ESSM  689  Quan,ta,ve  Methods  in  Ecology,  Evolu,on  and  Biogeography  

Ecosystem  Science  and  Management  |  Texas  A&M  University  (c)  2015,  A.  Michelle  Lawing  

A  Brief  Intro  to  R  

A.  Michelle  Lawing  Ecosystem  Science  and  Management  Texas  A&M  University  College  Sta,on,  TX  77843  alawing@tamu.edu  

 

Adapted  from  Gene  Hunt  Session  1  -­‐  hYp://paleobiology.si.edu/staff/individuals/hunt.cfm  

ESSM  689  Quan,ta,ve  Methods  in  Ecology,  Evolu,on  and  Biogeography  

Ecosystem  Science  and  Management  |  Texas  A&M  University  (c)  2015,  A.  Michelle  Lawing  

Background  on  R  

•  Descended  from  S  (Bell  Labs);  both  S  and  R  are  used  heavily  by  sta,s,cians    

•  Open  source,  currently  maintained  by  a  volunteer  commiYee    

•  Prac,cal  –  Free,  available  for  all  major  OS    

•  Scien,fic  Benefits  –  High  level  (powerful  func,ons  built-­‐in)  –  Powerful  sta,s,cal,  graphics  capabili,es  –  Extendable  (user  contributed  modules)    

ESSM  689  Quan,ta,ve  Methods  in  Ecology,  Evolu,on  and  Biogeography  

Ecosystem  Science  and  Management  |  Texas  A&M  University  (c)  2015,  A.  Michelle  Lawing  

Gegng  Help  in  R  

•  Google!  

•  hYp://www.r-­‐project.org  

•  Email  list  EEB-­‐R-­‐USERS@LISTSERV.TAMU.EDU  

•  help(fun)  •  ?fun  •  ??fun  

ESSM  689  Quan,ta,ve  Methods  in  Ecology,  Evolu,on  and  Biogeography  

Ecosystem  Science  and  Management  |  Texas  A&M  University  (c)  2015,  A.  Michelle  Lawing  

Ways  to  use  R  

•  As  a  sta,s,cs  package  (ANOVA,  nonparametric  sta,s,cs,  ordina,ons)  

•  For  publica,on  graphics  

•  As  a  programming  language  (resampling,  morphometrics,  likelihood  approaches)  

ESSM  689  Quan,ta,ve  Methods  in  Ecology,  Evolu,on  and  Biogeography  

Ecosystem  Science  and  Management  |  Texas  A&M  University  (c)  2015,  A.  Michelle  Lawing  

The  Console  

ESSM  689  Quan,ta,ve  Methods  in  Ecology,  Evolu,on  and  Biogeography  

Ecosystem  Science  and  Management  |  Texas  A&M  University  (c)  2015,  A.  Michelle  Lawing  

The  interac,ve  prompt  

>  2            2  >  2+2          4    Savings  informa,on  as  variables  >  x  <-­‐  8      #assigns  variable  x  a  value  of  8    Assignment  Operator  >  x  *  5          40  >  y  <-­‐  “tooth”  

ESSM  689  Quan,ta,ve  Methods  in  Ecology,  Evolu,on  and  Biogeography  

Ecosystem  Science  and  Management  |  Texas  A&M  University  (c)  2015,  A.  Michelle  Lawing  

Variable  assignment  

1.  Can  also  use  =  as  assignment  operator      y  <-­‐  18      y  =  18      Usually  interchangeable    

2.  All  names  in  R  are  case-­‐sensi,ve      tri  <-­‐  18      Tri  <-­‐  25  #  these  are  different  variables    

ESSM  689  Quan,ta,ve  Methods  in  Ecology,  Evolu,on  and  Biogeography  

Ecosystem  Science  and  Management  |  Texas  A&M  University  (c)  2015,  A.  Michelle  Lawing  

Types  of  variables  

ESSM  689  Quan,ta,ve  Methods  in  Ecology,  Evolu,on  and  Biogeography  

Ecosystem  Science  and  Management  |  Texas  A&M  University  (c)  2015,  A.  Michelle  Lawing  

Exercise  in  R  

ESSM  689  Quan,ta,ve  Methods  in  Ecology,  Evolu,on  and  Biogeography  

Ecosystem  Science  and  Management  |  Texas  A&M  University  (c)  2015,  A.  Michelle  Lawing  

Func,ons  •  Func,ons  take  informa,on  (=arguments),  do  something  

with  it,  and  return  a  result        sqrt()  computes  the  square  root  of  its  argument          sqrt(25)      5    

   seq()  generates  regular  sequences  of  numbers          seq(1,5)      1  2  3  4  5      1:5        1  2  3  4  5  #  special  shortcut    

ESSM  689  Quan,ta,ve  Methods  in  Ecology,  Evolu,on  and  Biogeography  

Ecosystem  Science  and  Management  |  Texas  A&M  University  (c)  2015,  A.  Michelle  Lawing  

Combining  elements  into  arrays  •  Arrays  are  regular  arrangements  of  mul,ple  elements  •  Must  be  the  same  type  (e.g.,  all  numbers)  •  Vectors  are  1D  arrays,  matrices  are  2D  arrays.      Making  vectors  

 x  <-­‐  c(10,  14,  35,  50)      #  concatenate  func,on          

 length(x)        4        #  number  of  elements  in  x        

1st   2nd   3rd   4th        elements  of  x  

ESSM  689  Quan,ta,ve  Methods  in  Ecology,  Evolu,on  and  Biogeography  

Ecosystem  Science  and  Management  |  Texas  A&M  University  (c)  2015,  A.  Michelle  Lawing  

Extrac,ng  data  

•  Extrac,ng/subsegng  element(s)  from  a  vector  using  [  ]        x[2]      14      x[2:3]    14    35    

ESSM  689  Quan,ta,ve  Methods  in  Ecology,  Evolu,on  and  Biogeography  

Ecosystem  Science  and  Management  |  Texas  A&M  University  (c)  2015,  A.  Michelle  Lawing  

2D  Arrays:  Matrices  

 X  <-­‐  matrix(1:6,  nrow=3)        

ESSM  689  Quan,ta,ve  Methods  in  Ecology,  Evolu,on  and  Biogeography  

Ecosystem  Science  and  Management  |  Texas  A&M  University  (c)  2015,  A.  Michelle  Lawing  

Opera,ons  on  arrays  

•  Many  opera,ons  and  func,ons  can  be  applied  to  numbers,  vectors  and  matrices.    

•  Opera,ons  are  usually  done  element-­‐wise              x  <-­‐  1:4        1  2  3  4        x+5          6  7  8  9      sqrt(x)          1  1.41  1.73  2    

 

ESSM  689  Quan,ta,ve  Methods  in  Ecology,  Evolu,on  and  Biogeography  

Ecosystem  Science  and  Management  |  Texas  A&M  University  (c)  2015,  A.  Michelle  Lawing  

Exercise  in  R