Web 2.0 Y 3.0 281009

Web 2.0 y 3.0 para manejo de información biomédica

Dra. Layla Michán

Miércoles 28 octubre 2009

SeminarioDepartamento de Inmunología y Reumatología Instituto Nacional Ciencias Médicas y Nutrición

Salvador Zubirán

Línea de investigación

OBJETO DE ESTUDIO

Las ciencias biológicas (1950 a la actualidad)

PROYECTOS•Dominios biológicos: Biología evolutiva vs Biología experimental

•Estudios sobre biodiversidad (taxonomía y biogeografía) de/sobre México y América Latina

•E-investigación bibliográfica•La investigación de Recursos Naturales en América Latin

Análisis de las ciencias Biológicas: Estructura, dinámica, desarrollo y relaciones

(Re)evolución de la información

• Diseño de las computadoras, aparición del Internet masificación de la web.

• Formato digital: bajo costo, poco espacio.

• Explosión de la información.

• Desapareció la distinción entre escribir y publicar, se volvió un proceso simultáneo.

• Gran cantidad de colecciones de datos .

• Dinámica: cambia, está en modificación constante, tanto el contenido como los formatos.

• Masiva

• Democrática: Cualquiera puede publicar información sin revisión o edición

(Re)evolución de la información (científica)

• Modificación en la forma de producir, evaluar, consultar y difundir el nuevo conocimiento científico.

– Revistas electrónicas

– Procedimiento electrónico

– Evaluación libre

– Preprints

– Inmediatez

• Se han producido nuevas disciplinas científicas– Bioinformática

– Informática Médica

La Web 2.0 (Social)

• Se centra en la capacidad de las personas para colaborar y compartir información en línea.

• Transición de la Web estática a una dinámica, que es más organizada.

• Comunicación abierta con un énfasis en comunidades de usuarios e intercambio de información.

• Ya no sólo se trata de ofrecer la posibilidad de encontrar información, sino de lograr objetivos específicos, pues es factible, crear, etiquetar jerarquizar y compartir datos.

• Lenguaje HTLM

Web 3.0 (Semántica)

• Basada en la idea de añadir metadatos semánticos e información (a través de mapas

• cognitivos).

• Desarrollar nuevos sistemas de interoperabilidad que permitan interpretar

• metadatos para adaptarse a las acciones de los usuarios .

• Minería de textos y ontologías

• Lenguajes: XML (etiquetas) y RDF (metadatos)

Tim Berners-Lee, el creador de la idea, la expresó de la siguiente manera:"Mi sueño es una Web en la que las máquinas sean capaces de analizar todos los datos –contenido, enlaces y transacciones entre la gente y los ordenadores–. La 'Web Semántica', que haría esto posible, está todavía por llegar, pero cuando llegue, la rutina de nuestras compras, burocracia y vida diaria será gestionada por máquinas hablando con máquinas. Los 'Agentes Inteligentes' que han sido anunciados durante décadas se harán por fin realidad".

www(Aplicación)

Red estructural y funcional

Nodo

Relación

• Páginas electrónicas• Portales (sitios web)• Motores de bùsqueda• Metabuscadores• Correo electrónico• Chats• Alertas• Listas de discusión

• Blogs• Redes sociales• Wikis• Folksonomias (social bookmarking) • Weminarios• Web feed

Web 1.02000

Web 2.02003

Diferencias

•Tecnológicas

•Estructurales

•Filosóficas

•Sociológicas•Comunidades (conexiones entre usuarios)•Actualización constante•Intercambiar contenido

•Compartir•Cargar

•Creadores (contenido)•Democrático•Se combina información de diferentes bases de datos•Etiquetas•Ratings

•Consumidores (contenido)

Web 2.0

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Web 2.0

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6

2

Meta-análisisBibliometríaAnálisis de redesDescubrimiento Basado en Literatura

Comentar PDFsAcrobatPDF Exchange*

COLECCIONES DE DATOSBases de datosSistemas de informaciónProveedores

Citar mientras escribo1/100

MarcadoresGoogle marcadores y blockFacebookFolkosomiasDeliciousCiteulikeGestores de bibliografíaGestores de

bibliografíaEndnoteRefworksMendeley*ZoteroCiteulike*

PDFHTLMTXT

AlertasCorreos electrónicosListas de discusiónAgregadores

NavegadoresGoogle, Bing

Ciberinfraestructura

Modificado de Hull, 2008)

http://www.victorinox.ch/

Herramientas electrónicas

•Programas

•Aplicaciones

•Recursos

•Utilidades

•Herramientas

•Servicios

•Complementos (gadgets y plugins)

