ADLN ERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA P SKRIPSI …repository.unair.ac.id/57327/2/2. FULLTEXT PK BP 126-16 Riz i.pdf · Judul Skripsi : ... manfaat hasil penelitian yaitu sebagai

ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

SKRIPSI ISOLASI DAN KARAKTERISASI... RACHMAT RIZALDI

SKRIPSI

ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI PROTEOLITIK YANG

BERASOSIASI DENGAN LAMUN Enhalus acoroides DI PANTAI BAMA, TAMAN NASIONAL BALURAN, SITUBONDO, JAWA TIMUR

PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN

Oleh :

RACHMAT RIZALDI SURABAYA – JAWA TIMUR

FAKULTAS PERIKANAN DAN KELAUTAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

SURABAYA 2016


i


Yang bertanda tangan di bawah ini : N a m a : Rachmat Rizaldi N I M : 141211133011 Tempat, tanggal lahir : Surabaya, 8 April 1994 Alamat : Jl. Randu Branti No. 6 Surabaya Telp./HP 081553112735 Judul Skripsi : Isolasi Dan Karakterisasi Bakteri Proteolitik

Yang Berasosiasi Dengan Lamun Enhalus acoroides Di Pantai Bama, Taman Nasional Baluran, Situbondo, Jawa Timur

Pembimbing : 1. Dr. Woro Hastuti Satyantini, Ir., M.Si. 2. Sudarno, Ir., M.Kes. Menyatakan dengan sebenarnya bahwa hasil tulisan laporan Skripsi yang saya buat adalah murni hasil karya saya sendiri (bukan plagiat) yang berasal dari Dana Penelitian : Mandiri / Proyek Dosen / Hibah / PKM (coret yang tidak perlu).

Di dalam skripsi / karya tulis ini tidak terdapat keseluruhan atau sebagian tulisan atau gagasan orang lain yang saya ambil dengan cara menyalin atau meniru dalam bentuk rangkaian kalimat atau simbol yang saya aku seolah-olah sebagai tulisan saya sendiri tanpa memberikan pengakuan pada penulis aslinya, serta kami bersedia :

1. Dipublikasikan dalam Jurnal Ilmiah Perikanan dan Kelautan Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga;

2. Memberikan ijin untuk mengganti susunan penulis pada hasil tulisan skripsi / karya tulis saya ini sesuai dengan peranan pembimbing skripsi;

3. Diberikan sanksi akademik yang berlaku di Universitas Airlangga, termasuk pencabutan gelar kesarjanaan yang telah saya peroleh (sebagaimana diatur di dalam Pedoman Pendidikan Unair 2010/2011 Bab. XI pasal 38 – 42), apabila dikemudian hari terbukti bahwa saya ternyata melakukan tindakan menyalin atau meniru tulisan orang lain yang seolah-olah hasil pemikiran saya sendiri.

Demikian surat pernyataan yang saya buat ini tanpa ada unsur paksaan dari siapapun dan dipergunakan sebagaimana mestinya.


ii


SKRIPSI

ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI PROTEOLITIK YANG BERASOSIASI DENGAN LAMUN Enhalus acoroides DI PANTAI BAMA,

TAMAN NASIONAL BALURAN, SITUBONDO, JAWA TIMUR

Skripsi sebagai Salah Satu Syarat untuk Memperoleh Gelar Sarjana Perikanan pada Program Studi Budidaya Perairan

Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga

Oleh :

RACHMAT RIZALDI

141211133011


iii


SKRIPSI

ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI PROTEOLITIK YANG BERASOSIASI DENGAN LAMUN Enhalus acoroides DI PANTAI BAMA,

TAMAN NASIONAL BALURAN, SITUBONDO, JAWA TIMUR

Oleh :

RACHMAT RIZALDI

141211133011

Telah diujikan pada Tanggal : 16 Agustus 2016

KOMISI PENGUJI SKRIPSI Ketua : Prof. Dr. Hari Suprapto, Ir. M.Agr. Sekretaris : Rahayu Kusdarwati, Ir., M.Kes. Anggota : Dr. Endang Dewi Masithah, Ir., MP. Dr. Woro Hastuti Satyantini, Ir., M.Si. Sudarno, Ir., M. Kes.

Surabaya, 16 Agustus 2016


iv


RANGKUMAN

Rachmat Rizaldi. ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI PROTEOLITIK YANG BERASOSIASI DENGAN LAMUN ENHALUS ACOROIDES DI PANTAI BAMA, TAMAN NASIONAL BALURAN, SITUBONDO, JAWA TIMUR. Dosen Pembimbing Dr. Woro Hastuti Satyantini, Ir., M.Si. and Sudarno, Ir., M.Kes.

Lamun adalah tumbuhan sejati yang hidup diperairan pantai yang kurang

dimanfaatkan dalam bidang perikanan, selain sebagai bioindikator kualitas air laut.

Beberapa mikroorganisme yang berasosiasi dengan lamun Enhalus acoroides

antara lain benthos, kapang, bakteri dan plankton. Bakteri proteolitik merupakan

bakteri yang mampu menghasilkan enzim protease. Enzim protease merupakan

enzim yang paling banyak digunakan dalam kehidupan. Bakteri merupakan sumber

enzim yang paling banyak digunakann dibandingkan dengan tanaman dan hewan.

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis isolat bakteri proteolitik yang

berasosiasi dengan lamun Enhalus acoroides di Taman Nasional Baluran,

Situbondo, manfaat hasil penelitian yaitu sebagai sumber bahan informasi tentang

keberadaan isolat bakteri proteolitik di Perairan Pantai Bama.

Pengambilan sampel lamun dilakukan di Pantai Bama, Taman Nasional

Baluran, Situbondo, Jawa Timur. Untuk isolasi, uji aktivitas proteolitik dan

identifikasi bakteri akan dilakukan di Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan

Keamanan Hasil Perikanan Kelas 1 Juanda, Surabaya. Penelitian ini akan

dilaksanakan pada bulan Februari - Maret 2016. Metode kerja yang digunakan

dalam penelitian ini adalah metode deskriptif.

Dari penelitian ini didapatkan 4 isolat bakteri yang memiliki aktivitas

proteolitik. Keempat jenis bakteri tersebut memiliki kesamaan dengan 4 bakteri

antara lain Staphylococcus sp., Plesiomonas shigeloides, Bacillus sp.,

Pseudomonas sp. Dua bakteri (Bacillus sp. dan Pseudomonas sp.) dalam penelitian

ini diduga mempunyai potensi sebagai kandidat bakteri probiotik.


v


SUMMARY

Rachmat Rizaldi. ISOLATION AND CHARACTERIZATION OF PROTEOLYTIC BACTERIA ASSOCIATED WITH SEAGRASSES ENHALUS ACOROIDES ON BAMA BEACH, BALURAN NATIONAL PARK, SITUBONDO, EAST JAVA. Academic Advisors Dr. Woro Hastuti Satyantini, Ir., M.Si. and Sudarno, Ir., M.Kes.

The seagrass is true of plants that live in coastal waters but underutilized in

the field of fisheries, except as bio-indicators of the water quality of sea. Some

microorganisms that associated with seagrass Enhalus acoroides are benthos, fungi,

bacteria and plankton. Proteolytic bacteria are bacteria that are capable of producing

the enzyme protease. Protease is an enzyme that most widely used in life. Bacteria

are a source of enzymes that are most widely used compared with plants and

animals. This study aims to determine the type of proteolytic bacteria isolates

associated with seagrass Enhalus acoroides in Baluran National Park, Situbondo,

while the benefits are as a source of information about the existence of proteolytic

bacteria in Bama Beach

Sampling was conducted in Bama Beach, Baluran National Park,

Situbondo, East Java. For insulation, test proteolytic activity and identification of

bacteria conducted in Fish Quarantine, Quality Control and Safety of Fishery Class

1 Juanda, Surabaya. This study will be conducted in February-March 2016. The

working method used in this research is descriptive method.

From this study, four isolates of bacteria that have proteolytic activity was

found. These four types of bacteria have in common with Staphylococcus sp.,

Plesiomonas shigeloides, Bacillus sp., Pseudomonas sp. Two bacteria (Bacillus sp.

and Pseudomonas sp.) In this study is thought to have potential as a candidate

probiotic bacteria.


vi


KATA PENGANTAR

Rasa syukur kami panjatkan kehadirat Allah SWT yang telah memberikan

rahmat dan hidayahnya sehingga penulis dapat menyelesaikan penyusunan laporan

skripsi berjudul Isolasi Dan Karakterisasi Bakteri Proteolitik Yang Berasosiasi

Dengan Lamun Enhalus Acoroides Di Pantai Bama, Taman Nasional Baluran,

Situbondo, Jawa Timur pada tanggal 14 Januari sampai 20 Februari 2016.

Laporan skripsi ini disusun sebagai salah satu syarat untuk memperoleh

gelar Sarjana Perikanan pada Program Studi S-1 Budidaya Perairan Fakultas

Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga Surabaya.

Penulis menyadari bahwa dalam laporan skripsi ini masih jauh dari kata

sempurna, oleh sebab itu sangat dibutuhkan kritik dan saran dari semua pihak yang

bersifat membangun.

Akhir kata, penulis mengucapkan terimakasih kepada semua pihak yang

telah membantu dalam penyusunan skripsi ini dari awal sampai akhir. Semoga

Allah SWT senantiasa Meridhai segala usaha kita. Amin.

Surabaya, 21 Mei 2016

Penulis


vii


UCAPAN TERIMA KASIH

Pada kesempatan ini, tidak lupa pula penulis mengucapkan terima kasih

yang sebesar-besarnya kepada:

1. Ibu Dr. Mirni Lamid, drh. M.P. selaku Dekan Fakultas Perikanan dan Kelautan

Universitas Airlangga, Surabaya.

2. Bapak Boedi Setya Rahardja, Ir., MP. Selaku dosen wali yang selalu

memberikan pengarahan akademik dan non-akademik.

3. Ibu Dr. Woro Hastuti Setyantini, Ir., M.Si. selaku dosen pembimbing utama

yang telah memberikan arahan, saran dan bimbingan dalam selama proses

pembuatan proposal hingga penyusunan laporan skripsi.

4. Bapak Sudarno, Ir. M.Kes. selaku dosen pembimbing serta yang telah memberi

arahan dan bimbingan selama proses berlangsungnya penelitian hingga selesai.

5. Bapak Prof. Dr. Hari Suprapto, Ir. M.Agr., Ibu Rahayu Kusdarwati, Ir. M. Kes.

dan Dr. Endang Dewi Masithah, Ir., MP. selaku dosen penguji yang telah

memberikan saran, masukan dan arahan dalam penyusunan skripsi ini.

6. Bapak dan Ibu Dosen Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga

Surabaya. Terima kasih atas semua ilmu yang Bapak dan Ibu telah diberikan.

7. Ibu Laminen S.P., M.P., Ibu Andi Jumria S.Pi., dan seluruh petugas/staff Balai

Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Kelas 1

Surabaya 1 Juanda. Terima kasih atas ilmu dan pengalaman yang Bapak/Ibu

beri selama kami berada di Laboratorium.


viii


8. Kedua orang tua tercinta, Bapak Mulyadi, Ibu Ulfa dan kakak tercinta saya

Taufik Maulana, S.E., serta yang terkasih Farezza Ferdyna. Terima kasih atas

doa yang tulus, kasih sayang, dan semangat yang kuat serta kerja kerasnya yang

menjadi motivasi terbesar saya dalam penyusunan skripsi ini.

9. Teman seperjuangan, Zakki A., Panji, Bima, Willy, Alif R., Febrian A, Oky M.

dan seluruh teman angkatan 2012 (Barracuda). Terima kasih telah memberi

motivasi dalam menyelesaikan skripsi ini.

