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2014年6月12日
BioProject と BioSample の紹介
児玉 悠一 Kodama Yuichi, Ph.D
DDBJ センター、アノテータ DDBJ center, annotator
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
2014年6月12日
背景
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
2014年6月12日
増え続ける一次データベース
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/index.html
2014年6月12日
二つの塩基配列データベース
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
DDBJ/EMBL-Bank/GenBank
Sequence Read Archive シークエンシング
Quality value
アライメント
アセンブリ
アノテーション
2014年6月12日
データベースを横断してまとめる
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
DDBJ
DRA シークエンシング
Quality value
アライメント
アセンブリ
アノテーション
BioProject BioSample
2014年6月12日
多様なデータを組織化
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
BioSample 1 BioSample 2
data
Umbrella BioProject
Genome BioProject
Transcriptome BioProject
Epigenome BioProject
data data data data data
「プロジェクト」と「サンプル」という切り口でデータを組織化
2014年6月12日
SRA データモデルの移行
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
SRA Study → BioProject、SRA Sample → BioSample へ移行 DDBJ SRA (DRA) は2014年5月12日に移行完了
2014年6月12日
INSDC: BioProject/BioSample/SRA
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
BioProject の形式は DDBJ/NCBI/EBI でほぼ同じ BioSample の形式は DDBJ と NCBI は同じ、EBI は異なる
http://www.insdc.org/
INSDC: International Nucleotide Sequence Database Collaboration
2014年6月12日
BioProject
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
2014年6月12日
プロジェクト番号でデータを関連付ける
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
同じプロジェクト番号を引用しデータを関連付ける
DDBJ
DRA
シークエンシングと サンプリング
アノテーション
BioProject
2014年6月12日 第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJDA38027
ゲノム配列 SRA データ
Pubmed 論文情報
プロジェクト概要
プロジェクトに由来するデータを一覧
NCBI BioProject:
2014年6月12日
プロジェクトの登録が必要な場合
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
DRA 登録では BioProject と BioSample の登録が必須
微生物や真核生物のゲノム配列を登録する場合
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/bioproject/submission.html#プロジェクトの登録が必要な場合
2014年6月12日
アンブレラプロジェクトの活用
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
アンブレラプロジェクト (非公開にできない) でプロジェクトをまとめる 大規模プロジェクトからの成果を整理して提示することができる 初期段階でアンブレラを取得し、関係者に周知することを推奨
DDBJ 側では申告されないとアンブレラとの関係が分からない
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/bioproject/submission.html#アンブレラプロジェクトの活用
アンブレラ
プライマリー
2014年6月12日
大規模プロジェクトを一覧
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
SRA データ サンプル
サブプロジェクト
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=PRJNA59771 NCBI BioProject:
1000 Genomes プロジェクト
2014年6月12日
プロジェクトの登録
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
プロジェクト (目的・研究費・生物・データの種類など) をアカウントから登録 プレフィックス PRJD の BioProject ID を発行
ポップアップでの説明
2014年6月12日
BioSample
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
2014年6月12日
BioSample でサンプル情報を集中管理
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
データベースに散在していたサンプル情報を集中管理 サンプル記述を標準化 2014年2月に DDBJ は BioSample を開始
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/biosample/index.html
2014年6月12日
属性 (attributes) でサンプルを記述
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
「属性名:値」のペアでサンプルを記述 (例: tissue:liver)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/1990977
チェックリスト
サンプル属性
関連データ
タイトル
NCBI BioSample:
2014年6月12日
サンプル記述の標準化
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
ゲノム・メタゲノム・マーカー遺伝子に対する MIxS チェックリストを採用 Yilmaz P et al. Nat Biotechnol (2011) 29:415-20
Minimum information about any (x) sequence (MIxS)
2014年6月12日
サンプル記述の標準化
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
サンプルの種類に応じたチェックリスト チェックリストは最低限必要な属性を定めている
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/biosample/attribute.html サンプル属性一覧:
ゲノム・メタゲノム・マーカー遺伝子に対する MIxS チェックリスト
さらに Environmental package を選択
2014年6月12日
サンプルの登録
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
Sample type を選択し、タブ区切りのサンプル属性ファイルをダウンロード 表計算ソフトなどで1行に1サンプルの情報を入力し、アップロード プレフィックス SAMD の BioSample ID を発行
2014年6月12日
BioProject と BioSample の利用
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
2014年6月12日
BioProject/BioSample ID の引用
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
DRA 登録を構成する BioProject と BioSample ID を選択
塩基配列登録の DBLINK に関連する BioProject/BioSample ID を記入
2014年6月12日
微生物ゲノム配列の登録
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
Strain-level taxonomy ID にかわり BioSample 微生物ゲノムを識別
BioProject BioSample Strain: 1 Locus tag prefix: AAAA1
BioSample Strain: 2 Locus tag prefix: AAAA2
BioSample Strain: 3 Locus tag prefix: AAAA3
BioProject Strain: 1 Locus tag prefix: AAAA1 Strain-level taxonomy ID: 10
BioProject Strain: 2 Locus tag prefix: AAAA2 Strain-level taxonomy ID: 11
BioProject Strain: 3 Locus tag prefix: AAAA3 Strain-level taxonomy ID: 12
Species-level taxonomy ID: 100
Federhen S et al. Stand Genomic Sci (2014) doi: 10.4056/sigs.4851102
2014年2月以前
2014年2月以降
Genome
Genome
Genome
Bacteria: A Strain: 1
Bacteria: A Strain: 2
Bacteria: A Strain: 3
Genome
Genome
Genome
Bacteria: A Strain: 1
Bacteria: A Strain: 2
Bacteria: A Strain: 3
2014年6月12日
拡大する一次データベースの役割
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/index.html
ご登録は計画的に!
2014年6月12日
お問い合わせ先
第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/contact.html
登録について問い合わせる場合には ID をお知らせください