Kashiwa.Rについて~#7へのイントロダクション~

Kashiwa.R#7

東京大学大学院新領域創成科学研究科

蔦谷匠2013-03-19

1第7回 Kashiwa.R バイオ実験系ラボ支援回http://www14.atwiki.jp/kashiwar/pages/19.html

自己紹介 2

蔦谷 匠 (つたや たくみ)東京大学・新領域・先端生命・D1生物学 → 会社員 → 人類学同位体分析, 子供, 古人骨

連絡先:– @tsutatsuta– tsutayatakumi[at]gmail.com

http://tsutatsuta.net/

内容 3

◯ Rとはなにか– 統計解析・図示に優れたプログラミング言語– 近年, 利用例が急増している

◯ Rを使うと良いことがある– Excelと比較してみる– リソースも潤沢

◯ Kashiwa.Rについて– 有志によるRの勉強会のうちのひとつ

そもそも R ってなに？なぜ R を使うとハッピーになれるのか

R言語とは統計解析・図示に優れたフリーのプログラミング言語

比較的簡単な操作で, 実に多様な統計解析機能オープンソースのフリーソフトウェア多彩で美しい図の作成が可能Bioconductor: ゲノムデータの解析に特化した環境

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http://www.r-project.org/

近年, Rの利用例は増加年度ごとの言及論文数の推移 (Google Scholarを利用して調査, 概算値)

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年

Log言

及論

文数

(×10

n)

検索キーワード R: “R Development Core Team”, Bioconductor: “Bioconductor”, SPSS: “SPSS”, Excel: “Excel”

企業や行政での利用もGoogleMicrosoftIBMAmazon

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姫路市http://www.atmarkit.co.jp/fcoding/articles/stat/01/stat01a.html

http://www.city.himeji.lg.jp/lib/_23238.html

Excelなどとの違い学習が必要だが, 慣れると生産性向上コマンドライン (プログラムを書く必要がある)

– “コピペ” ができる (図の作成などでも)– どんな処理をしたか記録が残る

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さまざまな統計処理の手法をサポート– パッケージによりさらに拡充可能– 自分で関数を作成できる

フリーウェア, OSを選ばない– RStudioという統合開発環境も

http://www.rstudio.com/

学習に役立つさまざまなリソース日本語のものも増えてきた

RjpWikiやブログなどWeb上のドキュメント各地で開催されている勉強会書籍

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Tokyo.RTsukuba.RNagoya.ROsaka.RShiga.RHirosima.ROkinawa.R ...

http://www.okada.jp.org/RWiki/

http://www.japanr.org/

Kashiwa.RRの勉強会のひとつ

2011年11月より千葉県柏市周辺で活動 (今回で７回目)情報生命・生命科学系のユーザが多い

参加者・発表者募集中です！！開催情報はML (メーリングリスト) にて配信しています

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http://www14.atwiki.jp/kashiwar/

謝辞・諸連絡

謝辞東京理科大学総合教育研究機構情報教育センターバイオインフォマティクス教育部門のみなさま, 宮崎先生

貴重な機会を提供してくださいましてありがとうございます．

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諸連絡ハッシュタグ: #KashiwaR発表中でもハッシュタグを付けて質問すると, たぶん誰かが答えてくれます.

発表スライド, 利用されたプログラムは以下からダウンロードできます．https://sites.google.com/site/kashiwar7wetrabozhiyuanhui/home