10. Pihak-pihak terkait yang tidak dapat saya sebutkan satu per satu. Terima kasih

atas saran dan kritik yang menambah semangat saya dalam perbaikan Laporan

skripsi dan seluruh civitas akademik yang ada di Fakultas Perikanan dan

Kelautan Universitas Airlangga Surabaya.


ix


DAFTAR ISI

Halaman

RINGKASAN iv

SUMMARY v

KATA PENGANTAR vi

UCAPAN TERIMA KASIH vii

DAFTAR ISI ix

DAFTAR TABEL xii

DAFTAR GAMBAR xiii

DAFTAR LAMPIRAN xiv

I PENDAHULUAN 1

1.1 Latar Belakang 1

1.2 Perumusan masalah 4

1.3 Tujuan Penelitian 4

1.4 Manfaat Penelitian 4

II TINJAUAN PUSTAKA 5

2.1 Lamun 5 2.1.1 Klasifikasi Lamu Enhalus acoroides 5 2.1.2 Morfologi dan Anatomi Enhalus acoroides 6 2.1.3 Habitat dan Penyebaran Enhalus acoroides 7

2.2 Bakteri Laut 8

2.3 Karakteritik dan Habitat Bakteri Laut 9

2.4 Bakteri Asosiasi Lamun 9

2.5 Bakteri Proteolitik 10

A. Bacillus sp. 11 B. Pseudomonas sp. 12

C. Serratia sp. 13


x


D. Streptomyces sp. 14 E. Staphylococcus sp. 15

2.6 Enzim Protease 16

III KERANGKA KONSEPTUAL 17

1.1 Kerangka Konseptual 17

IV METODE PENELITIAN 17

4.1 Tempat dan Waktu 20

4.2 Materi Penelitian 20

4.2.1 Peralatan Penelitian 20

4.2.2 Bahan Penelitian 20

4.3 Metode Penelitian 21

4.3.1 Rancangan Penelitian 21

4.3.2 Prosedur Kerja 21

A. Penentuan Lokasi 21

B. Sterilisasi Alat dan Bahan 22

C. Pengambilan Sampel Lamun 23

D. Pembuatan Media 23

E. Isolasi Bakteri 24

F. Pemurnian Isolat Bakteri 24

G. Uji Aktivitas Proteolitik 25

H. Karakterisasi dan Uji Biokimia 25

4.4 Parameter Pengamatan 26

4.4.1 Parameter Utama 26

4.4.2 Parameter Pendukung 26

4.5 Analisis Data 26

4.6 Diagram Alur Penelitian Metode Penelitian 27

V HASIL DAN PEMBAHASAN 28

5.1 Hasil 28

5.1.1 Gambaran Umum Lokasi Penelitian 28


xi


5.1.2 Lamun Enhalus acoroides 29

5.1.3 Isolasi dan Pemurnian Bakteri Asosiasi Lamun

Enhalus acoroides 29

5.1.4 Uji Aktivitas Proteolitik 33

5.1.5 Hasil Uji Biokimia 35

5.2 Pembahasan 36

VI KESIMPULAN DAN SARAN 45

5.1 Kesimpulan 45

5.2 Saran 45

DAFTAR PUSTAKA 46

LAMPIRAN 54


xii


DAFTAR TABEL

Tabel Halaman

1. Morfologi koloni dan sel bakteri lamun Enhalus acoroides yang berasal

dari perairan Pantai Bama, Taman Nasional Baluran 31

2. Hasil uji aktivitas proteolitik 34

3. Hasil uji biokimia dari isolat bakteri proteolitik 35

4. Hasil perbandingan dari hasil uji biokimia isolat bakteri EA-1 dengan

pustaka (Biochemical Tests For Identification Of Medical Bacteria). 37


pustaka (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology). 39






xiii


DAFTAR GAMBAR

Gambar Halaman

1. Enhalus acoroides 5

2. Morfologu sel bakteri Bacillus sp. 12

3. Morfologi koloni bakteri Pseudomonas sp. 13

4. Morfologi koloni bakteri Serratia sp. 14

5. Morfologi koloni bakteri Streptomyces sp. 15

6. Morfologi sel bakteri staphylococcus sp. 15

7. Kerangka konsep 19

8. Denah lokasi pengambilan sampel dengan transek kruadran 22

9. Gambar bakteri Gram positif dan Gram negatif 32


xiv


DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran Halaman

1. Peta Lokasi Pantai Bama, Taman Nasional Baluran 54

2. Data pengukuran kualitas air di perairan Pantai Bama 55

3. Gambar Enhalus acoroides 56

4. Gambar aktivitas bakteri proteolitik (zona bening) 57



I PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Padang lamun di Indonesia memiliki luas sekitar 30.000 km2. Sejak tahun

1980 sampai 2008, diperkirakan lamun di dunia telah mengalami degradasi sebesar

54 % (Bjork, et all, 2008). Keanekaragaman tipe ekosistem yang ada dalam

kawasan Taman Nasional Baluran cukup beragam mulai dari ekosistem hutan

dataran tinggi, hutan dataran rendah, savana, hutan payau, mangrove, hutan pantai

maupun terumbu karang (Tim Pengendali Ekosistem Hutan, 2006). Padang lamun

di Pantai Bama, Taman Nasional Baluran merupakan salah satu padang lamun yang

bervegetasi campuran, disusun sedikitnya oleh tujuh spesies yaitu Enhalus

acoroides, Thalassia hemprichii, Cymodocoea routndata, Halodule uninervis,

Halophila ovalis, Halophila ovata, dan Syringodium isoetifolium (Wimbaningrum,

2003).

Lamun berperan penting dalam siklus ekologi pada perairan dangkal pantai

tropis dan subtropis (Kurniawan, 2010). Ekosistem padang lamun berperan penting

sebagai produsen dalam jaring makanan daerah pesisir. Fungsi ekologi lamun

diantaranya adalah sebagai tempat pemijahan, asuhan, mencari makan dan tempat

perlindungan berbagai jenis biota laut (Thomascik et al., 1997).

Ekosistem padang lamun adalah satu sistem (organisasi) ekologi padang

lamun yang di dalamnya terjadi hubungan timbal balik antara komponen abiotik

(air dan sedimen) dan biotik (hewan dan tumbuhan) (Azkab, 2006). Organisme laut

yang hidupnya menetap diperkirakan sangat bergantung pada mekanisme

ADLN – PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA 2


pertahanan kimia untuk melawan hewan-hewan pemangsa dan perlekatan dari

mikroorganisme patogenik (Watermann, 1999).

Daun dan batang lamun, menyokong pertumbuhan alga epifit yang

merupakan makanan bagi amphipoda dan keong-keongan. Serpihan daun lamun

yang dihancurkan oleh aksi gelombang dan bakteri, dan sejumlah besar detrivor

menempati dasar dari sebuah jaring-jaring makanan yang kompleks (Khaifin,

2007). Beberapa mikroorganisme berasosiasi dengan lamun termasuk bakteri.

Bakteri yang berasosiasi dengan lamun ada beberapa yang menguntungkan, yaitu

bakteri yang dapat memberikan kontribusi untuk pertahanan inangnya dengan

sekresi antibiotik dan substansi bioaktif lainnya (Watermann, 1999).

Pada ekosistem lamun, bakteri berperan sebagai pengurai primer, berfungsi

dalam pelepasan dan pengikatan unsur hara dari fraksi mineral sedimen menjadi

nutrien yang diperlukan lamun. Bakteri akan mendegradasi substrat serasah lamun

yang ada pada sedimen dengan menggunakan enzimnya (Udy dan Dennison, 1996).

Bakteri merupakan sumber enzim yang paling banyak digunakan dibandingkan dengan

tanaman dan hewan. Sebagai sumber enzim, bakteri memiliki keunggulan karena

pertumbuhannya cepat, mudah ditumbuhkan, mudah diatur produksinya dan mudah

direkayasa secara genetika (Irma dkk., 2009).

Penelitian bakteri pada lingkungan laut sudah pernah dilakukan seperti

skrining bakteri yang berasosiasi dengan spons Jaspis sp ( Abubakar dkk., 2011).

Penelitian bakteri yang berasosiasi dengan lamun telah banyak dilakukan

sebelumnya namun pada umumnya isolat bakteri berasal dari beberapa jenis lamun.

Penelitian Lisdayanti (2013) diperoleh 54 isolat, sebanyak 12 isolat berasal dari



Enhalus acoroides, 10 isolat dari Halophila ovalis, 9 isolat dari Cymodocea

rotundata, 7 isolat dari Halodule uninervis, 7 isolat dari Thalassia hemprichii dan

9 isolat dari Syringodium isoetifolium. Penelitian Shofiatul (2011) mendapatkan 9

strain isolat bakteri yang berasosiasi dengan Enhalus sp.

Marhaeni (2011) mendapatkan 23 strain isolat bakteri dari lamun jenis

Enhalus acoroides, Thalassia hemprichii dan Syringodium isoetifolium yang

dilakukan di perairan pantai Teluk Awur, Jepara, Jawa Tengah. Sutiknowati

(2010), melaporkan telah menemukan 3 genus bakteri fosfat di serasah dan sedimen

(Pseudomonas, Bacillus dan Nocardia) dan 2 genus hanya ditemukan di sedimen

(Pediococcus dan Caulobacter) yang berasosiasi dengan Enhalus acoroides.

Bakteri proteolitik merupakan bakteri yang mampu menghasilkan enzim

protease. Protease tidak hanya berperan dalam proses metabolisme seluler, namun

juga dapat diaplikasikan dalam bidang industri (Gupta dkk., 2002). Paskandani

dkk. (2014) melaporkan bahwa bakteri proteolitik jenis Bacillus soli dapat

meningkatkan kualitas limbah pengolahan bandeng presto.

Penelitian terhadap bakteri yang berasosiasi dengan lamun Enhalus

acoroides sudah banyak dilakukan, namun pengujian bakteri berdasarkan enzim

yang dihasilkan jarang diketahui. Berdasarkan hal tersebut, perlu dilakukan

penelitian tentang bakteri proteolitik yang berasosiasi dengan lamun Enhalus

acoroides khususnya di Taman Nasional Baluran, Situbondo.

1.2 Perumusan Masalah



Berdasarkan latar belakang yang telah ada maka dapat dirumuskan

permasalahan, yaitu : “ Apakah terdapat isolat bakteri proteolitik yang berasosiasi

dengan lamun Enhalus acoroides di Taman Nasional Baluran, Situbondo? “

1.3 Tujuan Penelitian

Berdasarkan perumusan masalah tersebut, maka tujuan dari penelitian ini

adalah untuk mengetahui jenis isolat bakteri proteolitik yang berasosiasi dengan

lamun Enhalus acoroides di Taman Nasional Baluran, Situbondo.

1.4 Manfaat Penelitian

Hasil dari penelitian ini diharapkan dapat memberi informasi tentang isolat

bakteri proteolitik yang berasosiasi dengan lamun Enhalus acoroides di Taman

Nasional Baluran, Situbondo.



II TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Lamun

Lamun (Seagrass) merupakan tumbuhan berbunga (Angiospermae) yang

hidup dan tumbuh di laut dangkal (Oktavianti dkk., 2014). Lamun merupakan

tumbuhan yang berpembuluh (vascular plant ), memiliki akar, batang, daun, bunga,

buah, dan biji. Bentuknya seperti rumput yang ada di darat, namun berbeda karena

lamun mampu hidup di perairan laut yang mengandung garam. Kita biasa

menemukan tumbuhan lamun di dekat pantai, di perairan laut yang dangkal dan

bersubstrat pasir. Tumbuhan lamun memerlukan intensitas cahaya matahari yang

tinggi untuk berfotosintes (Wisnubudi dan Wahyuningsih, 2010).

Beberapa ahli juga mendefinisikan lamun (seagrass) sebagai tumbuhan air

berbunga, hidup di dalam air laut, berpembuluh, berdaun, berimpang, berakar serta

berkembang biak dengan biji dan tunas (Kawaroe, 2009). Sistem pembiakan

bersifat khas karena mampu melakukan penyerbukan di dalam air serta buahnya

terendam dalam air (Nontji, 2005).

2.1.1 Klasifikasi Lamun Enhalus acoroides

Enhalus acoroides merupakan tanaman yang kuat, yang memiliki daun

panjang dengan permukaan yang halus dan memiliki rhizome (akar rimpang) yang

tebal. Terdapat bunga yang besar dari bawah daun. Lamun ini di temukan

sepanjang Indo-Pasifik barat di daerah tropis (Waycott et al., 2004).



d

Klasifikasi

Kingdom : Plantae Division : Angiospermae Class : Liliopsida Order : Hidrocharitales Family : Hydrocharitaceae Genus : Enhalus Species : Enhalus acoroides

Gambar 1. Enhalus acoroides (Waycott et al., 2004)

2.1.2 Morfologi dan Anatomi Enhalus acoroides

Enhalus acoroides mempunyai rhizome (akar rimpang) berdiameter 1,3 –

1,7 cm yang tertutup rapat dengan rambut-rambut yang kaku dan keras (Gambar 1).

Akar berbentuk seperti tali, berjumlah banyak dan tidak bercabang serta memiliki

panjang antara 15,50 – 18,65 cm. Bentuk daun seperti pita tepinya rata dan

ujungnya tumpul, panjangnya antara 65 – 150 cm dan lebar antara 1,2 – 2,0 cm

(Waycott et al., 2004).

Di kawasan Pulau Pari, Enhalus acoroides tumbuh pada dasar lumpur, pasir

dan pasir pecahan karang yang selalu tergenang air. Tumbuhnya berpencar dalam

ba

c

Keterangan : a. Bunga b. Daun c. Batang d. Rhizome (akar

rimpang)



kelompok-kelompok kecil terdiri dari beberapa individu atau kumpulan individu

yang rapat, berupa kelompok murni atau bersama-sama dengan Thalassia

hemprichii dan Halophila ovalis (Kiswara, 1992).

Enhalus acoroides merupakan jenis lamun yang mempunyai ukuran paling

besar, helaian daunnya dapat mencapai ukuran lebih dari 1 meter. Jenis ini tumbuh

di perairan dangkal sampai kedalaman 4 meter, pada dasar pasir atau lumpur.

Vegetasi melimpah di daerah pasang surut. Walaupun cenderung untuk selalu

membentuk vegetasi murni, namun terdapat jenis lain yang berasosiasi yaitu H.

ovalis, Cymodocea serrulata, C. rotundata, T. hemprichii dan Syringodium

isoetifolium (Kawaroe, 2009).

2.1.3 Habitat dan Penyebaran Enhalus acoroides

Padang lamun biasanya dijumpai pada perairan yang dangkal dan jernih

(antara 2 – 12 meter) dimana masih ada penetrasi cahaya matahari untuk

pertumbuhan dan perkembangan tanaman air laut tersebut (Djais dkk. 2002).

Lamun biasanya tumbuh pada dasar perairan yang berpasir, berlumpur, atau

gabungan dari keduanya ataupun disertai pecahan karang mati. Lamun bertahan

pada akar-akar disepanjang rhizome sebagai jangkar di substrat. Penyebaran lamun

umumnya berdasarkan temperatur dan gelombang air laut, tetapi yang paling

penting adalah ketersediaan sinar matahari (Khaifin, 2007).

