (feed).
Redifusión de contenidos web
• Inmediatez
• Dos formatos RSS y Atom
• Se copia la dirección de la suscripción
• Se lee en un gregador (feed) iGoogle y Google Reader
– De google
– De blogs (ciberinfraestructura)
– De noticias
– De revistas
– De sociedades
– De artículos
– De autores
– De citas
Redes sociales
La Web 2.0 en números
Torres-Salinas, D. and E. Delgado-López-Cózar (2009, September). Estrategia para mejorar la difusión de los resultados de investigación con la web 2.0. El Profesional de la Informacion 18 (5), 534-539.
Torres-Salinas, D. and E. Delgado-López-Cózar (2009, September). Estrategia para mejorar la difusión de los resultados de investigación con la web 2.0. El Profesional de la Informacion 18 (5), 534-539.
Torres-Salinas, D. and E. Delgado-López-Cózar (2009, September). Estrategia para mejorar la difusión de los resultados de investigación con la web 2.0. El Profesional de la Informacion 18 (5), 534-539.
Meta-análisis
• Simultáneo al desarrollo de ciencias de la información (CI) y las tecnologías la información y la comunicación (TICS), en especial con el desarrollo de las bases de datos y la Internet, se han producido formas sistémicas de análisis de cantidades colosales de información (terabites).
• Técnica cuantitativa que usa mediciones específicas para indicar la fuerza (tendencias) de relaciones variables en los estudios incluidos en el análisis. La técnica enfatiza los resultados entre múltiples estudios en oposición a los resultados obtenidos de una sola investigación.
Caracteríticas
Se pueden hacer debido a que existen grandes colecciones de datos de registros bibliográficos (repositorios o bases de datos).
Hemos reconocido tres tipos:
• Análisis bibliométricos (Bibliometría)
• Análisis de redes
• Descubrimiento basado en literatura (Minería de textos, minería de datos).
Google trends
Aplicaciones para PubMed
Meta-análisis para PubMed
META-ANALISIS
Bibliometría Análisis de Redes
Text Mining
Chilibot
Relaciones entre un subconjunto de genes afectados por el tratamiento con cocaína.
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Escherichia (94873)
Drosophila (48989)
Saccharomyces (27549)
Arabidopsis (18094)
Zea (7636)
Neurospora (6640)
Dictyostelium (6191)
Chlamydomonas (5646)
Caenorhabditis (5353)
Schizosaccharomyces (3183)
Danio (973)
Año
Documentos
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Neurospora (6640)
Dictyostelium (6191)
Chlamydomonas (5646)
Caenorhabditis (5353)
Schizosaccharomyces (3183)
Danio (973)
Año
Documentos
Modelos en Biomedicina SCI
Fig. 2. Co-word space of the top 50 highly frequent and bursty words used in the top 10% most highly cited PNAS publications in 1982-2001.
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• Este proyecto se lleva a cabo gracias al financiamiento de:
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