Los más comunes

PROGRAMAS• Procesadores de texto

• Buscador

• Exploradores o navegadores

• Correo electrónico

• Listas

• Grupos

• Marcadores

• Folkosomias

• Redes sociales

• Lectores de agregadores (feeds)

• Administradores de bibliografía

FUNCIONESBuscar o navegarEnviar y recibirGuardar o imprimirEtiquetarJerarquizarClasificar EditarCompartirPublicarAgregarAnotarChatear

Documentos electrónicosPáginas web

BlogsWikis

Artículos electrónicosLibros electrónicos

Correos electrónicosMensajes

Web 2.0• Etiquetar

(Tagging)• Compartir

(share)• Calificar

(ranking)• Agregar

(feeds)• Automatizar• Comentar

Meta-análisis

• Infometría• Análisis de Redes• Descubrimiento basado

en literatura

Buscadores Metabuscadores Buscadores especializados

Bases de datos bibliográficas Editores/Proveedores

Buscar

Marcar (marck)Sistematizar / Organizar

Explorar

Difundir

Navegar

Exploración en la Web• La exploración de información digital se puede hacer de

dos formas:

– Navegar (browser). Consiste en ver toda la información, reconocer las jerarquías y la estructura utilizada en la base de datos, en “navegar” las páginas electrónicas y acceder a las ligas de interés, permite explorar las opciones y facilita el encuentro con las diversas opciones disponibles.

– Buscar (search). Implica una labor especifica, se hace por medio de consultas (queries) en uno o varios campos en los que se define con la ayuda de palabras y criterios la información a localizar; consiste en realizar una pregunta clara que busca una respuesta específica y concreta, a partir de la cual el sistema arroja los resultados que satisfacen una solicitud.

Barra de herramientas de Google

Vista Previa Interclue

Delicious

InterclueXmarks

Mendeley

Delicious

CiteUlike

Visualizeus

https://sites.google.com/a/ciencias.unam.mx/ciberinfraestructuraliteratura/

http://ciberliteraturaunam.blogspot.com/

•Un wiki, o una wiki, es un sitio web cuyas páginas web pueden ser editadas por múltiples voluntarios a través del navegador web.

•Los usuarios pueden crear, modificar o borrar un mismo texto que comparten.

•Los textos o "páginas wiki" tienen títulos únicos. Si se escribe el título de una "página-wiki" en algún lugar del wiki, esta palabra se convierte en un "enlace web" (o "link") a la página web.

Buscar

Buscadores

Buscar

• Buscadores y Metabuscadores

• Generales

• Especializados en Ciencias Biomédicas

• Web 2.0 Sociales

• Web 3.0 Semánticos

BuscadorSearch Magine ALCANCE

Scope IDIOMA(S) Languages

CARACTERISTICAS Features

Global Inglés

Español Google

Global Inglés Altavista

Global Inglés

Español Yahoo!

Global Inglés

Español Excite

Global Inglés HotBot

Global Inglés Infoseek

Global Inglés WebCrawler

Global Inglés

Español Lycos

Global Inglés Netscape

Global Inglés Aol

Global Inglés MSN

Global Inglés dmoz

Global Inglés NBCi

Glonal Inglés All The Web

Global Inglés DogPile

Global Inglés Hooting Owl

Global Inglés Go

Global Inglés Celestina

USA

Global Inglés Looksmart

Indice Internacional

Global Inglés

Español Ask Jeeves

Indice Internacional

Global Inglés Teoma

Indice Internacional

Global Inglés Xupiter

Global Inglés Alexa

USA

•Servicio que mantiene una base de datos con los contenidos de un gran número de páginas web, y permite a sus usuarios realizar búsquedas por contenido (palabras) en ella. •Poseen bases de datos amplias y actualizadas. •Se compilan por máquinas o robots, e incorporan en sus bases de datos la información que sea capaz de recoger en los sitios de Internet.

Metabuscadores

• Buscador de buscadores, buscadores múltiples, multimotores o megabuscadores.

• Sitios web especializados en consultar varios buscadores al mismo tiempo y presentar la información proporcionada de forma entendible y ordenada que permiten interrogar varias bases de datos simultáneamente desde una única interfaz,

• No poseen bases de datos propias, envían su búsqueda a varios motores, de modo que los resultados obtenidos dependen de lo que sean capaces de devolver estos, si están accesibles en el momento de la búsqueda.