Enhalus acoroides adalah tumbuhan lamun yang banyak terdapat di bawah

air surut rata-rata pada pasang surut purnama pada dasar pasir berlumpur

(Romimohtarto dan Juwana, 2001). Kisaran suhu optimal bagi pertumbuhan lamun



adalah 15-30 °C. Apabila suhu perairan berada di luar kisaran optimal tersebut,

maka kemampuan lamun dalam proses fotosintesis akan menurun (Dahuri, 2003).

Padang lamun dapat hidup pada berbagai macam tipe substrat, mulai dari

lumpur, sampai substrat yang terdiri dari 40% endapan lumpur dan pasir. Substrat

memiliki peranan yang sangat penting bagi lamun, yaitu sebagai pelindung dari

pengaruh arus air laut dan tempat pengolahan serta pemasok nutrien bagi lamun

(Dahuri, 2003).

2.2 Bakteri Laut

Bakteri terdapat secara luas di lingkungan alam yang berhubungan dengan

hewan, tumbuh-tumbuhan, udara, air dan tanah. Bakteri adalah mikroorganisme

bersel tunggal, berukuran antara 0,5 – 1,0 μm dan lebar 0,5 – 2,5 μm tergantung

pada jenisnya. Terdapat beribu jenis bakteri, tapi hanya beberapa jenis bakteri yang

ditemukan, diantaranya berbentuk bulat, batang, spiral, koma atau vibrios

Umumnya bakteri laut memiliki ukuran yang lebih kecil dan pertumbuhan yang

lambat daripada bakteri air tawar. Bakteri laut juga memiliki aktivitas proteolitik

yang tinggi daripada bakteri air laut (Salle, 1961).

Pertumbuhan bakteri dipengaruhi faktor lingkungan seperti, suhu atau

temperatur, O2, CO2, pH, nutrien dan cahaya (Suendra, 1991 dalam Lisdayanti,

2013). Berdasarkan dinding selnya, bakteri dibedakan atas Gram positif dan bakteri

Gram negatif. Pewarnaan gram merupakan salah satu teknik penting dalam

membedakan kedua gram tersebut. Bacillus sp. dan Vibrio harvey adalah dua

spesies bakteri yang berbeda berdasarkan Gramnya.



2.3 Karakteristik dan Habitat Bakteri Laut

Karakteristik bakteri laut adalah untuk pertumbuhannya memerlukan air

laut atau kadar garam, sehingga bakteri laut digolongkan ke dalam kelompok

bakteri halofilik (NaCl). Bakteri laut 95% adalah Gram negatif (-), sebagian aktif

bergerak, 70% mengandung pigmen dan mempunyai toleransi yang besar terhadap

suhu (Pelczar dan Chan, 1986).

Menurut Fardiaz (1989), jumlah populasi dan pertumbuhan mikroorganisme

dipengaruhi dari sifat fisik, kimia dan struktur makanan dari lingkungan

mikroorganisme tersebut. Bakteri laut memiliki kecenderungan untuk berasosiasi

dengan suatu lapisan permukaan padat. Penyebaran bakteri di laut dipengaruhi oleh

banyak faktor seperti pergerakan air laut, jarak dari pantai, kedalaman, cahaya

matahari, iklim dan organisme lain (Sidharta, 2000).

2.4 Bakteri Asosiasi Lamun

Tumbuhan secara alami berhubungan dengan berbagai macam bakteri.

Asosiasi tumbuhan dan bakteri membentuk koloni pada (rizobakteri), filosfir

(epifit) dan di dalam jaringan tumbuhan (endofit). Endofit terdapat di dalam

jaringan tumbuhan sehingga terlindung dari gangguan lingkungan dan kompetisi

mikroba dari tumbuhan inang (Mano, 2007). Tumbuhan tingkat tinggi dan rendah

memiliki bakteri endofit yang bisa ditemukan intraseluler (Hung dan Annapurna,

2004).

Bakteri endofit dapat membantu dalam pertumbuhan tanaman seperti

memproduksi fitohormon, meningkatkan resistensi terhadap patogen dan parasit,



membantu fiksasi nitrogen dan produksi antibiotik (Feng et al., 2006). Bakteri

endofit memiliki bermacam-macam produk senyawa antimikroba yang merupakan

potensi penting dari sumber senyawa antimikroba (Ryan et al., 2007). Sebagian

besar dari anggota endofit adalah Streptomyces (Ghadin et al., 2003)

Bakteri asosiasi mikroba juga memberikan kontribusi dalam siklus nutrisi

bagi kebutuhan inangnya. Senyawa-senyawa yang dihasilkan oleh mikroba simbion

potensial digunakan sebagai senyawa untuk metabolisme biosintesis pertahanan

dari patogen dan predator lainnya.

Penelitian tentang morfologi koloni terhadap bakteri asosiasi lamun yang

berasal dari Pulau Bonebatang didapatkan 53 isolat terdiri dari 11 isolat berasal dari

lamun jenis Enhalus acoroides, 10 isolat dari Halophila ovalis, 9 isolat dari

Cymodocea rotundata, 9 isolat dari Syringodium isoetifolium, 7 isolat dari Halodule

uninervis dan 7 isolat dari Thalassia hemprichii (Massinai, 2013). Penelitian

sebelumnya ditemukan beberapa isolat bakteri asosiasi lamun yaitu terdapat 9 strain

isolat bakteri yang berasosiasi dengan Enhalus sp (Shofiatul, 2011).

2.5 Bakteri Proteolitik

Berdasarkan hasil penelitian Setyati dan Subagyo (2012), bakteri yang

mempunyai aktivitas proteolitik mempunyai kemampuan untuk menghasilkan

enzim protease yang disekresikan ke lingkungan. Bakteri proteolitik adalah bakteri

yang memproduksi enzim protease ekstraseluler, yaitu enzim pemecah protein yang

diproduksi di dalam sel kemudian dilepaskan keluar dari sel. Semua bakteri

mempunyai enzim protease di dalam sel, tetapi tidak semua mempunyai enzim

protease ekstraseluler (Abraham et al., 1993).



Dekomposisi protein oleh mikroorganisme lebih kompleks daripada

pemecahan karbohidrat dan produk akhirnya juga lebih bervariasi. Hal ini

disebabkan struktur protein yang lebih kompleks. Mikroorganisme melalui suatu

sistem enzim yang kompleks, memecah protein menjadi senyawa-senyawa yang

lebih sederhana (Durham, 1987).

Bakteri proteolitik dapat tumbuh pada kondisi pH antara 2,5 sampai 8,5

(Marlida et al., 2014) dan dapat bertahan pada salinitas 35 ppt (Triyanto dkk.,

2009). Beberapa contoh bakteri penghasil enzim protease komersial antara lain

genus Bacillus (B. cereus, B. pumilus, B. subtilis, B. licheniformis, B.

stearothermophilus, dan B. polymixa). Kelompok bakteri lain adalah Aeromonas,

Lactobacillus, Pseudomonas, Serratia, Streptomyces, dan Staphylococcus (Rao

dkk., 1998). Berikut beberapa bakteri penghasil enzim protease.

A. Bacillus sp.

Menurut Baehaki (2011), Bacillus sp. merupakan salah satu jenis bakteri

yang memiliki kemampuan untuk menghasilkan protease. Protease merupakan satu

diantara tiga kelompok enzim komersial yang diperdagangkan sebagai katalisator

hayati. Bacillus sp. merupakan bakteri berbentuk batang, tergolong bakteri gram

positif pada kultur muda, motil (reaksi nonmotil kadang terjadi), menghasilkan

spora yang biasanya resisten pada panas, bersifat aerob (beberapa spesies bersifat

anaerob fakultatif), katalase positif, dan oksidasi bervariasi. Tiap spesies berbeda

dalam penggunaan gula, sebagian melakukan fermentasi dan sebagian tidak.

Zona bening yang terbentuk di sekitar koloni bakteri merupakan tanda

hilangnya partikel kasein di media susu skim. Adanya enzim proteolitik



ekstraseluler bakteri, kasein akan terhidrolisis menjadi peptida-peptida dan asam

amino yang larut. Enzim ekstraseluler Bacillus sp. sangat efisien dalam memecah

berbagai senyawa karbohidrat, lipid dan protein rantai panjang menjadi unit-unit

rantai pendek atau senyawa-senyawa yang lebih sederhana (Yusufa dkk., 2013).

Morfologi sel dan koloni bakteri Bacillus sp. dapat dilihat pada Gambar 2.

(a) (b) Gambar 2. (a) morfologi sel bakteri Bacillus sp. Dengan pewarnaan Gram

(positif) (b) aktivitas proteolitik bakteri Bacillus sp. Pada media susu skim agar (Yusufa dkk., 2013).

B. Pseudomonas sp.

Bentuk selnya berupa batang lurus, atau kadang-kadang serupa bola.

diameter koloni 0,5-0,8 µm. koloni muncul di atas permukaan media TSA. Koloni

bakteri berwarna kuning, permukaan koloni mengkilat. Termasuk ke dalam bakteri

gram negatif, motil dan katalase positif (Saylendra, 2013). Salah satunya dari genus

Pseudomonas. Bakteri genus ini memproduksi beberapa enzim seperti potease,

amilase, dan lipase. Selain itu bakteri Pseudomonas juga dapat menguraikan

protein, karbohidrat dan senyawa organik lain menjadi CO2, gas amoniak, dan

senyawa- senyawa lain yang lebih sederhana (Hardhianto, 2010). Morfologi koloni

bakteri Pseudomonas sp. dapat dilihat pada Gambar 3.



Gambar 3. Morfologi koloni bakteri Pseudomonas sp. pada medium

TSA (Tryptic Soy Agar ) (Saylendra, 2013).

C. Serratia sp.

Serratia sp. adalah genus bakteri gram negatif famili Enterobateriaceae

yang memiliki flagella peritrik, sehingga bersifat motil. Habitat Serratia terutama

di air dan tanah, pada permukaan daun, serta di dalam tubuh serangga, hewan, dan

manusia (Khanafari et al., 2006).

Bakteri S. marcescens dilaporkan memproduksi prodigiosin yang bersifat

antifungi, antibakteri, algicidal, antiprotozoal, aktivitas antimalaria,

immunosuppressif dan aktivitas antikanker (Samrot et al., 2011). S. marcescens

juga merupakan salah satu organisme yang dapat menghasilkan enzim kitinase dan

menjadi salah satu dari bakteri yang paling efektif untuk mendegradasi kitin.

Sebagaimana yang telah diketahui bahwa struktur dinding sel tersusun dari kitin,

dengan demikian kitinase dari S. marcescens dapat menjadi biopestisida untuk

mengontrol organisme pengganggu tanaman yang disebabkan oleh cendawan

(Okay et al., 2012). Morfologi koloni bakteri Serratia sp. dapat dilihat pada

Gambar 4.



Gambar 4. Morfologi koloni bakteri Serratia sp. pada media PDA (Potato Dextrose Agar) (Samrot et al., 2011).

D. Streptomyces sp.

Streptomyces sp. merupakan salah satu bakteri yang berassosiasi dengan

lamun. Kemampuan Streptomyces sp. dalam mengendalikan beberapa penyakit

tanaman, mendorong perlunya usaha eksplorasi untuk menemukan keberadaan

bakteri Streptomyces sebagai sumber antibiotik. Streptomyces sp. adalah bakteri

yang termasuk golongan Actinomycetes yang mampu menghasilkan antibiotik

maupun enzim hidrolitik ekstraselular (enzim khitinase dan β 1,3-glukanase). Oleh

sebab itu Streptomyces sp. berpeluang untuk digunakan sebagai agen hayati dalam

pengendalian mikroba penyebab penyakit tanaman (Minas et al, 2001).

Temperatur optimum untuk pertumbuhan Streptomyces sp. adalah 25 -

350C, ada beberapa spesies yang tumbuh psikrofilik (suhu optimal 5-15 0C) dan

thermofilik (suhu optimal >55 0C) (Locci, 1991). pH yang optimal untuk

pertumbuhan Streptomyces sp. antara 6 sampai dengan 8 (Astuti, 2005). Morfologi

koloni bakteri Streptomyces sp. dapat dilihat pada Gambar 5.



Gambar 5. Morfologi koloni bakteri Streptomyces sp. pada media SCA (Starch Casein Agar) (Aini, 2006).

E. Staphylococcus aureus.

Staphylococcus aureus bersifat non-motil, nonspora, anaerob fakultatif,

katalase positif dan oksidase negatif. Staphylococcus aureus tumbuh pada suhu 6,5

- 46 0C dan pada pH 4,2 - 9,3 (Paryati, 2002). Koloni tumbuh dalam waktu 24 jam

dengan diameter mencapai 4 mm. Koloni pada perbenihan padat berbentuk bundar,

halus, menonjol dan berkilau. Staphylococcus aureus membentuk koloni berwarna

abu-abu sampai kuning emas tua. Staphylococcus aureus membentuk pigmen

lipochrom yang menyebabkan koloni tampak berwarna kuning keemasan (Dewi,

2013). Morfologi sel dan koloni bakteri Staphylococcus aureus dapat dilihat pada

Gambar 6.

(a) (b)

Gambar 6. (a) Morfologi sel bakteri Staphylococcus aureus dengan pewarnaan Gram positif (+) (b) Morfologi koloni S. aureus pada media Blood Agar (Dewi, 2013).



