178
Современное общедоступное ПО для биостатистических вычислений Никита Николаевич Хромов-Борисов Кафедра физики, математики и информатики СПбГМУ им. акад. И.П. Павлова (Санкт-Петербург) 8-952-204-89-49 [email protected]

Modern free biostatistical software ppt

  • Upload
    -

  • View
    306

  • Download
    3

Embed Size (px)

DESCRIPTION

Modern free biostatistical software

Citation preview

2. 3. Instat+ http://www.reading.ac.uk/ssc/n/software/instat/337/Instat+_v3.37.msi 3 4. Jeffery S., Saggar Malik A.K., CrosbY A., BlanD M., Eastwood J.B., Amoah-Danquah J., Acheampong J.W., Plange-Rhule J. A dominant relationship between the ACE D allele and serum ACE levels in a Ghanaian population J. Med. Genet. 1999;36:869-870 4 Table 1 Serum ACE in U/l for each ACE genotype ACE genotype II ID DD 24 26 48 82 60 50 21 23 27 48 62 42 56 20 43 35 42 31 47 74 57 37 33 8 42 15 35 45 57 24 46 60 19 31 25 25 24 53 89 31 36 43 55 98 62 83 70 25 44 28 62 27 50 125 26 61 52 82 21 20 69 33 52 56 71 21 65 74 62 68 33 35 77 32 38 97 34 90 65 44 37 32 37 117 82 30 39 36 35 100 38 29 132 103 77 41 38 Mean (SD) 34.5 (13.6) 51.3 (23.8) 53.3 (29.5) Median (range) 31 (19-74) 47.5 (15-132) 46 (8-125) 5. Graphics Boxplot Data to be plotted, Plot data point, with jitter, Show confidence limits for medians, Show means 6. X Y 7. Edit symbol style 8. 9. File Export 10. () 11. () . . , 1100, , : 1 0. 13 12. 14 13. Statistics Simple Models Normal, One Sample 14. Edit line style 15. Edit line style 16. 19 95%- 17. http://smed.ru/guides/363/?q=%E0%ED%E3%E8%EE&search_type=tree#article () , / < 12 9,4 37 13 16 9 33,4 6,1 26,6 20 ACE 4-5 , . http://medbiol.ru/medbiol/ace/00008b43.htm 18. Edit Rename columns 19. Plot Historgam Fit normal 6 5 20. Graph preferences Font 21. Copy graphic Plot Normal probability plot 0 30 60 90 120 U/L 0 5 10 15 22. 26 23. Graph preferences -3 -2 -1 0 1 2 Normal order statistic medians 0 30 60 90 120 Samplevalues 24. Plot Histogram 0 25 50 75 100 125 , U/L 0 4 8 12 16 20 25. Statistics Normality tests II ID DD N 14 50 33 - 0,0067 0,0028 0,077 - 0,0012 0,00064 0,25 - 0,0021 0,0050 0,10 - 0,018 0,011 0,097 26. Statistics Univariate Statistics Univariate Bootstrap 27. Statistics Univariate Bootstrap ID 95%- DD 95%- L U L U N 50 33 Min 15 8 Max 132 125 M 51,3 44,6 57,4 53,3 43,1 62,7 SE 3,36 2,31 4,07 5,14 3,86 6,16 Var 565,2 266,9 823,4 871,6 490,9 1253,1 SD 23,77 16,34 28,70 29,52 22,15 35,40 Me 47,5 38,5 57 46 27 55 Q1 33,75 29,5 39,75 32 26 55 Q2 62 49,25 67,75 73,5 57,5 90,5 As 1,2 0,58 2,0 0,73 0,13 1,4 Ex 1,7 -1,1 4,1 -0,11 -2,0 1,0 28. AtteStat http://attestatsoft.narod.ru/download/AtteStat_32.exe 29. AtteStat 30. AtteStat 31. Statistics One-way ANOVA Statistics Kruskal-Wallis 32. (One-way ANOVA) F-: Pval = 0,051 (Levene's test) : , Pval = 0,084 , Pval = 0,020 (Welch F test) : Pval = 0,0020 Q- : ID DD II 0,051 0,025 ID 0,96 a- (Kruskal-Wallis test) II ID DD II 0,0056 0,037 ID 0,017 0,97 DD 0,11 1 - , 33. 