• Por lo general, son difíciles de utilizar para búsquedas precisas, porque tienen un menor control sobre la búsqueda, y se atienen a las restricciones e interfaces diferentes en cada motor.

Metabuscadores(metasearch)

Entrez

Buscador Web 2.0

Protocolo Web

semántica

Dietze and Schroeder BMC Bioinformatics 2009 10(Suppl 10):S7 doi:10.1186/1471-2105-10-S10-S7

Dietze and Schroeder BMC Bioinformatics 2009 10(Suppl 10):S7 doi:10.1186/1471-2105-10-S10-S7

Buscador Web 3.0 GoWeb

Marcar

Marcar

• Páginas Web: blogs, wikis,

• Imágenes

• Bibliografía

Páginas web

Imágenes

Manejador de bibliografía

APLICACIONES DE GOOGLE (Top 10) 1. Gmail2. Blog y Portal 3. Grupo4. Google y Google Académico5. Barra de herramientas de google6. Página de inicio personalizada i-Google7. Marcadores de Google y Google block de notas8.Google libros9. Google Reader10. Google documents

Automatización, Actualización e Inmediatez

• Importancia de la actualización e inmediatez en el área Biomédica.

• La herramienta de la web 2.0 para la actualización: los feeds

• i-google y Google Reader• Creación de feeds

– De revistas (Cell, Nature, Science, Plosone)– De blogs (ciberinfraestructura)– De noticias– De google

Suscripciones

RSS (Really Simple Syndication)

Formato de datos que es utilizado para redifundir contenidos a suscriptores de un sitio web que permite distribuir contenido sin necesidad de un navegador, utilizando un software diseñado para leer estos contenidos RSS llamado agregador (feed).

Redifusión de contenidos web

• Inmediatez

• Dos formatos RSS y Atom

• Se copia la dirección de la suscripción

• Se lee en un gregador (feed) iGoogle y Google Reader

– De google

– De blogs (ciberinfraestructura)

– De noticias

– De revistas

– De sociedades

– De artículos

– De autores

– De citas

Redes sociales

Twitter

La Web 2.0 en números

Torres-Salinas, D. and E. Delgado-López-Cózar (2009, September). Estrategia para mejorar la difusión de los resultados de investigación con la web 2.0. El Profesional de la Informacion 18 (5), 534-539.

Torres-Salinas, D. and E. Delgado-López-Cózar (2009, September). Estrategia para mejorar la difusión de los resultados de investigación con la web 2.0. El Profesional de la Informacion 18 (5), 534-539.

Torres-Salinas, D. and E. Delgado-López-Cózar (2009, September). Estrategia para mejorar la difusión de los resultados de investigación con la web 2.0. El Profesional de la Informacion 18 (5), 534-539.

Meta-análisis

• Simultáneo al desarrollo de ciencias de la información (CI) y las tecnologías la información y la comunicación (TICS), en especial con el desarrollo de las bases de datos y la Internet, se han producido formas sistémicas de análisis de cantidades colosales de información (terabites).

• Técnica cuantitativa que usa mediciones específicas para indicar la fuerza (tendencias) de relaciones variables en los estudios incluidos en el análisis. La técnica enfatiza los resultados entre múltiples estudios en oposición a los resultados obtenidos de una sola investigación.

Caracteríticas

Se pueden hacer debido a que existen grandes colecciones de datos de registros bibliográficos (repositorios o bases de datos).

Hemos reconocido tres tipos:

• Análisis bibliométricos (Bibliometría)

• Análisis de redes

• Descubrimiento basado en literatura (Minería de textos, minería de datos).

Google trends

Aplicaciones para PubMed

Meta-análisis para PubMed

META-ANALISIS

Bibliometría Análisis de Redes

Text Mining

Chilibot

Relaciones entre un subconjunto de genes afectados por el tratamiento con cocaína.

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Escherichia (94873)

Drosophila (48989)

Saccharomyces (27549)

Arabidopsis (18094)

Zea (7636)

Neurospora (6640)

Dictyostelium (6191)

Chlamydomonas (5646)

Caenorhabditis (5353)

Schizosaccharomyces (3183)

Danio (973)

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Documentos

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1940 1945 1950 1955 1960 1965 1970 1975 1980 1985 1990 1995 2000 2005

Neurospora (6640)

Dictyostelium (6191)

Chlamydomonas (5646)

Caenorhabditis (5353)

Schizosaccharomyces (3183)

Danio (973)

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Documentos

Modelos en Biomedicina SCI

Fig. 2. Co-word space of the top 50 highly frequent and bursty words used in the top 10% most highly cited PNAS publications in 1982-2001.

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