2.6 Enzim Protease

Protease adalah enzim yang memutuskan ikatan peptida pada protein.

Berdasarkan tempat pemutusan ikatan peptida, enzim protease dibagi menjadi dua

yaitu endopeptidase dan eksopeptidase. Endopeptidase adalah enzim yang

mengkatalis pemecahan ikatan peptida pada bagian dalam rantai polipeptida,

sedangkan enzim yang mengkatalis pemecahan ikatan peptida pada ujung-ujung

rantai polipeptida disebut eksopeptidase (Murray, 2003).

Enzim tersebut mempunyai nilai ekonomis dan peranan yang sangat besar,

maka sampai sekarang penelitian tentang mikroorganisme penghasil enzim

protease masih berlangsung, terutama mencari strain-strain baru dengan cara

mengisolasi mikrorganisme penghasil enzim protease dari berbagai tempat.

Mikroorganisme adalah sumber enzim yang paling banyak digunakan

dibandingkan dengan tanaman dan hewan, karena pertumbuhan cepat dan dapat

tumbuh pada substrat yang murah (Edlin dkk., 2014).



III KERANGKA KONSEPTUAL

3.1 Kerangka konsep

Padang lamun di Pantai Bama, Taman Nasional Baluran merupakan salah

satu padang lamun yang bervegetasi campuran, disusun sedikitnya oleh tujuh

spesies yaitu Enhalus acoroides, Thalassia hemprichii, Cymodocoea routndata,

Halodule uninervis, Halophila ovalis, Halophila ovata, dan Syringodium

isoetifolium (Wimbaningrum, 2003).

Ekosistem padang lamun adalah satu sistem (organisasi) ekologi padang

lamun yang di dalamnya terjadi hubungan timbal balik antara komponen abiotik

(air dan sedimen) dan biotik (hewan dan tumbuhan) (Azkab, 2006). Lamun

Enhalus acoroides merupakan lamun yang sebarannya paling luas di Indonesia, hal

ini karena kemampuan adaptasi tanaman ini yang baik terhadap lingkungan.

Hutomo dan Azkab (1997) membagi komunitas hewan yang berasosiasi

dengan lamun menjadi 4 kategori, yang pertama biota yang hidup di daun lamun

(flora epifitik, mikro dan meifouna), biota yang hidup menempel pada batang dan

akar (Policheta dan Amphopoda), biota yang bergerak disekitar lamun (ikan, udang,

teripang dan cumi-cumi), biota yang hidup di dalam sedimen lamun (semua jenis

benthos baik epifitik maupun indofitik benhtos).

Lamun memiliki metabolisme sekunder yang melibatkan mikroorganisme

didalam prosesnya, hasil dari metabolisme ini sangat penting bagi lamun sebagai

pertahanan terhadap infeksi patogen (Marhaeni, 2011). Organisme laut yang

hidupnya menetap diperkirakan sangat bergantung pada mekanisme pertahanan



kimia untuk melawan hewan-hewan pemangsa dan perlekatan dari mikroorganisme

patogenik (Watermann, 1999). Bakteri terdapat secara luas di lingkungan alam

yang berhubungan dengan hewan, tumbuh - tumbuhan, udara, air dan tanah. Bakteri

umumnya mengasilkan senyawa dalam proses metabolismenya. Semua bakteri

mempunyai enzim protease di dalam sel, tetapi tidak semua mempunyai enzim

protease ekstraseluler (Durham, 1987).

Enzim protease dapat digunakan untuk beberapa aplikasi seperti farmasi,

pengempukan daging dan proses pengolahan limbah industri (Nascimento dan

Martins, 2006). Saat ini sudah banyak obat-obatan dengan mekanisme kerjanya

seperti kerja enzim protease. Namun masih terus dilakukan penelitian untuk

mencari enzim protease alami dari berbagai sumber seperti bakteri, fungi, juga

organisme laut seperti spons.

Data dari penelitian ini diharapkan dapat menjadi bahan informasi tentang

keragaman jenis bakteri yang berasosiasi dengan lamun Enhalus acoroides serta

bahan acuan untuk penelitian selanjutnya tentang identifikasi bakteri proteolitik

asosiasi yang berpotensi sebagai penghasil enzim protease.



Gambar 7. Kerangka konsep

Keterangan :

: Dilakukan pengamatan

: Tidak dilakukan pengamatan

Ekologi Kualitas air

Enhalus acoroides

Thalassia hemprichii

Cymodocoea rountdata

Halodule uninervis

Halophila ovalis

Halophila ovata

Enzim ekstraseluler

Bakteri Jamur Benthos

Syringodium isoetifolium

Plankton

Amilolitik Selulolitik Proteolitik

Asosiasi

Bakteri proteolitik

Padang lamun di Pantai Bama



IV METODOLOGI PENELITIAN

4.1 Tempat dan Waktu

Pengambilan sampel lamun dilakukan di Pantai Bama, Taman Nasional

Baluran, Situbondo, Jawa Timur. Untuk isolasi, uji aktivitas proteolitik dan

identifikasi bakteri dilakukan di Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan

Keamanan Hasil Perikanan Kelas 1 Juanda, Surabaya. Penelitian ini dilaksanakan

pada bulan Februari - Maret 2016.

4.2 Materi Penelitian

4.2.1 Peralatan Penelitian

Peralatan yang digunakan dalam penelitian ini antara lain berupa gunting,

pisau, pinset, pipet tetes, tabung reaksi, Beaker glass, cawan petri, autoclave,

incubator, mikropipet, mikroskop, objek glass, oven, timbangan analitik,

erlenmeyer, bunsen, jarum, ose.

4.2.2 Bahan Penelitian

Bahan penelitian yang digunakan adalah sampel lamun Enhalus acoroides

yang diperoleh dari Pantai Bama, Taman Nasional Baluran, Situbondo serta bahan

lainnya seperti akuades, NaCl fisiologis 0,9 %, air laut steril, Tryptic Soy Agar

(TSA), Skim Milk Agar (SMA), kertas cakram steril 6 mm.



4.3 Metode Penelitian

4.3.1 Rancangan Penelitian

Metode penelitian digunakan untuk memecahkan suatu masalah yang dapat

dilakukan dengan pengumpulan data melalui pengamatan, survei, ataupun melalui

percobaan (Kusriningrum, 2012). Metode yang digunakan dalam penelitian ini

adalah metode survei. Bahan yang digunakan pada penelitian ini adalah lamun

Enhalus acoroides yang diambil secara acak (random sampling) di perairan Pantai

Bama Taman Nasional Baluran, Situbondo.

4.3.2 Prosedur Kerja

A. Penentuan Lokasi

Sampel lamun Enhalus acoroides diambil dari perairan Pantai Bama,

Taman Nasional Baluran, Situbondo, Jawa Timur (Lampiran 1). Penentuan lokasi

pengambilan sampel berdasarkan rata-rata habitat pertumbuhan lamun dengan

kedalaman antara 2 - 12 m sesuai kondisi perairan (Djais dkk., 2002).

Pengambilan lamun dilakukan secara acak (random sampling) dengan

transek kuadran berukuran 1 x 1 m dengan jarak tiap kuadran transek 25m secara

vertikal (arah menuju laut) sepanjang 50m dan horizontal (searah garis pantai)

sepanjang 100m. Sampel lamun diambil sebanyak 1 tanaman dari tiap transek

kuadran (Dartnall dan Jones, 1986). Adapun denah lokasi pengambilan sampel

dapat dilihat pada Gambar 2.



Gambar 8. Denah lokasi pengambilan sampel dengan transek kruadran

B. Sterilisasi Alat dan Bahan

Sterilisasi (suci-hama) perlu dilakukan agar media yang akan dipakai berada

pada kondisi bersih (steril), yaitu tidak ada satupun organisme yang hidup

didalamnya, agar tidak mengganggu proses pertumbuhan mikroba atau proses

fermentasi (Nugroho, 1999). Menurut Society for General Microbiology (SGM)

(2006) ada empat cara sterilisasi alat dan media yang digunakan dalam kultur

bakteri.

Pertama yaitu, menggunakan pembakar bunsen, untuk mensterilkan

peralatan seperti ose, jarum dengan cara membakar ujung peralatan tersebut di atas

api bunsen sampai berpijar. Kedua oven, digunakan untuk mensterilkan alat yang

terbuat dari keramik dan metal serta pengeringan alat-alat yang telah di autoclave.

100 meter

25 m

50 meter

1 m



Cara penggunaan alat ini yaitu dengan memasukkan bahan tersebut kedalam oven

dan dipanaskan pada suhu 160-170 0C selama 1-2 jam.

Ketiga menggunakan autoclave untuk mensterilkan tabung reaksi bertutup,

cawan petri dan erlenmeyer serta media yang akan digunakan. Penggunaan alat ini

dengan memasukkan alat-alat tersebut kedalam autoclave yang ditutup dengan

rapat dan nyalakan autoclave dengan temperatur 121 0C dan tekanan antara 15-17,5

psi (pound per square inci) atau 1 atm selama 15 menit. Terakhir yaitu alkohol,

digunakan untuk mensterilkan alat-alat yang terbuat dari metal antara lain gunting,

pisau, pinset dan meja. Alkohol yang digunakan adalah alkohol 70%.

C. Pengambilan Sampel Lamun

Sampel lamun yang diambil harus memenuhi syarat diantaranya lamun

dalam keadaan sehat dan sudah termasuk tanaman dewasa bukan bibit lamun.

Pengambilan sampel dilakukan dengan cara mengambil tanaman yang utuh mulai

dari daun, batang dan akar dalam keadaan baik dengan menggunakan pisau.

Sampel lamun dibilas bersih dengan air laut steril, kemudian sampel dimasukkan

ke dalam kantong plastik kedap udara berisi air laut steril (Lisdayanti, 2013).

Catat identitas sampel antara lain tanggal, lokasi (stasiun) dan ciri morfologi

(tinggi tanaman). Sampel yang telah di preparasi dimasukkan ke dalam cool box

untuk dianalisis selanjutnya di laboratorium.



D. Pembuatan Media

Media yang digunakan untuk pertumbuhan bakteri laut adalah medium

Tryptic Soy Agar (TSA) + 2 % NaCl (Massinai, 2013). Menurut Retnowati dkk.

(2011) menjelaskan bahwa medium Tryptic Soy Agar (TSA), dibuat dengan cara

melarutkan 40 gr TSA, 1000 ml aquades steril, 20 gr NaCl dalam erlenmeyer.

Larutan ini selanjutnya dipanaskan diatas kompor listrik sambil diaduk sampai

mendidih dan media TSA + 2 % NaCl tercampur secara rata, selanjutnya disterilkan

dalam autoclave pada suhu 121 0C selama 15 menit.

E. Isolasi Bakteri

Sampel lamun sebanyak 10 gr dicuci dengan air laut steril, kemudian

digerus, selanjutnya ditambahkan NaCl fisiologis sebanyak 10 ml sehingga

menghasilkan larutan stok. Larutan stok 1 ml lalu dimasukkan dalam tabung reaksi

yang berisi 9 ml NaCl fisiologis (pengenceran 10-1) kemudian dikocok dengan

menggunakan vortex, pengenceran dilakukan hingga 10-6. Hasil pengenceran 10-6

diinokulasi dalam mediun TSA + 2% NaCl dengan metode tuang (pour plate)

selanjutnya diinkubasi selama 24 jam pada suhu 30 0C (Massinai, 2013).

F. Pemurniaan Isolat Bakteri

Koloni bakteri yang tumbuh kemudian dipurifikasi supaya didapatkan isolat

murni. Tiap koloni yang berbeda secara morfologi (warna, bentuk, elevasi dan tepi)

dipisahkan dan diinokulasi dengan metode goresan (streak plate) pada mendium

TSA + 2% NaCl lalu diinkubasi selama 24 jam pada suhu 30 ⁰C (Massinai, 2013).



Hingga didapatkan isolat bakteri murni (dalam satu petri dish hanya satu koloni

bakteri)

G. Uji Aktivitas Proteolitik

Pengujian aktivitas bakteri proteolitik dilakukan menggunakan metode disk

diffusion yaitu dengan cara meneteskan isolat bakteri pada kertas cakram steril

dengan ukuran 6 mm lalu diletakkan pada media TSA + 2 % NaCl yang

ditambahkan susu skim 1% (Hudzicki, 2013). Setelah itu diinkubasi selama 48 jam

pada suhu 30 ºC.

Aktivitas proteolitik ditentukan dari ukuran zona jernih yang terbentuk dari

aktivitas degradasi kasein pada susu skim. Kasein adalah salah satu jenis protein.

Hidrolisis kasein digunakan untuk memperlihatkan aktivitas hidrolitik protease

yang memutuskan ikatan peptida dalam protein. Aktivitas pembentukan zona

bening dihitung dari diameter zona bening yang terbentuk (Isnansetyo dan Kamei,

2009).

H. Karakterisasi dan Uji Biokimia

Bakteri yang memiliki aktivitas enzim proteolitik selanjutnya diidentifikasi

dengan uji biokimia secara bertahap menurut bagan alir dikotomi berdasarkan

Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology (Holt et al., 1994). Pada tahap

awal identifikasi dilakukan uji morfologi bakteri dengan melakukan pewarnaan

Gram dan pengamatan bentuk sel bakteri.