2 , F- Q- - - 34. , -3 -2 -1 0 1 2 88 90 92 94 96 98 35. AtteStat - 36. P- - (10 . ) 37. BF01 = 9,3 () 38. P- 39. - .. P- // 16.02.2011 . http://tele-conf.ru/aktualnyie-problemyi- tehnologicheskih-izyiskaniy/sindrom- statisticheskoy-snishoditelnosti-ili-znachenie- i-naznachenie-p-znacheniya.html 40. - .., .. // C. . .: - , 2012. . 233-236. 41. - .., .. - .., .. http://prev-med.ru/ru/itogi.html 42. , . (International Committee of Medical Journal Editors ICMJE). , 2008 .: http://www.icmje.org/index.html 2005 .: http://www.mediasphera.ru/mjmp/2005/5/10.pdf 46 43. , : , , , . , ( ). , , - , . 47 44. , 2008. - 7. - . 57-64. , : , , - . P-, , , .. 48 45. 49 - P- , : t. T ( , ) , H0: Pval = Pr[|T| |t.| | H0: t0 = 0]. , , . () . 49 46. 50 P- ( Michelin) P- > 0,05 0,05 0,01 * 0,01 0,001 ** < 0,001 *** 50 47. 51 .., .., .., - .. , .: - , 1982. 264 . , . : ) P > 0,05, ; ) P < 0,01, ; ) 0,01 < P < 0,05, . 51 48. 52 [0,05; 0,01] P- > 0,05 0,05 0,01 * 0,01 0,001 ** < 0,001 *** 52 49. , http://ru.wikipedia.org/wiki/_ . .: .. "" http://www.biometrica.tomsk.ru/let1.htm 53 50. 54 () : P-, H0, ; H0. ( ) P- . 54 51. 55 P- ! P- , H0: t0 = 0 Pval = Pr[|T| |t.| | H0: t0 = 0], : P{D|H0} P{H0|D} |T| |t.| T, ( ) |t.| . 55 52. P- ! , - , . : http://en.wikipedia.org/wiki/P-value . , -: Goodman S. A dirty dozen: Twelve P-value misconceptions // Semin. Hematol., 2008. - Vol. 45. P. 135-140. 56 53. : , P(D|H0) P(H0|D) .. P(D|H0) D , H0, P(H0|D) , D. 54. P- , - P(H0). , , . . . - - P(H0). P(H0), ( ) P(H0). 58 55. p- Sellke T., Bayarri M.J., Berger J.O. Calibration of p Values for Testing Precise Null Hypotheses The American Statistician, Vol. 55, No. 1. (2001), pp. 62-71. 1 0 1 1 ppe DHP ln ep 1 59 56. 60 P- Held L. A nomogram for P values. BMC Medical Research Methodology 2010, 10:21 doi:10.1186/1471-2288-10-21 http://www.biostat.uzh.ch/static/pnomogram/ 57. 61 58. 62 59. 63 60. - P- P(H0) repr 0,05 > 30% < 50% 0,01 > 10% < 75% 0,001 > 2% < 90% . P(H0) ( ) 29%, 11% 1,8%. Posavac E.J. Using p values to estimate the probability of statistically significant replication // Understanding Statistics, 2002. Vol. 1. No. 2. P. 101-112. 64 61. P- () Pval Min P(H0|D) Max P(H1|D) Min BF01 Max BF10 P(H0|D) P(H1|D) 0,05 0,29 0,71 0,41 2,46 0,71 0,29 0,01 0,11 0,89 0,13 7,99 0,89 0,11 0,0086 0,10 0,90 0,11 9 0,90 0,10 0,0035 0,05 0,95 0,053 19 0,95 0,05 0,001 0,018 0,98 0,019 53,3 0,98 0,018 0,00049 0,01 0,99 0,010 99 0,99 0,01 0,000036 0,001 0,999 0,001 999 0,999 0,001 62. P- 66 63. = 0,05 ( = 0,01) (Pval < 0,05) ( ) . = 0,001, .. Pval < 0,001, . 67 64. - P < 0,05 ( 0,001 < P < 0,05). - . - , . 68 65. 69 , BF BF - . , , . , , , . BF01 = P(D|H0)/ P(D|H1) BF10 = P(D|H1) / P(D|H0) 66. 70 , BF10 BF01 BF10 1 0 >100 30 100 10 30 3 10 1 3 BF01 0 1