Uji biokimia yang dilakukan adalah uji oksidase, uji katalase, uji O/F, uji

triple sugar iron agar (TSIA), uji LIA uji MIO (Motility, Indole, Ornithine), uji

metil red (MR), uji voges – proskauer (VP), uji cimmons citrate dan uji gula

(glukosa, laktosa, sukrosa, arabinosa, manitol, inositol, maltosa, trehalose, dulcitol

dan xylose).

4.4 Parameter Pengamatan

4.4.1 Parameter Utama

Parameter utama dalam penelitian ini adalah adanya keberadaan isolat

bakteri serta identifikasi isolat bakteri proteolitik yang berasosiasi dengan lamun

Enhalus acoroides di perairan Pantai Bama, Taman Nasional Baluran, Situbondo,

Jawa Timur.

4.4.2 Parameter Pendukung

Parameter pendukung dalam penelitian ini adalah kualitas perairan padang

lamun Enhalus acoroides di Pantai Bama, Taman Nasional Baluran. Adanya

parameter pendukung sangat berpengaruh terhadap parameter utama dalam

penelitian ini.

4.5 Analisis Data

Data hasil penelitian ini berupa data morfologi sel dan koloni isolat serta

hasil uji biokimia bakteri proteolitik yang diperoleh dari lamun Enhalus acoroides

yang berada di Pantai Bama, Taman Nasional Baluran. Data yang diperoleh lalu

dianalisis secara deskriptif dengan bantuan tabel dan gambar.



4.6 Diagram Alur Penelitian

Pemurniaan Kultur Bakteri

Isolat Bakteri Murni

Pembuatan Media TSA + NaCl 2%

Uji Aktivitas Proteolitik

Survei lokasi

Lamun Enhalus acoroides

Penentuan Lokasi Pengambilan Sampel

Pengukuran Suhu, Salinitas,

Kecerahan dan pH

Sterilisasi Alat dan Bahan

Pengambilan Sampel Lamun

Isolasi Bakteri

Pengukuran Parameter

Lingkungan

Parameter Pendukung

Karakterisasi dan Uji Biokimia Parameter

Utama Analisis Data



V HASIL DAN PEMBAHASAN

5.1 Hasil

5.1.1 Gambaran Umun Lokasi Penelitian

Pantai Bama terletak di kawansan Taman Nasional (TN) Baluran,

Situbondo, Jawa Timur dengan titik koordinat 070 29’ – 070 55’ LS dan 1140 17’ –

1140 28’ BT. Perairan Baluran adalah kawasan konservasi terumbu karang dan

mangrove yang masih alami, berada di garis pantai sepanjang 41 Km yang terletak

di zona perairan seluas 1.063 Ha. Sebelah Timur berbatasan dengan Kab.

Banyuwangi dan Selat Bali, sebelah Barat berbatasan dengan Selat Madura, sebelah

Utara berbatasan dengan Laut Jawa, sebelah Selatan berbatasan langsung dengan

Kab. Banyuwangi.

Pantai Bama berjarak sekitar 15 km dari pintu gerbang Taman Nasional

Baluran, pantai tersebut merupakan pantai yang dikelilingi hutan mangrove serta

memiliki rataan terumbu karang yang luas. Pantai Bama memiliki rataan terumbu

karang (reef flat) yang sangat landai. Setelah memasuki daerah subtidal beberapa

ratus meter dari bibir pantai, tampak adanya dasar pantai dengan kemiringan yang

sangat terjal, hingga kedalaman puluhan meter. Pantai Bama merupakan contoh

ekosistem perairan laut dangkal yang memiliki penunjang ekosistem yang sangat

baik terdiri dari padang lamun, mangrove dan terumbu karang (Tim Pengendali

Ekosistem Hutan, 2006).



5.1.2 Lamun Enhalus acoroides

Lamun Enhalus acoroides yang berada di perairan Pantai Bama memiliki

karakteristik rhizome berukuran 1,5 – 1,8 cm, memiliki akar berwarna putih dengan

panjang antara 9 – 15 cm. Daun berbentuk seperti pita dengan pinggiran daun yang

menebal dan lebar antara 8 – 20 mm serta panjang antara 10 – 60 cm. Hal tersebut

sesuai dengan Waycott et al. (2004) yang menyatakan Enhalus acoroides

mempunyai rhizome (akar rimpang) berdiameter 1,3 – 1,7 cm yang tertutup rapat

dengan rambut-rambut yang kaku dan keras. Akar berbentuk seperti tali, berjumlah

banyak dan tidak bercabang serta memiliki panjang antara 15,50 – 18,65 cm.

Bentuk daun seperti pita tepinya rata dan ujungnya tumpul, panjangnya antara 65 –

150 cm dan lebar antara 1,2 – 2,0 cm (Dahuri, 2003).

Lamun Enhalus acoroides tumbuh pada dasar pasir berlempung dengan

kedalaman berkisar antara 60 – 120 cm. Enhalus acoroides di padang lamun Pantai

Bama umumnya ditemukan tumbuh berdampingan dengan lamun Thalasia

hemprichii. Tumbuhnya berpencar dalam kelompok-kelompok kecil terdiri dari

beberapa individu atau kumpulan individu yang rapat, berupa kelompok murni atau

bersama-sama dengan Thalassia hemprichii dan Halophila ovalis (Kiswara, 1992).

Adapun gambar Enhalus acoroides dapat dilihat pada Lampiran 3.

5.1.3 Isolasi dan Pemurnian Bakteri Assosiasi Lamun Enhalus acoroides

Pengisolasian pada tahap awal didapatkan dugaan koloni sebanyak 20 strain

bakteri. Dugaan ini didasarkan pada perbedaan morfologi koloni bakteri secara

makroskopis. Tahapan selanjutnya adalah tahapan pemurniaan bakteri, pada proses



ini didapatkan hasil bahwa dalam 20 dugaan isolat, setelah dilakukan penyeleksian

berdasarkan kesamaan morfologi koloni bakteri baik dari segi warna, bentuk,

elevasi dan tepian didapatkan 12 isolat bakteri yang berasosiasi dengan lamun

Enhalus acoroides di Pantai Bama, TN Baluran. Keduabelas isolat bakteri yang

didapatkan lalu diberi kode EA-1, EA-2, EA-3, EA-4, EA-5, EA-6, EA-7, EA-8,

EA-9, EA-10, EA-11 dan EA-12. Pemberian kode ini didasarkan pada perbedaan

morfologi koloni tiap isolat bakteri.

Pengamatan morfologi koloni secara makroskopis didapatkan beberapa

bentuk koloni yaitu : bulat, tak beraturan, akar dan berfilamen. Tepi koloni isolat

bakteri ada yang utuh, bergerigi dan berombak. Elevasi yang diamati dari samping

terlihat datar, cembung dan membukit. Warna dari isolat yang diamati bermacam-

macam ada yang berwarna putih susu, putih bening, abu-abu, kuning, oranye dan

krem. Morfologi koloni isolat bakteri yang ditemukan pada penelitian ini sesuai

dengan pernyataan Salle (1961), bahwa pada umumnya bentuk koloni bakteri

berbentuk circular, irregular, filamentous and rhizoid. Elevasi berbentuk raised,

convex, flat, umbonate, crateriform. Margin yang berbentuk entire, undulate,

filiform, curled dan lobate.

Hasil pengamatan morfologi sel yaitu dengan pewarnaan Gram dan bentuk

sel (yang diamati dengan menggunakan mikroskop dengan perbesaran 1000x), dari

12 isolat bakteri asosiasi lamun Enhalus acoroides, didapatkan morfologi sel

berbentuk bulat (coccus) dan batang (bacill) saja serta semuanya berGram negatif

(-) kecuali isolat dengan kode EA-1 dan EA-9 yang berGram positif (+). Hal ini

sesuai dengan Pelczar dan Chan (1986), yang menyatakan bahwa bakteri laut 95%



berGram negatif, sebagian bersifat motil, 70% mengandung pigmen dan

mempunyai toleransi yang besar terhadap suhu.

Berikut merupakan hasil pengamatan morfologi koloni dan sel bakteri

asosiasi lamun Enhalus acoroides di Pantai Bama, TN Baluran

Tabel 1. Morfologi koloni dan sel bakteri lamun Enhalus acoroides yang berasal dari perairan Pantai Bama, TN Baluran.

Kode isolat

Morfologi koloni Morfologi sel Bentuk Tepi Elevasi Warna Bentuk Gram

EA-1 Tak beraturan

Utuh Cembung Putih Susu

Coccus Positif

EA-2 Filament Bergerigi Membukit Putih bening

Bacill Negatif

EA-3 Bulat Utuh Datar Krem Coccus Negatif EA-4 Bulat Berombak cembung Krem Coccus Negatif EA-5 Bulat Utuh Datar Oranye Coccus Negatif EA-6 Bulat Bergerigi Cembung Coklat Bacill Negatif EA-7 Bulat Utuh Cembung Abu-

abu Coccus Negatif

EA-8 Bulat Utuh Datar Krem Coccus Negatif EA-9 Tak

beraturan Utuh Datar Putih Bacill Positif

EA-10

Bulat Bergerigi Datar Krem Bacill Negatif

EA-11

Tak beraturan

Utuh Cembung Oranye pudar

Coccus Negatif

EA-12

Akar Berbelah Datar Oranye Coccus Negatif

Pada uji pewarnaan Gram, suatu pewarna penimbal (safranin) ditambahkan

setelah metil ungu, yang membuat semua bakteri Gram negatif menjadi berwarna

merah atau merah muda, sementara bakteri Gram positif akan mempertahankan

warna ungu gelap setelah dicuci dengan alkohol (Khanafi et al., 2006). Gambar

hasil pengamatan secara mikroskopis dari bakteri isolasi lamun Enhalus acoroides

yang berGram positif dan negatif dapat dilihat pada Gambar 9.



(a) (b)

(c) (d)

Gambar 9. (a) Kode isolat EA-1, berbentuk coccus dan berGram positif (+). (b) Kode isolat EA-2, berbentuk coccus dan berGram negatif (-). (c) Kode isolat EA-9, berbentuk bacill dan berGram postif (+). (d) Kode isolat EA-10, berbentuk bacill dan berGram negatif (-). (Sumber : dokumentasi pribadi)

Isolat bakteri yang didapatkan paling banyak berGram negatif, diduga

karena bakteri Gram negatif memiliki struktur dinding sel yang lebih kompleks

dibanding bakteri Gram positif. Karena dinding sel bakteri Gram negatif memiliki

peptidoglican tipis yang tertutup periplasmic space dan membran luar yang tersusun

dari lipopolisacarida dan protein. Sehingga bakteri Gram negatif mampu bertahan

dikondisi lingkungan yang ekstrim (Fardiaz, 1989).



Isolat bakteri yang ditemukan lebih banyak berbentuk bulat (coccus)

dibandingkan dengan batang (bacill). Kehadiran bakteri berbentuk bulat (cocci)

kemungkinan disebabkan karena bakteri ini tidak memiliki alat gerak sehingga

untuk mempertahankan hidup dengan cara melekatkan diri pada suatu benda yang

terdapat di perairan. Pelczar dan Chan (1986), kebanyakan bakteri berbentuk bulat

(coccus) hidup saling melekat satu sama lain membentuk kumpulan yang kuat

karena adanya bahan yang dihasilkan seperti lendir.

Bakteri batang (bacill) yang ditemukan kemungkinan karena bakteri

tersebut memiliki flagel yang digunakan untuk bergerak untuk mendapatkan tempat

pelekatan. Menurut Aryulina (2005) menyatakan flagellum memungkinkan bakteri

bergerak menuju kondisi lingkungan yang menguntungkan atau menghindar dari

lingkungan yang merugikan bagi kehidupannya. Hal ini didukung oleh pernyataan

Fardiaz (1989), bakteri laut umumnya memiliki kecenderungan berasosiasi dengan

suatu lapisan permukaan padat seperti rumput laut, lamun, karang dan tanaman

mangrove.

5.1.4 Uji Aktivitas Proteolitik

Pengujian yang dilakukan ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas

proteolitik dari isolat bakteri yang didapatkan. Hasil pengujian dari keduabelas

isolat bakteri yang diperoleh menunjukkan bahwa terdapat empat isolat bakteri

yang memiliki aktivitas proteolitik.



Tabel 2. Hasil uji aktivitas Proteolitik dari isolat bakteri asosisasi lamun Enhalus- acoroides.

Keterangan : ada (+) / tidak (-)

Pengamatan aktivitas proteolitik dilakukan pada 48 jam setelah inkubasi.

Bakteri Bacillus sp. menghasilkan enzim optimal pada jam ke 30 (Yuniati, 2015).

Isolat bakteri asosiasi yang menghasilkan enzim protease adalah isolat dengan kode

EA-1, EA-2, EA-9 dan EA-10. Dari pengamatan secara makroskopis dari keempat

isolat bakteri yang memiliki aktivitas proteolitik menunjukan perbedaan dari segi

tepi, bentuk, elevasi, dan warna. Hal ini diduga karena setiap isolat berbeda jenis

sehingga aktivitas proteolitik yang ditunjukan juga berbeda yaitu dari besarnya

diameter zona bening yang terlihat.

Pengukuran zona bening pada isolat bakteri proteolitik menunjukan

perbedaan dari tiap isolatnya. Aktivitas paling rendah ditunjukan pada isolat EA-2

dengan diameter zona bening 7,5 mm. Zona bening yang paling besar ditunjukkan

oleh isolat EA-1 dengan diameter zona bening 18 mm. Gambar aktivitas bakteri

proteolitik asosiasi lamun Enhalus acoroides dapat dilihat pada Lampiran 4.

Kode isolat bakteri

Uji aktivitas enzim proteolitik

Diameter zona bening (mm)

EA-1 + 18 EA-2 + 7,5 EA-3 - 0 EA-4 - 0 EA-5 - 0 EA-6 - 0 EA-7 - 0 EA-8 - 0 EA-9 + 8 EA-10 + 8 EA-11 - 0 EA-12 - 0



5.1.5 Hasil Uji Biokimia

Tabel 3. Hasil uji biokimia dari isolat bakteri proteolitik

No. Uji biokimia Kode isolat bakteri EA-1 EA-2 EA-9 EA-10

1. Gram + - + - 2. Oksidase - + - + 3. Katalase + + + + 4. O/F F F F O 5. TSIA, Gas,

H2S (S/B) K,A,H2S K,A,G,

H2S K,A,H2S A,A

6. LIA (S/B) + +/H2S + + 7. Motilitas - + + + 8. Gelatin + - + - 9. Indole - + - - 10. Ornithine + + + + 11. MR - + + - 12. VP - - + - 13. Arginin + + + - 14. Simmon Citrate V+ + V+ V+ 15. Uji

gula Glukosa + + + - Laktosa + + - V- Sukrosa + + + + Arabinase + + V- V- Manitol + + - + Inositol + + - V+ Maltosa + + V+ + Trehalose + + + + Dulcitol - + - V- Xylose + + V+ V-

Ciri-ciri utama suatu bakteri yang perlu diketahui dalam mengkarakterisasi

bakteri adalah melalui beberapa uji morfologi dan uji biokimia (Sudarsono, 2008).

Pengujian yang dilakukan dalam penelitian ini meliputi uji oksidase, uji katalase,

uji O/F, uji triple sugar iron agar (TSIA), uji LIA (Lysin Iron Agar), uji MIO

(Motility, Indole, Ornithine), uji metil red (MR), uji voges – proskauer (VP), uji



cimmons citrate dan uji gula (glukosa, laktosa, sukrosa, arabinosa, manitol, inositol,

maltosa, trehalose, dulcitol dan xylose).

Dari hasil pengamatan morfologi dan uji biokimia yang dibandingkan

dengan buku Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology (Holt et al., 1994)

dan buku Biochemical Tests For Identification Of Medical Bacteria (Faddin and

Jean, 1980) didapatkan kecocokan karakteristik dengan beberapa genus bakteri.

Kode isolat EA-1 memiliki kesamaan karakteristik dengan Staphylococcus sp., EA-

2 memiliki kesamaan dengan Pleciomonas shigeloides, EA-9 memiliki kesamaan

dengan Bacillus sp. dan EA-10 memiliki kesamaan dengan Pseudomonas sp..

Keempat isolat bakteri yang didapatkan pada penelitian ini diinkubasi pada suhu 30

– 32 oC dan pada pH 7 yang disesuaikan dengan perairan Pantai Bama (Lampiran

2.). Bakteri laut umumnya termasuk organisme aerob dan memerlukan suhu yang

optimal untuk tumbuh yaitu sekitar 26 – 30 oC serta akan mengalami pertumbuhan

yang kurang baik pada suhu diatas 37 oC (Velankar, 1954).

5.2 Pembahasan

Dari penelitian ini didapatkan total isolat sebanyak 12 jenis yang memiliki

perbedaan baik dari morfologi koloni maupun sel. Jumlah isolat bakteri asosiasi

lamun Enhalus acoroides yang didapatkan pada penelitian ini berbeda dibanding

dengan yang telah ditemukan pada penelitian yang dilakukan oleh Shofiatul (2011)

terdapat 9 strain isolat bakteri yang berasosiasi dengan Enhalus sp. Marhaeni

(2011) mendapatkan 23 strain isolat bakteri dari lamun jenis Enhalus acoroides,

Thalassia hemprichii dan Syringodium isoetifolium yang dilakukan di perairan

pantai Teluk Awur, Jepara Jawa Tengah. Menurut Sidharta (2000), penyebaran



bakteri di laut dipengaruhi oleh banyak faktor seperti pergerakan air laut, jarak dari

pantai, kedalaman, cahaya matahari, iklim dan organisme lain.

Tabel 4. Hasil perbandingan dari hasil uji biokimia isolat bakteri EA-1 dengan pustaka (Biochemical Tests For Identification Of Medical Bacteria).

No. Uji biokimia Isolat EA-1

Genus Staphylococcus sp.

1. Oksidase - - 2. Katalase + + 3. O/F F F 4. TSIA, Gas,

H2S (S/B) K,A, H2S

K,A, H2S

5. LIA (S/B) + td 6. Motilitas - - 7. Gelatin + td 8. Indole - td 9. Ornithine + td 10. MR - + 11. VP - - 12. Arginin + + 13. Simmon Citrate V+ V+ 14. Uji gula Glukosa + +

Laktosa + + Sukrosa + + Arabinase + + Manitol + + Inositol + + Maltosa + + Trehalose + + Dulcitol - + Xylose + -



Keterangan : Td = tidak ada dalam pustaka

Isolat EA-1 yang memiliki ciri-ciri morfologi koloni berbentuk bulat tak

beraturan, tepi utuh dan berelevasi cembung. Sel berbentuk bulat anggur dengan

ujung meruncing, memiliki ukuran 2 – 4 µm dan berGram positif (+). Pengujian

biokimia menunjunkan bahwa isolat EA-1 bersifaat non motil, oksidase negatif,

fermentatif, TSIA basa/asam terdapat gas H2S, lysin iron agar (LIA) positif, gelatin

positif, indole negatif, ornithine positif, metil red (MR) negatif, voges proskauer

(VP) negatif, Arginin positif dan citrat varibel positif. Pada uji gula hanya pada

gula jenis dulcitol yang negatif sedangkan glukosa, laktosa, sukrosa, arabinosa,

manitol, inositol, maltosa, trehalose dan xylose menunjunkan hasil positif. Dari

hasil pengujian biokimia yang dilakukan, isolat bakteri EA-1 memiliki kecocokan

dengan bakteri Staphylococcus sp. sebesar 85 %.

Menurut Faddin (1980), Staphylococcus sp. termasuk dalam bakteri Gram

positif, berbentuk bulat anggur, non motil, fermentatif, katalase positif, oksidase

negatif, TSIA asam/basa, voges proskauer (VP) negatif, arginin positif, dan citat

varibel positif, dapat menghidrolisis semua jenis gula kecuali pada xylose.



Staphylococcus sp. bersifat non-motil, nonspora, anaerob fakultatif, katalase positif

dan oksidase negatif. Staphylococcus aureus tumbuh pada suhu 6,5 - 46 oC dan

pada pH 4,2 - 9,3 (Paryati, 2002).

Isolat EA-2 yang memiliki ciri-ciri morfologi koloni berbentuk tak

beraturan, tepi utuh dan berelevasi datar. Sel bulat, memiliki ukuran 0,5 - 1 µm dan

berGram negatif (-). Pengujian biokimia menunjunkan bahwa isolat EA-2 bersifat

motil, oksidase positif, fermentatif, TSIA basa/asam, lysin iron agar (LIA) positif

terdapat gas H2S, gelatin negatif, indole positif, ornithine positif, metil red (MR)

negatif, voges proskauer (VP) negatif, Arginin positif dan citrat varibel positif.

Pada uji gula semua menunjukan hasil positif. Dari hasil pengujian biokimia yang

dilakukan, isolat bakteri EA-2 memiliki kecocokan dengan bakteri Plesiomonas

shigeloides sebesar 90 %.

Tabel 5. Hasil perbandingan dari hasil uji biokimia isolat bakteri EA-2 dengan pustaka (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology). No. Uji biokimia Isolat

EA-2 Genus

Pleciomonas shigeloides

1. Oksidase + + 2. Katalase + + 3. O/F F F 4. TSIA, Gas,

H2S (S/B) K,A,G,

H2S K,A

5. LIA (S/B) +/H2S + 6. Motilitas + + 7. Gelatin - - 8. Indole + + 9. Ornithine + + 10. MR + + 11. VP - - 12. Arginin + + 13. Simmon Citrate + V+ 14. Uji gula Glukosa + +

Laktosa + V+



Sukrosa + - Arabinase + - Manitol + - Inositol + + Maltosa + Td Trehalose + Td Dulcitol + - Xylose + V+


Menurut Holt et al. (1994), Plesiomonas shigeloides termasuk dalam bakteri

Gram negatif, berbentuk bulat, bersifat motil, fermentatif, katalase positif, oksidase

positif, TSIA asam/basa, gelatin positif, indole positif, ornithine positif, voges

proskauer (VP) negatif, arginin positif, dan citrat varibel positif. Pada uji gula jenis

glukosa, laktosa, innositol dan xylose yang positif.

Tabel 6. Hasil perbandingan dari hasil uji biokimia isolat bakteri EA-9 dengan pustaka (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology).


Genus Bacillus sp.

1. Oksidase - + 2. Katalase + + 3. O/F F F 4. TSIA, Gas,

H2S (S/B) K,A, H2S

K,A, H2S

5. LIA (S/B) + Td 6. Motilitas + + 7. Gelatin + + 8. Indole - - 9. Ornithine + Td 10. MR + + 11. VP - - 12. Arginin + + 13. Simmon Citrate + + 14. Uji gula Glukosa + +

Laktosa - Td Sukrosa + - Arabinase V- -



Manitol - - Inositol V- + Maltosa + Td Trehalose + Td Dulcitol - - Xylose V+ V-


Isolat EA-9 yang memiliki ciri-ciri morfologi koloni berbentuk batang

panjang, berwarna abu-abu, tepi utuh dan berelevasi datar. Sel berbentuk batang

memanjang, memiliki ukuran 3 - 7 µm dan berGram positif (+). Pengujian biokimia

menunjukkan bahwa isolat EA-9 bersifaat motil, oksidase negatif, katalase positif,

fermentatif, TSIA basa/asam terdapat gas H2S, lysin iron agar (LIA) positif, gelatin

positif, indole negatif, ornithine positif, metil red (MR) positif, voges proskauer

(VP) positif, Arginin positif dan citrat varibel positif. Pada uji gula hanya pada gula

jenis laktosa, arabinosa, manitol, inositol, dulcitol yang negatif sedangkan glukosa,

sukrosa, maltosa, trehalose dan xylose menunjunkan hasil positif. Dari hasil

pengujian biokimia yang dilakukan, isolat bakteri EA-9 memiliki kecocokan

dengan bakteri Bacillus sp. sebesar 95 %.

Menurut Holt et al. (1994), Bacillus sp. merupakan bakteri berGram positif,

dan bersifat motil karena memiliki flagel peritrichous, oksidase negatif, katalase

positif, berrbentuk batang atau silinder dan sangat resisten terhadap kondisi yang

tidak menguntungkan. Bakteri ini bersifat aerobik atau fakultatif anaerobik yang

terlihat dari uji katalase positif. Kemampuan fisiologis beragam, sangat peka

terhadap perubahan panas, pH dan salinitas. Bacillus sp. pada dasarnya merupakan

bakteri tanah, tetapi umumnya dijumpai diperairan tawar dan payau sebagai

komposit (Irianto dan Hendrati, 2003).



Isolat EA-10 yang memiliki ciri-ciri morfologi koloni berbentuk bulat,

berwarna coklat, tepi bergerigi dan berelevasi cembung. Sel berbentuk batang

memanjang, memiliki ukuran 1 - 7 µm dan berGram negatif (-). Pengujian biokimia

menunjunkan bahwa isolat EA-10 bersifaat motil, oksidase positif, katalase positif,

oksidatif, TSIA asam, lysin iron agar (LIA) positif, gelatin negatif, indole negatif,

ornithine positif, metil red (MR) negatif, voges proskauer (VP) negatif, Arginin

negatif dan citat varibel positif. Pada uji gula hanya pada gula jenis laktosa,

arabinosa, dulcitol yang negatif sedangkan glukosa, sukrosa, manitol, inositol,

maltosa, trehalose dan xylose menunjunkan hasil positif. Dari hasil pengujian

biokimia yang dilakukan, isolat bakteri EA-10 memiliki kecocokan dengan bakteri

Pseudomonas sp. sebesar 95 %.

Tabel 7. Hasil perbandingan dari hasil uji biokimia isolat bakteri EA-10 dengan pustaka (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology).


Genus Pseudomonas sp.

1. Oksidase + + 2. Katalase + + 3. O/F F O 4. TSIA, Gas,

H2S (S/B) A, A A,A

5. LIA (S/B) + Td 6. Motilitas + + 7. Gelatin - - 8. Indole - - 9. Ornithine + - 10. MR - - 11. VP - - 12. Arginin - - 13. Simmon Citrate + + 14. Uji gula Glukosa + +

Laktosa V- Td Sukrosa + -



Arabinase V- - Manitol + - Inositol V+ + Maltosa + Td Trehalose + Td Dulcitol V- - Xylose V- V-


Genus Pseudomonas sp. memiliki karakter koloni berbentuk bulat,

berwarns coklat atau krem. Pada uji biokimia, menunjukkan bahwa bakteri ini

dapat memfermentasi gula jenis glukosa, inositol, bersifat motil, oksidase dan

katalase positif, termasuk bakteri oksidatif, gelatin negatif, indole negatif, metil red

(MR) negatif, voges proskauer (VP) negatif, melakukan aktivitas citrate tidak

menghasilkan gas dan H2S (Holt et al., 1994). Bakteri genus ini memproduksi

beberapa enzim seperti protease, amilase, dan lipase. Selain itu bakteri

Pseudomonas juga dapat menguraikan protein, karbohidrat dan senyawa organik

lain menjadi CO2, gas amoniak dan senyawa - senyawa lain yang lebih sederhana

(Hardhianto, 2010).

Kemampuan aktivitas proteolitik dan waktu produksi optimum enzim

protease menyebabkan adanya perbedaan zona bening yang dihasilkan dari tiap-

tiap bakteri. Pada isolat bakteri Staphylococcus sp. memiliki zona bening sebesar

18 mm. Hal ini didukung dengan pernyataan Fatoni dkk. (2007) bahwa

Staphyllococcus sp. termasuk bakteri proteolitik, hal ini dapat dilihat dari zona

bening yang terbentuk di media susu skim. Plesiomonas shigeloides merupakan

bakteri air dan sedimen tanah yang memiliki kemampuan proteolitik serta termasuk

bakteri patogen yang merugikan bagi organisme laut (Pereira et al., 2008).



Bakteri Bacillus sp. memiliki zona bening sebesar 8 mm. Bakteri Bacillus

sp. merupakan bakteri proteolitik karena mampu menghasilkan enzim protease

dengan terbentuknya zona bening pada media susu skim (Yuniati, 2015).

Pengamatan zona bening yang terbentuk akibat aktivitas proteolitik pada bakteri

Pseudomonas sp. sebesar 8 mm. Hal ini karena bakteri Pseudomonas sp. dapat

mengahsilkan enzim protease pada berbagai media yang mengandung sumber

protein seperti agar-agar, karginan dan polyacrylamide (Sankaralingan et al., 2012).

Zona bening yang terbentuk dari aktivitas proteolitik yang paling besar

ditunjukkan oleh bakteri Staphylococcus sp. yaitu 18 mm dan yang paling kecil

adalah bakteri Plesiomonas shigeloides sebesar 7,5 mm. Beberapa bakteri patogen

dapat memproduksi enzim protease yang digunakan untuk merusak struktur

jaringan inang (Baehaki dkk., 2005). Dua bakteri (EA-9 atau Bacillus sp. dan EA-

10 atau Pseudomonas sp.) yang diperoleh dari penelitian ini dapat digolongkan

sebagai calon kandidat bakteri probiotik. Menurut Feliatra (2004), beberapa jenis

bakteri kandidat probiotik antara lain Lactococcus sp., Carnoacterium sp., Bacillus

sp., Eubacterium sp., Pseudomonas sp., Lactobacillus sp., Micrococcus sp. dan

Biftidobacterium sp.



VI KESIMPULAN DAN SARAN

6.1 Kesimpulan

Dari penelitian ini didapatkan 12 isolat bakteri yang berasosiasi dengan

lamun Enhalus acoroides di Pantai Bama, TN Baluran, Situbondo dan dari

keduabelas isolat tersebut didapatkan 4 jenis isolat bakteri yang memiliki aktivitas

proteolitik yaitu Staphylococcus sp., Plesiomonas shigeloides, Bacillus sp.,

Pseudomonas sp.

6.2 Saran

Isolat bakteri asosiasi lamun Enhalus acoroides di Pantai Bama, TN Baluran

mempunyai potensi sebagai calon kandidat bakteri probiotik. Untuk mengetahui

kemampuan isolat bakteri tersebut, maka perlu dilakukan penelitian lebih lanjut

mengenai potensi isolat bakteri sebagai calon kandidat bakteri probiotik.



DAFTAR PUSTAKA

Abraham, A. G., G. Antoni L., and A. C. Anon. 1993. Proteolytic Activity of Lactobacillus bulgaricus Grown in Milk, Journal of Diary Science. La Plata, Argentina. 11 pp.

Abubakar, H., A. T. Wahyudi, dan M. Yuhana. 2011. Skrining Bakteri yang Berasosiasi dengan Spons Jaspis sp. Sebagai Penghasil Senyawa Antimikroba. Jurusan Biologi FMIPA Universitas Negeri Papua, Amban, Manokwari. Papua. Vol. 16 (1) 35-40.

Aini, F. N. 2006. Penekanan Penyakit Lincat Tembakau Temanggung menggunakan Kombinasi Pseudomonad Fluoresen dan Streptomyces spp. Fakultas Pertanian UGM. Yogyakarta. 74 hal. (Skripsi).

Aryulina, D. 2005. Biologi I. Jakarta: Erlangga. 134 hal.

Astuti, A. 2005. Karakterisasi Streptomyces spp. Agens Pengendali Hayati Penyakit Lincat Tembakau Temanggung. Fakultas Pertanian. Universitas Gadjah Mada. Skripsi. 65 hal.

Azkab. 2006. Ada Apa dengan Lamun. Bidang Sumberdaya Laut, Pusat Penelitian Oseanografi-LIPI. Jakarta. 14 hal.

Baehaki, A., Rinto dan B. Arif. 2011. Isolasi dan Karekterisasi Protease dari Bakteri Tanah Rawa Indralaya, Sumatera Selatan. J. Teknologi dan Industri Pangan, Vol. XXII (1) : 10-16.

Baehaki, A., T. Nurhayati dan M. T. Suhartono. 2005. Karakteristik Protease Dari Bakteri Patogen Staphylococcus epidermidis. Buletin Teknologi Hasil Perikanan. Teknologi Pangan dan Gizi, Institut Pertanian Bogor, Bogor. Vol VIII (2) : 25-34.

Bjork, M., Short, Mcleod, dan Beer. 2008. Managing Seagrasses for Resilience to Climate Change. IUCN. Gland, Switzerland. 45 pp.

Dahuri, R. 2003. Keanekaragaman Hayati Laut Aset Pembangunan Berkelanjutan Indonesia. Penerbitan Gramedia Pustaka Utama. Jakarta. Hal 165-169.

Dartnall, Aj. And M. Jones (eds.) 1986. A manual of survey methods : living resources in coastal areas. ASEAN AUSTRALIA Cooperative Programme on Marine Science Handbook. Townsville, Australian Institute of Ma-rine Science: 167 hal.

Dewi, A. K. 2013. Isolasi, Identifikasi dan Uji Sensitivitas Staphylococcus aureus terhadap Amoxicillin dari Sampel Susu Kambing Peranakan Ettawa (PE)



Penderita Mastitis Di Wilayah Girimulyo, Kulonprogo, Yogyakarta. Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta. JSV 31 (2).

Djais, F. H., Anzori S.,Yvonne, I.P. dan P. Pandu,. 2002. Modul Sosialisasi dan Orientasi Penataan Ruang Laut, Pesisir dan Pulau-pulau Kecil. Direktorat Jendral Pesisir Dan Pulau-pulau Kecil, Dinas Kelautan Dan Perikanan. Jakarta. Hal 175-185.

Durham, D.R., D.B. Stewart, and E.J. Stellwag. 1987. Novel alkaline and heat stable serine proteases from alkalaphilic Bacillus sp. strain GX6638. J. Bacterial.169 (6) : 2762- 2768.

Edlin, Y. N., A. Agustien dan D. H. Tjong. 2014. Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Alkali-Proteolitik Sumber Air Panas Semurup Kerinci Jambi. Jurnal Biologi Universitas Andalas. 3 (4) : 303-309.

Faddin M. and F. Jean. 1980. BIOCHEMICAL TESTS for IDENTIFICATION of MEDICAL BACTERIA second edition. Lipincott Williams and Wilkins Company. Baltimore USA. 438 pp.

Fardiaz, S. 1989. Mikrobiologi Pangan. Bogor. PAU Pangan dan Gizi, IPB. 125 hal.

Fatoni, A., Zusfahair dan P. Lestari. 2007. Isolasi dan Karakterisasi Protease Ekstraseluler dari Bakteri dalam Limbah Cair Tahu. Program Studi Kimia, Jurusan MIPA, Fakultas Sains dan Teknik, Universitas Jenderal Soedirman. Jurnal Natur Indonesia 10 (2). 6 hal.

Feliatra, I. Efendi dan E. Suryadi. 2004. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Probiotik dari Ikan Kerapu Macan (Ephinephelus fuscogatus) dalam Upaya Efisiensi Pakan Ikan. Jurnal Indonesia 6(2): 75-80. Fakultas Perikanan dan Kelautan Universita Riau.

Feng, Y., Shen, D., and W. Song. 2006. Rice endophyte pantoea agglomerans YS19 promotes hoost plant growth and effects allocations of host photosynthates. Journal Appl. Microbiologi. 100, 938-945.

Ghadin, W. C. Y., Yun, S. T. S., Hsien, K. T., Yi. and S. Li-Hwei. 2003. Identification of B. pseudomallei by 16S rDNA Sequencing. Sgh Proceedings. 12(2), 52-55.

Gupta, R., Beg, Q.K., dan Lorenz, P. 2002. Bacterial alkaline proteases: molecular approaches and industrial application. Appl Microbiol Biotechnol. 59:15-32.

Hasanuddin, R. 2013. Hubungan Antara Kerapatan Dan Morfometrik Lamun Enhalus acoroides Dengan Substrat Dan Nutrien Di Pulau Sarappo Lompo



Kab. Pangkep. Jurusan Ilmu Kelautan, Fakultas Ilmu Kelautan Dan Perikanan,Universitas Hasanuddin, Makassar. 64 hal. (Skripsi).

Hung, P, Q., dan K. Annapurna. 2004. Isolation and Characterization of endophytic bacteria in soybean (Glicine sp.) Omonrice 12, 92-101.

Hutomo, M. Dan M. H. Azkab. 1997. Peranan Lamun Di Lingkungan Laut Dangkal. Oseana Vol XII (1) : 13-23.

Holt, J.G., N.R. Krig, P. Sneath, J. Staley, dan S. Williams. 1994. Bergeys Manual Of Determinative Bacteriology 9th Edition. Lipincott Williams and Wilkins Company. Philadelphia USA. 546 pp.

Hardhianto, M. D. 2010. Efektifitas Bakteri Pseudomonas sebagai Pengurai Bahan Organik (Protein, Karbohidrat, Lemak) pada Air Limbah Pembenihan Ikan Lele Dumbo (Clarias sp.) Sistem Resirkulasi Tertutup. Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga. Surabaya. 75 hal.

Hudzicki, J. 2013. Kirby-Bauer Disk Diffusion Susceptibilty Test Protocol. Approved standard—9th ed. CLSI document M2-A9. 26:1. Clinical Laboratory Standards Institute, Wayne, PA. 48 pp.

Irianto, A. dan P. M. Hendrati. 2003. Keragaman Hayati Bakteri Heterotrofik Aerobik Perairan Pantai Baron, Gunung Kidul, Yogyakarta. Fakultas Biologi, Universitas Jenderal Soedirman, Purwokerto. Jurnal Biodiversitas. Vol 4 : 80 – 82.

Irma, M. P., R. Hendriani dan S. A. F. Kusuma. 2009. Pencarian Bakteri Tanah Penghasil Enzim Protease Dari Gunung Gede Cianjur. Fakultas Farmasi, Universitas Padjadjaran, Bandung. 13 hal.

Isnansetyo, A., dan Kamei. 2009. Anti- Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) Activity of MC21-B, an Antibacterial Compound Produced by the Marine Bacterium Pseudoalteromonas phenolica O-BC30T. Int. J. Antimicrobial Agents 34(2):131-135.

Kawaroe, M. 2009. Perspektif lamun sebagai blue carbon sink di laut. Makalah disampaikan pada Lokakarya Nasional 1 Pengelolaan Ekosistem Lamun “Peran Ekosistem Lamun dalam Produktifitas Hayati dan Meregulasi Perubahan Iklim”. 18 November 2009. PKSPL-IPB, DKP. 35 hal

Khaifin. 2007. Survei Sumberdaya Biologi dan Perikanan Desa Babokerong dan Baobulak Kabupaten Lembata. Laporan Kegiatan. Yayasan WWF Indonesia, Solor-Alor Project. Lembata, NTT. 11 hal.

Khanafari, A., M.M. Assadi, and F.A. Fakhr. 2006. Review of prodigiosin, pigmentation in Serratia marcescens. Biol. Sci. 6:1-13.



Kiswara, W. 1992. Community Structure and Biomass Distribution of Seagrass at Banten Bay, West Java, Indonesia Fukami, K; U. Simidu and N. TAGA 1981. Fluctuation of the communities of heterotrophic process of phytoplankton. J. Exp. Biol. Ecol. 5: 175-184

Kurniawan, M. L., M. S. Akbar dan D. Saptorini. 2010. Analisis Kecenderungan Persebaran Meiofauna Pada Lamun Yang Dipengaruhi Oleh Variabel Lingkungan (studi Kasus di Pantai Bama, Taman Nasional Baluran, Situbondo). Jurnal Ilmu Dasar. Departemen Statistika Institut Teknologi 10 November Surabaya. Surabaya : 10 hal.

Kusriningrum, R. S. 2012. Buku Ajar Perancangan Percobaan. Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Airlangga, Surabaya. Penerbit Dani Abadi. Surabaya. Hal 3-5.

Lisdayanti, E. 2013. Potensi Antibakteri Dari Bakteri Asosiasi Lamun(Seagrass) Dari Pulau Bonebatang Perairan Kota Makassar. Jurusan Ilmu Kelautan Fakultas Ilmu Kelautan Dan Perikanan, Universitas Hasanuddin. Makassar. 57 hal. (Skripsi).

Locci, R. 1991. Streptomycetes and Related genera. In Ballows, A., H. G. Truper, M. Dworkin, W. Horder dan K. H. Schleisfer (Eds). The Prokariotes, A Handbook on The Biology of Bakteria. Ecophysiology, Isolation, Identification, Aplication. 2nd edition. Springer – Verlag. New York. 63 pp.

Mano. 2007. Culturable endophytic bacterial flora of the maturing leaves and roots of rice plants (Oryza sativa) cultivated in a Paddy field. Microbes and Environment. 22 (2), 175-185.

Marhaeni, B. 2011. Potensi bakteri asosiasi tumbuhan lamun sebagai penghambat terjadinya biofouling di laut. Disertasi. Sekolah pascasarjana Institut Pertanian Bogor. Bogor. 12 hal

Marlida, R., M. A. Suprayudi, Widanarni dan E. Hrris. 2014. Internasional Journal of Scinences : Basic and Applied Researh (IJSBAR), 16 (1): 364-379.

Massinai, S., A. Haris, E. Lisdayanti, dan B. A. Gosary. 2013. Lamun Pulau Bonebatang, Kepulauan Spermonde Dan Bakteri Asosiasinya. Jurusan Ilmu Kelautan Fakultas Ilmu Kelautan Dan Perikanan, Universitas Hasanuddin. Makassar. 40 hal.

Minas, W., J. E. Bailey and W. Duetz. 2001. Streptomycetes in micro-cultures: Growth, production of secondary metabolites, and storage and retrieval in the 96-well format. Kluwer Academic Publishers. Zurich. Pp 34-37

Murray, R. K., 2003. Biokimia Harper. Alih bahasa: Andry Hartono. Ed.25, Jakarta: EGC. Hal 96



Nascimento, W.C.A. and M.L.L. Martins. 2006. “Studies on stability of protease from Bacillus sp. and its compatibility with commercial detergent”, Brazilia, Microbiol, 37, 307-311.

Nugroho, N., B. 1999. Pelatihan Manajemen Produksi dan Teknologi Fermentasi Untuk Pembuatan Minyak kelapa “Pembuatan Medium Dan Inokulum Fermentasi”. Direktorat Teknologi Bioindustri, BPP Teknologi, Jakarta. Lampung. 45 hal.

Nontji, Anugerah. 2005. Laut Nusantara. Djambatan. Jakarta. 75 hal

Nurzahraeni. 2014. Keragaman Jenis Dan Kondisi Padang Lamun Di Perairan Pulau Panjang Kepulauan Derawan Kalimantan Timur. Jurusan Ilmu Kelautan Fakultas Ilmu Kelautan Dan Perikanan Universitas Hasanuddin, Makassar. 68 hal. (Skripsi).

Okay S, Ozdal and M. Kurbanoglu EB, 2012. Characterization Antifungal Activity and Cell Immobilization of A Chitinase from Serratia marcescens MO-1. Vol 2 (3) : 239-245

Oktavianti, R., Suryanti dan F. Purwanti. 2014. Kelimpahan Echinodermata Pada Ekosistem Padang Lamun Di Pulau Panggang, Kepulauan Seribu, Jakarta. Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan, Jurusan Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Universitas Diponegoro, Semarang. Vol 3 (4) : 243-249.

Paryati, S.P.Y. 2002. Patogenesis Mastitis Subklinis pada Sapi Perah yang Disebabkan oleh Staphylococcus aureus. Makalah Pengantar Falsafah Sains. Institute Pertanian Bogor. 35 hal

Paskandani, R., Ustadi dan A. Husni. 2014. Isolasi Dan Pemanfaatan Bakteri Proteolitik Untuk Memperbaiki Kualitas Limbah Cair Pengolahan Bandeng Presto. J. Manusia Dan Lingkungan,. Jurusan Perikanan, Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada. Yogyakarta. Vol. 21, No.3

Pelczar, M. J. dan E. C. S. Chan. 1986. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Jilid I. Terjemahan Ratna Siri Hadioetomo. UI Press, Jakarta. 154 hal.

Pereira, S. C., S. D. Amorim, A. F.d. M. Santos and D.d. P. Rodrigues. 2008. Plesiomonas Shigelloides And Aeromonadaceae Family Pathogens Isolated From Marine Mammals Of Southern And Southeastern Brazilian Coast. Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Imbé, RS, Brasil. Brazilian Journal of Microbiology (2008) 39:749-755.

Rao, M.B., Tanksale AM, Ghatge MS, and V.V. Deshpande. 1998. Molecular and biotechnological aspects of microbial proleases. J.Microbiol. Mol.Bio.Rev.62:597-635.



Romimohtarto, K dan S. Juwana. 2001. Biologi Laut Ilmu Pengetahuan Tentang Biota Laut. Penerbit Djambatan. Jakarta. 95 hal.

Ryan, R. P. K., Germaine, A. Franks, D. J., Ryan, D. N. Dowling. 2007. Bacterial endophytes: recent developments and applications. FEMS Microbiol Lett. 278, 1-9.

Salle, A. J. 1961. Fundamental Principles Of Bacteriology. University of California, Los Angeles. Fifth edition. 812 hal.

Samrot, A. V. Chandana K, Senthilkumar P, Kumar N, 2011. Optimization of Prodigiosin Production by Serratia marcescens SU-10 and Evaluation of Its Bioactivity. International Research Journal of Biotechnology, 2(5):128-133.

Sankaralingan, S., T. Shankar, K. Sendeshkannan, R. Ramasubburayan and S. Prakash. 2012. Production of Protease From Pseudomonas Sp. by Immobilization Approach on Different Matrices. Center for Marine Science and Technology, M.S. University, Tamilnadu, India. European Journal of Applied Sciences 4 (4): 146-156.

Saylendra, A., D. Firnia. 2013. Bacillus Sp. Dan Pseudomonas Sp. Asal Endofit Akar Jagung (Zea Mays L.) Yang Berpotensi Sebagai Pemacu Pertumbuhan Tanaman. Jurnal Ilmu Pertanian dan Perikanan. Universitas Sultan Ageng Tirtayasa. Banten. Vol. 2 No.1 Hal : 19-27.

Setyati, W. A. Dan Subagyo. 2012. Isolasi dan Seleksi Bakteri Penghasil Enzim Ekstraseluler (Proteolitik, Amilolitik, Lipolitik, dan Selulolitik) yang Berasal dari Sedimen Kawasan Mangrove. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Diponegoro. Semarang. Ilmu Kelautan Vol. 17 (3). hal. 164-168.

Shofiatul, M. A. 2011. Potensi antibakteri dari bakteri asosiasi tumbuhan lamun Enhalus sp. Tesis. Universitas Diponegoro. Semarang. (Abstrak). Hal 2-3.

Sidharta, B. R. 2000. Pengantar mikrobiologi kelautan. Universitas Atmajaya. Yogyakarta. 122 hal.

Society for General Microbiology (SGM). 2006. Basic Practical Microbiology (A Manual). Education Department, SGM, Marlborough House, Basingstoke Road, UK. 40 hal.

Sudarsono, A. 2008. Isolasi dan Karakterisasi Bakteri pada Ikan Laut dalam Spesies Ikan Gindara ( Lepidocibium flavobronneum). Program Studi Teknologi Hasil Perikanan. IPB. Bogor. Hal 1-12.

Sutiknowati, L. I. 2010. Kelimpahan bakteri fosfat di padang lamun teluk banten. Pusat Penelitian Oseanografi-LIPI. 36(1): 21-35.



Tim Pengendali Ekosistem Hutan Baluran. 2006. Program Kerja Pengendali Ekosistem Baluran, Taman Nasional Baluran. 35 hal

Tomascik, T., Mah A. J., Nontji A., and M. K. Moosa. 1997. The Ecology of the Indonesian Seas. Part Two. The Ecology of Indonesia Series. Volume VIII. 235-243.

Triyanto, A. Isnansetyo, I. D. Prijambada, J. Widada dan A. Tamiawati. 2009. Isolasi, Karakterisasi dan Uji Infeksi Bakteri Proteolitik Dari Lumpur Hutan Bakau. Jurnal Perikanan (J. FISH. Sci) XI (1) : 16-24.

Udy, J.W. and W.C. Dennison 1996. Estimating nutrient availability in seagrass sediment. In: Seagrass Biology: Proceeding of an International Workshop, Rottnest Island, Western Australia, 25 – 29 January: 163-172.

Velankar, N. K. 1954. Bacteria Isolated From Sea-Water And Marine Mud Off Mandapam (Gulf Of Mannar And Palk Bay). Proc Indian Sec. Congres, Januari 1954 : 208 - 228

Watermann, B. 1999. Alternative antifoulant techniques present and future.LimnoMar: 1-6.

Waycott, M., McMahon K, J. Mellors, A. Calladine, and D. Kleine. 2004. A Guide to Tropical Seagrasses of the Indo-West Pacific. James Cook University, Townsville-Queensland-Australia. 65 pp.

Wimbaningrum, R. 2002. Komunitas Lamun di Rataan Terumbu, Pantai Bama, Taman Nasional Baluran, Jawa Timur. Jurnal Ilmu Dasar 4 (1) : 25 – 32.

Wisnubudi, G. Dan E. Wahyuningsih. 2010. Kajian Ekologis Ekosistem Sumberdaya Lamun Dan Biota Laut Asosiasinya Di Pulau Pramuka, Taman Nasional Laut Kepulauan Seribu (Tnkps). Fakultas Biologi Universitas Nasional. 16 hal.

Yuniati, R., T. T. Nugroho, F. Puspita. 2015. Uji Aktivitas Enzim Protease Dari Isolat Bakteri Bacillus sp. Galur Lokal Riau. Fakultas MIPA, Univ Riau. JOM FMIPA Vol 1 No.2. 7 hal.

Yusufa, M. H., M. C. Padaga, dan D. A. Octavianie. 2013. Identifikasi Dan Studi Aktivitas Protease Bacillus Sp Asal Limbah Cair Rumah Potong Ayam Tradisional Sebagai Kandidat Penghasil Biodeterjen. Program Studi Pendidikan Dokter Hewan Program Kedokteran Hewan Universitas Brawijaya. Malang. 15 hal.

Zahida, D. Dan M. Shovitri. 2013. Isolasi, Karakterisasi dan Potensi Bakteri Aerob

Sebagai Pendegradasi Limbah Organik. Jurnal Sains Dan Seni Pomits,



Jurusan Biologi, Fakultas MIPA, Institut Teknologi Sepuluh Nopember (ITS). Surabaya. Vol. 2, No 1. 17 hal



LAMPIRAN

Lampiran 1. Peta Lokasi

Keterangan : Gambar Pantai Bama, Taman Nasional Baluran, Situbondo, Jawa Timur. (Sumber : www.google.co.id/maps) [ Diakses pada tanggal 15 Desember 2015].

http://www.google.co.id/maps



Lampiran 2. Data pengukuran kualitas air di perairan Pantai Bama, TN Baluran, Situbondo, Jawa Timur.

NO

Lokasi Kode isolat Parameter kualitas air Vertical X Horizontal

St (EA-1)- (EA-15)

Kecerahan (cm)

Suhu (OC)

pH Salinitas (ppt)

1. 0x0 meter EA-1 100 33,0 7,6 28 2. 0x25 meter EA-2 100 33,0 7,4 28 3. 0x50 meter EA-3 100 33,5 7,2 28 4. 0x75 meter EA-4 100 33,0 7,8 28 5. 0x100 meter EA-5 100 33,5 7,6 28 6. 25x0 meter EA-6 100 33,2 7,2 29 7. 25x25 meter EA-7 100 33,5 7,2 28 8. 25x50 meter EA-8 100 33,0 7,4 29 9. 25x75 meter EA-9 100 33,0 7,6 28 10. 25x100 meter EA-10 100 33,2 7,2 28 11. 50x0 meter EA-11 100 32,8 7,6 29 12. 50x25 meter EA-12 100 32,0 7,6 29 13. 50x50 meter EA-13 100 32,0 7,2 29 14. 50x75 meter EA-14 100 32,0 7,2 29 15. 50x100 meter EA-15 100 32,0 7,8 29

Rata-rata 100 32,8 7,44 28,47



Lampiran 3. Gambar Enhalus acoroides

Keterangan : Gambar Enhalus acoroides dewasa (atas) dan tunas (bawah). (Sumber : dokumentasi pribadi)



Lampiran 4. Gambar aktivitas bakteri proteolitik (zona bening)

A B

C D

Keterangan :

A. Aktivitas proteolitik bakteri dengan kode isolat EA-1 dan EA-2 dari bawah

petri dish.

B. Aktivitas proteolitik bakteri dengan kode isolat EA-1 dan EA-2 dari atas

petri dish.

C. Aktivitas proteolitik bakteri dengan kode isolat EA-9 dan EA-10 dari bawah

petri dish.

D. Aktivitas proteolitik bakteri dengan kode isolat EA-9 dan EA-10 dari atas

petri dish.

(Sumber : dokumentasi pribadi)

\

Documents

ADLN ERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA P SKRIPSI …repository.unair.ac.id/57327/2/2. FULLTEXT PK BP 126-16 Riz i.pdf · Judul Skripsi : ... manfaat hasil penelitian yaitu sebagai